基于生物信息学分析膀胱癌免疫细胞浸润模式北大核心CSCD

膀胱尿路上皮癌(BLCA)是世界最常见的恶性肿瘤之一,其发病率和病死率位居我国泌尿生殖系统肿瘤首位,治疗方式主要取决于肿瘤阶段及患者一般情况,主要包括手术、放疗、化疗或免疫治疗等^([1-2])。膀胱癌最大的特点是多发性和极易复发,尽管上述方法短期内能取得不错的疗效,但远期疗效及患者生存质量不尽人意,且治疗副作用严重影响患者生活质量。     

动脉粥样硬化进展中差异免疫相关基因与免疫细胞的相关性及潜在干预中药的探索

目的：探讨动脉粥样硬化（AS）进展中差异免疫相关基因（DIRGs）与免疫细胞的相关性及干预DIRGs中药的一般规律。方法：首先，从GEO数据库中获取GSE28829数据集，从ImmPort数据库和MSigDB数据库中下载免疫相关基因。其次，利用limma包筛选GSE28829中早期AS斑块（EAP）和晚期AS斑块（AAP）间的差异表达基因，并与免疫相关基因取交集获取DIRGs;clusterProfiler包对DIRGs进行富集分析；构建DIRGs的蛋白互作网络，筛选网络中Hub基因。然后利用CIBERSORT反卷积法分析22种免疫细胞的浸润模式，筛选差异免疫细胞，并利用Pearson法分析其与Hub基因的相关性。最后，利用Coremine Medical数据库预测干预DIRGs的中药，收集其性味归经信息。结果：共获得63个DIRGs，筛选出10个Hub基因（CD86、TLR2、TYROBP、CCR1、ITGB2、CCL2、CCL4、CSF1R、CXCR4、CTSS）。富集分析结果显示，DIRGs的分子功能、生物学过程和信号通路与免疫调节密切相关。免疫细胞浸润分析结果显示，EAP中调节...     

结缔组织病相关的肺动脉高压研究进展

肺动脉高压是结缔组织病（CTD）的严重并发症之一。结缔组织病中最常受累的是系统性硬化症（SSc）,而混合性结缔组织病（MCTD）、系统性红斑狼疮（SLE）及炎性肌病包括多肌炎和皮肌炎也常被累及。结缔组织病相关的肺动脉高压引起的原因不仅是肺动脉的病变,慢性血栓的形成,自身免疫反应和肺间质病变也是引起肺动脉高压的原因之一。由于其症状出现晚且不典型,预后甚差,死亡率高,因此对结缔组织病相关的肺动脉高压早期诊断,及时合理的治疗十分重要。     

基于生物信息学分析探究盘状红斑狼疮的关键通路、基因及免疫细胞浸润

目的:采用生物信息学方法寻找盘状红斑狼疮(DLE)中的差异表达基因(DEGs)和免疫细胞浸润矩阵明确其功能,探讨DLE的发病机制.方法:从GEO中获取GSE81071芯片数据,以P＜0.05及IlogFCl＞ 1.5为条件筛选DEGs;采用CIBERSORT反卷积法分析表达谱中22种免疫细胞浸润比例.结果:共筛选出DE...     

基于生物信息学和机器学习识别扩张性心肌病特征基因与免疫细胞浸润

目的 通过生物信息学方法确定扩张性心肌病(DCM)特征基因及免疫细胞浸润。方法 在两个DCM基因表达数据集上鉴定差异表达基因(DEG)并进行基因本体论(GO)、疾病本体论(DO)和基因集富集分析(GSEA)功能富集以获得潜在途径。两种机器学习算法，包括支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)以及最小绝对收缩和选择算子(LASSO)用于确定DCM特征基因。最后运用细胞类型分析工具CIBERSORT进行免疫细胞浸润分析。结果 共鉴定出51个DEG,其中机器学习算法识别硫氧还蛋白相互作用蛋白(TXNIP)、晶状体蛋白Mu(CRYM)、类热休克蛋白70蛋白A1(HSPA1L)、真核翻译延伸因子1A1(EEF1A1)为特征基因。富集分析集中在心脏过程、线粒体和细胞器的外膜、泛素样蛋白连接酶、自然杀伤细胞介导的细胞毒性，1型辅助T(Th1)细胞和Th2细胞分化，T细胞受体信号转导途径和Th17细胞分化方面。免疫细胞浸润发现幼稚B细胞，中性粒细胞和γT细胞可能参与DCM的发病过程。此外，中性粒细胞、Th细胞和M1巨噬细胞与4个特征基因高度相关。结论机器学习识别的4个特征基因TXNIP、 CRYM、 ...     

系统性红斑狼疮患者血清学mRNA表达谱差异研究及生物信息学分析北大核心CSCD

目的:分析系统性红斑狼疮(SLE)患者血清学mRNA表达谱差异情况,并对核心基因进行功能分析。方法:采用生物信息学技术分析来自GEO数据库的38例SLE患者和32例健康志愿者血清学样本,筛选显著差异表达mRNA,并对其进行生物学通路和GO分析,并构建相互作用网络。结果:共筛选出39个显著差异表达mRNA,其中TNFSF10表达上调最为显著,G0S2表达下调最为显著。生物学通路和GO分析均显示这些差异表达基因主要参与干扰素信号转导和病毒反应及增殖过程。TNFSF10与其他差异表达基因相互作用错综复杂,而G0S2未显示。结论:TNFSF10和G0S2可能是SLE的核心基因,其中TNFSF10可能联合其他基因共同致病,而G0S2则可能单独致病。     

基于生物信息学筛选并分析与浸润性乳腺癌免疫浸润有关的预后基因北大核心CSCD

目的:筛选并分析浸润性乳腺癌(BRCA)发生发展过程中与免疫浸润有关的预后基因,为进一步寻找BRCA潜在的预后生物标志物及治疗靶点奠定基础。方法:从TCGA数据库下载BRCA患者的mRNA表达信息数据和临床数据,并进行预处理,ESTIMATE网站获取患者的免疫/基质评分;分析免疫/基质评分与临床病理分期TNM系统间及与总生存率间的关系。按照评分中位数分别将患者分为高免疫评分组和低免疫评分组,基质评分分组同上,利用R软件分别筛选差异表达基因(DEGs),并取交集;对上步取交集的DEGs进行GO和KEGG富集分析;通过Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并筛选出枢纽基因。利用GSEA分析肿瘤免疫相关基因富集的主要通路;运用GEPIA2.0数据库分析枢纽基因在肿瘤与癌旁组织的表达情况及与总生存期的关系。结果:筛选出1 244个与BRCA免疫浸润相关的DEGs,富集分析表明这些基因主要参与信号转导、免疫反应、炎症反应等生物学过程;GSEA富集分析表明这些基因主要参与趋化因子信号通路、TOLL样受体信号通路、JAKSTAT信号通路及T细胞受体信号通路等。PPI网络筛选出CD19、IL-2、PTPRC、CD28、IL-6、CD40LG和CCR7共7个枢纽基因;GEPIA2.0数据库分析结果显示IL-2、CD40LG和CCR7与患者总生存率显著相关。结论:筛选出IL-2、CD40LG及CCR7基因与BRCA免疫浸润密切相关,并具有预后价值,为进一步预测BRCA患者预后的生物标志物及治疗靶点奠定基础。     

博来霉素诱导系统性硬化病小鼠肠道菌群改变及醋酸泼尼松龙的干预作用北大核心CSCD

目的：运用16S rRNA基因测序技术探讨博来霉素诱导的系统性硬化病（SSc）模型小鼠肠道菌群改变及醋酸泼尼松龙的干预作用。方法：博来霉素诱导建立SSc小鼠模型，醋酸泼尼松龙干预治疗28 d，设正常对照组。观察各组小鼠生存状态，天狼星染色观察组织病理改变及检测胶原纤维含量。利用16S rRNA基因测序技术对各组小鼠粪便DNA进行肠道菌群高通量测序分析。结果：与对照组比较，模型组小鼠出现精神萎靡，背部皮肤变硬、结痂，粘连皮下组织，皮肤及肺组织胶原纤维含量明显增多（P<0.01）；肠道菌群物种丰度、谱系多样性降低（P<0.05）；菌群结构发生显著变化，普雷沃氏菌科、普雷沃氏菌科＿UCG-001、乳杆菌属、拟杆菌属丰度显著降低（P<0.05）；螺杆菌、文肯菌属、瘤胃梭菌属＿6、罗斯氏菌属、瘤球菌科＿UCG-005丰度显著升高（P<0.05）。与模型组比较，醋酸泼尼松龙治疗组改善了SSc小鼠生存状态，明显下调皮肤及肺组织胶原纤维含量（P<0.01）；增加了肠道菌群物种丰度及谱系多样性，但差异无统计学意义（P>0.05）；逆转了普雷沃氏菌科、文肯菌属、瘤球菌科＿UCG-005丰度变化趋势（P<0.05）。结论：博来霉素诱导的SSc小鼠肠道不同分类水平细菌丰富度、谱系多样性及菌群结构明显改变。SSc主要治疗药物糖皮质激素（GCs）醋酸泼尼松龙有限度地影响了SSc小鼠肠道菌群，但改善作用不明显。     

系统性硬化病合并肺动脉高压临床分析

目的：探讨系统性硬化病（SSc）合并肺动脉高压（PHT）的临床特点。方法：回顾性研究18例SSc合并PHT患者的临床特点，实验室以及影像学检查，并与58例未合并PHT的SSc患者进行比较。结果：与表合并PHT患者血清中IgA、IgG以及C反应蛋白（CRP）水平间差别均有显著性意义（P〈0．05）。肢端病变、肌炎、肺纤维化，ECG异常、肾脏受累的发生率及抗RNP阳性率高于非PHT患者（P〈0．05）。结论上述指标有助于发现合并PHT的可能性，定期对SSc患者行超声心动图检查对筛查PHT非常必要。PHT是SSc的一个严重并发症，多伴有其他脏器损害，预后不良，应尽早采取综合治疗，尤其是针对原发病和诱因的强化治疗，糖皮质激素、免疫抑制剂、血管扩张剂和抗凝剂是治疗PHT的基本药物，病情顽固患者用前列环素制剂可改善预后。     

PRKDC在肝癌中的表达及其与免疫细胞浸润、预后的相关性分析北大核心CSCD

目的:利用生物信息学方法分析PRKDC在肝癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、预后的关系。方法:采用Oncomine、UALCAN、HCCDB、HPA、TCGA、Kaplan-Meier、cBioPortal、LinkedOmics、TIMER数据库和R软件包ggstatsplot、IOBR、psych(version 2.1.6)研究PRKDC基因在肝癌组织和正常肝组织中的表达差异,分析基因表达、基因突变与肝癌预后的相关性,并对GO、KEGG通路进行GESA富集分析;分析PRKDC表达与免疫检查点、免疫标志基因、肿瘤免疫细胞浸润、肿瘤微环境中免疫细胞和基质细胞浸润的相关性。结果:肝癌组织PRKDC呈显著高表达,高表达的PRKDC显著缩短肝癌患者OS和DSS,PRKDC基因组改变与肝癌患者OS和DFS无显著相关性;PRKDC表达与B细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞、CD4+T细胞和树突状细胞呈显著正相关,与多数免疫检查点、免疫标志基因显著相关,与肝癌肿瘤微环境呈显著负相关。结论:PRKDC可作为肝癌诊断、预后和免疫细胞浸润水平的标志物,与免疫检查点、免疫标志基因、免疫细胞浸润性、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关。     

利妥昔单抗治疗系统性红斑狼疮相关肺动脉高压的前景

肺动脉高压(PAH)是系统性红斑狼疮(SLE)的一种严重并发症,近期研究发现T、B淋巴细胞在PAH的发生过程中发挥重要作用。以B细胞为靶向,而同样对T细胞造成影响的利妥昔单抗(RTX)可能成为治疗SLE相关PAH(SLE-PAH)的有力武器。     

铜死亡基因在骨关节炎免疫浸润中的生物信息学分析

背景：免疫浸润在骨关节炎的病程发展过程中发挥着重要作用,而铜死亡是近期最新发现的一种新型细胞程序性死亡,目前尚未有铜死亡基因调控免疫浸润在骨关节炎中的相关机制研究。目的：整合铜死亡基因和GEO数据库相关芯片,分析铜死亡基因与免疫浸润之间的关联性,构建风险模型,并进行基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析以及miRNA、中药预测,为今后骨关节炎免疫浸润方面的铜死亡机制挖掘提供理论支持。方法：通过GEO数据库检索符合条件的骨关节炎相关芯片,对其进行标准化处理;基于处理后的基因表达矩阵进行免疫浸润提取和量化,分析免疫浸润细胞及功能之间的相关性,以及它们在骨关节炎组和对照组中的差异性;整合处理后的铜死亡基因表达矩阵和标准化处理后的芯片基因表达矩阵,筛选出与骨关节炎相关的铜死亡基因,并构建风险模型,分析骨关节炎铜死亡相关基因的风险概率,另外通过FunRich软件预测其上游miRNA;最后通过Enrichr网站和Coremine Medical数据库对骨关节炎铜死亡相关基因进行基因本体、京都基因与基因组百科全书富集分析及中药预测。结果与结论：(1)免疫浸润相关性结果显示,树状突细胞和肥大细胞呈...     

HMMR基因与肺腺癌患者预后及浸润性免疫细胞关系的生物信息学分析北大核心CSCD

目的:透明质酸介导的运动受体(HMMR)基因在多种肿瘤中异常表达,然而,其在肺腺癌(LUAD)中的预后价值及与浸润性淋巴细胞的关系未知,因此,本文着重研究HMMR在LUAD中的预后价值及与浸润性免疫细胞的关系。方法:从TCGA数据库下载LUAD组织和正常组织间的转录表达谱及相应临床信息。通过RT-PCR反应评估LUAD细胞系及正常支气管上皮细胞系HMMR的表达水平。通过临床蛋白质组学肿瘤分析联盟(CPTAC)评估HMMR蛋白表达情况。受试者工作特征(ROC)曲线用于区分LUAD组织与邻近正常组织。通过单因素及多因素Cox分析及Kaplan-Meier方法评估HMMR对患者预后的影响。通过STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。采用R语言“ClusterProfiler”包进行功能富集分析。通过TIMER评估HMMR在不同肿瘤中的表达情况及与LUAD浸润性免疫细胞浸润丰度间的关系。结果:HMMR在肺腺癌组织及细胞系中的表达较邻近正常组织或正常支气管上皮细胞系中显著上调。HMMR表达增加与吸烟超过40年、R1或R2残留肿瘤、高T分期、淋巴结转移、远处转移和高TNM分期相关。Kaplan-Meier生存分析显示,HMMR高表达组的LUAD患者预后较低表达组患者差(41.9个月vs 59.9个月,P<0.001),各亚组分析也显示相似的结果。ROC曲线分析表明,在截断水平为2.103的情况下,HMMR区分LUAD与相邻对照的敏感性和特异性分别为98.3%和86.2%。相关分析表明,HMMR的表达水平与肿瘤浸润性免疫细胞的浸润丰度相关。结论:HMMR表达上调与LUAD预后不良和免疫浸润显著相关,可以作为LUAD预后不良的生物标志物及免疫治疗靶点。     

VPS13C基因作为黑色素瘤患者预后预测指标及免疫细胞浸润相关研究

目的 探讨VPS13C基因表达水平对黑色素瘤患者预后的影响及其潜在机制。方法 采用GEPIA数据库分析VPS13C基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析VPS13C基因表达与黑色素瘤患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析VPS13C基因低表达与免疫细胞浸润的相关性。结果 相较于正常组织,VPS13C基因在黑色素瘤中低表达,且具有统计学差异(P<0.05;Prognoscan数据库及TCGA数据库分析结果显示VPS13C基因低表达时黑色素瘤患者预后更差。VPS13C高表达的黑色素瘤患者预后更好,生存时间更长;TIMER数据库分析结果显示,在黑色素瘤患者中,多种免疫细胞浸润与VPS13C基因表达水平呈正相关,包括CD8⁺T细胞,CD4⁺T细胞等;VPS13C基因表达水平与耗竭前体CD8⁺T细胞相关基因, Th1细胞相关基因,cDC1相关基因,M1型巨噬细胞相关基因表达水平呈正相关。结论 VPS13C基因低表达与黑色素瘤患者不良预后明显相关,可能与耗竭前体CD8⁺     

基于生物信息学分析腹膜透析腹膜细胞的免疫相关基因差异表达北大核心CSCD

目的:应用生物信息学方法分析不同腹膜透析时间的腹膜细胞的免疫相关基因(IRGs)表达差异,探索参与腹膜损伤、腹膜纤维化的重要生物标志物。方法:下载基因芯片数据集GSE125498,利用GEO2R数据库分析平台筛选差异表达基因。从ImmPortPortal数据库下载IRGs列表,并筛选出差异表达的IRGs。应用DAVID、STRING生物信息学分析平台,及Cytoscape软件对筛选所得的差异表达IRGs进行生物学注释(GO)、信号通路富集分析(KEGG)及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析。结果:与20例短期腹膜透析患者相比,在13例长期腹膜透析患者中筛选出差异表达IRGs 36个(|log2FC|>1.0,校正后P<0.05),其中35个上调基因,1个下调基因。GO分析结果显示差异表达IRG的生物学过程主要富集在免疫应答,细胞学组分主要定位于质膜,子功能主要富集在跨膜信号受体活性,KEGG信号通路主要富集在细胞因子-细胞因子受体的相互作用。在PPI网络中应用MCODE及cytohHubba模块筛选出的关键基因为CCR7、CD40LG、IL7R。结论:随着腹膜透析时间的延长,腹膜细胞的免疫应答活跃,相关基因CCR7、CD40LG、IL7R可能是腹损伤、纤维化形成的重要的免疫学标志物。     

门脉高压性肠病组织病理学观察北大核心CSCD

1991年Kozarek等[1]首次提出门脉高压性肠病的概念.指继发于肝门静脉高压以肠道血管扩张为特征的一种病变.包括门脉高压性小肠病和门脉高压性结肠病。门脉高压性肠病的临床和内镜表现已有不少报道,但对病理组织学表现的报道不多[2-3]。我们对存在肝硬化门脉高压的10例结肠活检标本和2例小肠切除标本进行了组织病理学观察。     

基于生物信息学分析胃癌铁死亡相关基因预后及免疫细胞浸润的临床和功能意义

目的：采用生物信息学方法寻找胃癌（GC）中有预后价值的差异表达基因（DEGs）和免疫细胞浸润矩阵,并探讨其临床和功能意义。方法：建立基于TCGA GC数据集的10个铁死亡相关基因风险模型,并采用GEO数据集验证其预后预测准确性。利用R软件clusterProfiler包进行功能富集分析。单样本基因集富集分析（ssGSEA）量化16个免疫细胞的浸润水平和13个免疫相关通路活性。结果：根据10基因模型得出的中位风险评分将患者分为高风险组和低风险组。生存分析表明,高风险组和低风险组GC患者总生存率（OS）差异有统计学意义。铁死亡相关风险评分与是GC患者OS的独立预测因子。功能富集分析显示,风险模型与PI3K-Akt信号通路相关。ssGSEA和免疫评分相关性分析指出了高风险组中上调的免疫细胞和免疫相关途径,开发了一个列线图帮助临床医生更好地决策。结论：基于10个铁死亡相关基因的风险模型显示出较好的预后预测性能,为GC提供了一种有希望的治疗策略。     

多重生物信息分析预测免疫相关基因FN1为干燥综合征发病核心基因北大核心CSCD

目的:利用多重生物信息分析挖掘和预测干燥综合征(SS)发病过程的核心基因及关键通路。方法:GEO数据库下载SS基因数据GSE97614,利用R语言中limma数据包进行均一化数据处理,GEO2R分析筛选差异表达基因(DEGs)。多重生物信息分析软件对GSE97614数据进行分析。DAVID在线软件对DEGs进行GO分析及KEGG信号通路预测。STRING在线软件对DEGs进行蛋白互作(PPI)网络分析。Cytoscape对互作网络结果进行可视化处理,并应用内置软件cytohubba筛选出SS发病的核心基因。结果:GSE97614包含9例SS患者及3例正常对照者,共对32321个基因进行检测,limma数据包均一化数据处理并筛选出96个差异上调和65个差异下调表达的基因。基因热图显示全部DEGs具有可聚类性。GO分析主要富集于细胞外基质、细胞外间隙及整合素结合过程。信号通路主要富集于MAPK通路及VEGF通路。PPI网络显示共有141个基因间存在224条联系,cytohubba计算出FN1、IL1B、TIMP1、THBS1、PLAU、SERPINE1、FOS、ITGB3、VCAN、ADAMTS1为前10位发病核心基因。其中FN1综合分析得分为32分,ADAMTS1综合分析得分为10分。结论:多重生物信息分析发现免疫相关基因FN1为SS发病过程的核心基因,可能作为SS快速诊断和治疗的血清标志物及潜在的药物干预靶点。