多重PCR-DHPLC技术检测肠出血性大肠杆菌O157:H7基因型的方法学研究

目的 开发肠出血性大肠杆菌O157:H7的多重PCR-变性高效液相色谱(DHPLC)检测方法 .方法 以编码大肠杆菌0157抗原的rfbE 基因、编码毒力因子的类志贺毒素(SLT)基因为目的 基因,选择2对引物,建立并优化了大肠杆菌O157:H7的多重PCR-DHPLC检测体系.扩增产物分别为224 bp和499 bp.结果 采用37株细菌验汪了该多重PCR具有良好的特异件.PCR榆测的灵敏度可达到4 CFU/ml.结论 实验证明,研究建立的多重PCR-DHPLC方法 可特异、灵敏地实现对大肠杆菌O157:H7的检测.     

鲍曼不动杆菌临床分离株表型、基因型和耐药基因的对比研究

目的 对比研究鲍曼不动杆菌临床分离株基因型和编码耐药基因的差异,并分析其与临床多重耐药性的关系.方法 随机收集中南大学湘雅二医院2008年9月至2009年9月分离的77株鲍曼不动杆菌,采用WHO推荐的K-B法对鲍曼不动杆菌进行临床常见15种抗生素药物敏感试验,并对药敏谱进行分析.用随机扩增多态性DNA法(RAPD)技术进行基因分型.并利用PCR对β-内酰胺酶基因TEM-1、IMP、OXA-23、OXA-24、AmpC和氨基糖苷类修饰酶基因aac(3)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ和16S rRNA甲基化基因armA、rmtA、rmtB进行扩增及序列分析.对比分析鲍曼不动杆菌耐药基因的携带情况,以及与基因型和耐药性的关系.结果 77株鲍曼不动杆菌中敏感菌株有31株,对5种或5种以上抗生素耐药的多重耐药菌株46株,内含全耐药菌株10株.RAPD技术将其分为17型,为A-G型,多重耐药株中E型为优势克隆株(17株),在重症监护病房(ICU)中流行最广,占47.1%(8/17).敏感株中各型散在分布.PCR扩增结果显示,多重耐药株和敏感株携带TEM-1、IMP、OXA-23、OXA-24、AmpC、aac(3)-Ⅰ、aac(6')-Ⅰ、ant(3")-Ⅰ和armA耐药基因的比率分别为95.7%、39.1%、84.8%、54.3%、87.0%、89.1%、84.8%、45.7%、63.0%和58.1%、9.7%、32.3%、48.4%、48.4%、29.0%、45.2%、12.9%、9.7%,未发现rmtA和rmtB基因阳性菌株.经x2检验,除OXA-24外,其余各耐药基因携带率比较差异有统计学意义(P＜0.05).药敏分析提示携带以上耐药基因的鲍曼不动杆菌菌株的耐药率明显高于未携带该基因的菌株,其中对阿米卡星和庆大霉素耐药的菌株,其氨基糖苷类酶基因均阳性(34.8%),含所测的所有β-内酰胺酶基因的菌株均为全耐药株.结论 与临床分离的敏感鲍曼不动杆菌相比,多重耐药株耐药谱广,耐药率高,其携带β-内酰胺酶基因和氨基糖苷类酶基因种类多,分离率高,且同一克隆的多重耐药株可在病室内和病室间传播.     

60株鲍曼不动杆菌耐药基因携带情况分析

目的研究临床分离的60株鲍曼不动杆菌耐药谱及Ⅰ型整合子和β-内酰胺酶等基因携带情况。方法用微量肉汤稀释法测定16种临床常用抗菌药物的最小抑菌浓度;PCR检测β-内酰胺酶、Ⅰ型整合子和外排泵基因,对阳性基因进行序列分析。结果60株菌中,多重耐药株53株,占88.3%;6株携带OXA-23基因,均对包括碳青霉烯在内的5类以上抗菌药耐药,并具有高耐药特性;38株携带PER-1基因,对头孢菌素类耐药率显著高于PER-1基因阴性菌株(P<0.01);45株检出Ⅰ型整合子结构基因,多重耐药率明显高于Ⅰ型整合子阴性菌株(P<0.01);Ⅰ型整合子和PER-1基因同时阳性25株,与7株两者同为阴性菌株相比,多重耐药率增高(P<0.01),但耐药程度无显著差别。结论Ⅰ型整合子基因及β-内酰胺酶类基因的作用是导致鲍曼不动杆菌多重耐药的重要原因;OXA-23基因阳性菌株多为泛耐药和高耐药株,有必要采取有效措施控制其传播。     

常见肠杆菌科细菌临床株aac(6＇)-Ib-cr基因的流行现状和耐药特征

目的 研究氨基糖苷乙酰胺转移酶基因的突变形式aac(6’) -Ib -cr在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌临床株中的分布状况;分析携带该基因菌株对环丙沙星、氨基糖苷类和头孢菌素类的耐药特征.方法 利用多聚酶链式反应检测肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌临床分离株中aac(6’)-Ib基因携带情况,采用BtsC I酶切消化,经DNA测序确认aac(6 ’)-Ib-cr基因;统计分析aac(6’) -Ib-cr基因与环丙沙星、头孢菌素类和氨基糖苷类耐药性关系.结果 aac(6’)-Ib-cr基因在肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌的检出率分别为12.6％ (30/238)和18.8％ (13/69);aac(6 ’)-Ib-cr阳性株与阴性株对环丙沙星的耐药率分别为72.1％ (31/43)和48.1％(127/264),差异有统计学意义(X2=8.52,P＜0.05).肺炎克雷伯菌aac(6’)-Ib-cr基因阳性株对阿米卡星的耐药率高于aac(6’) -Ib-cr基因阴性株(X2=4.25,P＜0.05).aac(6’)- Ib-cr基因阳性株和阴性株对庆大霉素的耐药率、常用的头孢菌素类的耐药率和多重耐药率均较高,无统计学差异.结论 本地区肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌临床分离株中,aac(6’) -Ib-cr基因均有检出;aac(6’)-Ib-cr基因阳性株对环丙沙星耐药率明显高于阴性株,肺炎克雷伯菌中aac(6’)-Ib-cr基因阳性株对阿米卡星的耐药率明显高于阴性株,具有统计学意义.aac(6’) - Ib-cr基因阳性株和阴性株对常用头孢菌素类的耐药率和多重耐药率均较高,无统计学意义.     

荧光定量分型PCR、多重PCR和测序检测HBV基因型的方法学比较

目的 比较荧光定量分型PCR、直接测序和多重PCR三种HBV基因分型法,对本实验室建立的荧光定量分型PCR方法进行评价.方法 用多重PCR、直接测序和荧光定量分型PCR法检测113份HBV DNA阳性的临床样本.结果 荧光定量分型PCR和直接测序法检出率100%,多重PCR法检出率94.69%,6份样本未能分型.荧光定量分型PCR和多重PCR的Kappa系数0.915,荧光定量分型PCR和直接测序法的Kappa系数0.742,一致性均较好.对B/C基因型混合感染样本,荧光定量分型PCR法检出28例(24.78%),多重PCR法检出19例(16.81%),直接测序法检出13例(11.50%).结论 荧光定量分型PCR分型结果准确可靠,对基因型混合感染样本的检出率明显高于多重PCR及直接测序法,是一种高效、简便、快速、准确的HBV基因分型法,适用于大规模流行病学调查.     

铜绿假单胞菌治疗探索

铜绿假单胞菌是医院感染的重要病原菌.近年来临床上出现了对所有β内酰胺类及喹诺酮类抗菌药耐药的多重耐药株,造成治疗的极大困难.下面通过本院具体一例患者对铜绿假单胞菌的治疗作初步探讨.     

假肥大型肌营养不良症家系的基因检测与产前诊断

目的 分析假肥大型肌营养不良症(Duchenne and Becker muscular dystrophy,DMD/BMD)家系的致病突变,对胎儿进行产前诊断,并确定家系中的女性成员是否为突变携带者.方法 收集43个DMD/BMD家系,用多重PCR方法分析DMD基因缺失热点区的18个外显子;用多重连接依赖性探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)方法对43例患者及32个家系中的36位女性进行DMD基因全部79个外显子的定量检测,为其中27个家系提供产前诊断.结果 用多重PCR共检测到26例缺失突变.采用MLPA方法,除多重PCR检测到的突变外,还检测到3例缺失和6例重复突变,突变范围明确.用MLPA检测的36例女性中,32例为患儿母亲,共发现16例突变携带者,另有2名女性亲属也被确诊为携带者.10名女性排除了携带者的可能性,8例不能确定.经产前诊断,18例男性胎儿中3例为患者,9例女性胎儿中1例为携带者.结论 MLPA方法可全面检测DMD基因缺失及重复突变,同时明确女性携带者,从而为产前诊断提供准确信息.     

发热肺部感染患者多重耐药菌感染的危险因素与防控措施

目的:探讨发热肺部感染患者多重耐药菌感染的危险因素.方法:选取我院收治的78例发热肺部感染患者作为研究对象.将发生多重耐药菌感染分为观察组(n=34例),未发生多重耐药菌感染分为对照组(n=44例).分析两组病原学特点,通过单因素和多因素Logistic回归分析发热肺部感染患者多重耐药菌感染的危险因素.结果:观察组前3位病原菌分别为鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌,对照组前3位病原菌分别为肺炎克雷伯菌、鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌.单因素分析结果显示,观察组年龄≥60岁、卧床、有手术史、营养不良、低蛋白血症、胃管插管、住院时间≥30 d、呼吸机使用时间≥7 d、留置导尿管时间≥7 d、中心静脉导管使用时间≥7 d、非限制类抗菌药物使用时间≥7 d、限制类抗菌药物使用时间≥7d、特殊抗菌药物使用时间≥7 d、气管切开、曾转科、曾入住ICU所占比均高于对照组(P<0.05).Logistic回归分析显示,年龄≥60岁、卧床、营养不良、住院时间≥30 d、限制类抗菌药物使用时间≥7 d、气管切开是发热肺部感染患者多重耐药菌感染的独立危险因素(P<0.05).结论:正确认识发热肺部感染患者多重耐药菌感染的危险因素、合理使用抗生素及时采取有效防控措施,是减少发热肺部感染患者多重耐药菌感染的关键.     

人类红细胞血型抗原基因分型多重PCR体系的构建及应用

目的 建立可同时检测血型抗原Dib、k、Jsb1910、Jsb2019的一套稳定的基因分型方法,通过筛选获得所检测人群的稀有血型数据,可扩大中国稀有血型资料库.方法 应用基于PCR的基因定点诱变技术制备Dib、k、Jsb1910、Jsb2019血型等位基因检测对照品.分别针对血型抗原Dib、k、Jsb1910、Jsb2019等位基因的单核苷酸多态性位点设计序列特异性引物,通过优化PCR条件建立多重PCR体系,并对4190份随机献血者样本进行Dib、k、Jsb1910、Jsb2019血型抗原基因分型.结果 成功制备出Dib、k、Jsb1910、Jsb2019基因检测对照品,并成功构建检测血型抗原Dib、k、Jsb1910、Jsb2019的多重PCR体系,所建立的多重PCR体系具有良好的重复性和稳定性,4190份随机献血者样本中共检出2例Di(b-)样本,未检出k-和Js(b-)样本.结论 多重PCR具有快捷、高通量且成本低的优点,可用于筛选稀有血型.获得的稀有血型可存入稀有血型数据库,为稀有血型患者及长期输血患者提供相配合的血液,减少输血不良反应的发生.     

耐甲氧西林金黄色葡萄球菌SCCmec基因分型及药敏分析

目的 研究临床分离的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的SCCmec基因型及亚型并对其耐药性进行分析,为临床治疗和流行病学研究提供依据.方法 应用PCR法检测50株MRSAmeeA基因和SCCmec的基因型及亚型.用纸片扩散法进行药敏试验.结果 50株MESA mecA基因均为阳性.45株为SCCmecⅡ型,3株为SCCmecⅢA型,2株为SCCmec Ⅱ型.未见SCCmee Ⅰ和SCCmecⅣ型.携带SCCmecⅡ、SCCmecⅢ或SCCmecⅢA的菌株均为多重耐药株.结论 50株MESA为多重耐药菌株,以SCCmecⅢ型为主.     

基于DNA微阵列数据的基因聚类方法

聚类分析并不是一个新的统计问题,但是微阵列实验产生的大量复杂多元数据集对聚类的计算方法提出了新的挑战.本文对微阵列基因表达数据分析的多种聚类方法及其优缺点作了详细的介绍,包括监督聚类、非监督聚类以及基于模型的聚类.由于各种方法的有效性和适用场合不同,探索开发更为适用、聚类效果更为理想的专用于微阵列表达谱数据的聚类新方法显得尤其重要.     

MICA基因与器官移植及前景

MICA基因( major histocompatibility complex class I chain-related gene A)是MIC基因家族的一个成员, Tom' Spie的研究小组于1994年首先报道了这种MHC- Ⅰ类相关基因家族.MIC是位于MHC-Ⅲ类基因区长度为的2MB的免疫功能相关基因, 包括MICA、 MICB、 MICC、 MICD、 MICE、 MICF和MICG, 其中MICA及MICB为功能基因, 其余为假基因.MIC基因与经典MHC-I类基因具有较高的同源性, 其分子结构与经典MHC- Ⅰ类分子有30%的同源性, 但功能不同.国外大量临床实验及研究表明, 在兼顾经典HLA配型的同时, 如果MICA基因亦匹配, 器官移植后受体生存率将明显提高.     

一株携带三种β内酰胺酶基因铜绿假单胞菌的发现

近年来铜绿假单胞菌（Pa）耐药率不断增加，已经出现对三代头孢菌素和亚胺培南耐受的Pa菌，给临床治疗带来极大困难。我们从一例脑外伤合并严重肺部感染患者的气管分泌物中分离出1株多重耐药忍菌，并对其进行了12种β内酰胺类耐药相关基因的检测与分析。     

肺炎克雷伯菌多重耐药机制的研究

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoni-ae,Kpn)是引起医院内感染的常见病原菌之一.用PCR法检测9种氨基糖苷类修饰酶基因、9种β-内酰胺酶编码基因及Ⅰ类整合酶基因并对整合子进行分析,采用纸片扩散法选出58株多重耐药的Kpn,测定对亚胺培南等17种抗菌药物的敏感性.     

碳青霉烯耐药肺炎克雷伯菌产β-内酰胺酶及流行性研究

肺炎克雷伯菌(Klebsiella pneumoniae,Kpn)属条件致病菌,是临床分离及医院感染的重要革兰阴性杆菌之一.由于β-内酰胺类及氨基糖苷类等广谱抗菌素的广泛应用,肺炎克雷伯菌的多重耐药现象越来越严重,其主要机制之一是通过产生超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)及头孢菌素酶(AmpC酶)实现;对于这些多重耐药菌,碳青霉烯类抗生素(如亚胺培南、美罗培南和厄他培南等)是目前可用的最有效药物.然而,近年来各种碳青霉烯水解酶的相继出现,临床中分离的碳青霉烯类抗生素耐药菌株的不断增加等现象使得碳青霉烯类耐药的肺炎克雷伯菌成为医学感染的严重威胁[1-2].     

多重耐药鲍曼不动杆菌相关耐药基因检测分析

目的为了解多重耐药鲍曼不动杆菌β-内酰胺酶（BLA）基因、氨基糖苷类修饰酶（AMFs）基因、消毒剂与磺胺类耐药基因（qacE△1-sul1）和1类整合子酶基因（intl1）存在情况。方法对2005年1—6月份临床分离的31株多重耐药菌株（耐哌拉西林、第三代头孢菌素、环丙沙星和阿米卡星），应用聚合酶链反应及序列分析方法分析其BLA、AMEs、qacE△1．sull和intl1基因类型。结果31株多重耐药鲍曼不动杆菌对多黏菌素B敏感，有3株（9．7％）对受试的其他18种抗菌药物均耐药。19株（61．3％）检出了β-内酰胺酶基因，其中TEM、PER、DHA阳性率分别为61．3％、19．4％、3．2％，未检出SHV、OXA-23、OXA-24、GES、IMP和VIM等基因。25株（80．6％）检出氨基糖苷类修饰酶基因，其中aac（3）-I、aac（6’）-I、ant（3”）-I、ant（2”）-I、aac（3）-Ⅱ、aac（6’）-Ⅱ阳性率分别为67．7％、45．2％、29．0％、22．6％、9．7％、3．2％。qacE△A1-sul1、intl1阳性率分别为80．6％、58．1％。分离株常见的基因组合是TEM＋qacE△1-sul1＋intl1和TEM＋PER＋qacE△1-sull＋intl1，分别占25．8％和19．4％。分离株AMEs的常见的基因组合是aac（3）-I＋aac（6’）-I和nnc（3）-I＋aac（6’）-I＋ant（2”）-I，分别占19．4％和12．9％。结论临床分离的多重耐药鲍曼不动杆菌TEM、nnc（3）-I、nnc（6’）-I、ant（3”）-I、ant（2”）-I、qacE△1-sul1和intl1基因携带率高。     

112例羊水细胞的多重PCR-片段分析

目的研究多重PCR-片段分析方法进行快速检测胎儿染色体异常的可行性。方法选择21、18、13、X和Y染色体分布大致均匀区域,设计38对特异性引物和通用引物共同介导的多重基因片段进行同等效率扩增,经对产物片段大小进行定量分析,使用专用软件对染色体的整倍性进行判读。采用该方法检测羊水细胞标本112例,同时与经典核型分析结果对照分析。结果建立了多重-PCR片段分析5类非整倍性染色体异常的产前诊断方法,且24小时内同时完成多个标本。112例样本进行多重PCR片段分析全部成功,52例正常女性胎儿和男性胎儿与核型分析结果完全一致;5例21-三体、4例18-三体、1例47,XXX和1例47,XYY与核型分析结果完全一致;培养失败无法进行核型分析2例,经多重-PCR片段分析排除了5类非整倍体染色体异常;多态性遗传标记35例、结构异常11例和1例嵌合体,经多重PCR-片段分析均为正常。结论建立的多重PCR-片段分析检测5类非整倍性染色体异常与传统核型分析具有符合性;并结合软件数据分析方法简便、准确、快速、通量高,可作为产前诊断5类非整倍体染色体异常的一种可行性方法。     

20株阴沟肠杆菌耐药性及氨基糖苷类修饰酶基因分析

目的明确临床分离的20株阴沟肠杆菌耐药性及氨基糖苷类修饰酶基因存在状况。方法采用ATB药敏试验板微量肉汤法测定临床分离的20株阴沟肠杆菌对20种抗菌药物的敏感性，采用聚合酶链反应及序列分析的方法分析氨基糖苷类修饰酶基因型。结果该20株菌呈现多重耐药，对亚胺培南和美罗培南均敏感，对阿莫西林、阿莫西林／克拉维酸、头孢噻吩和头孢西丁完全耐药，对头孢吡肟及4种氨基糖苷类抗生素阿米卡星、庆大霉素、妥布霉素和奈替米星的耐药率分别为25．0％、60．0％、85．0％、90．0％和90．0％，其余9种的耐药率在80．0％～95．0％之间。19株(95．0％)检出氨基糖苷类修饰酶基因；aac(6′)-Ⅰ、aac(3)-Ⅱ、ant(3″)-Ⅰ、ant(2″)-Ⅰ和aph(3′)-Ⅵ基因的阳性率分别为80．0％、50．0％、40．0％、5．0％和5．0％；而aog2(3)-Ⅰ、aac(3)-Ⅲ、aac(3)-Ⅳ和aac(6′)-Ⅱ基因均阴性。结论临床分离的阴沟肠杆菌多重耐药严重，氨基糖苷类修饰酶基因携带率很高。     

象山地区女性感染HPV基因类型分析

目的 了解象山县各年龄段妇女宫颈病变标本人乳头瘤病毒(HPV)阳性率、多重感染及亚型分布情况,为预防HPV感染和宫颈癌提供理论依据.方法 应用反向点杂交技术检测1138个可疑患者标本,并进行23种HPV基因亚型检测分型.结果 1138例样本中,HPV感染者为430例,阳性率37.8%,检出高危基因型(HPV16、18、...     

Jurkat细胞株TCRγ基因重排及多重引物扩增分析

目的分析Jurkat细胞株TCRγ基因重排特点,观察多重引物PCR扩增Jurkat细胞株TCRγ基因重排的效果。方法 TCRγ基因重排正向、反向引物配对组合,分别扩增Jurkat细胞株DNA,阳性PCR产物测序并比对分析;多重引物组合、降落式PCR扩增Jurkat细胞株TCRγ基因重排,比较多重引物与单对引物扩增效果。结果两组单对引物扩增产物电泳出现强阳性条带,测序并比对证实为TCRγ基因重排;与胚系基因比对发现,重排后TCRγ基因存在删除和增加的碱基序列;多重引物扩增产物中出现阳性条带的组合,其引物与单对引物组合一致。结论 Jurkat细胞中存在两种不同的TCRγ基因重排,重排序列体现了基因重排多样性。多重引物结合降落式PCR扩增TCRγ基因重排,扩增效果与单对引物一致。