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1.
目的 本研究探讨补阳还五汤治疗高脂血症的物质基础与作用机制。方法 运用TCMSP数据库和STICH数据库收集补阳还五汤化学成分和靶点信息,通过HPO数据库筛选疾病的靶点,然后利用Cytoscape 3.6.1软件对成分靶点和疾病靶点进行网络拓扑学分析,获取补阳还五汤治疗高脂血症的作用靶点,再运用DAVID在线分析工具对作用靶点进行KEGG通路富集及分析,最后构建“补阳还五汤-化学成分-核心靶点-关键通路”的多层次网络关联图。结果 共得到补阳还五汤潜在活性成分107个,药物靶点487个,疾病靶点95个,拓扑分析共得核心靶点113个,主要KEGG通路20条。本研究结果表明,补阳还五汤治疗高脂血症的作用机制可能与CREBBP、TP53和PPARA等靶点及脂肪细胞因子、FoxO、TNF、HIF-1和PI3K-Akt信号通路有关。结论 本研究筛选了补阳还五汤治疗高脂血症的关键靶点和通路,为补阳还五汤用于临床治疗提供了科学依据。 相似文献
2.
目的:采用网络药理学方法探讨补阳还五汤治疗冠心病的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取补阳还五汤的有效成分并预测活性成分所对应的靶标;通过Genecards、OMIM数据库,收集冠心病相关的靶点,并利用Venn图与药物作用靶点取交集,筛选补阳还五汤治疗冠心病的关键靶点。利用STRING平台建立预测靶蛋白之间的相互关系网络,根据联系密切程度筛选出核心靶标。用R语言进行核心靶标的GO生物过程分析和KEGG通路富集分析。结果:收集到补阳还五汤符合筛选条件的活性成分11个,药物与冠心病共同靶点192个,主要作用于AKT1、JUN、MAP激酶(MAPK1、MAPK8、MAPK14)、RELA、APP、白细胞介素(IL-6、CXCL8)、FOS、CTNNB1、ESR1、表皮生长因子受体(EGFR)、PRKCA、血管内皮生长因子A(VEGFA)等多个靶基因,调控流体剪切应力与动脉粥样硬化、PI3K-Akt信号通路、人巨细胞病毒感染、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、Kaposi肉瘤相关疱疹病毒感染、白细胞介素-17信号通路、丙型肝炎、TNF... 相似文献
3.
[目的] 采用网络药理学对补阳还五汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的分子机制进行探讨。[方法] 利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库、化学专业数据库收集补阳还五汤中7味中药的相关化学成分及作用靶点,与Drugbank、GeneCards数据库获得的DPN疾病靶点相映射,得到补阳还五汤治疗DPN的潜在靶点;通过STRING在线数据库得到蛋白互作关系并筛选出关键靶点,进而运用Cytoscape软件构建蛋白相互作用(PPI)网络和"补阳还五汤-活性成分-关键作用靶点"网络;使用R软件对补阳还五汤的关键作用靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,并构建"补阳还五汤-活性成分-靶点-KEGG通路"多维网络图。[结果] 筛选得到补阳还五汤81个活性成分和238个作用靶点,DPN疾病相关靶点4 334个,补阳还五汤治疗DPN的关键靶点124个,槲皮素(quercetin)、β-谷甾醇(beta-sitosterol)、黄芩素(baicalein)等12个成分具有潜在抗DPN活性,其可能作用于丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、SRC、JUN、肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-6(IL-6)等靶点,通过AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等发挥治疗DPN的作用。[结论] 补阳还五汤通过多成分、多靶点、多途径起到干预治疗DPN的作用,为补阳还五汤治疗DPN的基础和临床研究提供新方向。 相似文献
4.
目的采用网络药理学的方法对六味调更汤治疗更年期Ⅱ型糖尿病的分子作用机制进行研究。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),收集六味调更汤的活性成分,搜寻潜在靶点,借助STRING平台构建蛋白互作网络(PPI),使用Cytoscape 3.6.0软件筛选出关键靶点。用DAVID平台对关键靶基因进行GO生物过程富集,分析靶点的KEGG信号通路及相关的疾病富集。利用NCBI平台查找疾病靶标,最后使用Cytoscape 3.6.0软件对成分靶标和疾病靶标进行网络拓扑学分析。结果研究得到齐敦果酸、beta-谷甾醇、檞皮素等206个主要活性成分,其中活性成分度值较高的为β-谷甾醇、山奈酚及槲皮素等39个关键靶标,其与733个更年期Ⅱ型糖尿病靶标交集后得23个交集靶标。通过基因功能富集平台DAVID分析信号通路,得到雌激素信号转导通路(Estrogen signaling pathway)、PI3K-Akt信号通路(PI3K-Akt signaling pathway)等关键通路。结论六味调更汤中的活性成分主要通过CASP8、ESR1、Akt1等靶标作用于PI3K-Akt信号通路和雌激素信号转导通路达到对更年期Ⅱ型糖尿病的治疗作用。 相似文献
5.
目的:运用网络药理学的研究方法,初步探讨补阳还五汤治疗阿尔兹海默症(AD)的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、OMIM、DrugBank、TTD数据库检索和收集AD的相关靶点;利用TCMSP和TCM@TAIWAN数据库检索和筛选补阳还五汤组方药物的活性成分,并通过PharmMapper服务器预测化合物潜在作用靶点;通过与收集的AD靶点比对获得活性成分作用的AD靶点,并利用STRING数据库和Cytoscape软件构建和分析AD靶点的PPI网络图和“组方药物-活性成分-AD靶点”网络图;分别通过DAVID系统、KOBAS 3.0数据库对AD靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:从补阳还五汤中筛选出92个活性成分,其中来自赤芍的芍药内酯苷、4-乙基芍药苷、4-氧-甲基-芍药苷可能是重要的多效活性成分;活性成分经靶点预测和比对后确定33个抗AD靶点,其中CASP3、MAPK14、BCHE、BACE1可能是抗AD的关键靶点。活性成分通过作用上述AD靶点调控MAPK、PI3K/AKT、Rap1、Ras等信号通路,影响蛋白水解、蛋白磷酸化、雌激素应答等生物过程,抑制Aβ的生成,降低神经元炎症反应和神经细胞凋亡,减弱胆碱酯酶活性,进而达到治疗AD的目的。结论:通过网络药理学方法研究补阳还五汤治疗AD的活性成分和作用机制,揭示了补阳还五汤在治疗AD方面具有多成分、多靶点、多途径的优点,为补阳还五汤的后期实验提供新思路。 相似文献
6.
目的 基于网络药理学研究补阳还五汤治疗急性高原低氧性脑损伤的有效活性成分及作用靶点,分析其作用机制。方法 运用TCMSP、Swiss ADME、Swiss Target Prediction数据库筛选补阳还五汤的有效成分及作用靶点;运用OMIM、Gene Cards数据库获取急性高原低氧性脑损伤的疾病靶点,筛出疾病与药物的共同靶点;运用String在线数据库构建疾病与药物蛋白质相互作用图;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“药物-活性成分-靶点-疾病”网络图;运用Metascape在线数据库进行GO分析和KEGG信号通路富集分析。结果 补阳还五汤中发挥治疗急性高原低氧性脑损伤的主要成分是木犀草素、杨梅酮、芒柄花黄素、山奈酚、鞣花酸、毛蕊异黄酮等活性成分,主要靶点是蛋白激酶B1、白介素-6、肿瘤坏死因子、肿瘤蛋白P53、血管内皮生长因子A、白介素-1β、缺氧诱导因子1α等;通路主要富集在磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白激酶B信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路、Janus激酶/信号转导子和转录激活子信号通路等。结论 补阳还五汤治疗急性高原低氧性脑损伤的机制可能是通过调节炎症反应、抗氧化应激... 相似文献
7.
目的运用分子对接技术研究补阳还五汤成分与缺血性脑卒中靶点的相互作用,探索补阳还五汤的有效物质基础及主要作用靶点。方法选取与缺血性脑卒中有关的人体46个关键蛋白靶标,从数据库中筛选204个补阳还五汤活性成分,采用分子对接技术将所获得的活性分子与关键靶点对接,得到TotalScore,同时建立多成分-多靶点网络模型,再运用总量统计矩相似度法分析各靶点与所有靶点总体行为的相似性。结果通过分子对接虚拟筛选补阳还五汤治疗缺血性脑卒中的活性小分子,其中有22个成分与40个或以上蛋白靶点有较好的相互作用,虚拟筛选治疗缺血性脑卒中的主要靶点,其中22个蛋白靶点与80个或以上成分有较好的相互作用。结论基于分子对接的虚拟筛选方法可用来寻找补阳还五汤治疗缺血性脑卒中的活性成分及主要靶点,为进一步深入研究补阳还五汤治疗脑梗死的作用机制提供一定参考。 相似文献
8.
目的 利用网络药理学的方法,建立沙参麦冬汤的活性成分作用靶点通路的网络图,对作用靶点的基因功能和通路进行富集分析,从而探讨沙参麦冬汤治疗干眼的可能作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,通过GeneCards数据库收集干眼靶点,将有效成分靶点与干眼靶点取交集,利用GeneCards数据库和OMIM数据库去重、合并,预测沙参麦冬汤的相关靶标,筛选沙参麦冬汤的活性成分治疗疾病的潜在作用靶标。利用String平台进行蛋白质的相互作用分析,构建并挖掘PPI网络中潜在的蛋白质功能模块。采用Metascape平台分析“药物-成分-疾病-靶点”及其参与的生物过程及通路,而后采用Cytoscape 3.8.2软件构建“沙参麦冬汤成分-干眼靶点-通路”网络。凭借蛋白质相互作用数据库(STRING)创建潜在靶标蛋白的相互作用网络,并找到沙参麦冬汤治疗干眼的关键基因蛋白。使用Metascape对沙参麦冬汤治疗干眼的潜在作用靶标进行生物学功能和代谢通路分析。结果 沙参麦冬汤中共筛选出163种有效活性成分,核心靶点有白蛋白(AL... 相似文献
9.
目的:通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法:利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用(PPI)网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果:茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论:茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。 相似文献
10.
目的基于网络药理学研究升陷汤治疗心力衰竭的作用机制。方法以化合物的口服药物生物利用度(OB)和类药性(DL)为标准,借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)TCM Database、OMIM和Genecards数据库、反向分子对接服务器(DRAR-CPI)筛选并预测升陷汤的活性成分及治疗心力衰竭的作用靶标。借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络,运用Cytoscape软件绘制疾病靶点PPI网络,进一步进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,初步构建升陷汤活性成分-心力衰竭作用靶点网络。结果从升陷汤中共筛选出76个活性成分,197个与心力衰竭相关的作用靶点,包括蛋白激酶(AKT1)、白介素(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)等。经GO和KEGG通路富集分析显示,升陷汤参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、辅酶因子结合、细胞因子结合、酰胺结合、细胞因子活性、类固醇激素受体活性、氧化还原还原酶活性、G蛋白偶联胺受体活性以及炎症反应等多种生物途径,并且抑制肾素血管紧张素系统激活,具有抗氧化能力;参与调控PI3K-Akt(磷脂酰肌醇3羟激酶-蛋白激酶)信号通路、IL-17信号通路、低氧诱导因子(HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。结论升陷汤活性成分能通过多个靶点、多条通路发挥治疗心力衰竭的作用,可能是通过参与调节AKT1、VEGFA基因,干预PI3K-Akt信号通路来实现的。 相似文献
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目的:利用网络药理学方法研究补阳还五汤治疗缺血性脑卒中涉及的重要信号通路和保护神经血管单元的作用机制。方法:使用TCMSP、上海有机所中药与化学成分数据库和相关文献获取并筛选补阳还五汤的活性成分及作用靶点;使用DrugBank数据库、药物靶标数据库(TTD)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和GeneCards数据... 相似文献
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目的:运用网络药理学筛选玉屏风散治疗支气管哮喘的作用靶标及信号通路,为临床治疗提供有力依据。方法:利用TCMSP筛选中药活性成分和有效成分靶点信息。利用Uniprot数据库和Excel找出有效成分靶点信息基因名。在Gene Cards、OMIM、Drugbank数据库搜集疾病相关靶标,采用Venny软件对中药靶点基因与疾病靶点基因取交集,得到Venny交集图。将各个中药靶点基因共同输入Cytoscape软件,得到中药-靶标调控网络。通过String软件构建中药-疾病共同靶标的蛋白互作网络。将中药-疾病共同靶点基因进行GO和KEGG功能富集分析,采用Cytoscape软件做出共同靶点通路。结果:筛选得到玉屏风散治疗支气管哮喘的主要活性成分17个,中药-疾病共同靶点基因114个,推断其作用机制可能与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、癌症途径、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等相关,并且可能起到关键作用。结论:基于网络药理学探讨玉屏风散治疗支气管哮喘的作用机制,有利于临床治疗。 相似文献
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目的:采用网络药理学方法筛选吴茱萸汤的活性成分,预测其治疗偏头痛的潜在作用靶标和信号通路,进一步探究其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)筛选吴茱萸汤的活性成分和候选靶标,利用Gene Cards数据库和OMIM数据库去重、合并,预测吴茱萸汤的相关靶标,筛选吴茱萸汤的活性成分治疗疾病的潜在作用靶标;利用Cytoscape软件创建出“疾病-药物-成分-靶点”网络;凭借蛋白质相互作用数据库(STRING)创建潜在靶标蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用网络,并找到吴茱萸汤治疗偏头痛的关键基因蛋白;使用Metascape对吴茱萸汤治疗偏头痛的潜在作用靶标进行生物学功能和代谢通路分析;利用Auto Tools软件将核心成分和靶点蛋白进行分子对接,并用Pymol软件对结合能最低的分子进行可视化。结果:吴茱萸汤中共筛选出72种有效活性成分,根据靶点预测技术预测出相关靶点201个;偏头痛与吴茱萸汤有106个共同靶点基因;... 相似文献
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《中国民族民间医药杂志》2021,(15)
目的:基于网络药理学方法研究益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库(TCMSP)获取益胃汤药物活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测药物活性成分的潜在靶点,并检索OMIM、Gene Cards两大疾病靶点数据库,然后获得益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点。使用String数据库和Cytoscape3. 2. 1软件构建PPI网络,选出degree值排名前10的作用靶点。通过Metascape平台对益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点进行KEGG通路分析。结果:从益胃汤中得到13个药物活性成分,62个与益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎相关的作用靶点。KEGG通路富集分析结果显示益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制涉及PI3K-Akt信号通路、ERBB信号通路、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药,雌激素信号通路等信号通路。结论:益胃汤通过“多成分-多靶点-多通路”模式对慢性萎缩性胃炎发挥着治疗作用。 相似文献
15.
《中国中医药信息杂志》2020,(8)
目的采用网络药理学方法研究活血荣络方在脑梗死血管新生中的作用及其机制。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集活血荣络方的主要活性成分并进行初步筛选,采用Swiss Target Prediction数据库预测主要活性成分靶点,通过GeneCards数据库预测脑梗死血管新生作用靶点,二者取交集得出共同靶点。采用String数据库及Cytoscape软件Networkanalyzer功能构建共同靶点蛋白相互作用网络。采用DAVID数据库结合Cytoscape软件对共同靶点进行GO及KEGG富集分析。结果收集并筛选出活血荣络方422个活性成分、1028个靶点,脑梗死血管新生169个靶点,共同靶点42个,其中IL6、TNF、AKT1、CASP3相互作用最明显,主要调控氧化应激、细胞凋亡、蛋白磷酸化、内皮细胞及平滑肌细胞增殖等生物过程及HIF-1信号通路、癌症途径、TNF信号通路、能量代谢途径、PI3K-Akt信号通路、m TOR信号通路等。结论活血荣络方在脑梗死血管新生中体现了多成分、多靶点、多途径的作用特点,有助于进一步诠释活血荣络方的药理学作用机制。 相似文献
16.
目的通过网络药理学和蛋白质组学方法探讨加减血癥汤治疗浸润型胃癌的潜在作用机制。方法利用TCMSP检索加减血癥汤有效成分及其作用靶点, 采用高效液相色谱法串联质谱联用(HPLC-MS/MS)法测定浸润型胃癌的靶点, 加减血癥汤预测的靶基因与浸润型胃癌的靶点蛋白质数据进行维恩分析, 获取作用靶基因, 通过STRING获得蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI), 采用Cytoscape软件构建方剂-药物-化合物-基因网络, 通过DAVID数据库对靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果筛选出加减血癥汤中69个有效成分, 215个药物靶点;660个在浸润型胃癌过表达蛋白质, 10个药物靶点和基因靶点的共有靶点。PPI网络包括10个蛋白节点, 其中3个核心节点为CASP3、BCL2L1和STAT1。KEGG富集到11条通路, 包含PI3K-Akt信号通路、p53信号通路、癌症中蛋白聚糖、细胞凋亡、Jak-STAT信号通路等。结论加减血癥汤可能通过PI3K-Akt信号通路、p53信号通路和Jak-STAT信号通路介导凋亡发挥抑制作用。本研究为加减血癥汤治疗浸润型胃癌作用机制的进一步研究提供理... 相似文献
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目的基于网络药理学及分子对接技术探讨前列舒通胶囊治疗慢性前列腺炎(CP)的分子机制。方法通过查询TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss数据库获取前列舒通胶囊的成分及作用靶点,通过Genecards、OMIM、DisGeNET数据库获取治疗CP的作用靶点,利用R软件获取药物和疾病共有靶点基因,利用String平台对共有基因构建蛋白相互作用(PPI)网络,利用R软件对共有基因进行GO及KEGG富集分析。利用Cytoscape软件构建"药物—成分—靶点—通路"网络图。利用PyMoL及AutoDock Vina软件进行分子对接。根据预测结果绘制前列舒通胶囊治疗CP的作用机制图。结果筛选后得到前列舒通胶囊有效成分186个,垂钓靶点277个,作用于CP的有效成分133个,靶点108个。与调节氧化应激反应、凋亡信号通路、脂多糖、活性氧代谢、细菌原始分子等相关,涉及NF-κB、IL-17、PI3K-Akt、MAPK等信号通路。分子对接表明靶标蛋白与药物主要活性成分结合性较好。结论 NF-κB、IL-17、PI3K-Akt及MAPK信号通路可能是前列舒通胶囊治疗CP的主要作用通路。 相似文献
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目的采用网络药理学方法探讨黄芪-当归配伍改善血管内膜增生的药效物质和可能的作用靶点。方法利用TCMSP数据库,获取黄芪-当归的有效成分,利用Pharmmaper数据库搜集活性成分所对应的靶标。通过Genecards、DigSeE和OMIM数据库,收集血管内膜增生相关的靶标,并与药物作用靶标相比较,筛选出共同部分,作为药物成分作用的预测靶标。利用STRING获取预测靶蛋白之间的相互关系,根据相互关系大小筛选出核心靶标。利用Cytoscape 3.6.1软件,绘制"药物-成分-疾病-靶标"网络图、核心靶标相互作用网络图。用R语言进行核心靶标的KEGG通路富集分析和GO生物过程分析。结果收集到黄芪-当归药对的20个活性成分,共得到193个潜在药物作用靶点、487个潜在疾病靶点,主要作用于EGFR、ESR1、ALB、MAPK8、PGR等多个靶标,涉及PI3K-Akt、MAPK、Ras等多条信号通路以发挥抗血管内膜增生的作用。结论基于网络药理学方法,初步探讨了黄芪-当归配伍改善血管内膜增生可能的靶标和信号通路,可为黄芪-当归配伍作用机制的研究提供参考。 相似文献
19.
目的运用网络药理学的方法探讨黄芪治疗肾病综合征(NS)的分子作用机制。方法通过TCMSP数据库和文献挖掘获取黄芪主要活性成分,利用Pharm Mapper服务器、GeneCards和CoolGeN数据库预测和筛选黄芪活性成分的作用靶点。采用String数据库和Cytoscape软件绘制蛋白相互作用网络,通过Systems Dock Web Site对成分与靶点进行分子对接验证。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape软件构建成分-靶点-通路-疾病网络。结果筛选得到黄芪25个活性成分,涉及47个作用靶点。网络分析结果表明,靶点主要涉及氧化应激、足细胞凋亡和脂质代谢等生物过程,通过调节Ras、Rap1、MAPK、PI3K-Akt和AGE-RAGE等信号通路来发挥治疗NS的作用。结论黄芪中黄酮类、皂苷类等活性成分可能是其治疗NS的物质基础,其作用机制涉及抗细胞凋亡、抗氧化应激和调节脂质代谢等。 相似文献
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目的:运用网络药理学预测薤白治疗肺癌有效成分的作用靶点及通路。方法:通过TCMSP数据库获取薤白有效成分及作用靶点,并运用Cytoscape 3. 7. 1软件构建靶点间相互作用网络并进行关联分析,R×64 3. 5. 3软件及相应脚本筛选出薤白治疗肺癌的有效成分及作用靶点,生物信息学技术富集通路及生物过程。结果:预测得到薤白治疗肺癌有效成分11个和有效靶点30个,并推断其作用机制可能与AGE-RAGE、PI3K-Akt等信号通路有关,且JUN、MAPK1、MAPK3等靶点基因可能起着关键性的作用。结论:基于网络药理学探讨了薤白治疗肺癌多成分-多靶点-多通路的作用特点,为进一步开展薤白治疗肺癌作用机制的研究提供了新的思路和方法。 相似文献