新生儿科分离白假丝酵母菌多位点序列分型研究

目的分析白假丝酵母菌多位点序列分型(MLST)与标本来源、药物敏感性之间的关系,探讨菌株间的亲缘关系及其分子流行病学特征。方法收集2015年4—5月某院新生儿科病房分离的白假丝酵母菌,采用试剂盒对菌株进行体外药物敏感性测试,并采用MLST方法对菌株进行分型,分析菌株间的同源性及分子流行病学特征。结果共分离15株白假丝酵母菌,来自4例患儿和1名医务人员,15株白假丝酵母菌经MLST获得3个序列型(ST),其中13株为ST1997,另外2株分别为ST1359和ST1933。经eBURST软件对ST分型进行聚类分析,ST1997菌株属于Group 13,ST1359菌株属于Group 1,ST1933菌株属于Group 20。同一患者外周血和外周静脉导管分离的白假丝酵母菌属于同一克隆株。结论新生儿科病房存在白假丝酵母菌血流感染的暴发,应积极制定相应的预防控制措施,加强对新生儿科病房的医院感染管理。     

孕期阴道假丝酵母病筛查与白假丝酵母微卫星基因多态性

目的 调查孕期女性阴道假丝酵母病(VVC)情况,并分析其白假丝酵母微卫星基因多态性。方法 选择2019年1月-2021年1月于武汉市第四医院妇产科就诊的759例孕期女性,收集阴道分泌物标本,进行VVC感染调查和菌株鉴定及药敏试验,采用微卫星标记法对鉴定的白假丝酵母进行基因分型。结果 759例孕期女性中,检出阴道VVC感染114例,感染率为15.02%,早、中、晚孕期VVC感染检出率分别为17.44%、15.09%和13.58%;共检出VVC感染菌株120株,其中检出白假丝酵母82株(68.33%),其次为光滑假丝酵母31株(25.83%)、克柔假丝酵母4株(3.33%)、热带假丝酵母3株(2.50%);白假丝酵母对咪康唑、克霉唑、氟康唑、伊曲康唑均有一定程度耐药;随着妊娠期的推进,有症状孕期女性白假丝酵母感染率逐渐减低,非白假丝酵母感染率逐渐升高,晚孕期女性阴道白假丝酵母感染情况与其临床症状间具有相关性(P<0.05); 82株白假丝酵母共检出35种基因型,主要包括4种优势基因型,分别为21:21基因型12株(14.63%)、30:45基因型7株(8.54%)、32:46基因型1...     

侵袭性白假丝酵母感染ERG3基因突变及表达

目的分析侵袭性白假丝酵母感染ERG3基因突变及表达情况。方法收集2018年1月-2018年12月亳州市人民医院发生IFI的住院患者体液标本,分离白假丝酵母。采用微量肉汤稀释法对菌株进行氟康唑敏感性实验,采用聚合酶链反应(PCR)扩增ERG3基因并测序分析突变位点,比较不同氟康唑敏感性菌株ERG3基因表达情况。结果所有标本共分离出白假丝酵母239株,以痰液(67.36%)为主,其次为阴道分泌物(12.13%)、尿液(10.04%);239株白假丝酵母共检出221株氟康唑敏感株(92.47%)、17株氟康唑耐药株(7.11%)及1株剂量依赖敏感株(0.42%);随机选择10株氟康唑敏感株和4株氟康唑耐药株进行ERG3基因扩增,14株白假丝酵母ERG3基因序列中共发现28个点突变,包括24个(85.71%)同义突变,4个(14.29%)错义突变,其中同义突变位点为C602T、T432C、C438T,错义突变位点为I340L、V374G、P902L和V1076A;氟康唑耐药株ERG3基因高表达率明显高于敏感株。结论侵袭性白假丝酵母感染对氟康唑具有一定耐药性,其耐药性可能与ERG3基因错义突变I340L、V374G、P902L和V1076A有关。     

肠炎沙门菌多位点序列分型技术的研究

目的研究肠炎沙门菌菌株间的分子特征,建立了分子流行病学研究方法——多位点基因序列分型技术(MLST),并对食品中的肠炎沙门菌分离株进行分型研究。方法选择肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、purE、sucA、aroC、hemD、dnaN及一个特异性的DNA标记SdfΙ作为目标基因。对上述基因分别进行PCR扩增及产物测序,用sequencer2.0软件对测序结果进行分析、比对核苷酸的差异。同时,将肠炎沙门菌株与GenBank中鼠伤寒沙门菌LT2相应的基因序列进行比较。结果在肠炎沙门菌标准菌株50041和18株食品分离株之间,6个基因PCR产物范围内的近60000个核苷酸序列完全相同,未观察到同一血清型内的基因突变。而与LT2相比,基因产物发生了1到6个点突变。在对SdfΙ的核苷酸序列比较研究中发现,肠炎沙门菌标准菌株与食品中分离株SdfΙ的核苷酸序列与GenBank中该序列的碱基对比,发生了C182T的点突变。即MLST技术揭示了在同一血清型内各菌株管家基因碱基序列的高度保守。结论MLST方法适用于不同血清型沙门菌株间的分型研究,而不适于同一血清型的菌株分型。     

侵袭性感染白假丝酵母ERG11突变分析与氟康唑耐药关系研究

目的明确医院侵袭性感染的白假丝酵母氟康唑耐药的主要分子机制及其与ERG11突变的关系,以指导临床抗真菌的治疗。方法收集2015年1月-2017年6月医院临床住院患者分离的50株侵袭性感染白假丝酵母,采用VITEK-2COMPACT进行检测及药敏分析,提取其真菌基因组DNA,采用PCR检测ERG11基因并测序分析,同时采用实时荧光定量RT-PCR检测ERG11基因mRNA相对表达量,并采用SPSS19.0统计软件分析氟康唑耐药与ERG11突变及相对表达量之间关系。结果 50株侵袭性白假丝酵母主要来自尿液、伤口分泌物和腹水标本,其中对氟康唑耐药11株,氟康唑剂量依赖性耐药10株,氟康唑敏感29株;ERG11基因扩增及测序分析发现15个突变位点,其中11个为同义突变,无氨基酸改变,4个为错义突变;白假丝酵母氟康唑耐药株、剂量依赖性敏感株和氟康唑敏感菌株ERG11基因的mRNA表达水平之间比较差异有统计学意义(F=78.30,P=0.002);随着白假丝酵母对氟康唑敏感性的降低,ERG11基因mRNA的表达量均有不同程度的上升。结论侵袭性感染白假丝酵母氟康唑耐药严重,耐药水平与ERG11基因的错义突变及表达量密切相关。     

可变数目串联重复序列技术用于中国C群脑膜炎奈瑟菌基因分型的研究

目的利用脑膜炎奈瑟菌基因组中可变数目串联重复序列（VNTR）特征,对中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株进行基因分型.方法中国C群脑膜炎奈瑟菌菌株109株,选择脑膜炎奈瑟菌DNA中4个VNTR位点,PCR扩增含有串联重复序列的DNA片段,选择每一个VNTR位点有差别的PCR产物进行测序,序列比对,测算串联重复序列的拷贝数.Bio-Rad Gel DocTM XR凝胶成像分析系统计算PCR产物DNA片段的碱基含量,换算成串联重复数;对109株菌株4个位点的串联重复序列拷贝数进行聚类分析,依据聚类分析结果进行基因分型,并将VNTR基因分型结果与脉冲场凝胶电泳基因分型（PFGE）结果进行比较.结果109株C群脑膜炎奈瑟菌菌株分为22个VNTR基因型,同一暴发来源的菌株具有相同VNTR特征;VNTR基因分型方法与PFGE基因分型具有相关关系.结论应用VNTR技术可以对中国C群脑膜炎奈瑟菌进行基因分型和分子流行病学方面的研究,VNTR基因分型可较好地应用于追溯流行性脑脊髓膜炎暴发传染源.     

多位点基因序列分型在沙门菌鉴定中的应用

目的探讨多位点基因序列分型方法在沙门菌分型鉴定研究中的应用,初步掌握广州地区沙门菌多位点基因序列分型数据。方法选取沙门菌7对保守管家基因aroC、dnaN、hemD、hisD、purE、sucA、thrA作为研究靶标,对其进行扩增、测序及序列分析。结果 41株沙门菌分离株有8个血清群和14个ST型,食品来源沙门菌菌株的血清群有7个,ST型为10个,患者来源菌株血清群为5个,ST型为10个,实验中还发现2个新的ST型。结论沙门菌血清学分群结果与MLST分型结果的对应关系密切,很多ST型菌株的血清群固定,相同血清群菌株也有较固定的ST型,因而,可运用多位点基因序列分型方法对沙门菌进行分型鉴定。     

白色假丝酵母菌对氟康唑敏感性及耐药机制研究

目的研究本院临床分离的白色假丝酵母菌对氟康唑的耐药性及其ERG11基因突变情况。方法将临床标本接种至沙堡弱平板,用VITEK 2 Compact微生物分析系统鉴定所得菌株,保存所得白色假丝酵母菌;按照CLSI-M27-A3酵母菌微量肉汤稀释法进行氟康唑敏感性试验;选择部分代表菌株进行ERG11基因的PCR扩增、测序及比对分析。结果共分离得162株白色假丝酵母菌,其中来自痰液标本最多,占68.5%;氟康唑耐药株为11株,占6.8%;剂量依赖敏感株(S-DD)为16株,占9.9%;敏感株为135株,占83.3%;从7株氟康唑耐药和1株氟康唑敏感的白色假丝酵母菌ERG11基因中共发现22个点突变,其中错义突变3个,分别是V51E、D116E、E266D,其余均为同义突变;有2株氟康唑耐药菌株未发现错义突变。结论 ERG11基因的突变是白色假丝酵母菌对氟康唑耐药的重要机制,D116E可能是浙江地区白色假丝酵母菌对氟康唑耐药的主要突变位点;对于白色假丝酵母菌耐氟康唑机制的研究不应局限于ERG11基因的突变,应综合多方面因素。     

不同串联重复序列位点组合用于中国结核分枝杆菌基因分型的能力比较分析

目的 初步评价不同串联重复序列(VNTR)位点在中国8省市结核分枝杆菌基因分型中的应用,寻找适合中国地区结核分枝杆菌基因分型的位点组合.方法 从中国8个省(市、自治区)2800余株结核分枝杆菌临床分离菌株中以简单数字表法随机抽取140株,采用多位点数目可变串联重复序列分析方法(MLVA)对27个数目可变VNTR位点进行基因多态性检测,采用BioNumerics数据库软件进行单位点和不同位点组合的分辨率(Hunter-Gaston指数,HGI)分析,并比较分析其对140株菌的基因分型鉴定能力.同时采用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)将140株菌分为北京家族和非北京家族,评价上述不同VNTR位点组合在北京家族和非北京家族中的分型能力.结果 140株菌主要可分为2个基因群,即北京家族112株,占80%;非北京家族28株,占20%.Spoligotyping分型对140株结核分枝杆菌的HGI为0.4589.MLVA分析结果显示不同位点在不同菌株群存在明显的多态性,不同位点的HGI具有较大差异(0～0.809),对全部菌株、北京家族菌株、非北京家族菌株的HGI达到0.5以上的VNTR位点数分别为8、7和14个.27个VNTR位点进行不同的位点组合:优化筛选的8位点组合、国际推荐的12个、15个和24个位点组合.4个组合的HGl分别为0.9991、0.9882、0.9980和0.9986;在北京家族菌株中,上述组合的HGI依次为0.9987、0.9318、0.9969和0.9975;在非北京家族菌株中分别为1、0.9894、1和1.结论不同的VNTR位点和不同VNTR位点组合在中国8省市结核分枝杆菌中的HGI均存在明显差异;本研究优化的8个位点组合MLVA分型方法在中国结核分枝杆菌流行病学研究可能具有良好的应用前景.     

多位点序列分型和脉冲场凝胶电泳在肠炎沙门菌分子分型的比较

目的 比较多位点序列分型技术和脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术在肠炎沙门菌菌株间分型的分辨率。方法 分别建立肠炎沙门菌的6个管家基因thrA、pure、sucA、aroC、hemD、dnaN和一个特异性的DNA标记Sdf Ⅰ的多位点序列分型技术，及以寡切点的XbaⅠ、SpeⅠ作为限制性内切酶的PFGE方法，并应用上述方法对食品中的分离株进行分型，比较两种方法的分辨率。结果 PFGE可以将50株肠炎沙门菌分为11个型。并且通过双酶系统的双重PFGE分型，还可以将PFGE型别再精细划分为亚型；MLST则揭示了在同一血清型内部，各菌株之间的管家基因碱基序列高度保守，而在沙门菌不同血清型的核苷酸序列之间，则分别存在不同数量的碱基差异。即MLST方法只能用于血清型之间，不能在血清型内部进行分型研究。结论 与MLST比较，PFGE方法在肠炎沙门菌的分型方面显示了比较高的分辨率。