基于网络药理学探讨藤梨根治疗结直肠癌的作用机制

目的 基于网络药理学的研究方法探讨中药藤梨根治疗结直肠癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及中医药整合药理学研究平台(TCMIP)获取藤梨根的主要活性成分和药物作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取结直肠癌的疾病靶点,再通过R语言及VennDiagram作图数据包映射筛选得出药物与疾病的交集靶点,即为藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件、String数据库分别构建藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点的“药物-成分-疾病-靶点”网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。最后通过David数据库对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将富集结果可视化。结果 筛选到藤梨根药物主要活性成分6个,药物作用靶点154个,结直肠癌相关疾病靶点10 622个,两者取交集得到藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点145个;藤梨根的6种活性成分芦荟大黄素(aloe-emodin)、ent-表儿茶素(ent-Epicatechin)、(+)-儿茶素[(+)-cat...     

寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学研究

目的:探讨寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学特征。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、GeneCards数据库获得寿胎丸活性成分及疾病靶点,利用Venn在线工具筛选二者交集基因,依托STRING数据库,采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图和靶点间蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建活性成分-靶点-关键通路网络图来展示寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的相关作用机制。结果:筛选出寿胎丸活性成分21个,成分靶点591个及疾病靶点2 438个,主要化合物有槲皮素、赖氨酸等。获得交集基因共67个,寿胎丸可能通过过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子(EGF)等靶点发挥作用,GO分析结果显示,其生物过程主要是药物反应,细胞组分主要是血红素结合反应,分子功能主要集中在线粒体基质。主要涉及的相关信号通路有缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路,磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路。结论:寿胎丸的多种活性成分可能作用于CAT、EGF等相关靶点,通过HIF-1、PI3K/AKT等主要信号通路,多靶点、多通路的发挥治疗早发性卵巢功能不全的作用。     

基于网络药理学研究清痹汤治疗痛风性关节炎的作用机制

目的:利用网络药理学分析技术探寻清痹汤治疗痛风性关节炎(GA)的潜在作用机制.方法:采用TCMSP平台挑选出清痹汤主要活性化合物及靶点;利用五大疾病数据库查找GA的对应靶点;借助韦恩图工具构建"药物-疾病靶点"交集图;将交集靶点导入String数据库构建蛋白互作(PPI)图;通过DAVID数据库进行基因功能GO分析、KEGG通路富集分析;依托Cytoscape 3.7.2绘制"中药-活性成分-靶点""活性成分-交集靶点""核心靶点-KEGG通路"网络图.结果:清痹汤有效活性化合物共133个,潜在对应作用靶点125个;GA疾病相关靶点823个;疾病-药物共同靶点41个.通过蛋白互作网络图提示IL-6、VEGFA、CASP3、RELA、MYC、PPARG等可能是清痹汤治疗GA的核心靶基因.GO富集分析共237个,其中生物过程(BP) 174条、细胞组成(CC)20条、分子功能(MF) 73条.KEGG通路富集分析共73条.结论:清痹汤主要通过调节细胞增殖和凋亡、控制炎症、抑制血管生成等多途径发挥治疗GA的作用,与"多成分-多靶点-多通路"治疗疾病的特点相契合.     

基于网络药理学和分子对接探讨“黄连-茵陈”治疗慢性萎缩性胃炎机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨“黄连-茵陈”药对治慢性萎缩性胃炎(CAG)的作用机制。方法 在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)中检索获得“黄连-茵陈”药对的活性成分、作用靶点及分子结构，建立数据集，再通过GeneCard、CTD、TTD数据库筛选CAG疾病靶点，与“黄连-茵陈”药对活性化合物作用靶点取交集，利用Cytoscape软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络，利用STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络，通过聚类分析获取核心成分与核心靶点，利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后利用AutoDok Tool、Pymol软件将核心靶点与核心成分进行分子对接验证。结果 经筛选获得“黄连-茵陈”药对活性化合物26种，筛选后活性化合物对应靶点86个，CAG靶点639个，“黄连-茵陈”活性化合物成分与CAG交集靶点38个，核心成分为槲皮素、异鼠李素、β-谷甾醇等，高于平均Degree值的靶点蛋白有白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、Ju...     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗心绞痛的作用机制

目的:运用网络药理学方法探究丹参饮治疗心绞痛的作用机制。方法:本研究通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP)筛选出丹参饮中丹参、檀香、砂仁的有效活性成分及其相关靶点蛋白,通过GeneCards数据库挖掘心绞痛的疾病靶点,将其与药物靶点蛋白取其交集,并将交集靶点运用Cytoscape 372构建活性成分-靶点-疾病网络图。运用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）I网络图,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果:共筛选出丹参饮的活性成分78个,靶点334个,心绞痛的靶点2 578个,其交集靶点93个,对应的活性成分59个。GO生物过程20条,包括肾上腺素能受体活性、G蛋白偶联胺受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、细胞因子受体结合、酰胺结合等;KEGG相关信号通路,涉及HIF-1信号通路、IL-17信号通路、T细胞受体信号通路等。结论:本研究体现了丹参饮治疗心绞痛的作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,为临床应用及药理学研究提供了思路和依据。     

基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点，通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点，并获取二者交集靶点，借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络，采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接，预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个，UGIB疾病靶点3350个，二者交集靶点141个，富集得到GO中2149个生物过程条目，63个细胞组分条目，179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...     

基于网络药理学探讨白芍治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制研究

目的：采用网络药理学方法,对白芍治疗慢性萎缩性胃炎（Chronic Atrophic Gastritis, CAG）的作用机制进行探讨。方法：运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获得白芍有效活性成分与相应靶点信息。通过GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库搜集CAG的相关靶标信息,并通过Venny 2.1.0取得药物与疾病靶点的交集。分别采用Cytoscape 3.7.1、STRING数据库绘制“药物活性成分-靶点”网络图与蛋白质-蛋白质相互作用网络图,行可视化处理。借助DAVID数据库行基因本体论（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后用软件Cytoscape 3.7.1绘制“药物成分-靶点-通路-疾病”网络。结果：得到白芍活性成分8个、作用靶点72个,疾病靶点972个,二者交集34个。关键活性成分有山柰酚、β-谷甾醇、儿茶素,关键靶点有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/Threonine Kinase 1,AKT1)、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6等;白芍主要通过参与凋亡过程阳性调节、对药物的反应、炎症反应等生物过程...     

基于网络药理学探讨参芪五味子片治疗失眠的作用机制

目的：运用网络药理学方法探讨参芪五味子片治疗失眠的生物活性成分和潜在的作用机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）中收集参芪五味子片组方中药物的活性成分及靶点;使用Uniprot数据库预测并标准化活性成分的蛋白靶点,绘制出参芪五味子片中药-活性成分-靶点网络图,分析其核心成分;从Drugbank、OMIM以及DisGeNET疾病数据库中挖掘出失眠相关疾病靶点;将获得的药物靶点和疾病靶点取交集后,筛选出参芪五味子片治疗失眠的潜在作用靶点,然后利用收集到的靶点数据分别构建药物和疾病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络并取其交集作为药物-疾病相互作用网络,运用网络拓扑学方法筛选出其核心靶点;最后,使用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：共获得63个药物活性成分、232个药物相关靶点及160个疾病靶点,其中有13个靶点是药物与疾病的共有靶点。将药物活性成分和疾病的交集PPI网络经过网络拓扑学分析得到55个核心靶点,将核心靶点进行富集分析后共得到779种GO功能条目和30条KEGG信号通路。结论：参芪五味子片可能通过抗炎、抗氧化、调节神经递质代谢、调节细胞周期等作用治疗失眠。     

基于网络药理学探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制

目的：借助网络药理学和分子对接技术探讨黄芪治疗慢传输型便秘的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选黄芪的活性化合物并预测其作用靶点,借助Cytoscape 3.7.2软件构建黄芪活性成分-靶点网络图;以“slow transit contipation”为关键词在OMIM及GeneCards数据库检索慢传输型便秘相关靶点,并与黄芪化合物作用靶点取交集,将共同靶点导入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,将PPI导入Cytoscape 3.7.2进行拓扑分析;利用R语言进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析预测其作用机制;通过Swiss Dock在线分子对接工具对关键靶点进行分子对接。结果：黄芪筛选得到20个活性成分,对应作用靶点189个,与慢传输型便秘的共同靶点143个,交集String数据库和Cytoscape 3.7.2拓扑分析度值靠前的靶标为血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝氨酸苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-6(IL-6)。GO功能富集分析得到生...     

基于网络药理学-分子对接技术研究柴胡治疗卒中后抑郁的药效物质基础及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术,探讨柴胡治疗卒中后抑郁（Post-stroke Depression, PSD）的潜在活性成分和可能的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和蛋白质序列数据库（Uniprot）筛选出柴胡主要活性成分及其靶点基因,并将目标蛋白名称标准化,通过GeneCards、OMIM数据库获取PSD靶点基因;对两者靶点取交集后采用STRING数据库构建柴胡治疗PSD的潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络图;利用Cytoscape-v3.9.1软件进行核心靶点筛选;利用DAVID数据库对潜在靶点进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最后,利用PyMol软件和AutoDockTools-1.5.7软件对柴胡主要活性成分与核心靶点使用分子对接技术绘制相应的分子对接图。结果：共筛选得到柴胡活性成分17个,去重后对应靶点175个,疾病靶点852个,经Venny数据库预测到疾病-药物交集靶点45个。GO功能富集分析结果显示共获得323个GO功能注释,KEGG通路富集分析结果显示获得106条信号通路。分子对接...     

基于网络药理学探讨加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法研究加味桃核承气汤干预2型糖尿病的潜在作用靶点。方法:基于TCMSP数据库及Uniprot数据库筛选出加味桃核承气汤有效成分及靶点基因。通过Gene Cards数据库及OMIM数据库筛选出2型糖尿病的疾病靶点基因,并用Cytoscape软件构建"活性成分-靶点"相互作用网络图。将有效成分靶标与疾病靶标上传到STRING数据库,构建蛋白互作网络图(PPI),并计算其特征值,使用R语言对得到的PPI进行核心基因的筛选。最后,运用R语言对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测得到加味桃核承气汤治疗2型糖尿病的有效成分155个及共作有效靶点106个。有效成分中度值较高的为槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol)及异鼠李素(isorhamnetin),作用靶点中度值较高的为雌激素受体(ESR1),过氧化物酶体增殖剂激活受体γ(PPARG)与雄激素受体(AR)。PPI网络中核心基因为表皮生长因子受体(EGFR)及ESR1等; GO富集分析显示会影响基因的转录、核受体活性及激素的受体结合、神经递质等; KEGG通路富集分析显示流体剪切应力和动脉粥样硬化通路为显著性最高的通路,其次为晚期糖基化终末产物及其受体通路。结论:通过网络药理学的方法预测加味桃核承气汤防治2型糖尿病的关键作用靶点及相关通路,结果提示此方剂具有多靶点、多通路等复杂机制,不仅表明加味桃核承气汤具有降糖的作用,而且其还具有抗炎、改善胰岛素抵抗、调节脂代谢等生物学功能。     

基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤的作用机制

目的：基于网络药理学探讨通窍活血汤治疗颅脑损伤(TBI)的作用机制。方法：通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库筛选出通窍活血汤潜在活性成分及靶点,采用GeneCard与OMIM数据库获得颅脑损伤疾病靶点,得到通窍活血汤的中药与TBI的交集靶点,使用Cytoscape 372软件绘制活性成分靶点疾病交互网络图。采用String数据库构建靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,并进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。结果：筛选后收集得所有中药成分127个,收集疾病靶点1 811个,疾病与药物交集靶点共62个。PPI网络提示核心靶点为ALB、IL6、CASP3、EGFR、VEGFA等;GO功能注释得到73条富集结果,包括DNA结合转录激活剂活性,RNA聚合酶Ⅱ特异性等,富集得到PI3K-AKT等75条核心的KEGG通路。结论：通窍活血汤治疗颅脑损伤具有多成分、多靶点、多通路的作用机制特点。     

基于网络药理学探讨穿心莲治疗新型冠状病毒肺炎机制研究

目的:通过网络药理学方法探索穿心连治疗新型冠状病毒肺炎的作用靶点及分子机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选穿心莲的活性成分及相关的药物靶点,同时在GeneCards数据库筛选出新型冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,交集基因即为穿心莲治疗新冠肺炎的核心靶点。随后利用Cytoscape3.7.2软件和String数据库构建药物活性成分-靶点网络和蛋白质相互作用关系的网络图。最后通过DAVID数据库对交集靶点进行GO功能富集和KEGG通路富集分析,并构建成分-靶点-通路图。结果:筛选出穿心莲的活性成分24个及作用靶点53个,新型冠状病毒肺炎的靶点259个,交集靶点14个。KEGG富集分析涉及通路17条,主要包括癌症、细胞凋亡、肌萎缩性侧索硬化症(ALS)、MAPK信号通路、神经营养蛋白信号通路等。结论:穿心莲中的多种活性成分可以通过介导多靶点、多通路发挥治疗新型冠状病毒肺炎的作用。     

基于网络药理学探讨茵栀黄口服液治疗黄疸的作用机制研究

目的：基于网络药理学方法构建茵栀黄口服液成分-靶点-通路的相互作用网络,探究其治疗黄疸可能的分子机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取茵栀黄口服液4种成分-茵陈、栀子、黄芩、金银花的有效活性成分,并对潜在靶点进行预测,进而绘制药物有效活性成分韦恩图及化合物-靶点网络图,通过人类孟德尔遗传数据库（OMIM）、GeneCards及Drugbank数据库筛选出黄疸相关靶点,与获得的药物预测靶点取交集,再将交集靶点导入STRING数据库及Cytoscape 3.7.2,得到蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图;通过Metascape对关键靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析。结果：茵栀黄口服液的4种成分-茵陈、栀子、黄芩、金银花在TCMSP数据库中共检索到530个化学成分,根据口服生物利用度(OB)和类药性(DL)共筛选出87个活性成分,得到作用于黄疸的靶点共233个,通过与疾病数据库筛选出黄疸相关靶点取交集,获得交集靶点122个,GO功能分析集中在对细胞凋亡、细胞因子受体结合的调控,对多种蛋白激酶活性的调节等方面,KEGG通路分析得到T细胞受体信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路、核因子κB信号通路等通路。结论：本研究结果显示茵栀黄口服液治疗黄疸具有多成分、多靶点的作用特点,并预测了可能的作用机制,为后期实验研究提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制

目的:利用网络药理学分析探讨丹参饮治疗胃癌前病变的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取丹参、砂仁、檀香的活性成分及靶点,通过GeneCards数据库获取胃癌前病变疾病基因,在与丹参饮靶点映射后获得交集靶点,利用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-有效成分-交集靶点-疾病”网络图,并分析该网络;通过STRING数据库结合Cytoscape 3.7.1软件构建交集靶点蛋白质-蛋白质相互作用网络;将交集靶点导入至DAVID(2021 Update)数据库,进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:预测获得丹参饮治疗胃癌前病变的有效活性成分76个,67个交集靶点。蛋白质-蛋白质相互作用分析得到18个核心靶点。GO功能富集分析获得369项条目,KEGG富集在90条通路上。结论:丹参饮可能通过木犀草素、丹参酮ⅡA等有效成分调节磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、叉头框蛋白(FoxO)信号通路、缺氧诱导因子(Hypoxia Inducible Factor,HIF)-1α信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等,发挥抗炎、...     

基于网络药理学探讨三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症的作用机制

目的:采用网络药理学的方法预测三棱-莪术药对治疗子宫内膜异位症（EMT）的主要活性成分、靶点及信号通路,探讨其作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索三棱-莪术药对的中药化学成分,以口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物;通过TCMSP查询活性化合物对应的靶标;运用GeneCards和人类孟德尔遗传数据库（OMIM)预测疾病靶点;利用韦恩图找到活性成分靶点和疾病靶点的交集靶点;使用Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-药物-有效成分-靶点蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;采用String在线数据库和Cytoscape软件绘制交集靶点PPI网络;最后借助R软件和Bioconductor生物信息软件包进行基因本体（GO）功能富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并使用Cytoscape软件绘制靶点-信号通路网络图。结果:筛选得到三棱-莪术活性成分8个,对应靶点77个,EMT相关靶点1 600个,交集靶点34个。GO功能富集分析结果显示三棱-莪术药对可影响1 054个生物学过程、22个细胞组分和65个分子功能。KEGG通路富集分析得到91条通路,三棱-莪术药对治疗EMT主要与雌激素信号通路、IL-17信号通路、AGE-RAGE信号通路、甲状腺激素信号通路、P53信号通路等有关。结论:三棱-莪术药对治疗EMs具有多靶点、多途径、多通路的特点。     

基于网络药理学分析生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的:通过网络药理学研究方法探讨生蒲黄-墨旱莲药对治疗糖尿病视网膜病变(Diabetic retinopathy,DR)的作用机制。方法:通过中药药理数据库和分析平台(TCMSP)检索药物的活性成分和靶点;在GeneCards、DrugBank和OMIM数据库检索糖尿病视网膜病变相关靶点;利用Venny工具找出疾病与药物的交集靶点;通过Sting数据库对交集靶点进行分析;结果导入Cytoscape 3.9.1软件进行拓扑异构分析;筛选出核心靶点并绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络图。将交集靶点录入Metascape进行基因本体论(GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析,得到潜在作用通路。结果:(1)药物活性成分及靶点:通过TCMSP数据库筛选出生蒲黄-墨旱莲活性成分17个、作用靶点222个。(2)疾病靶点:经GeneCards、DrugBank、OMIM数据库筛选去重后获得相关的疾病靶点4 005个,将药物靶点与疾病靶点交集后共获得108个共有靶点。(3)核心靶点:通过Cytoscape 3.9.1软件筛选出核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(Akt Serine/T...     

基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病的作用机制

目的：基于网络药理学分析黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病的分子生物学机制。方法：通过中药系统药理数据库和分析平台、疾病靶点数据库分别获取黄芪桂枝五物汤的药物成分、成分靶点及颈椎病疾病靶点并获取交集靶点,使用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质相互作用关系网络并获取关键靶点,应用Cytoscape软件分别构建化合物靶点网络图及蛋白质互相作用关系(protein–protein interaction, PPI)网络,通过DAVID平台进行基因本体功能(gene ontology, GO)和通路分析。结果：筛选出中药活性成分41个,交集靶点187个,其中PPI网络分析中排名靠前的靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC serine/threonine-protein kinase, AKT)1、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase, CASP)3等;GO及通路富集分析结果,关键蛋白富集在细胞核、细胞质、质膜等位置,参与RNA聚合、DNA...     

基于网络药理学及分子对接技术分析马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染的作用机制

目的：运用网络药理学方法及分子对接技术探讨马鞭草-虎杖治疗新型冠状病毒感染(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)的有效成分、作用靶点、信号通路,从而找出马鞭草-虎杖治疗COVID-19的作用机制,探索治疗COVID-19的新策略。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出马鞭草-虎杖药对的活性成分和作用靶标,通过Uniport数据库查找其作用靶标对应的基因;在GeneCards数据库中检索出COVID-19的相关疾病基因,通过Venny网站得出药物与疾病的交集基因,将交集基因导入STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,运用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）富集分析,并通过Cytoscape 3.7.2软件制作“疾病-通路-靶点-成分-药物”网络图。利用微生信制作相应的GO和KEGG富集分析图。采用AutoDockTools及Vina软件将关键活性成分与治疗COVID-19的受体进行分子对接。结果：检索出马鞭草-虎杖药对有22个有效活性成分、752个靶点基因,同时获得COVID-19...     

附子理中汤联合香砂六君子汤治疗脾肾阳虚型结直肠癌的网络药理学研究

目的：基于病证结合理论,运用网络药理学方法探讨附子理中汤联合香砂六君子汤治疗脾肾阳虚型结直肠癌（Colorectal Cancer,CRC）的潜在作用机制。方法：检索中药系统药理数据库和分析平台（TCMSP）数据库,获取附子理中汤合香砂六君子汤的活性成分,查询对应靶点;在Gene Cards、TTD和Drugbank数据库查找脾肾阳虚型CRC的主要靶点;构建药物有效成分、脾肾阳虚证与CRC靶点的交集韦恩图,借助STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建;在Metascape数据库进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用Cytoscape 3.7.1软件绘制核心靶点网络图、“复方-成分-靶点-通路-疾病”网络图。结果：筛选获得附子理中汤合香砂六君子汤活性化合物204种,涉及潜在靶点236个,核心活性成分为槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。从Gene Cards、TTD和Drugbank数据库获得脾肾阳虚证基因1 068个,CRC基因1423个,药-证-病交集靶点77个。蛋白质-蛋白质相互作用网络图显示靠前的核心蛋白包括丝氨酸/苏氨...