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1.
目的探讨西北部分地区无偿献血人群中丙型肝炎病毒(HCV)基因型(亚型)的分布。方法收集无偿献血人群中HCV RNA阳性标本,通过RT-PCR扩增NS5B基因,测定其核苷酸序列后,与Genebank中已知序列进行分子进化分析,确定HCV基因型(亚型)。结果对西北部分地区(新疆、陕西、青海)137例HCV RNA阳性血清进行NS5B基因扩增,扩增阳性128例,其中1b占43.00%(55/128),2a占35.16%(45/128),3a占9.38%(12/128),3b占10.16%(13/128),6a占2.34%(3/128)。1b亚型之间同源性最高为99%,最低为93%,2a亚型之间同源性最高为98%,最低为91%,3a亚型之间同源性最高为98%,最低为91%,3b亚型之间同源性最高为98%,最低为93%。结论西北部分地区无偿献血人群中HCV基因分型以1b和2a为主,3a,3b,6a亚型占的比例较低,和中国内陆地区的基因型分布相似。  相似文献   

2.
目的了解广州地区献血人群中HCV感染者的感染途径及其HCV基因型/亚型。方法收集2009年10月-2013年7月在广州献血并成功随访到的抗-HCV ELISA呈反应性的献血者标本296(人)份,以转录介导的扩增(TMA)方法检测其HCV RNA;对HCV RNA阴性标本采用RIBA法确证,对HCV RNA阳性标本,膜吸附法提取HCV RNA经RT-PCR扩增E1和NS5B基因后进行sanger核苷酸序列测定。运用DNASTAR,Bio Edit,Mega5.0等软件作序列分析和基因分型。对献血者HCV感染途径的调查采用问卷调查的方法。结果 296名HCV感染者中,有197人(157例RNA阳性+40例RIBA阳性)确证为HCV感染者,按照HCV感染途径分为4组:静脉吸毒组8.63%(17/197)、输血或者血制品组17.26%(34/197)、其他途径组(除静脉吸毒和输血或血制品以外的传播途径,如手术、纹身等)13.71%(27/197)和感染途径不明组60.40%(119/197)。感染者不同年龄的比例为:18岁-25岁32.49%(64/197),25岁-35岁26.39%(52/197),35岁-45岁29.95%(59/197),45岁-54岁11.17%(22/197),不同感染途径中不同年龄的分布总体比较具有明显差异(P0.05)。HCV RNA阳性者157例,其中153人成功获得HCV基因分型:HCV-1b、2a、3a、3b和6a,分别占58.17%(89/153)、4.58%(7/153)、7.84%(12/153)、3.27%(5/153)和26.14%(40/153);静脉吸毒和输血或者血制品2组间HCV基因型分布有明显差异(P0.01):静脉吸毒组中HCV-6a占58.82%(10/17),输血或血液制品组中HCV-1b占54.16%(13/24)。结论目前广州献血人群中HCV感染者的感染途径多数尚不明确;HCV毒株以HCV-1b和6a亚型最多见,静脉吸毒者中6a的流行率较高,有输血或血制品史的献血者中1b亚型的比例较高。  相似文献   

3.
目的了解云南和山西2地无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)的基因型分布及其差异。方法采用荧光定量PCR(Q-PCR),对所收集的203份ELISA检测抗-HCV阳性的无偿献血者标本(云南102份,山西101份)做核酸检测,对核酸阳性的标本做E1基因扩增和测序;E1基因阴性者,进一步做NS5B基因扩增;采用DNASTAR、Bi-oedit和Mega4等软件对E1、NS5B基因进行分析及分子进化研究。结果203份ELISA检测抗-HCV阳性的无偿献血者标本中,云南102份标本经Q-PCR检测出核酸阳性55份,从中扩增出E1基因43份,补做NS5B基因扩增获得阳性结果8份;山西省101份标本经Q-PCR检测出阳性46份,从中扩增出E1基因33份,补做NS5B基因扩增获得阳性结果6份。云南省献血者HCV基因型(亚型)可分为7种:1b[7.84%(4/51)]、2a[13.73%(7/51)]、3a[17.65%(9/51)]、3b[41.18%(21/51)]、6a[7.84%(4/51)]、6n[9.80%(5/51)]和6v[1.96%(1/51)];山西省献血者HCV基因型(亚型)较简单,可分为3种:1b[89.74%(35/39)]、2a[7.69%(3/39)]和3b[2.56%(1/39)]。结论我国云南和山西2地无偿献血人群中的HCV基因型(亚型)的分布存在明显的差异。  相似文献   

4.
目的了解广州地区无偿献血人群丙型肝炎病毒部分基因的核苷酸序列和基因型分布。方法收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本201份,采用荧光定量PCR(Q-PCR)的方法对其进行核酸检测,阳性标本同时作HCVE1和NS5B基因扩增;核苷酸序列测定后运用DNASTAR,B ioEd it,M ega4.0等软件作序列分析和基因分型。结果 201份抗-HCV阳性标本的HCV RNA阳性率为54.23%(109/201),其中男性的HCV RNA阳性率为63.19%(91/144)、女性为31.58%(18/57)(P<0.05)。109份HCV RNA阳性的标本全部扩增出E1和NS5B基因,基因分型显示其HCV基因型比例依次为1b(46.79%)、6 a(33.03%)、3 a(10.09%)、2 a(5.50%)、3b(3.67%)、1 a(0.92%)。结论广州地区抗-HCV阳性的无偿献血人群HCV RNA阳性率男性高于女性,HCV毒株以1b和6 a亚型最多见。  相似文献   

5.
目的研究成都地区献血者人群HCV感染的基因型分布。方法从血液筛查出的抗-HCV反应性血清标本中提取HCV RNA,RT-PCR获得HCV核酸C区及NS5B区序列片段,用MEGA软件构建序列进化树,分析HCV的亚型分布特征及可能的原因。结果对313例HCV RNA阳性标本分型结果如下,1b亚型283例,2a亚型14例,3b亚型7例,3a亚型3例,6a亚型5例,6u亚型1例;4和5基因型没有发现。结论在成都地区献血者人群感染的HCV中共有6个亚型分布。其中1b是绝对优势亚型,占90.41%(283/313);6u亚型在成都地区首次被检测到。  相似文献   

6.
目的建立适用于临床的常见HCV基因型的快速、敏感、有效的核酸逆转录环介导等温扩增技术(RTLAMP)。方法根据不同HCV亚型的标准序列设计HCV-1b、2a、3b和6a型特异性引物,建立及优化针对各HCV亚型的RT-LAMP试验方法;收集55例已确认为HCV RNA阳性的临床标本做检测及分型。结果本组HCV-RNA阳性标本,运用LAMP法的检出率为94.55%(52/55),其中HCV-1b型占40.38%(21/52)、2a型占9.62%(5/52)、3b型占23.08%(12/52)、6a型占26.92%(14/52)。结论建立了针对不同HCV基因型的LAMP检测方法,该法快速、敏感,适合于在临床应用。  相似文献   

7.
目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列(unused seq)占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3%、2a占3.7%,2号标本相应为94.1%、5.9%。结论深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Geneious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观。  相似文献   

8.
目的探讨性传播途径在广州地区无偿献血人群中HCV感染和传播中的风险。方法联系2009年10月—2013年7月在广州血液中心献血后HCV RNA检测为阳性,且已经完成基因分型的献血者153名,邀请其动员性伴侣知情同意后参加研究。抽取静脉血检测参与研究的献血者及其性伴侣的抗-HCV、HCV RNA,发放调查问卷了解其生活行为方式。若献血者的性伴侣检测为HCV RNA阳性,则进一步作基因分型;对比基因进化距离以判断感染是否来源于对方。对成功动员性伴侣参加研究的献血者感染HCV的风险因素按年龄分布作统计学分析。结果共成功随访了48位献血者的性伴侣,这48名献血者的HCV RNA阳性分型:HCV-1b占56.25%(27/48)、2a4.16%(2/48)、3a 10.41%(5/48)、3b 4.16%(2/48)和6a 25%(12/48);不同年龄组献血者的HCV感染风险因素的年龄分布没有明显差异(P0.05)。48名HCV RNA阳性献血者的性伴侣抗-HCV ELISA、HCV RNA检测均为阴性。结论性传播途径在广州地区无偿献血者HCV感染及传播中的风险低。  相似文献   

9.
目的了解国内不同地区献血人群中HCV基因型、亚型分布及系统发育情况以及不同地区人群中HCV流行病毒株。方法收集来自重庆、新疆乌鲁木齐、河南洛阳、四川绵阳和广西柳州5地无偿献血人群的抗-HCV阳性血浆标本802(人)份,采用逆转录巢式PCR对其HCV core基因片段扩增并测序;应用MEGA 6.0软件构建HCV分子进化树并对其做基因分型,用Arlequin和DNAsp软件对不同地区不同HCV基因型做群体动力学研究。采用SPSSStatistics17.0软来分析HCV基因亚型和人口统计学特征的相关性。结果 5个地区献血者抗-HCV阳性血浆标本获得HCV core基因片段成功扩增的比例为52.24%(419/892),其中重庆为47.37%(116/247)、乌鲁木齐为54.17%(104/192)、绵阳为64.35%(74/115)、洛阳为38.95%(67/172)、柳州为76.32%(58/76);所有阳性PCR产物经双向测序后均获得核苷酸序列,共检测出8个HCV基因亚型:HCV-1a 0.72%(3/419)、1b 59.90%(251/419),2a 16.95%(71/419),3a 4.53%(19/419)、3b 3.82%(16/419),6a 12.41%(52/419)、6e 0.95%(4/419)、6n 0.72%(3/419),未检测到HCV-4和5型。5地献血人群中比例较高的2种HCV基因亚型:重庆为1b 46.55%(54/116)、6a18.97%(22/52),乌鲁木齐为1b 67.62%(71/104)、2a 21.90%(22/104)、洛阳为1b 64.18%(43/67)、2a 29.85%(20/67),绵阳为1b 80.00%(60/75)、2a 10.67%(8/75),柳州为1b 41.38%(24/58)、6a 36.21%(21/58)。HCV基因亚型和年龄、民族之间有明显的差异(P0.05)。结论本组我国5个地区献血人群HCV基因亚型丰度较高,以1b为主,2a次之,其余呈散在分布或未检出;不同地区人群的优势基因型均以1b比例为最高,其次分别是2a或6a。HCV基因亚型和年龄、民族存在相关性。  相似文献   

10.
目的探讨广州地区HLA-DR抗原和HCV-6a感染相关性。方法选取2002~2008年抗-HCV检测双试剂阳性无偿献血者250名,随机抽取135名广州地区无血缘关系的健康无偿献血者作为对照,用逆转录-套式聚合酶链反应扩增HCV E1和NS 5B基因,并进行测序。根据所测定的序列,与GENE BANK标准序列进行比对,作病毒基因的分型。利用LUMINEX-SSO方法检测HLA-DR位点。根据公式对HLA型别相关性的相对危险性进行评估。结果 250名无偿献血者中有69个样本的HCV E1和NS 5B区分型结果为HCV-6a,占到分析总数的27.6%。DR*14与HCV-6a感染相关评估的RR值均>4,与HCV-6a感染具有强关联性;DR*13,DR*12,DR*07和DR*16与HCV-6a感染相关评估的RR值均<1,表示此HLA-DR抗原位点对HCV-6a感染有抵抗性。结论广州地区HCV-6a的感染与DR*14存在强关联性,对HCV-6a的治疗、预后评价以及免疫逃逸有一定预见作用。  相似文献   

11.
目的研究感染HCV的无症状献血者基因型和1b基因型的核心区氨基酸置换情况。方法用巢式PCR方法扩增91个HCV RNA阳性献血者标本,根据直接测序得到的序列用Mega6.0软件进行序列比对和进化树构建,分析基因型和氨基酸置换情况。结果在78个测序结果清晰的样品中,66个为基因型1b(84.6%),其他基因型为1a(1,1.3%)、2a(7,8.9%)、3b(2,2.6%)和6a(2,2.6%)。62个1b样品的核心区蛋白(aa68-120)发生17处氨基酸置换。第70位R70Q、R70P和R70H各1例;第91位L91M置换非常普遍,为87.9%。结论本研究中献血者感染的HCV基因型主要为1型,尤其是1b为优势基因型。首次发现中国献血者感染的HCV核心区蛋白的氨基酸置换具有独特性。  相似文献   

12.
中国HCV5''-非编码区复合酶切分型及其3b基因型序列分析   总被引:8,自引:2,他引:6  
目的研究中国丙型肝炎病毒(HCV)不同基因型感染分布情况,并对3b序列进行分析。方法采用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)技术扩增HCV5’NCR 1a、1b、2a、2b、3a、3b、4a、6a不同基因型的cDNA及187份HCV RNA阳性样品中cDNA。A应用BHH(BsrBⅠ、HaeⅡ、HinfⅠ)复合内切酶消化5‘-NCR cDNA,B应用BstUⅠ消化,C应用HaeⅢ消化,电泳检测片段大小。结果187例HCV RNA阳性患者A B C分型结果表明,1b型感染率占67.38%,2a型12.30%,1b/2a型为5.88%,3b型5.35%,2b型3.21%,2a/2b、1b/2b型各为2.14%,1a型1.07,6a型0.54%。3份3b基因型5’-NCR A-T克隆测序结果表明,3株3b型之间同源性为99.54%~100%。其中chiKQ50与G1514395 3a株为96.28%与G1676877 3b株同源性为98.6%,与1a型为93.49%,与1b型为94.88%,与2a型为91.63%,与2b型为89.30%,与4a型为95.35%,与6a型为93.4%,结论研究结果表明该项分型技术既保证了RT-PCR检测灵敏度,又具有良好的分型效果。提示:该分型方法不仅适合中国HCV基因型检测,对亚洲及欧洲和非洲HCV分型研究也具有一定的参考价值。  相似文献   

13.
目的了解无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)感染者中隐匿性乙肝感染(OBI)率,为进一步阐明HCV/OBI的作用机制提供科学依据。方法采用盖立复PROCLEIX TIGRIS、罗氏cobas s 201和罗氏E601等仪器对2011年1月—2015年7月广州无偿献血者中的933(人)份HCV感染者标本做HBV DNA和抗-HBc检测,比较HCV单纯感染者和HCV/OBI共感染者之间性别、年龄、民族和转氨酶的差异;巢式PCR扩增HCV/OBI共感染者HCV C区和S区,并构建进化树和基因分型,荧光定量PCR检测HCV和HBV的病毒载量;另外,随机选取同期本地HCV 6a基因型的44名单纯HCV感染者和16名HCV/HBV共感染者最为对照组,通过巢式PCR扩增各组HCV C区,并对3组对象的HCV核心蛋白氨基酸序列做比对分析。结果本组HCV感染的献血者标本中,有6(人)份HBV DNA和抗-HBc阳性,亦即OBI感染率为6.43‰(6/933);该6份HCV/OBI共感染标本的HCV基因型中6a占83.3%(5/6)、1b占16.7%(1/6),HCV病毒载量(log_(10)IU/mL)为3.8—5.7(5.0±0.69)。HCV单纯感染者和HCV/OBI共感染者的性别、年龄、民族、籍贯和ALT均无明显差异(P>0.05)。HCV单纯感染者、HCV/HBV共感染者和HCV/OBI共感染者HCV核心蛋白序列氨基酸变异数分别为0.8±1.3 vs 0.7±1.5 vs 0.4±0.5(P>0.05),没有在HCV/OBI共感染者中发现一致性的结构或突变规律。结论广州地区无偿献血人群HCV感染者中的OBI阳性率较高。  相似文献   

14.
NS5B区核酸序列测定的丙型肝炎病毒基因分型研究   总被引:1,自引:1,他引:0  
目的了解昆明市丙型肝炎感染者HCV基因型分布特征。方法用RT-PCR法扩增40例HCVRNA阳性的患者血清样本丙型肝炎病毒NS5B区段,PCR产物纯化后进行测序分析,测序结果与参考序列共同构建系统进化树,得到丙型肝炎病毒基因型和基因亚型。结果丙型肝炎病毒NS5B区段基因序列的系统进化树分析能对丙型肝炎病毒感染者样本进行很好的分型;分型结果显示,昆明地区丙型肝炎病毒主要的基因型是3b型占45.0%,其次2a型占22.5%,1b型占20.0%,3a型占7.5%,6n型及6a型各占2.5%。结论构建丙型肝炎病毒NS5B区系统进化树分析能得到准确的HCV基因型和亚型;昆明地区的丙型肝炎病毒基因型以3型为主,其次2a、1b型,同时发现6型;昆明丙型肝炎感染者中HCV基因型分布更接近于中国香港和东南亚国家的丙型肝炎病毒基因分布。  相似文献   

15.
目的 应用基因测序技术检测分析湖北地区慢性丙型肝炎患者的HCV基因型及其分布特点。方法 收集2013年2月~2015年7月武汉大学人民医院感染科447例HCV-RNA阳性的慢性丙型肝炎患者血浆标本,通过Sanger测序法测定HCV基因的NS5B区基因序列,然后与NCBI genebank数据库中HCV基因型数据进行比对,分析患者HCV基因型。结果 研究检测的慢性丙型肝炎患者血浆中,共检测出11种HCV基因型,分别是1a,1b,2a,3a,3b,6a,6b,1b/2a混合型,1b/2k混合型,6a/1b混合型和6d/6k混合型。其中,HCV1a型为7例(1.57%),1b型325例(72.71%),2a型67例(14.99%),3a型7例(1.57%),3b型20例(4.47%),6a型14例(3.13%),6b型2例(0.45%),1b/2a混合型2例(0.45%),1b/2k型1例(0.22%),6a/1b混合型1例(0.22%)和6d/6k混合型1例(0.22%)。结论 湖北地区慢性丙型肝炎患者的HCV-RNA基因型以1b型为主,其次为2a型,亦可见其他型别,提示湖北地区HCV流行的基因型呈多样性。  相似文献   

16.
目的 在输血后丙型肝炎因果关系鉴定中初步应用HCV基因同源性分析方法 ,为确定HCV传播途径 ,有效指导丙型肝炎的预防和控制提供依据。方法 使用RT PCR、限制性酶切长度多态性 (RFLP)分析和序列测定等方法 ,对 2名输血相关丙型肝炎患者和献血者感染的HCV中包含 2个高变区在内的包膜 (E1和E2 /NS1)区基因片段同源性进行了分析。结果 一名患者与献血者体内HCV同源性为 99.2 1%以上 ,其同源性显著超过与无关者体内HCV的同源性 ,证实该病例为输血后丙型肝炎 ;另一名患者由于在相关献血者的HCVRNA的检测中出现了相互矛盾的结果 ,其所患丙肝与输血的关系有待进一步探讨。结论 使用同源性分析方法能初步鉴定不同来源的病毒 ,能为正确诊断输血后丙型肝炎提供参考依据。  相似文献   

17.
目的 探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)6a亚型与病毒滴度的关系.方法 从2009年11月~2011年8月收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本527份,对其进行HCV核酸检测(nucleic acid test,NAT).对核酸阳性的标本采用罗氏COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV test进行病毒滴度的定量检测,以及采用NS5B基因扩增和直接测序法进行HCV基因分型的鉴定.对于标本的病毒滴度与基因分型采用SPSS16.0软件进行关联性分析.结果 527份抗-HCV阳性标本中,299份标本成功获得病毒滴度和分型结果.HCV 1型(1a+1b)、2型(2a)、3型(3a +3b)和6型(6a)的比例分别为48.8%,8.7%,12.4%和30.1%.统计分析结果表明,不同基因型之间的病毒滴度存在显著差异(F=6.675,P<0.01).HCV 1型和6型的平均滴度分别为6.04,6.15 log10 IU/ml,均高于2型和3型(平均滴度分别为5.66和5.49 log10 IU/ml).结论 HCV 1b和6a是广东地区无偿献血者人群中流行的主要亚型.HCV 1型(1a +1b)和6型(6a)的病毒滴度显著高于2型和3型.HCV 6a在广东地区的流行和传播可能其较高病毒滴度有关.研究HCV基因分型与病毒滴度的关系的研究有助于广东地区HCV的防控策略以及各亚型治疗方案的制定.  相似文献   

18.
目的了解目前我国安徽、河南、山西3省自愿咨询检测(VCT)人群HIV感染者中HIV/HCV共感染率及HCV亚型的分布情况。方法对来自安徽、河南、山西3省VCT人群中HIV阳性样本进行HCV抗体检测并对HCV阳性的样本进行HCVC/E1区RT-PCR扩增、基因测序,分析HCV的亚型分布。结果在HIV阳性的382份样本中,检出HCV阳性215份,3省VCT人群HIV感染者中HIV/HCV共感染率平均为56.3%,安徽、河南、山西3省分别为50.0%、59.3%、42.9%。其中,经血传播人群的HIV/HCV共感染率为72.1%,经性传播人群为33.3%,其它途径人群为36.6%。HCV PCR扩增成功98份,1b亚型69份(70%),2a亚型28份(29%),3a亚型1份(1%)。结论安徽、河南、山西VCT人群具有较高的HIV/HCV共感染率;经性传播人群HIV/HCV共感染率高于国外水平;HIV/HCV共感染对HCV亚型分布无显著影响。  相似文献   

19.
献血者丙型肝炎病毒核酸检测分析   总被引:4,自引:4,他引:0  
目的 为了解抗 - HCV阴性和阳性与 HCV- RNA检测分析的符合率 ,选取 HCV检测的筛查方法。方法 用现代分子技术 ,对 30 0 0例 EL ISA抗 - HCV检测阴性和 2 80例 EL ISA抗 - HCV检测阳性的样本进行 HCV- RNA检测分析。结果  EL ISA抗 - HCV阴性样本中 ,HCV- RNA检测阳性率为 0 .17% (5 / 30 0 0 ) ,EL ISA抗 - HCV阳性样本中 ,HCV- RNA检测阳性率为 87.8% (2 4 6 / 2 80 )。结论  EL ISA抗 - HCV阴性样本中有 HCV感染窗口期漏检样本 ,EL ISA抗 - HCV阳性样本中 HCV- RNA阴性检出率为 12 % (34/ 2 80 ) ,血液 HCV感染的检测需同时使用 EL ISA和 HCV- RNA两种方法检测。  相似文献   

20.
目的探讨江苏地区献血者感染的HCV基因型及亚型。方法收集2013年来自江苏省血液中心ELISA双试剂检测抗-HCV阳性献血者血清标本,使用HCV核酸定量检测试剂盒检测HCV RNA载量;同时使用RNA提取试剂提取HCV RNA,反转录PCR法扩增HCV Core区基因片段,并对扩增产物进行测序,利用进化树分析基因型和亚型。结果 2013年抗-HCV阳性标本139例(0.20%),其中64例抗-HCV阳性血清标本经荧光定量检测,RNA阴性30份,阳性34份。经巢式PCR扩增能够分型的标本24份,包括1a(71.7%)、1b(7.5%)、2a(7.5%)和3b(1.9%)3种基因型和4种亚型。年龄偏大(35岁)以及男性的HCV RNA阳性标本的病毒滴度与抗-HCV水平(S/CO值)都高于RNA阴性标本,并且存在性别差异,但年龄间无差异。结论江苏无偿献血者感染的HCV基因型以1型为主,其中1b为优势基因亚型。病毒血症献血者的HCV抗体水平显著升高,HCV RNA在自然感染进程中的变化有待通过进一步随访进行研究。  相似文献   

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