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相似文献
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1.
丁彦敏  袁颢宸  王宁 《河南中医》2023,(7):1023-1029
目的:通过网络药理学和分子对接探索栀子导致肾损伤的毒理机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台、中医药综合数据库筛选栀子活性成分和潜在靶点,同时用Swiss Target Prediction平台预测活性成分的潜在靶点。利用NCBI临床突变数据库、人类基因注释数据库、在线人类孟德尔遗传数据库、治疗靶点数据库检索肾损伤的靶点。通过Venny软件对药物相关靶点与疾病靶点取交集,认为是栀子导致肾损伤的潜在靶点。在Cytoscape 3.8.0中构建“中药-化学成分-潜在靶点-疾病”网络并进行拓扑分析。在STRING平台构建潜在靶点的蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction networks, PPI)。通过Metascape平台对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。运用Cytoscape 3.8.0构建“关键通路-潜在靶点-化学成分”网络,并进一步筛选栀子导致肾损伤的关键靶基因及有效...  相似文献   

2.
目的:运用网络药理学和分子对接研究桂枝汤治疗动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)的分子机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform, TCMSP)获取桂枝汤组方中药的活性成分及相关靶点,通过Cytoscape 3.9.1构建“桂枝汤-活性成分-作用靶点”网络并进行拓扑分析,筛选桂枝汤治疗AS的关键活性成分。借助GeneCards、DisGeNET、DrugBank数据库筛选AS疾病靶点;将中药活性成分相关靶点与疾病靶点导入Venny 2.1.0软件,获取交集靶点,即为桂枝汤治疗AS的潜在靶点。将潜在靶点导入到STRING 11.0数据库构建蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)网络并进行拓扑分析筛选核心靶点。使用R软件对潜在靶点进行基因本体(gene ontology, GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes ...  相似文献   

3.
杨琳  王振裕  范德宇  郑珺  孟袁  赵佳峪 《河北中医》2022,(10):1727-1735
目的 基于网络药理学探讨心衰合剂治疗心力衰竭的分子作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集心衰合剂中药物的活性成分并筛选出相对应的靶点;通过GeneCards、DrugBank、OMIM、PharmGKB及TTD数据库获取心力衰竭疾病靶点;通过R语言4.04软件获得候选治疗靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-有效成分-疾病靶点”网络,通过基因间功能关联关系数据库(STRING)对侯选治疗靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用PPI(网络)分析,再利用Cytoscape的CytoHubba插件筛选得到核心治疗靶点;通过R语言4.04软件对候选治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后使用Vina 1.1.2软件分析核心治疗靶点与其对应的药物活性成分进行分子对接。结果 共得到心衰合剂活性成分216个、潜在作用靶点284个,心力衰竭靶点11 215个,候选治疗靶点255个,并筛选得到7个关键成分,核心治疗靶点15个,GO功能富集分析条目2874个,KEGG通路富集分析通路175条。心衰合剂治疗心力衰...  相似文献   

4.
目的:应用生物信息学方法探究慢加急性肝衰竭(ACLF)的关键基因,预测潜在治疗中药并实验验证其作用机制。方法:利用Perl和R软件分析GSE142255数据集获取差异表达基因(DEGs),基于CytoHubba插件的5种算法鉴定DEGs蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络中的关键基因,并借助受试者工作特征(ROC)曲线和GSE168048数据集对关键基因进行验证分析;Coremine Medical数据库映射关键基因对应中药并分析其四气、五味、归经;中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和DEGs获取高频中药治疗ACLF的交集靶点,Cytoscape软件绘制关键基因-高频中药-活性成分-交集靶点网络图,并进行基因本体(GO)、京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析及体外实验。结果:共获取388个DEGs,7个关键基因分别为CD4、整合素亚基αM(ITGAM)、CD2、淋巴细胞特异蛋白酪氨酸激酶(LCK)原癌基因,CC基序趋化因子配体5(CCL5)、基质金属蛋白酶-9(MMP-9)、Fc ε受体IG(FCER1G)。潜在治疗中药多为寒性、苦味、归肝经的药物,其中高频中药如白花...  相似文献   

5.
目的 基于网络药理学的研究方法探讨中药藤梨根治疗结直肠癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)以及中医药整合药理学研究平台(TCMIP)获取藤梨根的主要活性成分和药物作用靶点,通过GeneCards数据库和OMIM数据库获取结直肠癌的疾病靶点,再通过R语言及VennDiagram作图数据包映射筛选得出药物与疾病的交集靶点,即为藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点。利用Cytoscape 3.7.1软件、String数据库分别构建藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点的“药物-成分-疾病-靶点”网络图和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。最后通过David数据库对潜在治疗靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并将富集结果可视化。结果 筛选到藤梨根药物主要活性成分6个,药物作用靶点154个,结直肠癌相关疾病靶点10 622个,两者取交集得到藤梨根治疗结直肠癌的潜在治疗靶点145个;藤梨根的6种活性成分芦荟大黄素(aloe-emodin)、ent-表儿茶素(ent-Epicatechin)、(+)-儿茶素[(+)-cat...  相似文献   

6.
目的:利用网络药理学方法探讨红花防治动脉粥样硬化的潜在靶点及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选红花中口服生物利用度≥30%和类药性≥0.18的活性成分及作用靶点。采用DisGeNet平台检索动脉粥样硬化疾病相关靶点。获取红花有效成分的靶点和动脉粥样硬化疾病相关靶点的共同靶点基因。通过STRING平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape软件构建可视化的“化合物-靶点-通路”网络,并进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因库百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选得到22种潜在的红花药效成分及103个药物有效成分作用靶点、67个动脉粥样硬化相关靶点基因;利用Venny 2.1.0软件获得药物成分及疾病相关的15个共同靶点基因,并获得Venny图。PPI网络获得自由度较高的节点为白介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子-A(VEGF-A)、过氧化物酶体增殖物激活受体γ(PPARG)。GO富集分析得到63条GO条目,KEGG分析通路富集分析获得16条信号通路。结论:红花可能通过调节IL6、VEGF-A、PPARG等靶点,...  相似文献   

7.
目的:借助网络药理学手段分析仙茅苷治疗骨质疏松症(OP)的潜在靶点及相关作用机制。方法:从基因表达数据库(GEO)下载GSE85871的微阵列数据集,预测仙茅苷的治疗靶点,同时从疾病相关基因公共数据库检索已知OP的致病基因,利用STRING及Cytoscape软件构建了映射关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用DAVID进行KEGG通路和GO富集分析以阐明其可能的作用机制。结果:本研究利用R语言筛选出107个仙茅苷潜在治疗靶点,通过疾病相关基因数据库检索出691个OP致病靶点,借助Cytoscape构建PPI网络,筛选出仙茅苷治疗OP的26个关键靶点。KEGG通路和GO富集分析结果显示,仙茅苷治疗OP的关键靶点主要富集的生物学进程为肾脏发育、单核细胞分化和上皮细胞增殖;信号通路主要富集在MAPK信号通路、TGF-β信号通路等。结论:基于网络药理学方法分析,仙茅苷可能通过MAPK信号通路和TGF-β信号通路治疗OP。  相似文献   

8.
目的 基于网络药理学和分子对接方法探究胎元饮治疗先兆流产的药理机制,为其临床运用及进一步研究提供参考。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取胎元饮中的8味中药白芍、白术、陈皮、当归、杜仲、甘草、人参、熟地黄的主要化学成分及其靶点,根据药物药动学特征筛选中药活性成分;通过GeneCards数据库、DrugBank数据库、OMIM数据库、TTD数据库、PharmGKB数据库获取先兆流产的疾病靶点;利用R语言(R i386 4.0.5)将药物有效活性成分靶点与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;通过Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”网络图及分析;利用STRING 11.0数据库及Cytoscape 3.7.2软件进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络构建及分析;运用R语言对交集靶点进行靶点基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后运用AutoDock Tools 1.5.6软件对核心靶点蛋白及主要有效成分进行分子对接验证。结果 共获得胎元饮有效成分191个、作用靶点307个,先兆流产疾病相关靶点1849个,“药物-...  相似文献   

9.
目的:对复方苁蓉益智胶囊(Compound Desert Cistanche Intelligence-improving Capsule)治疗血管性痴呆(VaD)的药理作用机制进行探讨。方法:基于网络药理学和分子对接的方法,通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取复方苁蓉益智胶囊中各药物的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测药物活性成分的作用靶点;通过GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、DrugBank数据库获取血管性痴呆的疾病靶点。通过STRING 11.0数据库和Cytoscape 3.8.2构建蛋白质相互作用(PPI)网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块及核心网络;通过DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,采用Cytoscape 3.8.2构建“药物-活性成分-靶点-通路”网络图,采用分子对接技术对PPI网络及“药物-活性成分-靶点-通路”网络图结果进行验证。结果:筛选出35个主要活性成分,涉及134个靶点,其中主要活性成分包括亚美罂粟碱(Armepav...  相似文献   

10.
目的:通过网络药理学方法探讨赤芍有效成分治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索并收集赤芍有效成分及其对应的作用靶点,借助UniProt数据库将靶点蛋白的genename转换为genesymbol;通过GeneCards、OMIM、TTD疾病数据库搜集血吸虫病及肝纤维化相关靶点;将赤芍成分靶点和疾病靶点取交集,获得赤芍治疗血吸虫病及肝纤维化的潜在靶点,利用Cytoscape 3.8.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病”和“成分-靶点-通路”网络;通过STRING数据库对交集靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络分析,采用Cytoscape 3.8.2软件进行分析和可视化呈现;通过Metascape数据库进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:筛选得到赤芍活性成分29种,成分靶点与血吸虫病及肝纤维化疾病的交集靶点19个,其中肿瘤抑制蛋白(TP53)、前列腺素内过氧化物合酶(PTGS2)、肿瘤坏死因子(TNF)、基质金属蛋白酶9(MMP9)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、白细胞介素8...  相似文献   

11.
目的:通过网络药理学和分子对接方法探讨中药“黄芪-当归”治疗年龄相关性黄斑变性(AMD)的作用机制。方法:借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取中药黄芪、当归的有效成分与作用靶点,使用Uniport数据库进行基因ID的注释,在GeneCards、OMIM数据库中查找AMD的相关基因。使用Cytoscape 3.7.2将药物-关键有效成分-疾病靶点网络可视化,在String数据库平台构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,再利用Metascape基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,使用AutoDock4.2.6软件对关键靶点蛋白及有效成分进行分子对接验证。结果:通过筛选,得到黄芪-当归有效成分22个,与AMD相关的关键有效成分14个,黄芪-当归与AMD的共同基因靶点52个;PPI中核心基因依次为CASP3、IL6、VEGFA、EGFR、ESR1等;GO功能富集得到1 064个条目,生物学过程主要涉及细胞凋亡、对类固醇激素的反应、活性氧代谢、对脂多糖的反应等;KEGG富集分析后得到119条信号通路,与癌症的通路、流体剪切力与动脉粥样硬化、HIF-1信号通路、TNF信号通路、VEGF信号通路等机制相关;分子对接结果表明,核心有效成分可与靶点蛋白形成构象能量较低、结构稳定的对接。结论:“黄芪-当归”治疗AMD具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究AMD的治疗提供了思路。  相似文献   

12.
目的:探讨丹参治疗视网膜静脉阻塞(RVO)的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索丹参的有效化学成分,并收集其对应的作用靶点;使用GeneCards数据库检索与RVO相关的靶点;采用ClusterProfiler R软件绘制交集靶点的韦恩图;采用STRING 11.0数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,采用Cytoscape 3.7.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶蛋白"相互作用网络;采用ClusterProfiler R软件对靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。结果:得到丹参有效成分41个、药物靶点70个、RVO靶点1705个,最终获得丹参治疗RVO的潜在作用靶点46个,KEGG通路76条。结论:丹参可能通过调控炎症反应、血管生成、凝血过程和细胞凋亡等对RVO发挥治疗作用。  相似文献   

13.
目的:运用网络药理学方法挖掘桂枝-柴胡治疗慢性心力衰竭(CHF)伴抑郁(MDD)的主要活性成分、靶点及信号通路,探究其潜在作用机制.方法:通过TCMSP数据库和相关文献检索桂枝-柴胡主要活性成分及其作用靶点,经BAT-MAN-TCM平台对预测靶点予以补充,构建药物靶点库;通过GeneCards、DisGeNET数据库分别获取CHF与抑郁相关靶标,二者取交集,建立疾病靶标库;利用R语言将药物靶点库与疾病靶标库取交集,构建Venn图;通过STRING数据库和Cytoscape 3.7.1软件及其内在插件构建化合物-靶标网络及PPI核心网络;最后利用DAVID数据库对核心网络靶点进行GO富集和KEGG通路注释分析.结果:筛选出桂枝-柴胡有27个活性成分,288个靶基因;筛选出CHF伴MDD相关靶基因882个,药物与疾病Venn图提取关键靶点83个,PPI核心网络构建筛选出12个关键基因;GO分析(P<0.05且靶点基因富集度>10%)得到19条生物过程,13条细胞组分表达过程,8个分子功能相关过程;KEGG分析(P<0.05)显示72条信号通路,包括HIF-1信号通路、TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路等.结论:桂枝-柴胡活性成分通过多成分、多靶点、多通路发挥CHF伴MDD的治疗作用.  相似文献   

14.
方灶军  王倩 《河北中医》2023,(6):1028-1033
目的 基于网络药理学和分子对接探析三黄泻心汤加味治疗上消化道出血(UGIB)的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索三黄泻心汤活性成分及作用靶点,通过Gene Gards、OMIM、Pharmgkb及DrugBank疾病数据库获取UGIB疾病靶点,并获取二者交集靶点,借助Cytoscape3.9.0软件及STRING数据库构建中药-活性成分-靶点网络图、蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络及挖掘出网络中潜在的蛋白质功能及核心网络,采用R软件对交集靶基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后通过AutoDock Tools及PyMOL等平台进行分子对接,预测三黄泻心汤加味关键成分与关键靶点的结合度。结果 共得到三黄泻心汤加味有效活性成分87个,UGIB疾病靶点3350个,二者交集靶点141个,富集得到GO中2149个生物过程条目,63个细胞组分条目,179个分子功能条目和168条KEGG通路。三黄泻心汤加味主要通过槲皮素、木犀草素、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素、金合欢素等活性成分调节关键靶点ESR1、 MYC、 TP...  相似文献   

15.
周蓉  黄柳向 《河南中医》2023,(2):220-226
目的:以中医“异病同治”理论为依据,基于网络药理学探讨枳术丸治疗功能性便秘(functional constipation, FC)和功能性消化不良(functional dyspepsia, FD)的作用机制。方法:使用中药系统药理学数据库与分析平台获取并筛选枳术丸的活性成分及其作用靶点;使用GeneCards数据库获取FC和FD的疾病靶点;将枳术丸活性成分相关靶点与FC和FD疾病靶点导入微生信在线作图平台绘制韦恩图,得到交集靶点,即为枳术丸治疗FC和FD的潜在靶点;采用STRING数据库获取潜在靶点的蛋白质相互作用关系,并利用Cytoscape 3.7.2软件绘制蛋白相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络图。将潜在靶点导入Metascape数据库进行基因本体(gene ontology, GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)信号通路富集分析。结果:筛选得到枳术丸活性化学成分29个,相关靶点126个;FC和FD疾病靶点分别有1 299个和1 ...  相似文献   

16.
目的:基于网络药理学方法探讨党参治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)及OMIM、TTD、Drugbank等网络数据库分别获取药物有效成分、活性靶点、疾病靶点,并取药物成分和疾病的交集靶点,构建药物活性成分与关键靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶蛋白进...  相似文献   

17.
目的:基于网络药理学探讨生脉散治疗病毒性心肌炎(VMC)的主要活性成分及其潜在作用机制。方法:运用本草组鉴数据库(HERB)初步获取生脉散的活性成分,结合SwissADME和SwissTargetPrediction平台筛选其中的主要活性成分,并预测其靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库筛选VMC相关靶点。取药物靶点与疾病靶点交集,获得生脉散治疗VMC的潜在治疗靶点。运用STRING数据库构建潜在治疗靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图,并通过Cytoscape 3.7.1软件挖掘PPI网络中的核心靶点。运用Cytoscape 3.7.1软件构建“中药-活性成分-靶点-疾病”相互作用网络图,将潜在治疗靶点导入DAVID 6.8数据库进行基因本体(GO)功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:本研究共筛选出生脉散治疗VMC的有效活性成分151个,涉及55个潜在治疗靶点,405个生物过程,36个细胞组分,55个分子功能和147条代谢通路。结论:生脉散可通过调控细胞因子、蛋白激酶、天然免疫基因等多靶点、多途径干预VMC的进程,为其临床应用提供了理论...  相似文献   

18.
目的:采用网络药理学方法及分子对接技术研究清热祛湿汤治疗膝骨关节炎的作用机制。方法: 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP) 数据库检索清热祛湿汤药物成分靶点; 通过TTD、 Genecards、OMIM 数据库检索膝骨关节炎靶点;制作韦恩图获取药物-疾病交集靶点;通过Cytoscape3.9.0 软件 绘制药物有效成分-疾病-共同靶点网络图;利用String 数据库构建蛋白相互作用(PPI) 网络;使用R 语言软 件对交集靶点进行基因本体(GO) 富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG) 富集分析; 使用 AutoDockTools1.5.6 等软件对药物主要有效成分与疾病核心靶蛋白进行分子对接验证。结果:清热祛湿汤的有 效成分为槲皮素、木犀草素等;PPI 网络构建获得的核心靶蛋白是蛋白激酶B 抗体(AKT1)、纤溶酶原激活物 抑制物1 (SERPINE1) 等;GO 富集分析获得1 902 条GO 条目;KEGG 富集分析获得105 条信号通路;将 5 种药物有效成分与5 种核心靶蛋白进行分子对接,均具有较好的结合活性。结论:清热祛湿汤治疗膝骨关节 炎具有多成分、多靶点、多途径的特点,具体通过发挥调控炎症反应、软骨基质降解、软骨细胞的凋亡和增殖 等作用,延缓膝骨关节炎的进展。  相似文献   

19.
目的:通过网络药理学和分子对接技术,探讨黄芪-白花蛇舌草抗非小细胞肺癌(NSCLC)的潜在活性成分和作用机制。方法:利用TCMSP和Uniprot数据库获取黄芪-白花蛇舌草的主要活性成分及靶点基因;GeneCards、OMIM数据库获取NSCLC靶点基因;绘制韦恩图得到疾病和活性成分共同靶点;STRING数据库构建中药成分靶蛋白-疾病靶蛋白的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;Cytoscape 3.9.1软件绘制成分-靶点网络图,通过网络拓扑分析筛选出关键靶点及成分;DAVID数据库及Bioinformatics平台进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;PyMol软件和AotoDock软件绘制相应的分子对接图。结果:经筛选共得到653个黄芪-白花蛇舌草活性成分靶点和6178个疾病靶点,两者交集靶点154个。GO功能富集到747个生物过程、83个分子功能和150个细胞组分,KEGG通路富集分析得到167条信号通路。分子对接结果显示,PTGS1蛋白与活性成分槲皮素、山柰酚、芒柄花黄素均结合稳定。结论:黄芪-白花蛇舌草可能通过槲皮素、山柰酚、芒柄花黄...  相似文献   

20.
目的:运用网络药理学的技术分析香砂六君子汤治疗慢性萎缩性胃炎的分子机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索香砂六君子汤的药物成分及靶点,绘制中药-化合物-靶点网络;通过GeneCards、OMIM数据库筛选疾病相关基因,绘制韦恩图,获取共同基因并绘制蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络进行网络拓...  相似文献   

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