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相似文献
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1.
任璐  刘彬 《中医临床研究》2022,(32):118-122
目的:基于网络药理学的研究思路及方法探索中药金银花治疗痤疮的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选金银花活性成分及对应靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库进行检索得到与痤疮有关的靶点基因,通过Venny 2.1.0得到药物与疾病的共同靶点。借用Cytoscape 3.9.0绘制金银花活性成分-相关靶点网络图,采用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,将药物-疾病共同靶点通过Metascape数据库分别进行基因本体论(GO)富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共筛选得出槲皮素、木犀草素、豆甾醇、山柰酚以及β-谷甾醇等23个活性成分,药物靶点211个,痤疮相关靶基因612个,主要涉及主要涉及肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白蛋白(Albumin,ALB)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、IL-1β、基质金属蛋白酶9(Matrix Metallopeptidase 9,MMP9)等43...  相似文献   

2.
目的:应用网络药理学探讨红花治疗白癜风的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP检索红花的化学成分及靶点。使用UniProt将靶点校正为基因标准名称。通过GeneCards及TTD检索白癜风疾病相关靶点,预测红花潜在作用靶点。将红花活性成分及潜在作用靶点输入到Cytoscape中构建“中药-活性成分-作用靶点”网络,并通过String构建蛋白质-蛋白质相互作用网络。通过David对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,并将其可视化。结果:通过筛选得到红花活性化合物22个,作用于66个潜在作用靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络分析得到细胞肿瘤抗原P53(Tumor Protein p53,TP53)、RELA癌基因(RELA Proto-Oncogene, NF-KB Subunit,RELA)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt Serine/Threonine Kinase,AKT)1、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、IL-10、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、IL...  相似文献   

3.
目的:基于网络药理学探究茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的作用机制。方法:通过药物数据库筛选出茵陈-栀子的有效化学成分及靶点,并预测和筛选茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化疾病的作用靶点。运用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-成分-靶点的网络图。绘制关键靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络。采用Metascape数据库对有效作用靶点进行基因本体论(GO)注释分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选出茵陈的化合物36个,有效靶点481个;栀子的化合物101个,有效靶点798个;通过筛选得到茵陈-栀子药对与乙型肝炎肝硬化的交集靶点254个。蛋白质-蛋白质相互作用网络发现丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)等可能是茵陈-栀子药对治疗乙型肝炎肝硬化的关键靶点。GO注释分析涉及对激素的反应、对异种刺激的反应、膜筏、受体复合物、蛋白激酶活性、激酶结合等信号通路。KEGG通路...  相似文献   

4.
目的:运用网络药理学及分子对接探索二陈汤治疗高脂血症的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索二陈汤活性成分及相关靶点,并使用Uniprot蛋白质数据库进行基因名转换;应用GeneCards、DRUGBANK、TTD、OMIM数据库检索高脂血症的靶点;通过Venny 2.1.0获取交集靶点,基于交集靶点进行蛋白质相互作用分析、基因本体论(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析;最后应用SYBYL软件进行核心靶点分子对接。结果:获取二陈汤靶点210个、高脂血症靶点1 575个,两者匹配后获得交集靶点120个;蛋白质-蛋白质相互作用网络中前10个核心靶点依次为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、IL-1B、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)、肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein ...  相似文献   

5.
目的:探讨丹参-桃仁治疗稳定型心绞痛的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参-桃仁的有效成分和相关靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点”网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互作用网络,在Metascape数据库进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:化学成分-靶点网络包含88个化合物和1 071个相应靶点,药物活性成分主要为木犀草素、丹参酮IIA、β-谷固醇、隐丹参酮、鼠尾草酚酮等。蛋白质-蛋白质相互作用网络关键靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor, TNF)、白细胞介素-6 (Interleukin-6,IL-6)、 MYC原癌基因(MYC Proto-Oncogene, MYC)、雌激素受体1(Estrogen Receptor 1,ESR1)。GO分析主要为对激素的反应、细胞体、膜...  相似文献   

6.
目的:通过网络药理学构建黄药子治疗甲状腺结节的作用靶点及信号通路,以探究其治疗的作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及文献报道,获取并筛选黄药子的主要有效成分和相关靶点。通过UniProt数据库检索靶点基因名。检索GeneCards数据库,筛选甲状腺结节相关的基因靶点。将药物与疾病的交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用分析、基因本体论(GO)功能分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选后得到黄药子13个活性成分,包含β-谷甾醇、山柰酚、薯蓣皂苷元、槲皮素等化合物。124个疾病交集靶点,核心靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、基质金属蛋白酶1(Matrix Metallopeptidase 1,MMP1)、肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、转录因子活化蛋白-1(Jun Proto-Oncogene,JUN)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等。筛选出包含晚期糖基化终末产物(Advanced Glycation...  相似文献   

7.
目的:通过网络药理学方法探究芍倍注射液“异病同治”直肠脱垂和混合痔的共同作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索芍倍注射液的活性成分对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库对基因进行标准化处理。利用GeneCards和OMIM数据库检索直肠脱垂和混合痔相关疾病靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,通过Cytoscape 3.7.1软件构建“药物-疾病”核心靶点网络图。利用DAVID在线数据库平台对芍倍注射液治疗直肠脱垂和混合痔的共同靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:检索得到芍倍注射液活性成分作用靶点27个,直肠脱垂靶点884个,混合痔靶点140个,药物与疾病的共同靶点10个,涉及肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Suppressor Protein p53,TP53)、白细胞介素-6(Interleukin 6,IL-6)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)等。GO生物过...  相似文献   

8.
孙杨  丘嫦  谢宛君  戴燕 《新中医》2022,54(18):113-120
目的:运用网络药理学及分子对接探讨疏肝降脂片治疗乳腺癌相关血脂异常的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索疏肝降脂片所含药物的有效成分及作用靶点,采用GeneCards、DRUGBANK数据库筛选疾病靶点,使用Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-活性成分-靶点-疾病”网络,利用STRING平台构建核心靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,在Metascape平台针对核心靶点蛋白开展基因本体(GO)功能与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,用AutoDock Vina软件进行活性成分与核心靶点的分子对接。结果:筛选药物有效活性成分104个及其潜在靶点288个,乳腺癌靶点6 302个,血脂异常靶点1 852个。药物活性成分主要有槲皮素、山柰酚、木樨草素、柚皮素、异鼠李素、黄柏酮,核心靶点主要有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1 (AKT1)、肿瘤坏死因子(TNF)、V-JUN肉瘤病毒17癌基因同源物(JUN)、信号传导转录激活因子3 (STAT3)、肿瘤蛋白P53 (TP53)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PIK3CA)、白细胞介素-6 (IL-6...  相似文献   

9.
10.
目的:基于网络药理学原理探讨药对金银花-连翘干预痤疮的分子通路及作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索金银花、连翘化学成分、作用靶点;通过GeneCards数据库获取痤疮差异性靶点基因,预测中药中痤疮相关的作用靶点;通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,构建“中药-成分-关键靶标-主要通路”的可视化网络图。运用DAVID数据库对筛选出的靶点基因进行基因富集分析,从而获得基因本体论(GO)生物功能及京都基因和基因组百科全书(KEGG)信号通路注释结果,进而探究中药干预痤疮的分子作用机制。结果:药对金银花-连翘干预痤疮共预测得到活性成分29个,涉及核心靶点基因97个、GO生物功能103个、KEGG信号通路119个。结论:药对金银花-连翘主要活性成分通过多靶点、多通路干预痤疮,主要涉及核受体的活性、转录因子活性等功能,以及白细胞介素(Interleukin,IL)-17信号通路、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路和磷脂酰肌醇3激酶(Phosphatidylinositol 3-kinase,PI3K)-丝氨酸...  相似文献   

11.
目的:基于网络药理学分析通脉降浊方治疗冠状动脉粥样硬化性心脏病(简称冠心病)不稳定性心绞痛的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索通脉降浊方的有效成分,并将有效成分转换为靶点信息。于Gene Cards数据库检索冠心病不稳定性心绞痛的靶点信息,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-关键靶点”网络,从STRING平台生成蛋白质-蛋白质相互作用网络,在Metascape数据库进行基因本体论(GO)分析与京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析。结果:获得272个有效成分,249个药物靶点,619个疾病靶点,86个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用网络关键靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、白细胞介素-6(Interleukin-6,IL-6)、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)、白细胞介素-1β(Interleukin-1 Beta,IL-1B...  相似文献   

12.
目的:利用网络药理学方法来评估化痰消瘀方治疗食管癌机制和潜在目标靶点。方法:化痰消瘀方有效成分从TCMSP及Swiss Target Prediction数据库中获取的。从GeneCards、DisGeNet和OMIM数据库下载与食管癌相关的目标基因。蛋白质-蛋白质相互作用网络是使用String数据库和Cytoscape构建的。最后,采用基因本体论(GO)和京都基因与基因组学百科全书(KEGG)对目标靶点进行基因和基因组富集分析。使用AutoDock Vina对活性成分和目标基因之间的关系进行建模。结果:在食管癌中相关的基因中,158个与化痰消瘀的靶点重叠,主要包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt Serine/Threonine Kinase,AKT)1、白细胞介素(Interleukin,IL)-6、血管内皮生长因子A(Vascular Endothelial Growth Factor A,VEGFA)、肿瘤蛋白P53(Tumor Protein P53,TP53)、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK)8、半胱氨酸蛋白酶(...  相似文献   

13.
目的:利用网络药理学研究甘草-甘松治疗心房颤动的分子机制。方法:利用Perl、Cytoscape、Discovery Studio等软件系统,以及中药系统药理学数据库与分析平台、OMIM、TTD等数据库检测药物的活性成分、疾病和有效成分的靶点,利用软件进行整理、合并和富集等分析,利用Discovery Studio软件系统对活性成分与靶点蛋白进行分子连接,最后获得结合力较好的多条分子通路。结果:通过分析和筛选得出6种有效成分,包括槲皮素、山柰酚、柚皮素、隐丹参酮、金合欢素、异鼠李素,以及相关的核心靶点丝裂原活化蛋白激酶1(Mitogen-activated Protein Kinase 1,MAPK1)、V-jun肉瘤病毒17癌基因同源物[V-jun sarcoma virus 17 oncogene homolog (avian),JUN]、丝裂原活化蛋白激酶(Mitogen-activated Protein Kinase 14,MAPK14)、肿瘤蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、V-akt鼠科胸腺瘤病毒癌基因同源-1(V-akt Murine Thym...  相似文献   

14.
目的 通过网络药理学方法及分子对接研究瓜拉纳治疗阿尔茨海默症(AD)的主要活性成分及其潜在作用机制。方法 基于文献挖掘获取瓜拉纳的化学成分并进行化学成分的类药性分析,运用本草组鉴(HERB)、中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库获取瓜拉纳活性成分的潜在作用靶点并关联靶点相关疾病。利用GeneCards人类基因数据库、DisGeNET数据库收集阿尔兹海默症的疾病相关基因,利用韦恩图构建瓜拉纳治疗阿尔兹海默症的潜在靶点,运用CytoScape软件构建相应的网络互作图。找出运用STRING在线数据库建立关键靶点之间的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并对关键靶点蛋白进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。使用AutoDock软件对重要活性化合物与关键靶点进行分子对接验证。结果 瓜拉纳治疗阿尔兹海默症潜在靶点共140个。PPI蛋白互作网络分析发现白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、胰岛素(INS)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、转录因子(JUN)、肿瘤蛋白p53(TP53)、胱天蛋白酶3(CASP3)、c-Fos蛋白质(...  相似文献   

15.
叶威  李星星 《新中医》2022,54(10):1-8
目的:联合网络药理学数据库研究麻杏二三汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法:运用传统中药系统药理学数据库和分析平台与有机小分子生物活性数据库获取麻黄、苦杏仁、陈皮、半夏、茯苓、紫苏子、莱菔子、白芥子、诃子、甘草的有效成分及对应靶点;从人类基因数据库和在线人类孟德尔遗传数据库获取支气管哮喘相关靶标,同时利用Venny 2.1在线网络获取交集基因;运用Cytoscape (Version3.7.2)和STRING数据库构建药物-成分-靶标-疾病网络图和蛋白质-蛋白质相互作用网络,进而运用cytoHubba插件鉴定出核心靶标。最后,运用Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:研究筛选得到麻杏二三汤治疗支气管哮喘的主要治疗靶标包括血管内皮生长因子A (VEGFA)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、禽肉瘤病毒17(JUN)、p53肿瘤蛋白(TP53)、信号转导及转录激活蛋白3 (STAT3)、促分裂素原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、前列腺内过氧化物合成酶2 (PTGS2)、促分裂素原活化蛋白激酶1 (MAPK...  相似文献   

16.
目的:基于网络药理学分析“附子-白术”治疗乳腺癌骨转移的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库并结合文献筛选附子和白术的活性成分,使用TCMSP及Swiss Target Prediction数据库预测作用靶点,通过GeneCards数据库收集乳腺癌骨转移的治疗靶点,绘制韦恩图获取药物疾病共同靶点,并导入Cytoscape371软件构建“药物-成分-疾病-靶点”网络。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,同时利用R软件进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:“附子-白术”通过25个活性成分作用于205个乳腺癌骨转移治疗靶点。主要通过9种核心活性成分,作用于AKT1、IL6、MAPK3等30个核心靶点,调控雌激素、破骨细胞分化、PI3K-AKT、HIF-1、MAPK等信号通路,发挥治疗乳腺癌骨转移的作用。结论:“附子-白术”通过多成分、多靶点、多通路来调控乳腺肿瘤增殖、凋亡、转移并减轻骨破坏、骨痛。  相似文献   

17.
目的:通过网络药理学研究紫苏-百合药对治疗原发性失眠的有效活性成分及相应基因靶点、信号通路,并探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药综合数据库(TCMID)和文献检索紫苏-百合药对的主要化合物及其相应的作用靶点;通过GeneCards、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)检索原发性失眠的疾病靶点;紫苏-百合药对和原发性失眠的交集基因靶点通过String数据库和Cytoscape软件构建网络可视化;利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:本研究共筛选到紫苏-百合药对主要有效活性成分共22个,其中紫苏16个,百合7个(包含1个重复活性成分);有效活性成分与原发性失眠共同作用靶点53个;GO富集分析结果显示生物过程(BP)共有284条;细胞组分(CC)共有35条;分子功能(MF)共有58条;KEGG信号通路富集结果显示102条通路。结论:紫苏-百合药对能够通过多靶点、多通路治疗原发性失眠,为深入揭示其作用机制提供了生物信息学基础。  相似文献   

18.
目的:基于网络药理学探讨荷叶抗非酒精性脂肪肝(NAFLD)的作用机制。方法:利用TCMSP平台和Swiss Target Prediction等数据库搜集荷叶活性成分和作用靶点。通过GeneCard、GenCLiP3数据库获取NAFLD的相关靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建荷叶成分-疾病-靶点蛋白网络。使用STRING数据库和Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,进行基因本体(GO)功能与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:获得荷叶活性成分15种,潜在靶点441个,疾病相关靶点1316个,成分-疾病-靶点161个。PPI网络显示,丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、白细胞介素6、肿瘤抑制基因p53、血管内皮生长因子、肿瘤坏死因子等靶点与荷叶抗NAFLD的关系最密切。GO功能主要有药物的反应、凋亡过程的负调控、胞液、核浆、细胞质、线粒体酶结合、细胞因子活性、转录因子结合等。KEGG通路主要涉及乙型肝炎、癌症的途径、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、Toll样受体信号通路、NOD样受体信号通路、缺氧诱导因子-1信号通路等。结论:荷...  相似文献   

19.
目的:通过分析越鞠丸的有效成分,研究其治疗股骨头坏死和慢性疼痛伴抑郁症异病同治的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索越鞠丸的化学成分和作用靶点,采用Uniprot查询与靶点对应的基因,应用GeneCards数据库查询与股骨头坏死及慢性疼痛伴抑郁症两种疾病相关的基因。将越鞠丸4味中药关键成分的靶点信息分别和股骨头坏死以及慢性疼痛伴抑郁症的靶点基因进行相互映射,进而运用CytoScape 3.9.1分别构建两疾病的化合物-靶点(基因)网络、蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选出两者的核心靶点。通过DAVID进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后进行靶点-通路网络构建以及分子对接分析,研究越鞠丸对两者的作用机制。结果:越鞠丸的4种关键化合物(槲皮素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇)均同时作用于股骨头坏死和慢性疼痛伴抑郁症的靶点基因,两疾病共有的核心基因为白细胞介素(Interleukin,IL)-6、IL-1B、肿瘤抑制蛋白p53(Tumor Protein p53,TP53)、基质金属蛋白酶(Matrix Meta...  相似文献   

20.
目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子(TNF)、苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤蛋白P53(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、上皮生长因子A(EGFA)等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶(PIK3CG)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、环加氧酶2(PTGS2)、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体(AGE/RAGE)等通路发挥治疗冠心病的作用。  相似文献   

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