比较基因组杂交技术在肿瘤研究中的新进展

比较基因组杂交（comparative genomic hybridizationc GH）是一种将消减杂交和荧光原位杂交相结合的分子细胞遗传学技术,可在全部染色体区带上检测基因组间DNA拷贝数的变化并定位。本文对CGH技术及其在肿瘤研究中的进展作一综述。     

比较基因组杂交技术的改进及其在产前诊断中的应用

目的改进比较基因组杂交（CGH）技术,为产前诊断胎儿染色体异常提供有益手段。方法选取唐氏综合征筛查结果为高风险、细胞遗传学结果异常的孕妇5例,因胎儿畸形、死胎引产的孕妇11例。缺口平移法标记待测DNA和对照DNA,同时将待测DNA和对照DNA的荧光颜色互换,即进行荧光互换CGH,根据绿红两种信号的比值制作CGH拷贝数核型模式图,以1.0表示平衡比例,荧光强度比（FR）阈值定为1.25和0.75。以细胞遗传学检查检验CGH分析的敏感性和可靠性。结果16例孕妇胎儿样本均成功利用CGH方法进行了分析、确认,结果与细胞遗传学分析一致;1例细胞遗传学诊断为4号染色体的长臂远端部分缺失病例,CGH为4号染色体q32 qter缺失。CGH分析在荧光互换前后FR曲线并不完全互补。结论CGH技术经荧光互换等改进能最大程度的排除在实验过程中可能产生的误差,可作为产前诊断中传统核型分析的有益和必要补充。     

原发性肺癌染色体比较基因组杂交研究

目的分析原发性肺癌不同病理分类(鳞癌、腺癌和其他类型原发性肺癌)的遗传物质不平衡特征,为寻找肺癌发生发展相关基因、揭示肺癌发病机制提供线索。方法应用比较基因组杂交技术分析55例原发性肺癌患者肿瘤细胞染色体,按病理分类分为鳞状细胞癌组24例(鳞癌组),腺癌13例(腺癌组),其他组18例(腺鳞癌5例、细支气管肺泡癌8例、小细胞癌4例及非典型类癌1例),正常外周血淋巴细胞染色体DNA标本由20名健康男性志愿者提供。结果原发性肺癌鳞癌组常见染色体扩增区是2Q、5P、11Q、22Q,常见缺失区是1P、4Q、5Q、6Q、8P、9P、10Q、11P、13Q、18Q、21Q。腺癌组常见扩增区是5P、8Q、11Q,常见缺失区是10P、19。其他组中,腺鳞癌、肺泡细胞癌、小细胞癌等各有不同。结论原发性肺癌不同病理分型存在广泛的遗传物质不平衡现象,染色体基因扩增和缺失可能是不同类型肺癌发生发展的基础。     

微阵列比较基因组杂交技术在出生缺陷新生儿中的应用研究

目的:探讨微阵列比较基因组杂交技术在出生缺陷新生儿中的应用价值。方法:选取不明原因的出生缺陷新生儿20例为研究对象,采用微阵列比较基因组杂交技术评估出生缺陷发生的遗传病因。结果:20例患儿经常规染色体检测存在2例(10%)染色体拷贝数变异,但无法明确病因。另经微阵列比较基因组杂交技术检测后,有5例患儿(25%)存在染色体拷贝数变异,4例患儿明确病因,与常规染色体检测结果比较,差异有统计学意义(P<0.05)。其中,1号患儿在chr22q13.31q13.33区域发生3.8 Mb片段缺失,为Phelan-McDermid综合征;2号患儿在chr15q11.2q13.1区域发生约6.2 Mb片段缺失,与Prader-Willi综合征相关;3号患儿在chr11q24.2q25区域发生10.3 Mb片段缺失,为Jacobsen综合征;4号患儿在chr5q32处存在约311 Kb缺失片段,该片段缺失可致Treacher Collins综合征;5号患儿多条染色体发生了大片段纯合子(>3Mb)现象,片段长度总和大约为171.0 Mb,占常染色体基因组片段总长度的6.0%,无明确临床意义。其余患儿染色体拷贝数为正常多态性改变。结论:在常规染色体检测无法确诊的情况下,采用微阵列比较基因组杂交技术进行全基因组的快速扫描可明确部分患儿病因,具有重要的临床意义。     

应用比较基因组杂交技术鉴定标记染色体的来源

目的:确定额外标记染色体来源,对染色体异常患者进行明确的遗传学诊断.方法:应用比较基因组杂交(comparative genomic hybridization, CGH)和荧光原位杂交(fluorescence in situ hybridization, FISH)技术对1例小标记染色体患者进行分子细胞遗传学检测.结果:显示13号染色体近着丝粒q11-q12区有一明显扩增,提示该额外小标记染色体来源于13号染色体pter→q12.结论: CGH结合FISH技术是鉴别标记染色体来源的又一快速便捷的方法.     

比较基因组杂交抄术在实验应用中的体会

比较基因组杂交（Comparative genomic hybridization，CGH）技术是1992年Kalioniemi在荧光原位杂交基础上，结合消减技术发展起来的一种能够快速、全面分析染色体基因组，甚至分析整条染色体获得和缺失的一种较新的细胞遗传学方法。与其他肿瘤细胞遗传学方法相比，主要的优点是不需要制备肿瘤细胞的中期分裂象，对肿瘤标本没有限制，仅需要微量基因组DNA即可进行全基因组检测，不仅可用于肿瘤细胞系、新鲜组织和冰冻肿瘤组织，     

微阵列比较基因组杂交检测复杂染色体重排胎儿隐藏的基因组拷贝数变化

目的：检测复杂染色体重排断裂点区域是否隐藏有亚显微拷贝数变化,确定重排的复杂性,探讨微阵列比较基因组杂交在分子细胞遗传诊断中运用的可行性和优越性.方法：应用微阵列比较基因组杂交芯片对一被传统G显带和多色荧光原位杂交诊断为平衡复杂染色体重排（46,XX.t（4;5;15）（4pter→4q23：：15q23→15qter;4qter→4q23：：5p15→5qter;15pter→15q23：：）dn）的胎儿进行全基因组高分辨率扫描和分析.结果：微阵列比较基因组杂交显示胎儿存在3个亚显微拷贝数变化：dup（5）（q13.2）（69274233-70622915,～1.35Mb）,del（15）（q11.2）（18657188-20080135,～1.42Mb）和del（18）（p11.31-p11.23）（7069849-7567290,～0.49Mb）,均定位于重排断裂点（4q23,5p15和15p23）以外的区域,与断裂点不相关.结论：被传统细胞遗传分析技术诊断为平衡染色体重排的病例会隐藏有亚显微拷贝数变化,且这些拷贝数变化并非一定定位于重排断裂点区域;对于检测和定位亚显微拷贝数变化,微阵列比较基因组杂交是一个非常强大和有效的工具.     

比较基因组杂交技术在实验应用中的体会

比较基因组杂交(Comparative genomic hybridization,CGH)技术是1992年Kalioniemi在荧光原位杂交基础上,结合消减技术发展起来的一种能够快速、全面分析染色体基因组,甚至分析整条染色体获得和缺失的一种较新的细胞遗传学方法[1～2].与其他肿瘤细胞遗传学方法相比,主要的优点是不需要制备肿瘤细胞的中期分裂象,对肿瘤标本没有限制,仅需要微量基因组DNA即可进行全基因组检测,不仅可用于肿瘤细胞系、新鲜组织和冰冻肿瘤组织,还可用于石腊包埋的存档组织,因此已成为当今对整个染色体扫描分析最常用的技术.     

自然流产的比较基因组杂交分析

目的:评价比较基因组杂交(CGH)在自然流产组织遗传分析中的可行性和优越性。方法:研究38例早期流产妊娠组织,其中27例新鲜,11例陈旧。每例样本分为两份,一份用于常规细胞遗传学分析,另一份用于CGH分析。结果:CGH成功分析了所有38例自然流产组织,但是只有31例得到细胞遗传学核型     

贲门癌家族史阳性患者比较基因组杂交变化特征

目的 探讨河南食管贲门癌高发区贲门癌肿瘤家族史阳性/阴性患者基因组变化特征.方法 应用比较基冈组杂交技术分析14例贲门癌家族史阳性和28例贲门癌肿瘤家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数扩增高于阴性(>20%)者的染色体部位为20p(FH+50%与FH-21%),5p(FH+50%与FH-18%),6q(FH+43%与FH-18%),16q(FH+36%与FH-14%);贲门癌家族史阳性患者DNA拷贝数丢失高于阴性(>20%)者为4q(FH+43%与FH-14%)(P>0.05).1q、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p染色体部位DNA拷贝数扩增和1p、17q/p、19p染色体部位DNA拷贝数丢失在贲门癌家族史阳性和阴性患者中均超过20%(P>0.05).结论 20p、5p、6q、16q、4q、17q、18q、9p、22q可能存在与贲门癌遗传高易感性相关的关键基因;而1q/p、3q、6q/p、7p、8q、13q/p、20q/p、17q/p、19p可能存在与环境因素相关的贲门癌关键基因.     

比较基因组杂交微阵列技术在高龄孕妇产前诊断胎儿染色体异常中的应用

  目的  探讨比较基因组杂交微阵列（array-based comparative genomic hybridization,a-CGH）技术在高龄孕妇产前诊断胎儿染色体异常中的临床意义。  方法  选取因单纯高龄因素孕期行羊膜腔穿刺采集羊水标本进行产前检查诊断的孕妇3 677例为研究对象,采用CGXTM（8X60K）芯片对采集的羊水标本进行a-CGH检测,并采用Genoglyphix?软件进行分析。  结果  3 677例孕妇羊水标本中,a-CGH分析共检出染色体异常75例,异常率为2.04%,其中非整倍体40例（21-三体22例,18-三体5例,XXY 8例,XYY 3例,X/XX 2例）,占53.33%;致病性拷贝数变异（copy number variations,CNVs）24例（19例为微缺失,5例为微重复,片段大小为323～26 780 kb）,占32.00%;可能致病CNVs 11例（4例为微缺失,7例为微重复,片段大小为358～16 873 kb）,占14.67%。此外,检出不明意义CNVs 31例,占总数的0.84%。高龄孕妇年龄每增长一岁,染色体非整倍体检出率明显增高（P<0.05）,但致病性CNVs检出率在各年龄段差异无统计学意义（P>0.05）。  结论  a-CGH不仅可以检测非整倍体异常,还可以检出微缺失/微重复综合征等染色体拷贝数变异。胎儿染色体非整倍体的发生率与年龄密切相关,但染色体拷贝数变异发生率与年龄无显著相关性。     

河南林州食管癌家族史阳性患者比较基因组杂交特征

目的 探讨河南食管癌高发区食管癌家族史阳性患者基因组变化特征.方法 应用比较基因组杂交技术分析13例食管癌家族史阳性和32例食管癌家族史阴性患者染色体基因组变化.结果 10q染色体部位DNA拷贝数扩增在食管癌家族史阳性患者为23%(3/13)而食管癌家族史阴性患者中无发生(P<0.05).15q染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性为38%(5/13),明显高于食管癌家族史阴性的6%(2/32)(P<0.05).3q、8q、7p、5p等染色体部位DNA拷贝数增加和3p、19q、9q等染色体部位DNA拷贝数丢失在食管癌家族史阳性和阴性患者中发生率均超过20%(P>0.05).结论 10q、15q可能存在与食管癌遗传高易感性相关的关键基因,而3q、8q、7p、5p、3p、19q、9q等可能存在与环境因素相关的食管癌关键基因.     

通过比较基因组杂交研究肝癌中非随机染色体畸变

目的:研究肝癌发生和发展过程中非随机染色体畸变情况。方法:采用比较基因组杂交法(comparativegenomichybridization,CGH)分析25例肝癌标本。结果:4q、8p、16q、17p、13q和6q区域的缺失以及8q、1q、6p和17q区域的扩增为肝癌的特征性变化。结论:非随机改变区域存在的相关基因与肝癌发生有关。     

比较基因组杂交微阵列技术在唐氏综合征血清学筛查结果异常孕妇产前诊断中的应用

目的 探讨比较基因组杂交微阵列(array-based comparative genomic hybridization,a-CGH)技术在唐氏综合征血清学筛查(简称唐筛)结果异常孕妇产前诊断中的应用.方法 选取单纯因唐筛结果异常、并行羊膜腔穿刺取羊水标本进行产前检查诊断的单胎孕妇3578例为研究对象,将其分为3组:...     

中枢神经细胞瘤全基因组的比较基因组杂交分析

目的研究中枢神经细胞瘤全基因组的遗传学异常,探讨该肿瘤的发病机制。方法应用比较基因组杂交技术,研究10例中枢神经细胞瘤的遗传学改变。结果10例中枢神经细胞瘤中,6例发现有染色体的失衡,主要表现为遗传物质在染色体2p(4/10)、10 q(4/10)和18 q(3/10)上的获得。结论染色体2p、10 q和18 q的遗传学改变很可能与中枢神经细胞瘤的发病机制有关。     

中枢神经细胞瘤全基因组的比较基因组杂交分析

目的研究中枢神经细胞瘤全基因组的遗传学异常,探讨该肿瘤的发病机制.方法应用比较基因组杂交技术,研究10例中枢神经细胞瘤的遗传学改变.结果10例中枢神经细胞瘤中,6例发现有染色体的失衡,主要表现为遗传物质在染色体2p(4/10)、10q(4/10)和18q(3/10)上的获得.结论染色体2p、10q和18q的遗传学改变很可能与中枢神经细胞瘤的发病机制有关.     

比较基因组杂交在消化道肿瘤研究中的应用

现代分子生物学研究揭示了肿瘤是一种与遗传密切相关的疾病[1],人类肿瘤的遗传不稳定分为染色体的不稳定(CIN)和微卫星不稳定(MSI),几乎所有的肿瘤存发生发展的过程中都存在染色体片段的非随机异常,表现为染色体数目或结构的改变,这些改变与原癌基因的扩增和抑癌基因的缺失密切相关.     

人类基因组中短串联重复序列的研究及应用现状

短串联重复序列(short tandem repeat，STR)也称做微卫星(Microsatellite)DNA。广泛存在于真核生物基因组中，具有高度的多态性，作为新一代遗传标记，STR以其独特的优势保存下来，使分子生物学方面的研究发生了翻天覆地的变化。     

比较基因组杂交在消化道肿瘤研究中的应用

现代分子生物学研究揭示了肿瘤是一种与遗传密切相关的疾病[1],人类肿瘤的遗传不稳定分为染色体的不稳定(CIN)和微卫星不稳定(MSI),几乎所有的肿瘤存发生发展的过程中都存在染色体片段的非随机异常,表现为染色体数目或结构的改变,这些改变与原癌基因的扩增和抑癌基因的缺失密切相关.