基于整合药理学平台的斑蝥治疗结直肠癌的分子机制研究

目前,中医药研究普遍存在整体与局部、宏观与微观、体内过程与活性评价脱节,建立能反映中医药整体特色的研究新策略和新方法,成为中医药现代化的当务之急。整合药理学的提出,为解决中医药研究"碎片化"问题提供了一条切实可行的途径。该研究基于整合药理学平台探讨斑蝥治疗结直肠癌的分子机制,借助整合药理学平台V1.0版本软件的分析功能,构建斑蝥治疗结直肠癌疾病"核心成分-关键靶标-主要通路"多维网络,从多个角度探索斑蝥治疗结直肠癌潜在的分子机制。通过整合药理学平台分析斑蝥治疗结直肠癌的分子机制研究中发现,斑蝥对结直肠癌的干预作用可能与氨基酸代谢、NF-κB信号通路、免疫系统、内分泌系统、神经系统以及趋化因子信号转导通路、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路等有关。     

基于中药整合药理学平台的苓桂术甘汤治疗脂质代谢紊乱作用机制

目前中药方剂是临床上治疗疾病的主要方式,但其只是建立在"药物-疾病"或"药物-证型"的研究之上,对于从微观角度探讨方剂中药物化学成分对疾病靶标、信号通路作用的研究甚少。目的通过探究苓桂术甘汤各中药活性成分与脂质代谢紊乱的相关靶标与信号通路之间的关系,从微观角度阐释苓桂术甘汤治疗脂质代谢紊乱疾病潜在的分子机制。方法该研究借助整合药理学平台v1.0网络分析软件,构建苓桂术甘汤治疗脂质代谢紊乱疾病"中药方剂-中药材-化学成分-核心靶标-关键通路"多维网络。通过基因功能和信号通路的富集分析,从多个角度分析预测苓桂术甘汤各中药成分对疾病靶标、信号通路的作用。结果从分析结果中发现,苓桂术甘汤各中药成分可通过神经系统及相关变性疾病、多种氨基酸代谢、能量代谢等信号通路达到对脂质代谢紊乱的治疗作用。结论苓桂术甘汤治疗脂质代谢紊乱可能与人体能量代谢有较大关联。     

基于网络药理学的安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎作用机制研究

目的基于网络药理学探讨安肠愈疡汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)的作用机制。方法通过中医药整合药理学研究平台构建安肠愈疡汤的潜在靶标与UC疾病靶标之间的相互作用网络。基于GO数据库和KEGG通路数据库进行基因功能和通路富集,采用Cytoscape3.6.1软件构建靶标-信号通路网络、药物活性成分-靶标网络,采用荧光实时定量PCR对网络药理学主要分析结果进行验证。结果分析结果表明,安肠愈疡汤靶点主要关联UC炎症因子及免疫调控,糖类、脂质和氨基酸代谢,能量代谢,神经-内分泌系统调节等;体外实验提示,安肠愈疡汤参与调控GCK、CROT介导的糖脂代谢,GNB1介导的炎症通路,以及ATP1A1、COX7C介导的能量代谢、氧化磷酸化、线粒体电子呼吸链传递等通路。结论安肠愈疡汤治疗UC具有多成分、多靶点的特点,可为进一步研究其作用机制提供依据。     

整合药理学视角下的泻白散治疗小儿肺炎的作用机制研究

目的基于整合药理学视角,探索泻白散治疗小儿肺炎的分子机制。方法利用整合药理学平台的分析功能,创建该方治疗小儿肺炎的"中药-成分-靶标-通路"网络结构,从不同方向研究该方治疗小儿肺炎的分子机制。结果在采用整合药理学平台研究该方治疗小儿肺炎的分子机制中发现,该方对小儿肺炎的干预作用可能与多种化合物相关,涉及多个核心靶标,从关键靶标与作用通路可以看出,涉及PPAR信号通路、能量代谢、炎症介质对TRP通道的调节等多条相关通路等。结论研究的结果部分已经得到基础实验等的证实,但更多的是为进一步系统的研究该方治疗小儿肺炎的基础研究及临床应用提供理论基础及研究方向,筛选出其主要作用成分、作用靶点及信号通路,为进一步研究其物质基础及分子机制提供理论基础。     

含白芷方剂组方规律及核心药对“白芷-川芎”分子机制的研究

该研究先借助中医传承辅助平台,对含白芷方剂的组方规律进行分析,获得核心组合药对"白芷-川芎",并对"白芷-川芎"的临床用药规律进行系统分析,然后运用整合药理学思维对核心组合药对"白芷-川芎"治疗头痛的分子机制进行探讨,旨在发现白芷的配伍规律及其干预头痛的分子机制,为白芷及其组方的后续研究提供理论依据及参考。《中医方剂大词典》共收录含白芷方剂3 887种,涉及中药2 534味,将支持度设置为20%进行分析,共得到常用配伍组合16个,主治疾病15种,白芷常应用于治疗头痛,核心组合"白芷-川芎"在头痛的治疗中亦较为常用,与古籍记载相吻合。在整合药理学平台中建立"白芷-川芎"化学数据库,检索并添加头痛、偏头痛相关疾病靶标,构建"成分-靶标-通路"核心网络图,对"白芷-川芎"治疗头痛的分子机制进行研究。结果发现,"白芷-川芎"核心组合有37个化学成分与头痛治疗密切相关,这些成分可通过调节5-羟色胺,或作用于炎症相关靶标及嘌呤代谢、丙酮酸代谢、脂肪酸降解、碳代谢、糖异生等多条能量代谢有关通路来达到治疗头痛的目的。     

整合药理学视角下丹参治疗冠心病作用机制的研究

丹参在治疗冠心病(coronary atherosclerotic heart disease,CHD)的临床实践中占有重要地位,此研究基于整合药理学视角,探索丹参治疗CHD的作用机制,借助中药整合药理学平台中的分析功能,构建丹参治疗CHD疾病的"中药-成分-靶标-通路"多维网络,从多个角度探索丹参治疗CHD潜在的分子机制。在整合药理学平台分析丹参治疗CHD的分子机制研究中发现,丹参对CHD的干预作用可能与多种化合物相关,主要集中于脂溶性的二萜类成分和水溶性的酚酸成分。从关键靶标与作用通路可以看出,丹参治疗CHD的主要作用于COX7C、COXA1、SDHC、ATP1A1、COX5A基因等,涉及氧化磷酸化、帕金森病、能量代谢、循环系统、内分泌系统、甲状腺激素信号通路、幽门螺杆菌感染中的上皮细胞信号转导、柠檬酸循环等信号通路。研究为丹参治疗CHD的临床应用提供了理论基础及研究方向。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探究黄芪-丹参治疗缺血性脑卒中(IS)的作用机制。方法 通过中医药整合药理学研究平台(TCMIP)V 2.0获取黄芪与丹参的活性成分及靶点,利用GEO数据库检索IS的靶点信息,构建蛋白互作网络(PPI)、成分-靶点网络,筛选黄芪-丹参治疗IS的关键成分和核心靶点,并利用Autodock 4.2软件进行分子对接技术验证,GO和KEGG富集分析预测黄芪-丹参治疗IS的分子机制。结果 共筛选出黄芪-丹参治疗IS的7个核心靶点和6个关键成分。GO生物过程涉及脂质定位、蛋白质丝氨酸/苏氨酸激酶活性调节、脂质转运、急性炎症反应正向调控、脂肪酸转运等,KEGG通路富集主要集中在抗叶酸剂、一碳单位池、脂肪细胞因子信号通路、PPAR信号通路等。分子对接结果提示黄芪-丹参中关键成分与核心靶点存在结合位点。结论 黄芪-丹参中多种活性成分通过调控靶点蛋白,调节叶酸代谢、脂肪代谢、炎症反应等信号通路,发挥了对IS的治疗作用。     

基于数据挖掘和整合药理学对中药桃仁治疗冠心病的分子机制探讨

目前,中医药研究普遍存在整体与局部、宏观与微观、体内过程与活性评价脱节,建立能反映中医药整体特色的研究新策略和新方法,成为中医药现代化的当务之急。基于整合药理学视角,探索桃仁治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(Coronary atherosclerotic heart disease,CHD)的作用机制。测得3个桃仁所含活性化合物成分,通过网络药理学分析模块,以"节点连接度"的2倍中位数为卡值,选取中药靶标-疾病基因互作网络的核心节点;在此基础上,计算"节点连接度""节点紧密度"和"节点介度"等3个拓扑结构特征值,从而筛选出桃仁治疗CHD的核心靶标,膜联蛋白A2;基于基因本体数据库GO和KEGG通路数据库,确定药物靶标基因所编码蛋白质的分子功能、细胞内定位及其所参与的生物学反应和通路。结合富集计算,预测桃仁治疗CHD可能通过内分泌系统、免疫系统、循环系统、信号转导、催乳素信号通路、能量代谢、催乳素信号通路等发挥作用。结论与现有研究结果有一定呼应,探索出的新靶点、新通路,也可为桃仁治疗CHD进一步验证性研究提供理论依据。     

基于网络药理学探讨茵陈蒿汤治疗高脂血症作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨茵陈蒿汤治疗高脂血症的作用机制。方法:使用TCMSP数据库筛选出茵陈蒿汤主要活性成分及作用靶点; 使用Gencards、Drugbank、OMIM数据库筛选高脂血症靶基因,利用韦恩图取交集得到潜在作用靶点; 利用String平台分析靶点蛋白的交互关系; 通过Metascape平台进行GO富集和KEGG富集分析其作用机理; 并利用Cytoscape构建“活性成分-靶点-通路”可视化网络图。结果:共筛选茵陈蒿汤17个有效成分,57个调治高脂血症潜在靶点; PPI网络中Degree值前3名的核心靶点分别为IL-6、AKT1、TNF; GO与KEGG富集主要通过细胞对活性氧代谢、脂质反应、对脂多糖反应等过程及AGE-RAGE、流体剪切应力与动脉粥样硬化、HIF-1等信号通路发挥其生物效应,体现了茵陈蒿汤多成分、多靶点、多通路调治高脂血症的特点。结论:茵陈蒿汤通过抑制脂肪生成、代谢,促进胆固醇排泄,抗氧化,调节炎症反应血管重塑等发挥调节血脂的作用。     

基于数据挖掘的芍药治疗心系疾病“成分-靶标-通路”分析

该文在总结芍药在心系疾病应用的文献记载和现代应用的基础上,通过中药整合药理学计算平台对其药物与疾病的作用靶点进行预测,进而阐述芍药治疗心系疾病的分子机制,为芍药后续研究提供理论依据与方法参考。古籍有载芍药具有"除血痹,破坚积,止痛,利小便,利营气"等功效,多次被用于治疗心系疾病,有些组方流传至今仍被医者青睐;随着科学发展,芍药治疗心系疾病真正发挥作用的化学成分和这些成分与机体之间的相互关系成为研究热点。为了进一步揭示芍药治疗此类疾病的药效物质基础及其分子机制,借助整合药理学平台分析得到芍药治疗心系疾病的多个靶标以及通路。其中药物和疾病的共性靶标ATP1A1与能量相关、HDAC2与心肌肥厚相关,主要的药物靶标GCK,CHUK,PRKAA2间接调控心血管疾病;得到的多个疾病通路,通过影响能量代谢、酶活性和基因表达等途径干预冠心病、心肌缺血、心肌肥大等多种疾病。综上所述芍药既能通过直接作用心肌细胞调控其基因表达,保护心脏;又可以干预其他疾病通路间接影响心功能,发挥治疗作用。该文对芍药治疗心系疾病的分子机制探讨在计算机预测分析水平,具体作用机制需进一步实验验证。     

基于整合药理学平台探究参苓白术散治疗2型糖尿病的物质基础和作用机制

目的:探究参苓白术散治疗2型糖尿病的"成分-靶点-疾病"相关关系。方法:利用中药整合药理学计算平台搜索参苓白术散中所有药物相关的活性成分及潜在靶点,并搜索2型糖尿病疾病靶标,二者进行富集分析。结果:参苓白术散有499个药物化学成分,药物之间可能有较强的协同作用,经过基因本体数据库和京都基因与基因组百科全书数据库富集结果显示,其化学成分对应的关键靶点定位于细胞质、线粒体、髓鞘等,参与调控腺嘌呤核苷三磷酸结合、蛋白激酶活性等1 481个生物过程、基因功能,并参与嘌呤代谢、核苷酸代谢、神经系统等179个相关通路来治疗2型糖尿病。结论:本研究通过中药整合药理学平台筛选出了参苓白术散的化学成分,并预测出其治疗2型糖尿病的作用靶点和相关通路,可能与糖脂代谢、能量代谢等密切相关,为阐明其抗2型糖尿病的分子机制奠定基础,对深入挖掘和开发经典名方参苓白术散具有重要意义。     

含白芷方剂组方规律及核心药对“白芷-川芎”分子机制的研究北大核心CSCD

该研究先借助中医传承辅助平台,对含白芷方剂的组方规律进行分析,获得核心组合药对＂白芷-川芎＂,并对＂白芷-川芎＂的临床用药规律进行系统分析,然后运用整合药理学思维对核心组合药对＂白芷-川芎＂治疗头痛的分子机制进行探讨,旨在发现白芷的配伍规律及其干预头痛的分子机制,为白芷及其组方的后续研究提供理论依据及参考。《中医方剂大词典》共收录含白芷方剂3 887种,涉及中药2 534味,将支持度设置为20%进行分析,共得到常用配伍组合16个,主治疾病15种,白芷常应用于治疗头痛,核心组合＂白芷-川芎＂在头痛的治疗中亦较为常用,与古籍记载相吻合。在整合药理学平台中建立＂白芷-川芎＂化学数据库,检索并添加头痛、偏头痛相关疾病靶标,构建＂成分-靶标-通路＂核心网络图,对＂白芷-川芎＂治疗头痛的分子机制进行研究。结果发现,＂白芷-川芎＂核心组合有37个化学成分与头痛治疗密切相关,这些成分可通过调节5-羟色胺,或作用于炎症相关靶标及嘌呤代谢、丙酮酸代谢、脂肪酸降解、碳代谢、糖异生等多条能量代谢有关通路来达到治疗头痛的目的。     

基于中药整合药理学平台的芪参益气方对心肌保护的作用机制研究

芪参益气滴丸广泛应用于临床冠心病的治疗并取得了很好的疗效,尤其是其对心肌的保护作用,受到了临床工作者的重视。由于中成药组方的复杂性,其保护心肌的药理学机制尚未得到阐释。借助中药整合药理学平台,对芪参益气方中药成分对心肌保护的分子机制进行研究。结果显示,通过TCMIP相关数据库,收集黄芪、丹参、三七、降香化学成分个数分别为29、96、95、34个,共预测出他们的作用潜在靶标依次是230个、224个、358个、138个。芪参益气方药物靶标与疾病靶标基因功能分析和通路富集中,对心肌保护的干预作用可能与线粒体、线粒体电子传递、ATP生物合成和内分泌代谢、能量代谢、脂质代谢、抗细胞凋亡、抑制炎症损伤等多个代谢通路有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接探讨茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP、Uniprot数据库收集茵陈蒿汤活性成分及对应靶点;使用GeneCards和OMIM数据库收集慢加急性肝衰竭相关靶点,并筛选药物与疾病交集靶点;运用STRING数据库获得蛋白质相互作用（PPI）网络,Cytoscape 3.9.1软件构建“中药-活性成分-靶点”网络,利用Metascape数据库进行GO生物功能和KEGG通路富集分析;借助AutoDock等软件进行分子对接验证。结果：茵陈蒿汤治疗ACLF的核心活性成分包括槲皮素、异鼠李素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇等,核心靶点有AKT1、MAPK、TNF、IL-6等。KEGG分析主要涉及AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和TNF信号通路等188条信号通路。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有良好的结合活性。结论：茵陈蒿汤治疗慢加急性肝衰竭具有多成分、多靶点、多通路的综合优势和特点。     

基于中药整合药理学平台的泽泻汤治疗高血压作用机制研究

目的:利用中药整合药理学探讨经典名方泽泻汤治疗高血压的分子机制。方法:借助整合药理学平台V1.0版软件的分析功能,构建经典名方泽泻汤治疗高血压的多维网络,探索泽泻汤治疗高血压潜在的分子机制。结果:泽泻汤对高血压的干预作用可能与神经系统、循环系统、神经退行性疾病、内分泌系统、神经营养因子信号通路等有关。结论:该研究为经典名方泽泻汤治疗高血压的作用机制提供了理论依据。     

小柴胡汤治疗肝炎时出现肝损伤的“效-毒”作用网络分析与机制预测

目的运用网络药理学研究模式,基于小柴胡汤治疗肝炎过程中造成药物性肝损的临床不良反应伤(ADR)信息挖掘,探讨小柴胡汤治疗肝炎时产生肝损伤的"效-毒"作用靶点、通路和机制。方法以小柴胡汤为研究对象,借助整合药理学平台构建"效-毒"作用网络,预测分析其关键靶点和通路,应用Cytoscape软件对关键靶标所参与的通路整理分析,得到"效-毒"共同参与的通路及作用机制。结果小柴胡汤治疗肝炎时产生肝损伤的"效-毒"作用分析得出,在度值排名前100的候选靶标中共同靶标有HADHA、HADH、NSDHL、ADH1A、ALDH3A2、GCK等40个,小柴胡汤中共同参与"效-毒"作用的化学成分包括柴胡27个、人参74个、半夏13个、生姜8个、甘草32个、大枣39个、黄芩33个,共226个成分,共同作用于内分泌系统、神经系统、雌激素信号通路、趋化因子信号通路、内分泌和代谢疾病、非酒精性脂肪肝病(NAFLD)、神经退行性疾病7条通路参与"效-毒"过程。结论小柴胡汤治疗肝炎时产生肝损伤的"效-毒"作用可能与Ras/Raf/MEK/ERK、NF-κB、PI3K/AKT信号传导途径密切相关,通过调控细胞增殖、细胞凋亡、调控炎症因子的表达发挥作用。     

基于网络药理学的茵陈蒿汤“异病同治”研究

目的：采用网络药理学的方法,预测茵陈蒿汤的药物活性成分、效应靶点及潜在疾病,探讨该方治疗不同疾病湿热证“ 异病同治”的分子机制。方法：通过TCMSP、TCM Database@Taiwan、DrugBank等多个数掘库,查找茵陈蒿汤中药物的成分、靶点和相关疾病信息,运用Cytoscape软件构建中药成分-靶点-疾病网络模型,并分析网络的拓扑结构,通过DAVID网站对茵陈蒿汤作用的生物学过程和KEGG通路进行富集分析。结果：共查找到茵陈蒿汤中大黄、栀子和茵陈三味药的272种化学成分,口服生物利用度（OB）≥30%和类药性指数（DL）≥0.18,并能够找到对应靶点的活性成分有33种,对应216个靶点蛋白与308种疾病,大于节点平均度的有81种疾病。与茵陈蒿汤相关的前三个生物学过程为对有机物质的反应、对细胞增殖的调节和对细胞凋亡的调控。显著富集的前三个KEGG通路为癌症通路、前列腺癌及胰腺癌。结论：本文基于网络药理学分析方法对茵陈蒿汤有了整体性的认识,有助于阐明茵陈蒿汤的组效关系,揭示其对于湿热证异病同治的作用机制,以及发现新的潜在临床适应症。     

基于数据挖掘的芍药治疗心系疾病“成分-靶标-通路”分析北大核心CSCD

该文在总结芍药在心系疾病应用的文献记载和现代应用的基础上,通过中药整合药理学计算平台对其药物与疾病的作用靶点进行预测,进而阐述芍药治疗心系疾病的分子机制,为芍药后续研究提供理论依据与方法参考。古籍有载芍药具有＂除血痹,破坚积,止痛,利小便,利营气＂等功效,多次被用于治疗心系疾病,有些组方流传至今仍被医者青睐;随着科学发展,芍药治疗心系疾病真正发挥作用的化学成分和这些成分与机体之间的相互关系成为研究热点。为了进一步揭示芍药治疗此类疾病的药效物质基础及其分子机制,借助整合药理学平台分析得到芍药治疗心系疾病的多个靶标以及通路。其中药物和疾病的共性靶标ATP1A1与能量相关、HDAC2与心肌肥厚相关,主要的药物靶标GCK,CHUK,PRKAA2间接调控心血管疾病;得到的多个疾病通路,通过影响能量代谢、酶活性和基因表达等途径干预冠心病、心肌缺血、心肌肥大等多种疾病。综上所述芍药既能通过直接作用心肌细胞调控其基因表达,保护心脏;又可以干预其他疾病通路间接影响心功能,发挥治疗作用。该文对芍药治疗心系疾病的分子机制探讨在计算机预测分析水平,具体作用机制需进一步实验验证。     

吴萍,张震,何益锋,彭学清,刘义钊,张涛,周覃,郭爱枝

目的:利用中药整合药理学探讨经典名方泽泻汤治疗高血压的分子机制。方法:借助整合药理学平台V1.0版软件的分析功能,构建经典名方泽泻汤治疗高血压的多维网络,探索泽泻汤治疗高血压潜在的分子机制。结果:泽泻汤对高血压的干预作用可能与神经系统、循环系统、神经退行性疾病、内分泌系统、神经营养因子信号通路等有关。结论:该研究为经典名方泽泻汤治疗高血压的作用机制提供了理论依据。     

基于UPLC-Q-TOF-MS技术和整合药理学方法探索吴茱萸经皮成分及其治疗腹泻的分子机制

目的:采用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间质谱法(UPLC-Q-TOF-MS)鉴定吴茱萸的透皮成分,并运用整合药理学方法揭示吴茱萸经皮治疗腹泻的分子机制。方法:综合对照品比对,UNIFI系统解析和质谱裂解规律研究等方法,实现对吴茱萸透皮成分的快速鉴定。在此基础上,借助中医药整合药理学研究平台v2.0(TCMIP v2.0),SymMap,DisGeNET及相关文献,获取吴茱萸透皮成分的潜在作用靶标和腹泻相关疾病靶标。对疾病和药物靶标集进行拓扑分析以获得核心靶标,利用基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)数据库获得核心靶标的富集功能和通路,构建"透皮成分-核心靶标-关键通路"网络图。结果:从吴茱萸70%乙醇提取稠膏的透皮接受液中鉴定出包括喹诺酮类生物碱、柠檬苦素类、吲哚类生物碱、有机酸类和甾醇在内的19个化学成分。对药物和疾病靶标集进行拓扑分析获得174个吴茱萸经皮治疗腹泻的核心靶标,通过KEGG富集获得炎症反应、细胞增殖、信号转导、细菌感染、营养物质调节和能量代谢等信号通路。结论:吴茱萸的透皮成分通过作用于Rac家族蛋白、磷脂酰肌醇3-激酶、细胞色素P450酶和醛酮还原酶来参与肠道炎症调节,维护肠道黏膜的完整性,并通过修复和调整机体代谢发挥止泻作用,初步阐明了吴茱萸经皮治疗腹泻的分子机制。