基于网络药理学探讨黄芪治疗骨质疏松症的分子机制

目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨六味地黄丸抗骨质疏松症的机制研究

目的基于网络药理学及分子对接方法探讨六味地黄丸在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)过程中的有效成分及作用机制。方法通过TCMSP数据库获得六味地黄丸组方的药物有效成分及其预测靶点;利用疾病数据库筛选骨质疏松症相关疾病作用靶点;将获得的关键靶点上传至STRING数据库完成PPI网络分析;利用DAVID数据库完成关键靶点的富集分析;通过Auto Dock Vina等软件完成化学有效药物成分与关键靶点的分析对接验证。结果共获得六味地黄丸组方化学有效成分69个、药物靶点蛋白128个及药物与骨质疏松症共同相关靶点81个;获得了IL6、TP53、VEGFA、TNF、JUN、MAPK1、EGF、EGFR、ESR1、CAT等PPI网络中的关键靶点。富集分析结果显示,其通过参与细胞增殖与凋亡过程、药物代谢、雌激素反应调节与细胞抗缺氧、抗衰老等生物学进程,调控TNF、药物代谢过程、HIF-1、VEGF、雌激素调节等信号通路,参与骨质疏松症的治疗过程;分子对接结果显示,调控网络中的关键靶点与相关有效成分之间具有较高的结合活性。结论借助生物信息学手段和分子对接技术,初步揭示了六味地黄丸抗骨质疏松症的作用机制,为后续进一步的机制研究及实验验证提供了目标与思路。     

基于系统药理学和分子对接探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制

目的 从分子层面探讨青娥丸治疗绝经后骨质疏松症的作用机制,并探索青娥丸的潜在治疗靶点.方法 利用TCMSP及BATMAN-TCM数据库筛选青娥丸的化合物成分,随后在PharmMapper数据库进行潜在靶点识别.通过GeneCards、PubMed及CTD数据库,检索绝经后骨质疏松症的相关靶点.而后使用David软件对青...     

基于网络药理学的穿心莲抗骨质疏松的分子机制研究

目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点，探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物，通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点，建立药物-疾病靶标交互作用网络，筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点，富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物，筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点，通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能，其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。     

基于网络药理学对龟甲抗骨质疏松的作用机制研究

目的 运用网络药理学探讨龟甲治疗骨质疏松（osteoporosis,OP）的作用机制。方法 通过中药系统药理学成分分析平台（BATMAN-TCM）数据库及文献获得龟甲活性化合物,再通过TTD、Drugbank 、DisGeNET、OMIM数据库获取OP疾病相关靶点,取二者交集得到龟甲-OP疾病靶点。采用在线分析工具Metascape对龟甲治疗骨质疏松靶基因进行基因本体论（gene ontology,GO）及京都基因与基因组百科全书（kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析。结果 获得龟甲成分共40个（氨基酸类、脂肪酸类、酯类、甾醇类、其他类）,龟甲-OP疾病交集靶点15个（UGT2B17、PTGS2、SLC22A6、SLC22A10、PTGER2、SRC、COMT、TNF 、ESR1、CYP19A1、ESR2、AR、PGR、ITGB3、FPDS）。龟甲活性化合物关键靶点的KEGG富集分析表明其主要与神经活性配体-受体相互作用、氨酰- tRNA生物合成、谷氨酸能突触等信号通路相关。龟甲抗骨质疏松靶基因GO富集分析表明其主要与对类固醇激素的反应、上皮细胞增殖的调控、脂质定位的调节等相关,KEGG通路富集结果解释15个基因主要与类固醇激素生物合成、甲状腺素信号途径、癌症的途径信号通路相关。结论 龟甲治疗OP的作用机制呈多靶点、多途径的特性,不仅影响骨代谢相关途径,还可影响体内多种代谢途径。     

基于网络药理学研究女贞子-淫羊藿药对活性成分抗骨质疏松的分子机制

目的基于网络药理学探讨女贞子-淫羊藿中活性成分,通过筛选抗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的活性靶点,完成“活性成分-靶点-通路”的图解,阐述女贞子-淫羊藿联合应用的分子调控机制及其配伍的科学性。方法女贞子和淫羊藿的活性成分使用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)进行筛查,采用维恩图对其进行筛查,OP的活性靶点运用疾病靶点数据库进行筛选,将以上数据导入网络可视化软件Cytoscape 3.7.1进行整理,对有效靶点可以使用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结果女贞子、淫羊藿活性成分根据药物相似性(DL)和口服生物利用度(OB)值检索出潜在活性成分共33个,及其相对应的227个潜在作用靶点;检索疾病靶点数据库得出与OP密切相关的靶点190个;KEGG通路富集分析,治疗OP的关键通路主要为破骨细胞分化通路、癌症途径等12条信号通路。结论女贞子-淫羊藿配伍的多成分在治疗OP方面具有多靶点、多通路的中医药特点。     

基于网络药理学和分子对接探讨补肾活血汤“从虚从瘀”治疗骨质疏松症的分子机制

目的采用网络药理学和分子对接技术探索补肾活血汤"从虚从瘀"治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的内在分子机制。方法将补肾活血汤中的药物在TCMSP、Batman-TCM、化学数据库、TCMID数据库和知网上收集相关化学成分及作用靶点,然后对靶点进行基因注释;对Gene Cards和OMIM数据库进行疾病相关靶点检索,获取其对应靶点;然后通过Cytoscape3.7.2软件将药物成分、疾病及靶点的对应关系构建"中药-成分-靶点-疾病"网络可视化,并从String数据库获取交集靶点数据,构建蛋白互作网络;利用R语言软件对基因进行GO和KEGG富集分析;最后对核心化合物及靶点进行分子对接。结果共获取补肾活血汤活性化合物171种,共筛选出11个核心成分,预测出对应靶点166个; OP相关靶点1 335个,两者的交集基因共54个;利用PPI蛋白网络共筛选到13个核心靶点蛋白; GO和KEGG富集分析分别得到279个、63个富集结果;分子对接结果显示补肾活血汤治疗骨质疏松过程中,其核心化合物豆甾醇与MAPK1、PPARG以及β-谷甾醇与PPARG具有良好的结合性能。结论补肾活血汤通过营养支持、免疫调节和抗炎、损伤修复等方面发挥其重要作用,通过网络药理学和分子对接阐释了其"从虚从瘀"治疗骨质疏松的内在分子机制。     

采用网络药理学和分子对接技术探讨“补肾解毒散结方”治疗结直肠癌的潜在分子机制

目的 采用网络药理学与分子对接技术,探讨“补肾解毒散结方”治疗结直肠癌（Colorectal cancer,CRC）的潜在分子作用机制。方法 采用网络药理学与分子对接技术,利用TCMSP、PubChem、Swiss Target Prediction数据库检索“补肾解毒散结方”主要组方生地黄、女贞子、肉苁蓉和山慈菇的活性成分及潜在靶点,通过Genecards、OMIM数据库检索结直肠癌的治疗靶点。利用Venny2.1.0软件构建药物与疾病交集靶点,STRING数据库建立靶点蛋白相互作用关系,Cytoscape3.6.1软件构建“药物-活性成分-靶点”网络。基于Bioconductor数据库运用R语言分析软件对核心靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。通过AutoDockTools-1.5.6等软件预测核心靶点与核心成分的分子对接。结果 “补肾解毒散结方”共有20种活性成分和37个“药物-疾病”交集靶点。GO功能分析得到957条生物学过程、20个细胞组分、76个分子功能,KEGG富集分析得到涉HIF-1、PI3K-Akt、病毒感染、p53、细胞凋亡等102条信号通路,同时,分子对接...     

桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的网络药理学和分子对接研究

目的 运用网络药理学和分子对接的技术,研究桃红四物汤作用于骨质疏松性骨折的潜在作用机制。方法 检索TCMSP,获取桃红四物汤药物的有效成分、潜在靶点,运用GeneCards、OMIM、DrugBank、DisGeNET数据库收集骨质疏松性骨折的相关靶点,获取药物和疾病的交集靶点,并通过Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”可视化网络图,筛选出药物关键成分。将交集靶点上传到STRING数据库,并绘制PPI网络图,筛选核心靶点;并使用Metascape数据库进行交集靶点的GO以及KEGG通路的富集分析。最后运用AutoDock Tools1.5.6和Pymol2.4.1软件,分子对接关键成分与核心靶点。结果 桃红四物汤与骨质疏松性骨折的交集靶点有152个,“药物-成分-靶点-疾病”网络图及PPI提示IL6、JUN、AKT1、MAPK1、TNF可能是桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的关键靶点。GO富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点的生物功能主要涉及炎症免疫、细胞增殖分化、细胞凋亡等方面。KEGG通路富集分析显示,桃红四物汤治疗骨质疏松性骨折的交集靶点主...     

基于网络药理学和分子对接探讨顾步汤治疗糖尿病足作用机制的研究

目的:通过网络药理学和分子对接方法,预测顾步汤治疗糖尿病足(DF)的作用机制.方法:通过TCMSP数据库获取顾步汤各中药有效成分并预测其作用靶点;通过检索TTD数据库和CTD数据库筛选DF的靶点,并将成分靶点与疾病靶点取交集得到关键靶点;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;运用Cytoscape...     

网络药理学在中医药防治骨质疏松症中的应用进展

随着人口老龄化程度的加剧,骨质疏松症已成为全球所面临的重要公共卫生难题。西医针对骨质疏松症的治疗,主要围绕骨吸收与骨形成之间的失衡状态展开,以抑制骨吸收、促进骨形成两大类药物为主,同时配合骨矿化物,具有一定的局限性。立足于整体观念与辨证论治,中医药在骨质疏松症的防治中更具优势,无论是中药复方还是单味药均具有多靶点、多系统的调节作用,但具体的分子学机制尚未明确。随着大数据信息化的快速发展,将网络药理学与生物信息学相结合并运用于中药及复方的研究领域,是分析其潜在活性成分和作用靶点的有效策略。本文就近年来网络药理学应用技术在中医药防治骨质疏松领域取得的研究进展作出综述,阐明中医药防治该病的具体分子机制,以期为后续的实验研究和临床应用提供新的思路和方法。     

基于网络药理学探索仙鹤草治疗肺癌的分子机制

目的 仙鹤草在临床上被广泛应用于治疗肺癌,但其作用机制及靶点尚不明确。本文基于网络药理学的研究思路和细胞实验以初步验证仙鹤草治疗肺癌的作用机制。方法 利用Swiss Target Prediction数据库对仙鹤草的靶点进行预测,从DisGeNET中找到肺癌的致病靶点,药物和疾病的靶点相互映射,得到仙鹤草治疗肺癌的潜在靶点。使用Cytoscape 3.9.1构建“仙鹤草-成分-靶点”网络和蛋白质-蛋白质相互作用网络（protein-protein interaction,PPI）。使用OmicShare平台对交集靶点进行GO和KEGG信号通路富集分析,通过Autodock Vina软件进行分子对接。从上述分析结果中筛选出富集通路及关键靶点进行细胞实验。通过CCK-8法观察不同浓度仙鹤草水提取物对肺癌A549细胞生长的抑制作用,通过Western blot法观察其对关键靶点蛋白表达的影响。结果 分析结果提示共获得20个活性成分以及96个潜在治疗肺癌的靶点,其中5个核心靶点分别是AKT1、SRC、EGFR、CCND1、ESR1。潜在治疗的靶点主要富集在PI3K/AKT及FOXO等信号通路。...     

基于网络药理学的肉桂治疗腰椎间盘突出症分子机制研究

目的:利用网络药理学方法探究肉桂治疗腰椎间盘突出症的分子作用机制及关键靶点.方法:从药物和疾病两个角度出发,通过TCMSP、TCMID数据库收集肉桂化学成分,根据阈值筛选有效活性成分并预测其作用靶点,构建"肉桂活性成分-靶点"网络.GenCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关基因,建立"疾病-靶点"网络,将药...     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗骨质疏松症的分子作用机制

目的 基于系统网络药理学方法探讨当归补血汤治疗骨质疏松(OP)的分子作用机制.方法 通过TCMSP平台筛选当归补血汤主要化学成分、对应靶点及靶标基因,借助GeneCards数据库获取OP已知的相关靶点,将药物靶基因映射到疾病靶基因获得当归补血汤作用于OP的预测靶点;利用Cytoscape 3.5.1软件构建有效活性化合...     

基于网络药理学及生物信息学研究骨碎补-淫羊藿治疗骨质疏松的作用机制

目的 基于网络药理学和生物信息学探讨"骨碎补-淫羊藿"治疗骨质疏松的分子机制,为骨质疏松治疗提供新的靶点.方法 通过TCMSP数据库筛选"骨碎补-淫羊藿"的活性成分,联合UniProt数据库预测其调控靶点,并根据GEO数据库预测治疗骨质疏松的靶点.借助R语言获取治疗骨质疏松的有效靶点,并构建"药物-成分-靶点-通路"网...     

基于网络药理学及分子对接技术探讨夏枯草治疗甲状腺癌的作用机制

目的 运用网络药理学联合分子对接技术分析夏枯草治疗甲状腺癌的分子机制。方法 利用TCMSP数据库预测夏枯草的主要活性成分,并用TCMSP和PubChem数据库获取所有活性成分对应靶点;通过GeneCards及OMIM数据库收集甲状腺治疗甲状腺癌的靶点。利用STRING数据库获取蛋白间的相互作用信息,并通过R语言进行拓扑学分析及可视化。利用R包clusterProfiler对上述取得的药物和疾病的交集靶点进行GO和KEGG pathway分析。利用Cytoscape 3.7.2构建活性成分-靶点-疾病网络,并进行拓扑学分析,得到核心化合物,用分子对接对核心靶点和化合物进行验证。结果 槲皮素、木犀草素、山奈酚、谷甾醇可能是夏枯草治疗甲状腺癌的核心成分,AKTI、VEGFA、CASP3、MYC、JUN、MAPK8、IL6、EGFR、MAPK1、EGF可能是治疗的重要靶点。结论 夏枯草治疗甲状腺癌体现了多成分、多靶点、多通路的特点,为夏枯草有效成分的筛选及进一步研究提供了理论基础。     

淫羊藿治疗糖皮质激素性骨质疏松症分子机制的网络药理学分析

目的 利用网络药理学方法探索淫羊藿治疗糖皮质激素性骨质疏松症(glucocorticoid-induced osteoporosis,GIOP)的分子作用机制.方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿的活性成分及相关靶点;运用GeneCards数据库、OMIM数据库获取GIOP的疾病靶点;通过R...     

基于网络药理学的济生肾气丸治疗骨质疏松症的分子机制研究

目的应用网络药理学分析技术研究济生肾气丸治疗骨质疏松症(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库查询并筛选出济生肾气丸全方共10味中药的活性成分及有效靶点;检索Comparative Toxicogenomics Database (CTD)、Gene Cards、Online Mendelian Inheritance in Man(OMIM)三大疾病靶点数据库查询骨质疏松症相关靶点;利用Venny 2.1统计复方与疾病的交集靶点,并绘制Venn图。利用Cytoscape 3.6软件,绘制活性成分-交集靶点网络图。将交集靶点导入String数据库后获得的数据经Cytoscape的Cyto Hubba插件构建蛋白互作网络图。通过DAVID数据库进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析,并利用R-studio软件进行气泡图绘制。利用Cytoscape绘制核心靶点与KEGG通路的网络图。结果济生肾气丸中共得到63个活性成分,预测出211个相关靶点;经过三大数据库共检索出OP相关靶点3 126个;复方与疾病交集靶点132个。通过Cytoscape构建交集基因蛋白互作网络图与核心靶点-通路网络图,按照连接节点(degree)大小排列显示济生肾气丸主要通过作用于AKT1、MAPK1、IL6、MAPK8、JUN、VEGFA等靶基因及调控肿瘤坏死因子信号通路、白细胞介素17信号通路、AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路等发挥治疗OP的作用。结论济生肾气丸治疗OP具有多成分、多靶点、多系统的特点,其作用机制可能通过抑制破骨细胞的生成、刺激成骨细胞的活性、调节骨代谢平衡、降低炎症反应等途径有关。     

基于网络药理学的三仙汤治疗骨质疏松症作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。