人类基因组单核苷酸多态性研究进展

单核苷酸多态性是在人类基因组计划后,进行研究的一项新的遗传标记。本文对单核苷酸多态性的概念和特性,及其在生物医学、药物基因组学以及人类遗传学方面的意义,研究方法等方面的内容进行综述。     

人类单核苷酸多态性及其应用

单核苷酸多态性(SNP)是由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性,包括单个碱基的转换、颠换,以及单个碱基的缺失和插入,而且其中最少的一种等位基因在群体中的频率不小于1%[1]理论上讲,SNP既可能是2等位多态性,也可能是3或4等位多态性,因为这种变异可以是转换(C T,G A),也可以是颠换(C A,G T;C G;A T).众多研究表明,3或4等位多态性的情况较少见,通常所说的SNP都是2等位多态性的,转换型变异的SNP约占全部SNP的2/3,因为转换的发生率总是明显高于其他几种变异[2～5].导致转换的几率高的原因,可能是因为在基因组中pCpG二核苷酸上的胞嘧啶残基大多数是甲基化的,可自发地脱去氨基而形成胸腺嘧啶,使得这种位点上的胞嘧啶残基最容易发生突变[6].     

人类单核苷酸多态性及其应用

单核苷酸多态性(SNP)是由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性，包括单个碱基的转换、颠换，以及单个碱基的缺失和插入，而且其中最少的一种等位基因在群体中的频率不小于1％。理论上讲，SNP既可能是2等位多态性，也可能是3或4等位多态性，因为这种变异可以是转换(C←→T，G←→A)，也可以是颠换(C←→A，G←→T；C←→G；A←→T)。     

基因单核苷酸多态性与宫颈癌关系研究进展

宫颈癌在发展中国家有很高的发病率及死亡率,宫颈癌仍然是女性第二高发肿瘤,其发病率仅次于乳腺癌,死亡率仅次于胃癌。越来越多的研究表明,宫颈癌是人乳头瘤病毒(HPV)感染引起的^[1], HPV感染可以认为是宫颈癌发生发展的重要环境因素, 但只有一少部分持续感染HPV的患者, 这表明 HPV感染并不足以导致肿瘤的发生, 其中激素、性伴 侣个数、怀孕的年龄以及遗传背景等在宫颈癌的发病中可能 起重要作用^[2]。     

FSH受体基因单核苷酸多态性与卵巢功能

卵泡刺激素在人类生殖过程中有重要作用,其对卵巢的作用主要是通过与颗粒细胞表面的特异性卵泡刺激素受体结合来发挥的.与卵泡刺激素受体基因突变较为罕见相比,卵泡刺激素受体基因单核苷酸多态性更为常见.目前认为卵泡刺激素受体基因单核苷酸多态性可能是不孕症治疗的相关基因标志,由于其与卵巢储备、卵巢反应和卵巢肿瘤发生之间存在一定的关联,将可能为促排卵治疗的个体化选择提供依据.但目前仍需更多样本和种族的前瞻性资料以及基础研究来明确卵泡刺激素受体基因单核苷酸多态性与卵巢功能之间的关系.     

人类基因组单核苷酸多态性研究与疾病三级预防体系

人类基因组计划和国际单体型图计划的开展极大地推动了人类基因组单核苷酸多态性的研究.本文概述了与疾病预防控制相关的疾病基因组学和药物基因组学的研究进展,阐述了相关研究与疾病三级预防体系的关系,指出了其中存在的一些问题及可能的解决办法,以便对人类基因组单核苷酸多态性研究在疾病三级预防体系中的应用有较全面的了解.     

宫颈癌相关基因单核苷酸多态性研究进展

宫颈癌是妇科常见的恶性肿瘤之一.与机体遗传背景相关的基因多态性,被认为是决定人乳头瘤病毒(human papilloma virus, HPV)感染后宫颈癌发病与否及预后的重要因素.单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms, SNPs)是指某基因中人群发生率超过1%的单碱基替换或缺失现象.本文就近年来与宫颈癌相关的单核苷酸多态性的研究进展综述如下.     

营养需要量与基因多态性

分子生物学技术的发展促进了营养科学研究的深入。基因多态性的发现,使人们有可能从分子水平认识人体营养需要量个体差异的本质。为此,通过对文献回顾,讨论了营养需要量与基因多态性关系的研究进展情况;从基因多态性的角度,对脂类、钠、钙及叶酸人体需要量差异的分子本质进行了论述,并阐明了其在实践中可能的应用价值。     

膜转运蛋白基因单核苷酸多态性与精神分裂症

目的探讨腭心面综合征中缺失的膜转运蛋白基因(claudin 5transmembrane protein deleted in velocardiofacialsyndrome,CLDN5)单核苷酸多态性与精神分裂症的关系。方法在173个汉族精神分裂症核心家系中,以PCR和限制性片段长度多态(RFLP)方法对CLDN5基因rs739371(G/C碱基改变)单核苷酸多态性(SNP)进行检测。应用基于家系的连锁不平衡方法分析基因型数据。结果(1)CLDN5基因的rs739371等位基因和基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律(P>0.05)。(2)TDT结果提示CLDN5基因rs739371与精神分裂症无连锁及关联。(3)CLDN5基因的rs739371位点基因型与精神分裂症的阳性症状影响妄想相关联(χ2=8.639,υ=2,P=0.013)。结论对于本研究的中国汉族精神分裂症患者来说,CLDN5基因本身或其附近的基因可能与精神分裂症的易感性相关。     

单核苷酸多态性

在人类基因组核苷酸序列中 ,大约 5 0 0～ 10 0 0碱基对中就有 1个碱基发生中性变异 (不包括缺失、插入和重复 ) ,当人群中这种变异的频率 >2 %时 ,就称其为单核苷酸多态性(SNP)。在理论上 ,SNP有以下 4种类型 :C T(G A)、C A(G T)、C G(G C)、A T(T A) ,以转换形式为常见。SNP是形成人类个体差异的遗传基础。SNP作为遗传标记 ,由于其在基因组上密度大 ,可用于基因的精细定位和克隆。某些SNP对某些疾病、药物、环境因素敏感 ,反之亦然 ,故研究SNP对于阐明疾病易感性机制、设计个体化治疗方案和环境危险因素的评价与预警等都具…     

醛固酮合成酶基因单核苷酸多态性与心房颤动的关系

目的 探讨醛固酮合成酶(CVP11B2)基因的单核苷酸多态性与中国汉族人群非家族性心房颤动(房颤)的关系.方法 采用1:1配对的病例对照研究方法,选择297例住院房颤患者作为病例组,同时期、同病房的297例非房颤患者作为对照组.应用GenomeLab~(TM) SNPstream基因分型系统,对CYP11B2基因的两个标签单核苷酸多态位点(tSNPs-rs4545、rs3802228)进行多态性检测.结果 两位点多态性的分布均符合Hardy-Weinberg平衡.病例组患者左心房直径(LA)显著高于对照组(P<0.0001),两个tSNPs的基因型频率及等位基因频率分布在病例组和对照组的差异均无统计学意义,但在病例组3'端非编码区(3'UTR)的rs3802228位点中,具有GG基因型患者的LA显著高于其他型者.多元logistic回归模型在校正年龄、吸烟、BMI、高血压之后,未发现CYP11B2基因两位点基因多态性与房颤发病相关联.两个位点间也不存在连锁不平衡.结论 CYP11B2基因的rs4545tSNPs位点多态性可能与房颤无相关性,位于3'端非编码区的rs3802228tSNPs位点可能与心房结构重构有关.     

乳腺癌易感基因单核苷酸多态性与个体化预防

<正>乳腺癌是女性最常见的恶性肿瘤之一,严重危害广大女性的身心健康及生活质量,流行病学资料显示我国乳腺癌整体发病率在上升,并且年龄呈年轻化的趋势。乳腺癌的发生发展是一个复杂的过程,它是多个因素相     

醛固酮合成酶基因单核苷酸多态性与心房颤动的关系

目的 探讨醛固酮合成酶(CVP11B2)基因的单核苷酸多态性与中国汉族人群非家族性心房颤动(房颤)的关系.方法 采用1:1配对的病例对照研究方法,选择297例住院房颤患者作为病例组,同时期、同病房的297例非房颤患者作为对照组.应用GenomeLabTM SNPstream基因分型系统,对CYP11B2基因的两个标签单核苷酸多态位点(tSNPs-rs4545、rs3802228)进行多态性检测.结果 两位点多态性的分布均符合Hardy-Weinberg平衡.病例组患者左心房直径(LA)显著高于对照组(P<0.0001),两个tSNPs的基因型频率及等位基因频率分布在病例组和对照组的差异均无统计学意义,但在病例组3'端非编码区(3'UTR)的rs3802228位点中,具有GG基因型患者的LA显著高于其他型者.多元logistic回归模型在校正年龄、吸烟、BMI、高血压之后,未发现CYP11B2基因两位点基因多态性与房颤发病相关联.两个位点间也不存在连锁不平衡.结论 CYP11B2基因的rs4545tSNPs位点多态性可能与房颤无相关性,位于3'端非编码区的rs3802228tSNPs位点可能与心房结构重构有关.     

TNF-α基因单核苷酸多态性与HBV感染结局

目的探讨肿瘤坏死因子-α（TNF-α）基因启动子区-238G／A、-857T／C、-863C／A与乙型肝炎病毒（HBV）感染结局之间的关系。方法采用病例-对照研究方法，募集244例HBV自限性感染者、212例HBsAg携带者和391例慢性乙型肝炎患者作为研究对象，应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法，对（TNF-α）基因启动子区-238G／A、-857C／T、-863C／A基因型进行测定。结果自限性感染者携带-238A等位基因的频率显著低于HBsAg携带者（P=0．04）和慢性乙肝患者（P=0．047）；慢性乙肝患者携带TNF-α-857C等位基因的频率显著高于HBsAg携带者（P=0．0008）和自限性感染者（P=0．03）；慢性乙肝者TNF-α-863A等位基因频率显著高于HBsAg携带者（P=0．02）。应用多元Logistic回归分析，控制年龄、性别等混杂因素后，慢性乙肝患者与HBV自限性感染者比较，TNF-α-857CC和TNF-α-238GA与慢性乙肝显著关联（OR=1．53，P=0．044；OR=2．11，P=0．045）；慢性乙肝患者与HBsAg携带者比较，TNF-α-857CC与慢性乙肝显著关联（OR=1．92，P；0．004）；HBsAg携带者与HBV自限性感染者比较。TNF-α-238GA与msAg携带者显著关联（OR=2．34。P=0．020）。结论TNF-α基因启动子区多态性可能是影响HBV感染结局的重要危险因素。     

感染性疾病与人类白细胞抗原基因多态性

感染性疾病是世界范围的严重公共问题之一.人类白细胞抗原复合体(HLA)是决定机体免疫应答功能的重要分子基础之一,与感染性疾病转归密切相关.此文对感染性疾病与人类白细胞抗原基因多态性的相关性研究进展作了综述.     

PSCA基因单核苷酸多态性位点与胃溃疡易感性的研究

目的探讨PSCA基因多态性位点与胃溃疡的遗传学关联。方法采用候选基因的遗传学关联研究策略,基于来自中国汉族人群的688名胃溃疡患者以及1 442名健康对照受试者,对覆盖PSCA基因的11个SNP位点与胃溃疡的潜在关联进行考察。利用c2检验来对单个SNP位点的关联信号进行统计分析。结果SNP位点rs2294008与胃溃疡的疾病状态存在显著性关联(OR=0.73,P=4.78×10-5),该SNP的T等位基因在对照组中的分布频率高于病例组差异有统计学意义(P<0.05),因而具有一定的保护性作用。结论 PSCA基因可能是胃溃疡的易感基因。     

DNA修复基因XRRC1单核苷酸多态性与肿瘤易感性

DNA修复基因单核苷酸多态性是决定机体肿瘤易感性的一个重要因素。当前，DNA修复基因XRCC1单核苷酸多态性与肿瘤易感性的关系的研究结果之间存在分歧，尚无法明确XRCC1单核苷酸多态性与个体肿瘤易感性的关系。单核苷酸多态性与肿瘤易感性关系的研究只有充分考虑遗传、环境、种族等诸多影响因素，才能建立起与某一特定肿瘤易感性之间较为明确的关联，为肿瘤的预防和治疗提供依据。     

KCNQ1基因单核苷酸多态性与妊娠期糖尿病的相关性

  目的  探讨电压依赖性钾离子通道(potassium voltage-gated channel, subfamily Q, member 1, KCNQ1)基因多态性与妊娠期糖尿病(gestational diabetes mellitus, GDM)发病风险的关系,为GDM的机制研究提供线索与依据。  方法  采用匹配的病例对照研究设计,病例组来自2012年3月1日—2014年7月30日在山西医科大学第一医院分娩的334名GDM孕妇,按年龄和居住地1∶1匹配334名健康对照,对研究对象进行DNA基因分型。在共显性、显性、隐性、相加等遗传模式下,通过Logistic回归分析模型分析KCNQ1基因的13个候选单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism, SNP)和GDM发病风险的关系,并采用HaploView软件分析单倍体与GDM之间的关系。  结果  在调整糖尿病家族史、孕前BMI且调整多重比较后,在共显性遗传模式下,rs4930000位点携带GG基因型的孕妇与携带AA基因型相比是发生GDM的危险因素(OR=3.37, 95% CI: 1.30~8.73, P=0.013)。rs163171位点携带GA基因型与AA基因型孕妇相比(OR=0.70, 95% CI: 0.50~0.98, P=0.037),rs2074196位点携带CA基因型与携带CC基因型孕妇相比(OR=0.65, 95% CI: 0.46~0.91, P=0.012),rs2237888位点携带GA基因型与GG基因型孕妇相比(OR=0.69, 95% CI: 0.49~0.98, P=0.037),rs72847583位点携带CG基因型与携带CC基因型的孕妇相比(OR=0.63, 95% CI: 0.43~0.92, P=0.017),发生GDM风险低,均是GDM的保护因素。在KCNQ1基因内由rs11023996、rs7924946组成的单倍体Block1 AA表型和由rs233446、rs2237893、rs151293、rs16318、rs163183与rs234852组成的单倍体Block2 CGACG表型与GDM的发病风险相关。  结论  KCNQ1基因位点多态性(rs4930000、rs163171、rs2074196、rs2237888、rs72847583)、单倍体Block1 AA表型与Block2 CGACG表型均与GDM的发病风险相关。     

DNA修复基因XRCC1单核苷酸多态性与肝癌易感性

X线修复交叉互补基因1（XRCC1）是一种重要的DNA修复基因,参与DNA单链断裂和碱基损伤修复,在碱基切除修复中起重要作用,编码碱基损伤修复联合序列的一种重要蛋白,其编码的蛋白质在碱基修复过程中是不可缺少利;该基因的多态性会导致相应的氨基酸改变,从而影响DNA修复,可能引起肝癌的易感性。     

DNA修复基因XPD单核苷酸多态性与肿瘤危险性关系

着色性干皮病基因D（XPD）作为重要的核苷酸切除修复基因，参与核苷酸切除修复和基因转录。其单核苷酸多态性与个体肿瘤易感性密切相关。本文就目前广泛研究的XPD基因密码子156、密码子312和密码子751位点的多态性与肺癌、皮肤癌、头颈部和泌尿道等肿瘤危险性的关系进行综述。