基于网络药理学探究山药治疗阿尔茨海默病的分子机制

目的 基于网络药理学方法探究山药治疗阿尔茨海默病的潜在作用机制.方法 通过TCMSP数据库进行山药潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneCards及OMIM数据库预测筛选与阿尔茨海默病相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配.通过Cytoscape软件进行疾病-药物-成分-靶点可视化网络建立,借助Stri...     

基于网络药理学及分子对接探讨青风藤治疗痛风性关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探讨青风藤治疗痛风性关节炎的作用机制。方法 运用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,获取青风藤的活性成分,并通过SwissTarget Prediction数据库预测其靶点。使用GeneCards、OMIM、DisGenet、TTD数据库获取与痛风性关节炎相关的靶点,通过维恩图找到两者的共同靶点,并将其输入STRING平台和Cytoscape 3.9.1构建蛋白质相互作用（PPI）网络图。利用DAVID数据库对共同靶点进行基因本体（GO）生物学富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。借助AutoDockTools分子对接和可视化处理。结果 获得青风藤6种有效活性成分,药物与疾病靶点交集后获得84个关键靶点,PPI显示核心靶点有前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、过氧化物酶体增殖物激活受体G（PPARG）、转录因子AP-1（JUN）、Toll样受体4（TLR4）、一氧化氮合酶2（NOS2）等。KEGG通路分析,可能涉及了癌症通路、肿瘤坏死因子（TNF）、Th17细胞分化、核因子κB（NF-κB）通路、脂质和动脉粥样硬化通路等。分子对接结果显示,青风藤的主要活性成分青藤碱、β-谷甾醇、拉兹马宁碱、乌心石环氧内脂、千金藤啶碱与关键蛋白PPARG、NOS2、PTGS2、TLR4表现出良好的结合能力。结论 青风藤具有多成分、多靶点特性,通过多途径来缓解炎症反应,对治疗痛风急性关节炎的发作具有潜在的疗效。     

基于网络药理学和分子对接探究柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库和Uniprot数据库筛选柴胡清肝汤的有效活性成分和作用靶点信息,利用GeneCards数据库获取肉芽肿性乳腺炎的相关靶点,并利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-共同靶点关系网络。通过Venny 2.1.0构建韦恩图获取药物和疾病的共同靶点,利用STRING数据库获取核心蛋白的相互作用网络,运用DAVID数据库对关键靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,运用AutoDock及Pymol对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证,分析柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的潜在作用机制。结果 共获得柴胡清肝汤有效活性成分199个,药物-疾病作用靶点23个,其中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素等关键有效活性成分与IL-6、TNF、ALB、IL-1β、CXCL8、STAT3、CCL2、IL-4等靶点相互作用,调控IL-17、Toll样受体、细胞因子受体相互作用、NF-κB、TNF等信号通路,分子对接结果显示筛选的主要活性成分与其对应靶蛋白具有较好的结合活性。结论 柴胡清肝...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨十九畏药对“郁金-丁香”抗肝纤维化作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨郁金-丁香药对抗肝纤维化的作用机制。方法 于2022年1月8日检索中药系统药理学数据平台（TCMSP）获取郁金和丁香的有效活性成分及相关靶点并进行筛选和预测;肝纤维化相关靶点的数据通过NCBI基因数据、OMIM数据库和Genecards数据库获取;运用软件Venny 2.1绘制药物-疾病靶点韦恩图,得到药物抗肝纤维化的作用靶点;运用Cytoscape 3.8.2软件构建药物-活性成分-靶点相互作用网络并分析其拓扑结构;运用String数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络图;利用David和Metascape数据库对关键靶点分别进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;利用PubChem和RCSBPDB数据库对关键成分和靶点进行分子对接。结果 筛选得到郁金-丁香药活性成分44个,对应作用靶点200个,肝纤维化候选靶点3 951个,药物与疾病交集靶点155个。药物-活性成分-靶点网络和PPI网络分析显示槲皮素、山柰酚、柚皮素、β-谷甾醇等是药对治疗肝纤维化的关键成分,蛋白激酶B1(AKT1)、白细胞介素（IL）-6、IL-1...     

基于网络药理学及分子对接探讨柴胡注射液退热的分子机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液（CI）退热作用的潜在机制。方法 使用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库（OMMI）数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果 柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论 CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接预测红花绿绒蒿活性成分抗肝纤维化的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术,研究红花绿绒蒿抗肝纤维化的作用机制。方法 通过TCMSP、SwissTarget和PubChem数据库获取红花绿绒蒿的主要有效成分及作用靶点,从GeneCards和OMIM数据库获取肝纤维化相关疾病靶点,然后利用Venny2.1获取两者交集的共同靶点,将其导入STRING数据库构建共同靶点的蛋白互相作用网络,应用Cytoscape3.6.1软件构建“成分-靶点-疾病”通路网络。最后采用AutoDocktools(v1.5.6)将核心成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 获取117个有效成分的作用靶点与6 423个疾病靶点,两者取交集后共获得251个交集靶点;GO与KEGG富集分析显示红花绿绒蒿有效成分可能参与AGE-RAGE、化学致癌-受体激活、PI3K-AKT等信号通路来逆转肝纤维化;分子对接显示,红花绿绒蒿核心成分与关键靶点SRC、HSP9OAA1、MAPK1和MAPK3具有较好的结合能。结论 红花绿绒蒿可能作用于SRC、HSP9OAA1、MAPK1和MAPK3等关键靶点,通过AGE-RAGE、脂质与动脉粥样硬化、化学致癌-受体激活和PI3K-A...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟的机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟(ICPP)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献研究挖掘知柏地黄丸中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,通过全球蛋白质资源(UniProt)数据库对靶点蛋白进行校正。在GeneCards、在线孟德尔遗传(OMIM)、DisGeNET数据库中获得ICPP的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.9.1软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析获取中药核心成分,利用STRING数据库构建蛋白互作网络并导入Cytoscape 3.9.1软件中筛选出核心靶点。利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;利用AutoDockTools和AutoDock Vina脚本将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到知柏地黄丸复方中活性成分114个,相关靶点233个,ICPP疾病靶点1 628个,交集靶点111个。复方核心成分包括槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、脱...     

基于网络药理学探讨北豆根-白附子配伍治疗非小细胞肺癌的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨北豆根-白附子配伍治疗非小细胞肺癌的作用靶点及机制.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台筛选北豆根及白附子有效成分,运用Swiss Target Prediction平台及Pharmmapper平台获取化合物靶点;运用人类孟德尔遗传综合数据库(online mendelian inher...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨补骨脂二氢黄酮甲醚治疗阿尔茨海默病的分子作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术探讨补骨脂二氢黄酮甲醚治疗阿尔茨海默病(AD)的分子作用机制。方法：通过Swiss Target Prediction数据库、PharmMapper数据库预测补骨脂二氢黄酮甲醚的作用靶点;分别在DisGeNET数据库、GeneCards数据库和Drugbank数据库检索获取AD相关靶点,再利用Venny 2.1.1绘制韦恩图获得两者共同靶点;将获得的两者共有靶点输入STRING数据库,构建共有靶点蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;再将PPI网络导入Cytoscape 3.7.2软件,利用其内置插件CytoHubba获取排序居前10位的关键靶点蛋白;利用R语言Cluster Profiler GO.R插件对关键靶点进行富集分析;使用AutoDock Vina软件将补骨脂二氢黄酮甲醚与核心靶点进行分子对接验证。结果：补骨脂二氢黄酮甲醚干预AD的核心靶点主要有丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)1、MAPK3、原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src和胱天蛋白酶3(CASP3)等,主要涉及对活性氧的应答、肽基-丝氨酸磷酸化、肽基-丝氨酸修饰及细胞对化学应力的应答等生物过...     

基于网络药理学和分子对接探讨甘草治疗异位性皮炎的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨甘草治疗异位性皮炎（AD）的潜在有效成分及作用机制。方法2021年9月至2022年4月利用TCMSID数据库结合文献调研收集甘草的化学成分,根据各成分的靶点选择性、成药性、潜在毒性等性质进行成分过滤;运用SEA、SwissTargetPrediction、PPB2以及TargetNet平台对甘草化学成分进行靶点预测并利用Python代码对预测靶点名称进行标准化和不同网站的靶点结果合并;通过OMIM和GeneCards5.0数据库检索AD的相关靶点;将AD靶点与甘草成分预测靶点取交集后运用Cytoscape 3.9.0软件构建“中药-成分-靶点”网络,并获得甘草成分抗AD的潜在靶点和活性成分;采用DAVID V6.8数据库对甘草成分抗AD的潜在靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,并构建“中药-靶点-通路”网络;利用String数据库和Cytoscape 3.9.0软件构建蛋白相互作用（PPI）网络;通过整合“中药-成分-靶点”网络、“中药-靶点-通路”网络和PPI网络,构建“中药-成分-靶点-通路”网络,并筛...     

花椒治疗抑郁作用机制的网络药理学研究

目的 运用网络药理学预测花椒抗抑郁症有效成分的作用靶点及通路.方法 通过TCMSP数据库结合文献获取花椒有效成分,通过SwissTarget、Targetnet数据库获取花椒的作用靶点.GeneCards、OMIM、TTD数据库获取花椒治疗抑郁症的相关基因.运用STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络.通过Cyto...     

基于网络药理学探讨固肾安胎方治疗先兆性流产的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨固肾安胎方治疗先兆性流产的作用机制.方法:运用TCMSP、SwissTarget等数据库筛选化学成分、获取潜在靶点,构建药材-成分-靶点网络图,并进行信号通路的富集与分析,利用分子对接技术探究潜在靶点与活性成分的相互作用.结果:获得固肾安胎方的核心成分89个和作用靶点34个,涉及Steroi...     

基于网络药理学和分子对接探讨天花粉治疗肺癌的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接的方法探讨天花粉治疗肺癌的作用靶点及机制。方法检索时限为建库至2022年7月。采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)结合PubChem数据库相关文献筛选出天花粉的活性成分, 通过TCMSP、TCMID、SwissTargetPrediction数据库获取活性成分的潜在靶点;检索GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、TTD、DrugBank数据库收集肺癌疾病靶点;利用线上网站Venny 2.1将药物与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;应用String数据库绘制交集靶点的蛋白互作网络;使用Cytoscape 3.8.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络图;运用Metascape数据库对共同靶点进行基因本体(GO)富集化分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析;采用Autodock软件进行分子对接验证。结果天花粉通过筛选得到活性成分28种, 201个作用靶点;检索4大疾病数据库共获取肺癌靶点1 645个;药物与疾病共有37个交集靶点;根据连接度(degree)值大小, 确定雌激素受体1(E...     

基于网络药理学的肉苁蓉苯乙醇苷抗氧化活性分子机制研究

目的 运用网络药理学方法探讨肉苁蓉苯乙醇苷类成分抗氧化的分子作用机制,并采用体外实验对肉苁蓉中主要苯乙醇苷的抗氧化活性及构效关系进行初步研究。方法 通过TCMSP数据库和文献挖掘,获取分布于中国的5种肉苁蓉属植物中的苯乙醇苷类化合物,利用PharmMapper服务器、CoolGeN和GeneCards数据库预测和筛选苯乙醇苷抗氧化作用靶点,采用Cytoscape 3.6.1构建成分-靶点网络。使用String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析,采用Cytoscape 3.6.1构建药材-成分-靶点-通路-疾病网络图。采用DPPH自由基清除法和普鲁士蓝法,测定肉苁蓉苯乙醇苷、苷元和结构类似物的抗氧化能力和总还原能力;采用分子对接评价上述成分与重要靶点的结合能力,为药物的靶点预测和验证提供基础。结果 筛选得到苯乙醇苷类化合物共71个,潜在作用靶点114个,进一步筛选抗氧化相关靶点,发现谷胱甘肽S转移酶P1(glutathione S-transferase P1,GSTP1)、表皮生长因子受体(epidermal growth fac...     

基于网络药理学对夏枯草治疗甲状腺结节的分子机制研究

目的 应用网络药理学的分析方法,预测夏枯草抗甲状腺结节的作用靶点及相关分子作用机制.方法 检索TCMSP数据库,筛选夏枯草有效成分和潜在作用靶点;运用Uniprot蛋白质数据库及Genecard数据库检索甲状腺结节的疾病靶点;采用Cytoscape 3.8.0软件构建活性成分-靶点网络结构图及进行PPI可视化分析,使用...     

基于网络药理学及分子对接探讨“白芍-牡蛎”药对治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接方法,探讨“白芍-牡蛎”药对治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、HERB和BATMAN-TCM数据库筛选并获取白芍、牡蛎的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards数据库收集PCOS疾病靶点,获取“白芍-牡蛎”药对治疗PCOS的预测靶点,建立药物-成分-靶点-疾病网络;通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用Cytoscape软件进行可视化分析;使用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后通过AutoDock软件进行分子对接,并采用PyMol软件进行可视化分析。结果：通过筛选,共得到15个活性成分,排序居前3位的核心成分为山柰酚、β-谷甾醇和(+)儿茶素;筛选得到71个潜在作用靶点,其中包含白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)和蛋白激酶B(Akt)1等11个核心靶点;GO富集分析主要集中于信号转导、膜整体组分和转录因子活性等方面;KEGG分析主要富集在磷脂酰肌醇3激酶-Akt(PI3K-Akt)通路...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制

目的：通过数据挖掘,运用网络药理学方法探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制。方法：利用GeneCards数据库获取炎症相关靶点,运用BATMAN-TCM数据库获取如意金黄散中药物的活性成分及其相对应的靶点;将疾病靶点和药物靶点取交集后,构建药物-成分-靶点调控网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接,验证结果的可靠性。结果：经过筛选共得到217个药物活性成分,159个炎症-如意金黄散交集基因,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 051个GO条目和149条信号通路。如意金黄散可能是通过香芹酮、黄体酮和姜黄酮等多种酮类活性成分参与动脉粥样硬化信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、雌激素信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个途径作用于胰岛素、蛋白激酶B1、白蛋白、丝裂原激活的蛋白激酶1和TNF等多个关键靶点,从而发挥抗炎作用。分子对接结果显示,研究结果具有一定的可靠性。结论：本研究初步揭示了如意金黄散发挥抗炎作用的分子机制,为后...     

基于网络药理学和分子对接探讨西帕依麦孜彼子口服液抗良性前列腺增生的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学和分子对接探讨西帕依麦孜彼子口服液抗良性前列腺增生（BPH）的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）获取西帕依麦孜彼子口服液的活性成分及靶点;通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD和DrugBank数据库获取BPH的靶点;获取药物-疾病交集靶点;构建"药物-成分-靶点"网络;建立蛋白互作网络（PPI）并进行拓扑分析;核心靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;核心成分与靶点进行分子对接验证。结果:西帕依麦孜彼子口服液治疗BPH的活性成分19个,作用靶点162个;排名前4的核心成分为槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、β-胡萝卜素,靶点为RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、转录因子AP-1（JUN）、丝裂原激活的蛋白激酶1（MAPK1）、抑癌剂p53（TP53）;主要涉及PI3K-AKT和MAPK等多条信号通路;核心成分与靶点具有较好的亲和力。结论:西帕依麦孜彼子口服液治疗BPH是通过多成分-多靶点-多通路共同作用实现的,为后续其机制研究提供依据。     

基于网络药理学分析苗药铁筷子抗缺血性脑卒中的分子机制

目的 通过网络药理学初步探究铁筷子治疗缺血性脑卒中的潜在作用机制。方法 通过文献挖掘结合SwissADME获取铁筷子的化学成分,基于Swiss Target Prediction数据库筛选其作用靶点。通过OMIM、GeneCards、TTD和DRUGBANK数据库获取缺血性脑卒中的作用靶点。采用STRING和Metascape数据库对筷子治疗缺血性脑卒中的交集靶点进行GO分析、KEGG通路分析、蛋白相互作用网络构建和模块分析。采用Cytoscape软件可视化处理。结果 铁筷子中筛选出活性成分19个,调节140个靶点,其中治疗缺血性脑卒中的主要成分13个,与缺血性脑卒中疾病交集靶点54个,涉及42条通路(P<0.01),其中神经活性配体-受体相互作用为关键通路;经PPI分析得出NOS3、SRC、PPARG可能是铁筷子治疗缺血性脑卒中的关键靶点;通过铁筷子活性成分-靶点-通路网络模型发现其治疗缺血性脑卒中主要活性成分为山蜡梅碱、反-氧化芳樟醇、9-十六烯酸,这些成分能同时调节7个及7个以上靶点。结论 通过网络药理学的方法,本研究初步揭示了铁筷子治疗缺血性脑卒中的分子机制。     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...