生物医学领域本体开发项目比较研究

介绍了国际上发展较好的四类生物医学领域本体,从开发时间、目的、覆盖内容、结构等方面进行了深入比较,总结出目前本体开发中存在的同义词与术语表达、对应关系与间隔尺度等主要问题.     

本体在生物医学领域中应用研究热点分析

对Medline数据库收录的8年有关本体在生物医学领域应用论文中的高频主题词进行共现聚类分析,总结该领域研究热点,具体包括在生物信息学、临床医学、医学信息学以及人工智能中的应用共4个方面、8个主题方向。     

生物医学本体工程进展

近年来,领域本体在生物医学钡域广泛应用,在知识的获取、管理和检索中发挥了积极作用。通过文献调研找出了牛物医学领域中的小体,选取其中的代表件本体进行调研与分析,并讨论了存在的问题和发展趋势。     

文本挖掘在生物医学领域中的应用及其系统工具

系统介绍了生物医学文本挖掘的具体流程和文本挖掘技术在生物医学领域中的应用情况,并着重从自然语言处理和本体、命名实体识别、关系抽取、文本分类与聚类、共现分析、系统工具及评价、可视化等方面分别做了阐述.     

生物医学文本挖掘：步骤与工具

介绍了生物医学领域里的文本挖掘研究的步骤及各个步骤中所采用的方法,重点介绍了各个步骤中所用的工具和案例,以期促进生物医学文本挖掘研究的开展。     

生物医学实体关系抽取的研究

人类基因组计划使生物医学的研究取得了前所未有的成就,在研究结果中得到了大量的生物医学实体,如基因、蛋白质、器官、疾病和药物等,但这些生物实体之间存在什么样的关系仍不完全清楚.作为生物医学研究成果载体的文献呈指数增长,已成为科研人员获取知识的瓶颈.文本挖掘能够解决信息超载问题,故对生物医学实体关系的挖掘流程和评价指标进行介绍,对生物医学文本挖掘在研究生物实体关系抽取中采用的基于统计的方法、基于自然语言处理的方法和基于模式匹配的方法进行了阐述,对各种方法进行了综合比较,同时介绍了国内外相关研究.     

生物医学相关的本体研究现状

通过调查生物医学相关本体的文献,分析当前本体在生物医学上的研究现状.以共词分析和聚类分析的方式分析出生物医学相关本体的7个研究热点,包括基因表达的信号传导、蛋白质相关研究、本体相关的系统和软件的开发、基因及染色体的相关研究、与本体相关的词表研究、计算生物学和基因组学的方法学研究,基因表达研究.     

欧洲ELIXIR生物医学数据工具服务平台体系实践与启示

目的/意义满足生物医学领域海量数据分析和应用迫切需求,解决数据分析利用工具缺乏规范化管理等问题。方法/过程全面分析和总结ELIXIR生物医学数据工具服务平台体系工具标准化汇集、管理和共享利用方面的建设思路、方法和技术实现等,在生态系统构建、管理规范、运行环境管理、基准测试与验证、技术更新策略及社区驱动创新等方面对我国开展相关研究和实践提出建议。结果/结论汲取ELIXIR数据工具服务平台体系建设有益经验,可为我国生物医学数据分析利用相关工具规范化管理和服务平台建设提供综合性参考。     

本体构建工具Py2ONTO的设计与实现

目的：开发一个简单易用的本体构建工具Py2ONTO,探索人工方式和自动化方式相结合的本体构建方案。方法：通过将Owlready常用的底层函数封装为功能函数,在此基础上设计一个基于CSV模板的自动构建本体的流程,并在代码中提供功能函数的调用,通过BioPortal、MedPortal等本体数据库实现术语映射功能。结果：开发了基于Python的本体建设工具Py2ONTO,该工具可以通过命令行方式及Python脚本调用功能函数方式构建本体。通过该工具构建了两个本体,测试结果证明本文构建的本体满足其术语覆盖度和可推理性评估要求。结论：为本体构建提供了一种较为简单且可靠的选择,有助于科研人员构建高质量的本体。     

基于Cytoscape的生物医学本体参数化SPARQL查询系统

大量生物医学本体数据的出现需要一种工具供生物医学研究者查询SPARQL。但完全手工输入SPARQL查询语句不仅非常复杂而且容易出错。在分析传统SPARQL查询构建器的基础上,利用参数化思想研发了一个基于Cytoscape的参数化SPARQL查询系统,该系统可以把SPARQL查询条件以参数的形式做成模板,生物医学研究者可以更快速便捷地对数据源中多个生物医学本体知识库直接进行参数化查询,而不用每次手动输入相同的条件。     

亲密伴侣暴力评估工具的研究进展

亲密伴侣暴力(IPV)是指亲密伴侣之间发生的威胁或虐待行为,其具体形式包括身体、精神或性伤害。现有研究表明,IPV可给受害者带来一系列身体和心理上的损伤,严重影响受害者的生活质量。准确评估IPV是制定针对性预防措施的前提和基础。然而,国内对IPV的研究尚处于起步阶段,针对IPV的评估工具缺乏。本文将国外常用的8种IPV评估工具分为研究工具和筛查工具,对各工具的主要内容、应用情况及特点进行综述,并对这8种评估工具的优缺点进行比较,旨在为我国IPV相关研究提供借鉴,为准确评估和识别IPV受害者提供依据。     

健康相关行为决策平衡测评工具的研究进展

决策平衡在行为改变过程及健康行为维持中发挥重要中介抑或决定作用，国外学者早已关注到决策平衡的重要价值，但国内却鲜见相关研究报道。本文对决策平衡概念的源起、构成、发展及相应测评工具应用现状进行综述，具体包括吸烟、饮酒、运动锻炼、营养膳食、癌症筛查、处方药应用、情绪管理、毒品及其他慢性病相关行为决策平衡测评工具，以期全面总结国内外健康相关行为决策平衡测评工具的优缺点、适用性和局限性等，为开发研制适合我国国情的健康人群、高危人群乃至患病人群的健康行为决策平衡测评工具提供借鉴和参考。     

基于本体的医学图像分析研究

医学图像在临床诊断与治疗中的应用日益广泛,如何有效利用影像管理系统中的大量图像来辅助医生进行分析与诊断,是一个非常重要的问题。传统的基于文本关键字的图像检索方法已不能满足对大型医学图像数据库检索的需要,在分析传统医学图像检索方法不足的基础上,结合模糊本体概念提出一种基于模糊本体的医学图像分析方法。该方法利用模糊本体中隶属度的概念,对查询语句和图像关键词向量空间模型进行模糊本体概念映射和概念相似度计算。实验证明,这一方法具有良好的性能。     

卫生政策科研本体构建研究

在对现有科研本体和本体构建方法进行分析的基础上,利用Protege工具进行开发,选择0WL作为卫生政策科研本体描述语言,阐述了构建过程,初步设计了卫生政策科研本体模型,最后提出了问题和展望。     

基于关系模型的医学信息领域本体构建

以糖尿病为对象,研究从关系模型到本体的转换,开发基于本体的语义查询系统,应用表明该本体能够完整展示糖尿病领域的知识,概念之间关系丰富,语义查询结果也比基于关键词的查询方式更准确.     

基于Web本体语言的中医证候知识建模初探

中医证候学的知识体系具有结构复杂、表达方式多样、模糊性强等特点,为知识建模增加了难度。Web本体语言是语义Web的核心技术,具有丰富的表达方式和成熟的推理机,为中医证候知识建模提供了潜在的解决方案。介绍Web本体语言的核心技术,并结合具体案例对基于Web本体语言的中医证候知识建模方法进行了初步探索。     

晚期痴呆患者认知功能评估工具的研究进展

痴呆是一种发展病程不可逆的神经退行性病变,患者的认知功能会随着疾病的进展不断减退。目前国内临床医护人员及家属对晚期痴呆的关注较少,传统的认知功能评估工具存在“地板效应”,在跟踪晚期痴呆患者认知功能方面能力有限。而对晚期痴呆患者进行正确的评估可以识别其残存的认知功能和维持生存的基本技能,为医护人员提供可以利用的信息,追踪治疗效果,同时提高照顾者的信心,改善患者的生活质量。本文通过回顾国内外发表的晚期痴呆患者认知功能评估工具的相关研究并进行对比分析,发现严重损害量表（SIB）、严重损害量表-缩减版（SIB-S）、简易精神状态检查表-重度（SMMSE）、贝勒严重精神状态检查量表-认知评估（BPMSE-cog）、严重损害测试量表（TSI）、严重认知损害量表（SCIP）等工具在评估晚期痴呆患者的认知功能方面具有各自的优缺点及适用性,为我国晚期痴呆患者认知功能评估工具的选择提供依据。     

患者用药体验相关测评工具的研究进展

患者用药体验对其服药信念、行为和疾病转归等产生重大影响,但目前关于患者用药体验测评工具种类较多,且尚未统一,因此本文就患者用药体验相关概念及其用药体验相关测评工具的发展过程、内容、信效度、优缺点进行梳理,以期为合理评估患者用药体验提供科学参考。