肝癌组织差异表达基因cDNA序列的筛选与鉴定

目的：筛选并鉴定肝癌组织特异表达基因。方法：通过菌落原位杂交技术筛选用抑制消减杂交法构建肝癌与癌旁肝组织差异表达基因消减cDNA文库，用PCR方法进一步筛选出有插入片段的阳性克隆，将阳性克隆进行DNA测序和同源性比较分析，用Northern印迹方法对新的cDNA序列进行初步鉴定。结果：从消减文库中随机挑取的100个白色克隆中筛选出13个阳性克隆，DNA测序获得11个不同的cDNA序列；同源性比较分析表明，6个cDNA片段与在基因高度同源，5个cDNA片段为新的序列。其长度大于300bp的3个新序列，Norther印迹证实它都来源于肝癌组织。结论：用抑制消减杂交方法构建的肝癌差异表达基因消减cDNA文库富含肝癌特异表达基因，经验证的3个新的cDNA序列可能为肝癌特异的基因序列。     

利用抑制消减杂交技术(SSH)研究与Ty21a免疫相关的基因

目的:利用抑制消减杂交技术（SSH）筛选与Ty21a免疫相关的新基因。方法:以Ty21a免疫小鼠的肠细胞为tester,以正常小鼠的肠细胞为diver,提取mRNA,反转录构建cDNA文库,利用SSH技术筛选Ty21a免疫相关的新基因。结果:通过SSH技术和cDNA微矩阵技术,发现了7条与GenBank中已公布的表达序列标签（expressed　sequence tag,EST）片段没有明显同源性,可能为Ty21a免疫相关的新基因。其中3条正在用RACE-PCR法进行获得全长cDNA的工作。结论:SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法,基因表达谱芯片技术是高通量进行基因表达模式研究的方法,Ty21a可诱导多种免疫相关新基因的表达。     

鸡柔嫩艾美耳球虫cDNA文库构建与表达序列标签分析

为系统分析鸡球虫敏感虫株和抗药虫株不同发育阶段的基因表达情况,利用柔嫩艾美耳球虫敏感株和抗马杜霉素株(由敏感株诱导)的未孢子化卵囊、孢子化卵囊、子孢子和裂殖子为材料构建了一个混合cDNA文库,并用该文库获得了2806条3'端高质量的表达序列标签(ESTs)。通过生物信息学分析:EST序列拼接出1424个假定独立转录本(TUTs),冗余度为49.3%。从cDNA文库中筛选出大量的低丰度表达基因,约占TUT总数的91.5%,且功能未知基因约占TUT总数的83.6%。在功能注释基因中,编码MIC2蛋白、BT1家族蛋白和核糖体蛋白等入侵和发育相关的基因高丰度表达。     

日本血吸虫新基因的发现及其功能的初步预测

本文运用表达序列标签（expressed sequence tags,EST)法筛选日本血吸虫（中国大陆株）成虫cDNA文库,获得50个日本血吸虫EST片段,经过测序后将EST序列送入EMBL和NCBI,Genbank进行同源性分析并登录。为寻找新的抗血吸虫疫苗候选分子,化疗药物及具有我国自主知识产权的血吸虫功能基因奠定工作基础。     

人胎儿骨膜全长cDNA文库的构建及测序

目的构建人胎儿的骨膜组织的全长cDNA文库,了解该组织表达谱的特征。方法以胎儿胫骨骨膜为材料,运用末端模板转换技术(SMART)构建cDNA文库,测定库容量并应用菌落PCR的方法确定平均插入片段长度,随后大规模测序并进行生物信息学处理分析。结果所构建的cDNA文库的库容量为5.2×106,平均插入片段的长度为1.2kb。随机测序了25000余个克隆的序列,拼接后为5230个聚类群(contigs)和4714个独立EST(singleton),Blast比对分析得到骨膜基因表达谱的概况,发现了23个候选的新基因。结论构建的骨膜组织的cDNA文库质量满足后续工作的需要,骨膜组织基因表达谱及一些新基因的获得为今后寻找骨膜组织特异性的基因从而研究骨相关疾病的发病机制、发现具有药物开发靶点的功能基因奠定了基础。     

利用抑制性减数杂交技术(SSH)研究IL-10抑制表达的新基因

目的　利用抑制性减数杂交 (SSH)技术筛选IL 10抑制表达的新基因。方法　以PHA刺激的U937细胞为tester,以PHA刺激同时IL 10抑制的U937细胞为driver,提取mRNA ,反转录构建cDNA文库 ,利用SSH技术筛选IL 10抑制表达的新基因。结果　通过SSH技术 ,发现了 15个可能的IL 10抑制表达的基因 ,其中 6个与GenBank中已公布的表达序列检签 (expressedsequencetag ,EST)片段没有明显同源性 ,为新基因 ,其中之一经EST拼接 ,得到全长cDNA ,为一种新的C C家族趋化因子 ,已被GenBank收录 ,收录号码为AF0 96 985。挑选 4个新基因进行Northernblot分析 ,发现IL 10可抑制其中 3个新基因表达。结论　SSH技术是一种高效的差异基因筛选方法 ,IL 10可抑制多种包括新细胞因子基因的表达     

大鼠小脑部分表达序列标签的鉴定

目的:为了获取大鼠小脑特异表达的cDNA序列,筛选新的EST基因片段,以便进一步获取有意义的cDNA全基因。方法:以大鼠大脑、脑干mRNA逆转录cDNA作为driver(驱动)cDNA,大鼠小脑mRNA逆转录cDNA作为tester(测试)cDNA,经消减杂交法,消除与大脑及脑干相同的cDNA,并富集低丰度基因,从而获得大鼠小脑特异表达基因片段,以及低表达基因片段,克隆制备成大鼠小脑特异表达cDNA文库。结果:共挑选出32个阳性克隆质粒,测序得到34个不同基因片段的序列。最后用反Northern杂交去除假阳性,筛选出8个有意义的差异表达cDNA基因片段。同时,将测序结果与Genbank进行同源性比较,发现13个新的EST序列,并申请获得基因序列号(AW288461-AW288474)。结论:抑制消减杂交法是一种筛选特异表达基因的有效方法。本结果可为研究脑功能的分子机制提供有益的资料。     

日本血吸虫线粒体大亚基核糖体基因的亚克隆、测序及同源性分析

目的将筛选日本血吸虫成虫cDNA文库得到基因克隆并测序。方法体外将以阳性克隆为模板的PCR产物和 pGEM T载体连接 ,转化大肠杆菌XL1 blue,经抗生素及生色底物X gal初筛 ,再用限制性内切酶酶切法进一步鉴定和用DNA自动测序仪测序。序列送blast基因服务站进行同源性分析。结果构建了3个含日本血吸虫cDNA基因片段的重组子 ,其中1个阳性克隆序列为编码日本血吸虫线粒体大亚基核糖体rRNA的基因序列 ,另2个序列与已知的日本血吸虫基因序列无同源性。结论获得了日本血吸虫线粒体大亚基核糖体rRNA基因片段 ,为进一步分析其一级结构和功能打下了基础。     

RPL30基因的克隆及其与神经管发育相关关系的研究

本文通过构建金黄地鼠神经管cDNA文库,筛选了RPL30基因,并探讨了其与神经管发育的关系。提取胚胎(E)8.5d的金黄地鼠神经管总RNA,用SMART技术构建神经管cDNA的噬菌体表达文库。利用分部分排除技术(SSS法),结合PCR法逐级筛选cDNA文库。将得到的RPL30阳性噬菌斑进行质粒转化、酶切鉴定及测序分析,进而回收、纯化RPL30cDNA片段并制备探针。用Northern杂交技术检测神经管发育过程中RPL30mRNA的表达状况。结果显示,构建的神经管cDNA文库容量为1.5×106pfu/ml,重组率达到99%,平均插入片段长度大于1kb。经过筛选得到含RPL30cDNA的阳性克隆。序列测定及同源性分析发现,该cDNA片段全长535bp,其中含有完整的开放阅读框。Northern杂交结果显示,在E8d~E12d各时间段,神经管中RPL30mRNA的表达均处于较高水平,且随着时间的增长,表达量递增,于E12d达到高峰。本文结果表明,我们用SSS技术结合PCR法从神经管cDNA文库中克隆到了RPL30基因的全长cDNA序列,该基因可能与神经管发育密切相关。     

人PD-L1 cDNA的克隆及其胞外区蛋白在大肠杆菌中的表达

目的：克隆人PD-L1基因的cDNA并构建PD-L1胞外区基因的原核表达载体，在大肠杆菌中进行表达。方法：以RT-PCR法从活化的人淋巴细胞总RNA中，扩增并克隆PD-L1的cDNA，构建PD-L1胞外区基因的原核表达载体，在大肠杆菌BL21(ED3)中进行表达并鉴定。结果：克隆到PD-L1 cDNA编码区的全长序列，经DNA测序证明其与已报道的序列一致。同时构建了在羧基端带有His6标签的PD-LI胞外区基因的原核表达载体，并在大肠杆菌中表达。免疫印迹分析表明，在IPTG诱导后表达的PD-L1胞外区蛋白，相对分子质量(Mr)为25000，与理论值的大小相符。该重组蛋白能与抗His6标签的单抗(mAb)特异性反应。结论：成功地克隆PD-L1基因，其胞外区蛋白在大肠杆菌中获得表达，为利用PD-L1转基因修饰移植物或以PD-L1重组蛋白抑制移植排斥反应等研究提供了条件。     

人B细胞活化相关基因BC-1514全长cDNA的克隆与原核表达

目的 克隆与B细胞活化相关的新基因及其原核表达。方法 采用差异显示反转录PCR（DDRT-PCR）技术对人扁桃体活化和静止B细胞mRNA的差异表达进行分析。差异显示的片段经过Northern杂交验证后,作为探针进行入活化B细胞cDNA文库的筛选,将所获得的阳性克隆的编码区经PCR扩增后克隆到原核表达载体pGEX-5X-1中,重组质粒经酶切,测序鉴定后转化大肠杆菌BL-21,以IPTG诱导表达融合蛋白。结果 以在活化B细胞高表达的EST32为探针,经3轮筛选人活化B细胞文库获得一个新的全长为1514bp的cDNA克隆（命名为BC-1514）,重组的BC-1514蛋白可在E.coli中以融合蛋白的形式有效表达,其表达量约占细菌总蛋白量的14.3%左右,BC-1514cDNA的GenBank的登录号为AF304442。结论 获得了1条新的与B细胞活化相关的cDNA克隆并在E.coliBL-21中得到了有效表达。     

大鼠白细胞介素10(IL-10)cDNA的克隆及在大肠杆菌中的表达

目的:克隆大鼠白细胞介素10（IL-10）cDNA的全长序列,并使其在大肠杆菌中表达,为其分子生物学利用奠定基础。方法:无菌条件下切取大鼠的脾脏,收获脾细胞,用LPS刺激培养4h;提取细胞的总RNA,用RT-PCR技术克隆IL-10cDNA的全长序列;经测序后将IL-10cDNA插入表达载体 pJW2,转染 DH5α细胞后进行热诱导表达并对表达蛋白进行测定。结果:脾细胞经LPS刺激后IL-10转录水平增加,从提取的RNA易反转录并扩增出期望的PCR产物,测序结果表明得到的IL-10CDNA序列与基因库报告的序列完全一致。将其插入表达载体pJW2后经热诱导顺利表达出蛋白分子量与文献报道一致。Western-blot分析表明表达的条带可与小鼠抗大鼠IL-10抗体特异性结合。结论:大鼠的IL-10cDNA全长序列被成功克隆,克隆序列能够在大肠杆菌中表达。     

人PD-L2基因克隆及其在大肠杆菌中的表达

目的 克隆人PD-L2基因并构建PD-L2胞外区的原核表达载体，在大肠杆菌中进行表达。方法 以RT-PCR方法从活化的人外周血单个核细胞总RNA中克隆PD-L2基因的cDNA，构建PD-L2胞外区的原核表达载体，在大肠杆菌BL21(ED3)中进行表达并鉴定。结果 克隆到PD-L2基因cDNA编码区全长序列，经DNA测序证明其与已报道的序列一致。进而构建了PD-L2胞外区的原核表达载体，并在大肠杆菌表达，免疫印迹分析表明在IPTG诱导后表达PD-L2胞外区蛋白，相对分子质量Mr为22000，与理论值大小相符。结论 成功克隆PD-L2基因，其胞外区蛋白在大肠杆菌中获得表达，为进一步研究PD-L2功能提供了条件。     

抑制性消减杂交技术筛选重组IFNβ下调HepG2细胞靶基因

目的利用抑制性消减杂交（SSH）技术构建重组干扰素β（IFNβ）刺激人肝癌细胞系HepG2差异表达基因的cDNA消减文库，筛选IFNβ下凋HepG2相关基因。方法重组IFNβ2000U／ml刺激对数生长期HepG2细胞，以生理盐水作用的HepG2细胞为阴性对照；制备细胞裂解液，从中提取mRNA并逆转录为cDNA，经Rsa Ⅰ酶切后将实验组cDNA分成两份，分别与两种不同的接头连接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR，将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠埃希菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR后进行测序及同源性分析。结果成功构建重组IFNβ刺激HepG2细胞差异表达基因的cDNA消减文库。文库扩增后，得到58个阳性克隆，进行菌落PCR分析，均得到200～1000bp插入片段。随机挑选其中35个插入片段测序，并通过生物信息学分析，结果共获得12种编码基因。结论应用SSH技术成功构建了IFNβ刺激HepG2细胞差异表达基因的cDNA消减文库，为进一步了解IFNβ在肝细胞内的免疫调节机制提供了依据。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白NS4A反式激活基因的克隆化研究

目的应用抑制性消减杂交（SSH）技术构建丙型肝炎病毒非结构蛋白4A（HCV NS4A）转染细胞差异表达cDNA消减文库，克隆HCV NS4A蛋白反式激活相关基因。方法以HCV NS4A表达质粒pcDNA3．1（-）-NS4A转染Hep G2细胞，以空载体pcDNA3．1（-）为对照，制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，进行SSH分析。将富集的二次PCR产物与TIA载体连接，并转染大肠埃希菌进行文库扩增，随机挑取克隆，聚合酶链反应（PCR）扩增后进行测序及同源性分析。结果文库扩增后得到36个阳性克隆，经菌落PCR分析显示200～1000bp插入片段。对其中的25个片段测序，并进行同源性分析，显示18种已知基因编码蛋白和2种未知功能基因序列，包括一些与细胞周期、细胞凋亡、信号传导及肿瘤发生等细胞生长调节密切相关的蛋白编码基因，可能是NS4A反式激活靶基因。结论成功构建了HCV NS4A反式激活基因差异表达的cDNA消减文库，为进一步阐明HCV NS4A反式调节的靶基因等提供了相关的平台。     

弓形虫RH株微线体蛋白MIC3基因的克隆与表达

目的 克隆和表达弓形虫微线体蛋白MIC3基因。方法 从弓形虫RH株分离总的RNA,反转成cDNA.根据MIC3基因序列,设计合成一对引物,用聚合酶链式反应（PCR）方法从弓形虫cDNA中扩增MIC3基因片段,插入pGEM-T载体,并转化大肠杆菌Top10,经PCR、双酶切、测序验证后,将MIC3基因片段定向亚克隆到载体pET-28a中构建原核表达重组质粒pET-28a-MIC3,重组子在E.coli BL21中经IPTG诱导表达,并对表达产物进行SDS-PAGE和Western-blot分析。结果 从弓形虫RH株cDNA中扩增出792bp大小的MIC3基因片段并诱导表达27 300 Mr的重组MIC3蛋白。结论 成功构建和表达了弓形虫pET-28a-MIC3重组质粒,为弓形虫病诊断抗原和疫苗的研究奠定了基础。     

Analysis of immune system gene expression in small rheumatoid arthritis biopsies using a combination of subtractive hybridization and high-density cDNA arrays

Subtractive hybridization of cDNAs generated from synovial RNA which had been isolated from patients with rheumatoid arthritis (RA) or normal controls was used in conjunction with high-density array hybridization to identify genes of immunological interest. The method was designed to detect gene expression in small needle biopsy specimens by means of a prior amplification of nanogram amounts of total RNA to full-length cDNA using PCR. The latter was cut with Rsa I, ligated with adapters, hybridized with unmodified driver cDNA, and subjected to suppression subtraction PCR. Differentially expressed products were cloned into E. coli and picked into 384 well plates. Inserts were obtained by PCR across the multiple cloning site, and the products arrayed at high density on nylon filters. The subtracted cDNAs were also labelled by random priming for use as probes for library screening. The libraries chosen were the subtracted one described above and a set of 45,000 ESTs from the I.M. A.G.E consortium. Clones showing positive hybridization were identified by sequence analysis and homology searching. The results showed that the subtracted hybridization approach could identify many gene fragments expressed at different levels, the most abundant being immunoglobulins and HLA-DR. The expression profile was characteristic of macrophage, B cell and plasma cell infiltration with evidence of interferon induction. In addition, a significant number of sequences without matches in the nucleotide databases were obtained, this demonstrates the utility of the method in finding novel gene fragments for further characterisation as potential members of the immune system. Although RA was studied here, the technology is applicable to any disease process even in cases where amounts of tissue may be limited.     

hIL-1Ra基因的克隆及在原核细胞中的表达

目的 :克隆hIL 1Ra基因并在大肠杆菌中高效表达。方法 :从人外周血中分离白细胞并提取其总RNA。用RT PCR获得hIL 1RacDNA ,克隆入pBV2 2 0表达载体进行诱导表达。对表达产物进行复性和纯化。结果 :成功地构建了pBV2 2 0 IL 1Ra表达载体 ,并在大肠杆菌中获得高效表达 ,表达量占全菌的 4 0 %。对表达产物进行分离纯化及活性分析表明 ,获得纯度大于98%的样品。该样品具有明显抑制IL 1刺激EL 4细胞分泌IL 2的作用。结论 :在大肠杆菌中成功地表达有活性的hIL 1Ra基因 ,为进一步的开发利用奠定了实验基础。