我国部分地区静脉吸毒人群HCV基因型分布的探讨

目的了解静脉吸毒人群丙型肝炎病毒(HCV)感染者的基因亚型分布及影响因素,为防治静脉吸毒人群感染HCV提供依据。方法收集828份静脉吸毒人群样本,HCV抗体初筛用酶联免疫吸附试验(ELISA),有反应性的样本再用重组免疫印迹法(RIBA)进行补充试验,阳性的样本进行核酸检测;核酸阳性的样本先用HCV基因分型试剂盒进行分型,未通过分型试剂盒确定型别的样本,再用巢式聚合酶链式反应扩增HCV CORE区进行测序,以确定HCV基因型。结果 828份静脉吸毒人群样本中,HCV抗体阳性498份,核酸检测呈阳性反应的样本390份,通过HCV基因分型试剂盒确定型别的样本311份,经CORE区测序确定型别的样本70份,有9份未成功扩增出序列,共有381份样本确定了基因亚型。其主要基因亚型为3b、3a、1b、6n及6a五种型别,分别占38.6%(147/381)、20.5%(78/381)、18.6%(71/381)、10.8%(41/381)、8.7%(33/381);不同地区之间流行的HCV基因型别差异具有统计学意义(χ~2=282.23,P0.01);男性和女性之间主要基因型不太一致;各年龄段间HCV基因亚型分布的差异无统计学意义(χ~2=40.93,P0.05),但30~50岁感染者居多。不同基因型之间HCV核糖核酸含量的差异有统计学意义(F=5.85,P0.01)。结论静脉吸毒人群HCV感染者的基因亚型主要为1b、3a、3b、6a及6n,基因型分布具有地域性差异,并且病毒载量与基因型的分布具有相关关系。     

基于核心基因、非结构基因5B序列的丙型肝炎病毒基因分型法与线性探针技术对广东地区慢性丙型肝炎患者基因分型的比较

目的 利用核心基因(core)、非结构基因5B(NS5B)序列与线性探针技术(LiPA)研究广东地区慢性丙型肝炎患者HCV的基因型分布,探讨LiPA基因分型的准确性.方法 分别采用core和NS5B片段序列和INNO-LiPA 2.0对广东地区110例慢性丙型肝炎患者进行基因分型.使用SPSS 10.0统计软件对数据进行分析,两样本间的比较采用x2检验.结果 110份HCV样本中有97份扩增到core区段序列,62份扩增到NS5B区段序列,同时扩增到core、NS5B序列的样本有57份.core与NS5B序列的分型结果一致,102份标本被分为1b、2a、3a、3b、6a 5个亚型,分别占61.8％、9.8％、3.9％、3.9％和20.6％.在基因型水平,除6型外,其他基因型均能通过INNO-LiPA2.0正确分型;在亚型水平,除1b和3b型,其他亚型未能被准确区分,其中81.5％的6a型被错分为1b型.结论 6a型已成为广东地区慢性丙型肝炎患者中第二大基因型,LiPA技术是否能准确区分6a型与1b型,有待进一步研究.     

HCV非结构蛋白5B复合酶切分型方法的建立及应用

目的建立灵敏有效的HCV6a型非结构蛋白(non-structural protein,NS)5B复合酶切分型方法,探讨NS5B区与5’-端非编码区(5’-noncoding region,5’-NCR)的分型是否一致。方法应用5’-NCR复合酶切分型方法对1093份HCVRNA阳性血清样本进行分型,并筛选基因6a型样本进行NS5B区的扩增,对第2轮PCR产物进行复合酶切分型和测序,并经NCBI Genoty ping证实基因分型。结果 5’-NCR分型法检出10份HCV6a型样品,序列分析显示均存在第145位CA碱基插入和第139位C碱基插入特征。用NS5B分型法检测此10例,均为6a型,序列分析证实存在EaeⅠ酶切位点。结论 NS5B区与5’-NCR区复合酶切分型方法对HCV6a分型具有良好的一致性,以EaeⅠ切点为主的NS5B区复合酶切分型方法可供临床应用。     

长春地区出入境人员感染丙型肝炎病毒的基因分型研究

目的研究长春地区出入境人员感染丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布。方法收集42例丙型肝炎阳性者的血清标本,采用基因测序法进行HCV基因型检测和分析。结果 42份HCV阳性血清基因分型分别为1b、1a、2a,其中基因1型21份(占50%),1b亚型13份(占30.95%),1a亚型8份,2a亚型9份。HCV基因型性别、年龄分布差异无统计学意义(P0.05)。结论长春地区出入境人员感染的HCV以1b型为主,2a型次之。     

山东地区慢性HCV感染者病毒的基因型分布

目的明确山东地区慢性丙型肝炎及丙肝肝硬化患者感染丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布,探讨HCV基因型与肝脏疾病严重程度及感染途径之间的关系。方法根据HCV 5′非编码区(NCR)设计基因芯片,对山东地区慢性HCV感染者(慢性丙型肝炎128例,丙肝肝硬化42例)应用基因芯片法检测HCV基因型,并对其中22份标本进行测序,比较慢性丙型肝炎、肝硬化病人HCV基因型分布以及不同途径感染的病HCV人基因型分布的差别。结果 168例患者标本可以分型,HCV基因型分别为:1b型106例,2a型48例,1a及3b型均为2例,1b+2a混合型9例,1a+1b混合型1例;对22例患者标本测序,1b型12例,2a型9例,3b型1例,与基因芯片法检测结果完全一致;肝硬化和慢性肝炎病人的HCV基因型分布差异无统计学意义(χ2=1.82,P>0.05),有输血史者和无输血史者HCV基因型分布差异无统计学意义(χ2=7.63,P>0.05)。结论山东地区HCV主要流行株是基因1b型,其次为2a型,同时有少量的1a、3b型以及混合感染,HCV基因型与疾病的进展及感染途径无关。     

四川省丙型肝炎患者HCV基因分型及基线HCV NS5A耐药突变位点分析

目的检测四川省丙型肝炎患者HCV基因分型及HCV NS5A耐药突变位点的分布特征。方法收集2017年-2018年在四川省人民医院确诊的来自四川省的丙型肝炎患者160例,采集外周静脉血标本,使用Sanger测序法鉴定每一样本的HCV基因型及其亚型和HCV NS5A的基因序列。结果 160例丙型肝炎患者共测出1、2、3、6四种基因型和1b、2a、3a、3b、6a、6n六种基因亚型,其中以1b亚型检出率最高,占86.25%(138/160),其次为3b、6a亚型,均各占3.75%(6/160),余下6n型占2.50%(4/160),2a、3a型均各占1.875%(3/160)。在HCV 1b亚型丙型肝炎患者在中,HCV NS5A基因耐药突变检出率为18.84%(26/138),其中以Y93H耐药突变率较高,占17.39%(24/138),其次L31M耐药突变率为1.45%(2/138)。结论分析四川省丙型肝炎患者HCV基因型及HCV NS5A耐药突变位点的分布特点,可为该地区丙型肝炎患者基因型分布及耐药性研究和个体化抗病毒治疗提供指导依据。     

核心蛋白和非结构蛋白5B 直接测序法对丙型肝炎病毒基因分型的影响

目的：分析 HCV 核心蛋白（Core）和非结构蛋白（NS）5B 区直接测序的敏感性和准确性。方法收集慢性丙型肝炎患者血清51份,采用反转录 PCR 对 Core 和 NS5B 区分别扩增,产物直接测序,构建进化树进行基因分型。结果51份样本中,Core 区扩增阳性49份,占96．1％。共检出5种基因亚型：1b 为61．2％（30／49）,2a 为20．4％（10／49）,2b 为2．0％（1／49）,3a 为4．1％（2／49）,6a 为12．2％（6／49）。NS5B 区扩增阳性45份,占88．2％。1b、2a、2b、3a、6a 分别占62．2％（28／45）、20．0％（9／45）、2．2％（1／45）、4．4％（2／45）和11．1％（5／45）。结论与 NS5B 区相比,Core 区引物设计容易,扩增效率和分型成功率较高,可作为 HCV 基因型流行病学调查和临床研究的优先选择。     

丙型肝炎病毒非编码区ABC程序酶切分型研究

目的为进一步了解中国是否存在HCV 3b基因及1a、2b和6a基因型感染，建立HCV 5′端非编码区(5′ NCR)不同基因型的基因库。方法分型方法按ABC程序进行，A应用BHH′(BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ)复介内切酶消化5′NCR cDNA，可将不同基因型划分为5组：1a、1b，6a，2a、2b，3a，3b、4a。B应用BstU Ⅰ内切酶鉴别1a、1b。C应用Hae Ⅲ内切酶鉴别2a、2b、3b、4a及6a。电泳检测片段大小。结果(1)la、1b、2a、2b、3a、3b、4a、6a 8种基因型参比品的ABC分型结果表明，该8种基因型获得良好的分型效果。(2)93份HCV RNA阳性患者ABC分型结果表明，1b型感染率占66．67％，2a型18．28％，1b／2b型、3b型及2b型均为3．23％，2a／2b型和1b／2a型各为2．15％，1a型1．08％。结论结果表明应用HCV 5′-NCR ABC分型技术既保证了HCV RNA检测的灵敏度，又能完成1a-6a型中的8种基因型的鉴别。     

2018-2019年红河州HIV/HCV合并感染者HCV基因型分析

目的 了解红河州HIV/HCV合并感染者中HCV的基因型分布。方法 收集2018-2019年红河州HIV/HCV抗体阳性的血浆246份,进行HCV病毒载量检测,对有病毒载量的样品E1E2区和N55B区采用巢氏PCR扩增,扩增产物经基因序列测定,所得序列通过构建系统进化树确定HCV的分子亚型。结果 结合2个基因片段,最终120份样品获得了分型结果。3b为主要亚型,占30.8%(37/120),其他亚型按照比例依次为3a(21.7%,26/120)、6a(17.5%,21/120)、6n(16.7%,20/120)、其他亚型（13.3%,16/120）。各HCV亚型在民族分布上的差异有统计学意义（P<0.05）。分别计算各亚型在E1E2区和NS5B区的基因距离,结果显示在3a、3b、6a、1b、6n这5种亚型中,3a的基因距离最大,且3a、6a、1b、6n的基因距离均与3b的基因距离有显著性差异（P<0.05）。结论 在红河州HIV/HCV合并感染者中,3b是主要流行亚型,且在该人群中有较长的流行时间。     

广西地区HIV合并HCV感染人群HCV基因型分布特征

目的了解广西地区艾滋病病毒(HIV)和丙型肝炎病毒(HCV)感染人群HCV基因型的分布特征。方法收集广西地区51例HCV RNA阳性HIV感染者的血清,通过对反转录巢式聚合酶链反应(RT nested-PCR)扩增HCV NS5B区段,所得终产物直接测序进行HCV基因分型。结果在51例样本中,HCV基因型以3b和6a型为主,各占23.53%(12/51),其次为1a型,占19.61%(10/51);3a型、1b型、6d型分别占13.73%(7/51)、9.80%(5/51)、1.96%(1/51),2a型、6e型各占3.92%(2/51)。分析表明,HIV合并HCV感染者的HCV基因在性别、年龄、感染途径分布差异没有统计学意义(P0.05)。结论广西地区HIV合并HCV感染者流行的HCV基因亚型至少有1a、1b、2a、3a、3b、6a、6d、6e共8种,3b和6a可能为流行的主要基因亚型,1a型次之。初步说明广西地区HIV合并HCV感染人群流行的HCV基因亚型呈多样性,同时它们与性别、年龄及感染途径无明显相关性。     

山东地区丙型肝炎病毒的基因型及血清学分型的研究

探索山东地区丙型肝炎病毒(HCV)的基因型及血清学分型的分布,了解HCV基因型与感染途径的关系.对96例抗HCV阳性患者的血清进行HCV RNA检测,HCV RNA阳性者,应用限制性片段长度多态性分析(RELP)进行基因分型;同时应用Murex Serotyping HCV 1-6血清学分型试剂进行血清学分型.基因非2(1b)型79例,占83.16%,2(2a)型为16例占16.84%,44份血清标本的血清学分型可分型率为90.91%,与基因分型的符合率为90.00%.不同的感染途径之间,基因型分布没有差异(P=0.15).山东地区丙型肝炎病毒流行株为基因非2(1b)和2(2a)型,非2(1b)型为优势株,基因分型与血清学分型结果基本一致,基因型与丙型肝炎的感染途径无关.     

合肥地区丙型肝炎病毒基因分型分布特征

目的了解合肥地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型分布特点。方法收集251例HCV患者的临床流行病学资料和外周静脉血,采用sanger测序法检测HCV基因型。结果合肥地区HCV患者中共检出4种基因型,8种基因亚型,以1b型最多占68.12%,其次2a、2i型占12.75%、10.36%,3a、3b、6a、6n、6v均有分布。各基因型在不同性别中的比较差异无统计学意义(P0.05);不同年龄段基因型相比较,差异有统计学意义(P0.05),在30～60岁年龄组,基因型分布最为广泛;在时间分布上,早期HCV基因型较为单一,主要以1b和2a型为主,近年来基因1b型逐渐减少,2i、3a、3b、6a基因型逐渐增多,总的基因类型增多。经输血、血液透析、母婴传播感染患者基因型主要为1b、2a及2i型,性转播、其他途径(拔牙、纹身、纹眉、穿耳、职业暴露等)传播以基因1b型为主,2a、2i、3a、3b型均有分布,而静脉吸毒患者基因型分布较为广泛,1b、2a、2i、3a、3b、6a、6n、6v均有分布。结论合肥地区的HCV基因分型呈多样化,以1b型为主,其次为2a、2i型,同时存在3a、3b、6a、6n、6v基因型。     

长春地区丙型肝炎病毒基因分析

目的了解长春地区HCV基因分型情况，为HCV感染者的诊断和治疗提供重要的科学依据。方法荧光定量RT-PCR检测97例抗-HCV阳性血清标本，并对89例HCV-RNA阳性的血清标本应用基因芯片法进行HCV基因分型。结果89例阳性标本中HCV1b型49例，HCV2a型37例，HCV1b／2a混合型3例。结论长春地区HCV基因型主要为1b型，2a型次之，同时存在HCV1b／2a混合型。     

多重PCR HCV基因分型检测方法的建立及初步应用

目的建立多重PCR HCV RNA基因分型的方法,并应用于临床诊断。方法采用型特异性引物建立单管逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和双管引物特异性套式聚合酶链反应(nested-PCR)检测技术,分别对72例HCV RNA阳性的标本,设计HCV的C区特异性引物,采用Trizol提取RNA进行单管巢式PCR分型,1a、1b、2a、2b和3a在一管内扩增。结果统计结果表明,我国丙型肝炎流行主要以1b(Ⅱ)和2a(Ⅲ)2种基因型为主,但有部分1a、2b、3a的HCV感染者检出,其中1a占1.4%(1/72),1b占68.1%(49/72),2a占13.9%(10/72),3a占1.4%(1/72),1b/2a型混合占11.1%(8/72),未分出型或其他型者为4.2%(3/72)。结论本文建立的方法具有良好的特异性和敏感性,省时、省力,方便检测,可同时区分5种HCV基因型;我国北方地区发现有1a和3a基因型感染病例。     

HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型分析

目的使用二代测序技术检测广州地区人类免疫缺陷病毒(HIV)/丙型肝炎病毒(HCV)混合感染者和HCV感染者HCV基因型,了解本地区HCV基因型的流行特点。方法在233例HCV感染者中,包括95例HIV/HCV混合感染者和138例HCV感染者,使用Illumina Miseq平台PE300模式对HCV Core和NS5B片段进行测序,采用生物信息学分析确定HCV基因型,对测序结果提示混合基因型感染的样本,使用NS5A基因型特异引物进行验证。结果 HIV/HCV混合感染者静脉吸毒感染构成比显著高于HCV感染者(77.7%对19.6%P0.001),HCV感染者输血感染的构成比显著高于HIV/HCV混合感染者(48.6%对3.2%P0.001);HIV/HCV混合感染者HCV Core基因片段平均数据量为(15456±6689) reads,HCV感染者为(14323±5321) reads,两组无显著差异(P0.05);HIV/HCV混合感染者HCV NS5B基因片段平均数据量为(16432±3467) reads,HCV感染者为(17611±5632) reads,也无显著差异(P0.05);本组228例(97.9%)HCV感染者为单一HCV基因型感染,HIV/HCV混合感染者HCV 6a型和3b型感染率显著高于HCV感染者(分别为47.4%对26.8%,P=0.001和13.7%对3.6%,P=0.005),HCV 1b型感染率显著低于HCV感染者(20.0%对59.4%,P0.001);在233例入组的HCV感染者中,发现5例(2.1%)为混合基因型感染,其中4例为HIV/HCV混合感染者,1例为HCV感染者。结论广州地区HIV/HCV混合感染者与HCV感染者感染HCV基因型构成比存在差异,其临床意义还需要探讨。     

丙型肝炎病毒1b型NS3基因扩增方案的改进

目的优化扩增武汉地区HCV1b型患者HCV非结构蛋白3(NS3)的cDNA,并进行测序。方法从患者血清中提取HCVRNA,采用型特异性引物扩增分型法检测HCV患者基因分型。设计3对外侧引物和3对内侧引物,采用套式PCR技术(方案一)分别扩增HCV1b型患者的HCVNS33个区段,然后用3对内侧引物进行测序。为了优化NS3扩增和测序效果和减少操作繁琐,对引物进行改进,设计1对外侧引物和1对内侧引物,采用改进的套式PCR技术(方案二)直接扩增HCV1b型患者的HCVNS3区,然后用3个正向引物和1个逆向引物进行测序。结果改进的套式PCR技术(方案二)与套式PCR技术(方案一)相比,操作较为简单,而且扩增效率增高,扩增效果较好。结论采用改进的套式PCR技术(方案二)扩增和测序HCVNS3区更迅速、有效、实用。     

四川地区丙型肝炎病毒基因型分布特点

目的研究四川地区丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布特点。方法收集成都市公共卫生临床医疗中心2016年1月至2017年12月收治的376例慢性丙型肝炎患者的HCV基因分型、HCV-RNA及肝功能结果,并对其进行回顾性分析。结果 376例患者共检测出5种基因型,包括1b型264例(70.21%)、2a型17例(4.52%)、3型72例(19.15%)、3b型55例(14.63%)和6a型23例(6.12%)。不同HCV基因亚型在性别、年龄、HCV-RNA及肝功能指标等方面比较,差异有统计学意义(P0.05)。3a型、3b和6a型以男性患者为主;2a型患者年龄最大,HCV RNA载量亦高于其他亚型;而6a型患者年龄最小,ALT、AST及TBil水平均低于其他亚型。结论四川地区HCV感染以基因1b型和3b型为主,不同基因亚型HCV感染者的病毒载量和肝功能具有一定差异。     

云南省大理地区HIV感染者丙型肝炎病毒基因分型研究

目的对大理地区HIV感染合并丙型肝炎患者进行丙型肝炎病毒(HCV)基因分型研究。方法采集患者血液,提取RNA,采用HCV特异性引物进行巢式RT-PCR扩增,PCR产物直接测序,采用生物信息学软件进行序列分析。结果在大理州人民医院共采集疑似丙型肝炎病人血清13份,HCV核酸检测4份(24~27号)阳性。序列分析显示4株病毒之间核苷酸同源性在80.4%~95.8%之间;24号与1b型HCV核苷酸同源性在98.6%以上,而其他基因型病毒核苷酸同源性在90.2%以下;25、27号与3b型HCV核苷酸同源性在92.1%~98.6%之间,而与其他基因型核苷酸同源性均在87.4%以下;26号与3a型HCV核苷酸同源性在94.4%~94.9%之间,而与其他基因型病毒核苷酸同源性在84.6%以下。遗传进化分析显示25、27号病例为3bHCV感染,26号病例为3aHCV感染,24号为1bHCV感染。结论大理地区HIV感染人群中存在HCV基因1和基因3两个基因型,3a、3b和1b3个基因亚型HCV感染。     

基于膜显色结果判读的基因芯片快速检测丙型肝炎基因型方法的研究

目的 研制一种新型基于膜显色的芯片，用于丙型肝炎病毒(HCV)及其基因分型的快速检测。方法 根据HCV 5’端非编码区(5’NCR)设计特异型探针和Bl物，制作DNA芯片。实验组为60份HCV RNA阳性血清，对照组为20份健康人血清。获得目的片段后与芯片杂交，通过尼龙膜上的显色信息判读基因型。同时以测序法进行双盲HCV基因分型对照检测。结果 实验组HCV芯片检测结果均为阳性，对照组均为阴性。实验组基因分型检测结果与测序结果两者符合率为96.7％。结论 用DNA芯片来检测HCV基因分型具有快速，高特异性和高灵敏度的特性，可以应用于HCV及其基因分型临床检测。     

慢性丙型肝炎患者病毒基因分型与血清HCV RNA水平的关系探讨

目的研究HCV基因型的分布,以探讨不同基因型感染者血清HCV RNA载量的差异。方法采用PCR法检测218例慢性丙型肝炎患者血清HCV RNA;采用ELISA法检测抗-HCV抗体;使用全自动生化分析仪测定丙氨酸氨基转移酶;采用化学发光免疫分析法测定血清肝纤维化指标;采用基因芯片法进行HCV基因分型。结果在218例HCV RNA阳性血清中共检出9种基因型,分别是lb、2a、3a、3b、6型单基因型共208例和lb+2a、lb+3b、lb+6型、2a+3a共10例四种混合基因型,其中以lb型168例(77.1%)、2a型19例(8.7%)为主;在208例HCV单基因型感染患者中发现不同基因型感染者血清HCV RNA载量无统计学差异(F=0.932,P>0.05);在168例1b基因型和40例非lb基因型感染者,性别差异无统计学意义(x2=0.857,P>0.05),两型感染者之间肝纤维化指标差别比较也无统计学意义。结论我国HCV基因型以lb型为主,基因型与HCV RNA载量及ALT水平之间无相关性。