基于网络药理学与分子对接技术探讨白花蛇舌草治疗骨肉瘤的信号通路及分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究白花蛇舌草治疗骨肉瘤的作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和中药综合数据库(TCMID)平台,检索白花蛇舌草化学成分和作用靶点,并通过基因卡(GeneCards)、人类在线孟德尔遗传数据库(OMIM)和疾病靶点预测数据库(TTD)获取骨肉瘤相关靶点,预测白花蛇舌草治疗骨肉瘤的共同靶点,构建“中药-活性成分-靶点-疾病”网络图。通过STRING平台构建靶点蛋白互作网络(PPI),并使用R语言对PPI中的靶点进行基因本体(GO)功能及京都基因和基因组(KEGG)信号通路富集分析。将相关度最高的前5位靶点和白花蛇舌草的活性成分进行分子对接,对结合能最大的活性成分-靶点构建对接模型。结果 共筛选出白花蛇舌草中8个活性成分,179个对应的靶点。检索得到3 596个骨肉瘤相关靶点,经R语言取交集得到124个共同靶点。“中药-活性成分-靶点-疾病”网络提示,白花蛇舌草的6个活性成分作用于124个靶点基因以治疗骨肉瘤。PPI图中,124个靶点相互作用关系密切,其中AKT1、TP53、IL-6、MAPK1、TNF等为核心靶点,与活性成分分...     

基于网络药理学探讨“黄芪-当归”药对防治肿瘤疾病的物质基础及作用机制研究

目的:运用科学的网络药理学方法进行关于黄芪-当归药对与抗肿瘤疾病的物质基础及相关作用机制的分析讨论。方法:首先学习运用TCMSP(中药系统药理学技术平台)数据库,利用该数据库进行黄芪-当归两味药的有效活性成分以及关键靶点的预测及相关可靠条件的筛选,同时利用GeneCards网站(基因注释)操作得到肿瘤疾病相关的作用靶点,再利用数据分析网站进行Venn分析,将黄芪和当归药对的化学成分、成分所对应的靶点以及肿瘤疾病所对应的靶点进行相关连接使其形成"药物-主要活性成分靶点-疾病"药理学网络的体系。然后将筛选该药对中得到的有效活性成分的目标靶点导入Cytoscape 3.7.2软件进行分析整理得到靶点连接图。最后利用String数据库将该药对抗肿瘤疾病治疗的关键靶点分析获取蛋白相互作用关系网络,并进行GO功能分析和KEGG通路分析得到该药对中治疗肿瘤疾病的关键靶点中的分子功能及相关作用信号通路等分析结果。结果:通过查找及相关条件筛选后得到该药对共有22个有效活性成分,涉及到的相关作用靶点共计184个,包括"PTGS1""CHRM3""KCNH2""ADRB1"和"PGR"等,相关信号通路122条,相关的作用机制则主要通过调控抗恶性肿瘤与抗感染、钙离子等通路来进行。结论:利用网络药理学的方法可以得到黄芪-当归药对在肿瘤疾病的防治中体现出了中药成分-多靶点-不同途径-疾病的特点,并且为该药对的抗肿瘤治疗的物质基础及其相关的作用机制提供了可能的科学依据。     

决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制的网络药理学分析与分子对接预测

目的：对决明子治疗年龄相关性黄斑变性作用机制进行网络药理学分析与分子对接预测。方法：运用中医药系统药理学数据库及分析平台(TCMPS)数据库检索所需决明子有效药物成分,SwissTargetPrediction数据库获取其相关基因靶点。在DisGeNET数据库与GeneCards数据库中以关键字“Age-related macular degeneration”检索获得疾病相关基因。所有基因靶点在绘制Venn图筛选后,导入Cytoscape 3.8.0软件中构建决明子-化学活性成分-靶点可视化网络图谱。在STRING平台绘制蛋白质相互作用可视化网络,从DAVID在线数据库中获得GO生物功能富集分析与KEGG通路富集分析结果。计算机模拟关键蛋白靶点和药物成分的分子对接。结果：共检索到大黄酸、决明素等决明子有效活性成分9个,对应基因靶点208个,年龄相关性黄斑变性基因靶点1 977个,两者交集基因靶点75个;GO生物功能与KEGG通路富集分析分别得到518个条目与146条通路。结论：决明子可通过影响PI3K-Akt信号通路、脂质与动脉粥样硬化等通路作用于TP53、TNF、MYC等靶点治疗年...     

基于网络药理学探讨鹤兰墨香浴里精油平衡洗液外治银屑病的作用机制

目的 应用网络药理学方法探讨鹤兰墨香浴里精油平衡洗液外治银屑病的作用机制。方法 鹤兰墨香浴里精油平衡洗液的主要成分为皂荚,利用中药系统药理学数据库与分析平台筛选皂荚的活性化学成分及其对应的作用靶点,利用GeneCards?数据库、OMIM?数据库检索银屑病的相关靶点,使用Venny 2.1.0平台获取皂荚活性化学成分作用靶点与银屑病相关靶点的交集靶点。针对皂荚治疗银屑病的相关靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建皂荚活性化学成分-银屑病疾病靶点网络图,利用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果 获得皂荚的活性化学成分5个,分别是豆甾醇、谷甾醇、豆甾-4-烯-3,6-二酮、表儿茶素、廿碳-11-烯酸,其对应的作用靶点共162个。获得银屑病的相关靶点共4 104个,将皂荚活性化学成分作用靶点与银屑病相关靶点取交集,获得交集靶点106个。皂荚活性化学成分-银屑病疾病靶点网络图显示,表儿茶素的度值最大,其在皂荚治疗银屑病中发挥最重要的作用。PPI网络拓扑学分析结果显示,皂荚外...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点，通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点；借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图；运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络；使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析；采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个，对应靶点238个；DN相关靶点740个，大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点，拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示，涉及74个生物功能，46个细胞功能，92个分子功能；干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...     

基于淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点的网络药理学与分子对接技术分析

目的：采用网络药理学方法联合分子对接技术分析淫羊藿治疗下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤药物有效化学成分及其作用靶点,并初步阐明其作用机制。方法：采用中药系统药理学（TCMSP）数据库和分析平台结合相关文献资料获取淫羊藿的有效化学成分及其对应的靶点蛋白,采用Uniprot数据库将靶点蛋白信息标准化得到对应的标准基因名,检索GeneCards数据库和DisGeNET数据库收集下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤的相关靶点基因,采用Cytoscape3.7.1软件绘制淫羊藿有效化学成分和疾病作用靶点关系的网络图,采用STRING数据库绘制药物与疾病的交集靶点的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图,采用基迪奥生物信息平台（OmicShare）进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用Pymol软件和Autodock Tools软件进行淫羊藿药材有效化学成分与下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状腺轴功能损伤靶点蛋白的分子模拟对接和可视化。结果：筛选得到27个淫羊藿有效化学成分和217个相对应作用靶点,下丘脑-垂体-肾上腺/性腺/甲状...     

基于网络药理学及实验研究探讨乳香-没药治疗慢性前列腺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法,以及实验研究探讨乳香-没药治疗慢性前列腺炎(Chronic prostatitis,CP)的作用机制.方法 应用中药系统药理学分析平台(TCMSP)并结合文献检索,筛选乳香-没药中的活性成分和相关靶点,利用Uniprot数据库对靶点进行校正;应用GeneCards、TTD、Drugbank等数...     

基于网络药理学探讨“延胡索-没药”治疗慢性盆腔痛的作用机制

目的探讨延胡索-没药治疗慢性盆腔痛(Chronic Pelvic Pain,CPP)的作用机制。方法通过TCMSP数据库获取延胡索、没药的主要化学成分及其靶点,根据ADME筛选中药活性成分;通过Gene Cards、OMIM、TTD数据库获取慢性盆腔痛的主要靶点,利用STRING平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块;并通过Metascape平台对交集基因进行基因本体(Gene Ontolgy,GO)功能和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,最后采用Cytoscape 3.8.0软件构建"延胡索-没药—慢性盆腔痛-靶点"网络。结果选出延胡索-没药活性成分92种,CPP疾病靶点214种,活性成分靶点与慢性盆腔痛靶点的交集基因共108个,延胡索-没药的槲皮素、二氢白屈菜红碱、豆甾醇及鞣花酸等多种活性成分可能通过流体剪切应力和动脉粥样硬化信号通路、AGE-RAGE信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚酶通路作用于环加氧酶(Prostaglandin Endoperoxide Synthase-2,PTGS2)、雄激素受体(Androgen Receptor,AR)、雌激素受体α(Estrogen Receptor alpha,ERα)、丝裂原活化蛋白激酶14(Mitogen-Activated Protein Kinase-14,MAPK14)等靶点治疗慢性盆腔痛。结论本研究初步揭示了延胡索-没药治疗慢性盆腔痛的多成分、多靶点、多通路的特点,为临床上延胡索-没药的应用提供基础生物学信息支持。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨人参治疗胃癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接技术,探讨人参治疗胃癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台搜索人参的有效化学成分及其相应的作用靶点,通过GeneCards?数据库、OMIM?数据库、DRUGBANK数据库检索胃癌相关靶点,运用Venny 2.1.0软件获取人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点。通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络后,应用Cytoscape软件进行可视化处理及网络拓扑学分析以筛选核心靶点。利用STRING数据库构建核心靶点的PPI网络。基于Metascape平台对交集靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock Tools软件对人参主要有效化学成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 (1)共得到人参有效化学成分24个,作用靶点117个,胃癌相关靶点1 921个。人参有效化学成分作用靶点与胃癌相关靶点的交集靶点共60个,筛选出核心靶点21个,包括蛋白激酶B(AKT)1、Jun B原癌基因(JUN)、肿瘤坏死因子(TNF)、前列腺素内过氧化物合酶2(P...     

基于网络药理学研究鸡血藤治疗骨质疏松的分子作用机制

目的预测鸡血藤在治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。借助GeneCards、 NCBI等数据库检索OP相关基因。应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,应用cytoscape3.8.0中进行中药-成分-疾病-通路-靶点网络图的绘制,并针对关键靶点进行分子对接以验证结果的可靠性。结果化合物靶点关系网络包括24个化合物和对应的88个靶点,其中涉及关键靶点包括ATK1、VEGFA、IL-6、MAPK1等。GO功能富集分析得到1937条生物过程,113项分子功能相关,62项细胞组成相关。在KEGG通路富集筛选得到144条信号通路。分子对接结果显示,筛选出的潜在活性成分与关键靶点之间具有较高的结合活性。结论鸡血藤中活性成分主要通过ATK1、VEGFA、IL-6、MAPK1等靶点调节相关通路来治疗骨质疏松,研究体现了鸡血藤"多成分-多靶点-多途径"的作用特点,为鸡血藤临床应用和进一步开发提供了科学依据。     

基于网络药理学与分子对接方法探讨昆明山海棠的毒性机制

目的利用网络药理学结合分子对接技术探讨昆明山海棠引起不良反应的毒性机制。方法系统检索昆明山海棠文献,全面筛选其活性成分并汇总相关不良反应,通过中药系统药理学数据库与分析平台、Swiss数据库以及STITCH数据库预测昆明山海棠活性成分-作用靶点,利用美国比较毒理基因组学数据库建立不良反应-作用靶点。合并获得交集基因,将相关毒性潜在靶点导入STRING数据库获取蛋白相互作用,利用DAVID平台进行GO生物功能过程和KEGG代谢通路富集分析。利用Systems Dock平台将昆明山海棠的特征性成分与关键毒性靶点进行分子对接。结果筛选得到21个昆明山海棠的生物活性成分,通过构建毒性蛋白相互作用关系(PPI)网络获取相关毒性靶点47个。对毒性靶点PPI网络的富集分析结果显示,昆明山海棠的毒性靶点可能与p53信号通路、PI3K-Akt信号通路等密切相关。分子对接研究证实昆明山海棠中大多数活性成分与毒性靶点有着较好的结合活性。结论初步验证了昆明山海棠引起不良反应的毒性机制,为进一步开展毒性中药致不良反应的作用机制研究提供了新思路和新方法。     

基于网络药理学的西红花抗抑郁作用机制研究

目的:基于网络药理学技术研究西红花抗抑郁的药效物质基础及作用机制。方法:应用中药系统药理学(TCMSP)数据库和分析平台结合文献获取西红花主要活性成分,应用中药分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)获取活性成分的作用靶点,从DrugBank数据库和TTD数据库搜索抑郁症相关靶点,取交集后即得预测靶点。利用String数据库和Cytoscape软件构建"化学成分-关键靶点"网络和蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出关键成分和关键靶点,并进行GO生物功能注释和KEGG通路分析。应用SwissDock进行分子对接验证。结果:筛选出西红花抗抑郁作用的5个关键活性成分(槲皮素、西红花酸、山柰酚、藏红花醛、异鼠李素)和21个关键靶点,涉及与突触传递相关的多巴胺摄取、单胺转运等生物过程,作用机制与尼古丁成瘾、多巴胺能神经突触、Ca~(2+)信号通路、5-羟色胺能突触、神经活性配体-受体相互作用、cAMP信号通路等有关。西红花酸和藏红花醛与关键靶点5-羟色胺受体1A(HTR1A)的分子对接效果最好。结论:西红花抗抑郁的主要成分是西红花酸和藏红花醛,HTR1A是其主要作用靶点。     

基于网络药理学和分子对接探讨苦参治疗房颤的机制

目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...     

网络药理学常见不同富集方法比较研究——以当归补血汤治疗贫血为例

目的:以当归补血汤治疗贫血为例比较常见网络药理学不同富集方法的差异,并对当归补血汤的活性成分和核心靶点进行分子对接,为后续网络药理学研究提供参考。方法:从TCMSP数据库、Uni Prot数据库、Gene Cards数据库获取当归补血汤活性成分、作用靶点及贫血相关靶点,用在线Venny 2.1.0平台对活性成分作用靶点和贫血靶点取交集,用Cytoscape 3.7.1绘制药物-活性成分-靶点-疾病网络。交集靶点导入STRING蛋白互作数据库构建PPI网络,取DC值的2倍中位数得到核心靶点。使用Auto Dock软件对活性成分和核心靶点进行分子对接、验证成分和靶点的结合性。用Metascape数据库、DAVID数据库、Cytoscape软件的Glue GO插件及R语言的“cluster Profiler”程序包对核心靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,取KEGG通路分析结果前20条信号通路进行比较。结果:当归补血汤活性成分共22个,对应...     

应用网络药理学对鸡血藤治疗动脉粥样硬化的机制探讨

目的:预测鸡血藤在治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis,AS)的主要活性成分的作用靶点,来探究其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索鸡血藤的化学成分及作用靶点。在借助OMIM、Drugbank、TDD等数据库检索AS相关基因,并根据UniProt数据库分析靶点所对应的基因。应用Cytoscape 3.6.1构建化合物靶点关系网络,应用STRING数据库构建蛋白质相互作用关系网络,最后在DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化合物靶点关系网络包括23个化合物和对应的110个靶点,其中涉及关键靶点包括BCL2,BAX,CASP9,JUN,CASP3,CASP8,PRKCA,PON1,NOS2,ESR1,AR等。GO功能富集分析得到GO条目535个,其中涵盖生物过程(BP)条目415个,涵盖分子功能(CC)43个,涵盖细胞组成(MF)77个。在KEGG通路富集筛选得到117条信号通路,其中已证实与AS相关的28条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、FoxO信号通路等通路。结论:鸡血藤中活性成分主要通过PRKCA、IL6、AKT1等靶点调节炎症相关通路来治疗AS。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄连治疗高脂血症的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...     

基于网络药理学探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的分子机制

目的通过网络药理学初步探讨麻黄汤治疗新型冠状病毒肺炎所致发热的可能作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台获得麻黄汤的有效活性成分及其作用靶点,再在UniProt数据库中利用Perl脚本获取药物靶点对应的人类基因。通过OMIM和GeneCards数据库收集与发热相关的疾病靶点。运用Venny平台获取药物-疾病交集的靶点基因后,通过STRING数据库建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络。运用R×64 3.6.1软件对PPI网络中的30个关键基因进行可视化,并对所有交集靶点基因进行功能富集和通路富集分析。结果获得141个麻黄汤有效活性成分及194个药物-疾病交集的靶点基因,筛选出30个关键基因,包括STAT3、AKT1、JUN、MAPK1、IL-6、CXCL2、VEGFA、IL-1B等。交集靶点基因涉及DNA结合转录激活剂活性、RNA聚合酶Ⅱ特异性、细胞因子受体结合、细胞因子活性、泛素样蛋白连接酶结合、核受体活性等170个生物过程,同时主要涉及胞内磷脂酰肌醇激酶-蛋白激酶B信号通路、低氧诱导因子1信号通路、核因子κB信号通路、环磷酸鸟苷-蛋白激酶G信号通路等46个信号通路。结论麻黄汤缓解新...     

黄芪桂枝五物汤治疗心衰的网络药理学机制

目的 利用网络药理学-分子对接技术探究黄芪桂枝五物汤治疗心力衰竭的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获得黄芪桂枝五物汤药物成分,通过Uniprot数据库获得药物成分对应靶点,通过GeneCard、OMIM、pharmgkb、TTD、DrugBank数据库获得心衰的相关靶点,利用R软件获取黄芪桂枝五物汤与心衰的共同靶点。利用R、Cytoscape、Autodock、pymol软件进行蛋白相互作用(PPI)、基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)、分子对接等分析。结果 获得黄芪桂枝五物汤靶点84个,心衰差异基因1 430个,共同靶点118个。共同靶点的通路富集分析显示主要与丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、白细胞介素-17(IL-17)等信号通路相关,分子对接结果显示,心衰核心靶点与黄芪桂枝五物汤主要成分亲和力较好,能够有效自由结合。结论 黄芪桂枝五物汤中的槲皮素、异鼠李素、刺芒柄花素等成分能够通过抗氧化应激、抗纤维化等作用发挥治疗心衰的作用。黄芪桂枝五物汤可通过多层次、多途径、多靶点发挥对心衰的治疗作用。     

基于网络药理学的枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的分子机制研究

目的基于网络药理学方法研究枳实薤白桂枝汤治疗冠心病的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选与枳实薤白桂枝汤相关的化学成分及其作用靶点;通过OMIM和NCBI数据库获取与冠心病相关的靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。应用STRING平台构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型;利用Cytoscape软件构建"复方-活性成分-作用靶点-疾病"相互作用网络;运用R语言进行KEGG通路和GO功能富集分析。结果经数据库分析共获得了1801个疾病靶点,42个药物作用靶点。对其中26个共同相关靶点(占枳实薤白桂枝汤靶点的62%)进行分析,发现共有119个生物学过程及58条通路被显著富集。结论枳实薤白桂枝汤治疗冠心病具有多靶点、多通路的特点。其作用机制可能与调控冠心病发展过程中细胞代谢与凋亡、脂质代谢等过程有关。     

基于网络药理学探讨丹参治疗黄褐斑的作用机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨丹参治疗黄褐斑的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、UniProt数据库获得丹参的活性成分以及潜在靶点基因。应用GeneCards、DisGeNet数据库检索黄褐斑相关作用靶点。应用Venny2.1.0获得丹参治疗黄褐斑的作用靶点。将作用靶点导入STRING数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络。应用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用CytoScape 3.8.2软件构建丹参治疗黄褐斑的成分-靶点-通路网络,并筛选核心靶点,利用PyMOL及AutoDock Vina软件,对重要化合物进行分子对接验证。结果 剔除无对应的靶基因信息后,筛选获得丹参有效活性成分58个,分子靶点105个,获得黄褐斑靶点基因51个。通过Venny处理获得7个共同靶点,分别为血管内皮生长因子A (VEGFA)、前列腺素G/H合酶2 (PTGS2)、雌激素受体1 (ESR1)、雌激素受体2 (ESR2)、孕酮受体(PGR)、诱导型一氧化氮合酶...