基于网络药理学和分子对接探讨升阳益胃汤治疗萎缩性胃炎机制

目的 通过网络药理学和分子对接方法,探讨升阳益胃汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 用TCMSP、GeneCard、OMIM和String等数据库获取升阳益胃汤中药物的化学成分及靶点、慢性萎缩性胃炎疾病靶点和蛋白互作网络(PPI)信息。通过Cytoscape 3.8.2构建药物-成分-靶点网络信息。基于生物信息学开源软件Bioconductor和R语言对药物作用的生物学过程和京都基因与基因组百科全书(KEGG)进行富集分析。结果 升阳益胃汤的10个核心成分通过调控相关通路对慢性萎缩性胃炎进行治疗,且RELA、JUN、MAPK1、STAT3、TP53等靶蛋白是其治疗慢性萎缩性胃炎的关键基因。结论 升阳益胃汤可能通过多靶点、多通路调控治疗慢性萎缩性胃炎,为临床治疗提供了科学依据。     

基于网络药理学探讨白芍治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制研究

目的：采用网络药理学方法,对白芍治疗慢性萎缩性胃炎（Chronic Atrophic Gastritis, CAG）的作用机制进行探讨。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得白芍有效活性成分与相应靶点信息。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库搜集CAG的相关靶标信息,并通过Venny 2.1.0取得药物与疾病靶点的交集。分别采用Cytoscape 3.7.1、STRING数据库绘制“药物活性成分-靶点”网络图与蛋白质-蛋白质相互作用网络图,行可视化处理。借助DAVID数据库行基因本体论（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后用软件Cytoscape 3.7.1绘制“药物成分-靶点-通路-疾病”网络。结果：得到白芍活性成分8个、作用靶点72个,疾病靶点972个,二者交集34个。关键活性成分有山柰酚、β-谷甾醇、儿茶素,关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6等;白芍主要通过参与凋亡过程阳性调节、对药物的反应、炎症反应等生物过程...     

基于网络药理学和分子对接的半夏厚朴汤合左金丸治疗慢性萎缩性胃炎机制

目的 通过网络药理学和分子对接分析半夏厚朴汤合左金丸治疗慢性萎缩性胃炎的潜在作用途径及合理性。方法 采用TCMSP及UniProt数据库,筛选收集复方半夏厚朴汤合左金丸有效成分及规范靶点;利用GeneCards及OMIM、DisGeNET数据库收集CAG靶点,通过Venny2.1平台构建交集基因;将数据导入Cytoscape3.7.0软件,构建PPI蛋白互作网络,筛选核心靶点,利用Metascape数据库进行GO及KEGG富集分析。最后对前四成分和靶点分别作分子对接,反向验证其可行性及合理性。结果 筛选出7味中药共63个有效成分,206个药物靶点,964个疾病靶点,可映射IL6、AKT1、TP53、VEGFA、TNF、CASP3、EGFR、PTGS2、MYC 9个核心靶点,涉及β-谷甾醇、豆甾醇、黄连素、槲皮素、黄芩素等核心成分,通过作用于PI3K-Akt、IL-17、Toll样受体、Th17细胞分化、TNF等信号通路参与调控细胞增殖、凋亡及炎症反应过程,分子对接结果显示核心成分与靶点具有较强结合性。结论 半夏厚朴汤合左金丸通过多成分,多途径,多方面的协调作用,保护胃黏膜,干预胃炎-胃...     

基于网络药理学的四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究

目的:探讨四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的有效活性成分及作用机制。方法:本研究通过TCMSP数据库选取四君子汤中党参、茯苓、白术、甘草含有的491个化合物,筛选其活性成分及潜在靶点;同时,通过GeneCards数据库挖掘慢性萎缩性胃炎疾病靶点;结合化合物及疾病靶点,构建化合物-靶点网络、进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。结果:四君子汤中含有123个活性成分,对应慢性萎缩性胃炎78个靶点;GO生物过程相关条目36个;KEGG通路14条,涉及肿瘤信号通路(pathways in cancer)、TNF信号通路、P53信号通路等。结论:四君子汤主要通过调控细胞炎症、增殖、凋亡、代谢来治疗漫性萎缩性胃炎,这为阐明四君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制、开展实验验证提供依据。     

基于网络药理学探讨益气化瘀解毒方治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的:运用网络药理学方法对益气化瘀解毒方治疗慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制进行研究。方法:运用TCMID数据库获取益气化瘀解毒方有效成分,运用BATMAN-TCM数据库预测药物作用靶点,运用GEO基因芯片数据库和GEO2R工具获取CAG疾病基因,运用STRING在线工具构建蛋白互相作用网络,使用Cytoscape软件进行蛋白网络可视化处理,使用DAVID工具进行GO分析,使用KOBAS 3.0工具进行KEGG信号通路分析,运用MCODE插件筛选关键基因。结果:益气化瘀解毒方靶点与CAG的交集基因共126个,生物学功能涉及凋亡、增殖、EMT、炎症等方面,KEGG信号通路结果显示交集基因富集于PPAR、TGF-β、MAPK、NF-κB等经典肿瘤信号通路,同时也富集于肿瘤中的蛋白多糖、转录和胆碱代谢失调等信号通路,筛选得SRC、PTGS2(COX2)、NOS3、BMP4、BMP2、LEF1、WNT5A、SHH、TLR4、TGFB1、LEP共11个关键靶点基因,这些基因或蛋白与CAG和胃癌的发生发展、胃黏膜的炎-癌转化密切相关。结论:益气化瘀解毒方治疗CAG的机制是多靶点、多通路的复杂过程,其机制与调节炎症、肿瘤等相关通路有关。     

黄连汤加味治疗慢性萎缩性胃炎97例

2003年3月～2005年3月，笔者应用黄连汤加味治疗慢性萎缩性胃炎97例，疗效满意，现报告如下。     

瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学机制探讨

目的：通过网络药理学方法探讨瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的活性成分,并对其作用机制进行研究。方法：首先,利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选瓜蒌、薤白、半夏的有效成分及其作用靶点。然后,利用GeneCards和OMIM数据库,检索与慢性萎缩性胃炎有关的靶点,利用Cytoscape 3.7.2软件建立活性成分-靶点结构图,并对其中的主要成分进行筛选,利用STRING数据库对交集靶点进行蛋白质交互作用的研究,并对其进行了初步的筛选。最后,选用Metascape和Wiscape网站对基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集进行研究。结果：研究结果显示,瓜蒌薤白半夏汤治疗慢性萎缩性胃炎的关键成分是槲皮素、β-谷甾醇、柚皮素等。丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、白细胞介素（Interleukin,IL）-6是其核心靶点。GO富集过程包含1 323个生物过程、50个细胞组成、95个分子功能,其中KEGG通路主要有癌症信号通路...     

基于网络药理学探讨吴茱萸-黄连药对治疗胃炎的机制研究

目的:本文通过应用生物信息学技术对吴茱萸-黄连药对进行网络药理学分析,探索吴茱萸-黄连药对治疗胃炎的潜在靶点及作用机制。方法:运用数据库TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH、GeneCard等检索吴茱萸-黄连药对活性成分、作用靶点以及胃炎相关靶点,应用数据库STRING分析各靶点之间的相互作用。利用Cytoscape3.7.2软件进行药物-成分-疾病-靶点网络分析,在此基础上运用数据库Bioconductor进行GO(gene ontology)过程分析,以及KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:在相关的数据库筛选之后,得到黄连的潜在活性成分8个,吴茱萸的潜在活性成分17个,二者相同活性成分有2种。吴茱萸-黄连药对筛选得到的靶点有79个,与胃炎靶点进行交集得到共有靶点基因是18个,如CASP3、VEGFA、EGFR、IL-6、MYC、CCND1等。吴茱萸-黄连药对治疗胃炎的主要功能是结合各种不同功能的蛋白如:蛋白磷酸酶、激活转录因子受体、细胞因子受体、凋亡受体、血管内皮生长因子受...     

基于网络药理及分子对接探讨薏苡仁—浙贝母药对治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法配合分子对接验证,探讨薏苡仁—浙贝母治疗慢性萎缩性胃炎的可能机制。方法 利用TCMSP数据库获取薏苡仁、浙贝母的主要活性成分及其对应靶点,通过5个疾病数据库,包括GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank,收集慢性萎缩性胃炎疾病相关靶点,将药物对应靶点与疾病相关靶点取交集,得到薏苡仁—浙贝母治疗慢性萎缩性胃炎的作用靶点。Cytoscape软件用于成分与靶点间的网络构建与分析。作用靶点的GO功能富集与KEGG通路富集分析使用R语言完成。靶蛋白间的相互作用网络使用STRING数据库平台构建,并筛选核心靶点。Autodock Vina软件用于分子对接,对核心靶点进行进一步验证。结果 筛选出薏苡仁—浙贝母活性成分7个,对应作用靶点12个,进一步经拓扑分析筛选出CASP3、CASP8、PTGS2、JUN、PPARG共5个核心靶点。KEGG分析显示作用靶点主要富集在白细胞介素-17、P53、肿瘤坏死因子信号通路。通过分子对接证实,核心靶点与对应活性成分间均有较好的结合稳定性。结论 薏苡仁—浙贝母主要通过炎症及肿瘤相关的信号通路实现对慢性萎缩性胃...     

基于网络药理学探索丹参饮治疗慢性萎缩性胃炎的机制研究

目的基于网络药理学探究丹参饮治疗慢性萎缩性胃炎(chronic atrophic gastritis,CAG)的分子机制。方法通过TCMSP和Swiss Target Prediction预测丹参饮有效成分及作用靶点,检索Drug Bank等4个数据库挖掘慢性萎缩性胃炎的相关作用靶点,运用Cytoscape构建"药物—靶点—疾病"网络,并通过DAVID平台对共同靶点进行富集分析;运用Bisogenet插件构建PPI网络,拓扑分析筛选关键靶点,并通过MCODE算法对其进行聚类分析,对聚类得到的各模块进行富集分析。结果筛选得到丹参饮86个活性成分和355个靶点,与165个CAG相关靶点相映射得到24个共同靶点,这些靶点主要富集在多种癌症及与癌症密切相关的通路上; PPI网络拓扑筛选出的156个核心靶点聚类为5个模块,主要通过调控物质代谢、细胞周期、基因表达、DNA损伤与修复、转录调控等过程发挥对慢性萎缩性胃炎的治疗作用。结论本研究发现丹参饮通过抑制炎症反应及调节细胞增殖和凋亡发挥治疗CAG的作用,为阐释丹参饮治疗慢性萎缩性胃炎的物质基础和作用机制提供了科学依据,体现了中医药治疗疾病多成分、多靶点、多途径的特点,是中医整体观念的实际体现。     

基于网络药理学和分子对接探讨苏叶黄连枳实治疗慢性肾功能衰竭的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接探讨苏叶黄连枳实治疗慢性肾功能衰竭（Chronic Renal Failure,CRF）的作用机制。方法：检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选药物有效成分,利用Swiss Target Prediction预测其潜在靶点。利用Gene Cards、OMIM及Drugbank检索CRF靶点,通过Venny获取药物有效成分作用靶点与疾病基因靶点的交集。利用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,利用Metascape进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,利用Autodock对有效成分与关键靶点行分子对接。结果：苏叶黄连枳实治疗CRF的核心有效成分为槲皮素、木犀草素等,核心靶点为白细胞介素（Interleukin,IL）-6、肿瘤坏死因子（Tumor Necrosis Factor,TNF）、IL-1β等。共得到1 288个GO富集结果,232条KEGG通路,通路涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示有效成分与关键靶点的结合能均<0。结论...     

中药复方治疗慢性萎缩性胃炎作用机制研究进展

正慢性萎缩性胃炎(chronic atrophic gastritis,CAG),是一种临床常见疾病,世界卫生组织将其列为胃癌前状态。该病属于中医学胃痞、胃脘痛、腹胀范畴,其发病缓慢,患者一般有上腹部疼痛、胀满和痞闷,进食后加重,伴食欲不振、恶心、嗳气、便秘或腹泻等症状。近年来,中药复方对CAG疗效日益显著,现收集近5年来中药复方治疗CAG的研究资料,对其作用机制进行综述如下。     

基于网络药理学和分子对接探讨胃复春治疗慢性浅表性胃炎作用机制

目的：基于网络药理学探讨胃复春（WFC） 治疗慢性浅表性胃炎（CSG） 的分子机制。方法：采 用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药综合资源数据库（TCMID） 及SwissTargetPrediction网站 检索WFC的相关化学成分及其对应的作用靶点;利用GeneCard数据库、OMIM数据库筛选CSG的作用靶点, 通过韦恩在线网站获取WFC与CSG的交集靶点,并通过Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白互作网络图;根据拓扑学 参数查找WFC治疗CSG的核心靶点,运用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-核心靶点网络图筛选WFC作用于CSG 的关键成分。利用David网站对交集靶点进行基因本体论（GO） 和京都基因与基因组百科全书数据库（KEGG） 通路富集分析,采用R软件绘制可视化气泡图。通过SYBYL-X2.1.1软件对WFC治疗CSG的主要活性成分及关 键靶点进行分子对接。结果：WFC治疗CSG的关键成分为人参皂苷Rh2、柚皮素、14-乙酰基-耐阴午茶菜素 b、β-谷甾醇等,关键靶点有白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、血管 内皮生长因子A（VEGFA）、抑癌基因53（TP53） 等。WFC治疗CSG主要作用于癌症信号通路、脂质与动脉粥 样硬化信号通路、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染等信号通路,其功能主要有参与RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的 正调控、信号转导及细胞凋亡过程的负调控,在蛋白质结合、ATP结合方面起重要作用等。分子对接结果显 示,WFC 中的关键成分14-乙酰基-耐阴午茶菜素b、人参皂苷Rh2、川陈皮素与关键靶点IL-6、AKT1、 VEGFA的结合活性较强。结论：WFC可能通过调节IL-6、TNF、AKT1等靶点治疗CSG,其作用机制与癌症信 号通路,脂质与动脉粥样硬化信号通路密切相关。     

半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的网络药理学研究

目的:基于网络药理学研究半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法:利用TCMSP数据库,得到半夏泻心汤成分的口服利用率和药物相似性等参数,并筛选药物的有效成分组,收集有效成分的靶点。通过Dis Ge NET数据库得到慢性萎缩性胃炎的疾病靶点,在与半夏泻心汤靶点取得交集后得到了药效靶点。将上述靶点输入到String数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络预测,最后利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,阐明半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎的潜在信号通路。结果:我们筛选出了半夏泻心汤194个活性成分和154个作用靶点。通过蛋白质互作网络分析,半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎可能与BCL-2,PTGS2,TNF,GSTP1,GSTM1等靶点有关。KEGG富集分析结果显示半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎与TNF信号通路,NF-κB信号通路,NOD样受体信号通路,PI3k/Akt信号通路,Toll样受体信号通路等有关。结论:半夏泻心汤治疗慢性萎缩性胃炎具有中药复方多成分-多靶点-多通路的特点,其治疗慢性萎缩性胃炎的生物学机制可能与TNF signaling pathway等信号通路有关。     

中药治疗慢性萎缩性胃炎临床观察

目的:观察中药对慢性萎缩性胃炎的治疗作用。方法:将80例患者随机分为两组,治疗组50例,自拟健脾益气,养阴活血中药治疗;对照组30例,采用维酶素治疗。结果:治疗组总有效率明显高于对照组。结论:中药治疗慢性萎缩性胃炎有较好的疗效。     

基于网络药理学和实验验证探讨香连化浊方对慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 基于网络药理学及动物实验探讨香连化浊方治疗慢性萎缩性胃炎（CAG）的作用机制,为临床推广应用提供科学依据。方法 基于网络药理学预测得到香连化浊方治疗CAG的可能作用靶点和通路,采用水杨酸钠、N-甲基-N′-硝基-N-亚硝基胍（MNNG）及饥饱失常多因素诱导大鼠CAG模型,给予香连化浊方和摩罗丹干预60 d。给药结束后处死大鼠,苏木素-伊红（HE）法观察各组胃黏膜组织形态学变化;酶联免疫吸附测定法（ELSIA）检测大鼠血清中白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）、白细胞介素-1β（IL-1β）、血管内皮生长因子（VEGF）的含量;免疫组织化学法（IHC）检测各组胃黏膜B细胞淋巴瘤-2（Bcl-2）家族抗凋亡因子（Bad）、细胞抗凋亡因子Bcl-2蛋白表达含量。结果 最终获得香连化浊方潜在活性成分241种,核心靶点53个。香连化浊方可影响细胞增殖凋亡、炎症反应、DNA代谢过程的调控、细胞对氧化还原的反应等多个生物过程,影响磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）信号通路、TNF信号通路、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、癌症及癌症相关等多个信号通路。动物模型验证结果,香连化浊方能够降低CAG大鼠血清中IL-6、TNF-α、IL-1β、VEGF水平;降低胃组织中Bad、Bcl-2蛋白表达水平。结论 香连化浊方可通过参与细胞增殖、凋亡和炎症反应等生物过程,调控PI3K/Akt信号通路,改善CAG胃黏膜损伤。     

胃妙汤治疗慢性萎缩性胃炎

慢性萎缩性胃炎是胃黏膜在各种致病因素作用下所发生的慢性萎缩性病变。现代医学认为,本病与胆汁反流、幽门螺杆菌感染、机体免疫功能低下等因素有关。中医学认为,慢性萎缩性胃炎的发生多与饮食不节、情志失调、外感邪气、脾胃虚弱等有关,初起以湿热阻滞、     

基于网络药理学探讨香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的：运用网络药理学的技术分析香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索香砂六君子汤的药物成分及靶点,绘制中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards、OMIM数据库筛选疾病相关基因,绘制韦恩图,获取共同基因并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行网络拓扑分析获取核心基因;对核心基因进行进一步的基因本体(GO)功能注释和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：经过筛选得到香砂六君子汤中药活性成分137个,潜在作用靶点162个,慢性萎缩性胃炎疾病702个相关靶点,药物-疾病共同靶点51个,经过网络拓扑分析得到PTGS2、TNF、VEGFA、IL1B、CAT等18个核心靶点,通过GO、KEGG主要富集于对活性氧的反应、细胞对氧化应激的反应等生物过程和肿瘤坏死因子、IL-17、Toll样受体、C型凝集素受体信号通路等通路上。结论：香砂六君子汤可以通过多成分-多靶点-多通路的机制,抑制“炎-癌”转化治疗慢性萎缩性胃炎。     

慢性萎缩性胃炎的中医药治疗概述

慢性萎缩性胃炎（CAG）是消化系统的常见病、多发病,其发病过程缓慢,病情复杂且顽固,病势缠绵,施治棘手.近年来,中医药治疗该病已取得一定的成绩,笔者就近几年来国内中医药界对CAG治疗的研究情况概述如下.