宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

宏基因组二代测序技术在免疫功能低下肺部感染患者诊断中的应用研究进展

恶性血液病、实体器官移植、先天性免疫缺陷、艾滋病等免疫功能低下患者肺部感染常见，其中大部分患者会发展成重症感染而导致急性呼吸衰竭、脓毒血症等，预后较差。免疫功能低下患者的病原菌谱及病原体种类与免疫功能正常患者在很大程度上有所不同，多数为机会性病原体与混合性感染为主。因此，早期精准诊断病原体对于治疗和改善临床预后具有决定性作用。宏基因组二代测序（mNGS）是一种可同时独立无偏移检测数千至上亿基因片段的检测技术，以快速及准确的优势在病原体检测诊断中广泛应用。mNGS在免疫功能低下合并肺部感染患者的诊断中具有巨大的潜力，在未来可能成为补充常规诊断方法的宝贵工具。     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

宏基因二代测序技术对感染性疾病患者的诊断价值及其临床应用

目的利用宏基因二代测序(mNGS)技术,检测其和传统培养法的区别,探讨病原微生物及检出序列数与感染患者病情程度和预后的相关性。方法选取2018年5月至2019年9月在上海市第十人民医院就诊的94例患者样本。分别进行传统培养和mNGS检测,对2种技术的诊断效果、假阳性率、假阴性率进行了分析。然后收集感染组75例患者的血液标本和临床信息,根据mNGS是否检出病原体将患者分为检出组(51例)和未检出组(24例)。测定外周血白细胞、C反应蛋白、降钙素原和中性粒细胞计数,用酶联免疫吸附试验法测定血清中细胞因子的浓度。分析患者病原体检出率与病情严重程度、住院时间等相关性分析。结果纳入的94例样本中,感染组75例(7979%),非感染组16例(1702%),未知组3例(319%)。样本类型中血液占比最多(34/94),其次为肺泡灌洗液(28/94)、组织、痰液、胸水、脓液等。下呼吸道感染所占比例最高(60/94),其次是血流感染、胸水、中枢系统感染、心血管系统感染等。mNGS的敏感度显著高于培养法(χ^2=-223.107,P<005)。mNGS的特异度与培养法差异无统计学意义(χ^2=3.840,P=005)。感染未检出组患者住院时间也明显高于检出组(t=4.724,P<005)。单因素分析发现检出组患者外周血白细胞计数、中性粒细胞计数、C反应蛋白、降钙素原显著高于未检出组(t值分别为-8.848、-4.724、-4.335、-4.335,P值均<005);检出组中肿瘤坏死因子α、白细胞介素2R、白细胞介素8水平均高于未检出组(t值分别为-5.585、-7.258、-4.678,P值均<005)。logistic多因素回归分析去除混杂因素后,显示性别、年龄、白细胞介素2R与病原体检出阳性有关。结论mNGS在结核、真菌、病毒和厌氧菌诊断方面优势更明显,其阳性率高于传统方法3倍以上。感染患者的病原体检出率较高,其检出病原体核酸序列是患者预后不良的高危因素,有显著的临床价值。     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染病原学的应用

目的 了解肺泡灌洗液联合宏基因组下一代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并肺部感染中病原学诊断的应用价值。方法 回顾分析2020年1月-2022年5月确诊为肺部感染的免疫抑制患者71例及非免疫抑制患者167例的临床资料，同时收集患者痰培养/痰涂片、肺泡灌洗液联合mNGS病原学的检出结果，针对肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染患者中的诊断及治疗指导效能进行分析，并绘制ROC曲线。结果 免疫抑制组中肺泡灌洗液联合mNGS检出病原体阳性率高于常规痰培养，差异有统计学意义(P<0.05); CRP、PCT、住院费用、住院天数等指标免疫抑制组均高于非免疫抑制组，淋巴细胞绝对计数低于非免疫抑制组(P<0.001)。将免疫抑制组分为4个亚组，其中肾移植组住院天数及住院费用均高于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);而淋巴细胞绝对计数及中位年龄均低于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);免疫抑制组各亚组间肺泡灌洗液联合mNGS、痰培养与预后之间关系无统计学差异(P>0.05)。肺泡灌洗液联合mNGS阳性患者的预后优于阴性的患者，差异有统计学意义(P<0.00...     

支气管肺泡灌洗液二代测序在检测肺部感染病原体中的应用

目的：探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)二代测序(NGS)在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组(11.3%vs 3.2%,P=0.002),而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组(1.8%vs 6.8%,P=0.01)。NGS的检出率高于常规病原学检测(70.1%vs 38.3%,χ²=9.843,P=0.002)。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序(mNGS),344例行靶基因二代测序(tNGS)。mNGS在金黄色葡萄球菌(8.8%vs 2.9%,P<0.05)、耶氏肺孢子菌(4.4%vs 0.3%,P=0.015)、群集裂褶菌(2.9%vs 0%,P=0.027)、人类疱疹病毒1型(17.6%vs 5.2%,P<0.0...     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

血液肿瘤患者侵袭性肺部真菌感染CT影像学诊断相关问题

血液肿瘤患者治疗后持续发热最常见原因为各种病原菌引起的感染.Corey等[1]的研究资料显示,粒细胞缺乏患者持续发热最常见的原因为真菌和细菌引起的感染,其中真菌感染占45%,细菌感染占15%.     

病原体诊断技术在免疫抑制性重症肺炎诊断中的应用进展

随着各种原因引起的免疫抑制患者增多，肺是最常见感染的靶器官，发生机会性病原体感染的风险升高，病情快速进展至重症肺炎（SP）。免疫抑制性重症肺炎临床表现隐匿，病原体复杂，早期诊断困难，病死率高。免疫抑制性重症肺炎的检测技术主要包括传统微生物检测技术、免疫学技术及分子诊断技术，其中基于涂片镜检、分离培养的传统微生物检测方法，技术成熟，诊断价值高，是病原体检测及鉴定的重要方法，但分离培养的优势依赖病原体的活性，操作周期长、失败率高、阳性检出率低，明确致病菌为感染或定植困难。免疫学技术中的抗原检测对特殊病毒而言，耗时、灵敏度低，易出现假阳性；血清学抗体检测存在窗口期，具有时间滞后性，免疫抑制患者可在感染后出现假阴性。与传统微生物检测技术相比，聚合酶链式反应（PCR）技术灵敏度高、特异度强、不受抗生素影响，缩短了病原体诊断的窗口期，但在反映病原体药物敏感或耐药方面不能取代培养。宏基因组高通量测序技术（mNGS）可检测同一标本覆盖的细菌、病毒、真菌及罕见病原体，弥补了PCR不能检测未知病原体的局限性，对已启动抗感染治疗者也可提高病原体检出率，在免疫抑制患者中的阳性检出率明显优于传统方法。     

宏基因二代测序技术在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用

目的 观察宏基因二代测序技术(mNGS)在重症肺炎病原体检测及治疗方案制定中的应用效果.方法 112例重症肺炎患者随机分为实验组和对照组,患者均行肺泡灌洗术;实验组灌洗液送mNGS检测,对照组灌洗液行一般细菌、真菌培养;两组均根据病原体检测结果调整抗感染方案.比较两组病原体检出率、抗生素使用时间、机械通气时间、住院日、...     

呼吸机相关性肺炎病原学及感染耐碳青霉烯类革兰阴性菌危险因素与预后分析

目的:分析外科ICU术后患者中呼吸机相关性肺炎(VAP)的病原分布特点及耐药性,探讨感染耐碳青霉烯革兰阴性菌的危险因素。方法:回顾性分析2011年1月至2016年12月,北京安贞医院外科ICU收治的非心脏手术术后VAP患者临床资料。结果:VAP患者68例,检出病原菌173株,前三位依次为鲍曼不动杆菌、铜绿假单胞菌及肺炎克雷伯菌;检出病原菌中存在严重多重耐药情况;单因素分析显示感染耐碳青霉烯革兰阴性杆菌的危险因素:二次插管、多联抗生素使用、碳青霉烯类抗生素使用、低蛋白血症及合并脑血管病;Logistic回归分析显示二次插管、碳青霉烯类抗生素使用、低蛋白血症及合并脑血管病是感染耐碳青霉烯类革兰阴性杆菌的独立危险因素;感染耐碳青霉烯类革兰阴性菌组较未感染组死亡率明显增加(P=0.015)。结论:外科ICU中VAP主要病原菌为革兰阴性菌,多重耐药现象严重。二次插管、碳青霉烯类抗生素的使用、低蛋白血症及合并脑血管病为VAP患者感染耐碳青霉烯革兰阴性菌的独立危险因素。感染耐碳青霉烯革兰阴性菌会显著增加患者死亡率。     

宏基因组二代测序技术对髋/膝关节结核的诊断价值

目的:评价宏基因组二代测序(metagenomic next generation sequencing, mNGS)技术对髋/膝关节结核的诊断价值。方法:采用回顾性研究方法，收集2019年6月至2021年6月河北省胸科医院收治的34例髋/膝关节感染患者资料，按照病原菌种类分为关节结核组(16例)和非结核感染性疾病组(18例),分别对所有患者感染病灶组织样本进行常规细菌学培养和分枝杆菌培养(MGIT 960培养)、结核分枝杆菌(MTB)-DNA扩增检测及mNGS检测。以临床诊断为参照标准，比较分枝杆菌培养、MTB-DNA扩增和mNGS检测对髋/膝关节结核的诊断效能。结果:mNGS对非结核感染性疾病组中病原体的检出率为100.0%(18/18);对髋/膝关节结核的阳性检出率为93.8%(15/16),明显高于MTB-DNA扩增检测[50.0%(8/16)]和MGIT 960培养[25.0%(4/16)],差异均有统计学意义(χ²=7.575,P=0.015;χ²=15.676,P=0.000)。以临床诊断为参照标准，mNGS诊断髋/膝关节结核的...     

梗阻性黄疸患者胆汁与血液标本的病原菌分析

目的观察梗阻性黄疸患者胆汁与血液标本的病原菌分布情况。方法选取2012年1月-2016年4月滨州医学院附属医院消化内科、肝胆外科收治的梗阻性黄疸患者322例,取胆汁标本,其中84例患者同时行血培养,分析良、恶性梗阻及不同方法治疗对胆道感染患者胆汁病原菌检出率有无影响,比较胆汁及血液病原菌检出率有无差异。计数资料组间比较采用χ~2检验。结果322例梗阻性黄疸患者中检测出病原菌246例,检出率为76.40%;共检出病原菌267株,其中革兰阴性菌208株,革兰阳性菌48株,真菌11株。256例行经内镜逆行胰胆管造影(ERCP)者检出病原菌199例,检出率77.73%;66例行外科手术者检出病原菌47例,检出率71.21%,2组患者病原菌检出率比较,差异无统计学意义(χ~2=1.238,P=0.266)。288例良性梗阻性黄疸患者检出病原菌215例,检出率74.65%;34例恶性梗阻性黄疸患者检出病原菌31例,检出率91.18%,2组患者病原菌检出率比较,差异有统计学意义(χ~2=4.605,P=0.032)。良、恶性梗阻患者胆汁病原菌菌群分布比较,差异无统计学意义(χ~2=0.159,P=0.690)。胆汁标本与血标本病原菌种类相似,两者病原菌检出率比较,差异有统计学意义(χ~2=13.235,P0.001)。结论梗阻性黄疸患者行ERCP或外科手术的病原菌检出率无明显差异。对部分不适宜ERCP及手术治疗的患者,可根据血培养结果指导用药。     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

降钙素原与超敏C反应蛋白联合胱抑素C对老年急性左心衰竭合并肺部感染的临床价值

目的：观察老年急性左心衰竭（ALHF）合并肺部感染患者血清降钙素原（PCT）、超敏C反应蛋白（hs-CRP）和胱抑素C(CysC)水平变化，并分析其对ALHF合并肺部感染的诊断价值。方法：选取2019年1月至2021年6月期间，入院治疗的ALHF老年患者98例，未合并肺部感染者44例为非感染组，ALHF合并肺部感染54例为感染组，另选健康体检者40例为对照组。检测并比较三组的血清PCT、hs-CRP和CysC水平，分析其与肺部感染的关系。结果：ALHF感染组和非感染组的血清PCT、hs-CRP和CysC水平均显著高于对照组，且感染组显著高于非感染组（P<0.05）。ALHF感染组的血清PCT、hs-CRP和CysC水平呈显著正相关性（P<0.05）。三项指标联合检测对肺部感染的诊断特异度较单项检测明显升高（P<0.05），且阳性预测值及阴性预测值均显著高于PCT、hs-CRP检测（P<0.05）。结论：老年ALHF患者血清PCT、hs-CRP和CysC水平明显升高，且其水平与ALHF伴发肺部感染有关，检测血清PCT、hs-CRP联合CysC可能有助于评估老年AL...     

2型糖尿病合并肺部感染病原体危险因素研究

目的探讨2型糖尿病(T2DM)合并肺部感染病原体及危险因素。方法对2016年收治T2DM合并肺部感染(感染组),随机选取同期未发生肺部感染(对照组)患者临床资料各95例,进行回顾性分析。结果感染组痰培养检出革兰阳性菌1株,革兰阴性菌24株,真菌18株。与对照组相比,单因素分析表明,年龄、住院天数、空腹血糖、D-二聚体、超敏C反应蛋白(hs-CRP)和白蛋白(ALB)显著相关(P0.05)。多因素logistic回归分析表明,年龄、hs-CRP和ALB为T2DM合并肺部感染的独立危险因素(P0.05),各因素的OR值分别为1.407,1.217,0.587。结论 T2DM合并肺部感染病原体主要为革兰阴性菌和真菌;注意对高龄患者的监护、降低hs-CRP水平、提高ALB水平,对预防T2DM并发肺部感染有较为重要的临床意义。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

肺结核合并肺部感染的临床特征及病原学研究

目的探讨肺结核合并肺部感染的临床特征及相关的病原学。方法经纤支镜防污染毛刷(PSB)及肺泡灌洗采样(BAL)行致病菌定量培养,PSB细菌定量培养≥103cfu/m l或BAL细菌定量培养≥105cfu/m l诊断为合并肺部感染,分析两组的临床特征及病原学。结果两组中发热>38℃、咳脓痰、肺部啰音、WBC 10~15×109/L且N>0.7、WBC>15×109/L、特异胸片改变等临床征象在合并肺部感染与非合并肺部感染患者之间有显著性差异。肺结核合并肺部感染的病原菌首位是肺炎克雷伯菌、其次是铜绿假单胞菌。真菌感染病原体主要是曲菌、白色念珠菌。结论特异临床特征对诊断肺结核肺部感染有一定意义,病原学检测可进一步明确诊断。