基于生物信息学筛选并分析与浸润性乳腺癌免疫浸润有关的预后基因北大核心CSCD

目的:筛选并分析浸润性乳腺癌(BRCA)发生发展过程中与免疫浸润有关的预后基因,为进一步寻找BRCA潜在的预后生物标志物及治疗靶点奠定基础。方法:从TCGA数据库下载BRCA患者的mRNA表达信息数据和临床数据,并进行预处理,ESTIMATE网站获取患者的免疫/基质评分;分析免疫/基质评分与临床病理分期TNM系统间及与总生存率间的关系。按照评分中位数分别将患者分为高免疫评分组和低免疫评分组,基质评分分组同上,利用R软件分别筛选差异表达基因(DEGs),并取交集;对上步取交集的DEGs进行GO和KEGG富集分析;通过Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络,并筛选出枢纽基因。利用GSEA分析肿瘤免疫相关基因富集的主要通路;运用GEPIA2.0数据库分析枢纽基因在肿瘤与癌旁组织的表达情况及与总生存期的关系。结果:筛选出1 244个与BRCA免疫浸润相关的DEGs,富集分析表明这些基因主要参与信号转导、免疫反应、炎症反应等生物学过程;GSEA富集分析表明这些基因主要参与趋化因子信号通路、TOLL样受体信号通路、JAKSTAT信号通路及T细胞受体信号通路等。PPI网络筛选出CD19、IL-2、PTPRC、CD28、IL-6、CD40LG和CCR7共7个枢纽基因;GEPIA2.0数据库分析结果显示IL-2、CD40LG和CCR7与患者总生存率显著相关。结论:筛选出IL-2、CD40LG及CCR7基因与BRCA免疫浸润密切相关,并具有预后价值,为进一步预测BRCA患者预后的生物标志物及治疗靶点奠定基础。     

基于基因芯片技术结合CIBERSORT反卷积算法研究骨关节炎的免疫机制及潜在中药靶向预测

目的:探究骨关节炎(OA)的免疫机制,挖掘其潜在干预中药。方法:通过GEO数据库获取OA滑膜组织相关基因探针,以正常人群滑膜组织为对照组,采用R软件识别差异表达基因并进行功能相关分析,采用STRING数据库对差异基因进行蛋白网络互作(PPI)分析,并筛选核心靶基因,通过CIBERSORT反卷法计算免疫细胞浸润情况及相关性,采用COREMINE数据库对显著富集的免疫相关生物学过程及核心靶基因进行中药预测。结果:共筛选出716个差异基因,其中上调基因382个,下调基因334个;差异基因PPI涉及IL-6、CXCL8、JUN、VEGFA、IL-1β、MMP9、ITGB2、FOS、APOB、CXCL12 10个核心靶基因;GO结果显示,上调基因与免疫炎症反应关系最为密切;免疫细胞浸润矩阵分析显示,浆细胞、M0型巨噬细胞和未活化的肥大细胞在OA滑膜组织中含量较高,而未活化的CD4记忆T细胞、活化的NK细胞、活化的肥大细胞在OA滑膜组织中含量降低;免疫细胞间相关性分析显示,OA未活化CD4记忆T细胞与活化的肥大细胞呈正相关,而未活化的肥大细胞与活化的肥大细胞呈负相关。COREMINE预测发现,青风...     

SMC3 mRNA表达水平与免疫浸润协同对乳腺癌预后的影响

目的 研究SMC3 mRNA表达水平与乳腺癌临床病理指标的相关性，探讨其表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因之间的关系及SMC3表达与免疫浸润协同对乳腺癌预后的影响。方法 基于TCGA公共数据库分析SMC3与临床特征变量、免疫检查基因之间的相关性，应用TIMER2.0数据库分析SMC3 mRNA表达和突变与免疫细胞浸润之间的关系及SMC3 mRNA表达水平和免疫细胞浸润与临床预后的关系。结果 SMC3 mRNA高表达与淋巴结转移多和TNM分期升高有关，SMC3 mRNA表达与B细胞、CD4⁺T细胞、CD8⁺T细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞和髓样树突状细胞的免疫浸润呈正相关。在Luminal A型乳腺癌中，相比于野生型，SMC3突变型CD8⁺T细胞、嗜中性粒细胞和巨噬细胞具有较高的浸润水平。免疫检查点基因表达与SMC3 mRNA表达呈正相关。SMC3 mRNA表达与免疫浸润水平协同影响乳腺癌的预后。结论 SMC3 mRNA表达水平与乳腺癌免疫细胞浸润相关，SMC3表达与免疫浸润协同作用于乳腺癌预后。     

小鼠乳腺癌干细胞免疫相关分子表达和免疫浸润的分析

目的 分析小鼠乳腺癌干细胞（BCSCs）中免疫相关分子的表达和肿瘤组织中免疫细胞的浸润。方法 用成球培养的方法在体外富集小鼠乳腺癌细胞系4T1和4T07的肿瘤干细胞（CSCs）;用实时定量PCR检测BCSCs中免疫检查点与抗原递呈相关基因的表达;用小鼠乳腺癌原位移植瘤模型和流式细胞测量术分别检测脾脏和肿瘤组织中各类免疫细胞的比例。结果 用成球培养的方法可以成功富集小鼠乳腺癌干细胞4T1和4T07;与贴壁培养的肿瘤细胞相比,小鼠BCSCs中免疫检查点和抗原递呈相关基因的表达有明显差异（P<0.05）。体内的结果表明,与贴壁肿瘤细胞来源的肿瘤组织相比,肿瘤干细胞来源的肿瘤组织中浸润更多的CD4⁺ T和CD8⁺ T细胞（P<0.05）,但是CD11b⁺ F4/80⁺的巨噬细胞浸润更少（P<0.05）。结论 小鼠BCSCs中免疫检查点与抗原递呈相关基因的表达有改变,且在体内可招募更多的T细胞到肿瘤组织中去。     

PRKDC在肝癌中的表达及其与免疫细胞浸润、预后的相关性分析北大核心CSCD

目的:利用生物信息学方法分析PRKDC在肝癌中的表达及其与肿瘤微环境中免疫细胞浸润、预后的关系。方法:采用Oncomine、UALCAN、HCCDB、HPA、TCGA、Kaplan-Meier、cBioPortal、LinkedOmics、TIMER数据库和R软件包ggstatsplot、IOBR、psych(version 2.1.6)研究PRKDC基因在肝癌组织和正常肝组织中的表达差异,分析基因表达、基因突变与肝癌预后的相关性,并对GO、KEGG通路进行GESA富集分析;分析PRKDC表达与免疫检查点、免疫标志基因、肿瘤免疫细胞浸润、肿瘤微环境中免疫细胞和基质细胞浸润的相关性。结果:肝癌组织PRKDC呈显著高表达,高表达的PRKDC显著缩短肝癌患者OS和DSS,PRKDC基因组改变与肝癌患者OS和DFS无显著相关性;PRKDC表达与B细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞、CD4+T细胞和树突状细胞呈显著正相关,与多数免疫检查点、免疫标志基因显著相关,与肝癌肿瘤微环境呈显著负相关。结论:PRKDC可作为肝癌诊断、预后和免疫细胞浸润水平的标志物,与免疫检查点、免疫标志基因、免疫细胞浸润性、肿瘤微环境免疫细胞和基质细胞浸润等相关。     

CD45 MOLECULE AND GENERATION OF EPIDERMAL γδ T CELLS FROM MICE

为探讨CD45蛋白酪氨酸磷酸酶在γδ T细胞发育过程中的作用,观察CD45基因敲除变种鼠体内树突状表皮T细胞(DETC)等γδ T细胞.以原位免疫标记法检查小鼠表皮内DETC的形状、数量及免疫表型;以RT-PCR测定表皮细胞中Vγ3TCR mRNA之表达水平;FCM检测DETC在表皮细胞中以及另一组γδ T细胞、Vγ2 T细胞在淋巴结细胞中所占比例.结果显示,CD45缺失鼠与野生型鼠相比,上述各项指标仍无明显差异.提示CD45分子虽在αβ T细胞发育过程中起重要作用,但对包括DETC及Vγ2 T细胞在内的γδ T细胞发育成熟可能并非必需.     

骨形态发生蛋白拮抗剂GREM1作为胃癌肿瘤微环境免疫活性预测指标的临床价值

目的：筛选出可预测胃癌（GC）肿瘤微环境（TME）免疫活性的预后基因。方法：收集55例GC患者术后石蜡组织标本及其对应的癌旁组织;从TCGA数据库和GEO数据库中共下载了976例GC患者的转录组数据及临床数据;采用估计算法（ESTIMATE）和反卷积算法（CIBERSORT）分别评估各样本中免疫/基质得分及免疫细胞浸润程度;R语言中的“limma”包筛选差异表达基因（DEGs）;采用单变量Cox回归分析筛选具有预后价值的DEGs;qRT-PCR检测枢纽基因mRNA的表达情况;GSEA探究GREM1的潜在生物学功能。采用TISIDB和CellMiner数据库分析GREM1与免疫特征分子及药物敏感性的相关性。结果：免疫评分与GC患者的预后呈正相关;在免疫得分和基质得分高、低分组中共筛选出40个共享的TME相关DEGs;通过对DEGs进行单变量Cox回归分析,得到GREM1、SFRP2、CYP1B1和MGP共4个具有预后意义的共享DEGs。通过比较基因在肿瘤与癌旁组织的表达差异及与免疫微环境的密切程度,发现GREM1最可能对TME中的免疫重塑发挥作用;GREM1的表达与GC患者的临床病理特征...     

硫酸酯酶1(SULF1)与结肠癌预后相关性及其机制的生物信息学分析

目的探究细胞外分泌蛋白硫酸酯酶1(SULF1)与结肠癌预后及结肠癌免疫细胞浸润的相关性。方法检索肿瘤免疫评估(Timer)数据库差异表达模块和Oncomine数据库获得SULF1在肿瘤和正常组织中的差异表达水平;检索预后分析(Prognoscan)数据库和基因表达谱交互分析(GEPIA)数据库分析获得SULF1与结肠癌预后相关性;检索Timer数据库基因模块及基因相关性模块获得SULF1与结肠癌免疫细胞浸润相关性及与肿瘤相关巨噬细胞表面标志物相关性,该结果进一步用GEPIA数据库验证。结果 Timer, Oncomine数据库分析结果表明SULF1在结肠癌中高表达, Prognoscan芯片GSE17536和GEPIA数据库分析结果表明SULF1高表达与结肠癌预后不良呈正相关。SULF1与结肠癌免疫细胞CD8~+ T细胞、 CD4~+ T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞、树突状细胞浸润呈正相关,与B细胞不相关。SULF1与巨噬细胞的正相关性最强(r=0.628),其中与M2型巨噬细胞相关性明显高于M1型巨噬细胞。结论 SULF1在结肠癌中高表达与结肠癌的不良预后有关,与肿瘤相关巨噬细胞浸润有关。     

类风湿性关节炎中免疫相关基因表达及免疫细胞的双样本孟德尔随机化分析

背景:类风湿性关节炎是一种慢性全身性自身免疫疾病,研究其涉及的免疫学特征改变对诊断和治疗具有重要意义。目的:通过生物信息学方法筛选类风湿性关节炎中免疫相关生物标志物,分析其免疫细胞浸润变化及与免疫细胞的潜在因果关系。方法:基于GEO与ImmPort数据库,采用差异表达分析筛选类风湿性关节炎中表达上调的免疫相关基因,采用GO与KEGG富集分析探索这些上调基因的潜在作用。采用支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)、最小绝对收缩和选择算法(Lasso)筛选类风湿性关节炎中免疫特征基因,独立的数据集进行差异验证,绘制特征基因的受试者工作特征曲线评价诊断性能。采用免疫细胞浸润分析类风湿性关节炎中免疫细胞的差异情况及特征基因与免疫细胞的相关性。最后,进行孟德尔随机化分析,以确定免疫细胞中单核细胞与类风湿性关节炎的因果效应。结果与结论:①筛选得到了39个在类风湿性关节炎中高表达的差异基因,GO富集分析显示其主要富集在趋化性、细胞因子活性、免疫受体活性等过程,KEGG富集分析显示其在肿瘤坏死因子信号通路、白细胞外周迁移等途径显著富集;②通过Lasso与SVM-RFE两种机器学习算法确定了5个特征基因,分别为CXCL13、SDC1、IGLC1、PLXNC1和SLC29A3,独立的数据集对特征基因验证发现他们同样在类风湿性关节炎样本中高表达,5个特征基因在2个数据集中的AUC值均大于0.8;③免疫细胞浸润发现大多数免疫细胞如单核细胞、自然杀伤细胞等在类风湿性关节炎样本里表现出更高的浸润水平,相关性分析显示5个特征基因与记忆B细胞、不成熟B细胞等呈正相关性,逆方差加权法发现单核细胞与类风湿性关节炎发病风险相关。     

基于生物信息学筛选与分析胰腺癌的生物标志物半胱氨酸蛋白酶抑制剂S北大核心CSCD

目的:应用生物信息学方法分析筛选与胰腺癌(PAAD)发生发展相关的基因,探究半胱氨酸蛋白酶抑制剂S(CST4)在PAAD中的表达、预后价值及生物学功能。方法:选取GEO数据库胰腺癌芯片GSE15471和GSE16515为研究对象,并筛选出两个芯片数据集共同的差异表达基因(DEGs)作为关键基因。应用GEDS分析CST4 mRNA在TCGA和CCLE数据库的表达情况,并通过GEPIA2进一步分析CST4在消化系统肿瘤及正常组织中的差异表达。应用Kaplan-Meier Plotter分析CST4mRNA表达与TCGA数据库中PAAD患者五年总生存率及无复发生存率的关系。TIMER2数据库分析PAAD患者CST4 mRNA表达与多种免疫细胞浸润情况的相关性。通过STRING构建CST4蛋白互作网络并进行GO功能富集分析。结果:筛选两个GEO数据芯片的DEGs,韦恩图取交集后获得关键基因CST4。基于TCGA和GTEx数据库分析显示CST4在PAAD中的表达明显高于正常胰腺组织。CST4表达水平与患者的预后呈负相关,与肿瘤相关成纤维细胞、CD4^(+)T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞免疫浸润情况呈正相关。PPI网络图显示CST1、CSTA、CSTB、CTSB、CTSL与CST4相互作用连接度较高,GO分析提示CST4基因的表达与细胞蛋白质分解代谢过程、内肽酶活性的调节、细胞凋亡通路等密切相关。结论:CST4在PAAD组织中表达升高且高表达组患者预后不良,CST4有望成为PAAD诊断及患者不良预后潜在的生物标志物。     

N6-甲基腺苷相关lncRNAs是预测肾癌患者预后和免疫浸润的潜在生物标志物北大核心CSCD

目的:N6-甲基腺苷(m^(6)A)修饰和长链非编码RNA(lncRNA)在肾癌(RCC)的预后价值和肿瘤微环境(TME中发挥重要作用。本文旨在说明m^(6)A、lncRNA和免疫细胞浸润对RCC的影响。方法:采用Pearson相关分析、单因素分析、最小绝对收缩和选择算子获得与m^(6)A相关的lncRNAs,并进行多因素Cox回归分析构建m^(6)A相关的lncRNA风险模型。KaplanMeier分析和功能富集分析用于分析风险模型。采用TME和免疫相关性差异分析阐明免疫细胞浸润与临床预后的相关性。结果:包含9个m^(6)A相关lncRNAs的预后签名的风险模型被确定为独立预后因子。总生存期(OS)较短的聚类2显示出与CD8T细胞和滤泡辅助T细胞的相关性。功能富集分析结果表明mTOR、VEGF和Notch信号通路是显著富集的通路。风险评分与浆细胞、CD4记忆T细胞、CD8 T细胞、调节性T细胞和滤泡辅助T细胞的浸润水平呈正相关。结论:该预后模型有助于预测RCC的预后。m^(6)A相关lncRNAs及其在TME中的免疫细胞浸润可能为RCC治疗提供新的靶点。     

膀胱癌患者高表达活化的CD4~+记忆性T细胞和CD8~+T细胞和低表达M0巨噬细胞与临床预后佳有关

目的研究膀胱癌免疫细胞的浸润模式,探索免疫细胞与预后的关系。方法从癌症基因组图谱(TCGA)下载膀胱癌转录本数据及相应临床数据,CIBERSORT软件反卷积法计算22种免疫细胞所占比例,R软件分析各临床分期中免疫细胞浸润模式,Kaplan-Meier生存分析各免疫细胞与预后的关系。结果从TCGA数据库下载基因转录本数据共433例,包含414例膀胱癌组织,19例正常组织。数据矫正后用CIBERSORT软件计算免疫细胞所占比例,筛选后得到膀胱癌组织146例,正常膀胱组织4例。活化的CD4~+记忆性T细胞、 CD8~+ T细胞在膀胱癌临床Ⅳ期表达量最低,M0巨噬细胞在膀胱癌临床Ⅳ期表达量最高,膀胱癌组织活化的CD4~+记忆性T细胞、 CD8~+ T细胞高表达,M0巨噬细胞低表达利于预后。结论膀胱癌组织活化的CD4~+记忆性T细胞、 CD8~+ T细胞高表达,M0巨噬细胞低表达,与临床预后好有关。     

NEXN基因高表达预示结直肠癌患者的不良预后且与免疫抑制性细胞浸润相关

目的研究nexilin F-肌动蛋白结合蛋白(NEXN)基因表达与结直肠癌患者预后及免疫细胞浸润的相关性。方法利用Oncomine数据库分析NEXN基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析NEXN基因表达与结直肠癌患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析NEXN基因高表达与免疫浸润的相关性。结果 Oncomine数据库分析结果表明NEXN在结直肠癌中高表达(fold change=3.057,P0.000 1);Prognoscan数据库GSE17536和GSE14333的芯片分析结果表明,NEXN高表达与结直肠癌患者的不良预后呈正相关(P0.05);TIMER数据库分析显示NEXN与CD4+T细胞、巨噬细胞、树突状细胞及中性粒细胞的浸润具有中度或强的相关性(COR值0.4,P0.05);进一步分析不同细胞亚群标志基因发现NEXN高表达与Treg细胞、M2巨噬细胞标志基因表达呈中度或强的相关性,与T细胞耗竭相关基因TIM3和TIGIT呈中度相关性(COR值0.4,P 0.05);利用GEPIA数据库分析也证实上述结果。结论 NEXN高表达与结直肠癌患者不良预后呈正相关,而M2型巨噬细胞、Treg细胞的浸润可能是重要的原因。     

基于铁死亡基因的恶性胸膜间皮瘤风险预测模型构建及其肿瘤免疫微环境研究

目的：筛选恶性胸膜间皮瘤（MPM）预后相关的铁死亡基因,探索铁死亡与肿瘤免疫微环境的联系,为MPM患者的靶向及免疫治疗提供新的视角。方法：分析GEO数据集中MPM肿瘤组和正常组的差异表达基因（DEGs）,与铁死亡基因取交集得到MPM中铁死亡相关的DEGs(DE-FRGs);进行GO、KEGG功能富集和蛋白-蛋白互作（PPI）等分析明确DE-FRGs主要参与的信号通路;通过单因素COX分析鉴定出预后相关的铁死亡基因,LASSO回归分析筛选建立风险预测模型的最佳DEFRGs,并通过多因素COX分析建立基于最佳DE-FRGs的风险预测模型,对模型的预测效果进行一系列验证。最后通过CIBERSORT等算法对模型进行肿瘤免疫细胞浸润分析及免疫微环境评价。结果：筛选出24个预后相关的DE-FRGs,主要富集于铁死亡、转录调控和对无机物的反应,建立并验证了1个基于5个铁死亡相关基因（ALDH3A2、CAV1、HRAS、CDCA3、RRM2）的MPM风险预测模型,模型中高风险组CD8+T细胞、巨噬细胞比例较高,而B淋巴细胞占比较低。此外,免疫检查点PD-1、CTLA-4及其配体在高风险组中有更高的表达...     

基于GEO数据库筛选川崎病的差异表达基因及通路的研究

目的 应用生物信息学方法分析与川崎病发病可能相关的基因及蛋白信号通路。方法 从综合基因表达数据库中下载川崎病基因表达数据集GSE18606和GSE68004。利用GEO2R工具对数据集进行预处理，筛选差异基因，将两者进行交集，得到差异表达基因（DEGs）。利用R软件富集分析DEGs的生物学功能和信号通路，利用STRING数据库和cytoscape软件构建并改进蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络，在mirdip数据库中预测核心基因对应的靶miRNAs。结果 在GSE18606和GSE68004数据集中共筛选出269个DEGs;DEGs的生物学功能主要包括免疫反应、中性粒细胞活化、细胞因子产生的正向调控、免疫反应T细胞活化、分泌颗粒膜和葡萄糖结合免疫受体活性等；信号通路主要包括造血细胞系、白细胞内皮细胞迁移、Toll样受体信号通路、胰岛素信号通路和T细胞受体信号通路；PPI网络包含218个DEGs和674对互相作用关系，其中STAT3、FGR、IL7R、HOOK3、MAPK14、LILRB2、CD2、CSF3R、SOCS3、GZMA、H2AC20、GZMK、H2BC5、ITK共14个为网络中...     

胃相关性疾病伴肠上皮化生差异表达基因及中药预测的生物信息学分析

目的：通过生物信息学方法筛选胃相关性疾病伴肠上皮化生（IM）的关键基因与通路,探讨其发病机制及潜在治疗靶点,进而预测治疗IM的中药。方法：从公共基因芯片数据库（GEO）数据库中下载包含IM患者的胃黏膜基因表达谱数据,利用Rstudio3.5.2筛选出IM组织与正常胃黏膜组织的差异表达基因（DEGs）;使用DAVID 6.8数据库对DEGs进行GO和KEGG富集分析;基于STRING数据库和Cytoscape 3.6.1软件构建蛋白相互作用（PPI）网络,明确关键基因及核心功能模块;通过将关键基因与医学本体信息检索平台（Coremine Medical）相对应,筛选治疗IM的中药。结果：纳入2个包含IM的基因芯片数据集GSE78523和GSE60427,将2个数据集中IM相关的DEGs取交集获得135个基因,其中上调基因90个、下调基因45个。GO分析结果显示,DEGs主要涉及消化、细胞增殖的调控、细胞间黏附、钠离子跨膜转运、钾离子转运、胆囊收缩素信号通路、单核细胞趋化性、白细胞迁移、细胞外泌体等功能。KEGG通路富集结果显示DEGs显著富集于胃酸分泌、氮代谢、肾素-血管紧张素系统、蛋白...     

协同刺激分子B7-H4在胃癌组织中的表达及定位

探讨负性协同刺激分子B7-H4在胃癌组织及浸润免疫细胞亚群中的表达及定位。应用免疫组织化学、免疫荧光染色及激光共聚焦技术检测B7-H4蛋白在胃癌组织中的表达及定位;流式细胞术检测分析胃癌患者PBMC亚群(CD3+T细胞、CD19+B细胞、CD14+单核细胞及粒细胞)中B7-H4的表达。免疫组织化学检测结果表明,B7-H4在胃癌组织中呈阳性表达。免疫荧光染色及激光共聚焦检测结果显示,B7-H4在胃癌组织中呈阳性表达,并主要定位于胃癌细胞的细胞膜,特别是在Ki67+高度增殖的胃癌细胞中B7-H4呈高表达,且B7-H4在CD34+血管内皮细胞中呈高表达;B7-H4在浸润CD19+B细胞和CD68+巨噬细胞中呈高表达;而在胃癌浸润CD4+T细胞、CD8+T细胞及CD57+NK细胞中呈弱表达。流式细胞术检测结果表明,B7-H4在胃癌患者外周血浸润CD19+B细胞及粒细胞中呈阳性表达,而在浸润CD3+T细胞及CD14+单核细胞中呈弱表达。本研究结果提示B7-H4在胃癌组织中可表达于肿瘤细胞和部分浸润免疫细胞,并可通过其介导的信号途径参与胃癌的发生与发展。检测B7-H4的表达可作为潜在的胃癌诊断、治疗及预后判断的新靶点。     

卵巢癌关键基因的筛选及其与免疫细胞浸润的相关性分析

目的 利用生物信息学方法筛选卵巢癌 (Ovarian Cancer,OV) 关键基因并分析及其与免疫细胞浸润的相关性。 方法 从 GEO 检索并下载 3 组 OV 数据集,通过 GEO2R 在线分析工具筛选出 OV 组织中差异基因 (Differentially Expressed Genes,DEGs),并利用Metascape数据库对DEGs进行基因本体论 (Gene Ontology,GO) 功能分析和京都基因与基因组百科全书 (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG) 通路富集分析;使用 STRING 数据库分析出 DEGs 的 PPI 网络后,再把结果导入 Cytoscape软件,利用其中的 CytoHubba插件提供的 MCC 算法最终得到排名前十的关键基因;然后利用 Kaplan-Meier Plotter数据库和 GEPIA 对关键基因进行生存分析和共表达分析,得出相关性最高的一组基因再分析其 mRNA 和蛋白表达情况;最后利用TISIDB数据库探讨关键基因与OV免疫细胞浸润之间的关联。结果 本研究共得到161个DEGs, 其GO功能主要与细胞对转化生长因子β刺激的反应、P53类介导的DNA损伤反应及因信号转导造成的细胞周期阻滞和蛋白激酶结合等相关;KEGG通路主要富集在癌症通路、P53信号通路、补体和凝血级联以及PI3K-Akt等信号通路上。通过Cy‐ toscape筛选的 10个关键基因中,仅 CCNB1、HMMR、KIAA0101、AURKA、CEP55、ECT2和 TOP2A对 OV患者预后有显著影响,而其中 CCNB1 和 AURKA 在 OV 中表达相关性最高,且其 mRNA 和蛋白均高表达,并不利于患者预后;CCNB1 与 AURKA的表达与Th2细胞、Act-CD4细胞的表达丰度呈正相关,与嗜酸性粒细胞呈负相关。结论 CCNB1和AURKA是OV的关键基因,且与OV微环境中免疫细胞相关,可作为OV的早期确诊和治疗生物标志物。     

人宫颈上皮内瘤变和浸润癌组织中树突状细胞及T细胞的免疫组织化学定量分析

目的 研究人宫颈上皮内瘤变和浸润癌组织中树突状细胞和T细胞的数量、分布变化,为人宫颈癌的诊断和生物治疗提供实验依据.方法 采用免疫组织化学和图像分析技术,测定人宫颈上皮内瘤变、宫颈浸润癌和正常宫颈组织中树突状细胞表型抗原CD1a、S-100及T细胞表面分化抗原CD3、CD8阳性细胞的数量、分布和表达强度.结果 与人正常宫颈组织比较,宫颈上皮内瘤变中CD1a 、S-100 、CD3 、CD8 细胞数量增多(P＜0.05),与组织分级呈正相关(P＜0.05),抗体表达强度增高;宫颈浸润癌中4种抗体阳性细胞数量减少,与临床分期呈负相关(P＜0.05),强度略有下降.结论 人宫颈上皮癌前病变至浸润癌变过程中树突状细胞和T细胞数量及抗体表达强度发生变化,提示宫颈病变局部的免疫功能发生了改变.     

VPS13C基因作为黑色素瘤患者预后预测指标及免疫细胞浸润相关研究

目的 探讨VPS13C基因表达水平对黑色素瘤患者预后的影响及其潜在机制。方法 采用GEPIA数据库分析VPS13C基因在肿瘤和正常组织中的表达差异;通过Prognoscan数据库分析VPS13C基因表达与黑色素瘤患者预后的关系;通过TIMER及GEPIA数据库分析VPS13C基因低表达与免疫细胞浸润的相关性。结果 相较于正常组织,VPS13C基因在黑色素瘤中低表达,且具有统计学差异(P<0.05;Prognoscan数据库及TCGA数据库分析结果显示VPS13C基因低表达时黑色素瘤患者预后更差。VPS13C高表达的黑色素瘤患者预后更好,生存时间更长;TIMER数据库分析结果显示,在黑色素瘤患者中,多种免疫细胞浸润与VPS13C基因表达水平呈正相关,包括CD8⁺T细胞,CD4⁺T细胞等;VPS13C基因表达水平与耗竭前体CD8⁺T细胞相关基因, Th1细胞相关基因,cDC1相关基因,M1型巨噬细胞相关基因表达水平呈正相关。结论 VPS13C基因低表达与黑色素瘤患者不良预后明显相关,可能与耗竭前体CD8⁺