冬虫夏草治疗免疫球蛋白A肾病作用机制网络药理学研究

目的 基于网络药理学探讨冬虫夏草治疗免疫球蛋白A(IgA)肾病的药效物质基础及作用机制。方法 通过检索TCMSP数据库,筛选冬虫夏草的活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测其作用靶点;采用Cytoscape 3.7. 2软件绘制活性成分-靶点网络;利用GeneCards,OMIM数据库筛选IgA肾病相关靶点;通过在线工具Venny 2.1. 0获取冬虫夏草治疗IgA肾病的潜在靶点,通过Cytoscape 3.7. 2软件绘制药物-活性成分-疾病-靶点可视化网络;借助String数据库分析冬虫夏草治疗IgA肾病潜在靶点的蛋白互作网络（PPI）,并进行可视化处理,筛选核心靶点;运用DAVID数据库进行基因本体（GO）生物过程分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,筛选冬虫夏草治疗IgA肾病可能涉及的生物学过程及通路。结果 共获得冬虫夏草的主要活性成分7个,药物靶点167个,冬虫夏草中可能具有较大药用价值的主要活性成分包括酒酵母甾醇、胆固醇棕榈酸酯、过氧麦角甾醇等;共获得IgA肾病相关靶点1 336个;冬虫夏草治疗IgA肾病的潜在靶点50个,其中...     

基于网络药理学探讨山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨山茱萸-牡丹皮药对抗肝纤维化的作用机制.方法 采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选牡丹皮和山茱萸的活性成分,并利用Swiss Target Prediction数据库预测活性成分候选靶点;从GeneCards数据库中预测并筛选肝纤维化候选靶点.利用在线作图工具绘制中药与疾病候选...     

中药治疗儿童肾病综合征的组方规律及网络药理学研究

目的:挖掘中药治疗儿童肾病综合征的组方规律并进行网络药理学验证,为治疗肾病综合征提供用药参考。方法:检索 中国知网、万方数据库、维普数据库、中国生物医学文献数据库2012-2022 年收录的内服中药治疗儿童肾病综合征的相关文献, 使用Excel 2019、IBM SPSS Modeler 18. 0、SPSS 26. 0 软件对纳入中药的使用频数进行统计,并进行关联规则分析及聚类分析。 通过中药系统药理学数据库与分析平台( TCMSP) 数据库获取药物的活性成分,并收集其活性成分所对应的靶点,使用 GeneCards、OMIM、DrugBank 数据库获取儿童肾病综合征的靶点基因,通过STRING 平台构建蛋白相互作用( PPI) 网络,应用 MetaScape 平台分析“药物-成分-靶点”及其参与的生物学过程及作用通路,然后使用CytoScape 3. 7. 2 软件构建“ 药物-靶点-通 路”网络,最后进行分子对接验证。结果:纳入文献147 篇,得到内服中药方剂181 个,中药229 味,其中黄芪、茯苓等使用频数 较高。关联规则提示支持度>20%、置信度>80%的药对共10 对。网络药理学研究中得到治疗儿童肾病综合征的活性成分为槲 皮素、木犀草素、山奈酚、丹参酮ⅡA 等,核心靶点有PTGS2,其作用通路主要为炎症、免疫通路,分子对接显示结合活性较好。结 论:儿童肾病综合征发病机制复杂,中药用药以补气健脾、淡渗利湿、活血行气为主,可能通过抗炎、抗氧化应激、抗细胞衰老机制 治疗儿童肾病综合征。     

基于网络药理学探讨山慈菇-皂角刺药对治疗肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学的研究方法,探讨山慈菇-皂角刺药对治疗肺癌的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台检索山慈菇和皂角刺的药物活性成分,收集其作用靶点,通过Uniprot数据库将收集的靶点进行"蛋白-基因名"转换;对于肺癌疾病的靶点,通过人类孟德尔遗传综合数据库、GeneCards数据库筛选与肺癌相关的基因...     

基于网络药理学分析黄芩-槐花药对治疗高血压的作用机制

目的 采用网络药理学方法筛选"黄芩-槐花"药对治疗高血压的作用靶点,明确降压作用机制.方法 检索中药系统药理学数据库(TCMSP)中黄芩和槐花的所有化学成分并筛选作用靶点,与TTD、OMIM、CTD和Genecards数据库中的高血压相关靶点取交集,并采用Cytoscape 3.6.0软件绘制相应的"活性成分-作用靶点...     

基于网络药理学的“黄芪—当归”药对抗肾纤维化的作用机制研究

目的 基于网络药理学的方法探讨“黄芪-当归”药对抗肾纤维化(renal fibrosis,RF)的作用机制。方法 基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索并筛选“黄芪-当归”药对的潜在活性成分,结合SwissTargetPrediction数据库,获得潜在活性成分所对应的作用靶点,并与通过GeneCards和OMIM数据库检索获得的RF相关靶点进行映射,获得“黄芪-当归”药对抗RF的潜在作用靶点,对得到的靶点通过STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并筛选核心靶点和Hub靶点;利用DAVID数据库对核心靶点进行基因本体论和KEGG通路富集分析,通过构建“药对-活性成分-核心靶点-通路”网络,并利用分子对接技术对关键靶点和化合物的相互作用进行验证,系统阐释“黄芪-当归”药对抗RF的作用机制。结果 基于TCMSP和SwissTargetPrediction数据库,共获得“黄芪-当归”药对60个潜在活性成分和763个作用靶点,通过与RF相关靶点进行映射,获得352个交集靶点。通过构建PPI网络并进一步筛选,获得“黄...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术,探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制。方法 通过数据库筛选肾炎康复片的主要活性成分,进行靶点预测。收集IgA肾病相关靶点,并与肾炎康复片活性成分靶点基因交集,选取共同靶点。构建蛋白质-蛋白质互作网络图和药物-活性成分-共同靶点网络图筛选出药物主要活性成分。通过MetaScape数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析并构建主要活性成分-靶点-信号通路网络图。选取关键成分和核心靶点,使用Pymol、MGLTools、AutoDock等软件做分子对接。结果 肾炎康复片的活性化合物共有182个,涵盖310个作用靶点,IgA肾病相关疾病靶点有1190个。筛选出共同靶点119个,主要涉及肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶（PI3K/Akt）、白细胞介素17(IL-17)、细胞衰老、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路。网络分析和分子对接结果提示肾炎康复片中关键成分豆甾醇、β-谷甾醇可能通过作用于核心靶点B细胞淋巴瘤-2基因（BCL2）、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、胱天蛋白酶3(CASP3)发...     

基于网络药理学对连花清瘟中君药治疗COVID-19的分子机制探析

目的 本研究通过对连花清瘟两味君药连翘和金银花进行网络药理分析,明确其在该方剂中治疗COVID-19的地位,探究其靶点及信号通路,阐明其作用机制.方法 通过中药系统药理数据库和分析平台和Genecards数据库分别对连翘和金银花进行有效成分分析和COVID-19潜在靶基因的筛选.运用STRING数据库构建PPI网络和C...     

基于网络药理学探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制

目的 通过网络药理学方法探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制.方法 运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取薏苡仁、附子、败酱草的活性成分和作用靶点,从GeneCards数据库中获取肝细胞癌候选靶点,并筛选出中药与疾病的交集靶点;采用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,g:Profi...     

基于网络药理学及分子对接探讨"柴胡-当归"药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索"柴胡-当归"药对治疗乳腺增生的潜在作用机制.方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得"柴胡-当归"药对的活性成分及其对应靶点蛋白.在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与"柴胡-当归"作...     

基于网络药理学和分子对接技术探究金银花入血成分干预新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究金银花入血成分干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 通过Swiss Target Prediction和Similarity Ensemble Approach数据库检索金银花中入血成分的作用靶点,利用GeneCards数据库和CTD数据库检索COVID-19靶...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学结合分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 借助TCMSP数据库获取蛇床子的活性成分及潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据平台得到阿尔茨海默病的潜在作用靶点,筛选两者共同靶点;应用Cytoscape 3.7.1构建蛋白相互作用（PPI）网络图并筛选发挥治疗作用的关键靶点,再借助R语言进行基因本体（GO）功能分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock Vina软件,对核心靶点和药物主要活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 蛇床子包含主要活性成分20个,化学成分与疾病共同靶点56个,网络拓扑分析显示B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、雌激素受体α(ESR1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、糖原合成酶激酶3β(GSK3B)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)为关键靶点,通过调控神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、p53信号通路、多种细胞凋亡、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等发挥治疗作用。分子对接验证中...     

基于网络药理学和分子对接技术分析川楝子致肝毒性机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探究川楝子肝毒性机制。方法 通过TCMSP、PubChem、SwissADME数据库及文献检索筛选川楝子的潜在毒性成分,利用SwissTargetPrediction数据库预测潜在毒性成分的作用靶点,再通过GeneCards数据库搜索与肝脏损伤相关的靶点,将毒性成分预测靶点与肝脏损伤靶点取交集靶点,获得毒性成分肝脏潜在作用靶点,再利用软件Cytoscape 3.8.2版进行毒性成分–预测靶点、毒性成分–潜在作用靶点、蛋白相互作用（PPI）网络、毒性成分–潜在作用靶点–核心通路网络的构建,采用AutoDock 1.5.6版进行分子对接,并应用PyMOL软件对对接结果进行可视化示例。结果 筛选得到6个川楝子潜在毒性化合物,分别是toosandanin、meliasenin B、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal、butenolide、5-hydxoymethylfurfural,与肝脏损伤共同作用靶点103个。GO和KEGG结果显示,川楝子通过蛋白质磷酸化、凋亡过程的负调控、对异种生物刺激的反应、酶激活的正向调控等过程引起肝脏毒性。分子对接结果显示,川楝子中toosandanin、trichilinin D、1-O-tigloy-1-O-debenzoylohchinal与关键靶点具有较好的结合能力。结论 应用网络药理学及分子对接技术对川楝子致肝毒成分、机制、靶点、通路进行了初步探索,为进一步对川楝子的临床应用研究和效应机制提供数据支持。     

基于网络药理学探究黄芪辅助治疗肺结核的作用机制

目的 通过网络药理学方法探究黄芪治疗肺结核的作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选黄芪的活性成分及其作用靶点;借助GeneCard数据库筛选肺结核疾病靶点,并获得交集靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;将交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto ...     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗腰椎间盘突出症的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术预测三七治疗腰椎间盘突出症的潜在靶点及作用机制。方法 在TCMSP数据库筛选三七有效活性成分及作用靶点，构建三七“活性成分–靶点”网络。在GeneCards、OMIM数据库检索腰椎间盘突出症相关靶点，取药物与疾病交集靶点，利用String数据库构建蛋白互作（PPI）网络，通过Cytoscape 3.8.2软件构建“成分–靶点–疾病”网络图，并使用R软件进行GO富集分析和KEGG信号通路富集分析。MOE软件对有效成分与潜在靶点作分子对接验证。结果 共筛选三七治疗腰椎间盘突出症的有效活性成分8个、有效药物靶点33个，其中前列腺素内过氧化物合酶、半胱氨酸蛋白酶-3、基质金属蛋白酶9、细胞趋化因子2等靶点基因可能起着关键作用。GO富集分析选取43个条目，主要包括对脂多糖的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；膜筏、膜微区等细胞组分；内肽酶活性、细胞因子受体结合等分子功能。KEGG通路富集分析获得了涉及炎症、细胞凋亡、代谢、免疫、肿瘤等102个条目，其中IL-17信号通路起着关键作用。分子对接结果表明三七主要有效活性成分与核心靶点有较强的结合能力。结论 三七通过多途径、多靶点发挥治疗腰椎间盘突出症的作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨大蒜抗幽门螺杆菌感染的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究探讨大蒜Allii Sativi Bulbus抗幽门螺杆菌(Hp)感染的活性成分及可能的作用机制,并通过体外抑菌试验验证大蒜素对Hp菌株的抗菌活性。方法 利用HERB数据库获取大蒜的活性成分,并通过PharmMapper、Swiss Target Prediction、BATMAN-TCM数据库获取活性成分靶点并构建"药物-成分-靶点"网络,筛选出主要活性成分。通过GeneCards、OMIM、DRUGBANK和DisGeNET数据库收集与Hp感染相关的靶点,取药物与疾病靶点交集,筛选出潜在靶点。利用STRING数据库获取潜在靶点的互作关系,并在Cytoscape中构建蛋白相互作用(PPI)网络,筛选出核心靶点。在DAVID数据库中进行潜在靶点的基因本体论(GO)生物分析与京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过Autodock进行活性成分与核心靶点的分子对接。用体外抗菌试验检测大蒜素的抗Hp活性。结果 共筛选出36个大蒜活性成分,291个潜在靶点,PPI网络分析得到肿瘤蛋白p53(TP53)、酪氨酸蛋白激酶(SRC)、信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA1)、丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK3)5个核心靶点。GO分析得到954个生物过程,KEGG分析得到176条通路。分子对接结果显示,大蒜活性成分均与核心靶点有较好的结合能力。体外抑菌试验显示大蒜素对3株Hp菌均有抑菌活性,最小抑菌浓度为2 mg/mL。结论 大蒜中的活性成分可能通过作用于TP53、SRC、STAT3、HSP90AA1、MAPK3 5个核心靶点参与Hp感染相关过程,其机制与磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)、叉头框蛋白O(FoxO)、低氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路有关,且大蒜素对Hp菌有抑菌活性。     

基于网络药理学的黄芪治疗心力衰竭作用机制研究

目的利用网络药理学方法探讨黄芪治疗心力衰竭的作用机制。方法利用TCMSP平台提取出黄芪的化学成分,并通过该数据库检索与活性成分相关的作用靶点;利用CTD在线分析平台查询与心力衰竭相关的靶点。从而构建出成分-靶点、靶点蛋白互作、成分-靶点-生物学通路网络图。结果通过筛选,得到87个候选化合物,相应靶点326个,其中与心力衰竭相关的靶点36个,这些靶点涉及信号通路27条。结论本研究对黄芪治疗心力衰竭药效作用机制进行初步探讨,为进一步深入研究提供参考。     

基于网络药理学探讨金钗石斛和霍山石斛治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 基于网络药理学探讨及比较金钗石斛Dendrobium nobile Lindl.和霍山石斛D. huoshanense活性成分治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 基于中国知网、万方和PubMed数据库收集金钗石斛、霍山石斛的有效成分;PubChem平台查询活性成分结构;SwissADME平台筛选金钗石斛、霍山石斛活性成分的靶点;SwissTartgetPrediction平台预测各活性成分的作用靶点;GeneCards和OMIM数据库检索阿尔茨海默病相关靶点;Cytoscape 3.9.1构建“活性成分–疾病–靶点”网络图;String数据库分析并构建药物与疾病的蛋白质相互作用（PPI）网络;利用Metascape进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 共获得金钗石斛有效成分84个,核心成分为crepidatin、N-isopentenyl-6-hydroxydendroxinium、3-O-methylgigantol等;霍山石斛有效成分56个,核心成分为erianin、dendrocrepine、dendrocandin U等;金钗石斛...     

地皮菜抗三阴性乳腺癌作用活性成分的发现与靶点验证

目的 采用网络药理学方法和分子生物学实验探究地皮菜抗三阴性乳腺癌（triple-negative breast cancer,TNBC）的活性成分与靶点。方法 查阅文献并结合实验室前期研究收集地皮菜的活性成分,采用Swiss Target Prediction数据库进行靶点预测,TTD、Genecards和OMIM数据库获取TNBC靶点。应用STRING在线平台进行蛋白互作,使用Metascape数据库进行KEGG信号通路和GO基因功能富集分析。通过AutoDock软件将地皮菜成分N-乙酰基色胺与靶点AKT1进行分子对接。采用Annexin V-FITC/PI双染色法检测地皮菜活性成分对乳腺癌细胞凋亡的影响。利用RT-qPCR和Western blotting检测地皮菜活性成分抗TNBC的作用机制。结果 网络药理学结果发现N-乙酰基色胺、Scytonemin和Nostocionone等8个有效成分,涉及细胞信号传导和AKT1、STAT3、CCND1等75个关键靶点。KEGG信号通路和GO基因功能富集分析结果涉及癌症相关信号通路、PI3K-Akt信号通路和MAPK信号通路等。分子对接显示N-乙酰基色胺与AKT1的亲和作用较好。N-乙酰基色胺对乳腺癌细胞没有明显的促凋亡作用,Western blotting结果显示N-乙酰基色胺下调了AKTI的蛋白表达量。RT-qPCR结果显示N-乙酰基色胺可以有效降低乳腺癌细胞AKT1的mRNA表达。结论 N-乙酰基色胺可能通过抑制AKT1信号通路抑制TNBC细胞增殖,从而发挥抗TNBC作用。     

基于代谢组学和网络药理学分析福建金线莲叶和台湾银线兰叶治疗肝纤维化作用差异

目的 初步分析福建金线莲(Anoectochilus roxburghii)和台湾银线兰(Anoectochilus formosanus)的叶片在治疗肝纤维化疾病的作用机制差异，为分析两者的临床疗效差异及其资源的精准利用提供参考信息。方法 利用代谢组学技术分析福建金线莲叶(the leaves of A.roxburghii，Arl)和台湾银线兰叶(the leaves of A.formosanus，Afl)的差异代谢物；并结合网络药理学方法分析其差异代谢物治疗肝纤维化疾病的作用差异。结果 利用代谢组学的方法分析初步得到Arl和Afl的46个差异代谢物，主要为黄酮类、糖苷类和甘油磷脂类等，其中有23种差异化合物具有潜在药用活性。基于网络药理学的方法，预测了23种差异化合物的759个相关靶点，与肝纤维化疾病的相关靶点进行映射，得到交集靶点249个，其中AKT1、STAT3、VEGFA等48个关键靶点被预测为治疗肝纤维化的主要差异靶点；作用靶点较多的关键差异化合物为Arl相比Afl含量较高的化合物，预示Arl中富含更多可以用于治疗肝纤维化的有效化合物。GO富集功能和KEGG富集分析表明，福建金线莲与台湾银线兰的差异成分参与治疗肝纤维化疾病的信号通路有所不同，VEGF信号通路为Arl相比Afl含量较高的差异化合物的主要差异信号通路，磷脂酰肌酶3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)信号通路为Arl相比Afl含量较低的差异化合物治疗肝纤维化疾病的主要差异信号通路。分子对接结果表明各差异成分与其对应的关键靶点均有较好的结合活性。结论 本研究表明福建金线莲与台湾银线兰叶片中存在一些差异代谢物，预测了其治疗肝纤维化疾病作用机制差异，并初步验证了其作用靶点，为金线莲资源的精准利用具有指导性意义。