2009年新型甲型H1N1流感病毒全基因组序列重组分析

目的:分析2009年流行的新型甲型流感病毒（A/H1N1）全序列的基因重组现象。方法:从NCBI基因数据库下载2009年新型甲型流感病毒（A/H1N1）全基因组序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA 4.0）软件对8条基因序列进行拼接和比对,分析2009年爆发株与历史流行株序列间的同源性;同时采用Simplot 3.5.1软件分析新型流感病毒A/H1N1基因重组现象。结果:2009年3月以来爆发的新型A/H1N1病毒株聚合酶B1(polymerase B1,PB1)基因来自于人H3N2,其同源性为93.7%;聚合酶B2 (polymerase B2,PB2)和聚合酶A (polymerase A,PA)与禽H5N1同源性较高,同源性分别为89.0%、89.9%;血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)和非结构蛋白(non-structural protein,NS)与北美地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为91.7%、93.1%和93.1%;神经氨酸酶(neuraminidase,NA)和基质蛋白(matrix protein,MP)与欧洲地区猪H1N1同源性较高,同源性分别为90.5%、95.5%。全基因序列同源性分析发现2009年新型A/H1N1病毒与北美地区猪H1N1病毒同源性最高,为83.9%。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒可能是人H3N2、北美地区猪H1N1、欧洲地区猪H1N1、禽H5N1的基因重排病毒。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶编码基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型流感病毒(A/H1N1)聚合酶PA、PB1和PB2编码基因的进化规律。方法:从NCBI流感病毒基因数据库下载2009年新型甲型H1N1流行株的PA、PB1和PB2聚合酶编码基因序列以及人、猪和禽流感病毒相应的参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件比对和修剪此次流行株的代表序列及所有参考株序列并构建系统树,再比对和修剪此次流行株的代表序列及人A/H1N1病毒各年代(1918~2008年)参考序列并构建系统树,同时比对此次流行株的代表序列及人A/H1N1各年代(1918~2008年)参考序列编码PB2蛋白的氨基酸序列。结果:不同地区分离的2009年新型甲型H1N1流感病毒的聚合酶PA、PB1和PB2编码基因均具有高度同源性,并聚集在一个独特的进化支上,与猪流感病毒对应基因接近。三者均与2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒基因(A/Iowa/CEID23/2005/H1N1)具有高度的相似性。2009年新型甲型H1N1流感病毒、2005年美国爱荷华州流行的H1N1 (DQ889682)病毒PB2蛋白第627位氨基酸与禽类流感病毒相同,均为谷氨酸,而与其他人A/H1N1 (1918~2008年)病毒的赖氨酸不同。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒聚合酶基因可能来源于2005年美国爱荷华州分离的人A/H1N1病毒,禽流感病毒可能参与了聚合酶基因的重排过程。     

广东人H5N1毒株PB2基因进化和特性

目的:通过对人禽流感H5N1毒株PB2基因序列的变异分析,揭示毒株PB2基因特征与进化.方法:检测广东地区人禽流感H5N1毒株PB2基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株PB2基因序列,采用DNAStar5.0软件对检索的人禽流感H5N1毒株PB2基因核苷酸序列进行比对和分析;并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析.结果:1997/2006 48株毒株PB2基因核苷酸序列同源性分成两组,1997/1998毒株为第一组(G1),2003/2006毒株为第二组(G2).PB2基因错义置换导致101个氨基酸位点变异,占比例13.3%(101/759).PB2基因Ks值为39.4×10-6～63.4×10-6 Nt/d,Ka值为3.36×10-6～5.11×10-6 Nt/d;提示PB2基因进化主要受到自发突变影响.2003/2006毒株(包括毒株GD-01-06)仅保留一个糖基化位点(NPT301-303),丢失3个糖基化位点,可能影响蛋白致病性和抗原性.结论:目前PB2基因进化分成两组,主要受到除自发突变影响;PB2基因丢失3个糖基化位点可能影响蛋白致病性.人禽流感H5N1毒株PB2基因在自然界变异非常频繁,不断变异将影响H5N1毒株在人-人传播能力和引发大流行.     

青岛市7株柯萨奇病毒A4型分离株全基因特征分析

目的 了解7株青岛市CVA4病毒株的全基因组特征,探讨CVA4毒株的基因变异进化特征。方法 对人恶性胚胎横纹肌瘤细胞(human malignant embryonal rhabdomyoma cell, RD cell)培养分离得到的7株来源于青岛市手足口病普通病例的CVA4毒株进行全基因组序列扩增,应用BioEdit7.09、DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot序列分析软件对扩增产物进行拼接比对测序,并与从GenBank中选取的5株中国CVA4毒株进行比对。结果 7株青岛CVA4毒株基因组核苷酸数目为7 344～7 395 bp,与原型株AY421762.1HIGH POINT比较,在编码区无碱基插入和缺失。对7株毒株进行两两同源比对,结果显示7株青岛CVA4毒株全基因组序列核苷酸一致性为87.44%～97.79%,氨基酸同源性为97.17%～99.09%。基因重组分析结果显示,15FG936株与A2/P373/2013/China株存在基因重组,15FG1059株与CV-A6/40428/TKM/2011株存在基因重组,其他5株CVA4毒株未发现明显的重组。结论 ...     

人禽流感H5N1毒株PB1基因突变分析

目的 通过对人禽流感H5N1毒株PB1基因序列的变异分析,揭示毒株PB1基因的特征与进化.方法 检测广东地区人禽流感H5N1毒株PB1基因核苷酸序列,同时检索全球人禽流感H5N1毒株PB1基因序列,采用DNA Star Lasergene软件对检索的人禽流感H5N1毒株PB1基因核苷酸序列进行比对和分析,并结合流行病学资料对变异毒株进行进化速度分析.结果 将50株毒株PB1基因核苷酸序列按同源性分成两组:1997-1998年毒株为第1组(G1),2003-2006年毒株为第2组(G2).PB1基因74个氨基酸发生位点置换,占9.78%(74/757).PB1基因Ks值为26.1×10-6～39.8×10-6Nt/d,Ka值为3.91×10-6～5.59×10-6 Nt/d,检验结果显示,基因进化受到负选择性压力.2003-2006年毒株(G2)丢失G757,引起氨基酸结构改变;同时糖基化位点也较1997-1998年毒株减少了1个糖基化位点NES382-384.结论 目前PB1基因进化分成两组,自发突变作用影响PB1基因进化;PB1基因与PB2基因的进化途径在时间特征和区域特征方面类似.2003-2006年毒株PB1基因氨基酸结构和糖基化位点均有改变.     

全基因组测序用于宁夏羊种3型布鲁氏菌毒力基因筛选的研究

目的 从3株布鲁氏菌分离株的全基因组序列中筛选出可能导致脑损害的关键毒力基因,为后续筛选布鲁氏菌致脑损害毒力基因的研究奠定基础.方法 通过BCSP31PCR、传统生化实验对3株分离于布鲁氏菌病患者外周血中的布鲁氏菌进行鉴定分型.利用Illumina Hiseq2000平台对3株布鲁氏菌进行全基因组测序与比较基因组学分析,根据文献报道分析筛选出布鲁氏菌的经典毒力基因,通过检索NCBI核酸数据库查找出所选毒力基因的参考序列,利用所选参考序列分别与3株布鲁氏菌全基因组序列做BLAT比对分析.结果 3株布鲁氏菌经BCSP31PCR、传统生化实验鉴定为羊种3型;比较基因组分析显示3株布鲁氏菌与标准株参考序列的同源性比例均达到99.02％.BLAT比对分析发现所选毒力基因wbkA、pgm、hemolysin、hemolysin Ⅲ和Omp25在这3株布鲁氏菌全基因组序列中的比对分数均达到99％以上.结论 本研究所选取的3株羊种3型布鲁氏菌的全基因组中存在经典的毒力基因序列.     

两株人H7N9禽流感病毒的全基因组测序及分子特征分析

【目的】对两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的人H7N9禽流感病毒进行全基因组测序,研究其来源、基因组特征以及相互间的分子差异,旨在了解毒株的遗传进化特征与其致病性及其所致疾病临床类型的关系,为进一步阐明H7N9禽流感病毒的致病机制提供科学依据。【方法】选取两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的H7N9禽流感病毒进行全基因组序列测定;运用生物信息学软件比较分析两株病毒的遗传进化关系、基因组特征、受体结合位点、宿主特异性位点及致病相关位点等重要分子特征;从禽流感共享数据(GISAID)下载2013年至2014年10月轻症和重症病例的病毒分离株序列,分析致病相关关键位点差异,并分析这些变异与其致病性及所致疾病临床类型的关系。【结果】这两株H7N9禽流感病毒的HA、NA和M基因来源于2013年华东地区流行的H7N9禽流感病毒,NP、NS、PA、PB1和PB2基因来源于2013年在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒;H7N9禽流感病毒PA蛋白L336M和PB1蛋白I368V的突变率随流行时间的延长而逐渐上升,并存在地区差异;两株病毒各基因核苷酸同源性达到99.2%以上,氨基酸同源性在99.5%以上,但各基因节段存在个别氨基酸的差异,其中HA受体结合位点存在一个关键氨基酸的差异(226L和226 Q),宿主特异性位点存在两个关键氨基酸的差异(PB2-591L和PB2-591Q,PB2-627E和PB2-627K),毒力位点存在两个关键氨基酸差异(PA-353R和PA-353K,PB2-627E和PB2-627K);M2均发生了S31N突变;潜在糖基化位点均相对保守;2013年至2014年10月报道的重症病例病毒分离株PB2蛋白E627K突变率高于轻症病例分离株。【结论】两株来自不同临床类型的H7N9禽流感病毒是一种新的重组病毒,是由华东地区流行的人H7N9禽流感病毒和在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒基因重组而来;H7N9禽流感病毒的某些致病相关的关键氨基酸位点在流行的过程中不断发生变异,必须密切监测毒株的变异动向;两株致病力不同的病毒各基因节段虽然同源性较高,但存在关键氨基酸位点的差异,其中PB2蛋白627位氨基酸位点的差异可能对病毒的致病性起重要作用,与所致疾病临床类型相关。     

流感病毒A/FM/47(H1N1)血凝素基因克隆、序列分析

目的对流感病毒A/Font Monmouth/47(H1N1)血凝素基因进行变异分析。方法用SPF鸡胚增殖毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术扩增该病毒株的HA基因,并克隆到pMD18-T载体上,测定HA基因核苷酸序列。结果该毒株的HA基因全长为1677bp,含有完整的阅读框架,编码545个氨基酸;BLAST序列比对结果显示,该毒株HA基因与其他H1基因核苷酸的同源性为98%。结论该毒株HA核苷酸序列发生了变异,出现多处碱基替换,可能是病毒毒力增强的原因。     

PB2 E627K对A/H6N1亚型禽流感病毒的致病性的影响分析

目的 本研究利用A/H6N1亚型禽流感病毒的反向遗传平台,评估PB2 E627K对A/H6N1亚型禽流感病毒的致病性,探究A/H6N1流感病毒的致病性分子基础。方法 通过A/H6N1亚型禽流感病毒A/Mallard/SanJiang/275/2007株反向遗传操作系统和点突变技术拯救病毒rA/H6N1和PB2 E627K位点发生突变的 rA/H6N1-627,两株拯救病毒分别以101EID50~106EID50的攻毒剂量人工感染BALB/c小鼠,通过体重变化、死亡率、病毒滴定等方面进行致病性分析。结果 成功构建A/H6N1亚型禽流感病毒的反向遗传平台,rA/H6N1的8个基因片段完全源于A/H6N1的基因组,核苷酸序列及生物学特性与A/H6N1完全一致。rA/H6N1能够人工感染BALB/c小鼠,但不致死,对BALB/c小鼠呈现低致病性(MLD50>106.5EID50),病毒在小鼠体内的分布情况及各个脏器中的病毒滴度与A/H6N1保持一致; rA/H6N1-627能感染小鼠,引起小鼠体重下降,但不能引起所有106EID50组小鼠死亡,病毒能在小鼠的肺脏和脑部进行增殖。结论 实验结果表明,在H5N1禽流感中发挥重要作用的PB2-E627K位点并非A/H6N1流感病毒的毒力决定因子。A/H6N1流感病毒致病性的分子基础还有待继续研究,该反向遗传操作系统和点突变技术的建立为研究该亚型流感病毒致病机制、传播机制及病毒基因功能奠定了基础,同时也为A/H6N1亚型禽流感病毒新型疫苗的研制开辟了新途径。     

A(H1N1)甲型流感病毒基因多态性对病毒复制及毒力的影响研究

目的研究A(H1N1)甲型流感病毒基因多态性对病毒复制及毒力的影响。方法选择A/Californ ia/04/2009,A/S ichuan/1/2009和A/Be ijing/3/2009 3株病毒,分别感染MDCK细胞,测定病毒RNA载量和病毒效价;同时滴鼻接种BALB/c小鼠,检测小鼠感染后的多项指标,观察期为14天。另一方面,对3株病毒的全基因组进行测序及序列比对,对其基因突变情况及多态性进行分析。结果 A/S ichuan/1/2009株相较而言具有较高的复制能力及毒力,序列分析结果显示全基因中有5个氨基酸发生了突变,其中PA蛋白中343位点的A突变为T,PB1蛋白中353位点的K突变为R,566位点的T突变为A,PB2蛋白中471位点的T突变为M,对病毒毒力的增强起重要作用。结论 A(H1N1)甲型流感病毒基因组多态性与其复制及毒力密切相关。     

微阵列数据处理平台设计与实现

摘要：目的研制一个基于高性能计算机和Linux下运行的采用B/S模式的微阵列数据处理平台。方法构建以Apache服
务器为平台的WEB服务器,采用Perl语言编程,整合R语言与Bioconductor中的微阵列数据分析软件包,满足寡核苷酸微
阵列和双色点样微阵列实验数据的处理和分析,用户可在网页上提交数据和设置参数,结果通过网页以图形化的方式返
回。结果该平台可处理寡核苷酸微阵列和双色点样微阵列的数据,实现了数据质量评估、预处理、注释、统计分析等功
能,操作简单,分析速度快。运用本平台处理了结核杆菌不同临床分型的人类巨噬细胞寡核苷酸微阵列数据,即潜伏期、
结核病、结核性脑膜炎,为识别结核杆菌的敏感基因提供了线索。利用本平台还分析不同条件下用异烟肼处理结核分支
杆菌的效果,例如低氧条件和敲除katG基因的条件所获得的相关cDNA微阵列数据,发现用异烟肼处理的对数生长期调
节的基因将不会在休眠期模型中被差异调节;并且在休眠期,被差异调节的基因总数将减少。结论该平台功能资源整合
较全面,克服了当前微阵列数据分析软件或工具包在操作使用方面的不足,应用界面友好,结果显示直观,为生物学家开
展微阵列数据分析提供了方便。针对结核分支杆菌的案例研究验证了平台的有效性。
     

基于ORACLE数据库的军队干部个性化疗养路径网站

目的设计个性化疗养路径网络使不同年龄、不同疾病、不同疗养需求的军队干部得到个性化疗养服务。方法基于Oracle数据库,采用B／S架构（浏览器,服务器模式）和JSP技术进行动态页面设计;采用TomcatN务器设置Web平台。结果系统自动生成了个性化疗养路径。结论个性化疗养路径的应用优化了疗养流程,提高了疗养院的服务水平。     

基于B/S结构的医学影像3D电子书签系统设计与实现

目的：提出一种结合VTK工具包和Web网络技术的在线医学影像三维书签系统架构方案,辅助临床影像诊断。方法：首先,以服务器为中心的非对称处理模式,将图像渲染工作交由专业服务器完成并投影二维图交由客户端下载显示,实现客户端无特殊硬件支持的“伪3D”交互;然后,建立基于JSON结构的用户操作事件存储模型,记录、追踪操作事件;最终,引入AJAX技术,实现客户端网页与服务器间的即时通讯和无闪烁同步。结果：建立一套纯净网页的医学影像三维书签系统,在家庭网络环境下,具备三维可视化观察、“书签”记录和历史回放的功能,客户端无需安装任意软件和特定硬件支持,并可在个人电脑、平板电脑和智能手机终端的任意操作系统版本下使用。结论：在提高临床辅助诊断效率和降低成本方面有一定帮助,可应用于远程医疗和区域医疗的影像子模块。     

静脉功能不全专题学习网站的开发设计和技术实现

目的:探讨设计和构建静脉功能不全专题学习网站的方法并分析其与现代外科学教育的关系.方法:静脉功能不全专题学习网站通过素材准备阶段、专题资源库的建设和和创作平台的制作而形成.结果:所开发的静脉功能不全专题学习网站具有教学、学习和发布的功能.结论:创建静脉功能不全专题学习网站是可行的,也是对现代外科学教育的一种有益补充.     

Development of a Smart Mobile Data Module for Fetal Monitoring in E-Healthcare

The fetal heart rate (FHR) is a marker of fetal well-being in utero (when monitoring maternal and/or fetal pathologies) and during labor. Here, we developed a smart mobile data module for the remote acquisition and transmission (via a Wi-Fi or 4G connection) of FHR recordings, together with a web-based viewer for displaying the FHR datasets on a computer, smartphone or tablet. In order to define the features required by users, we modelled the fetal monitoring procedure (in home and hospital settings) via semi-structured interviews with midwives and obstetricians. Using this information, we developed a mobile data transfer module based on a Raspberry Pi. When connected to a standalone fetal monitor, the module acquires the FHR signal and sends it (via a Wi-Fi or a 3G/4G mobile internet connection) to a secure server within our hospital information system. The archived, digitized signal data are linked to the patient’s electronic medical records. An HTML5/JavaScript web viewer converts the digitized FHR data into easily readable and interpretable graphs for viewing on a computer (running Windows, Linux or MacOS) or a mobile device (running Android, iOS or Windows Phone OS). The data can be viewed in real time or offline. The application includes tools required for correct interpretation of the data (signal loss calculation, scale adjustment, and precise measurements of the signal’s characteristics). We performed a proof-of-concept case study of the transmission, reception and visualization of FHR data for a pregnant woman at 30 weeks of amenorrhea. She was hospitalized in the pregnancy assessment unit and FHR data were acquired three times a day with a Philips Avalon® FM30 fetal monitor. The prototype (Raspberry Pi) was connected to the fetal monitor’s RS232 port. The emission and reception of prerecorded signals were tested and the web server correctly received the signals, and the FHR recording was visualized in real time on a computer, a tablet and smartphones (running Android and iOS) via the web viewer. This process did not perturb the hospital’s computer network. There was no data delay or loss during a 60-min test. The web viewer was tested successfully in the various usage situations. The system was as user-friendly as expected, and enabled rapid, secure archiving. We have developed a system for the acquisition, transmission, recording and visualization of RCF data. Healthcare professionals can view the FHR data remotely on their computer, tablet or smartphone. Integration of FHR data into a hospital information system enables optimal, secure, long-term data archiving.     

B/S架构下基于JSP技术的病人信息查询系统设计

目前,医院信息查询系统广泛采用C/S架构实现,部署、维护和升级等问题十分突出.基于B/S架构并采用JSP技术设计的病人信息查询系统极大地简化了客户端的部署、维护和升级工作,提高了实际工作效率.由于JSP程序代码不需作任何修改就可很容易地移植到不同类型操作系统平台的Web服务器上,因此本系统真正实现了系统的跨平台性.病人信息查询系统的应用为医院医疗、科研和教学活动提供了良好的工作平台.     

病案首页填写对DRGs数据质量的影响

目的根据DRGs原始数据提取质量的影响因素分析,制定相应的管理措施,以起到促进提升病案首页数据质量的效果。方法对采集的病案首页信息中部分缺失项目及DRGs分组过程中的实际问题进行统计分析。结果数据分析显示,病案首页信息并发症漏填、重症转入转出情况不符、诊断书写不规范等情况,直接影响DRGs平台数据的提取及后期分组质量。采取改进措施后,病案首页部分项目填写缺失情况第四季度较第三季度有明显改善,其中手术级别填写缺项率降幅较大,南12．34％降低至9．26％,且通过x2统计学分析,P〈0．05。结论病案首页信息填写完整、准确是影响DRGs平台数据提取质量的主要因素。通过信息平台和管理措施的干预对病案首页填写质量起到了积极作用,同时也需要在后续工作中持续改进。     

Web-based Multi-center Data Management System for Clinical Neuroscience Research

Modern clinical research often involves multi-center studies, large and heterogeneous data flux, and intensive demands of collaboration, security and quality assurance. In the absence of commercial or academic management systems, we designed an open-source system to meet these requirements. Based on the Apache-PHP-MySQL platform on a Linux server, the system allows multiple users to access the database from any location on the internet using a web browser, and requires no specialized computer skills. Multi-level security system is implemented to safeguard the protected health information and allow partial or full access to the data by individual or class privilege. The system stores and manipulates various types of data including images, scanned documents, laboratory data and clinical ratings. Built-in functionality allows for various search, quality control, analytic data operations, visit scheduling and visit reminders. This approach offers a solution to a growing need for management of large multi-center clinical studies.     

互联网在骨科领域中的应用研究

目的：利用互联网络资源,建立在骨科专业网站,并探讨通过互联网进行疑难病例讨论。方法：一台个人电脑,操作系统软件,网页编辑制作软件,及图像处理软件,上网电话,调制解调器,国际互联网络连接服务提供商,网络资源提供商。通过中国骨科网（www.orthochina.org）,中国骨科医学邮件讨论组及国际互联网骨科与创伤学会的邮件讨论组,对两例疑难病例进行讨论。结果：中国骨科网主要内容包括：骨科教程,实用骨科解剖图谱,骨科网络资源导航,医学讨论园地及病例讨论区,骨科医生资料及邮件讨论组。此两例病例讨论,在不到一周的时间,有40多名来自不同国家的骨科医生参与,并给予了具有建设性的治疗意见,足不出户的通过计算机和互联网与世界各地的同行进行交流,中国骨科网运行两年多来,逐渐得到了国内骨科同行及国外同行的认可,因为目前国内上网的人数还很少,而骨科医生上网的人更少、因此目前主要还在培育阶段,通过网络的服务,让风行和患们体会到网络的优越性。本中的两个病例讨论是在中国骨科网、中国骨科医学邮件讨论组、国际互联网骨科及创伤学会骨科邮件讨论组及国际互联网骨科及创伤学会脊柱外科邮件讨论组中进行讨论,在不到1wk的时间,有来自不同的国家的医生的参与。结论：网络病例讨论的优越性,固然,意见不完全一致,但他给患的治疗提供了更多的选择和建议。