河北省甲3亚型流感病毒分离株HA1基因变异分析

目的 研究河北省2005-2008年甲3亚型流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取河北省2005-2008年分离的甲3亚型流感病毒进行核酸提取,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒HA1基因后进行核苷酸序列测定,用生物信息软件对测序结果进行分析处理.结果 2005-2006年分离株与当年疫苗株A/California/7/2004比较,在其HA1蛋白分子上有6个氨基酸位点发生替换;2006-2007年分离株与当年疫苗株A/Hiroshima/52/2005比较,有4个氨基酸位点发生替换;2007-2008年分离株与当年疫苗株A/Wisconsin/67/2005比较,有8个氨基酸位点发生替换,且与前两个流行期的分离株比较存在4、6个氨基酸位点差异.基因进化树上,同一流行期分离株基本呈集中分布,每个流行期分离株均远离当年疫苗株.结论 河北省2005-2008年分离的甲3亚型流感病毒HAl基因发生了变异,在HA1氨基酸序列的进化亲缘关系结构上具有同流行期相近的特征.     

辽宁省甲1亚型流感病毒HA1基因变异分析

目的 了解2000~2006年辽宁省甲1亚型流感病毒HA1基因变异特征。方法 利用辽宁省流感监测的咽拭分离株中的甲1亚型流感病毒核酸,采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增,测序,并推导出其氨基酸序列,进行基因进化特征分析。结果 辽宁省2000~2002年均分离到甲1亚型流感病毒,但消失了近3年后,2005年底又出现,且基因序列碱基发生变异,与2005年以前的病毒株和疫苗株A/New Caledonia/20/1999比较^〔1〕,在其HA1蛋白分子上存在有4个氨基酸位点(187位W>R,188位Y>F,209位Q>K,249位V>A)发生了替换。基因序列及氨基酸序列同源性均有下降。结论 辽宁省2000~2006年甲1亚型流感病毒基因序列发生了明显变异,与甲1亚型疫苗株A/New Caledonia/20/1999同源性有下降趋势,提示其抗原可能发生部分漂移或更换,这对流行季节疫苗选择和流行病学研究都具有重要意义。     

浙江省1998-2005年甲3亚型流感病毒株HA1区和NA区基因特性分析

目的分析近几年浙江省甲3亚型流行性感冒（流感）流行株血凝素（HA）和神经氨酸酶（NA）基因的特性、变异与流感流行的关系。方法选择浙江省1998—2005年流感流行期间分离的甲3亚型代表株25株，提取病毒RNA，扩增HA1和NA基因，进行序列测定，用BioEdit软件分析处理。结果浙江省近几年甲3亚型流感流行株在HA1区的核苷酸长度均为987bp，编码329个氨基酸；在NA区的核苷酸长度为1362bp，编码454个氨基酸。1998—2005年甲3亚型流感病毒HA1区与NA区的氨基酸同源性分别在90．9％～99．3％与95．2％～99．5％之间，HA1区的变异较NA区更大。这8年间在HA1区共发生了30个氨基酸的替代，其中14个氨基酸位点涉及HA1区的4个抗原决定簇；NA区发生了21个氨基酸替代，其中5个氨基酸位点涉及NA区的3个抗原决定簇。在1998与2002年无论是HA1区还是NA区，均产生了较大的变异，在氨基酸进化树上也形成了独立的分支。近年的甲3亚型毒株HA1区有11个糖基化位点，较早期毒株A/Aichi／2／68增加了5个，仅1998年至今的8年中就增加了3个。结论浙江省1998与2002年的二次较大规模的甲3亚型流感流行均与病毒的抗原性漂移有关。     

天津市2007-2010年流感监测及H3亚型毒株HA1基因特性分析

目的 了解2007-2010年天津市流感流行特点及季节性流感H3N2亚型HA1基因变异特性.方法 采用MDCK细胞培养法分离流感病毒,选取14株H3亚型流感毒株进行RT-PCR扩增HA1片段,产物纯化后进行核苷酸序列测定,测定结果与WHO全球流感疫苗株序列进行同源比对,绘制种系发生树.结果 采集咽拭子标本4220份,分...     

2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

深圳市2005-2007年H1N1亚型流感病毒HA1基因分子流行病学研究

目的 探讨2005-2007年深圳市H1N1流感病毒HA1基因变异特征.方法 选取深圳市2005-2007年分离的H1N1流感毒株,提取病毒RNA,用RT-PCR扩增HA1区基因片段,产物纯化后测序并进行基因序列分析.结果 2005-2007年流感病毒分离率平均为7.16%,H1N1流感病毒在2005年和2006年的分离数占总分离数的比例分别为56.14%和66.03%,而2007年仅占3.61%.核苷酸同源性和基因进化树结果一致,2005年4月份之前分离株与A/New Caledonia/20/1999为同一分支,2005年5月份之后的分离株与A/Solomon Island/3/2006为一支,而2006-2007年分离株又与国家代表株A/GDLH/219/2006在一个分支.氨基酸序列分析显示,绝大多数的毒株均在第130位点缺失一个赖氨酸;2005年5月以后的大部分毒株出现以下氨基酸变异:T82K、Y94H、R146K、R209K、T267N,2006年5月份之后的毒株在抗原决定簇B区发生了A190T、H193Y、E195D氨基酸变异,同时也发生A区R146K的置换.但所有毒株的潜在糖基化和受体结合位点均比较保守.发现1株病毒A/SZ/68/2007具特殊性,经与参照毒株比较,其326个氨基酸中有50个发生变化,其中有11个位于抗原决定簇位点、6个位于受体结合位点,且有4个氨基酸变化导致糖基化位点丢失.结论 2005-2007年深圳市人群中至少有3个类型HA1基因不同的H1N1流感病毒株;由于氨基酸变异引起病毒发生抗原漂移,其代表株为A/GDLH/219/2006;发现的A/SZ/68/2007病毒毒株具有特殊性,其抗原特性和流行病学意义还有待探讨.     

河北省2005～2006年H1N1亚型流感病毒血凝素HA1基因特征研究

[目的]研究2005～2006年河北省分离的H1N1型流感病毒毒株HA1基因特性。阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。[方法]用MDCK分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。[结果]2005～2006年在河北省流行的H1N1型流感病毒HA1基因核苷酸和氨基酸序列与同时期的H1N1亚型疫苗株A/NewCaledonia/20/1999相比已发生较大变异,核苷酸同源性为97.0%～98.1%,氨基酸同源性为97.9%～98.7%,有5～7个氨基酸发生了替换,但均不在抗原表位。种系进化结果显示A/河北南市/37/2005与A/河北新市/56/2005和A/河北新市/129/2006位于2个小分支,均距A/NewCaledonia/20/1999较远,A/河北南市/37/2005与A/NewYork/221/2003有较近的亲缘关系。[结论]H1N1型流感病毒HA1基因已发生明显变异,但对抗原性改变意义不大;近几年H1N1持续低流行使人群易感性得以积累是今年H1N1型流感流行的主要原因;2005～2006年河北省同时流行着至少2支种系发生距离较远的H1N1型流感病毒。     

2005年广西H1N1亚型流感病毒基因特性研究

目的阐明2005年广西流行的H1N1亚型流感病毒血凝素基因变异情况。方法挑选3株2005年广西流感病毒分离株,进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后使用DNA—STAR分析软件进行进化特性分析。结果HA1区核苷酸序列和氨基酸序列分析表明,与2005年的国际疫苗推荐株A／New Caledonia／20／1999（H1N1）比较,三株分离株的HA1蛋白均含有7个糖基化位点。分离株A／Gx／566／2005发生以下氨基酸位点替换：82T〉K、94Y〉R、145R〉K、165V〉A,208R〉K、251W〉R、266T〉N,其中165位点位于HA1的抗原决定簇上。分离株A／GX／8／2005及分离株A／GX／13／2005发生了以下位点变异：165V〉A、194E〉G、251W〉R、252Y〉F、314V〉A,其中165及194位于HA1抗原决定簇上。结论2005年在广西同时流行着三系不同的H1N1病毒。一系接近国际疫苗推荐株A／New Caledonia／20／1999（H1N1）东部江苏的2000—2002年毒株,一系接近江苏2005—2006年毒株。尤其需要密切关注与疫苗株HA1蛋白发生较大变异一系H1N1,避免此系H1N1病毒的流行和暴发。     

湖南省2004年流感病毒优势流行毒株甲3亚型基因特性分析

目的：了解2004年湖南省流感病毒优势流行毒株甲3亚型的基因特性变异特征。方法：取病原学监测中分离到的13株甲3亚型流感病毒毒株，经鉴定后用鸡胚传代，收获尿囊液提取病毒RNA，进行逆转录-聚合酶链反应（RT-PCR），扩增产物用纯化试剂盒纯化后测序；测序结果使用Flu Sequence DatasetExplorer工具进行比较，通过与NCBI数据库中2000-2005年中国的流感病毒H3N2株同源比对后，绘制种系发生树。结果：所测13株甲3（H3N2）亚型毒株的HA1区的320个氨基酸，与甲3亚型国际疫苗株A／wuhan／359／1995相比，抗原决定簇E区、A区、D区、B区及受体结合位点（RBS）后壁和左壁均有多个位点发生氨基酸替换。与2002年流行的A／Fujian／411／2002甲3亚型代表株相比，抗原决定簇及受体结合位点亦有单个或多个位点氨基酸发生了替换。种系发生树显示，13株甲3亚型人流感病毒中有9株同源性较大，独立形成一簇，与A／Fujiart／52／2004较为接近。另外1株与我省2002年分离的毒株最为接近。最后3株则整合进2003～2004年其他省分离到的毒株所形成的簇中。结论：湖南省2004年流感优势流行毒株甲3亚型流感病毒的HA1基因特性发生了变异，可能是导致其流行的主要原因。在HA1基因进化上，时间比地理分布起着更重要的作用。     

2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒HA1基因特性研究

目的了解2007-2009年郴州市H3N2亚型流感病毒流行情况及血凝素基因变异特征。方法 按时间先后顺序随机选择2007-2009年流感病原学监测中分离到的H3N2亚型毒株8株,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定并推导其氨基酸序列进行基因特性分析。结果H3N2亚型流感病毒在2007年为优势株,2008-2009年相对H1N1亚型流感病毒为弱势株;2007年分离株与该年疫苗株（A/Wisconsin/67/2005）比较,变异位点主要为G50E、S138A、K140I、R142G、N144D和L157S,抗原性发生了漂移;2008年分离株与2008-2009年疫苗株（A/Brisbane/10/2007）比较,变异位点主要为R142G、L157S;2009年分离株与该年疫苗株比较,变异位点主要为L157S、K173Q,2008-2009年分离株与该年疫苗株比较未发生明显变异。结论郴州市2007年H3N2亚型流感病毒HA1发生了明显变异,H3N2流感病毒较活跃,当年生产的疫苗预防效果较差;2008-2009年H3N2亚型流感病毒HA1与该年度疫苗株相比未发生明显变异,人群对其建立较好的免疫屏障,这是郴州市2008-2009年H3N2亚型流感病毒活动水平较低的主要原因。     

广州市甲型H1N1流感病毒的持续进化变异监测

目的  通过对H1N1流感病毒进行基因进化变异监测,为H1N1流感的科学防控提供研究数据。 方法  对广州市2017-2019年132株H1N1流感病毒进行血凝素(Hemagglutinin, HA)和神经氨酸酶(Neuraminidase, NA)基因测序,分析不同流行年度病毒的分子变异特点。 结果  2017-2019年广州市H1N1流行株HA和NA基因均聚为一簇,提示具有相同进化起源。2019年分离株依次由2017年分离株经2018年分离株过度进化而来,呈现较为明显的时间进化趋势。HA基因持续变异的抗原位点主要分布在91、181、202位,其中2018年H1N1流行株HA蛋白抗原位点的变异具有较为明显的多样性。2017和2019年流行株中有3株病毒发生NA蛋白H274Y神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。 结论  广州市2017-2019年H1N1流行株与同年度疫苗株的匹配性较好,但病毒基因在持续进化和变异,在抗原位点和耐药位点上不同流行年份表现基因多态性。     

甲型H1N1流感病毒抗原HA基因进化分析

目的 分析甲型H1N1流感病毒抗原HA基因的突变和分子进化树.方法 由河南省各市(地)疾病预防控制中心和流感监测哨点医院采集流感患者咽拭样本,从咽拭样本中分离甲型H1N1流感病毒毒株,选择20株提取病毒RNA,设计引物运用逆转录-聚合酶键反应(RT-PCR)技术扩增编码HA蛋白的基因序列,测序分析核酸和编码的蛋白序列突变位.结果 分离到51株新型H1N1流感病毒;扩增20株HA编码基因,18株成功扩增到HA编码基因,2部分基因片段分别为1 024 bp和654 bp,与预期大小相符;BLAST分析结果显示,在中国多个地区分布有甲型H1N1流感病毒HA基因433 T/C(N端145 S/P)突变株,进化树分析结果显示,这一位点的突变有可能是来自于猪-人之间相互感染.结论 甲型H1N1流感病毒抗原HA基因在中国内地传播期间个别氨基酸位点发生了突变,但是抗原性未改变.     

无锡市甲型H1N1流感及季节性流感疫苗接种效果分析

目的调查流感样病例(ILI)和无锡市一般人群中甲型H1N1流感疫苗及季节性流感疫苗的接种情况,评估疫苗接种后对人群的保护效果。方法以无锡市2家哨点医院为基础,采集流感样病例病毒核酸检测阳性的病例作为病例组,共1 529人,同时按照"病例"的电话信息,随机产生电话号码选择、年龄匹配的一般人群作为对照组,共380人。结果病例组甲型H1N1流感疫苗接种率为6.1%(94/1 529),对照组甲型H1N1流感疫苗接种率为12.1%(46/380),两组比较,差异有统计学意义(P0.01);甲型H1N1流感病例中接种甲型H1N1流感疫苗的比例为12.5%(3/24),门诊检测阴性的ILI病例接种甲型H1N1流感疫苗的比例为6.1%(78/1 273),"接种甲型H1N1流感疫苗"因素的OR值为0.457(P=0.201);以电话调查一般人群(330例)作为对照组,接种甲型H1N1流感疫苗的比例为13.3%(44/330),OR值为1.077(P=0.908)。结论该次调查说明接种甲型H1N1流感疫苗对预防流感样病例有一定效果,但由于样本量较少,24种方法病例对照分析均未得出差异有统计学意义。     

2017年广州市16株H3N2流感病毒耐药基因分子特征分析

目的 分析广州市H3N2流感病毒耐药基因遗传进化和变异情况。方法 对广州市2017年H3N2流感病毒进行分离,选择16株病毒对流感病毒耐药相关的NA(Neuraminidase,神经氨酸酶)和M2(Matrix protein 2,基质蛋白2)基因进行序列测定,使用DNA Star和MEGA软件对耐药基因的分子特征进行分析。结果 本研究16株毒株在M2蛋白上均表现为对烷胺类药物耐药,NA蛋白的神经氨酸酶抑制剂作用位点均未发生突变,表现为对神经氨酸酶抑制剂敏感,但监测发现3C.2a.1分支内1株病毒在NA蛋白催化位点发生R224K变异。与疫苗株A/Hong Kong/4801/2014相比,16株毒株抗原位点和潜在糖基化位点都发生较大变异,抗原位点变异多发生在D339N,所有毒株在245位增加了一个糖基化位点NAT。基因进化分析发现,2017年广州市H3N2流感病毒呈现多分支进化特点,提示进化来源较为多样。结论 监测发现3C.2a.1流行分支内出现酶活性位点变异毒株,因此需要重点关注变异株是否会随着3C.2a.1分支的流行而进一步扩散,以及酶活性位点的变异是否会降低病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感性。     

长沙市2009年甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性分析

2009年4月21日,美国疾病预防控制中心(CDC)检出2名儿童感染新甲型H1N1流感病毒~[1],该病毒属于正黏病毒科(orthomyxoviridae),甲型流感病毒属(influenza virus A),单股负链RNA病毒,由大小不等的8个独立片段组成,共编码11种蛋白,主要通过飞沫或气溶胶经呼吸道传播,极易造成流行.     

甲型H1N1流感患者临床特征及疗效分析

目的 总结甲型H1N1流感患者的临床特征,分析奥司他韦疗效.方法 回顾性收集了我院560例轻症甲型H1N1流感住院患者的临床资料,包括年龄、主要症状、实验室检查、发热至口服奥司他韦的时间、发热持续时间、病毒转阴时间;分析发热至口服奥司他韦的时间与发热持续时间及病毒转阴时间的相关性.患者按发热至口服奥司他韦的时间不同分三组,比较不同组间发热持续时间及病毒转阴时间是否有差异.结果 大部分患者症状为发热(97.0%)及咳嗽(90.0%);少数伴有胃肠道(1.8%)或神经系统症状(0.9%);部分患者血常规及生化异常;16.6%的患者心电图呈非特异性改变.患者从发热到起始服奥司他韦时间与发热持续时间及病毒转阴时间均呈正相关(r=0.83,P＜0.01;r=0.60,P＜0.01).各组之间比较其发热持续时间及病毒转阴时间差异有统计学意义(P＜0.01).结论 轻症甲型H1N1流感临床特征与季节性流感类似,发热患者早期口服奥司他韦治疗可能会缩短发热持续时间及病毒转阴时间.     

2005年-2009年大连市季节性甲型H1N1流感病毒HA基因序列分析

目的:分析大连市2005年-2009年流感病毒H1N1亚型血凝素抗原性及其基因变异情况,为流感防治提供技术支持。方法:采集流感样病例的鼻咽拭子标本,用MDCK细胞进行流感病毒的病原分离,采用红细胞凝集实验测定病毒的滴度,用血凝抑制试验和RT-PCR进行流感病毒型别鉴定,通过RT-PCR扩增血凝素HA片段的基因,电泳、纯化后进行基因序列测定,利用生物信息学进行序列分析。结果:2005年-2009年共分离到季节性甲型H1N1流感病毒39株,其中28株进行了测序。与当年的疫苗株相比,2005年、2006年、2007年和2008年分离株的HA1区分别发生了11个、9个、15、15个突变。结论:在近几个年度的流行季节中,该地区有H1N1亚型流感的存在。该地H1N1流感病毒分离株有多处氨基酸发生替换,氨基酸的替换导致毒株的抗原性发生了漂移。     

上海市闵行区甲型H1N1流感病毒株变异分析

目的:了解上海市闵行区人群中甲型H1N1流感病毒株基因特性及抗原变异情况,为甲型H1N1流感防控提供科学依据。方法:采集2009年8月-2011年3月闵行区哨点医院流感样患者鼻咽拭子标本,Real-time RT-PCR鉴定流感病毒亚型,犬肾细胞(MDCK)培养分离流感病毒,血凝抑制试验(HI)确定流感病毒型与亚型。对部分甲型H1N1流感病毒株进行血凝素(HA)、病毒聚合酶(PB2)片段全基因测序,分析基因和氨基酸位点变异情况。结果:闵行区于2009年8月-2010年3月发生第一波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例232例,占流感病例总数的54.33%。2010年12月-2011年3月发生第二波甲型H1N1流感疫情,共报告甲型H1N1流感确诊病例71例,占流感病例总数的62.83%。HA进化树分析发现,第二波分离的甲型H1N1流感毒株与大多数2009年第一波大流行分离毒株不位于同一主干上,说明HA基因发生了一定程度的变异;HA蛋白氨基酸位点分析显示,部分毒株在抗原决定位点上发生了变异。PB2蛋白氨基酸序列分析显示,第627位和701位点分别是谷氨酸和天冬氨酸,仍为禽源流感病毒PB2蛋白氨基酸位点,但第677位点出现E677G突变。结论:2011年冬春季闵行区人群中甲型H1N1流感流行毒株与2009年北美流行株比较已经有一定变异,出现了一些抗原漂移和适应性进化。     

输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因进化特征

目的 分析口岸输入性甲型H1N1流感病毒的M、NP和PB1基因进化特征,及时发现变异株.方法 对广东口岸2009-2011年检测的甲型H1N1流感阳性病例进行M、NP和PB1基因的RT-PCR扩增和核苷酸序列测定.以2009年甲型H1N1流感代表株A/California/04/2009/H1 N1的M、NP和PB1基因作为参考序列,分析输入性病例的系统进化树、核苷酸及氨基酸序列同源性和变异位点.结果 M基因系统进化树分为4个分支,2009年病毒与2010年病毒主要分布在第Ⅰ分支,2011年检出的多数病毒聚集于第Ⅳ分支.同源性结果显示M基因高度保守,仅有5个核苷酸位点发生显著变异,对应的蛋白序列仅在氨基酸V80I位点出现突变.所有病毒NP蛋白均出现V100I突变,同时零星出现K452R突变.PB1蛋白氨基酸序列在G154D、I397M和I435T等位点发生较明显突变.结论 2009-2011年输入性甲型H1N1流感病毒M、NP、PB1基因已发生一定程度的变异,对口岸和国内流感防控提供了重要的理论依据.