基于网络药理学和分子对接探讨鸡血藤治疗肺癌的分子作用机制

通过网络药理学和分子对接方法探讨鸡血藤治疗非小细胞肺癌的分子机制研究.以中药鸡血藤Spatholobi Caulis为对象,通过在中药药理学系统分析平台(TCMSP)数据库中获得鸡血藤中活性成分和相应潜在的药物靶点,利用GeneCards数据库收集癌症相关基因,借助Cytoscape软件构建鸡血藤活性成分-作用靶点-通...     

基于网络药理学及实验验证探究通关藤治疗卵巢癌的作用机制

通过网络药理学、分子对接技术和体外细胞实验,探究通关藤Marsdenia tenacissima治疗卵巢癌(ovarian cancer, OC)的主要活性成分和潜在作用机制。文献检索获取通关藤中活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库获得药物的潜在靶点;借助Therapeutic Target Database(TTD)、Online Mendelian Inheritance in Man Database(OMIM)、GeneCards、PharmGKB等数据库检索OC相关靶点,并利用韦恩在线分析工具将药物靶点和疾病靶点取交集;运用Cytoscape软件构建“成分-靶点-疾病”网络,依据其节点度值筛选出核心成分;根据筛选出来的药物与疾病交集靶点,利用STRING平台和Cytoscape软件构建交集靶点的蛋白相互作用(PPI)网络,依据节点度值筛选出核心靶点;借助DAVID数据库对潜在治疗靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析;并采用AutoDock等软件对部分活性成分与潜在靶点进行分子对接验证;最后选用SKOV3细胞在体外对通关藤提取物的抗卵巢癌活性进行验证...     

基于网络药理学和体外验证实验探索斑蝥素治疗肝癌的作用机制

目的：利用网络药理学分析斑蝥素抗肝癌的作用机制,并通过分子对接技术和体外实验进行验证。方法：采用TCMSP数据库和Swiss Target Prediction平台预测斑蝥素的潜在靶点集。通过检索GeneCards和TTD数据库获取肝癌的靶点,取肝癌和斑蝥素靶点的交集,构建疾病药物共同靶点网络图,并依据拓扑网络分析得到斑蝥素抗肝癌的核心靶蛋白。通过DAVID数据库对作用靶点进行GO注释和KEGG通路富集分析,利用AutoDock将核心靶点与斑蝥素进行分子对接,并通过Real-time PCR和Western blot实验对相关的核心靶蛋白及通路进行验证。结果：共筛选出31个共同靶点和12个核心靶点。共同靶基因主要参与调控细胞凋亡、增殖等生物学过程,在蛋白质磷酸化和去磷酸化过程中发挥作用,主要涉及PI3K/Akt、MAPK、p53等信号通路。分子对接结果显示斑蝥素和核心靶点具有较稳定的结合活性。细胞实验表明,斑蝥素能够抑制HepG2细胞的增殖,显著提高TP53、PTEN、ABCB1和PTGS2的mRNA表达,降低PI3K/Akt信号通路中PI3K、Akt的蛋白表达。结论：斑蝥素主要通过上...     

基于网络药理学及实验验证探讨灵芝抗胃癌的分子机制

基于网络药理学、分子对接技术及细胞实验预测灵芝抗胃癌的分子机制.利用中药系统药理学分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform,TCMSP)收集灵芝的活性成分和作用靶点.通过GeneCards和...     

基于网络药理学及分子对接方法分析川贝母治疗肺炎的分子机制

目的：运用网络药理学分析方法和分子对接分析方法,分析川贝母治疗肺炎的分子机制,为后续研究提供理论依据。方法：根据已发表的文献和数据库及ADEM参数筛选川贝母的有效成分,在Swiss Target Prediction,Similarity ensemble approach等数据库上查找川贝母所有有效成分的靶点,在DisgeNet、GeneCards等数据库中查找肺炎的治疗靶点,通过韦恩图求靶点的交集即为川贝母治疗肺炎的治疗靶点,通过String数据库构建治疗靶点PPI网络图,运用Cytoscape3.8.0自带应用程序CytoNCA筛选出综合集中性前五的靶点即为川贝母治疗肺炎的核心靶点,在Metascape网站上进行靶点基因GO富集和KEGG通路富集,应用Cytoscape3.8.0构建有效成分和治疗肺炎靶点网络图,应用Discovery studio 2019中的Cdocker对选定有效成分和核心靶点进行分子对接。结果：共筛选出59种有效成分,包括生物碱类物质22种,有机酸类物质20种,核苷类物质8种,其他类物质9种,韦恩图筛选出100个川贝母治疗肺炎的靶点,经过集中性筛选选出川贝...     

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制

基于网络药理学和分子对接探讨血府逐瘀汤治疗心肌梗死的作用机制.通过TCMSP平台获取血府逐瘀汤活性成分及对应靶点,借助GeneCards,DisGeNET,OMIM数据库获取心肌梗死相关靶点,对药物靶点和疾病靶点取交集,获取交集靶点.使用Cytoscape软件,构建“活性成分-靶点”网络图,利用STRING平台绘制PP...     

基于网络药理学和分子对接研究华蟾素治疗胃癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接研究华蟾素治疗胃癌的作用机制。方法 通过药物靶点预测网站获得华蟾素成分靶点,疾病数据库获取胃癌疾病基因,将两者共同靶点进行GO功能富集分析及KEGG通路分析,Cytoscape软件构建蛋白互作(PPI)网络和药物-靶点-疾病相互作用网络。通过Kaplan-Meier分析关键靶点与胃癌预后的相关性,分子对接分析华蟾素成分与关键靶点的结合情况,最后筛选出核心靶点,并通过TCGA、GEO数据库进行单因素、多因素Cox回归分析以验证其与胃癌预后的关系。结果 华蟾素治疗胃癌涉及70个靶点、1 399个生物学过程、75个分子功能、145条信号通路,通过药物-靶点-疾病相互作用网络筛选出关键化合物5个、关键靶点10个,其中与胃癌预后相关的有7个。华蟾素主要成分与胃癌关键靶点间有较好的结合活性,核心靶点为EGFR、MAPK3、ALB,与胃癌预后密切相关。结论 华蟾素治疗胃癌的关键成分为华蟾毒它灵、蟾毒它灵、华蟾酥毒基、蟾蜍色胺C、蟾毒灵,它们可能通过多靶点、多途径来发挥作用。     

基于分子对接和网络药理学研究人参治疗冠心病的作用机制

目的 基于分子对接和网络药理学探讨人参治疗冠心病的作用机制.方法 借助中药系统药理学技术平台(TCMSP),以化合物口服药物生物利用度(oralbioavail-ability,OB)和类药性(drug-likeness,DL)为标准,筛选出人参的化合物以及治疗冠心病的作用靶点.通过String平台构建人参的靶点蛋白相...     

白头翁汤治疗溃疡性结肠炎分子机制的网络药理学分析及初步验证

该文通过网络药理学分析白头翁汤治疗溃疡性结肠炎(UC)的分子机制,并通过动物实验对相关靶点作初步验证。应用Cytoscape软件,通过TCMSP,GeneCards,Uniprot数据库构建"活性成分-靶点-疾病"网络。通过STRING数据库构建蛋白互作网络,推测核心靶点。使用R软件对靶点进行GO,KEGG富集分析。使用Autodock Vina软件对活性成分和核心靶点进行分子对接。用白头翁汤干预葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导UC小鼠,通过HE染色法观察小鼠结肠的病理改变,通过免疫组化分析相关基因的表达情况。结果表明,通过网络药理学从白头翁汤中找到26个有效成分,30个核心靶点。GO富集分析显示,这些基因主要影响核受体的活性、转录因子的活性、类固醇激素受体活性、泛素样蛋白连接酶结合、蛋白质异二聚化活性、转录辅助因子的结合等生物过程。KEGG富集分析显示,P53信号通路、EGFR信号通路、TNF信号通路、PI3K-AKT信号通路和一些癌症相关通路基因富集较多。分子对接显示,与有效成分对接较好的基因有EGFR,PPARG,CASP3,NOS3,caspase-9,CCND1,ADH,IL6,NFKB1。实验验证白头翁汤对小鼠结肠病理有改善作用,EGFR是其作用的靶点之一。该研究证明白头翁汤可通过多靶点、多通路治疗UC,为未来研究提供了理论依据。     

基于网络药理学和实验验证探讨木瓜抗胃衰老的作用机制

目的 网络药理学和分子对接、体外实验验证探究木瓜抗胃衰老的作用机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中药分子机制生物信息学分析工具数据库(BATMAN-TCM)、文献查阅和Swiss ADME平台获取木瓜活性成分及潜在靶点,利用GeneCard数据库收集衰老相关基因,借助String平台构建木瓜抗胃衰老蛋白互作网络(PPI),随后使用DAVID平台完成基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,再通过分子对接验证、细胞实验探究木瓜抗胃衰老的作用机制。结果 网络分析结果表明筛选得到木瓜抗胃衰老主要成分35个,重要靶点63个,其作用机制可能与癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶/蛋白质激酶蛋白B (PI3K/AKT)信号通路等有关;体外实验显示,木瓜提取物明显降低D-半乳糖所致的人胃黏膜上皮细胞(GES-1)活性氧(ROS)、β-半乳糖苷酶水平,增加p-PI3K、p-AKT、磷酸化的糖原合成激酶-3β(p-GSK3β)、β-连环蛋白(β-catenin)表达和减轻G₀/G₁期周期阻滞。结论 表明了木瓜抗胃衰...     

基于网络药理学和实验验证探讨新疆紫草治疗黑色素瘤的分子机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术初步预测新疆紫草治疗黑色素瘤的活性成分、作用靶点及信号通路,通过体外实验验证可能的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库(TCMSP),成分靶点预测数据库(SwissTargetPrediction)以及查阅文献获取新疆紫草药理作用的活性成分及相关靶点;通过GeneCards,在线人...     

基于网络药理学和分子对接探讨逍遥散抗抑郁的作用机制

目的：采用网络药理学和分子对接技术深入研究逍遥散抗抑郁的机制,为临床诊断与治疗提供理论上的依据。方法：首先使用TCMSP检索柴胡、当归、白芍、白术、茯苓、甘草、干姜、薄荷的主要活性成分,并筛选出口服生物利用度≥30%、类药性≥0.18的中药作用靶点,再使用GeneCards、Pharm Gkb、TTD、DrugBank等数据库系统筛选出抑郁症的有关靶点,并获取交集基因,将抑郁症的相关基因与逍遥散的有效活性成分进行交集,最后使用STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape 3.8.0应用软件查找PPI网络系统核心,构建“中药-疾病-靶点”通路,进行基因本体(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后运用Pymol软件对逍遥散的有效活性成分与抑郁症疾病靶点进行分子对接。结果：获得逍遥散有效活性成分161种;逍遥散抗抑郁靶点2588个,其中核心靶点6个;GO生物过程2247条,KEGG通路179条。分子对接结果显示,逍遥散中柚皮素、利可查尔酮、木犀草素、槲皮素均能较好地与抑郁症靶蛋白结合。结论：逍遥散抗抑郁的潜在药理学机制及其活性化合物...     

槲皮素治疗帕金森病机制的网络药理学分析及验证

目的 基于系统药理学方法挖掘槲皮素治疗帕金森病的作用机制并进行动物实验验证。方法首先在中药系统药理学数据库及分析平台、Swiss Target Prediction和Pharm Mapper数据库查询“槲皮素”的作用靶点,在GeneCards、DisGeNET、DrugBank、OMIM和Therapeutic Target Database数据库搜集“帕金森病”的相关靶点,通过InteractiVenn软件获得槲皮素-帕金森病的共同靶点,运用String数据库构建共同靶点的蛋白质-蛋白质相互作用网络,筛选获取槲皮素治疗帕金森病的关键靶点。然后经基因本体、京都基因与基因组百科全书进行功能和通路富集分析,构建“槲皮素-关键靶点-主要通路-帕金森病”的网络图。最后运用DockThor软件将关键靶点与槲皮素进行分子对接,并通过文献对比和动物实验进行验证。结果 共筛选得到242个槲皮素-帕金森病共同靶点,核心靶点有SRC、HSP90AA1、TP53、MAPK1、AKT1等。涉及癌症通路、ErbB信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路、催乳素信号通路、TNF信号...     

基于网络药理学和分子对接技术探析除湿解毒饮治疗银屑病的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术探析除湿解毒饮治疗银屑病的作用靶点、信号通路及分子机制,为后期进一步实验研究提供理论依据。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选出除湿解毒饮中黄芩、苦参等有效成分和靶点基因;利用Genecards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库等检索银屑病的相关基因;运用R软件将药物靶点与银屑病相关基因取交集,利用交集基因在Cytoscape中构建中药复方调控网络;在STRING数据库中在线绘制蛋白质-蛋白质相互作用网络,并用插件CytoNCA查找调控网络核心基因;运用R软件对核心靶点基因进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。使用Vina软件将主要药物活性成分槲皮素、汉黄芩素、贯叶金丝桃素、柚皮素、山柰酚、甘草查尔酮A分别与靶点丝裂原活化蛋白激酶（Mitogen-Activated Protein Kinase,MAPK）3、MAPK8、白细胞介素-8(Chemokine 8,CXCL8)、信号转导因子和转录激活因子3(Signal Transducer and Activator of Transcr...     

基于网络药理学和分子对接法探讨黄芪治疗桥本甲状腺炎的机制

目的 基于网络药理学和分子对接相关技术探讨黄芪治疗桥本甲状腺炎(HT)的作用机制.方法 借助中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)筛选黄芪的成分及作用靶点,使用OMIM和GeneCards数据库筛选HT靶点;采用Cytoscape软件构建化学成分-潜在靶点网络图和蛋白相互作用网络图,进而筛选出关键靶点,借助DAV...     

基于网络药理学和分子对接探讨续断治疗骨质疏松性骨折作用机制

目的：运用网络药理学及分子对接技术探讨续断治疗骨质疏松性骨折（OPF） 的作用机制。方 法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 筛选续断具有高活性的潜在有效成分,通过GeneCards 和OMIM 数据库筛选OPF 的相关靶标,运用Metascape 数据库对OPF 相关靶标进行映射,确定续断对OPF 的 可能靶标。利用Cytoscape 软件搭建续断治疗OPF 的药物-成分-疾病-靶点网络;通过STRING 平台构建蛋白 质互作网络;利用David 数据库提供的续断相关靶标进行基因本体论（GO） 和京都基因和基因组百科全 书（KEGG） 通路富集分析;最后通过分子对接验证核心靶点和续断活性成分的结合能力。结果：续断治疗 OPF 的主要活性成分主要有龙胆碱（Gentisin）、β-谷甾醇（β-sitosterol）、谷甾醇（Sitosterol）、（E,E）-3,5-二 邻咖啡酰奎宁酸（[ E,E）-3,5-Di-O-caffeoylquinic acid]和林生续断苷Ⅲ-qt（SylvestrosideⅢ-qt）等成分,其作用 于半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、β2-肾上腺素受体基因（ADRB2）、Bcl-2 相关X 蛋白（BAX）、B 淋巴 细胞瘤-2 基因（BCL2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶8（CASP8）、雌激素受体2（ESR2）、半胱氨酸天冬氨酸蛋 白酶9（CASP9）、二肽基肽酶-4（DPP4）、糖原合成酶激酶3（GSK3β）、异常凝血酶原（F2） 等靶点。续断 能够通过参与转录调控和细胞凋亡执行阶段的半胱氨酸型内肽酶、G 蛋白偶联胺受体、缩氨酸酶活性等生物过 程,调控癌症通路、弓形体病、卡波西肉瘤相关的疱疹病毒感染、乙型肝炎、大肠癌、小细胞肺癌脂质与动脉 粥样硬化、雌激素信号通路来发挥治疗OPF 的作用。分子对接结果显示,续断的活性成分（E,E） -3,5-二邻 咖啡酰奎宁酸、龙胆碱、威岩仙皂苷A_qt、β-谷甾醇与CASP3、ADRB2、CASP8 有较好的亲和力。结论：续 断可通过直接作用骨代谢相关途径和参与调节上下游多个信号通路对OPF 进行治疗,CASP3 及癌症通路可能 是其治疗OPF 的关键靶点及通路。     

基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫作用机制

目的：基于网络药理学与分子对接探讨风引汤治疗癫痫的潜在作用机制,并通过动物实验验证其预测靶点的可靠性。方法：结合文献,借助TCMSP、CTD 数据库,获取风引汤的活性成分及其相关分子靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD 和OMIM 数据库检索癫痫相关的基因,运用Cytoscape3.7.0 软件构建风引汤治疗癫痫的蛋白相互作用网络和成分-靶点网络,筛选出风引汤治疗癫痫的关键靶点;利用R 软件将关键靶点进行GO 功能和KEGG 通路富集分析;通过分子对接进行半柔性对接反向验证并运用实时荧光定量PCR法对关键靶点进行验证。结果：筛选出风引汤治疗癫痫的活性成分134 个,与癫痫的共有靶点46 个,其中风引汤抗癫痫的关键靶点主要包括半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、转录因子AP-1（JUN）、Myc 原癌基因蛋白（MYC）、前列腺素G/H 合成酶2（PTGS2） 和过氧化氢酶（CAT） 等,涉及信号通路有AGE-RAGE 信号通路、p53 信号通路、神经退行性信号通路等。实时荧光定量PCR 实验证明风引汤能降低癫痫大鼠海马中CASP3、JUN mRNA 表达（P＜0.05）,升高CAT mRNA 表达（P＜0.05）。结论：风引汤治疗癫痫主要作用靶点与CASP3、JUN、CAT 有关,其作用机制可能与AGE-RAGE、p53、神经退行性等信号通路相关。     

基于网络药理学和分子对接探讨左金丸治疗肝癌的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接方法探讨左金丸治疗肝癌的作用机制.方法:从TCMSP和BATMAN-TCM数据库获取左金丸的化合物及其相应靶点,检索GeneCards、OMIM和TTD 3个数据库获得肝癌的相关靶基因,取两者靶基因交集得到左金丸治疗肝癌的预测靶基因;运用Cytoscape 3.7.1软件构建左金丸-化合物-靶点-肝癌和PPI网络图;运用R软件对预测靶基因进行GO和KEGG富集分析;最后运用分子对接技术对关键化合物和靶点进行验证.结果:共获取左金丸35个化合物及173个相应靶点,左金丸与肝癌的共同靶点有103个.PPI结果表明AKT1、MAPK1、TP53、JUN和RELA可能为左金丸治疗肝癌的关键靶点.富集分析示左金丸可能通过乙型肝炎、卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、人巨细胞病毒感染、丙型肝炎、MAPK信号通路、肝癌等信号通路抗肝癌.分子对接结果示槲皮素和黄连素均能与AKT1和MAPK1稳定结合.结论:本研究初步揭示了左金丸通过多成分、多靶点、多通路治疗肝癌的作用机制,为后续左金丸治疗肝癌提供理论参考.     

基于网络药理学和分子对接研究红花治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接的方法研究红花治疗阿尔茨海默病(AD)的作用机制。方法:通过查阅文献和数据库获取红花的有效药物成分,利用数据库预测红花的成分靶点与AD的靶点,并对红花靶标基因进行标准化。运用Cytoscape 3.7.2软件构建“红花-成分-靶点”网络,利用红花的靶标基因与AD的靶标基因的交集基因构建蛋白相互作用(PPI)网络。通过DAVID数据库进行GO分析和KEGG富集分析,最后利用Ledock软件对关键成分与核心靶点进行分子对接。结果:获得21种红花有效成分和391个作用靶点,AD的疾病靶点535个,其中红花与AD的共同作用靶点有94个。共得到535个GO分析,43个KEGG通路,主要涉及阿尔茨海默病信号通路、ErbB信号通路、5-羟色胺能突触、癌症中的蛋白多糖等;分子对接结果显示,核心成分与关键靶点具有良好的结合能力。结论:红花治疗由微循环障碍引起的AD的潜在作用机制,且具有多成分、多靶点、多通路的特点。