一种经济、快速的凝胶DNA回收方法

目的：用明胶海绵吸收法回收DNA片段,并验证该方法能否有效、快速的从电泳后琼脂糖凝胶中回收DNA片段。方法：将明胶海绵剪成楔形,在紫外灯照射下插入含有目的DNA片段的琼脂糖凝胶中,待海绵完全膨胀后取出,离心收集DNA溶液;并用该法回收的DNA片段进行PCR扩增,检验其回收的DNA质量。结果：明胶海绵吸收法回收DNA样品的得率介于63%～98%,所回收的DNA进行PCR扩增能够获得相应的目的条带。结论：明胶海绵吸收法是一种快速、有效的DNA回收方法。     

DNA印迹试验

DNA印迹是一种将电泳分离的DNA片段转移到固相支持物上用探针与靶DNA进行杂交的技术,又称Southem杂交。利用一种或多种限制内切酶酶切消化的基因组DNA,或经PCR获得扩增片段,经琼脂糖凝胶电泳,所得的DNA片段按分子大小分离,DNA片段经琼脂糖凝胶、变性,并将凝胶中的单链DNA片段转移到固相支持物上(多为硝酸纤维素膜,NC或尼龙膜),     

简便快速的PCR产物回收方法

目的分析比较几种PCR产物回收方法的回收效果.方法针对PCR DNA的回收效果及回收特点,采用内皮素(Endothelin)基因PCR反应产物,分别利用本室建立的二种新方法--速冻-快速离心法、凝胶浸泡法和传统方法--玻璃珠试剂盒回收法对PCR产物DNA进行回收,用琼脂糖凝胶电泳鉴定3种方法回收PCR产物的效果.结果发现两种新方法回收DNA带的亮度强,与传统方法相比,差异无显著性(P＞0.10).结论说明速冻-快速离心法与凝胶浸泡法不仅具有玻璃珠试剂盒回收PCR 产物的效果,而且经济、方便、可靠,是两种可行的PCR产物回收方法.     

丝状真菌脱氧核糖核酸片段快速扩增法

目的：用聚合酶链反应(PCR)法扩增丝状真菌中脱氧核糖核酸(DNA)片段。方法：将菌丝液氮研磨成粉状后溶于三羟甲基氨甲烷缓冲液(TE)，煮沸15～20min后，用上清做模板扩增DNA片段，然后将PCR产物作琼脂糖电泳，把含有目的片段的胶切下后溶于TE，做第2次PCR的模板，PCR后琼脂糖凝胶电泳。结果：获得大量目的DNA片段。结论：此方法从丝状真菌中扩增DNA片段，是一种既经济又方便可行的方法，大大提高了工作效率，其效果显著。     

DNA适体筛选中双链DNA拆分方法研究

目的研究能够用于DNA适体筛选的双链DNA拆分方法。方法采用琼脂糖凝胶电泳,观察和比较λ核酸外切酶法、不对称PCR法、磁珠法以及琼脂糖凝胶法的拆分效果。结果琼脂糖凝胶电泳显示,λ核酸外切酶法不能充分拆分双链DNA形成单链DNA;不对称PCR法产生的非特异性单链DNA较多;磁珠法拆分双链DNA获得单链DNA的量较低,且成本较高;琼脂糖凝胶法拆分双链DNA较为充分,单链DNA纯度较高。结论琼脂糖凝胶法可用于DNA适体筛选中双链DNA的拆分。     

多重二次PCR在微量DNA标本检验中的应用

目的：探讨用多重二次PCR扩增极微量DNA标本供后续SSCP和DNA测序分析。方法：对照组取微量组织提取的DNA为模板，分别用不同的4对引物各自行PCR，同一PCR反应体系里加入4对引物扩增。然后将此扩增产物稀释1000倍为模板，再以相同引物进行第二次PCR。实验组：取微量组织提取的DNA为模板，以与对照组相同的4对引物各自进行PCR。用琼脂糖凝胶电泳检测PCR结果，用DNA测序方法检验二次PCR扩增产物的特异性。结果：微量的DNA标本可同时被多对引物二次扩增。实验组与对照组比较，各自引物扩增的DNA片段在琼脂糖凝胶电泳显示区带速率相同，测序显示碱基序列相同。结论：因极微量的DNA模板不能满足多引物多次PCR时，可用多重二次PCR扩增，本方法在法医学、考古和组织活检等方面将有广阔的用途。     

一种PCR结合DNA回收克隆基因方法

目的 探讨一种结合DNA片段回收扩增目的片段的方法.方法 以PCR扩增克隆β-珠蛋白MAR和survivin启动子为例,根据GenBank报道的序列设计引物,PCR扩增克隆β-珠蛋白MAR和survivin启动子.结果 PCR产物有非特异DNA片段、根据DNA片段大小采取凝胶DNA回收与预期片段相符的DNA片段,送公司测序.测序结果表明所扩增的序列和GenBank报道的序列一致.结论 用该方法可以成功克隆出目的DNA片段.     

厚朴的任意引物PCR指纹图谱分析

目的：鉴别中药材厚朴，凹叶厚朴及其常见的伪品和混淆品，方法：采用任意引物PCR（arbitrarily primed PCR,AP-PCR)技术扩增植物基因组DNA样品。结果：AP－PCR技术获得清晰可靠的DNA指纹图谱，根据琼脂糖凝胶上显示的DNA带型差异可迅捷地区分厚朴，凹叶厚朴及其伪品，混淆品。结论：为应用AP－PCR技术在分子水平上鉴别中药材厚朴，保证引种的准确性奠定了基础。     

降落式PCR和SSCP检测淋巴细胞白血病单克隆T细胞受体γ基因重排

目的 以降落式PCR和单链构型多态性(SSCP)方法检测淋巴细胞白血病单克隆T细胞受体(TCR)γ基因重排，探讨其在淋巴细胞白血病诊断中的价值。方法 盐析法提取淋巴细胞白血病患者外周血白细胞DNA，TCR-γ基因重排通用引物和降落式PCR扩增基因重排。分别采用琼脂糖凝胶电泳、SSCP和DNA直接测序方法检测PCR扩增产物。阳性细胞系DNA模板与反应增生性淋巴组织DNA按不同比例混合后扩增，检测降落式PCR的灵敏度。结果 琼脂糖电泳中，18例T淋巴细胞白血病中有15例、4例B淋巴细胞白血病中有2例为阳性。阳性标本经SSCP进一步分析，呈不连续条带。DNA直接测序证实扩增产物为TCR-γ基因重排。阳性对照模板占1％以上时可得到阳性扩增结果。结论 TCR-γ基因重排通用引物结合降落式PCR可有效扩增T淋巴细胞白血病基因重排，可用于T淋巴细胞白血病的辅助诊断。     

结核分枝杆菌稳定L型变异的聚合酶链反应研究

目的：探讨结核分枝杆菌稳定L型变异的分子机制。方法：采用结核分枝杆菌聚合酶链反应(PCR)诊断试剂扩增结核分枝杆菌稳定L型纯培养物的染色体DNA，琼脂糖凝胶电泳、聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyscrylamid gel electrophoresis，PAGE)薄层凝胶扫描分析。结果：结核分枝杆菌稳定L型比细菌型多一DNA条带。结论：结核分枝杆菌稳定L型的形成可能与基因突变有关，在特异性PCR反应中可形成与其亲代细菌型有差异的产物。     

长链RT-PCR在若干遗传病基因突变分析中的应用

目的 以3个遗传病为例，探讨长链RT-PCR在基因突变分析中的应用。方法 采用长链RT-PCR扩增ALD、ATP7B和FV的mRNA编码区。从凝胶中回收预期扩增产物，再以分段或全长方式进行二次PCR。对二次PCR产物进行直接序列测定，查找序列突变。结果 在长链RT-PCR中，三种mRNA的编码区全长均得到扩增，预期扩增产物分别为2440，4480，6789bp。在二次PCR中，分段扩增策略和全长扩增策略均可获得大量的特异性产物，后者均可直接用于序列测定。结论 长链RT-PCR对于长链mRNA的序列分析是一个简便可靠的方法。     

自建两轮PCR法对低载量HBV DNA S区基因的扩增及实验条件优化

目的 探究低载量HBV DNA S区基因扩增的可行性并对实验条件进行优化,为隐匿性HBV感染(OBI)患者HBV DNA S区基因突变检测提供依据.方法 采用传统巢式PCR和自建两轮PCR方法扩增6例低HBV DNA载量(100～200 IU/mL)和22例更低HBV DNA载量(20～99 IU/mL)的血清样本中HBV DNA S区基因,并对引物序列、引物量、PCR产物模板稀释倍数、退火温度、PCR反应循环数、PCR总反应体系等条件进行优化.PCR扩增产物经琼脂糖凝胶电泳后,切割目的条带凝胶进行克隆测序,然后对克隆测序结果进行核酸序列BLAST比对确认.结果 设计3对巢式PCR引物(P1～P3),扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化后,6例低HBV DNA载量的血清样本中仅2例经巢式PCR扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,22例更低HBV DNA载量样本无一例扩增成功.自建两轮PCR法设计了P4～P15共12对引物,扩增产物理论上包含整个HBV DNA S区基因.经过PCR扩增条件优化并筛选出P13为最佳引物后,6例低HBV DNA载量的血清样本全部扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列;15例(15/22,68.18％)更低HBV DNA载量的样本扩增出HBV DNA S区基因特异性靶序列,经PCR产物克隆测序均证实为HBV DNA S区基因,该15例样本中HBV DNA载量最低为20.1 IU/mL.结论 基于引物P13自建的两轮PCR法更适用于低载量HBV DNA S区基因的扩增,扩增效率和特异性均优于传统巢式PCR;扩增产物可进一步应用于OBI者HBV DNA S区基因序列突变分析.     

冻存血与新鲜血的DNA抽提效果的比较研究

目的探讨一种简单便捷、可用于PCR扩增的人体外周血标本冷冻保存的方法。方法外周血标本冷藏于普通冰箱冷冻室2-4周,采用常规方法,提取28例新鲜血标本及31例冻存血标本的DNA,经2%琼脂糖凝胶电泳,凝胶分析软件半定量分析,比较冻存血和新鲜血的DNA抽提效果。采用PCR方法扩增抽提DNA标本的ABCB4基因外显子6,研究冻存血中提取的DNA能否用于PCR实验。结果新鲜血组的光强度值为24948.98±10246.97,冻存血组DNA标本的光强度值为22917.65±11545.63,两组间无显著性差异(P>0.05)。所有冻存血中提取的DNA标本,经PCR扩增均有目标带。结论简易冷冻保存的外周血标本中提取的DNA质量与新鲜血无明显差别。冻存血的DNA标本可以用于PCR实验。     

液化低熔点琼脂糖凝胶直接消化DNA法在构建突变体中的应用

用多级多聚酶链反应与液化低熔点琼脂糖凝胶中直接消化DNA相结合方法构建了8个突变体，经证实其重组DNA的阳性率为100％。从低熔点琼脂糖凝胶中切下目的DNA，在68℃完全熔化后用5倍体积的双蒸水稀释，该化合物即可直接用于酶解反应。混合物中凝胶比例以10g／L为宜。因而克服了凝胶中因目的DNA量少而纯化后回收率低无法进一步实验的弱点。     

含绿色荧光蛋白报告基因pUC18筛选载体的构建

目的：以绿色荧光蛋白（GFP）基因为报告基因，将GFP基因克隆入pUC18建立大通量的筛选载体。方法：用PCR方法扩增目的DNA片段，碱裂解法小量制备质粒DNA，用限制性内切酶消化质粒DNA，用低熔点琼脂糖凝胶分离和纯化大片段DNA，GFP基因与pUC18连接，用氯化钙法转化感受态细胞，DNA序列测定，琼脂糖凝胶电泳，变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。结果：pUC18-atg-GFP载体意外表达GFP蛋白，新合成的上游引物与原下游引物扩增GFP基因，克隆入pUC18构建pUC18-GFP载体，通过PCR，酶切鉴定和DNA序列分析，GFP基因的读码框架与原设计方案完全一致，该载体自身无GFP表达。结论：筛选载体内的GFP基因与克隆基因的融合基因可表达一种融合蛋白，在琼脂平板上含有该融合基因的克隆在紫外线激发下可发绿色荧光，因此，可表达基因能被挑选出来。     

基因组简并寡核苷酸引物聚合酶链反应的影响因素

目的:对影响现有微量基因组扩增方法--简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(degenerate oligonucleotideprimed PCR,DOP-PCR)的因素进行探讨.方法:针对现有DOP-PCR扩增过程中存在的影响产物产量和特异性的因素进行分析,分别从不同的DNA模板来源、模板梯度稀释与否以及DOP-PCR扩增产物是否采用低熔点胶回收去除干扰分析的小片段等方面进行研究,最后以特异性基因(FTCD和CBS)PCR扩增的结果作为评价指标,了解上述因素对DOP-PCR扩增的影响.结果:以小鼠单个卵细胞基因组为模板与以肝基因组DNA为模板相比,在产量上前者明显低于后者,特异性上两者相当.小鼠肝基因组DNA梯度稀释作为模板进行扩增的结果没有明显差异.与未经低熔点胶回收的DOP-PCR产物相比,经低熔点胶回收的DOP-PCR产物在常规PCR扩增反应中得到的产物特异性更好.结论:应用DOP-PCR方法进行扩增时,小鼠单个卵细胞可以用来进行DOP-PCR的扩增从而用于对特异性基因的检测,但是在扩增产量方面需要进一步的改进或优化.对现有DOP-PCR反应进行产物低熔点胶回收纯化,能够增加产物的特异性,效果满意.     

不同产地连翘新鲜果实DNA提取方法和质量评价研究

目的建立连翘新鲜果实中高质量DNA的提取方法,为从分子水平研究和评价连翘药材质量奠定基础。方法采用改良的CTAB法提取连翘的总DNA,应用琼脂糖凝胶电泳法、分光光度法与PCR法对连翘DNA产率和质量进行检测评价。结果 14批连翘药材核酸蛋白仪测定值A260/A280均在1.7~1.9之间,改良CTAB法提取的连翘总DNA浓度较大,干扰较小,较高质量的DNA可进行PCR扩增,1%琼脂糖凝胶电泳之后用紫外成像仪观察结果正常。结论改良CTAB法适合连翘新鲜果实中DNA的提取,方法简单可靠。     

运用PCR直接测定基因组DNA序列法检出一种中国人中罕见的β-地中海贫血基因突变(简报)

借助PCR(聚合酶链反应)技术可直接测定人基因组DNA中特定基因片段的序列.用双脱氧末端终止法测定单链DNA(ss-DNA)序列比测定双链DNA(ds-DNA)序列效果好,故本实验建立用PCR产生ss-DNA,进而测定其序列以便检测β地中海贫血基因突变的方法.扩增的β珠蛋白基因片段从启动子5’端到第二内含子长615bp.所用引物序列:Ⅰ.5’GCCAAGGACAGGTACGGCT GT CATC 3’;Ⅱ.5’TGC AGC TTG TCA CAG TGC AGC TCA CT 3’.利用PCR产生ss-DNA的策略有两个.一是用引物Ⅰ和Ⅱ扩增出ds-DNA,经1.5％琼脂糖凝胶电泳分离.回收特异的ds-DNA;再以后者     

古代人类牙齿DNA的提取和扩增条件研究

目的 以河南洛阳二里头遗址出土的距今3000多年的夏代人牙齿为标本，从口腔医学的角度分析牙齿DNA提取的污染控制，并进行PCR扩增条件的比较研究。方法 对古代人类牙齿样本进行去污处理，放入液氮研磨机中打磨成牙粉，使用GENECLEAN Kit for Ancient DNA试剂盒从牙粉中提取DNA分子；利用不同条件的5种PCR反应体系扩增古DNA。结果 从牙齿样本中抽提出古代DNA片段A；在PCR扩增中，加入适量的小牛血清蛋白BSA有助于消除古代样本中PCR抑制物的作用；适合的Mg^2＋浓度则有助于增加DNA聚合酶的活性，减少非特异性扩增。结论 古DNA试剂盒是一种有效的古DNA抽提方法；小牛血清蛋白BSA和Mg^2＋浓度对PCR反应存在影响。     

DNA聚合酶含量对目的基因扩增的影响

目的:探讨DNA聚合酶在PCR技术检测目的基因时的最佳作用浓度及DNA聚合酶浓度对目的基因片断扩增结果的影响。方法:其他反应条件不变的前提下,分别固定Taq DNA聚合酶含量和Mg2+浓度进行PCR反应,然后通过琼脂糖凝胶电泳检测得出二者最佳作用浓度。结果:在50μl的PCR反应体系中,用0.5μl的Taq DNA聚合酶(5u/μl)和2μl的25mM MgCl2进行PCR反应时,目的基因扩增产物质量相对完好,电泳检测条带清晰规整。结论:DNA聚合酶含量对目的基因片断的扩增结果影响巨大。