2015-2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化分析

目的了解2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒流行和进化特征、抗原表位和耐药位点突变情况。方法在中国流感监测信息系统下载流感病毒核酸检测阳性率并划分流行高峰,选取2015 — 2019年湖北省39株经实时荧光PCR检测阳性后病毒分离培养的甲型H1N1流感病毒株并测序,另在全球流感共享数据库下载13株湖北省毒株序列,采用生物信息学软件分析其进化簇分布、抗原表位和耐药突变位点,通过三维建模,分析其突变位点结构。结果2015 — 2019年湖北省甲型H1N1流感病毒每年流行高峰持续长达11～14周,流行强度逐年增加,在血凝素（HA）、神经氨酸酶（NA）进化树6B簇内进化出6B.1A到6B.1A7等多个分支,发现12处HA抗原表位突变位点和2处NA基因耐药位点,其中毒力标签D222G和耐药位点I223V三维模拟结构差异明显。结论2015 — 2019年甲型H1N1流感病毒流行强度不断提高,进化出多个分支簇,零星检出毒力标签和耐药突变位点,该分析有助于提高湖北省流感病毒流行病学和基因进化监测水平。     

2015-2017年浙江省衢州市H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子进化特征分析

目的 了解浙江省衢州市2015－2017年H3N2亚型流感病毒血凝素（HA）基因分子进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 选取衢州市2015－2017年分离到的H3N2亚型流感病毒18株,通过RT-PCR扩增病毒HA基因片段并测序,采用生物信息学软件分析其分子进化特征。结果 18株H3N2亚型流感病毒HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.36%~100.00%和96.76%~100.00%,与同年度疫苗株HA基因的核苷酸平均遗传距离分别为0.008 2、0.007 1和0.011 2,氨基酸平均遗传距离分别为0.009 2、0.003 1和0.010 0。分离株的HA基因分支从3C.3a转变为3C.2a支系,其HA氨基酸序列与同年度疫苗株比较,变异位点共涉及HA蛋白的5个抗原表位（A、B、C、D和E区）,2个受体结合位点（T131K、T135N/K）,6个潜在糖基化位点（122NES、126NWT、133NGT、135NSS、144NSS、158NYT）。结论 2015－2017年衢州市H3N2亚型流感病毒可能出现了抗原漂移,当前疫苗株A/HongKong/4801/2014的免疫效果需重新评估。     

2010-2015年湖北省乙型流感病毒流行和进化分析

目的 了解2010-2015年湖北省乙型流感病毒流行分布和基因进化情况。方法 通过测序和全球流感共享数据库（global initiative on sharing all influenza data,GISAID）获得2010-2015年湖北省乙型流感病毒血凝素（hemagglutinin, HA）和神经氨酸酶（neuramidinase, NA）氨基酸序列,分别对其进行系统进化树、氨基酸突变位点和三维建模分析,结合同期病毒分离株流行分布,分析重配株基因进化与病毒流行分布间的关系。结果 2010-2015年湖北省乙型流感病毒存在系内重配和系间重配,首例重配株出现后,该病毒都会形成较大流行。同期病毒在HA四个主要抗原表位上发现的突变位点有:N116K、N129S、A146T、K162R和N197S,在NA上发现了神经氨酸酶活性突变位点D197N,三维建模表明该位点并非直接与底物或抑制物接触。结论 2010-2015年湖北省乙型流感病毒的流行与该病毒的基因进化关系密切,监测该病毒抗原表位突变位点和耐药突变位点有助于深入分析其进化特性。     

2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流感病毒流行特征和进化分析

目的 了解2017-2020年湖北省甲型H3N2亚型流行性感冒(流感)流行分布及基因进化情况.方法 根据湖北省流感病原学监测数据,分析2017-2020年甲型H3N2亚型流感病毒流行分布情况,按年度分布和地域分布的原则选取2017-2020年各市级流感监测网络实验室送检的该亚型流感病毒共38株进行测序,获得病毒HA和N...     

杭州市2013~2014年流感暴发流行期甲型流感病毒H3N2亚型基因特性分析

目的分析杭州2013~2014年冬春季流感暴发期间流行的甲型流感病毒H3N2亚型的分子特性。方法选取H3N2阳性标本提取病毒RNA,PCR扩增全基因组并测序,构建血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)分子进化树,对H3N2亚型的病毒进化进行分析。结果 6个代表株中H3N2未发生片段间的重配。以WHO推荐流感疫苗株A/TEXAS/50/2012为参考,HA1蛋白主要抗原决定区发生N145S氨基酸替换,并有其他多个位点的突变。病毒基质蛋白(M2)的金刚烷胺耐药位点全为S31N,神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生突变。结论 H3N2亚型甲型流感病毒HA1蛋白的氨基酸变异与2013~2014年杭州地区暴发流行有关。另外,病毒已出现对金刚烷胺的耐药突变,而对神经氨酸酶未发生耐药突变。     

32例甲型H3N2流感病毒感染严重急性呼吸道感染病例病毒全基因组分析

目的了解北京地区严重急性呼吸道感染(SARI)病例中甲型流感病毒进化特征。方法选择2014-2016年SARI病例分离A(H3N2)亚型流感病毒毒株32株,提取病毒RNA,使用Ion Torrent PGM二代测序仪进行了病毒全基因组测序。使用Mega、Consurf等软件对毒株各个基因进行了分子进化分析和分子特征分析。结果 18株2014-2015年流行季毒株的血凝素(HA)基因属于3C.3a分支,而14株2015-2016年流行季毒株HA基因属于3C.2a分支。在32株测定株HA基因中共发现7个氨基酸位点变异,其中2个位于抗原决定簇。对神经氨酸酶基因和基质蛋白基因进行分析显示,所有的测定株均对M2离子通道抑制剂药物耐药,而对神经氨酸酶抑制剂药物敏感。结论 2014-2016年SARI病例分离A(H3N2)亚型毒株的基因特征与同时期北京地区流行株基本一致。两个流行季间出现了较为明显的抗原漂移,相对于同流行季疫苗株存在一定程度的变异。     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。     

2007—2017年中国甲型H3N2流感病毒HA基因特征分析

摘要：目的：回顾性分析2007—2017年我国人感染季节性甲型H3N2流感病毒血凝素（hemagglutinin, HA）的分子特征,为我国甲型H3N2流感病毒的防控和疫苗的研发提供科学依据。 方法：从全球共享禽流感数据库（the global initiative on sharing avian influenza data, GISAID）中下载中国2007—2017年人感染季节性甲型流感病毒H3N2亚型毒株HA基因序列,利用MEGA7.0生物学信息软件分析其HA的分子特征。 结果：2007—2017年,中国甲型流感病毒H3N2亚型共1 991例,总体上病毒株数呈逐渐递增趋势。HA序列分析表明,甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性且多种亚型共存,3C.2a.1系的病毒株自2010年起逐年增多,2016年起成为最主要的流行优势株。1系、2系、3A系、3B系、3C.1系、3C.2系、3C.2a系、3C.2a.1系、3C.3系、3C.3a系和3C.3b系的同源性分别为94.0%～100.0%、96.7%～100.0%、94.3%～100.0%、94.9%～100.0%、94.6%～100.0%、95.4%～100.0%、95.1%～100.0%、93.3%～100.0%、97.5%～100.0%、95.3%～100.0%和94.6%～100.0%。HA蛋白关键位点N121K、G/R142K出现变异,268株发生N121K突变且主要来源于2017年的毒株,358株发生G/R142K突变且主要来源于2016年和2017年的毒株。 结论：甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性,多种亚型共存且不同年份间的优势流行株存在差异,这些将有助于疫苗的研发和疾病的防控。     

1999-2008年广东省韶关市H3亚型流行性感冒病毒的变迁

目的通过A型流行性感冒（流感）病毒H3亚型血凝素HA1基因的变异,探讨韶关市1999-2008年H3亚型流感病毒的变迁。方法复苏韶关市疾病预防控制中心保存的历年H3亚型流感毒株,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,使用DNA Start MegAlign等生物软件包对序列进行分析。结果研究测定了4个年份的流感毒株,与代表株A/Panama/2007/1999相比,同源性为91.3%～93.8%,在5个抗原决定簇共14个氨基酸发生变异,RBS上有6个位点发生变异,各毒株均在不同的位点上增加了一个糖基化位点;与代表株A/Fujian/411/2002 比较,同源性为90.2%～97.7%,18个氨基酸变异发生在5个抗原决定簇,10个氨基酸变异发生在RBS,A/SG/199/1999,A/SG/y009/2008分别增加了一个糖基化位点;与代表株A/Wisconsin/67/2005比较,同源性从88.3%～98.4%,共有14个氨基酸变异发生在5个抗原决定簇,RBS上有9个氨基酸发生变异, 各毒株均在不同的位点上增加了一个糖基化位点;本次研究的毒株变异率逐渐下降,变异最活跃的两个氨基酸第158和173位点分别位于B和D抗原决定簇。结论韶关市H3亚型流感病毒在1999-2008年间发生了3次抗原性变异,每一次变异大约间隔3～4年。从2008年的氨基酸变异情况得知,H3亚型流感病毒的抗原性漂移有增强的趋势。     

1990～2004年上海市甲型流感病毒基因特性的研究

目的研究1990～2004年上海市甲型流感病毒流行株血凝素(HA)基因的特性,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系。方法采用鸡胚和MDCK细胞两种方法分离甲型流感病毒。提取病毒RNA进行逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增产物纯化,核苷酸序列测定,并用MegAlign软件进行基因种系发生树分析。结果2000年以来上海市流行的甲3亚型与A/Sydney/5/1997(H3N2),A/Wuhan/359/1995(H3N2)相比,HA1区的核苷酸同源性为95.7%～98.6%和96.8%～98.6%。与90年代流行甲3亚型同源性为88.4%～92.8%,氨基酸的替换发生在抗原决定簇A、B、E、D区和受体结合位点(RBS)的左臂。甲1亚型与A/HongKong/1131/1998(H1N1)、A/Shanghai/7/1999(H1N1)相比,核苷酸同源性为97.8%～99.3%,与90年代流行的甲1亚型同源性为96.8%～97.8%。基因种系发生树表明近几年甲型流感病毒与90年代流行株存在基因特性不同的分支。结论2000年以来上海市H1N1亚型的抗原性未发生明显的变异,H3N2亚型流感病毒的基因发生变异使抗原性发生漂移,是近年引起局部地流感暴发的主要因素。     

甲型H1N1流感死亡病例三株病毒分离株血凝素基因测序分析

目的 对长沙市3株甲型H1N1流感死亡病例病毒分离株HA基因的来源和变异情况进行研究.方法 对长沙市的3例甲型H1N1流感死亡病例的鼻/咽拭子标本进行RT-PCR检测和流感病毒分离,利用WHO推荐的测序引物和CEQTM8000 Genetic Analysis System对3株甲型H1N1流感死亡病例病毒株[A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1 N1),A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)]HA基因进行测序,测序方法为末端标记循环法(Dye Terminator Cycle sequencing),测序结果提交至GenBank,并用ClustalX和Mega4.1软件对测序结果进行氨基酸比对分析和构建进化树.结果 A/湖南开福/SWL4142/2009(H1N1),A/湖南长沙/SWL4346/2009(H1N1)和A/湖南芙蓉/SWL4224/2009(H1N1)3株病毒株HA基因序列分别与甲型H1 N1流感病毒A/NewYork/3502/2009(H1N1),A/Shanghai/71T/2009(H1N1)和A/Chita/01/2009(H1N1)分离株高度同源,同源性为99%,与国内甲型H1N1流感病毒株A/Sichuan/1/2009(H1N1)核苷酸同源性在99.5%以上;进化树分析显示包括3株病毒株在内的甲型H1N1流感病毒与A/Swine/Indiana/P12439/00亲缘关系近,但与人季节性A流感病毒(H1N1)、禽流感亲缘关系较远.与A/Swine/Indiana/P12439/00 HA基因比较发现:3株病毒株HA基因分别有28、30、27个氨基酸发生变异,但3株病毒株在21个重要抗原位点中只有一个R53K氨基酸替换;对全球364条甲型H1N1流感病毒HA基因序列进行多重比对发现有119个非保守氨基酸位点,其中5个位于重要抗原位点.结论 3株病毒株和其他甲型H1N1流感病毒HA基因可能由北美猪流感病毒变异而来;3株病毒株HA基因与国内外甲型H1N1流感病毒高度同源,同全球绝大多数甲型H1N1流感病毒一样处于稳定状态.     

泉州市流感疫情实验室检测及H3N2亚型基因特性分析

目的 了解2009年泉州地区流感流行及病毒株的变异情况,探讨流感病毒基因的变异与流感流行的关系.方法 对泉州市198例流感患者的咽拭子采用MDCK细胞培养进行病毒分离,经血清学试验鉴定分型和实时荧光RT-PCR方法检测病毒核酸.对其中4株毒株提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAstar megalign软件分析基因.结果 198份咽拭子中有98份为H3N2亚型流感病毒核酸阳性,分离到62株H3N2亚型流感病毒,HA1基因经核苷酸序列测定显示,其基因特性更接近于A/Ningbo/333/2008,核苷酸同源性为98.7%,与A/Xiamen/70/2004的同源性为96.8%,由HA1基因核苷酸序列推导的氨基酸系列与疫苗株A/Brisbane/10/2007相比,有7个氨基酸位点发生变异,其中有1个位点位于抗原决定簇A区(144),有2个位点位于抗原决定簇B区(158、189),种系发生树分析也证实HA1基因存在一定差异.结论引起2009年泉州市流感在部分集体单位流行的病毒为H3N2亚型,其基因特性和抗原性与疫苗株相比均发生了一定变异.

Abstract：

Objective To obtain the information of the 2009 influenza outbreak and the variations of influenza virus strains in quanzhou, and explore the relationship between the genetic variation of influenza virus and influenza epidemic. Methods During the influenza outbreak in quanzhou,one hundred and ninetyeight throat swabs specimens from the patients with influenza were collected. Viruses were isolated with MDCK cells and identified with serological test, followed by real-time RT-PCR. RNA of four influenza virus strains were extracted, then HA1 gene was amplified by RT-PCR. The purified PCR products were sequenced. The data were analyzed with the software DNAstar megalign. Results Total 98 pieces of H3N2 subtype influenza virus nucleic acid were detected in 198 throat swabs specimens,among which 62 influenza virus strains were identified as subtype influenza A( H3N2 ). The sequencing results of HA1 gene in these positive strains showed that their genetic characterization were more closed to strains A/Ningbo/333/2008 with a nucleotide homology of 98.7%, which was 96.8% as compared with A/Xiamen/70/2004. The amino acids sequences deduced from the nucleotide sequences in HA1 region of the isolated strain had 7 mutant sites compared with A/Brisbane/10/2007 vaccine strain. One variant amino acids were found located in the antigenic determinant sites A( 144 ), two were in the sites B( 158,189 ). Phylogenetic analysis also confirmed the difference in HAl domain. Conclusion The influenza virus strains causing the flu outbreak among some communities of quanzhou in 2009 are subtype influenza A ( H3N2 ), whose genetic characterization and antigenicity were different from the vaccine strain.     

2013年宜春市甲型H1N1流感病毒分离鉴定及HA基因分子进化分析

目的 对2013年江西省宜春市甲型H1N1流感病毒HA基因序列及其编码的氨基酸序列进行分子进化分析,为防控甲型H1N1流感大流行和常规监测提供科学根据。方法 随机选择11株2013年宜春市疾病预防控制中心流感监测实验室分离到的甲型H1N1流感病毒毒株,提取病毒RNA,One-step RT-PCR扩增HA基因并双向测序。以世界卫生组织疫苗推荐株A/California/07/2009(H1N1)(GenBank:CY121680)和几株国内外近几年分离的流感甲型H1N1毒株的HA基因为参考序列,采用DNAStar 7.0和Mega 5.0软件对HA基因及其编码的氨基酸序列进行比对,绘制分子进化树,进行HA变异分析。结果 2013年宜春市11株所测甲型H1N1流感病毒与疫苗推荐株亲缘性较近,进一步参考几株国内外近几年分离到的流感甲型H1N1毒株,HA没有发生较大变异;其HA基因序列二硫键、糖基化位点未发生变异;尽管有7株毒株同时在抗原决定簇区A区和受体结合位点130环或其附近发生单个位点氨基酸替换变异,但未形成流行病学变异新种。结论 目前的甲型H1N1流感疫苗仍对人群有保护作用,而抗原决定簇和受体结合位点的变异提示仍需要密切关注甲型H1N1流感的再次流行。     

2009年宁波市甲3亚型流感流行特征 与HA1基因特性的分析

目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况。 方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析。 结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异。上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株。 结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大。说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁。