基于网络药理学和分子对接探讨“海藻-昆布”治疗甲状腺结节的作用机制

目的： 运用网络药理学探讨"海藻-昆布"治疗甲状腺结节作用机制。方法： 利用中药系统药理学数据库和分析平台（Traditional Chinese Medicine System Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP）筛选海藻、昆布的活性成分和相关靶点,通过UniProt数据库进行靶点标准化;运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点网络;通过Genecards数据库检索甲状腺结节相关基因;利用String数据库构建蛋白互作网络图;通过R语言和Bioconductor数据库对潜在靶点进行基因本体（Gene Ontology,GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析;最后通过分子对接技术将核心活性成分与核心靶点进行对接。结果： 筛选后得到海藻、昆布共11个活性成分,194个相关靶点,核心靶点有AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等;GO分析得到129个相关过程,KEGG分析得到155条信号通路,分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论： "海藻-昆布"治疗甲状腺结节是多成分、多靶点、多通路相互作用的结果,为"海藻-昆布"的临床应用以及甲状腺相关疾病临床研究提供一定的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接的艾迪注射液治疗肝细胞癌作用机制研究

摘要：目的:探讨艾迪注射液治疗肝细胞癌的潜在活性成分及可能的作用机制。方法:通过检索文献查找药物化学成分,TCMSP、SwissTargetPrediction、STITCH获得药物化学成分靶点,TTD、DrugBank、DisgeNET获得疾病相关靶点,采用UniProt等查询靶点对应的基因,取药物与疾病交集靶点导入STRING中进行蛋白互作分析,运用Cytoscape构建药物-化合物-靶点网络、蛋白互作网络以及药物-化合物-靶点-通路图。采用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。运用AutoDockTools对关键活性成分和其潜在靶点进行分子对接。结果:筛选得到艾迪注射液的活性化合物23个,化合物预测靶点178个,疾病相关靶点184个,化合物和疾病相关共同靶点24个,其中艾迪注射液治疗肝细胞癌的关键活性成分有：芒柄花素、异嗪皮啶、黄芪皂苷Ⅰ、乙酰黄芪皂苷Ⅰ、斑蝥素等;艾迪注射液治疗肝细胞癌的关键靶点有：周期素蛋白依赖性激酶1（CDK1）、基质金属蛋白酶2（MMP-2）、原癌基因丝氨酸蛋白激酶（RAF1）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、激酶插入域受体（KDR）等。富集分析结果最终得到24个富集GO条目和19条KEGG通路信号通路,包括癌症中蛋白多糖、癌症中的microRNA、人类乳头瘤病毒感染、表皮生长因子受体（EGFR）酪氨酸激酶抑制剂的耐药性等信号通路。分子对接结果表明核心化合物与对应靶点均具有较强的结合活性。结论:艾迪注射液治疗肝细胞癌具有多成分、多靶点、多通路的作用机制,为进一步实验研究提供了良好的理论依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学与分子对接技术探讨四氢姜黄素对肝细胞癌作用的分子机制

目的 通过网络药理学靶点预测方法结合分子对接技术,探讨四氢姜黄素抗肝细胞癌(HCC)的作用机制。方法 从多个数据库中获得四氢姜黄素或HCC潜在作用靶点;通过在线富集分析平台Metascape,将核心靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析以及可视化处理,了解四氢姜黄素治疗肝细胞癌可能涉及的生物过程与信号通路;采用SYBYL2.0软件进行半柔性分子对接实验,以验证药物分子与其核心靶点的结合活性。结果 四氢姜黄素与HCC共同靶点77个;核心靶点共16个,包括TP53、EGFR、PIK3CA等;潜在作用靶点KEGG分析的97条通路包括PI3K-AKT信号通路、HIF-1信号通路等。GO富集分析表明,四氢姜黄素参与细胞对化学压力的反应、细胞对氧含量降低的反应等。分子对接结果显示,四氢姜黄素与多个疾病关键靶点具有较高的结合能力,对接评分较高的为四氢姜黄素与PIK3CA靶点蛋白。结论 四氢姜黄素能够通过多靶点、多通路达到治疗肝细胞癌的目的,本研究为进一步研究四氢姜黄素抗肝细胞癌的作用机制提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗骨质疏松的分子机制

目的:探讨熊果酸治疗骨质疏松症(OP)的潜在分子机制.方法:运用中药系统药理学分析平台数据库、PubMed数据库、UniProt数据库筛选单体化合物熊果酸的作用靶点基因,借助GeneCards数据库检索OP相关靶点基因,并运用Venny 2.1在线作图工具获取成分-疾病的共有靶点基因;运用STRING数据库构建成分-疾...     

基于网络药理学和分子对接探讨熊果酸治疗胃癌的分子机制

目的:研究熊果酸治疗胃癌的作用机制。方法:本研究通过TCMSP,SymMap,DrugBank,Uniprot,DisGeNET数据库预测及筛选出熊果酸抗胃癌的潜在靶点。依托STRING数据库构建蛋白互作网络,借助Cytoscape 3.7.1软件绘图。通过生物学信息注释DAVID数据库对靶点进行KEGG及GO的富集分析。使用AutodockVina进行分子对接,预测核心靶点和熊果酸的结合度,利用PyMOL软件绘图。结果:熊果酸治疗胃癌共有48个靶点,核心靶点包括血管内皮生长因子A(VEGFA)、信号转导与转录活化因子3(STAT3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、白介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)等靶点;筛选出与肿瘤相关的前10个通路,主要的信号通路包括:PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、p53信号通路。结论:本研究通过网络药理学的方法,揭示出熊果酸通过抑制肿瘤细胞增殖、诱导细胞凋亡、增强抗血管生成等通路发挥多靶点和多通路的抗胃癌作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...     

基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨八珍汤防治乳腺癌的分子机制。方法 利用数据平台筛选八珍汤活性成分,利用数据库筛选乳腺癌相关靶点。以软件构建“药物-化合物-靶点”网络,并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出八珍汤有效成分2 336个,潜在靶点211个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、柚皮素、山柰酚与关键靶点ATK1、CASP3具有良好亲和力。结论 初步明确八珍汤治疗乳腺癌的作用机制是通过山柰酚、槲皮素、柚皮素等活性成分作用于AKT1、CASP3等关键靶点。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴酚治疗胆管癌的分子机制

目的：基于网络药理学和分子对接筛选厚朴酚作用胆管癌的具体靶点,探讨厚朴酚治疗胆管癌的潜在机制。方法：基于TCMSP、Swiss Target Prediction、STITCH、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出厚朴酚以及胆管癌的靶点基因,通过Venny 2.1.0平台分析得到两者的共同靶点。利用STRING数据库探索厚朴酚以及胆管癌共同靶点之间的相互作用关系,使用CytoScape3.9.1软件筛选Top10-Hub(核心)靶点。通过DAVID数据库对厚朴酚和胆管癌的共同靶点基因进行GO和KEGG富集分析,使用Auto Dock Tools-1.5.6软件进行分子对接验证结果可信性。结果：厚朴酚治疗胆管癌的交集靶点基因47个,核心靶点为AKT1、IL6、CASP3、CCND1、PTGS2、EGFR、ERBB2、MMP9、MMP2和KDR。GO生物过程富集分析中共得到230条结果,主要包括负调控凋亡过程、正向调节细胞增殖和蛋白质自身磷酸化等。KEGG信号通路分析得到120条,主要涉及癌症信号通路、内分泌耐药和膀胱癌等。分子对接结果显示核心靶点与厚朴酚的结合能均<-5...     

基于网络药理学和分子对接探讨冬虫夏草抗肿瘤的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究冬虫夏草抗肿瘤的作用机制。方法 利用TCMSP、CNKI、PubMed、Drugbank、Stitch和Swiss target prediction等平台检索冬虫夏草的化学成分和作用靶点;通过GeneCards、OMIM等数据库筛选肿瘤相关基因,运用Cytoscape 3.7.2构建冬虫夏草活性成分-靶点网络,通过String数据库对关键靶点构建网络互作(PPI)网络,并进行基因本体(GO)基因和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后利用AutoDock Vina软件和Pymol软件对药物有效活性成分和关键靶点进行分子对接验证。结果 共得到冬虫夏草22个化合物,86个抗肿瘤共同靶点,主要包括环加氧酶(PTGS)2、丝裂原活化蛋白激酶3(MAPK3)、过氧化物酶体增生激活受体γ(PPARG)、胱天蛋白酶3(CASP3)、JUN基因等关键靶点。GO分析与KEGG通路结果显示,冬虫夏草抗肿瘤涉及到多种生物学过程以及PPAR、花生四烯代谢、5-羟色胺信号通路等多种信号通路。将关键化合物和靶点进行分子对接,提示冬虫夏草抗肿瘤可能的前5个主要活性成分11,14-二十碳二烯酸、花生四烯酸、黄豆黄素、胆甾醇和豆甾醇与关键靶点PTGS2、PTGS1、PGR、HMGCR和CNR1均能自发结合。结论 初步探讨了冬虫夏草抗肿瘤的主要活性成分、相关靶点及相关通路,发现冬虫夏草可以通过多成分、多靶点、多通路抗肿瘤,为后期实验验证提供了参考依据。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨沙棘治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:揭示沙棘治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制,为进一步探究沙棘治疗AD的药效物质基础提供理论参考。方法:通过TCMSP、Uniprot、GeneCards等数据库筛选沙棘活性成分、靶点及AD相关靶点基因;采用Cytoscope 3.7.1软件构建化合物-靶点-疾病网络图;通过STRING数据库制作靶点相互作用(PPI)网络,筛选度值较高的沙棘治疗AD的潜在靶点与沙棘活性成分进行分子对接;采用Clue GO插件对沙棘治疗AD的潜在靶点进行GO基因本体(GO)分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。取50只小鼠随机分为空白组、模型组[D-半乳糖120 mg/(kg·d)及AlCl₃溶液20 mg/(mL·d)]、阳性药物组[奥拉西坦260 mg/(kg·d)]、沙棘果油提取物组[1.6 g/(kg·d)]、沙棘多酚提取物组[1.6 g/(kg·d)],每组10只。各组小鼠分别灌胃相应药物的同时灌胃造模剂,空白组灌胃等体积蒸馏水,每天1次,连续给药60 d。通过Morris水迷宫实验测定各组小鼠学习记忆能力,采用酶联免疫吸附(ELISA)法检测小鼠海...     

基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接方法探讨络石藤（Chinese Starjasmine Stem）治疗类风湿关节炎（RA）的可能机制。方法 首先利用数据库检索中药“络石藤”的化学成分,并通过TCMSP平台的DL（类药性指数）和OB（药物口服生物利用度）划定范围,从该药物成分中进一步筛选其中的有效活性成分。再通过Genecards、OMIM数据库获取尽可能全面的RA靶点基因,从而确定药物与疾病可能存在的交集靶点,以此构建络石藤中活性成分与类风湿关节炎靶点的关系网络,筛选治疗疾病的核心靶点。最后,对络石藤治疗RA的潜在作用靶点进行富集分析,同时对核心靶点及其结合性良好的活性成分进行分子对接。结果 最终筛选得到络石藤9个活性成分,其中包括木犀草素、植物甾醇、伊博格碱等;涉及67个RA相关靶点,核心靶点包括RB1、MAPK1、AKT1、JUN、IL6、RELA等;分子对接显示络石藤某些活性成分与RA核心靶点具有较好的结合活性。结论 络石藤可以作用于疾病核心靶点,发挥抗炎、调节免疫功能及调控细胞凋亡等作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学和分子对接探究四君子汤治疗淋巴瘤的机制

目的 利用网络药理学及分子对接方法来探究经典方剂四君子汤抗淋巴瘤的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选四君子汤主要活性成分及其靶向基因,然后通过Venn在线平台与从Gene Cards数据库取得的淋巴瘤相关靶点取交集,求得潜在的互作靶点。在用String数据库以及Cytoscape软件筛选完核心靶点后,通过Metascape数据库作GO生物学功能以及KEGG通路分析。最后,利用Pymol和Autodock软件进行分子对接,来验证其可靠性。结果 经筛选,共得到四君子汤抗淋巴瘤的188个潜在作用靶点以及7个核心靶点。GO及KEGG富集分析显示,这些靶点与癌症通路,铂类相关耐药性等有关。分子对接结果表明,四君子汤可能是通过调控AKT1、TP53、MAPK3、STAT3、MAPK1、RELA、TNF靶点来发挥其药理作用。结论 四君子汤具有潜在的淋巴瘤治疗作用,其作用机制包括抗炎,细胞调控,调节抗癌药物的敏感性和耐药性等。     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David...     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学和分子对接探讨蒙药珍宝丸治疗缺血性脑卒中的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨蒙药珍宝丸治疗缺血性脑卒中的作用机制。方法 对珍宝丸中的有效活性成分及其对应靶点进行筛选,并运用DisGeNET、CTD以及GeneCards数据库,对缺血性脑卒中相关靶点进行搜集。将所获得的数据进行VENN分析,获得疾病与成分的交集靶点,然后将交集靶点通过Cytoscape软件进行拓扑分析及蛋白质互作（PPI）网络图绘制。通过DAVID网站对京都基因与基因组百科全书（KEGG）数据库及基因本体（GO）数据库进行基因通路的富集分析。最后通过Auto Dock软件进行分子对接验证。结果 筛选出珍宝丸中活性成分283种,搜集缺血性脑卒中靶点22 029个,相互交集的靶点113个。GO富集分析发现其主要富集在细胞因子活性、细胞对缺氧的反应等方面。KEGG分析发现涉及白细胞介素（IL）-17信号传导途径、脂质和动脉硬化等多条通路。分子对接结果中,能够紧密结合的占比61%,证明珍宝丸成分与缺血性脑卒中疾病关联密切。结论 珍宝丸可能通过参与调控MAPK/PPARG/VEGF/mTOR等信号通路,缓解缺血部位细胞凋亡,调控局部炎症反应,改善氧化应激,最终治疗缺血性脑...     

基于网络药理学和分子对接探讨三七治疗视网膜静脉阻塞的分子机制

目的：探讨三七治疗视网膜静脉阻塞（RVO）的分子作用机制。方法：采用TCMSP数据库及文献补充获得三七的有效成分,并在Swiss Target Prediction收集其作用靶点;使用GeneCards等5个数据库检索RVO疾病靶点,并将三七成分靶点与RVO疾病靶点进行映射;利用STRING、Cytoscape 3.8.2软件构建蛋白-蛋白相互作用网络图,筛选出核心靶基因,对其进行GO和KEGG富集分析。最后,利用Sybyl-x 2.0软件进行分子对接验证。结果：筛选出三七有效成分10种,涉及354种蛋白。RVO的疾病靶点有181个,其中9个是三七治疗RVO的潜在靶点。“药物-活性成分-疾病-靶蛋白”相互作用网络中,核心作用靶点包括VEGFA、EGFR等;通过GO及KEGG富集分析,筛选出参与RVO主要生物学过程28种,相关信号通路18条。三七治疗RVO潜在的分子机制与纤溶等生物学过程密切相关。关键信号通路包括HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等。分子对接结果提示,三七主要活性成分DFV、Panaxydol等与VEGFA、EGFR等关键靶点有着较好的结合活性。结论：三七的多成...