HRM法检测肺癌EGFR基因突变

目的：HRM法检测中国不同区域肺癌患者的EGFR基因突变,统计突变类型间比率,为临床EGFR-TKI分子靶向治疗提供依据,并验证HRM法的临床适用性。方法：收集2010年手术切除的肺癌石蜡标本253例,HRM法检测EGFR基因突变情况,并用基因测序法进行验证。结果：在253例肺癌标本中,HRM法检测出EGFR基因突变率为42%,与基因测序法检测出的突变率40%无显著性差异,并检测出2例T790M突变,11例多点突变和2例E18新位点突变。将本实验中收集的东部地区和非东部地区肺癌患者的EGFR基因突变率相比较,无显著性差异。经实验验证,HRM法的灵敏度高于基因测序的灵敏度,且HRM法的特异性为100%。结论：HRM技术具有高灵敏度、高特异性和高准确率等特点,且比基因测序法更简单方便,成本更低,适合在临床开展。明确EGFR突变类型十分必要,可以为临床可否运用EGFR-TKI分子靶向治疗提供重要依据。本实验中收集的肺癌标本EGFR基因突变不存在地域差异。     

HRM方法检测肺腺癌患者癌性胸水上清液EGFR基因突变的临床意义

目的:探讨应用HRM方法检测肺腺癌患者癌性胸水上清液EGFR基因突变状况及EGFR酪氨酸激酶受体抑制剂治疗的可行性。方法:收集43例肺腺癌患者癌性胸水上清液标本,提取DNA,应用HRM方法检测EGFR基因第18、19、20、21外显子突变状况。统计分析HRM方法与基因测序法检测EGFR突变率的差异。结果:43例肺腺癌患者癌性胸水上清液中,HRM法检测EGFR基因突变共17例,总突变率为39.53%,其中第19外显子突变14例,第21外显子突变3例。基因测序结果显示:EGFR突变14例,总突变率为32.56%,均为第19外显子突变。HRM方法检测第21外显子突变阳性的患者其基因测序结果均为阴性。这可能与HRM方法检测的灵敏度优于测序方法有关。两者突变率差异无统计学意义（P>0.05）。结论:对难以获取组织标本的肺腺癌患者而言,应用HRM方法检测其癌性胸水上清液,是了解其EGFR基因突变状况的可靠途径,对临床筛查靶向治疗药物具有一定的参考价值。     

高分辨率熔解曲线技术检测非小细胞肺癌患者胸水中EGFR基因突变

目的探讨高分辨率熔解曲线(HRM)技术对非小细胞肺癌(NSCLC)患者胸水标本EGFR基因突变进行检测的可行性及临床意义。方法采用高分辨率熔解曲线技术检测30例非小细胞肺癌患者胸水标本EGFR基因18-21外显子基因突变,并与Sanger测序法检测结果进行对比分析。结果HRM法检测胸水中EGFR基因18-21外显子突变总检出率为26.67%(8/30),Sanger测序法检测突变总检出率为23.33%(7/30)。HRM法与Sanger测序法相比,敏感性为100%,特异性为95.83%,阳性预测值为88.89%,阴性预测值为100%。结论运用HRM技术对非小细胞肺癌患者胸水进行EGFR基因突变检测方法可行,适宜推广。     

改良的内切酶突变体富集法检测肺癌标本中EGFR基因突变

背景与目的表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变是肺癌靶向药物疗效的可靠预测指标,因此基因突变的检测具有非常重要的临床意义。本研究建立使用常规实验仪器、高灵敏度、简便的检测表皮生长因子受体突变的方法,以利于临床中快速的检测EGFR基因突变。方法采用改良的内切酶法富集法检测251例肺腺癌DNA标本中EGFR基因外显子19缺失突变和21(L858R)点突变,并与直接测序进行比较。利用混合突变/野生型EGFR基因的细胞系测定改良方法的灵敏度。结果在251例腺癌标本DNA中使用测序法检测出EGFR外显子19突变46例、外显子21突变26例。采用改良的突变体富集法检另外测出外显子19突变78例、外显子21突变57例,总突变率53.8%。灵敏度检测显示对于外显子19和21,新方法的检测灵敏度达0.5%。结论本方法具有简便、经济、灵敏度高等特点,便于临床快速筛查非小细胞肺癌病理组织中的EGFR基因突变。     

高分辨率熔解曲线分析技术检测EGFR基因突变方法的建立及其初步临床应用

目的建立高分辨率熔解曲线(high resolution melting,HRM)分析技术检测表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因突变的方法,并探讨其的临床应用价值。方法建立HRM技术检测EGFR基因突变方法,并用其检测200例非小细胞肺癌患者肿瘤石蜡包埋标本,并与测序法的结果进行比较。结果所建HRM检测方法 Tm与ct值的CV值均较小,重复性好。HRM法检测标本EGFR基因突变的结果与测序法相比,突变总检出率分别为40.0%和37.0%,敏感性为100%,特异性>95%。结论 HRM法检测EGFR基因突变,敏感性高,特异性强,重复性好,操作简便,节约时间,成本低,适用于临床。     

高分辨率熔解曲线技术检测结直肠癌患者KRAS基因突变

目的探讨高分辨率熔解曲线技术(HRM)检测结直肠癌患者KRAS基因突变的可行性及其临床意义。方法采用HRM技术检测60例结直肠癌患者石蜡包埋组织标本KRAS基因2号外显子12和13位密码子突变,并与Sanger测序法检测结果进行对比分析。结果 HRM法检测结直肠癌患者KRAS基因2号外显子12和13位密码子突变检出率为36.67%(22/60),Sanger测序法检测突变检出率为33.33%(20/60)。HRM法检测突变检出率高于Sanger测序法,HRM法检测敏感性为100%,特异性为95.24%。结论 HRM法检测KRAS基因突变,灵敏度高,敏感性和特异性好,具有操作简便、节约时间、成本低的特点,方法可行。     

非小细胞肺癌原发灶与淋巴结转移灶中KRAS和EGFR基因状态的比较及其临床意义

  目的  比较表皮生长因子受体(EGFR)基因和KRAS基因在非小细胞肺癌原发灶及其淋巴结转移灶之间突变状态的差异, 并分析其与吉非替尼治疗非小细胞肺癌(NSCLC)疗效之间的关系。   方法  收集天津医科大学附属肿瘤医院2010年5月至2010年11月间手术切除的80例NSCLC病例标本, 利用直接测序和实时荧光定量PCR的方法分别检测原发灶和相应淋巴结转移灶中EGFR基因第18、19、20、21外显子及KRAS基因第12、13密码子的突变情况; 其中5例在淋巴结转移灶中检出EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)敏感型基因突变的患者接受了吉非替尼的新辅助靶向治疗。   结果  80例患者中, 检出原发灶携带KRAS和EGFR基因突变分别为1例和21例, 检出转移灶携带KRAS和EGFR基因突变分别为7例和26例; 分别有6例(7.50%)和7例(8.75%)患者其KRAS和EGFR基因状态在原发灶和转移灶之间不一致。直接测序法和实时荧光定量PCR法的检测结果一致。在5例接受吉非替尼治疗的患者中仅1例原发病灶中未检出EGFR-TKI敏感型基因突变, 并表现为疾病进展。   结论  部分NSCLC患者中KRAS和EGFR的基因状态在肿瘤转移过程中会发生改变, 在给予患者靶向治疗时不应忽视这一现象的存在。实时荧光定量PCR法比直接测序法更适用于临床的快速检测工作。      

非小细胞肺癌患者血清EGFR基因突变循环DNA检测

目的:探讨循环DNA测定表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)突变的可行性;旨在提供更方便、快捷、无创的分子生物检测手段,指导晚期非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者靶向治疗。方法:收集石河子大学医学院第一附属医院2011-09-21-2012-09-30接受靶向治疗(吉非替尼或厄洛替尼)的48例晚期NSCLC患者血清及相应石蜡组织标本DNA,采用直接测序法检测EGFR基因19和21外显子的突变情况,应用SPSS17.0软件进行统计学分析。结果:48例患者循环DNA中EGFR基因突变检出率为14.583%(7/48),且与组织DNA检测出EGFR突变类型一致,即19外显子突变型为19DelK746~A750、19DelK745~E749和19DelK745~A750;21外显子突变类型分别为21L858R和21L861Q。EGFR突变主要发生在女性及不吸烟的患者中;且EGFR基因突变型者PFS明显优于野生型患者,χ2=11.287,P=0.001。以组织DNA检测为准,循环DNA中EGFR基因突变检测的特异性为97%,并且与组织DNA检测EGFR基因突变具有一定的一致性,Kappa=0.433。结论:血清循环DNA可用于EGFR基因突变检测,为肺癌靶向治疗提供实验依据。     

肺癌外周血EGFR突变检测及其临床意义

目的:通过血浆循环DNA的基因突变检测,筛选表皮生长因子受体(E-GFR)突变型肺癌患者,探讨突变特征及其在肺癌靶向治疗中的意义.方法:选取2009年9月至2010年5月苏州大学附属第一医院及上海市三甲类医院收治的96例肺癌患者的血浆以及其中59例相对应的肿瘤组织中提取DNA,采用PCR扩增和基因测序的方法检测EGFR基因的突变.结果:96例肺癌血样中检测出EGFR突变17例,其突变率为17.7%.在这些突变的样本中,外显子19和21突变分别占88.2%(15/17)和11.8%(2/17),其中直接测序法检测出EGFR纯合突变3例[L858R 2例,del E746-A750(1)1例],杂合突变14例.对14例杂合突变样本进一步通过单克隆基因测序法确定其突变类型为del E746-A750(2)9例、del E746-A750(1)3例、del L747-S752 2例.EGFR基因突变多见于肺腺癌(包括腺鳞癌)患者,与患者的性别与吸烟史无明显相关性.59例肺癌患者肿瘤组织的进一步分析证明,血浆EGFR基因突变类型与患者自身肿瘤的突变类型相同,表明血浆DNA检测到的EGFR突变与原发肿瘤检测到的突变相一致.结论:肺癌患者的血浆循环DNA与相对应的肿瘤组织DNA的EGFR基因突变类型一致;此外,相对于传统的"金标准"直接测序法而言,单克隆基因测序的方法能够更精确地判断基因的突变类型.这种简便且微创地检测血浆循环DNA的方法可应用于肺癌EG.FR基因突变的诊断,从而预测靶向治疗的疗效.     

特异引物双扩增实时PCR法和Sanger DNA测序法检测肺癌组织中表皮生长因子受体基因突变

目的 探讨特异引物双环探针扩增实时PCR技术表皮生长因子受体(EGFR)检测方法(ADx-EGFR实时PCR法)和Sanger DNA测序法在肺癌EGFR基因体细胞突变检测中的临床价值.方法 收集肺癌组织石蜡切片208例,分别采用ADx-EGFR实时PCR法和Sanger DNA测序法检测肺癌组织中EGFR基因外显子18、19、20、21的突变类型,计算其突变率,分析两种检测方法检测EGFR基因突变的一致性.结果 208例肺癌组织中,ADx-EGFR实时PCR法成功检测208例,检出EGFR基因突变40例,突变检出率为19.2％;Sanger DNA测序法成功检测196例,检出突变22例,突变检出率为11.2％.肺癌组织中主要以外显子19缺失和外显子21上的L858R的点突变为主,分别占4.8％ (10/208)和11.6％ (23/208),其余的突变类型少见.结论 对于甲醛固定石蜡包埋组织而言,ADx-EGFR实时PCR法检测EGFR基因成功率和突变检出率均高于Sanger DNA测序法,可成为临床上检测肿瘤EGFR基因突变的方法.     

Direct serum and tissue assay for EGFR mutation in non-small cell lung cancer by high-resolution melting analysis

Biological therapy with epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitors (EGFR-TKIs) have noted promising outcomes for patients with non-small cell lung carcinoma (NSCLC), especially those with mutated EGFR. Tissue EGFR gene mutation testing can predict the benefit of taking a first-line EGFR-TKI, thus, allowing the physician to prescribe the most suitable therapy. Unfortunately, most lung cancer patients, especially NSCLC patients present with advanced disease that is surgically unresectable. The goal of this study was to develop high-resolution melting (HRM) assays to detect EGFR mutations in exons 18 to 21, compare their sensitivity and concordance to direct sequencing, and evaluate the feasibility and reliability of serum as a tissue alternate for routine EGFR mutation screening. EGFR mutations of 126 Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE), 47 fresh frozen tissues and from 47 matched pre-operation serum specimens of NSCLC patients were screened by the HRM assays. EGFR mutations by HRM were confirmed through sequencing. We found 78 EGFR mutations in 70 FFPE tissues, 25 EGFR mutations in 24 fresh frozen tissues, with a mutation rate of 55.56% (70/126) and 51.06% (24/47), respectively. Most mutations were correctly identified by sequencing. EGFR mutations were detected in 22 serum samples from 24 tissue EGFR mutation-positive patients. The concordance rate between serum and tissue in EGFR mutation screening was 91.67%. We conclude that the HRM assay can provide convincing and valuable results both for serum and tissues samples, thus, it is suitable for routine serum EGFR mutation screening for NSCLC patients, especially those surgically unresectable.     

含有少量腺癌成分的肺鳞状细胞癌（SQCC-mGC）基因突变分析

目的:检测SQCC-mGC中的致癌基因突变,以期指导肺鳞癌靶向治疗患者的筛选。方法:用HRM技术检测100例病理确诊的肺鳞癌标本中肺癌驱动基因。结果:与单纯SQCC组相比,SQCC-mGC组带有已知致癌基因突变的比例更高（23.3% vs 4.3%）,差异具有统计学意义(P＜0.001)。结论:EGFR、ALK或KRAS基因突变在SQCC-mGC中出现频率较高,在治疗前对SQCC-mGC患者进行致癌基因突变检测,有助于筛选靶向治疗的潜在受益人群。     

非小细胞肺癌胸腔积液与配对肿瘤组织中EGFR基因突变检测的比较

目的:探讨非小细胞肺癌胸腔积液与配对肿瘤组织标本中EGFR基因突变检测结果的一致性,评价胸腔积液标本检测EGFR基因突变的应用价值.方法:收集非小细胞肺癌患者胸腔积液与配对肿瘤组织样本72例,采用ARMS方法,检测样本中EGFR基因第18~21外显子突变情况.结果:细胞学样本和组织学样本中EGFR基因突变阳性率分别为48.61%和51.39%,两者差异无统计学意义(P>0.05),二者一致率为92.11%,不一致率为7.89%.结论:二者的一致率较高,恶性胸水可以作为无法获得肿瘤组织的晚期非小细胞肺癌EGFR基因检测的有效样本.     

高分辨率熔解曲线分析技术在检测非小细胞肺癌组织EGFR基因突变中的应用

目的：探索高分辨率熔解曲线（high resolution melting,HRM）分析技术在检测肺癌组织表皮生长因子受体（epidermal grouthfactor receptor,EGFR）基因突变中的应用。方法：利用HRM技术,进行人肺癌组织EGFR基因外显子19和21突变筛查,并做测序验证。结果：外显子19的HRM分型结果显示,52例样品中有3种类型熔解曲线,45例样品为A型,5例为B型,2例为C型。外显子21的分析结果显示有2种熔解曲线,49例样品为N型,3例样品为M型。测序结果显示,外显子19 A型熔解曲线代表外显子19的野生型,B型熔解曲线代表杂合性缺失delE746-A750（c.2235-2249del）,C型熔解曲线代表杂合性缺失delL747-S752（c.2240-2257del）。外显子21 N型熔解曲线代表野生型,M型熔解曲线代表杂合性L858R（c.2573T-G）,HRM分析结果与测序结果完全一致。结论：本研究表明HRM分析技术能准确检测EGFR基因突变,是一种适合肺癌组织中EGFR基因突变筛查的方法。     

NSCLC EGFR突变与吸烟的交互作用及其与miR-221表达的相关性

目的:分析NSCLC EGFR突变与吸烟等因素的交互作用,及其与miR-221表达的相关性,为肺癌分子机制研究提供线索和依据。方法:采用高分辨熔解曲线法（high resolution melting,HRM）进行EGFR突变检测,以EGFR突变阳性为病例组,野生型为对照组,logistic回归分析EGFR突变与吸烟等因素在肺癌中的交互作用,Spearman分析EGFR突变与miR-221表达的相关性。结果:吸烟者相对于不吸烟者,EGFR突变差异具有统计学意义（P=0.034）,不吸烟者EGFR突变率较高。性别、年龄、饮酒、组织学类型、肿瘤直径、TNM分期、分化程度、肿瘤家族史以及心脑血管疾病史与EGFR突变无统计学关系（P＞0.05）;NSCLC EGFR突变与吸烟、饮酒、肿瘤家族史以及心脑血管疾病史对肺癌的发生不存在相乘交互作用;miR-221表达在NSCLC组织明显高于非癌肺组织,差异有统计学意义（P=0.017）;EGFR突变与miR-221表达无相关性（r=-0.034,P=0.858）。结论:NSCLC EGFR突变与吸烟、饮酒、肿瘤家族史及心脑血管疾病史均不存在相乘交互作用,miR-221表达在NSCLC组织中高于非癌病人肺组织,与EGFR突变无相关性。     

High Resolution Melting Analysis for Epidermal Growth Factor Receptor Mutations in Formalin-fixed Paraffin-embedded Tissue and Plasma Free DNA from Non-small Cell Lung Cancer Patients

Background:The aim of the research was to explore a cost effective, fast, easy to perform, and sensitive methodfor epidermal growth factor receptor (EGFR) mutation testing. Methods: High resolution melting analysis (HRM)was introduced to evaluate the efficacy of the analysis for dectecting EGFR mutations in exons 18 to 21 usingformalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues and plasma free DNA from 120 patients. Results: The totalEGFR mutation rate was 37.5% (45/120) detected by direct sequencing. There were 48 mutations in 120 FFPEtissues assessed by HRM. For plasma free DNA, the EGFR mutation rate was 25.8% (31/120). The sensitivityof HRM assays in FFPE samples was 100% by HRM. There was a low false-positive mutation rate but a highfalse-negative rate in plasma free DNA detected by HRM. Conclusions: Our results show that HRM analysis hasthe advantage of small tumor sample need. HRM applied with plasma free DNA showed a high false-negativerate but a low false-positive rate. Further research into appropriate methods and analysis needs to be performedbefore HRM for plasma free DNA could be accepted as an option in diagnostic or screening settings.     

非小细胞肺癌中EGFR和K-ras基因突变检测

目的:探讨不同类型非小细胞肺癌的EGFR和K-ras基因突变情况及其与肺癌相关临床病理特征的关系。方法:用厦门艾德ADxARMS试剂盒进行98例非小细胞肺癌患者肿瘤组织中EGFR（18,19,20,21外显子）基因和K-ras（12,13,61密码子）基因突变的检测。所有患者均未接受过吉非替尼的治疗。结果:98例样本中31例发生了EGFR基因突变,突变率为31.6%（31/98）,其中15例为19外显子缺失,13例为21 L858R外显子点突变,3例为20外显子突变,1例为18外显子突变。其中1例既有19外显子缺失突变,又有20外显子突变。腺癌中EGFR基因突变率较鳞癌、腺鳞癌、大细胞癌高。女性患者EGFR基因突变率较男性高。不吸烟患者EGFR基因突变率较吸烟患者高。低分化腺癌患者EGFR基因突变率较中、高分化患者高。21例发生了K-ras基因突变（21.4%）,其中12、13、61密码子均发现突变。突变率腺癌较鳞癌、腺鳞癌、大细胞癌高,与是否吸烟、患者性别、分化程度均无相关性。结论:非小细胞肺癌患者EGFR基因突变检出率较高,K-ras基因突变率较低,且两者不存在同时突变,EGFR基因突变与肺癌组织学类型、分化程度、性别等相关。K-ras基因突变与组织学类型相关。     

中国新疆维吾尔族人群中肺癌驱动基因的表达

背景与目的：肺癌的发病率和肿瘤相关死亡率居当前世界各地恶性肿瘤的首位。肺癌亦存在多种驱动基因。各民族间的差异反映出肺癌的不同基因突变存在差异。该研究旨在探讨新疆维吾尔族患者中肺癌驱动基因的表达状况。方法：收集维吾尔族肺癌患者组织标本43例,采用扩增受阻突变系统(amplification refractory mutation system,ARMS)检测EGFR基因表达,采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time fluorescent quantitative polymerase chain reaction,RTFQ-PCR)检测K-ras、ALK、ROS1、BRAF及PIK3CA基因表达,分析肺癌驱动基因突变与新疆维吾尔族肺癌患者临床病理特征之间的相关性。结果：43例标本中,EGFR基因突变率为11.63%,其中腺癌及鳞癌EGFR基因突变检出率分别为26.67%和4.76%;大细胞癌、腺鳞癌及小细胞肺癌均未测出EGFR基因突变。肺腺癌患者EGFR基因突变率为26.67%,明显高于非腺癌者的3.57%,差异有统计学意义(P=0.024)。K-ras12/13杂合突变6例,突变检出率为16.28%(6/43);PIK3CA杂合突变2例,突变检出率为4.65%(2/43)。1例发生EGFR基因与K-ras基因同时突变。维吾尔族肺癌患者EGFR基因突变与年龄、性别、吸烟状况、TNM分期、ECOG评分均无关。43例标本中均未见ALK、ROS1融合基因及BRAF基因突变。结论：与亚洲人群相比,新疆维吾尔族肺癌患者EGFR突变率较低,K-ras突变率高,类似于欧美高加索人群的突变特点。