脂多糖结合蛋白的B细胞抗原表位预测及其效应初步分析

目的 预测人脂多糖结合蛋白(LBP)的B细胞抗原表位.方法 采用生物信息软件和互联网服务器,预测LBP的二级结构和分析LBP表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),再计算平均抗原指数(AI),预测LBP的B细胞抗原表位.结果 LBP存在多个潜在的抗原表位,247～260序列(FKGEIFHRNHRSPV)的AI(0.040 7)明显高于其他片段,370～379序列(LPSSSKEPVF)和303～325序列(ITDDMIPPDSNIRLTTKSFRPFV)的AI分别是0.033 6和0.029 5.247～260序列是LBP潜在的B细胞优势抗原表位.结论 应用多参数预测到LBP的B细胞抗原表位.     

结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A*0201限制性CD8+CTL表位的预测及鉴定

目的：预测及鉴定结核杆菌（Mycobacterium tuberculosis，Mtb）抗原Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，为基于表位的结核疫苗研究提供依据。方法：应用SYFPEITHI数据库预测结核杆菌抗原Ag85C序列中可能存在的HLA-A＊0201限制性T细胞表位，利用T2细胞株分析各预测的抗原肽与HL-A＊0201分子的亲合力，选取高亲合力肽诱导特异性CTL细胞，检测各高亲合力肽刺激其特异性CTL细胞分泌的IFN-γ水平、在体外的CTL增殖反应以及细胞杀伤毒性，逐步鉴定出Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位。结果：SYFPEITHI数据库从Ag85C序列中预测到14条能够结合HLA—A＊0201分子的抗原肽，其中3个抗原肽（170～178aa、317～325aa和144～153aa）显示与T2细胞上HLA-A＊0201分子有高结合力，而抗原肽FLTREMPAWL（144～153aa）能够诱导大多数HLA—A＊0201阳性结核患者及PPD（＋）健康志愿者产生特异性CTL细胞，并分泌大量的IFN-γ，能够诱导CTL体外发生增殖，能够产生特异性杀伤活性。结论：成功鉴定出抗原肽FLTREMPAWL（144～153aa）结核杆菌抗原Ag85C的HLA-A＊0201限制性CD8^＋CTL表位，可作为结核疫苗设计的候选表位，为进一步研发新型有效的抗结核疫苗奠定了基础。     

树鼩间质视黄醇结合蛋白-3 T细胞抗原表位的预测及其致葡萄膜炎的活性

目的：预测树鼩间质视黄醇结合蛋白-3（retinol-binding protein 3,RBP3）的T细胞抗原表位,评价其致葡萄膜炎的活性及免疫原性。方法：通过DNAMAN软件比对树鼩RBP3蛋白与人光感受器间维生素A类结合蛋白（interphotoreceptor retinol-binding protein,IRBP）、狒狒IRBP、牛IRBP、大鼠IRBP和小鼠IRBP氨基酸序列的同源性,利用DNAStar软件预测分析树鼩RBP3蛋白T细胞抗原表位及其与鼠主要组织相容性复合体Ⅱ类分子（major histocompatibility complex Ⅱ,MHC-Ⅱ）相互作用的抗原位点,合成上述预测的RBP3182-192抗原多肽片段评价其致B10.RIII小鼠的葡萄膜炎活性和免疫原性。结果：根据DNAMAN比对分析,树鼩RBP3与人IRBP、狒狒IRBP、牛IRBP、大鼠IRBP和小鼠IRBP的氨基酸同源性分别为83.50%、82.81%、82.23%、82.94%、82.63%。T细胞抗原表位的预测结果显示,RBP3含有47个潜在辅助性T细胞抗原优势表位和34个鼠MHC-Ⅱ类分子结合的CD4+ T细胞抗原表位。合成包含预测抗原位点的RBP3182-192抗原多肽能够诱导出B10.RⅢ小鼠的全葡萄膜炎疾病和刺激其T淋巴细胞增殖。结论：树鼩RBP3蛋白包含较多CD4+ T细胞抗原表位,选择并合成所预测的RBP3182-192抗原多肽具有诱导T淋巴细胞增殖的免疫活性和致小鼠葡萄膜炎的活性,可为诱导实验性自身免疫性葡萄膜炎树鼩新型模型的抗原筛选及葡萄膜炎研究提供基本理论依据。     

结核分枝杆菌RD12区T细胞表位分布情况预测及分析

目的预测并分析结核分枝杆菌（MTB）RD12区4个抗原的CD4^＋T和CD8^＋T细胞表位分布情况。方法在NCBI数据库上查询并获得各个抗原的氨基酸序列,用Blast分析其与MTB复合群及人类蛋白的同源性。利用SYFPEITHI、NETCTL、BIMAS和NetMHC数据库预测并分析MTB的RDl2区抗原CD8^＋T细胞表位的分布情况;利用NetMHC数据库预测并分析MTB的RD12区抗原的CD4^＋T细胞表位的分布情况。然后,综合CD4与CD8表位预测,筛选出优势表位肽段。结果通过预测与分析,初步筛选出MTB的RD12区4个抗原的CD8^＋T细胞候选表位16个;CD4^＋T细胞的强结合候选表位234个,弱结合候选表位505个,综合CD4与CD8表位预测并分析,最终筛选出13个优势表位肽段。结论预测出来的T细胞候选表位将为结核病的特异性诊断及新的抗结核多表位疫苗的研究奠定基础。     

MAGE-A家族抗原共同B细胞表位预测分析

目的：预测和筛选黑色素瘤抗原A（MAGE-A）家族抗原的共同B细胞表位。方法：以MAGE-A1的全长氨基酸序列为基础,利用生物信息学软件,采用Hopp＆Woods的亲水性方案、Zimmerman极性参数和Jameson-Wolf抗原指数方案和Emini表面可及性方案等,结合MAGE-A1的二级结构与其柔性区域及跨膜区域对MAGE-A1的优势B表位区段进行综合分析,进一步运用抗原指数分析预测MAGE-A1的B细胞表位,并将其与MAGE-A家族中其他成员（MAGE-A2至A12）进行比对,以预测MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位。结果：MAGE-A1的全长为309个氨基酸,相对分子质量为46 kDa,为可溶性蛋白。经综合分析,其B细胞优势表位可能存在于氨基酸序列N端的9~14,84~88,118~124,160~165,208~214,233~240区段;经与MAGE-A家族中其他成员的氨基酸序列比对,MAGE-A1的9~14,84~88,118~124及233~240区段,即HCKPEE,EEEGP,RAREPVTK,GEPRKLLT肽段可能为MAGE-A家族抗原共同B细胞优势表位。结论：利用生物信息学预测发现MAGE-A1的优势B细胞表位中,9~14,84~88,118~124及233~240区段可能为MAGE-A家族抗原的共同B细胞表位,可为表位疫苗的研制等提供理论依据。     

MAGE-12的新B细胞表位抗原肽的设计、合成及免疫原性研究

【目的】设计合成肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位并研究其免疫原性。【方法】在预测MAGE-12的B细胞表位序列为LEQRSQHCKPEE(3~14)、MAGE-1282-93(QSDEGSSNEEQE)的基础上,采用4分枝多重抗原肽结构设计合成抗原肽,免疫C-57BL/6小鼠,产生多克隆抗体,应用ELISA实验检测多克隆抗体是否为抗原肽的特异性抗体。【结果】免疫C-57BL/6小鼠后可产生MAGE-12的抗原特异性的多克隆抗体。【结论】证明所预测的表位LEQRSQHCKPEE(3~14)为MAGE-12的新B细胞表位。     

人白细胞介素-17二级结构及B细胞表位的预测

目的：预测人白细胞介素（IL）-17的二级结构特征及其B细胞抗原表位。方法：采用SOPMA法预测人IL-17的二级结构;借助ProSeale、Bceprled服务器,分析人IL-17亲水性、可及性和柔韧性,并结合二级结构特征,预测IL-17的B细胞表位。结果：人IL-17的二级结构由α螺旋（14．39％）、无规卷曲（56．06％）、延伸主链〈24．24％）和β转角（5．30％）组成。其B细胞表位可能位于N端第8—20、30—47和53—63氨基酸区段。结论：该预测将有助于确定人IL-17的B细胞表位,为研制抗人IL-17中和性抗体提供理论依据。     

HPV18E7抗原B细胞表位的鉴定

目的：鉴定人乳头瘤病毒18型早期蛋白E7的B细胞优势表位的免疫原性。方法：根据亲水性方案、柔韧性方案、抗原指数方案及表面可能性方案预测分析抗原可能的B细胞优势表位肽,并探讨合成肽的免疫效果。结果：HPV18E715-22（LEPQNEIP）,E729-44（EQLSDSEEENDEIDGV）,E751-59（ARRAEPQRH）是可能的B细胞优势表位,其中,E729-44和E751-59可明显诱导小鼠血清抗体滴度升高。结论：HPV18E729-44具有较强的免疫原性,为E7抗原B细胞优势表位。     

肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位4分支多重抗原肽的合成及鉴定

目的：设计合成肿瘤抗原MAGE-12的B细胞表位抗原肽并对其进行鉴定。方法：在预测MAGE-12的B细胞表位序列为QSDGESSNEEQE(82-93)的基础上，采用4分支我多重抗原肽结构合成抗原肽。免疫C-57BL/6小鼠，产生多克隆抗体，应用ELISA实验及免疫组化实验检测多克隆抗体是否为人的抗原肽的特异性抗体。结果：免疫C-57BL/6小鼠后可产生MAGE-12的抗原特异性的多克隆抗体，抗体滴度可达1：64。结论：证明所预测的表位为MAGE-12的B细胞表位。     

人易感H10N8禽流感病毒血凝素蛋白主要特性及B/T细胞抗原表位预测分析

目的应用生物信息学方法分析人H10N8禽流感病毒血凝素蛋白(hemagglutinin,HA)的主要特性,预测可能的B/T细胞抗原表位。方法采用Prot Param预测H10N8禽流感病毒HA蛋白的理化特性,SOPMA预测二级结构,Motif Scan预测翻译后修饰位点,DNAStar分析其序列的亲水性指数、柔韧性指数、可及性参数以及抗原指数,推测B细胞抗原表位的可能位置,并采用SYFPEITHI的T细胞表位预测工具分别预测CTL和Th细胞表位。结果人易感H10N8禽流感病毒HA为亲水性蛋白,二级结构中包含218个α-螺旋、108个β-片层、64个β-转角和171个无规卷曲,具有多个糖基化、酰胺化及磷酸化翻译后修饰位点。经综合各种参数,预测出H10N8禽流感病毒HA蛋白可能存在的7个B细胞抗原表位、7个CTL细胞表位和8个Th细胞表位。结论 HA蛋白B/T细胞抗原表位的预测为人易感H10N8染禽流感病毒的疫苗研制奠定了一定的基础。