川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移作用

目的 利用网络药理学方法和分子对接技术研究川芎治疗肺癌脑转移的潜在分子机制。方法 通过中药系统药理学分析平台TCMSP数据库获取川芎的化学成分和作用靶点；通过GeneCards数据库筛选肺癌脑转移的相关靶点；借助Clusterpro-filerR包进行GO和KEGG富集分析；利用Cytoscape及STRING数据库构建川芎“活性成分-靶点-疾病”网络、蛋白相互作用网络，根据拓扑学参数筛选川芎治疗肺癌脑转移的核心成分及作用靶点，并将两者进行分子对接；最后，通过川芎处理人肺癌细胞PC9，运用Western blot法检测相关蛋白表达对核心靶点进行初步验证。结果 本研究共筛选出（Z）-藁本内酯、丁苯酞、油酸、杨梅酮等48个有效成分；INS、BDNF、FOS、VEGFA、PTGS2、ESR1、MAPK14、PTGS1等49个靶点蛋白；核受体活性、配体激活、转录因子活性等57个生物学功能；Prolactin signaling pathway、Breastcancer、Etrogen signaling pathway等40条信号通路。分子对接结果显示，杨梅酮、丁苯酞、4-羟基-3丁基苯酞、（Z）藁本内酯、洋川芎内酯-E等成分与BDNF、FOS、PTGS2、MAPK14等7个核心靶点有较强亲和能力。Western blot结果显示，0.1 mol/L和1 mol/L川芎处理肺癌细胞PC9后PI3K的磷酸化水平分别为（86.51±13.09）%、（71.58±5.56）%，AKT的磷酸化水平分别为（87.49±13.09）%、（71.47±13.02）%，VEGF的水平分别为（84.39± 8.95）%、（80.65±10.07）%，且差异均具有统计学意义（P<0.01）。结论 川芎通过多成分、多靶点、多信号通路和多生物学功能发挥抗肺癌脑转移的作用。     

消积化瘀丸治疗非小细胞肺癌作用机制的网络药理学分析

目的:运用网络药理学方法,研究消积化瘀丸对非小细胞肺癌的潜在作用机制,分析其多成分-多靶点-疾病的相互关系.方法:收集消积化瘀丸的药物活性成分和潜在靶点,并在CTD数据库获取非小细胞肺癌的相关靶蛋白,进而筛选出药物活性成分与疾病的共享基因.利用Cytoscape软件构建蛋白互作网络图(PPI)并绘制成分-靶点、靶点-通路关系图.使用生物学信息注释库(DAVID)进行基因本体(GO)功能富集分析与基于京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析研究其作用机制.结果:消积化瘀丸共92个药物活性成分可与非小细胞肺癌874个核心靶蛋白相互作用;网络分析显示关键靶蛋白有丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素6(IL6)以及丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)等;成分-靶点网络图提示腺嘌呤(adenine)、硬脂酸(Stearic Acid)及胆固醇(Cholesterol)等是消积化瘀丸主要活性成分;糖类消化与吸收、内分泌等因素调节钙离子重吸收信号通路以及脂肪酸降解等信号通路是主要生物途径.结论:消积化瘀丸可能通过调节细胞糖代谢、抗炎等方面抑制肿瘤细胞增殖及增加细胞凋亡速率,多靶点、多通路发挥抗肿瘤作用.     

基于网络药理学探讨沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制

目的 从药物、疾病、靶点角度研究沙参麦冬汤治疗肺癌的作用机制,为进一步实验验证提供理论基础.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中医药综合数据库(TCMID)收集沙参麦冬汤药物有效成分,导入PubChem数据库获取有效成分结构,将结构导入Swiss TargetPrediction数据库进行靶点预测...     

基于网络药理学及分子对接发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制

目的:通过网络药理学及分子对接技术发掘当归-川芎药对治疗肺栓塞的作用机制。方法:TCMSP查询当归-川芎药对的药物成分,使用Swiss Target Prediction预测药物成分的作用靶点;GeneCards网站在线获取肺栓塞的疾病靶点,Venny 2.1在线获取药物和疾病交集靶点。使用STRING进行蛋白-蛋白相互作用（PPI）分析并使用Cytoscape构建网络图,利用Metascape进行GO和KEGG分析。使用Cytoscape软件构建“药物-靶点-通路”网络图。PubChem、PDB及PyMoL、AutoDock软件进行分子对接。建立肺栓塞大鼠动物模型,治疗组予以中药当归-川芎药对灌胃治疗2周,对照组予以等量水灌胃,酶联免疫法检测两组大鼠血清相应靶点蛋白表达。结果:当归-川芎药对中的8个有效成分通过多条通路直接作用于25个疾病靶点治疗肺栓塞,其中β-谷甾醇、豆甾烯醇、杨梅酮、芎萘呋内酯等是核心成分,半胱氨酸蛋白酶3（caspase 3,CASP3）、雌激素受体1（estrogen receptor alpha,ESR1）、肉瘤病毒17癌基因（JUN）、前列腺素内过氧化物合酶2（prostaglandin-endoperoxide synthase 2,PTGS2）是核心靶点。GO富集分析结果显示,交集基因最可能相关的生物过程主要涉及细胞对形态发生、激素反应、有机环化合物的反应等,细胞组分主要涉及膜筏、膜微区、线粒体外膜等,分子功能主要涉及半胱氨酸内肽酶活性、泛素蛋白连接酶、蛋白二聚酶活性等。KEGG通路富集分析结果提示当归-川芎药对主要参与低氧诱导因子-1（HIF-1）、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路。分子对接结果提示核心成分与重要靶点间的结合性较好。酶联免疫检测显示治疗组血清ESR1、JUN、PTGS2蛋白表达均高于对照组（t=-8.018、-10.370、-6.545,均P＜0.01）。结论:当归-川芎主要通过调节HIF-1、脂代谢、HCI、神经变性等信号通路的ESR1、JUN、PTGS2等疾病靶点,干预酶的活性、脂代谢、神经变性等生物学过程,进而治疗肺栓塞。     

基于生物信息技术探究骨碎补-金银花治疗糖尿病足的作用机制

目的：通过网络药理学及动物实验研究骨碎补-金银花治疗糖尿病足的作用机制。方法：通过TCMSP网站获取骨碎补-金银花的药物成分及作用靶点,将靶点通过uniprot统一基因名称;通过GeneCards查询糖尿病足的疾病靶点,利用venny 2.1获取交集靶点。将交集靶点导入STRING进行分析并使用Cytoscape构建PPI网络图。将交集靶点导入Metascape分析GO富集和KEGG富集。并通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络图。依据Degree分别筛选PPI中前4位基因靶点,并通过动物实验验证骨碎补-金银花干预糖尿病足大鼠动物模型后血清中靶蛋白表达差异。结果：骨碎补-金银花32个有效成分调节148个疾病靶点治疗糖尿病足,其中甾醇、豆甾醇、木樨草素、山奈酚等是核心成分,JUN、TP53、蛋白激酶B(Akt1)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）3是至关重要的靶点。基因功能注释分析结果显示,与氧化应激、膜筏、膜微区、质膜筏、激酶结合、蛋白激酶结合等相关。KEGG分析结果提示骨碎补-金银花主要参与MAPK、PI3K/Akt等信号通路。动物实验证实糖尿病足大鼠血清JUN、TP5...     

基于网络药理学分析“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病作用机制

目的利用网络药理学方法预测“黄芪-水蛭”药对治疗气虚血瘀型冠心病的主要活性成分、作用靶点、信号通路与作用机制。方法通过检索TCMSP、Pub Chem、Swiss Target Prediction、Uni Prot等数据库获得药物活性成分和靶点;在Gene Cards数据库获取冠心病相关靶点;借助Cytoscape软件构建药物—疾病靶点网络和PPI网络;利用R语言对“黄芪—水蛭”治疗冠心病的靶点进行GO和KEGG富集分析;使用Auto Dock Tools和Pymol软件绘制蛋白-药物分子对接模型。结果共获得“黄芪-水蛭”药对79个活性成分、425个药物基因靶点、630个疾病靶点,药物-疾病共同靶点101个,PPI核心网络包含靶点76个,并得出前20位GO和KEGG富集结果,所得药物成分与靶点蛋白可成功对接。结论“黄芪-水蛭”药对起效的主要活性物质包括常春藤皂苷元、联苯双酯、熊竹素、毛蕊异黄酮、异鼠李素、芒柄花黄素、12-甲基十四烷酸甲酯、Hirudinoidine A、10-十九烯酸甲酯、11-十六碳烯酸甲酯、Hirudinoidine B等成分,可能通过HIF-1信号通路、TNF信号通路、内分泌抵抗信号通路、松弛素信号通路、IL-17信号通路、PI3K-Akt信号通路等调控NPM1、HSPA5、YWHAZ、EGFR、ESR1、VCAM1、MYC等基因表达,进而对气虚血瘀型冠心病起到治疗作用。     

基于网络药理学研究龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变的作用机制

目的 运用网络药理学探讨龙藤通络方治疗化疗致周围神经病变(Chemotherapy-induced Peripheral Neuropathy,CIPN)的作用机制.方法 运用TCMSP和UniProt数据库获取药物的活性成分和作用靶点,借助人类基因数据库(GeneCards)、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、T...     

基于网络药理学探讨何首乌-丹参治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的应用网络药理学方法预测何首乌-丹参抗阿尔茨海默病(AD)的作用靶点及相关信号通路,挖掘其抗AD的作用机制。方法通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)网站检索何首乌-丹参的活性成分及对应的作用靶点,再通过Drugbank数据库、Dis Ge NET数据库和TTD数据库获得AD的主要致病靶点,采用Cytoscape 3.7.1软件构建药物活性成分-靶点网络图,利用STRING数据库构建蛋白与蛋白相互作用网络,然后运用生物信息学的方法对关键靶点进行基因功能分析和通路富集分析,最后采用MTT法、ELISA法、比色法和实时荧光定量PCR法对网络药理学主要预测的生物过程与信号通路进行验证。结果研究共筛选出何首乌-丹参药对的有效成分24个,对应靶点274个,与AD相关靶点共107个,相关信号通路前10条,GO分析相关度前20个靶点分子功能。细胞实验证实了何首乌-丹参能有效提高PC12细胞的细胞存活率及抑制PC12细胞的炎症反应和氧化应激反应,并促进Nrf2/HO-1信号通路的激活。结论何首乌-丹参主要是通过抗炎和抗氧化应激对AD产生重要的治疗作用,为后续临床治疗AD提供新的思路。     

基于“成分-靶点-通路”网络和分子对接技术的泻火消瘿方治疗格雷夫斯病药效物质基础和作用机制初探

目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。      

基于网络药理学预测当归贝母苦参丸治疗前列腺癌作用靶点及细胞内信号转导通路

目的:通过网络药理学方法预测分析当归贝母苦参丸治疗前列腺癌的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库检索中药的化学成分和作用靶点,并于UniProtKB网络平台获取每种靶蛋白的基因名。借助CTD等数据库查询疾病靶点。在STRING数据库中构建蛋白-蛋白互作网络（PPI）,于Cytoscape中进行网络可视化分析。通过DAVID数据平台对关键靶蛋白进行分析。结果:从TCMSP数据库中共筛选得到26个药物有效成分。PPI网络包括135个药物疾病交集靶基因,关键蛋白为34个。基因本体论（GO）分析这些靶基因涉及生物功能条目最多,共290个。京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路主要涉及肿瘤信号通路等。结论:当归贝母苦参丸治疗前列腺癌是多靶点、多通路协同作用的结果,能够通过抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,抑制迁移以及抑制肿瘤血管生成等多方面发挥其抗肿瘤作用。     

基于NF-κB信号通路探讨鼻渊合剂对急性鼻窦炎的作用机制

目的 基于NF-κB信号通路探讨鼻渊合剂对急性鼻窦炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学技术平台(TCMSP)及Uniprot数据库,筛选出鼻渊合剂中各药物的有效活性成分和对应靶基因.借助人类基因数据库(GeneCards)筛选出急性鼻窦炎相关的作用靶基因,取两靶基因的交集.使用生信在线分析全能网站(Metascape...     

基于网络药理学的逍遥丸治疗高泌乳素血症潜在作用机制研究

正高泌乳素血症是精神疾病患者药物治疗过程中最常见的不良反应之一,可能与性腺机能减退、生殖功能障碍和骨质流失有关,其机制主要是抗精神病药与泌乳素细胞膜上的D2受体结合后,阻断多巴胺对泌乳素合成与释放的抑制效应,使泌乳素的合成与释放脱抑制,从而导致血清泌乳素水平升高~([1])。目前临床的干预措施主要有换药,联合使用小剂量的阿立哌唑、溴隐亭等多巴受体激动药~([2]),但多巴胺受体激动剂与抗精神病药物的作用机制刚好相反,可导致精神症状波动,因此在精神分裂症患者的使用时需密切关注其精神症状。     

基于网络药理学研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制

目的:应用网络药理学的方法,研究三棱-莪术药对治疗肝细胞癌的作用机制.方法:通过中药系统药理数据库及分析平台(TCMSP)数据库以及手工查阅相关文献,搜集并整理三棱-莪术药物的活性成分及其靶标.通过人类孟德尔遗传数据库(OMIM)和人类基因数据库(Genecards)获得三棱-莪术药对治疗肝细胞癌潜在的靶标基因.使用C...     

基于网络药理学的宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎作用机制研究与初证

目的： 基于网络药理学的方法探讨宣白清肺解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎（COVID 19）的药效作用机制。方法： 利用TCMSP数据库查询13 味中药活性化合物及对应的靶标信息,通过Uniprot数据库得到关键靶点的基因名,采用Cytoscape 3.7.2软件构建化合物疾病靶点网络图,利用GeneCards数据库检索与COVID 19相关的基因,采用Venny平台筛选与COVID-19交集靶标,利用STRING数据库构建化合物靶点PPI网络图,通过DAVID数据库对靶点相关通路进行GO和KEGG富集分析,使用R软件对富集结果进行生物功能的可视化分析。结果： 宣白清肺解毒汤共筛选出活性化学成分122种,靶标638个,筛选核心靶标35个;通过GO富集分析,获得P<0.01的生物学过程共138个,包括缺乏配体的外源性凋亡信号通路、药物反应、脂多糖介导信号通路等;KEGG富集分析共得到（P<0.01）的通路有35个,共8类,其中与疾病相关的条目有结核病、乙型肝炎、美洲锥虫病等;相关的通路有癌症通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等条目。分子对接结果显示所含活性化合物与COVID-19相关靶标（ACE2）的结合能均小于-5 kJ/mol,结合活性较高。结论： 该研究揭示了宣白清肺解毒汤治疗COVID 19潜在的活性化学成分及可能的药效作用机制。     

基于网络药理学结合分子对接探讨中药枸骨叶抗肿瘤的作用机制

目的从网络视角出发,探讨枸骨叶抗肿瘤的的可能作用机制,为其临床使用提供依据。方法通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医百科全书数据库(ETCM)及查阅相关文献,获取枸骨叶的有效成分及潜在靶点。利用人类基因组注释数据库(GeneCards)结果对比,获得枸骨叶与肿瘤重合的潜在靶点基因,并通过Cytoscape 3.6.0软件构建枸骨叶的“候选成分-作用靶点”网络。利用String数据库和Cytoscape 3.6.0软件构建药物抗肿瘤的蛋白质相互作用(PPI)网络;并通过分子对接验证和筛选潜在的核心化合物,利用DAVID生物信息资源数据库对核心靶点进行基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选出枸骨叶抗肿瘤的作用的靶点137个,对应13种有效成分。关键靶点涉及TP53、MAPK1、STAT3等。主要通过调控肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K/AKT)信号通路、肿瘤抑制因子P53信号通路、T细胞受体信号通路等发挥抗癌作用。涉及的癌种包括前列腺癌、胰腺癌、非小细胞肺癌等。分子对接结果显示,长梗冬青苷与MAPK1能稳定地结合并通过蛋白氨基酸Gly32、Glu33、Gly34、Tyr36等发生相互作用。结论枸骨叶抗肿瘤作用的主要机制涉及槲皮素、熊果酸、长梗冬青苷、芒柄花黄素为代表的多成分,以TP53、MAPK1及STAT3为代表的多靶点,以及细胞增殖、细胞凋亡、信号传导为代表的多通路。     

基于网络药理学五苓散改善糖尿病肾病作用机制研究

目的基于网络药理学方法探讨五苓散改善糖尿病肾病的作用机制。方法借助TCMSP中药系统药理学分析平台收集五苓散全方5味中药的化合物及有效靶点;利用GeneCards数据库筛选疾病靶点,取交集并绘制维恩图;运用Cytoscape软件构建疾病-药物-活性成分-关键靶点网络;从STRING数据库构建靶点蛋白互作(PPI)网络;进行基因功能GO分析和KEGG通路富集分析。结果获得50个活性化合物,药物靶点29个,疾病靶点2572个,交集靶点21个。PPI网络关键靶点包括CASP3、ESR1、RELA、AR等。GO功能分析主要糖尿病肾病(DN)结合转录激活活性RNA聚合酶II特异性、类固醇激素受体、类固醇结合、核受体活性、转录因子活性直接配体调节的序列特异性DNA结合等相关。通过分析富集的KEGG通路可以发现,糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、乙型肝炎、细胞凋亡、甲型流感可能是本方发挥作用的主要信号通路。结论本研究初步预判五苓散可能通过靶向作用关键蛋白和重要通路达到改善糖尿病肾病的效用,有望对中药复方防治糖尿病肾病提供新的证据和研究思路。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎的潜在靶标及机制

Objective To explore the potential regulatory mechanism of Xuebijing injection in the treatment of COVID-19 by using network pharmacology and molecular docking methods. Methods Corresponding target genes of all the active ingredients of Xuebijing injection were obtained by using the pharmacological database and analysis platform of TCM System (TCMSP). And intersections with the COVID-19 gene-related targets in GeneCards database, OMIM database, PharmGkb database, TTD database and DrugBank database using the R programming language. Thus, the core target of Xubijing injection in COVID-19 treatment was obtained; Cytoscape 3.7.2 software was used to construct TCM - compound - target network; PPI network of intersection target was obtained by STRING; Utilized data packets to perform gene ontology (GO) functional enrichment analysis and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) pathway enrichment analysis to predict the mechanism of overlapping targets. Finally, molecular docking technology was implemented to dock key active ingredients with PPI core protein. Results GO functional enrichment analysis included 1 818 biological processes (BP), 20 cellular components (CC) and 89 molecular functions (MF). The first 30 KEGG related pathways involved inflammation and immune response, such as rheumatoid arthritis signaling pathway, IL-17 signaling pathway, Th17 cell differentiation pathway, hypoxia-inducible factor (HIF-1) signaling pathway, JAK-Stat signaling pathway, inflammatory bowel disease signaling pathway, NF-κB signaling pathway, etc. Quercetin, cryptotanshinone, luteolin, β -carotene can affect IL1B, STAT3, AKT1, VEGFA and other overlapping targets. Meanwhile, quercetin may exert anti-inflammatory, antiviral and immune responses through IL1B binding to treat COVID-19. Conclusion This study reveals that chemical components in Xuebijing injection are involved in multiple biological processes and pathways in COVID-19 treatment through binding to key target proteins. © 2022. China Tropical Medicine. All rights reserved.     

基于网络药理学和分子对接技术分析清肺排毒汤治疗COVID-19的机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术分析清肺排毒汤治疗COVID-19的作用靶点、信号通路和生物学功能。方法 利用TCMSP、SwissTarget Prediction、CooLGeN、GeneCards、DAVID等数据库,分析清肺排毒汤中麻黄、半夏等21味药所含的活性成分及其靶点蛋白,筛选与COVID-19疾病共有的靶点蛋白及其信号通路与生物学功能,采用Gephi软件构建清肺排毒汤药味-活性成分-作用靶点-生物学功能网络图。结果 清肺排毒汤中麻黄、半夏、甘草、冬花、紫菀、枳实等18味药的MOL000519、MOL000554、MOL004798、MOL004824、MOL010428、MOL013443等163个活性成分通过调控ACE、ACE2、AGTR1、FURIN、TNF、CASP3、CASP6、DPP4、MCL1、POLD1等10个蛋白靶点激活肾素-血管紧张素系统信号通路和细胞凋亡信号通路,发挥肾素-血管紧张素对血容量的调节、肾素-血管紧张素对全身动脉血压的调节等42种生物学功能治疗COVID-19。初步分子对接结果显示,核心活性成分MOL000519（来自半夏）、MOL000554（来自冬花）、MOL004798（来自麻黄）、MOL004824（来自甘草）、MOL010428（来自紫菀）、MOL013443（来自枳实）等与SARS-CoV-2 3CL水解酶有较好的亲合力,可形成稳定构象,具有较好结合活性（结合能≤-5 kJ/mol）。结论 清肺排毒汤以多药味、多靶点、多信号通道和多生物学功能发挥治疗COVID-19作用,该研 究可为深入阐释清肺排毒汤治疗COVID-19的药理作用及机制提供参考。     

附子理中汤治疗2型糖尿病的网络药理学机制

【目的】探讨附子理中汤治疗2型糖尿病(T2DM)的网络药理学机制。【方法】在中药系统药理学技术平台(TCMSP)检索附子理中汤的主要有效成分、对应的靶点基因,通过人类基因数据库(GeneCards)获得2型糖尿病的相关靶点基因,将药物有效成分靶点与2型糖尿病靶点相映射,获得交集靶点即为附子理中汤作用于2型糖尿病的预测靶点。通过Cytoscape 3.7.0软件构建“药物活性成分-靶点”网络模型,选出关键有效成分。利用STRING数据库构建交集靶点蛋白相互作用网络(PPI),选出关键蛋白。使用R语言对交集靶点进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。【结果】附子理中汤作用于2型糖尿病的有效成分有106个,相关靶点112个。关键有效成分为槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇,关键蛋白为表皮生长因子受体(EGFR)、雌激素受体1(ESR1)、Fos蛋白、核受体辅激活蛋白1(NCOA1)等;GO富集分析结果显示,附子理中汤治疗2型糖尿病可影响基因的转录、核受体活性及多种激素受体结合;KEGG通路富集分析结果显示影响最显著的是流体剪切应力和动脉粥样硬化通路,还显著影响了肿瘤坏死因子(TNF)、晚期糖基化终末产物(AGE)及其受体(RAGE)、乙肝病毒、巨细胞病毒、胰腺癌、前列腺癌、结肠直肠癌等通路。【结论】附子理中汤可能以有效成分槲皮素、山柰酚和β-谷甾醇通过调控上述靶点、通路起到改善胰岛素抵抗、调节脂代谢、降低血糖及预防并发症的作用。     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。