克罗恩病患者肠道组织中存在副结核分枝杆菌IS900DNA

背景和目的:关于克罗恩病患者组织中是否存在副结核分枝杆菌所特有IS900DNA,目前仍有争议。我们观察了100例克罗恩病患者、100例溃疡性结肠炎患者,研究他们肠道组织中IS900DNA存在的情况。我们假设IS90DNA同克罗恩病具有特征性的临床表现有关。方法:副结核分枝杆菌DNA通过机械性酶分离装置来筛选,并且通过IS900DNA特有的聚合酶链反应来定位。克罗恩病患者根据Vienna分级标准和其临床特征来进行分级。结果:IS900DNA聚合酶链反应检出率在克罗恩病组织中为52%,明显高于溃疡性结肠炎(2%)及非炎症性肠病(5%)的检出率(P<0.0001)。在克…     

PCR指印技术对新疆结核病病原Bacter460液体培养标本进行菌株分型

以结核分枝杆菌特异插入序列IS6 110两端序列为模板 ,设计一对外向PCR引物进行PCR扩增 ,从而建立一种结核分枝杆菌的快速分子生物学分型技术 ,该试验的基础是利用IS6 110在结核分枝杆菌染色体DNA中反复重复且IS6 110序列之间相距较近 ,经PCR扩增呈现多条带型构成DNA指印。在对新疆结核病人的 31份液体培养标本的PCR检测呈现 6种指印 ,该PCR分型技术对结核分枝杆菌的分型所需时间短 ,不需细菌再培养 ,DNA纯化和酶切、萨瑟恩转印或核酸杂交等繁琐步骤。证明该法是一种快速、准确的鉴定与分型方法并可直接进行分子流行病学研究     

基于PCR检测和基因测序分析的鹿源副结核分枝杆菌鉴定及亚型分型

目的 快捷、准确地鉴定马鹿副结核分枝杆菌基因型和亚型,为马鹿副结核病防控工作提供理论依据。方法 从疑似感染副结核病马鹿的病料样品中提取其DNA,参照副结核分枝杆菌插入序列IS900鉴定引物、亚型分型引物,PCR扩增、测序及GenBank中BLAST比对。结果 所测2份病例与副结核分枝杆菌核苷酸同源性均在99%以上,属于副结核分枝杆菌,采用亚型分型鉴定,属于Ⅱ型(牛型)副结核分枝杆菌。结论 结合发病马鹿的临床症状、病理变化、抗酸性染色,证实该马鹿感染牛型副结核病。     

利用PCR技术检测537份新疆结核病人痰标本中的结核分枝杆菌

目的 提高聚合酶链反应在检测人结核分枝杆菌中的特异性和敏感性。方法 在聚合酶链反应中对4种DNA片段即结核杆菌特异插入列IS6110,IS1081,和16SrRNA,65kDa摸板进行了比较;为获取较多的细菌DNA,临床痰标本处理采用了国际标准化方法主要包括用一定量的N－乙酰－L半胱胺酸和氢氧化钠处理痰标本;改进了RCR混和液的成份即添加了甘油,dUTP－尿嘧啶糖基化酶。结果 选择IS6110作为结核杆菌特异性摸板用于检测细菌DNA,制备出了6批人结核杆菌PCR检测试剂盒,在对来自新疆结核病研究所的537份痰标本的检测中发现,谝试剂盒检测的特异性为65.97%,敏感性为93.53%。结论 改良TB－PCR试剂盒显示有较高的敏感性,特异性还有待于进一步完善,该试剂盒在临床诊断中有一定的价值。     

多重交叉置换扩增联合羟基萘酚蓝检测脓肿分枝杆菌方法的建立

目的 建立一种可视化的恒温扩增方法用于检测脓肿分枝杆菌(MAB)。方法 采用特异性全长erm(41)基因建立基于多交叉置换扩增(MCDA)结合羟基萘酚蓝(HNB)的方法,通过比色法直接检测扩增产物,采用23株脓肿分枝杆菌复合群和8种细菌标准株对该方法进行初步评价。结果 建立的MAB-MCDA-HNB检测限为100 fg的DNA模板。31株细菌菌株中,只有脓肿分枝杆菌检测结果为阳性,其它细菌包括结核分枝杆菌,卡介苗,马赛分枝杆菌、鸟分枝杆菌等非结核分枝杆菌和金黄色葡萄球菌等均为阴性。脓肿分枝杆菌模拟痰标本检测灵敏度为1.7×10³ CFU/mL(每次反应17 CFU)。结论 MAB-MCDA-HNB方法能够快速准确诊断脓肿分枝杆菌的感染。     

PCR快速检测支气管灌洗液结核杆菌的研究

应用PCR(聚合酶链反应)体外DNA扩增技术检测结核杆菌DNA,灵敏度为1pg,约10～100个菌。所用引物只扩增结核杆菌复合体DNA产生245bp片段,其余受试分支杆菌及链霉菌、大肠杆菌未见该片段扩增,可见具有较高特异性。PCR直接检测83例结核病人支气管灌洗液结核杆菌DNA阳性率56.6％,显著高于涂片(20.5％)和培养(25.3％)。     

结核分枝杆菌双靶标环介导恒温扩增检测方法的建立与应用

目的建立基于双靶标环介导恒温扩增(LAMP)的结核分枝杆菌(MTB)检测技术并应用于临床。方法以结核分枝杆菌复合群(MTBC)插入序列IS6110和MTB mtp40基因为检测靶标,分别设计1套LAMP引物。通过引物浓度和反应条件优化,建立基于双靶标的检测方法(mtp40-LAMP和IS6110-LAMP),比较2种方法的灵敏度和特异性。应用建立的mtp40-LAMP和IS6110-LAMP方法与PCR、萋-尼氏抗酸染色法和分枝杆菌分离培养法,分别对55例患者的痰标本进行检测与鉴定,通过对其结果的比较分析评价mtp40-LAMP和IS6110-LAMP方法的实用性。结果灵敏度试验显示,mtp40-LAMP和IS6110-LAMP方法可检出MTB基因组DNA最低浓度为125 fg/μl,比常规的PCR方法高10～100倍。mtp40-LAMP和IS6110-LAMP方法的特异性为100%,能检测MTB菌株并能从MTBC中鉴别MTB。痰标本检测显示,IS6110-LAMP与PNB鉴定结果一致性检验的Kappa值为0.881(P0.01),mtp40-LAMP与TCH鉴定结果的Kappa值为0.887(P0.01)。与PCR方法和萋-尼氏抗酸染色法检测结果比较,mtp40-LAMP和IS6110-LAMP方法敏感性更高。反应体系中加入MG指示剂可直接通过肉眼观察颜色变化进行结果判定,实现了快速闭管检测。从样本处理(35 min)、扩增反应(40 min)到结果验证(1～2 min),整个检测过程80 min内即可完成。结论基于LAMP技术建立的mtp40-LAMP和IS6110-LAMP双靶标检测方法敏感性高、特异性强,能够快速、准确地检测和鉴别MTB,可作为潜在的MTB快速筛查或诊断工具。     

细胞壁缺陷结核分枝杆菌IS986序列的检测与分析

插入序列(IS)是染色体的特殊组分,是导致染色体大片段基因突变的主要原因。许多细菌的IS在其进化及作为一种基因标志在流行病学中的作用已被证实[1] ,因此我们探讨细胞壁缺陷变异对结核分枝杆菌染色体DNA保守重复序列IS986的影响。材料与方法　菌种:(1)结核分枝杆菌(TB) :编号930 0 9,中国药品生物制品检定所提供。(2 )结核分枝杆菌稳定L型(TBL) :按文献方法[2 ] 获得传代纯培养物。结核聚合酶链反应(TB PCR)检测试剂盒:由华美生物工程公司提供。纯化试剂盒:ResincolumnTM琼脂糖纯化系统,由华美生物工程公司提供。IS986扩增:按TB…     

分支杆菌原生质体或原生质球为Crohn病的可能原因

Chiodini在15.4％及46.2％的Crohn病人中检出副结核分支杆菌及胞壁缺乏细菌,故分枝杆菌是Crohn病病因的可能性又被重提。作者用相似的方法研究了22例Crohn病及22例其他结肠病病人的粘膜。手术时还切除2个肠系膜淋巴结及一片浆膜,但只40％标本用0.1％(w/v)氯化苄烷铵脱污染处理10分钟。平均培养14月(范围4.6～27.2月)后从12例Crohn病人所取17份组织的Herrold蛋黄培基斜面上检到小(0.5     

结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测

目的建立一种鉴别结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的二重PCR快速检测方法。方法根据已发表的结核分枝杆菌23SrRNA和牛分枝杆菌特殊基因序列,设计并合成了两对可扩增结核分枝杆菌和牛分枝杆菌特异性基因片段的引物,建立二重PCR快速检测结核分枝杆菌和牛分枝杆菌的方法,测定其特异性和敏感性,并对238份牛临床样品的DNA分别进行了检测。结果该方法对牛分枝杆菌能扩增出838bp和631bp的特异性基因片段,结核分枝杆菌只扩增出838bp基因片段而扩增不出631bp的特异性基因片段,对参试的其它牛菌株的DNA扩增结果均为阴性。敏感度检测可达到50pg的DNA含量。临床样品检测结核分枝杆菌阳性有21份,牛分枝杆菌阳性有1份,其它临床样品扩增结果全部为阴性。结论本方法可作为牛分枝杆菌的快速检测和流行病学调查的工具。     

采用副结核杆菌建立肉芽肿性肠炎动物模型的研究

目的:利用副结核杆菌接种地鼠,以图建立一个模拟克隆病的小动物模型。方法:将40只地鼠随机分为两组,实验组:20只腹腔接种副结核杆菌;对照组:20只分别接种生理盐水和死菌(各10只)。8个月后处死动物,作病理学观察,并对动物肠组织进行 Polymerase chain reaction(PCR)扩增副结核杆菌 DNA。结果:实验组 80% (16/ 20)的地鼠出现肉芽肿性肠炎。实验组所有 20只地鼠的肠组织均扩增出 400 bp的 DNA 片段。结论:建立了一个新的肉芽肿性肠炎的小动物模型。     

克隆病与副结核杆菌

分支杆菌、尤其是副结核杆菌长期被疑为克隆病的致病菌。采用聚合酶链反应（ＰＣＲ）技术对手术及内镜活检的７４例石蜡包埋组织（３６例克隆病、１８例溃疡性结肠炎和２０例非炎性肠病对照组织）中的副结核杆菌ＤＮＡ进行检测。扩增的靶ＤＮＡ为副结核杆菌染色体特异重复插入序列ＩＳ９００上４００ｂｐ的片段。其产物特异性通过生物素标记的副结核杆菌全染色体探针Ｓｏｕｔｈｅｒｎ杂交证实。结果显示：４７．２％的克隆病、１１．１％的溃疡性结肠炎和１５．０％的非炎性肠病对照组织中检出了副结核杆菌ＤＮＡ，并发现克隆病组织中副结核杆菌的检出率与其病变部位和是否存在肉芽肿病变无关。提示部分克隆病组织中确有副结核杆菌存在，且后者与克隆病间可能存在特殊相关性。     

rDNA探针杂交检测病人痰标本中结核杆菌的研究

目的 应用结核分枝杆菌特异的rDNA探针杂交检测痰标本中的结核杆菌rDNA,评价其在临床标本检测中的应用价值。方法 用引物b对结核分枝杆菌16S-23SrDNA间隔区序列进行扩增,同时加入生物素标记,制成250bp的rDNA探针。对该探针的敏感性、特异性进行了研究,并对90份结核病人,30份非结核病人痰标本的PCR产物进行了斑点杂交检测。结果 rDNA探针检测引物bPCR扩增产物的敏感性为100pg。rDNA探针与受试24种分枝杆菌和11种非分枝杆菌引物bPCR扩增产物杂交只有结核分枝杆菌、胃分枝杆菌为阳性杂交,特异性较高。而rDNA探针对90份结核病人痰标本引物b扩增产物检测的阳性率为80.2%,高于PCR扩增产物电泳检测结果 (64%)。rDNA探针与30份非结核病人痰标本杂交结果均为阴性杂交。结论 rDNA探针与引物bPCR扩增相结合能提高结核病人痰标本检测的敏感性与特异性。     

Preliminary study on detection method of MTB DNA by PCR amplification combined with CRISPR-Cas13a system

目的 建立一种聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)联合CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas13a识别靶基因核酸序列对结核分枝杆菌脱氧核糖核酸(Mycobacterium tuberculosis deoxyribonucleic acid,MTB DNA)进行检测的方法。方法 将MTB保守序列IS6110片段插入pMD^TM19-Tsimple Vector克隆载体,构建含待检测靶序列的模拟MTB质粒。同时针对待检测靶序列MTB保守序列IS6110设计可以检测MTB DNA的3条不同的特异性规律成簇间隔短回文重复序列RNA(CRISPR RNA, crRNA)探针(IS6110-1crRNA、IS6110-2crRNA、IS6110-3crRNA),引导CRISPR-Cas13a识别转录产物。将筛选出的特异性crRNA、不同待检测标本的PCR扩增转录产物、Cas13a、crRNA和Background RNA等按比例混合构建PCR-CRISPR反应体系。利用荧光定量PCR仪对含有MTB DNA不同稀释浓度的质粒模板、标准菌株H37Rv及6种非结核分枝杆菌进行检测。通过测定的相对荧光强度值分析检测的敏感度及特异度,最终建立基于MTB CRISPR-Cas13a系统的PCR-CRISPR检测方法。结果 选择相对荧光强度值最大的IS6110-1crRNA[相对荧光强度值为197680.64(98364.94,304271.25)]作为后续MTB DNA 检测的crRNA探针。PCR-CRISPR检测最低拷贝数为10¹拷贝/μl的质粒和10⁰拷贝/μl的H37Rv扩增产物的相对荧光强度值[分别为38655.34(31975.51,45410.32)和17691.50(17612.36,17793.29)]明显高于阴性对照[29989.48(29435.72,30263.20)和13725.83(13652.43,13804.95)](Z=-6.713、-9.448;P值均<0.001),显示敏感度较好;阴性对照[37635.57(37168.74,38199.20)]和戈登分枝杆菌[39351.83(38903.70,39769.53)]、胞内分枝杆菌[39191.30(39018.51,39434.95)]、堪萨斯分枝杆菌[25172.20(24586.95,26046.45)]、脓肿分枝杆菌[37328.03(36959.01,37546.78)]、鸟分枝杆菌[37942.29(37455.63,38401.13)]、偶发分枝杆菌[29491.19(29148.63,30058.62)] 等6种非结核分枝杆菌的相对荧光强度值均明显低于10⁶拷贝/μl的MTB DNA质粒的相对荧光强度值[89204.07(66253.60,108819.13)](Z值均=-9.448,P值均<0.001),显示特异度良好。结论 首次成功建立并验证了针对MTB的PCR-CRISPR检测技术,具有敏感度及特异度高、稳定性好、成本低等特点,有望进一步用于临床样本的检测。     

DNA指纹技术检测耐多药结核分枝杆菌的应用研究

目的 应用结核分枝杆菌DNA指纹技术,了解耐多药结核分枝杆菌的基因型状况并探讨耐多药结核病的分子流行病学.方法 以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌DNA指纹技术方法,对临床标本中分离的220株耐多药结核分枝杆菌进行DNA指纹基因分析.同时对实验数据进行聚类分析,进行耐多药结核病分子流行病学研究.结果 根据结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析,220株耐多药结核分枝杆菌均产生特征DNA指纹图谱,DNA指纹图谱变异很大.每一菌株DNA指纹的拷贝数介于3至18之间.其中大部分菌株,即205株(93.2%)包含6～13个拷贝,平均为11个带.这205株DNA指纹图谱中,162株为特异的,提示它们在流行病学上是独立的.有58株(26.4%)指纹图谱组成了15个簇,每簇2～8株,它们的IDNA指纹图谱相同,可能代表了近期的传播.尤其是在此DNA指纹图谱中,其中分子量为200 bp扩增带频率最大,在220株耐多药结核分枝杆菌均出现.结论 结核杆菌DNA指纹技术检测可应用耐多药结核分枝杆菌DNA指纹图谱分型,并可用于耐多药结核病分子流行病学调查.     

一种直接检测结核病痰标本的PCR技术的建立与评价

目的建立并评价聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)在结核病痰标本检测中的应用价值。方法根据结核分枝杆菌复合体IS6110序列设计引物INS1和INS2,并建立PCR反应体系和反应条件。运用PCR方法分别检测标准菌株、结核分枝杆菌PCR检测标准品和拟诊结核病患者痰标本,采用痰涂片和细菌培养为对照。结果比较的统计学分析采用卡方检验。结果PCR方法对结核分枝杆菌、牛分枝杆菌、卡介苗标准株的最小检出浓度分别达到102,103,103个细菌/毫升,能够特异地检出结核分枝杆菌复合体。在PCR检测的574例拟诊病例中,PCR检测阳性病例241例,42%;痰涂片和细菌培养的阳性率分别为19.69%和26.31%,PCR检测阳性率高于传统细菌学检验方法,经χ2检验,差异具有显著统计学意义(χ2=103.67,P<0.01)。以痰培养结果为标准,计算PCR检测方法的敏感度为67.53%。结论PCR检测方法与传统的细菌学检测方法相比可以提高阳性标本检出率,而且具有快速、特异、简便的特点,有望成为结核病大规模筛查和临床快速检测方法。     

噬菌体生物扩增法检测尿液结核分枝杆菌对肾结核的诊断价值探讨

目的 利用噬菌体生物扩增法检测尿液结核分枝杆菌,评价其对肾结核诊断价值。 方法 对肾结核患者63例应用涂片抗酸染色法检测结核分枝杆菌、结核分枝杆菌培养、噬菌体生物扩增法进行尿液结核分枝杆菌检测,聚合酶链反应法检测结核菌DNA。同时选正常人群21人作为对照组行尿液噬菌体生物扩增法检测结核分枝杆菌,聚合酶链反应法检测结核分枝杆菌DNA。结果 肾结核患者尿液行噬菌体生物扩增法检测结核分枝杆菌阳性率明显高于涂片抗酸染色法检测结核分枝杆菌及结核分枝杆菌培养（P<0.01）。与PCR法比较差异无统计学意义（P>0.05）,噬菌体生物扩增法检测尿液中结核分枝杆菌对肾结核诊断有较高的特异度(95.2%)和灵敏度(69.8%)。 结论 噬菌体生物扩增方法检测尿液结核分枝杆菌对肾结核诊断具有重要的参考价值。     

高通量测定技术检测结核分枝杆菌耐利福平的研究

目的 基于焦磷酸测序(pyrosequencing)技术，建立耐利福平结核分枝杆菌快速检测方法，并探讨其临床应用价值。方法 设计一对聚合酶链反应(PCR)引物，其中一引物经生物素化修饰，PCR扩增含耐药决定区一297bp长的rpoB基因片段，借用链亲和素包被磁珠纯化单链PCR产物。设计2个正向测序引物，运用pyrosequencing技术对耐药决定区进行序列测定。通过对一系列10倍稀释的结核分枝杆菌H37Rv标准株DNA进行分析，评价所建立方法的检测敏感性。通过对已知耐药表型的结核分枝杆菌临床分离株进行分析，评价所建立方法的检测特异性。结果：PCR扩增后，可在2h内得到耐药决定区序列。所建立方法的检测灵敏度为50fg DNA／反应。在所分析的利福平敏感株中均未检测到耐药决定区突变，而在耐利福平菌株中均检测到耐药决定区突变。结论 所建立的方法具有自动化程度高和结果准确等特点，适用于对耐利福平结核分枝杆菌进行快速高通量检测。     

套式PCR及测序方法用于痰标本中结核分枝杆菌rpoB耐药基因突变检测

目的应用套式PCR—DNA测序方法直接检测痰标本中结核分枝杆菌相关的rpoB基因突变，以期建立一种直接检测分枝杆菌耐利福平的快速方法，并评价其临床应用价值。方法采用套武PCR—DNA测序方法直接检测112例活动性肺结核患者和20例非结核性肺部疾病患者痰、标本中结核分枝杆菌rpoB基因突变情况。同份痰标本同时做涂片抗酸染色，罗氏培养及菌型鉴定。结果112例活动性肺结核患者痰标本套式PCR扩增87例呈阳性，产物DNA测序31例有rpoB基因突变。其中分离出耐利福平株的32例痰中29例发生了基因突变，耐药突变率90．6％（29／32），39例菌阴（涂阴培阴）痰中有2例发生突变。分离出对利福平敏感株的37例痰中未发生突变，20例非结核性肺部疾病患者痰标本套式PCR扩增均为阴性，特异性100％。结论套式PCR—DNA测序可望为直接检测临床痰标本中结核分枝杆菌耐利福平的准确、特异、快速的方法。     

DNA指纹技术检测耐多药结核分枝杆菌的应用研究

目的应用结核分枝杆菌DNA指纹技术,了解耐多药结核分枝杆菌的基因型状况并探讨耐多药结核病的分子流行病学。方法以结核分枝杆菌插入序列IS6110序列为模板,设计一对特异外向引物,建立一种结核分枝杆菌DNA指纹技术方法,对临床标本中分离的220株耐多药结核分枝杆菌进行DNA指纹基因分析。同时对实验数据进行聚类分析,进行耐多药结核病分子流行病学研究。结果根据结核分枝杆菌DNA指纹图谱分析,220株耐多药结核分枝杆菌均产生特征DNA指纹图谱,DNA指纹图谱变异很大。每一菌株DNA指纹的拷贝数介于3至18之间。其中大部分菌株,即205株（93.2%）包含613个拷贝,平均为11个带。这205株DNA指纹图谱中,162株为特异的,提示它们在流行病学上是独立的。有58株（26.4%）指纹图谱组成了15个簇,每簇28株,它们的IDNA指纹图谱相同,可能代表了近期的传播。尤其是在此DNA指纹图谱中,其中分子量为200 bp扩增带频率最大,在220株耐多药结核分枝杆菌均出现。结论结核杆菌DNA指纹技术检测可应用耐多药结核分枝杆菌DNA指纹图谱分型,并可用于耐多药结核病分子流行病学调查。