基质金属蛋白酶1/组织金属蛋白酶抑制因子1在常染色体显性遗传性多囊肾组织中的表达

目的:探讨基质金属蛋白酶1(MMP1)/组织金属蛋白酶抑制因子(TIMP1)在正常肾脏、常染色体显性遗传性多囊肾病(ADPKD)肾脏以及肾移植平均(2.5±1.2)年后切除的ADPKD肾组织中的表达差异.方法:用基因表达谱芯片筛选正常肾脏、ADPKD肾脏及肾脏移植后ADPKD肾脏的差异表达基因;以RT-PCR法验证其中差异表达的MMP1/TIMP1.结果:基因芯片筛选发现在正常肾组织与ADPKD肾组织中存在463条差异表达基因,肾移植后ADPKD肾组织对比ADPKD肾组织存在130条差异表达基因.筛选结果表明ADPKD以及肾移植后ADPKD肾脏MMP1/TIMP1表达较正常肾组织明显上调(P＜0.05),而前两者间无显著差异.RT-PCR法证实MMP1/TIMP1在ADPKD肾脏以及肾移植后ADPKD肾组织中的表达均明显上调,明显高于正常肾脏组织(P＜0.05),而前两者间无显著差异.结论:ADPKD的病理改变可能与MMPs/TIMPs基因表达失衡有关,MMPs抑制剂可能会对其有一定的治疗作用.     

基因芯片技术筛选血管瘤发生相关基因

目的:利用基因芯片技术寻找血管瘤与正常组织之间差异表达的基因,初步探索血管瘤的发生机制。方法:将14112条cDNA用点样仪点在特制玻片上制备成表达谱芯片,将来自同一患儿的血管瘤组织和正常组织的mRNA分别逆转录为cDNA,标记Cy3和Cy5两种荧光,制备成cDNA探针,与表达谱芯片杂交,通过计算机扫描、数据处理筛选出差异表达的基因。结果:血管瘤组织与正常组织共有249个差异表达基因,其中下调基因122个,上调基因127个。上调基因主要与细胞增生、血管形成、免疫细胞的黏附、细胞周期相关蛋白等有关;下调基因主要与细胞凋亡、肿瘤抑制等有关。结论:细胞增生相关基因的上调与凋亡相关基因的下调,导致细胞增生与凋亡失调,可能是引起血管瘤发病的原因。     

胃癌淋巴结转移相关基因差异表达分析

[目的]探讨胃癌淋巴结转移过程中相关基因群的表达和功能。[方法]从6例胃癌患者分别抽取胃癌和淋巴结转移组织的总RNA,采用逆转录的方法,制成cDNA链,并以两种荧光Cy5和Cy3标记后做探针,与含有14784条人类14KcDNA基因表达谱芯片进行杂交。以Agilent荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,进行计算机处理和分析,筛选出胃癌淋巴结转移组织中差异表达的基因,并用RT—PCR实验对部分差异表达基因进行验证。[结果]在14784条基因中,胃癌原发灶与淋巴结转移组织间存在差异表达的基因共80条,其中59条基因表达显著上调,21条基因表达显著下调。经RT-PCR验证,差异表达趋势与基因芯片技术检测的结果一致。[结论]胃癌组织和淋巴结转移组织之间存在多个差异表达的基因,胃癌淋巴结转移的发生与发展是多种相关基因表达失常所致。     

利用基因芯片技术研究人胰腺癌相关基因

目的:观察人胰腺癌基因表达谱的变化,研究胰腺癌发生、发展过程中的相关基因,并探讨基因表达谱芯片技术在筛查肿瘤相关基因中的应用价值.方法:应用含有4 096条人类全长基因的cDNA表达谱芯片,对9例临床切除的胰头导管腺癌标本组织抽提及纯化的mRNA进行芯片杂交,并对基因表达谱进行分析研究.结果:按差异显著阳性标准,从4 096个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因184条,其中87条表达上调,97条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期、信号转导、细胞外基质、细胞骨架和运动蛋白、转录因子、DNA损伤修复基因、凋亡相关蛋白以及核糖体蛋白等相关编码基因.其中有11条为尚未在GenBank登录的人类新基因.结论:运用cDNA表达谱芯片分析基因表达谱,能够快速筛查出新的肿瘤相关基因,并高效率地对基因功能进行研究.     

60Co-γ照射后早期小鼠肝组织基因表达谱

目的:以基因芯片技术研究辐射后小鼠肝脏的基因表达谱,从分子水平探讨辐射引起小鼠肝脏损伤的机制.方法:采用小鼠基因表达谱芯片(4096个基因)对60Co-γ照射后48 h小鼠肝组织基因表达谱进行研究.RT-PCR验证基因芯片结果.结果:与正常小鼠相比,辐射后小鼠肝组织有124条基因差异表达,78条下调,46条上调.其中57条基因的功能已知,这些差异表达的基因按功能可分为6类:DNA修复和应激蛋白,细胞骨架,离子通道和转运蛋白,信号转导,免疫蛋白,代谢调控,其中下调基因主要为细胞骨架基因,而上调基因主要为细胞周期调控蛋白和转录因子.RT-PCR结果表明,Hspa5、Rasa3、Nqol基因的表达和芯片结果一致.结论:辐射造成的肝损伤具有多靶点、多层次及多通路的特点.     

期刊文摘

肠型胃癌基因表达的cDNA微阵列分析[李新华 ,张万岱 ,王波涛 ,肖　冰 ,张振书 .世界华人消化杂志 ,2 0 0 4 ;12 (1) :16 - 19]　　目的 :研究肠型胃癌发生发展的基因表达变化 .方法 :利用肠型胃癌和相应非癌组织的mRNA通过逆转录方法 ,将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两种cDNA上制成探针 ,然后与表达谱芯片 (含 4 0 96条基因 )进行杂交后扫描 ,通过计算机辅助判别基因的差异表达 .结果 :肠型胃癌和相应非癌组织组织中差异表达的基因有 6 6 6条 ,上调表达 333条 ,下调表达 333条 .参与细胞增生、凋亡、分化和转移调控的多种基因的表达水平…     

肝细胞黏附分子对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响

目的利用Affymetrix基因表达谱芯片探讨肝细胞黏附分子(hepaCAM)对膀胱移行癌细胞基因表达谱的影响及作用的分子机制。方法运用Affymetrix Human plus 2.0全基因组芯片检测膀胱移行癌细胞株EJ细胞腺病毒-绿色荧光蛋白-hepaCAM感染组与腺病毒-绿色荧光蛋白感染组的基因表达谱,用SAM法进行差异基因分析、DAVID软件进行基因本体论分析及wikiPathway分析,并用RT-PCR和Western blot验证芯片结果。结果 hepaCAM能引起EJ细胞系基因表达谱的广泛变化,表达差异超过2倍以上的基因共2469个,其中上调基因1602个、下调基因867个。这些差异表达的基因功能主要涉及细胞周期、细胞增殖调节等方面。用RT-PCR对差异基因DNA修复蛋白,肝脏激酶B1和细胞周期蛋白D1进行验证,结果与基因芯片相符;进一步在3细胞株中用Western blot佐证DNA修复蛋白、肝脏激酶B1变化与芯片结果一致。结论 hepaCAM能够诱导EJ细胞基因表达谱的广泛变化,在基因水平通过多条通路作用于膀胱癌细胞。     

急性胰腺炎不同病理类型基因表达谱差异的研究﹡

目的:联合应用cDNA微阵列和组织微阵列技术并采用计算机辅助处理技术研究正常胰腺组织、MAP、SAP之间基因表达谱,筛选出MAP与正常粘膜以及MAP与SAP之间的差异表达基因。方法:分别抽提正常胰腺组织、MAP和SAP组织的总RNA并纯化mRNA;将各mR-NA逆转录合成以Cy5和Cy3标记的cDNA一链做探针,分别混合后在3张含有4096条双点人类全长基因的芯片上进行杂交。用ScanArray 4000扫描芯片荧光信号图像,用GenePix Pro 3.0软件对扫描图像进行数字化处理和分析。结果3次杂交出现一致性显著异常,表达差异在2倍以上的基因有141条,其中表达上调的74条,表达下调的67条。结论通过基因表达谱差异的比较,提示MAP和SAP在基因水平存在差异,差异2倍以上的141个基因可能与AP的发生和发展以及相关早期炎症的启动和演化有关。     

基因芯片研究糖尿病肾病大鼠肾皮质基因表达

目的：研究正常与糖尿病肾病大鼠肾脏的基因表达谱,大规模分析糖尿病时基因表达水平的变化。方法：（1）实验大鼠分为两组,一组为正常对照组,另一组为糖尿病组;（2）从肾皮质中抽提mRNA,经反转录分别用Cy3,Cy5荧光标记,获得两组动物来源的cDNA探针;（3）cDNA探针与Biodoor基因表达谱芯片杂交,结果由扫描仪扫描并用软件进行分析统计。结果（1）18．4％的基因表达谱发生明显的变化,其中12条基因在糖尿病时表达量明显下降,而323条基因在糖尿 时表达量明显上升;（2）已报道基因占了差异表达基因总数的18．8％左右,大多数已报道基因在糖尿病时的表达模式与其他作者的报道类似。结论：利用基因芯片技术结合实验动物模型能大规模,高通是地研究糖尿病的基因表达谱,初步筛选出选出疾病相关基因,对进一步阐明疾病在基因水平上的发病机制有十分重要的作用。     

应用cDNA芯片技术筛选胰腺癌相关基因

目的应用基因芯片技术筛选胰腺癌相关基因。方法将14 000种人类基因PCR产物用CartesianP ix-sys7500点样仪按微矩阵排列点样于化学涂层的载玻片上,制成基因芯片。按一步法抽提4例胰腺癌和癌旁正常胰腺组织的总RNA,将等量的RNA分别逆转录合成荧光分子掺入的cDNA一链做探针,混合后杂交上述基因芯片。经严格洗片后用ScanArray3000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy5-dCTP和Cy3-dCTP的量,获得的荧光信号图像用计算机分析。结果按差异显著性标准,从14 000条基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表达基因189条,其中已知基因101条,新基因88条。在筛选出的已知基因中,有50条表达上调,51条表达下调,包括原癌及抑癌基因、细胞周期蛋白相关基因、细胞骨架和运动蛋白相关基因、细胞凋亡和应激反应相关基因、DNA合成和修复相关基因、转录因子类基因、细胞受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白相关基因、蛋白翻译和合成相关基因、代谢相关基因等。结论基因芯片技术的肿瘤基因表达谱分析能够高通量筛选胰腺癌相关基因,并高效对基因功能进行研究。胰腺癌基因表达谱的分析有助于认识肿瘤发病机制。     

ZNF262在常染色体显性多囊肾病患者肾组织中的表达及意义

目的:检测锌指蛋白262(ZNF262)在正常肾组织及不同发病阶段多囊肾组织中的表达,并以增殖细胞核抗原(PCNA)为对照,初步探讨ZNF262在常染色体显性多囊肾病(autosomal dominant polycystic kidney disease,ADPKD)中的作用.方法:根据肾小球滤过率(GFR)大小对ADPKD(n=8)进行分期,观察其影像学、常规病理检查结果,采用半定量RTPCR方法检测人正常肾组织(n=8)、早期多囊肾组织(n=4)、晚期多囊肾组织(n=4)中ZNF262和PCNA的表达,并对上述组织中ZNF262和PCNA的表达进行相关性分析.结果:与正常肾组织相比,ZNF262和PCNA在早期、晚期多囊肾组织中的表达均显著增多(P＜0.01),且晚期多囊肾组织表达高于早期多囊肾组织(P＜0.05).ZNF262和PCNA在早期、晚期多囊肾及正常肾组织中的表达存在显著的相关性(r1=0.842 6,r2=0.902 1,r3=0.883 5,均P＜0.05).结论:与正常组织相比,ZNF262不仅在ADPKD高表达,并且随着病程进展表达逐步增高,这与PCNA的表达具有显著的相关性.提示ZNF262可以作为检测ADPKD的指标,并有助于临床进展分期的判别.     

基因表达谱芯片检测肺鳞癌与正常肺组织差异表达的基因

目的：用基因芯片技术探讨肺鳞癌异常基因的表达。方法：提取肺鳞癌组织及正常肺组织的RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与4096点基因芯片杂交,筛选肺鳞癌组织和正常肺组织表达差异的基因。结果：肺鳞癌组织与正常肺组织表达差异基因225条,其中癌组织中上调基因为116条．下调基因109条;差异极显著性基因37条,表达上调24条,下调13条。结论：多基因参与肺鳞癌发病,基因芯片技术是肺癌基因筛选的有效方法。     

基因芯片技术在胰腺癌相关基因研究中的应用

目的　应用基因芯片技术比较胰腺癌组织与正常胰腺组织基因表达谱的差异 ,以寻找新的诊断指标和治疗位点。方法　将 12 80 0 0个人类全长基因的PCR产物点样在特殊处理后的玻片上制备基因芯片。采用逆转录的方法分别将Cy5 dUTP标记胰腺癌组织mRNA、Cy3 dUTP标记正常胰腺组织mRNA以制备探针。将每一标本的混合探针与芯片杂交 ,用ScanArray 30 0 0荧光扫描仪扫描荧光信号。应用ImaGene3.0软件分析、计算每点的Cy5和Cy3信号值。以Cy5 /Cy3比值的自然对数绝对值 >0 .6 9为标准 ,筛选差异表达基因。结果　在所检测的 6例胰腺癌标本中 ,共有 5 4个基因有差异表达 ,其中胰腺癌组织中表达上调基因 32个 (包括基因库中已登录基因 2 4个 ) ,表达下调基因 2 2个 (包括基因库中已登录基因 15个 )。结论　基因芯片技术为阐明胰腺癌特异基因表达谱提供了强有力的工具。     

肝细胞生长因子对ADPKD囊肿衬里上皮细胞合成细胞外基质、基质金属蛋白酶及其抑制剂的作用

目的；观察重组人肝细胞生长因子（rhHGF)对常染色体显性遗传性多囊肾病（ADPKD)囊肿衬里上皮细胞合成细胞外项质（ECM），基质金属蛋白酶及其抑制剂的作用。方法：采用放免法测定细胞合成层粘连蛋白（LN）和Ⅲ型前胶原氨基末端肽（PⅢNP），采用ELISA法检测细胞合成Ⅳ型胶原(ColⅣ），采用RT－PCR方法测定细胞表达转化生长因子β1（TGFβ1），基质金属蛋白酶2（MMP－2），金属蛋白酶组织抑制剂1（TIMP－1），金属蛋白酶组织抑制剂2（TIMP－2）mRNA的情况，用蛋白质印迹方法检测细胞上清液中MMP－2蛋白表达，明胶酶谱法检测MMP－2活性。结果：rhHGF及rhHGF 抗TGFβ1抗体组ADPKD囊肿衬里上皮细胞合成LN，ColⅣ显著增多，但两组比较无显著差异。对照组，rhHGF组，rhHGF 抗HGF抗体组及rhHGF 抗TGFβ1抗体组各间合成PⅢNP值均无显著差异。对照组，rhHGF组，rhHGF＋抗HGF抗体组各组比较TGFβ1mRNA表达无显著差异。与对照比较，rhHGF显著上调细胞MMP－2 mRNA和细胞上清液中MMP－2蛋白表达及MMP－2活性，显著下调细胞TIMP－1，TIMP－2 mRNA表达。结论：HGF促进了ADPKD囊肿衬里上皮细胞合成LN和ColⅣ，增加MMP－2表达，抑制TIMP－1，TIMP－2的表达。这些改变可能参与了ADPKD囊肿的发生及发展。     

糖尿病性心肌病大鼠心肌组织中能量代谢相关基因的表达及其意义

目的：比较正常大鼠和糖尿病心肌病大鼠心肌组织中基因表达的差异，探讨糖尿病性心肌病的发病机制。方法：（1）实验大鼠分为两组（正常对照组和糖尿病心肌病组）；（2）从心肌组织中抽提mRNA，经逆转录分别用Cy3,Cy5荧光标记，获得两组动物来源的cDNA探针；（3）cDNA 探针与基因表达谱芯片杂交，结果经扫描后并用软件进行统计分析。结果：能量代谢相关基因表达水平在糖尿病心肌病组明显下调，结论：能量代谢障碍可能在糖尿病性心肌病发病机制中起重要作用。     

PKD2基因在正常人和2型常染色体显性遗传性多囊肾病患者肾组织中的表达

目的 :观察 PK D2基因在正常人和 2型常染色体显性遗传性多囊肾病 (ADPKD)患者肾组织中的不同表达 ,探讨多囊肾病的发病机制。 方法 :抽提正常人肾组织细胞总 RNA ,通过 RT- PCR法获得 PK D 2基因第 12～ 13外显子 c DNA片段 ,以此为探针 ,用地高辛标记 ,对正常人和 2型 ADPKD患者肾组织分别进行原位杂交 ,并结合图像分析系统观察 PK D2基因表达情况。 结果 :正常人肾组织中 PK D2基因在 Henle襻的厚升支、远曲小管和皮质集合管有较强的表达 (平均光密度为 1.2 3± 0 .0 4 ) ;而 2型ADPKD患者肾组织中 PKD2基因仅在部分囊壁中有少量表达 (平均光密度为 0 .5 6± 0 .0 3)。 结论 :正常人肾组织中 PK D2基因表达量明显高于 2型 ADPKD患者 ,提示 PK D2基因表达降低在 2型 ADPKD的发生和发展中起着一定的作用     

用cDNA表达阵谱分析原癌基因和抑癌基因在胃癌中的表达

目的：从基因水平了解正常胃和胃癌组织原癌基因和抑癌基因表达的分子机制。方法：从正常胃和胃癌组织中提取、纯化mRNA，逆转录合成cDNA，荧光标记后与H80D型芯片杂交，扫描后筛选出表达差异的原癌和抑癌基因。结果：在195条原癌及抑癌基因中，13条存在表达差异，其中6条(3．1％)表达上调，7条(3．6％)表达下调。结论：应用该方法识别出的原癌和抑癌基因对胃癌的诊断和治疗具有潜在的价值。     

角质细胞生长因子在常染色体显性遗传性多囊肾病囊肿组织中的表达定位

目的：在蛋白水平研究角质细胞生长因子（keratinocyte growth factor,KGF)在常染色体显性遗传性多囊肾病（autosomel dominant polycystic kidney disease,ADPKD)囊肿组织中的表达及定位。方法：分别采用蛋白质印迹及免疫组化方法分析ADPKD患者囊肿组织中KGF的表达和进行细胞定位。结果：与正常肾组织相比，ADPKD患者的囊肿组织KGF含量明显增高，约是前者的4倍，主要在囊肿衬里上皮细胞和残存的正常肾小管上皮细胞中表达.结论：KGF在ADPKD囊肿组织局部的过度表达可能是ADPKD囊肿形成和发展的重要因素之一。