肿瘤相关蛋白EIF4G1亚型的B细胞表位预测

目的预测肿瘤相关蛋白EIF4G1亚型的B细胞表位。方法下载EIF4G1蛋白各种亚型的氨基酸序列,以单参数(亲水性、可及性、柔韧性、抗原性)预测为基础,结合ABCpred和二级结构预测筛选等方法综合筛选EIF4G1蛋白质亚型特异性的B细胞表位。结果目前已知EIF4G1蛋白的亚型有5种,亚型间的氨基酸变化局限在一个由300个氨基酸形成的序列区域,亚型特异性的B细胞表位可能位于该区域的14~19、21~27、52~61、106~112、113~139、183~189、201~216和217~224位氨基酸残基区域内或附近。结论EIF4G1蛋白质亚型间存在特异性B细胞表位,这些表位对应用合成肽抗原检测蛋白质亚型和进行肿瘤患者的早期诊断具有重要指导意义。     

恶性疟细胞毒性T淋巴细胞单表位疫苗抗原递呈细胞模型的建立

目的 构建恶性疟细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocyte,CTL）单表位疫苗及建立抗原递呈细胞模型。方法 采用中国人群常见的HLAⅠ类分子A11限制的恶性疟（CTL）抗原表位(VTCGNGIQVR),合成其DNA序列并克隆于真核表达载体,构建CTL单表位DNA疫苗。将上述克隆在HLA－A11表型细胞株中进行表达,流式细胞仪检测细胞表面HLAⅠ类分子表达水平。结果 上述CTL单表位DNA疫苗编码的短肽在细胞内的表达明显促进HLA－A11分子在细胞表面的表达,用流式细胞仪测定平均荧光强度可量化表达水平（P＜0.05）。结论 成功构建CTL单表位短肽表达载体,模拟体内环境建立了抗原递呈细胞模型,提示CTL表位在该细胞模型内被内源性加工和递呈,以该表位为基础的疫苗可以为HLA－A11遗传背景的人群提供免疫防护。     

HIV-1准种变化与人类白细胞抗原限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的相关性研究

目的研究HIV-1准种变化与人类白细胞抗原（human leucocyte antigen,HLA）限制性细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocyte,CTL）表位的相关性。方法从2对母婴传播HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸,进行逆转录-套式PCR（RT-nested PCR）扩增,产物克隆后,挑选阳性克隆行CSGE分析,对优势和劣势准种进行克隆测序分析,对氨基酸序列中可能的CTL表位进行分析。结果第1对感染的母子：母亲YJ体内存在的CTL表位在其54d的女儿WYF体内都存在,而WYF体内存在1株突变准种,其CTL表位在YJ体内不存在;第2对感染的母子：母亲CM和其12个月的儿子ZDB体内HIV-1 env准种无相同的CTL表位。结论HIV-1在改变宿主后,随着时间的延长,HIV-1突变准种所导致HLA限制性CTL表位发生改变的概率增大。     

人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的B细胞表位.方法 应用互联网软件分析Hopp&Woods亲水性(Hydrophilicity)、可及性(Accessibility)、极性(Polarity)及柔韧性(Flexibility)、Welling抗原性(Antigencity)和二级结构(Secondary structures)等参数,用吴玉章等建立的B细胞表位预测法综合评价.结果 多种预测法重复了人巨细胞病毒UL23开放阅读框编码蛋白的N端第27～43、104～119、125～160位氨基酸区域内或附近,该区域含有B转角和无规卷曲结构,板可能是B细胞识别表位.结论 为应用合成肽或原核表达大片断蛋白制备抗人巨细胞病毒UL23基因编码蛋白的抗体提供了依据.     

猪流行性腹泻病毒M蛋白B细胞表位预测分析

目的分析TGEV M蛋白的B细胞表位,为试验确定TGEV M蛋白的B细胞表位和开发TGEV重组亚单位疫苗研究奠定基础 方法以TGEV M蛋白氨基酸序列为基础,分别采用Garnier-Robson、Chou-Fasman和Karplus-Schulz方法预测M蛋白的二级结构,以及利用在线TMHMM Server v2.0软件分析M蛋白的跨膜区 之后,分别按Kyte-Doolittle,Emini和Jameson-Wolf方案预测TGEV M蛋白的B细胞表位 结果预测结果表明,在TGEV M蛋白N端共同α-螺旋区段为4个 共同的β-折叠区段分别为13个 共同的转角区域分别为7个 柔性区域为12个 M蛋跨膜区3个 结论TGEV M蛋白N端第19～43、103～109、138～155、198～205、220～228和237～257区段内或附近很可能是B细胞表位优势区城。     

脂多糖结合蛋白的B细胞抗原表位预测及其效应初步分析

目的 预测人脂多糖结合蛋白(LBP)的B细胞抗原表位.方法 采用生物信息软件和互联网服务器,预测LBP的二级结构和分析LBP表面特性(亲水性、可塑性、可及性和抗原性),再计算平均抗原指数(AI),预测LBP的B细胞抗原表位.结果 LBP存在多个潜在的抗原表位,247～260序列(FKGEIFHRNHRSPV)的AI(0.040 7)明显高于其他片段,370～379序列(LPSSSKEPVF)和303～325序列(ITDDMIPPDSNIRLTTKSFRPFV)的AI分别是0.033 6和0.029 5.247～260序列是LBP潜在的B细胞优势抗原表位.结论 应用多参数预测到LBP的B细胞抗原表位.     

SARS病毒S蛋白的B细胞表位预测

目的预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.方法基于SARS 蛋白基因组序列,采用Kyte-Doolittle的亲水性方案,Emini方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以对S蛋白的二级结构中的柔性区域的分析,预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位.结果推测最有可能的B细胞表位位于S蛋白N端第91～98区段、第1 121～1 153区段和第185～193区段内或它们的附近.其它,如S蛋白N端第1 050～1 059、752～765、41～50、666～674、264～287、340～348、408～416区段和第424～439区段内或附近也可能存在B细胞表位.结论用多参数预测SARS病毒S蛋白的B细胞表位,为分子免疫学的深入研究提供线索.     

MAGE-12的HLA-A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位肽的预测及其三维结构构建

[目的]从理论上分析预测肿瘤抗原MAGE- 12(melanoma antigen- 12)的HLA-A2(histocompatility leukocyte antigen-A2)限制性细胞毒性T淋巴细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位肽并构建其三维结构.[方法]以肿瘤特异性抗原MAGE-12为研究目标,采用超基序法、量化基序法、多项式法、延展基序法与三维结构构建相结合的CTL表位预测方法.[结果]预测出的MAGE-12的表位中有4个符合HLA-A2限制性CTL表位要求.[结论]预测出的4个HLA-A2限制性CTL表位为MAGE-12的表位的可能性较大,经后续实验筛选、鉴定后,可用于基于MAGE-12的肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究.     

SARS冠状病毒E蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的预测SARS冠状病毒E蛋白的HLA-A·0201限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法联合应用超基序法和量化矩阵法.结果预测出13个九肽CTL表位.结论通过对SARS冠状病毒E蛋白抗原CTL表位进行预测,从而为SARS冠状病毒E蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索,为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料.     

新型冠状病毒S蛋白B细胞表位的预测与分析

目的：分析新型冠状病毒（SARS-CoV-2）S刺突蛋白的二级结构并预测其可能的B细胞表位。方法：基于SARS-CoV-2 S蛋白氨基酸序列,分别采用SOPMA、GOR方法预测S蛋白的二级结构,并结合其跨膜区、亲水性、表面可及性和抗原性参数等综合分析,预测SARS-CoV-2 S蛋白可能的B细胞表位。结果：对SARS-CoV-2 S蛋白二级结构的预测表明,其二级结构中柔性区域以无规卷曲为主,少见转角。多种参数综合分析推测,其可能的优势B细胞表位位于354～360、437～445、454～471、527～537、567～582、678～685、772～779和806～818位氨基酸。结论：采用多参数预测SARS-CoV-2 S蛋白的B细胞表位,为深入研究S蛋白的功能奠定基础。     

肿瘤血管内皮抗原TEM8的HLA-2.1限制性低亲和性CTL表位预测及改造分析

目的初步筛选肿瘤血管内皮标志物8(tumor endothelial marker 8, TEM 8) HLA-A2.1限制性低亲和性CTL表位,并预测修饰后的表位与HLA-A2.1之间亲和性的变化.方法采用超基序、3D-QSAR、蛋白酶解预测等相结合的办法筛选HLA-A2.1限制性低亲和性CTL表位,并通过氨基酸置换适当修饰,最后对部分候选的多肽进行分子动力学模拟.结果筛选出8个低亲和性CTL候选表位,经修饰后的表位与HLA-A2.1之间的亲和性均有不同程度的提高.结论初步预测和修饰的表位系列可为下一步实验提供了依据.     

乳腺癌组织中人宫颈癌基因的表达与预后的相关性

[目的]观察人宫颈癌基因(HCCR)的过度表达对评估乳腺癌患者预后的意义.[方法]选择105例因浸润性导管癌而行手术患者的肿瘤组织标本,采用免疫组织化学染色方法观察标本中HCCR、雌激素受体(ER)及孕酮受体(PR)的表达情况,分析HCCR表达与各组织学等级的关系、与ER,PR的相关性及与患者生存时间和生存率的相关性.[结果]105例乳腺癌患者中HCCR阳性表达率为26.7%.HCCR表达与临床分期、核异型性等级、核分裂、组织学等级及ER,PR表达均无相关关系.尽管呈HCCR的染色范围越广,患者的10年生存率越高的趋势,但无统计学意义.[结论]尚不能确定HCCR是乳腺癌的预后因子.     

人宫颈癌基因蛋白(HCCR)在人结肠癌中的表达

目的：检测人宫颈癌基因（HCCR）蛋白在人结肠癌组织中的表达,了解其表达与结肠癌临床病理特征之间的关系.方法：应用免疫组织化学SP法检测20例正常结肠组织、21例腺瘤组织和56例结肠癌组织中HCCR的表达.结果：HCCR在正常结肠组织无表达;腺瘤组织和结肠癌组织中表达率分别为48%和77%,HCCR在结肠腺瘤组织和结肠癌组织中的表达明显高于正常结肠组织,差异有显著性（χ^2=13.061,P〈0.05）,结肠腺瘤组织和结肠癌组织中表达有显著差异（χ^2=6.056,P〈0.05）.HCCR表达与结肠癌组织学类型有关（χ^2=5.714,P〈0.05）,与患者年龄、性别、肿瘤大小、肿瘤部位、组织分化程度、有无淋巴结转移和Dukes分期均无明显相关.结论：结肠腺瘤组织和癌组织中HCCR处于过度表达状态,与结肠癌的早期发生密切相关,HCCR在诊断结肠癌中的价值可能优于CEA和CA199,但不如两者联合检测.     

人宫颈癌组织放射治疗后原癌基因c-fos的表达

目的 探讨放疗前、后人宫颈癌组织原癌基因c-fos表达的变化及意义。方法 取临床确诊为宫颈鳞状细胞癌患者的活检组织标本共18例，其中放疗前8例，放疗后10例，在多聚甲醛固定的活检癌组织冰冻切片上，进行Fos蛋白的免疫组织化学染色。结果 放疗前的宫颈 组织内，多数癌细胞呈Fos免疫染色阳性；照射（30－40Gy)后的宫颈癌组织Fos免疫染色显著降低（P＜0.01），多数癌细胞无Fos染色，但放疗前、后间质细胞的Fos免疫反应无明显变化。结论 放射明显抑制宫颈癌细胞的Fos表达，Fos的表达状态可作为放射治疗中评价宫颈癌细胞增殖的分子指标之一。     

C－erbB－2癌蛋白、AgNOR在乳腺癌预后中相互关系的探讨

研究了５５例乳腺癌患者的Ｃ－ｅｒｂＢ－２癌基因蛋白表达及核仁组成区嗜银蛋白（ＡｇＮＯＲｓ）计数，发现两者皆有估计预后的价值。Ｃ－ｅｒｂＢ－２阳性和ＡｇＮＯＲｓ计数＞５的患者，其死亡率都分别显著高于阴性者和ＡｇＮＯＲｓ≤５者。Ｃ－ｅｒｂＢ－２阳性兼有ＡｇＮＯＲｓ＞５者，死亡率也显著高于Ｃ－ｅｒｂＢ－２阴性及ＡｇＮＯＲｓ≤５者。但Ｃ－ｅｒｂＢ－２的过度表达和ＡｇＮＯＲ之间无明显相关性。提示：两种因素通过互不相关、各自独立的途径起判断预后的作用。若Ｃ－ｅｒｂＢ－２的过度表达及ＡｇＮＯＲｓ计数两种因素联合使用时，则更有意义。     

人子宫颈癌基因HCCR-2真核表达载体的构建及鉴定

目的:克隆人子宫癌基因HCCR-2并构建其真核表达载体,为研究其在人胃癌细胞中与P53的相互作用关系奠定基础. 方法:从人肝癌细胞株HepG2提取RNA,利用RT-PCR方法,先克隆出一包括HCCR-2编码区的长约1 kb的片段,并将其与T载体连接并转化,测序证实无误后,以HCCR-2/T载体为模板,再通过PCR克隆出HCCR-2的编码区序列,将其连接到pIRES2-EGFP真核表达载体,并通过测序获得证实. 结果:RT-PCR扩增出一长约1 kb的HCCR-2片段,PCR扩增出约0.9 kb大小的目的片段,HCCR-2/T,pIRES2-EGFP/HCCR-2( ) DNA测序均表明编码序列及读框完全正确. 结论:成功构建HCCR-2真核表达载体pIRES2-EGFP/HCCR-2( ),为进一步研究其致癌机制打下基础.     

小鼠肝素酶H-2Kb限制性CTL表位预测及其MHC-I亲和力分析

目的预测肿瘤转移相关基因肝素酶的CTL表位,为探索基于肝素酶的抗原表位的免疫治疗奠定基础。方法利用基于超基序、量化基序结合人工神经网络方案开发的H-2Kb限制性CTL表位预测软件,对小鼠肝素酶蛋白的CTL表位进行预测,然后人工合成相关待测表位肽,再对这些合成肽与MHC-I结合亲和力进行检测。结果采用机算机网络系统,预测了5条小鼠肝素酶抗原表位,即mHpa234-241（LGEDFVEL）,mHpa351-358（FAAGFMWL）,mHpa519~526（FSYGFFVI）,mHpa386-393（VDENFEPL）,mHpa398-405（LSLLFKKL）,MHC亲合力实验表明,与阴性对照肽对比,随着预测肽浓度增加,H-2Kb的表达逐渐增加,与MHC-Ⅰ类分子的亲和力亦逐渐增强,当预测肽浓度达到30μmol/L时,其荧光系数（FI）均大于1.5。结论通过计算机软件预测到的5条小鼠肝素酶CTL表位与MHC-Ⅰ类分子均有较高的结合亲和力,为该表位的下一步体内鉴定及基于小鼠肝素酶抗原表位的肿瘤免疫治疗奠定基础。     

乙型肝炎病毒B和C基因型S蛋白特异性CTL表位保守性分析

目的：分析国内流行乙型肝炎病毒（HBV）基因型S区基因编码蛋白的特异性CTL表位保守性,发现稳定且特异性的CTL表位。方法：设计HBV S基因特异性引物,克隆S基因并构建到pIRES载体;利用3种表位分析方法对HBV B和C基因型S区基因编码蛋白特异性CTL表位进行分析筛选,对候选CTL表位用BLAST搜索HBV蛋白库,分析候选CTL表位在HBV B和C基因型中的保守性。结果：成功克隆HBV S基因并构建真核表达载体;根据设定条件,利用生物信息学分析方法对S区基因编码蛋白进行分析共筛选到17个CTL表位,其中已经鉴定6个,未鉴定表位11个;保守性分析发现,在B和C基因型中具有较高保守性的有6个（＞80%）,均是未鉴定的表位,其余表位（包括6个已鉴定）的保守性较低。结论：国内流行HBV基因型间S区基因编码蛋白的特异性CTL表位存在较大差异性,共筛选到6个保守性较高的特异性CTL表位可用于进一步的免疫学研究。     

人宫颈癌组织中c-myc基因的表达

目的研究人宫颈癌组织中ｃ－ｍｙｃ基因的表达。方法应用Ｄｉｇ标记ｃＤＮＡ探针，ＤＮＡ－ｍＲＮＡ原位杂交技术检测３７例人宫颈鳞状细胞癌内癌基因ｃ－ｍｙｃｍＲＮＡ。结果３７例中１６例有ｃ－ｍｙｃｍＲＮＡ表达，检出率为４３．２４％，ｃ－ｍｙｃｍＲＮＡ主要分布在癌细胞胞浆内。结论ｃ－ｍｙｃ癌基因表达在宫颈癌发生中可能起作用，宫颈癌的发生可能还有更多的癌基因参与。