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1.
目的对长沙市2014年12月某厂区暴发的一起急性胃肠炎疫情进行病原学诊断及对其致病原进一步的基因分型研究。方法共采集6例病人肛拭子标本和可疑水源标本4份,提取核酸后,诺如病毒GI/GII型real-time RT-PCR试剂盒检测;阳性标本普通RT-PCR扩增VP1基因片段,产物测序后BLAST比对确定其型别,并构建进化树分析其进化关系。结果 10份标本real-time RT-PCR扩增结果显示为诺如病毒GII型,VP1区片段RT-PCR扩增后产物测序,BLAST比对发现与2014年香港诺如病毒株GII/Hu/HKG/2014/GII.17/CUHK-NS-463同源性最高,达99%,证实为诺如病毒GII.17型;构建系统进化树分析显示本次疫情分离的毒株与日本、香港、台湾等亚洲地区的毒株亲缘关系更为接近,而与美国、法国等地区的毒株亲缘关系则较远。结论诺如病毒是引起此次急性胃肠炎疫情的病原体,且引起暴发的病毒株属于GII.17型。  相似文献   

2.
目的 建立贝类中GI、GII诺如病毒快速检测与分群方法。 方法 对比分析6株主要流行的GI、GII诺如病毒及参考诺如病毒的基因序列,筛选保守区域引物,优化建立SYBR Green I荧光定量检测与熔解曲线快速分群方法,并对实际样品检测验证。结果 引物P289/290可同时检测GI、GII诺如病毒,SYBR Green I荧光定量检测方法在病毒浓度103~109 copies 之间呈现良好的线性关系(R2=0.993,P<0.01),熔解曲线Tm值可区分GI和GII不同基因群的诺如病毒(F=7 507.60,P<0.05 )。120份贝类样品阳性检出率5.83%,其中阳性结果测序鉴定与快速分群方法结论一致。 结论 该方法成本低、检测快速、分群准确,具有良好重复性,适用于贝类中GI、GII诺如病毒的快速检测与分群。  相似文献   

3.
目的?对一起儿童急性胃肠炎聚集性疫情的病原进行鉴定、分型及进化分析。 方法?收集本次疫情患儿粪便标本,提取核酸,采用实时荧光PCR初步进行病原鉴定。通过反转录-聚合酶链反应对诺如病毒阳性标本的聚合酶区和衣壳VP1区部分基因序列进行扩增;通过PCR对腺病毒阳性标本的六邻体区部分基因序列进行扩增。对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件及网站对病毒进行型别鉴定及进化分析。结果?共收集到3例患儿粪便标本,诺如病毒和腺病毒均为阳性。3株诺如病毒毒株均为诺如病毒GII.P12-GII.3型,其聚合酶区部分基因序列(206 bp)与2015─2018年我国GII.P12-GII.3型诺如病毒参考序列的同源性为98%,且位于同一进化树分支上;3株腺病毒毒株均为腺病毒F亚属41型(F41型),其六邻体区部分基因序列(420 bp)与2015─2019年我国F41型腺病毒参考序列的同源性为100%,且位于同一进化树分支上。 结论?本次儿童急性胃肠炎聚集性疫情是由GII.P12-GII.3型诺如病毒和F41型腺病毒混合感染引起,毒株序列分别与近年来我国流行的GII.P12-GII.3型诺如病毒及F41型腺病毒序列高度同源。本研究为混合感染急性胃肠炎疫情病原的快速鉴定及溯源分析提供了参考。  相似文献   

4.
调查和分析一起发生在江苏省常州市某小学急性胃肠炎爆发疫情,明确流行病学特征和基因型特征。方法根据统一设计的流行病学调查表,对病例和对照的饮食、饮水和卫生习惯等情况开展病例对照研究。对病例的排毒情况进行跟踪调查,明确排毒期长短。采集病例和对照的标本,进行荧光定量PCR方法检测,对部分阳性结果标本进行测序以明确基因型。结果11月22日起出现首例病例,11月22日至12月2日为主要发病阶段。此期共发病269例,其中学生发病264例,罹患率17.4%,教师发病5例,罹患率4.4%,两者存在统计学差异(χ2=13,P<0.01);排毒期调查结果显示,本起暴发疫情最短排毒期为发病后3 d,最长为14 d,中位时间为7 d。共采集172份标本,其中82份检测结果为诺如病毒GII型阳性,未检测到轮状病毒及腺病毒,18份诺如病毒GII型阳性标本测序分析显示均为GII.12基因型。结论结合病例临床特征、流行病学调查及实验室检测结果综合分析,判定本起疫情为诺如病毒GII.12型感染导致的急性胃肠炎爆发疫情,该型别在我省尚为首次发现。爆发原因可能为呕吐物 口引起的大范围传播。  相似文献   

5.
目的 对舟山市海岛地区2017年4起诺如病毒暴发疫情进行型别鉴定及分子特征研究。方法 对舟山市县区暴发疫情所在地上送的40份急性胃肠炎病例样本,采用荧光PCR筛查病原体,常规RT-PCR扩增诺如病毒聚合酶及衣壳蛋白区基因序列,并进行分子特征分析。结果 27份样本筛查为诺如病毒GII型阳性,经基因序列分子特征分析,证实本轮暴发疫情由新重组GII.P16-GII.2型诺如病毒所引起,重组位点位于ORF1-ORF2连接区处1 120-1 122 bp,并分别与同处沿海地区江苏省,北京市2016年报道的GII.P16及GII.2型毒株同源性最高;对其中1例样本近乎完整的聚合酶区及衣壳蛋白区氨基酸序列与代表株相比对,发现2016-2017年GII.P16型c簇中聚合酶区5个特异位点发生变异。结论 本次为舟山市海岛地区首次检测出诺如病毒重组株GIIP.16-GII.2型,并引起急性胃肠炎暴发,在今后的监测工作中应同时开展诺如病毒的聚合酶区及衣壳蛋白区的序列检测,及时识别新出现的变异株,为本区域诺如病毒的防控提供依据。  相似文献   

6.
目的监测和分析2011年和2013年武汉市婴幼儿和成人病毒性胃肠炎病原。方法用聚丙烯酰胺凝胶电泳及RT-PCR对胃肠炎患者腹泻大便样本进行轮状病毒、诺如病毒、星状病毒以及札幌样病毒检测,部分样本测序并比对同源性。用PCR检测腺病毒。结果轮状病毒、诺如病毒、星状病毒、札幌样病毒检出率分别为21.6%(296/1 368)、35.7%(488/1 368)、10.2%(140/1 368)和7.7%(105/1 368);肠道腺病毒在儿童患者中的检出率为8.2%(70/853)。诺如病毒和轮状病毒易感人群为13~24月龄和7~24月龄儿童,及40~59岁成人。轮状病毒检出高峰在秋冬季。星状病毒、札幌样病毒和腺病毒多发于2岁以下的婴幼儿,无明显季节分布。196人份A组轮状病毒基因型以G9P[8]为主(40.8%),其次为G1P[8](26.5%),G3P[8](16.3%)和G2P[4](11.7%)。经测序比对诺如病毒基因型分别为GⅡ.4型(7/12),GⅡ.3型(5/12);星状病毒为1型(8/13),8型(4/13)和5型(1/13);札幌样病毒为GI.1型(2/6),GI 2型(2/6)和GⅡ.1型(2/6)。结论 2011年和2013年武汉市婴幼儿和成人胃肠炎主要病原是诺如病毒,其次是轮状病毒。  相似文献   

7.
目的 本文旨在鉴定福建省2016年冬季导致病毒性胃肠炎暴发的病原体,并对病原体进行分子特征研究.方法 对疫情暴发地上送的福建省2016年胃肠炎暴发急性病例标本,采用荧光PCR初步判定病原体,常规RT-PCR检测诺如病毒RNA聚合酶和衣壳蛋白基因片段,并进行序列测定和分子特征分析.结果 在3起暴发疫情中18份标本经荧光PCR检测均为诺如病毒核酸阳性,其中15份标本RT-PCR检测判为GⅡ型诺如病毒,9份标本成功测序.分析测序结果,证实引起本轮疫情为诺如病毒新重组株,该重组株有别于本地散发流行及全球暴发流行的优势基因型GⅡ.4.毒株RNA聚合酶核苷酸序列与2016年日本的GⅡ.4悉尼变异株Kawasaki194毒株的同源性最高,达98%,为GⅡ.P16亚型;衣壳蛋白核苷酸序列与2008年比利时的IPH2161-08VG06毒株同源性最高(97.7%~98.8%),为GⅡ.2亚型.结论 这是福建省首次报道诺如病毒重组株GⅡ.P16/ GⅡ.2的检出,并引起病毒性胃肠炎暴发.  相似文献   

8.
目的 分析比较诺如病毒急性胃肠炎患儿与健康儿童肠道菌群的物种分布和功能变化差异,初步揭示肠道菌群在诺如病毒感染中的作用。方法 收集2021年10月至2022年5月在南方医科大学第五附属医院就诊的10例诺如病毒急性胃肠炎患儿粪便标本(诺如病毒急性胃肠炎组,NoV组),以6例健康儿童粪便标本为对照(健康对照组,HC组),通过宏基因组测序分析比较两组受试者肠道菌群物种的结构、丰度及功能差异,展示与诺如病毒感染相关的菌群物种及功能。结果 NoV组肠道菌群在门水平上广古菌门丰度增高,在菌纲水平上红蝽杆菌纲丰度增高,在属水平上梭状芽孢杆菌属丰度降低,在种水平上单形拟杆菌丰度增高,差异均具有统计学意义(LDA Score>2,P<0.05)。与HC组比较,NoV组大量与微生物代谢相关的功能基因发生了显著改变,包括K25026、K12132、K00560、K07029、K01537基因表达上调,而K03406、K02406、K03563基因表达下调。NoV组6种代谢通路丰度显著增高,8种代谢通路丰度显著降低(LDA Score>2,P<0.05)。以上代谢通路的差异与相关功能基...  相似文献   

9.
目的?分析西安市儿童医院收治的急性腹泻患儿诺如病毒感染的流行病学特征,为西安市儿童诺如病毒防控提供科学依据。方法?采用胶体金法检测2021年1月—2022年12月西安市儿童医院收治的673例急性腹泻患儿的粪便样本诺如病毒GⅠ、GⅡ型。结果?673例样本中,诺如病毒检出率为20.51%(138/673),138例诺如病毒阳性样本中GⅠ型占34.06%(47/138)、GⅡ型占46.37%(64/138)、GⅠ型/GⅡ型占19.56%(27/138);诺如病毒阳性样本集中在第1季度;男女急性腹泻患儿诺如病毒检出率分别为21.63%(85/393)、18.93%(53/280);年龄<3岁和≥3岁急性腹泻患儿的诺如病毒检出率之间差异有统计学意义(χ2=3.852,P=0.001),其中0~6个月、7~12个月、1~岁、2~岁急性腹泻患儿诺如病毒检出率较高,依次为32.53%、30.48%、23.23%、30.43%;3~岁急性腹泻患儿主要发生诺如病毒GⅠ型/GⅡ型混合感染,占80%。结论?西安市急性腹泻患儿感染诺如病毒基因型主要是GⅡ型,春冬季节是高发期,年龄<3岁婴幼儿是诺如病毒易感人群。  相似文献   

10.
目的分析诺如病毒感染性腹泻的流行特征及临床特点,为防治此病提供科学依据。方法采集2015年1月至2016年12月本院消化科5 763例腹泻患者粪便标本,RT-PCR试剂盒检测诺如病毒核酸,用SPSS19.0统计学软件进行数据统计分析。结果 5 763例腹泻患者中,871例感染诺如病毒,检出率为15.11%。1~12月病例数分别为81、59、87、62、60、46、57、31、59、167、93和69例,流行高峰主要集中在9~12月。871例诺如病毒阳性患者中,男性520例,女性351例,性别比为1.48:1,不同性别之间诺如病毒检出率差异无统计学意义(χ2=2.534,P0.05)。0.5~5岁组诺如病毒检出率最高(24.34%),5~18岁组检出率最低(11.36%),各年龄组间检出率差异有统计学意义(χ2=18.221,P0.05)。散居儿童诺如病毒检出率最高(22.28%),服务业检出率最低(10.22%),职业间检出率差异有统计学意义(χ2=16.936,P0.05)。不同的临床诊断类型患者检出率分别为胃肠功能紊乱17.55%,感染性腹泻13.24%,腹泻待査18.48%,消化不良15.9%,细菌性痢疾11.64%,其他疾病12.88%。诺如病毒阳性患者恶心、呕吐症状发病率明显高于阴性患者(P0.05);结论诺如病毒是导致腹泻的重要病原,0.5~5岁儿童和老年人易感染,流行高峰期主要集在秋冬季节,诺如病毒感染性腹泻的常见症状为恶心、呕吐等。  相似文献   

11.
目的调查武陵源区某酒店一起游客诺如病毒感染性腹泻暴发疫情,查明原因,采取针对性措施,及时有效控制疫情。方法采用现场流行病学调查方法,描述病例分布和临床特征,分析危险因素,探讨其传播途径和方式,并对采集的标本进行实验室检测。结果本次疫情涉及到入住酒店的2个旅游团及部分酒店员工,共有病例33例,罹患率为29.73%,主要症状为腹泻、腹痛、恶心、呕吐;33份病例肛拭子标本中,12份检出诺如病毒GⅡ型阳性;自备水水池5份水标本中,全部检出诺如病毒GⅡ型阳性,菌落总数和大肠菌群超标;二次供水水塔5份水标本中,全部检出诺如病毒GⅡ型阳性,菌落总数和大肠菌群超标;早餐餐具涂抹10份标本中,2份检出诺如病毒GⅡ型阳性。结论本次疫情为一起由GⅡ型诺如病毒污染酒店二次供水引起的感染性腹泻暴发疫情。  相似文献   

12.
厦门地区病毒性腹泻诺如病毒感染状况   总被引:1,自引:0,他引:1  
目的了解本地区病毒性腹泻患者诺如病毒感染情况,为进一步探索诺如病毒流行规律和防控对策提供依据。方法收集2007年4月至2008年7月3个监测哨点医院病毒性腹泻患者粪便标本共323份,应用ELISA方法检测粪便标本中病毒抗原,实时荧光逆转录聚合酶链反应法(Real-Time RT-PCR)分组别检测病毒核酸,部分病毒核酸阳性的标本扩增RdRp基因片段后测序验证病毒组别。结果323例患者粪便标本中,ELISA检测抗原阳性68例,阳性率21.05%;Real-Time RT-PCR检测核酸阳性107例,阳性率33.13%;诺如病毒检出率为38.08%。诺如病毒GGⅡ组占74.77%,少数为GGⅠ组(1.87%),尚有25份(23.36%)未定型。结论厦门地区存在诺如病毒流行,以GGⅡ组毒株流行为主,而且是病毒性腹泻的主要病原。  相似文献   

13.
目的建立GI、GII型诺如病毒的常规RT-PCR和荧光定量RT-PCR检测方法,并对两种方法进行应用。方法优化筛选出最佳PCR反应体系与反应条件,并从灵敏性、特异性、临床样品检测等方面对建立的方法进行比较与评价。结果该两种方法特异性强,与札幌病毒、轮状病毒、星状病毒、腺病毒同时检测无交叉反应,同一体系内GI、GII型诺如病毒相互之间没有干扰;常规RT-PCR最低检测限为103copies/μL,荧光定量RT-PCR最低检测限为102copies/μL;对180份临床粪便样品进行检测,常规RT-PCR则检测率为5.56%(10/180),符合率达97.22%,荧光定量RT-PCR检测率为8.33%(15/180),符合率达100%;对15份阳性样品测序分析,证实均为诺如病毒。结论建立的常规RT-PCR与荧光定量RT-PCR均可用于诺如病毒的快速检测,荧光定量RT-PCR更为灵敏。  相似文献   

14.
目的 监测上海地区腹泻儿童A组轮状病毒的分子流行病学,为本地区轮状病毒疫苗的推广使用提供背景依据.方法 采集上海地区2008年8月至2009年7月门诊急性腹泻儿童的粪便标本910份,采用胶体金法检测A组轮状病毒抗原,使用套式反转录(RT)-PCR方法对轮状病毒进行G基因型和P基因型的分型检测.结果 910份粪便标本中,共检出A组轮状病毒阳性268份,占29.4%.全年均可检出A组轮状病毒,流行高峰为2008年10月至2009年1月,检出率为38.3%~70.5%.<3岁婴幼儿的A组轮状病毒腹泻有244例,占91.0%,各年龄组检出率以12~23个月龄组最高,达36.6%.268株A组轮状病毒中,G基因型以G1最多,为65株(24.3%),以下依次为G3 40株(14.9%)、G混合型37株(13.8%)、G2 27株(10.1%)、G9 14株(5.2%)、G45株(1.9%),其他G分型5株(1.9%),G未分型75株(28.0%) ;P基因型以P[8]为主,为147株(54.9%),其次为P[4] 32株(11.9%)、P混合型6株(2.2%),其他P分型4株(1.5%),P未分型79株(29.5%).主要G/P基因型组合包括G1P[8] (13.4%)、G3P[8](13.4%)、G混合型P[8](10.1%)、G1P[4](8.2%)、G9P[8](2.2%)、G2P[4](1.9%)、G1P混合型(1.9%).结论 A组轮状病毒是上海地区婴幼儿腹泻的常见病原体,流行高峰为秋冬季节.目前注册的轮状病毒疫苗覆盖了上海地区绝大部分轮状病毒G/P基因型.  相似文献   

15.
目的了解甘肃省武威市腹泻症候群病例的病原构成及其流行特点,为腹泻的预防控制提供科学依据。方法采集2012年1月─2014年12月武威市凉州区2所哨点医院门诊、急诊就诊的腹泻患者粪便标本,用细菌培养法检测肠道细菌(沙门氏菌、志贺氏菌、致泻性大肠埃希菌、霍乱弧菌、副溶血弧菌),用ELISA、PCR和RT-PCR法检测肠道病毒(轮状病毒、诺如病毒、星状病毒、肠道腺病毒、札如病毒)。结果共收集粪便标本212份,检出阳性标本150份、病原体7种,阳性检出率为70.75%;病原谱构成分别为沙门氏菌9份(6.00%)、志贺氏菌7份(4.67%)、A组轮状病毒57份(38.00%)、诺如病毒29份(19.33%)、札如病毒8份(5.33%)、肠道腺病毒26份(17.33%)、星状病毒14份(99.33%);57份A组轮状病毒阳性标本中,病毒毒株G血清分型以G9、G3为主,P基因型分型以P[8]为主;男、女病原检出阳性率差异无统计学意义(χ2=0.01,P0.01);发病年龄以3岁以下组为主,占83.02%(176/212),病原体的阳性检出率为63.68%(135/212),与其他年龄组相比差异有统计学意义(χ2=26.03,P0.05);2─7月、10─12月为病原阳性检出较高的月份。结论2012─2014年甘肃省武威市腹泻症候群病例监测的主要病原体为沙门氏菌和A组轮状病毒,婴幼儿是高发人群,扩大病原监测范围和加强感染性腹泻的防治仍是今后工作的重点。  相似文献   

16.
目的对甘肃省兰州市某小学发生的一起急性胃肠炎聚集性疫情开展流行病学调查,为今后预防和控制此类聚集性疫情提供参考。方法通过制定病例定义、开展病例搜索、调查病例发生情况和可疑传播途径、采集生物和环境标本、以RT-PCR方法检测肠道病毒核酸等方法,对2018年5月29日兰州市某小学发生的急性胃肠炎聚集性疫情开展流行病学调查和分析。结果共搜索到疑似病例27例、确诊8例,罹患率4.8%(35/736);病例临床表现以呕吐(88.6%)和恶心(62.9%)为主,流行曲线提示疫情呈现人传人模式发病特点,校内接触病例是发病危险因素(OR=4.9,95%CI:1.2~19.5);8例病例肛拭子和处理首发病例呕吐物的簸箕标本中均检出诺如病毒GⅠ型核酸。结论本次疫情为一起学校发生的GⅠ型诺如病毒感染引起的急性胃肠炎暴发;首发病例感染诺如病毒后,在学校内呕吐污染周围环境,其他学生通过与病例接触或接触呕吐物污染的环境,导致聚集性疫情发生。  相似文献   

17.
2009年3月开始在墨西哥和美国等地暴发了由甲型H1N1流行性感冒(流感)病毒引起的甲型H1N1流感,该疫情在短期内迅速蔓延至全球[1-4].甲型H1N1流感病毒属正黏病毒科甲型流感病毒属,基因组约为13.6 kb,由大小不等的8个独立片段组成[ 5].本研究对1例甲型H1N1流感患者咽拭子样本进行病毒核酸检测和病毒分离培养,并分析所得病毒的血凝素基因(HA)和神经氨酸酶基因(NA)的特性.  相似文献   

18.
目的分析近4年陕北地区乙型肝炎病毒(HBV)基因型分布特征以及变化规律。方法选取2013年10月至2017年11月延安大学附属医院感染科实验室1613例HBV基因型检测结果为研究对象。分析乙型肝炎病毒B、C、D基因型的分布特征及其与年龄、性别的关系。分为两个时间段2013年10月至2016年7月和2016年8月至2017年11月。比较这两个时间段内基因型分布的变化规律,以此预测未来陕北地区乙型肝炎病毒基因型变化特征。结果 2013年10月至2017年11月乙型肝炎基因型检出率为81.3%;基因C型占全部HBV感染者93.5%,基因B型占全部HBV感染者3.4%,基因D型占全部HBV感染者2.4%。乙型肝炎病毒B、C、D基因在各个年龄段以及年龄分布差异无统计学意义。2013年10月至2016年7月乙型肝炎基因型检出率为81.6%;基因C型占全部HBV感染者95.3%,基因B型占全部HBV感染者2.5%,基因D型占全部HBV感染者2.3%。2016年8月到2017年11月,乙型肝炎基因型检出率为81.0%;基因C型占全部HBV感染者88.9%,基因B型占全部HBV感染者5.8%,基因D型占全部HBV感染者4.9%。乙型肝炎病毒B、C、D基因在各个年龄段以及年龄分布差异无统计学意义。结论陕北地区HBV基因型主要以C型为主。近几年基因C型呈逐年递减的趋势,相反的,B型、D型则有增多的趋势。  相似文献   

19.
目的分析新疆乌鲁木齐市某哨点医院婴幼儿腹泻住院病人粪便标本中轮状病毒(RV)的流行规律及病原学特征,为制定预防控制措施提供依据。方法收集2016年1月1日—12月31日乌鲁木齐市某哨点医院婴幼儿腹泻住院病例的流行病学资料和粪便标本,以酶联免疫吸附试验(ELISA)检测患儿粪便标本抗原,并用反转录─聚合酶链反应(RT-PCR)方法进行病原学基因分型。结果采集5岁以下腹泻住院病人粪便标本302份,检出轮状病毒(RV)阳性108份、阳性率35.76%(108/302);12月龄~组阳性率最高(42.86%),0月龄~组最低(25.86%);男性阳性率(33.85%)高于女性(39.25%),差异无统计学意义(χ2=0.879,P0.05);发病高峰为8—12月,阳性检出率12月最高(62.50%)、6月最低(2.86%),各月差异有统计学意义(χ2=52.347,P0.01);检出基因型G1P[8],G3P[8],G9P[8],G2P[4],G9P[6],G2P[8]和G3P[4]型共7种基因型,以G3P[8]为主、占31.07%,G9P[6]检出最少、占1.94%。结论乌鲁木齐市某哨点医院秋冬季婴幼儿腹泻住院病人中,轮状病毒感染率高,病原以G3P[8]和G9P[8]为主;应密切关注病毒性腹泻,避免治疗滥用抗生素;婴幼儿及时接种疫苗,家长应注意儿童的手卫生,保障儿童的健康。  相似文献   

20.
《中国人兽共患病杂志》2010,26(6):F0002-F0002,F0003
加拿大人类感染与家畜相关的398序列型耐甲氧西林金黄葡萄球菌;1987—2008年德国肠出血性大肠杆菌种系发生分析;小鼠感染致死性甲型流感H1N1和H5N1病毒的发病机理因不同毒株而异;用诺如病毒基因图谱区分食源性疾病暴发的原因;GII轮状病毒毒株与人类轮状病毒基因片段重组;  相似文献   

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