基于高通量测序数据分析食管鳞状细胞癌circRNA的研究

目的基于高通量测序数据分析食管鳞状细胞癌(ESCC)特异性差异表达的circRNA。方法选取空军军医大学唐都医院2018年3月至2019年3月病理确诊为ESCC的6例患者为研究对象, 其中3例为Ⅰ期ESCC, 3例为Ⅲ期ESCC。采用高通量测序技术对患者的癌组织和癌旁组织的circRNA表达情况进行差异性分析, 对差异表达的基因进行GO富集分析、KEGG富集分析和维恩分析, 利用Cytoscape软件构建circRNA-miRNA-mRNA网络。对癌组织中差异表达最显著的基因进行细胞学和组织学验证, 并分析circRNA与患者临床病理特征的关系。结果在3例Ⅰ期ESCC患者的癌旁组织和癌组织中筛选出553个差异表达的circRNA, 其中在癌组织中上调的有413个, 下调的有140个;在3例Ⅲ期ESCC患者的癌旁组织和癌组织中筛选出425个差异表达的circRNA, 其中在癌组织中上调的有276个, 下调的有149个。GO富集分析显示, Ⅰ期ESCC患者差异表达circRNA的宿主基因主要富集在有丝分裂G2/M转变等细胞周期相关的生物学过程, Ⅲ期ESCC患者差异表达circRNA的宿主...     

基于circRNA芯片数据的肺癌生物信息学分析

目的：环状RNA（circRNA）在肿瘤的发展过程中起着重要作用，但具体作用机制并不明确。本文旨在寻找肺癌与癌旁正常组织的差异表达circRNA并预测与其结合的MicroRNA（miRNA）的靶基因。方法：从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）下载circRNA表达谱数据，芯片GSE101684与GSE112214共包含7例肺癌患者样本与７例肺癌患者癌旁正常样本。首先，利用R软件筛选出样本中差异表达的circRNA；接着，在癌症特异性数据库（Cancer-Specific circRNADatabase，CSCD）中找到与差异表达显著的circRNA结合的miRNA；然后，利用Perl编程预测miRNA的靶基因；最后，利用生物学信息手段对靶基因进行基因本体论（Gene Ontology，GO）生物学功能富集分析与京都基因与基因组大百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）信号通路富集分析。结果：共筛选出350个差异表达的circRNA，上调的circRNA有169个，下调的circRNA有181个，其中hsa_circ_0039908上调最明显。与hsa_circ_0039908结合的miRNA共有35个，对这些miRNA进行靶基因预测。GO富集分析结果显示与hsa＿circ＿0039908结合的miRNA靶基因主要参与肌肉组织发育、对类固醇激素的反应与细胞酰胺代谢过程的负调控等生物学过程。KEGG富集分析结果显示与hsa_circ_0039908结合的miRNA靶基因主要富集的信号通路有调节干细胞多能性的信号通路、FoxO信号通路与AMPK信号通路等。结论：hsa_circ_0039908在肺癌组织中显著上调，可能通过与其结合的miRNA间接调控靶基因SOCS7、BTG2与RLF等在肺癌中的作用。     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的：对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA（lncRNA）表达谱进行分析，并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法：采用基因芯片技术，对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lncRNA进行筛选，通过lncRNA-mRNA共表达网络对靶基因进行预测，利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析，明确lncRNA的功能。结果：癌组织和癌旁组织之间差异表达的lncRNA共318个，与癌旁组织比较，癌组织中193个lncRNA表达上调，125个lncRNA表达下调（P < 0.01）。富集分析表明共有5个GO类别，其中细胞成分有3个，生物过程有1个，分子功能有1个，均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论：新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lncRNA的表达水平与癌旁组织有明显差异，差异表达的lncRNA可能参与食管癌的复杂调控网络，并与肿瘤发生和发展有一定的关系。     

宫颈癌组织中环状RNA差异表达谱分析及临床意义

目的:分析环状RNA（circRNA）在宫颈癌组织及癌旁正常组织中的差异表达谱,探讨circRNA与宫颈癌发病机制及预后的关系。方法:收集我院2014年7-10月确诊为宫颈癌并行手术治疗的10例患者的癌组织及对应癌旁正常组织,采用基因芯片技术筛选两组样本间差异表达circRNA,随机选择差异表达circRNAs行实时荧光定量PCR检测（RT-qPCR）验证测序结果,选择RT-qPCR验证结果中表达差异最大的circRNA,结合癌症基因组图谱（TCGA）数据库分析其相对表达量与宫颈癌患者术后生存时间的关系,通过生物信息学方法分析差异表达circRNA宿主基因的生物学功能及信号通路。结果:宫颈癌组织及配对癌旁正常组织中发现DE circRNA有25 749个（差异倍数≥2,P＜0.05）,其中表达上调的有12 806个,表达下调有12 943个;选取14个显著差异表达的circRNA（差异倍数≥3,P＜0.05）,RT-qPCR验证显示78.6%（11/14）与芯片结果一致;RT-qPCR验证结果显示hsa_circ_0008517在宫颈癌组织中显著低表达,且hsa_circ_0008517低表达组的中位生存时间低于高表达组,差异有统计学意义(P＜0.05);GO富集分析显示异常表达circRNA参与细胞增殖、分化、信号转导等多种生物学过程和信号通路。结论:circRNA在宫颈癌组织中差异表达,与宫颈癌患者的预后密切相关,为宫颈癌的临床诊疗及评估预后提供新方向。     

长链非编码RNA在喉乳头状瘤中的表达及功能分析

目的:分析喉乳头状瘤（laryngeal papilloma,LP）中长链非编码 RNA(long chain non-coding RNA,lncRNA)的差异表达谱并预测其靶基因,为喉乳头状瘤的治疗及预防提供新的思路及靶点。方法:用RNA-seq技术对喉乳头状瘤组织及瘤旁组织测序,以差异倍数（FC）作为标准筛选差异表达lncRNAs,分析并提取10 kb范围内lncRNA顺式调控靶标基因,并进入基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析其生物学功能及参与信号通路等。结果:共筛选出227个差异表达基因(Log2FC≥2或≤0.5,P<0.05),其中高表达的上调基因76个(33%)、下调基因151个(67%)。满足位置要求和共表达关系的lncRNA顺式调控靶标基因共有44个,并进入GO和KEGG通路富集分析结果显示,差异表达基因GO BP显著富集在信号传导,KEGG通路显著富集在MAPK信号通路及PI3K-Akt信号通路。结论:lncRNA差异表达及其靶基因以及相关信号通路可能与喉乳头状瘤复发及其癌变密切相关。     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对靶基因进行预测,利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析,明确lnc RNA的功能。结果:癌组织和癌旁组织之间差异表达的lnc RNA共318个,与癌旁组织比较,癌组织中193个lnc RNA表达上调,125个lnc RNA表达下调(P<0.01)。富集分析表明共有5个GO类别,其中细胞成分有3个,生物过程有1个,分子功能有1个,均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论:新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lnc RNA的表达水平与癌旁组织有明显差异,差异表达的lnc RNA可能参与食管癌的复杂调控网络,并与肿瘤发生和发展有一定的关系。     

LncRNA-UCA1与淮安食管癌发病风险的初步研究

目的： 初步筛选淮安食管鳞癌与癌旁组织中差异表达的LncRNAs,为进一步研究lncRNAs在食管鳞癌发病机制中的作用奠定基础。方法：分别提取3例患者食管癌组织及配对癌旁组织的总RNA,体外逆转录制备并标记为双链cDNA(ds-cDNA),与人类LncRNA表达谱芯片进行杂交,经扫描后,用Agilent GeneSpring GX v11.5.1软件进行分析运算,筛选出差异表达的LncRNAs。qRT-PCR分析LncRNA在食管癌细胞及组织中的表达情况。结果：按照倍数≥2.0、P≤0.05的标准,筛选出表达差异有统计学意义的LncRNAs共1 019个,其中399个上调,620个下调。GO分析和通路分析结果显示这些LncRNAs调控的差异表达的mRNAs主要与细胞周期、细胞分化、蛋白酶的活动等有关。结合Gibb食管癌相关的LncRNA差异表达谱分析发现lncRNA-UCA1可能参与食管癌发生发展。qRT-PCR结果显示,与永生化食管上皮细胞及癌旁组织相比,食管癌细胞及食管癌组织中lncRNA-UCA1均表达下调。结论：共筛选出淮安食管鳞癌与癌旁组织中1 019个差异表达LncRNAs,其中LncRNAs-UCA1可能成为食管癌早期发现和诊断的生物标志物。     

转移性喉鳞状细胞癌组织中长链非编码RNA的筛选及鉴定

目的：应用高通量基因芯片技术进行转移性喉鳞状细胞癌（laryngeal squamous cell carcinoma,LSCC）中差异表达长链非编码RNA（long noncoding RNA,lncRNA）的筛选及鉴定,寻找有价值的LSCC 相关候选基因和分子标志物。方法：4 例LSCC组织标本均来自河北医科大学耳鼻咽喉头颈外科生物样本库,病理证实为淋巴结转移的LSCC组织及癌旁黏膜组织。提取标本组织总RNA后,应用SBC-lncRNA 基因芯片检测差异表达的lncRNA 及mRNA,采用差异倍数以及Student''s t 法对差异表达基因进行筛选,将差异倍数(linear)≤ 0.5 或者≥2.0 和P< 0.05 判断为差异表达基因。选取特定的差异表达lncRNA,应用qRTPCR技术验证芯片结果的可靠性。结果：通过对转移性LSCC组织和癌旁组织的lncRNA表达谱分析显示,转移性LSCC组织与癌旁组织的lncRNA表达谱存在明显差异,差异表达的lncRNA 3 073 个,其中癌组织中表达上调1 967 个、下调1 106 个;差异表达的mRNA 2 809 个,其中癌组织中表达上调1 791 个、下调1 018 个。差异表达的lncRNA主要参与细胞增殖、凋亡及免疫应答等生物学过程,涉及细胞因子及其受体的相互作用、趋化因子信号通路、细胞周期调节、P53 信号通路等。选取其中10 条具有显著差异表达的lncRNA,在25 例LSCC标本组织中进行qRT-PCR验证,发现表达趋势与芯片检测结果一致。结论：转移性LSCC组织及癌旁组织的lncRNA表达谱存在明显差异,深入分析这些差异表达lncRNA的分子作用机制对阐明转移性LSCC的侵袭转移机制有重要的意义,可为LSCC特异性肿瘤标志物的筛选及有效的靶向治疗提供实验依据。     

人食管鳞状细胞癌中miR-424的差异表达及生物信息学分析

目的:探讨hsa-miR-424（miR-424）在人食管鳞状细胞癌发生发展机制中的作用,并对其生物学特征及功能进行预测总结分析,为最终研究miR-424的功能提供有利的线索。方法:通过实时荧光定量PCR方法,检测食管鳞状细胞癌患者石蜡标本和癌旁组织,以及人食管鳞状细胞癌细胞株kyse520、kyse410和正常人食管上皮细胞系Het-1A中miR-424相对表达水平。应用MIRDB、miRanda、Target Scan三种在线工具预测miR-424的靶基因,取三者预测结果的交集,并结合DIANALAB-TarBase7.0数据库和miRTarBase数据库两个已经实验证实的基因数据库,确定miR-424的靶基因范围。最后通过使用在线数据库metascape对has-miR-424预测的靶基因集合进行基于GO、KEGG数据库的功能注释分类和通路富集分析。结果:miR-424在食管癌细胞系kyse520和kyse410中的表达显著高于正常食管上皮细胞系Het-1A的表达（P＜0.01）。与对应的癌旁组织相比较,鳞癌组织中miR-424的表达均显著增高,其中,约77.8%(56/72)的患者癌组织中miR-424的表达较癌旁组织上调了超过50%。miR-424在物种进化上具有高度保守性,其靶基因功能主要集中在调控细胞生长、增殖和正负向调控细胞凋亡;参与蛋白质脱磷酸和泛素化,组蛋白修饰和甲基化,DNA损伤修复等生物学过程（P＜0.01）。主要参与的信号通路有p53信号通路、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路和酪氨酸激酶信号通路（P＜0.01）。结论:miR-424在食管鳞状细胞癌中是高表达状态,提示miR-424可以作为癌症促进子参与食管癌的发生发展。     

肾癌环状RNA表达谱和调控通路分析

目的 检测肾癌环状RNA(circRNA)表达谱并预测其调控通路.方法 对3例肾癌患者的肾癌组织及癌旁正常肾组织标本进行高通量测序,结合生物信息学的方法预测差异表达的circRNA在肾癌中的调控通路.结果 共鉴定出4661个circRNA,其中1963个为新发现的circRNA,89.89％(4190/4661)circRNA是外显子circRNA,其余的circRNA包括4.66％(217/4661)内含子circRNA和5.45％(254/4661)基因间circRNA.这些cir-cRNA广泛分布在整个人类染色体中,其中2号染色体包含463个circRNA,而Y染色体仅包含10个circRNA.circRNA的长度为78～181652 nt,其中位长度为652 nt,43.77％的circRNA长度为200～600 nt.与癌旁组织相比,肾癌组织中发现53个显著异常表达的circRNA,包括21例上调和32例下调的circRNA(倍数≥2.0,P﹤0.05).分别选取表达差异倍数最高的4个上调和下调的circRNA,构建circRNA/微小RNA(miRNA)/mRNA调控网络,有助于预测circRNA在肾癌中的调控通路.结论 本研究阐明了肾癌circRNA的表达模式和差异表达的circRNA,并预测及构建了circRNA/miRNA/mRNA调控网络,用于指导后期关于肾癌circRNA的研究.     

Pharmacogénétique des fluoropyrimidines. La méthylènetétrahydrofolate réductase

Résumé: Lefficacité optimale des fluoropyrimidines nécessite des concentrations élevées en 5-10 méthylènetétrahydrofolate (CH₂FH₄), contrôlées par la méthylènetétrahydrofolate réductase (MTHFR) qui convertit irréversiblement le CH₂FH₄ en 5-méthyltétrahydrofolate (CH₃FH₄). Les polymorphismes 677CT et 1298AC du gène MTHFR sont associés à une baisse dactivité de lenzyme. Les tumeurs «MTHFR mutées» devraient donc être plus sensibles aux fluoropyrimidines que les tumeurs «MTHFR sauvages». Les études expérimentales et cliniques publiées à ce jour tendent à montrer une plus grande sensibilité au 5-FU (associé ou non à lacide folinique) dans les tumeurs MTHFR mutées par rapport aux tumeurs sauvages. Ces résultats montrent la nécessité de poursuivre ces recherches afin de confirmer limpact de ces polymorphismes sur lefficacité des fluoropyrimidines.     

Oncogénétique et psycho-oncologie, une collaboration recommandée...

Résumé: La possibilité depuis 1994, de connaître la probabilité individuelle de développer certains cancers a permis de proposer de nouvelles modalités de prévention, de traitements et contribué au développement actuel de loncogénétique. Une meilleure connaissance des répercussions psychologiques tant pour les patients que pour les apparentés est désormais possible et limplication des psycho-oncologues dans ce cadre de la réalisation des tests prédictifs, recommandée. La mission de «messager» qui incombe au «cas-index» doit faire lobjet dune attention particulière. La complexité de linformation et la dimension paradoxale que peut avoir parfois la communication à propos des choix, rend difficile lévaluation de la qualité du consentement. La situation particulièrement délicate dune aide à la décision à légard de la chirurgie prophylactique, exige une collaboration étroite des généticiens et des psycho-oncologues.Les soins de support en oncologie     

The role of papillomaviruses in human cancers

This review comprehensively evaluates the influence of gene-gene, gene-environment and multiple interactions on the risk of colorectal cancer (CRC). Methods of studying these interactions and their limitations have been discussed herein. There is a need to develop biomarkers of exposure and of risk that are sensitive, specific, present in the pathway of the disease, and that have been clinically tested for routine use. The influence of inherited variation (polymorphism) in several genes has been discussed in this review; however, due to study limitations and confounders, it is difficult to conclude which ones are associated with the highest risk (either individually or in combination with environmental factors) to CRC. The majority of the sporadic cancer is believed to be due to modification of mutation risk by other genetic and/or environmental factors. Micronutrient deficiency may explain the association between low consumption of fruit/vegetables and CRC in human studies. Mitochondrial modulation by dietary factors influences the balance between cell renewal and death critical in colon mucosal homeostasis. Both genetic and epigenetic interactions are intricately dependent on each other, and collectively influence the process of colorectal tumorigenesis. The genetic and environmental interactions present a good prospect and a challenge for prevention strategies for CRC because they support the view that this highly prevalent cancer is preventable.     

Antifungal combination therapy in localized candidosis

A mouse model of localized candidosis in air-filled subcutaneous cysts imitating thrush has been developed. We have now tested various antifungal combinations in this animal model. Flucytosine (5-FC) + amphotericin B (Amph B) showed the highest efficacy, a clear additive or even synergistic effect was seen. The combination of 5-FC + imidazole or triazole derivative was less efficacious, an additive effect was rare. The combination of 5-FC + Amph B was also tested against Candida albicans strains showing various degrees of 5-FC-resistance. A significant reduction in 5-FC-resistant mutants was seen after the treatment with the combination.     

Les génériques en cancérologie: à molécule identique, médicaments identiques? Les biosimilaires, des super-génériques?

Résumé: Les biosimilaires vont bientôt voir leur apparition en Europe. Comment un laboratoire peut-il aborder le développement de son dossier dAMM? Quelles sont les bases légales et les recommandations officielles? Comment la similarité et/ou le caractère générique peuvent-ils être démontrés? Les règles sont-elles identiques à celles des produits chimiques conventionnels pour lesquels, notamment en cancérologie, il existe des médicaments génériques? Comment faire pour que la sécurité et lefficacité des médicaments biosimilaires soient assurées pour les patients?     

PSA-Test zur Früherkennung des Prostatakarzinoms

Zusammenfassung Prostatakrebs ist hierzulande seit einigen Jahren die häufigste Krebserkrankung bei Männern. Da über die Ätiologie wenig gesichertes Wissen vorliegt und daher kaum Möglichkeiten zur primären Prävention bestehen, konzentrieren sich die Anstrengungen auf die Suche nach wirksamen Verfahren zur sekundären Prävention. Hierbei gilt die Verwendung des PSA-Tests zur Früherkennung des Prostatakarzinoms als derzeit aussichtsreichstes Verfahren. Bevor ein neues Früherkennungsverfahren zur breiten Anwendung empfohlen oder in das gesetzliche Früherkennungsprogramm aufgenommen wird, muss jedoch seine Wirksamkeit in hierfür geeigneten wissenschaftlichen Untersuchungen nachgewiesen werden. Bis jetzt gibt es bereits eine ganze Reihe epidemiologischer Studien zur Effektivität des PSA-Screenings, doch konnte ein Wirksamkeitsnachweis bisher nicht erbracht werden. Zwei große randomisierte Studien in Europa und den USA lassen für die Jahre 2005–08 erste Ergebnisse erwarten. Da epidemiologische Arbeiten belegen, dass durch PSA-Screening eine nicht unerhebliche Überdiagnostik und Übertherapie eintritt, d. h. Schaden angerichtet werden kann, ist das Ergebnis der genannten randomisierten Studien vor weitergehenden Entscheidungen unbedingt abzuwarten. Bis dahin sollte von der Anwendung des PSA-Tests zur Prostatakrebsfrüherkennung unmissverständlich abgeraten werden. Da für den Test bereits ausgiebig Werbung betrieben wurde, kommt einer gründlichen ärztlichen Aufklärung von an dem Test interessierten Personen eine Schlüsselrolle zu.     

Cancer immunotherapy

Unprecedented progress has seen made in the last decade in the field of cancer immunotherapy. The recent approval of nivolumab （Opdivo）, the first anti-programmed cell death-1 （PD-1） antibody, for metastatic melanoma in Japan, marked a milestone in the rapidly advancing field of cancer immunotherapy. Nivolumab together with ipilimumab （Yervoy）, the anti-cytotoxic T-lymphocyte-associated antigen-4 （CTLA-4） antibody, are the first 2 drugs in the class of ＂immune checkpoint inhibitors＂ that have delivered impressive responses in patients with metastatic melanoma and renal cell cancer （RCC） as well as a variety of solid tumors.     

异基因造血干细胞移植后患者肝损害病因与临床特征分析

 【摘要】　目的　总结异基因造血干细胞移植（allo-HSCT）后患者肝损害的发生率、发生原因、诊断方法与治疗选择。方法　回顾性分析郑州大学附属肿瘤医院2006～2010年接受allo-HSCT的83例良、恶性血液病患者中Ⅱ～Ⅳ级肝损害的发生率、各种病因的构成比、临床表现以及诊断方法,分析移植后不同时期肝损害病因的差异、治疗方法、疗效。结果　83例allo-HSCT患者中,发生Ⅱ～Ⅳ级肝损害45例（54.2 %）。按肝损害致病病因分类,预处理化疗所致7例,环孢素所致9例,肝静脉闭塞病（HVOD）所致2例,肝脏移植物抗宿主病（GVHD）所致24例,乙型肝炎病毒再激活所致2例,多器官衰竭所致1例。发生于移植后1个月内者20例（44.4 %）,以药物性肝损害为主,1个月～100 d者13例（28.9 %）,101 d～1年者12例（26.7 %）,均以肝脏GVHD为主。经减停肝损害药物、抗排异、保肝等治疗后,27例治愈,10例好转,2例未愈,6例死于原发病复发或移植相关并发症。结论　肝损害是allo-HSCT后常见的并发症,药物及肝脏GVHD是其最主要的致病原因,肝损害与其发生时间的相关性可作为肝损害病因学诊断的参考依据。根据肝损害的病因选择针对性的治疗方法,可取得较好的疗效。     

Pharmacokinetics and dosage of fluconazole in continuous hemofiltration (CAVH, CVVH) and hemodialysis (CAVHD, CVVHD)

Continuous haemofiltration (CAVH, CVVH) and haemodialysis (CAVHD, CVVHD) are increasingly used in patients with acute renal failure (ARF). The elimination rates of fluconazole vary considerably among the different procedures. In CVVHD, the elimination rate is, depending on the combined dialysate/ultrafiltrate flow rate, the most marked compared to CVVH and intermittent dialysis with a fluconazole clearance exceeding the values of healthy persons in CVVHD 2 L/h. To achieve therapeutic plasma levels during continuous renal replacement therapy, the same loading dose as in patients without renal failure should be applied, followed by the adjusted maintenance dose for anuric patients multiplied by a factor taking the extracorporeal elimination of the absorbed dose into account (CAVH, CVVH: x 2.2, ultrafiltrate flow 0.5 L/h; CAVHD, CVVHD: x 3.8, combined dialysate/ultrafiltrate flow 1.5 L/h). Despite the broad therapeutic margin of fluconazole, drug monitoring is recommended with respect to the very limited number of investigations with relatively low dosages up to 200 mg/day and--which is of paramount importance--to achieve therapeutic drug levels in vital indications.