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1.
目的:利用网络药理学方法,研究白花蛇舌草-半枝莲药对治疗非小细胞肺癌(NSCLC)的分子机制.方法:检索中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP),筛选并预测白花蛇舌草-半枝莲药对的有效活性成分与作用靶点.检索人类基因数据库(GeneCards)获取与NSCLC相关的基因.结合网络构建与分析等相关方法,筛选白花蛇舌草...  相似文献   

2.
目的:通过网络药理学和分子对接技术研究筋骨痛消丸治疗髌骨软化症(chondromalacia patellae)的作用机制。方法:首先通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)挖掘筋骨痛消丸中各种中药的活性成分并预测其作用靶点,TCMSP数据库中缺失的中药利用文献检索与Swiss Target Prediction数据库获得有效成分及对应靶点。利用Uni Prot数据库,将获得的靶点蛋白的名称标准化。登录Gene Cards、Pharm Gkb等数据库,获取髌骨软化症的疾病靶点。之后将药物靶点和疾病靶点取交集,制作出韦恩图。运用Cytoscape软件,筛选并构建“药物-活性成分-交集靶点-疾病”网络;利用String数据库构建蛋白互作(PPI)网络,并使用R语言对预测靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后通过Autodock软件对药物的主要活性成分和核心作用靶点进行分子对接验证。结果:研究结果显示筛选得到筋骨痛消丸治疗髌骨软化症的活性成分188个及靶点249个,主要活性成分为槲皮素、柚皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇等,PPI网络主要计算出AKT1、CASP8、CASP3...  相似文献   

3.
目的 运用网络药理学方法及分子对接技术探讨敦煌医方大补肾汤治疗糖尿病肾病(DN)的潜在作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、Batman-TCM数据库检索大补肾汤中的活性成分及对应靶点,通过DrugBank、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、GeneCards、PharmGkb和TTD数据库检索DN相关靶点;借助Cytoscape 3.7.2构建“中药-成分-靶点”网络图;运用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;使用DAVID数据库将获取的核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用PyMol和AutoDock软件进行分子对接验证。结果 大补肾汤共筛选出活性成分124个,对应靶点238个;DN相关靶点740个,大补肾汤与DN疾病靶点映射共获取83个交集靶点,拓扑分析得到关键靶点24个。富集分析结果显示,涉及74个生物功能,46个细胞功能,92个分子功能;干预流体剪切应力和动脉粥样硬化、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、脂质和动脉粥样硬化、癌症等...  相似文献   

4.
目的 基于网络药理学和分子对接探究苓桂术甘汤治疗多囊卵巢综合征(polycystic ovary syndrome, PCOS)的作用机制。方法 采用中药系统药理学数据库TCMSP和已发表文献筛选苓桂术甘汤方有效活性成分,通过在线人类孟德尔遗传数据库(GeneMap)、DisGeNET数据库、人类基因数据库(Gencards)以及DrugBank数据库检索PCOS的靶点。利用Venny 2.1.0在线平台获取药物疾病交集靶点。运用Cytoscape 3.9.1软件构建“药物-活性成分-潜在靶点”网络图。通过STRING数据库构建PPI网络图。依托DAVID数据库对药物疾病交集靶点进行KEGG富集分析和GO的生物功能分析。借助Chem 3D、AutoDock Tools、Vina 1.1.2以及Pymol软件对药物关键活性成分和疾病的重要靶点进行分子对接。结果 共筛选出交集靶点348个,核心靶点11个,对应着4种中药的144个有效活性成分。通过GO分析得到1660条生物过程。KEGG富集分析得到187条信号通路。将药物关键活性成分及疾病关键靶点进行分子对接。结论 苓桂术甘汤中的关键成分通...  相似文献   

5.
目的 采用网络药理学方法和分子对接,研究黄连治疗高脂血症的作用机制。方法 借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索黄连主要活性成分,利用SwissTargetPrediction数据库和TargetNet数据库,获取黄连活性成分对应的作用靶点。通过GeneCards、OMIM和Drugbank数据库筛选高脂血症相关靶点。使用Venny2.1汇总化合物靶点和疾病靶点交集基因并绘制韦恩图。运用Cytoscape 3.8.2绘制“黄连-成分-靶点-高脂血症”的网络图。通过STRING构建黄连-高脂血症核心靶点的PPI网络。采用R软件与Bioconductor工具包进行关键靶基因GO与KEGG功能富集分析,通过文献分析黄连治疗高脂血症的作用机制。最终对黄连主要活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 获取黄连14个活性成分,关联138个作用靶点。黄连主要涉及脂质代谢过程的调节等生物过程,通过作用核心靶点AKT1、TNF、EGFR等并通过调节AGE-RAGE信号通路、TNF信号通路、AMPK信号通路、脂肪细胞中脂解的调节等信号通路来发挥降脂作用。分子对接结果证明黄连主要活性成分与核心靶点结合...  相似文献   

6.
【目的】基于“异病同治”的中医经典理论,运用网络药理学及分子对接技术探讨四神煎治疗膝骨关节炎(KOA)和类风湿性关节炎(RA)的关键分子机制。【方法】利用中药成分数据库检索四神煎中黄芪、牛膝、远志、石斛、金银花的化学成分,运用SwissTargetPrediction数据库预测对应靶点,通过Cytoscape软件构建四神煎-有效活性成分-靶点互作网络。在疾病数据库中获取KOA、RA相关疾病靶点,应用R语言软件及STRING平台筛选活性成分与疾病的共同靶点并构建蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络。利用Cytoscape软件构建疾病-方药-成分-靶点互作网络,通过R语言进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。借助AutoDockTools软件进行分子对接构象展示,以评价生物信息分析预测的可靠性。【结果】(1)共筛选出四神煎活性成分67种,得到药物靶点230个;(2)共获得KOA疾病靶点2 110个,RA疾病靶点5 058个,2种疾病与中药化学成分共有潜在作用靶点106个,其中关键靶点为MAPK8、MAPK14、EGFR、CCND1、IL6;(3)GO、K...  相似文献   

7.
目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...  相似文献   

8.
[目的]基于网络药理学和分子对接技术探究补肾健脾方治疗慢性乙型肝炎(chronic hepatitis B,CHB)的作用机制。[方法]借助中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)、UniProt等数据库筛选活性成分及其对应靶点,利用Cytoscape软件构建药物-活性成分-靶点网络图。通过DisGeNET和STRING数据库构建药物-疾病交集靶点的蛋白互作(protein-protein interaction,PPI)网络。采用DAVID数据库进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。对药物核心活性成分和靶点进行分子对接,以验证预测结果。[结果]补肾健脾方包含槲皮素、山奈酚等188个活性成分,以及白细胞介素-6(interleukin-6,IL-6)、血清白蛋白(albumin,ALB)...  相似文献   

9.
目的 采用网络药理学和分子对接的方法探讨解毒通利方治疗肝纤维化(HF)的可能作用机制。方法 借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、本草组鉴(HERB)获得解毒通利方所有有效活性成分,通过TCMSP数据库将这些有效活性成分进行成分靶点预测,并与GeneCards数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、OMIM数据库和DrugBank数据库中HF疾病基因相关靶点使用R语言软件取交集,从而获得解毒通利方治疗HF的靶点;通过STRING绘制交集靶点的蛋白互作(PPI)网络,筛选核心蛋白;利用Cytoscape 3.8.0软件构建“中药—关键化合物—核心靶点”网络;运用R语言软件进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测核心靶点的作用机制。最后,应用分子对接技术,将关键有效活性成分和PPI中核心蛋白进行分子对接。结果 共筛选解毒通利方药物活性化合物172种,作用靶点4 068个,构建PPI网络,运用“CytoNCA”插件筛选出IL6、AKT1、STAT1、RELA、MYC、FOS、STAT3、MAPK1、CCND1等19个核心蛋白...  相似文献   

10.
[目的]基于网络药理学探讨白花蛇舌草-半枝莲药对治疗肝细胞癌的潜在靶点及作用机制。[方法]利用中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)检索白花蛇舌草和半枝莲活性成分,导入Drugbank数据库进行蛋白靶点匹配,使用GeneCards数据库、人类在线孟德尔遗传(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)数据库、治疗目标数据库(Therapeutic Target Database,TTD)、Drugbank、肝细胞癌肿瘤数据库(Oncogenomic Database of Hepatocellular Carcinoma,OncoDB.HCC)和Liverome数据库等获取肝细胞癌相关靶点,运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络,并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后利用R语言及Cluego对预测得到的核心靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析。[结果]白花蛇舌草-半枝莲药治疗肝细胞癌的潜在靶点 89个,通过网络拓扑分析筛选得到6个核心靶点、5种关键成分。GO功能富集分析显示,白花蛇舌草-半枝莲药对主要参与细胞增殖、细胞凋亡、炎症反应和血管生成等生物学途径。KEGG通路富集分析显示,p53抑癌基因通路、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(phosphatidylinositol-3-kinase/protein kinase B,PI3K-Akt)通路、缺氧诱导因子-1(hypoxia inducible factor-1,HIF-1)通路、核因子-κB(nuclear factor-κB,NF-κB)通路、血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)通路等是其关键信号通路。[结论]白花蛇舌草-半枝莲药对中有效成分主要是槲皮素、木犀草素、β-谷甾醇等,通过调节p53、PI3K-Akt、HIF-1、NF-κB和VEGF等信号通路抑制肝癌细胞增殖,并促进细胞凋亡,减少炎症反应,抑制血管生成,从而实现对肝细胞癌的治疗作用。  相似文献   

11.
目的应用网络药理学研究方法挖掘白花蛇舌草-半枝莲抗肿瘤的物质基础及其作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库检索白花蛇舌草、半枝莲两味中药的主要活性成分,并进行靶点预测。通过TTD、Drug Bank和Gene Cards数据库对其作用靶点进行筛选得到与肿瘤相关的作用靶点。应用STRING平台构建蛋白-蛋白(PPI)互作网络模型,并使用Cytoscape软件对该网络进行拓扑学分析得到核心靶点。通过Metascape软件并对核心靶点进行GO-BP生物功能富集分析以及KEGG通路分析。结果经数据库分析白花蛇舌草中含有活性化合物7个、作用靶点282个;半枝莲中含有活性化合物29个、作用靶点428个,两味药中与肿瘤相关的作用靶点421个。GO-BP生物功能富集以及KEGG通路分析发现,两味中药主要通过激酶活性的调控、跨膜受体蛋白酪氨酸激酶信号通路、肽基丝氨酸磷酸化、细胞对氮化合物、有机环状化合物以及无机物的反应、阳离子稳态、磷脂酰肌醇介导的信号传导等生物学过程发挥其抗肿瘤作用,涉及到的肿瘤有前列腺癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、膀胱癌、胶质瘤、慢性粒细胞白血病、小细胞肺癌、黑色素瘤、子宫内膜癌、急性粒细胞白血病、肾细胞癌、大肠癌和甲状腺癌等。结论该研究从多角度探讨了白花蛇舌草—半枝莲两味中药抗肿瘤的物质基础及其作用机制,为其临床和基础研究提供新的科学依据。  相似文献   

12.
目的 运用网络药理学方法探索苦参治疗房颤的作用靶点与通路及相关分子机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索苦参的主要化学成分及作用靶点,根据ADME筛选中药活性组分和作用靶点基因,在Genecards和OMIM数据库中检索房颤(Atrial fibrillation)相关作用靶点基因,对二者进行比较分析,取重复值,得到苦参治疗房颤相关作用靶点;利用String平台进行蛋白质相互作用分析,构建PPI网络并挖掘网络中潜在的蛋白质功能模块。使用Bioconductor生物信息软件包进行GO功能富集和KEGG通路分析。采用Cytoscape 3.7.2软件构建成分-疾病靶点-通路网络。以苦参活性成分及钠通道阻滞剂雷诺嗪为配体,通过CB-Dock网站分别与SCN5A进行分子对接。结果 苦参治疗房颤的主要靶点有IL-6、AKT1、VEGFA、CASP3、JUN、MAPK1、PTGS2、MMP9、IL-1β、SCN5A,苦参治疗房颤的生物学通路主要为AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等。分子对接提示苦参活性成分芸豆球蛋白、大豆抗毒素、木犀草素与SCN...  相似文献   

13.
目的 利用网络药理学和分子对接技术阐明金丹健肝胶囊治疗肝纤维化可能的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(http://tcmspw.com/tcmsp.php)和HERB数据库(http://herb.ac.cn)检索金丹健肝胶囊活性成分和靶点,通过DisGeNET、药物靶点数据库(Therapeutic Target Database, TTD)筛选肝纤维化疾病靶点;将金丹健肝胶囊活性成分的药物靶点与疾病靶点匹配,所得共同靶点导入STRING数据库平台构建蛋白质相互作用(protein protein interaction, PPI)网络;利用Cytoscape3.9.1软件CytoNCA工具进行拓扑分析,筛选关键靶点;应用Cytoscape3.9.1软件构建“中药-关键活性成分-关键靶点”网络图;通过DAVID平台(https://david.ncifcrf.gov)对关键靶点进行KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析;采用LeDock软件对活性成分与靶点进行分子对接验证。结果 筛选获得金丹健肝胶囊180个...  相似文献   

14.
目的 基于网络药理学和分子对接探讨“寒凉”中药黄连、黄芩、黄柏(三黄)治疗痴呆的作用机制。方法 通过数据挖掘《宣明论方》,筛选出符合“寒凉”属性并且是治疗“痴呆症”的常见中药黄芩、黄连、黄柏。通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)数据库检索“三黄”的有效成分和作用靶点,在GeneCards、DrugBank等数据库检索痴呆症(dementia)靶点。利用Cytoscape3.7.2构建“药物-成分-靶点”网络,用VENNY2.1获得“三黄”和痴呆症的交集靶点后,构建蛋白质互作网络(protein-protein interaction networks, PPI),利用Metascape库对核心靶点进行GO、KEGG富集分析,并构建“三黄”药物-成分-靶点-通路-疾病网络,最后利用分子对接,以反向验证“三黄”活性成分与核心靶点之间的关系。结果 筛选出“三黄”治疗痴呆症的重要活性成分有槲皮素、β-谷甾醇、小檗碱、黄连...  相似文献   

15.
目的 基于网络药理学及分子对接技术探索羌活治疗心律失常的作用机制。方法 采用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)筛选羌活的有效成分及作用靶点;借助Genecards、OMIM数据获得心律失常疾病相关基因;应用STRING平台构建共同靶点蛋白互作网络(PPI);采用cytoscape 3.6.1软件构建药物-成分-靶点互作用网络,同时进行网络分析筛选分子对接的候选成分和靶点;通过cytoscape插件ClueGo对共同靶点进行GO(生物过程)富集分析,并应用R语言进行KEGG(京都基因与基因组百科全书)通路分析。最后,通过Autodock软件进行分子对接。结果 从TCMSP中获取羌活有效成分10种,有效靶点138个,从Genecards、OMIM数据库种获取心律失常相关基因2048个,构建共同靶点的PPI网络以及“药物-成分-靶点”网络,获得羌活治疗心律失常的关键潜在靶点26个,包含CASP、PTGS2、JUN等。这些靶点主要涉及循环系统中的血管过程、神经元死亡的正调控、磷脂C活性的正调控等生物学过程;通路富集显示,这些靶点与心律失常和其他多种疾病(如乙型肝炎、1型人体免疫缺陷病毒...  相似文献   

16.
目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨防风通圣丸治疗荨麻疹的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索防风通圣丸中各味中药的化学成分和潜在作用靶点,借助GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库检索荨麻疹的相关靶点;通过UniProt数据库将靶点进行基因转换,将药物与疾病交集靶点导入Cytoscape和STRING数据库,分别构建“药物-成分-靶点-疾病”和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;然后利用DAVID数据库对其核心靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;最后利用Autodock软件进行分子对接。结果 筛选出防风通圣丸主要活性成分为槲皮素、山奈酚、木犀草素、β-谷甾醇、汉黄芩素、刺槐素,排名前六的蛋白为白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子-A(VEGFA)、半胱天冬氨酸蛋白酶3(CASP3)、表皮生长因子受体(EGFR)、细胞周期蛋白D1(CCND1)、受体酪氨酸激酶erbB-2(ERBB2);GO富集分析共得到63个条目,KEGG通路81条,主要涉及炎症反应调节、免疫调节、激素水平等方面...  相似文献   

17.
目的:通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌(CRC)的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传(OMIM)、药物遗传学和药物基因组学知识库(PharmGKB)等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作(PPI)网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果:筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...  相似文献   

18.
目的 通过网络药理学及分子对接、分子动力学探讨秦艽-桑枝治疗类风湿关节炎(RA)的活性成分、作用靶点及作用机制.方法 通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索秦艽、桑枝的成分及作用靶点基因;将药对的作用靶点与GeneCards数据库检索所得的疾病靶基因取交集;根据交集结果进行GO功能富集和KEGG通路分析;通过Cy...  相似文献   

19.
目的利用网络药理学结合分子对接技术探讨昆明山海棠引起不良反应的毒性机制。方法系统检索昆明山海棠文献,全面筛选其活性成分并汇总相关不良反应,通过中药系统药理学数据库与分析平台、Swiss数据库以及STITCH数据库预测昆明山海棠活性成分-作用靶点,利用美国比较毒理基因组学数据库建立不良反应-作用靶点。合并获得交集基因,将相关毒性潜在靶点导入STRING数据库获取蛋白相互作用,利用DAVID平台进行GO生物功能过程和KEGG代谢通路富集分析。利用Systems Dock平台将昆明山海棠的特征性成分与关键毒性靶点进行分子对接。结果筛选得到21个昆明山海棠的生物活性成分,通过构建毒性蛋白相互作用关系(PPI)网络获取相关毒性靶点47个。对毒性靶点PPI网络的富集分析结果显示,昆明山海棠的毒性靶点可能与p53信号通路、PI3K-Akt信号通路等密切相关。分子对接研究证实昆明山海棠中大多数活性成分与毒性靶点有着较好的结合活性。结论初步验证了昆明山海棠引起不良反应的毒性机制,为进一步开展毒性中药致不良反应的作用机制研究提供了新思路和新方法。  相似文献   

20.
目的:对二仙汤治疗卵巢早衰(premature ovarian failure,POF)作用机制进行探讨。方法:基于网络药理学和分子对接的方法,通过检索TCMSP数据库获取二仙汤中各药物的活性成分;通过Gene Cards、OMIM、Pharm Gkb和Drugbank数据库收集卵巢早衰疾病靶点,将活性成分与疾病基因靶点取交集,得到二仙汤治疗卵巢早衰的预测靶点。采用Cytoscape 3.8.0构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;通过STRING数据库和Cytoscape构建蛋白互作网络(PPI)及精简核心网络;运用R Studio软件对二仙汤治疗POF进行GO富集和KEGG通路富集分析。采用分子对接技术对“药物-成分-靶点-疾病”网络结果进行验证。结果:筛选出68个主要活性成分,涉及182个基因靶点,其中主要活性成分包括槲皮素(Quercetin)、木犀草素(Luteolin)、山柰酚(Kaempferol)等;核心靶点基因包括RB1、TP53、FOS、CDKN1A、ESR1、AKT1、MAPK1、TNF等;富集到GO生物过程(biological process,BP)2545条、...  相似文献   

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