联合分子检测法对腹泻患者粪便中致泻性大肠埃希菌的调查

  目的  采用胃肠道感染测试条（FA GI）联合实时聚合酶链式反应（PCR）直接检测法,回顾性调查山东省青岛市腹泻患者致泻性大肠埃希菌（DEC）的感染情况及菌株基因型,并与传统方法进行比较,探讨不同检测方法在腹泻监测中的应用。  方法  对2018年青岛市2家哨点医院采集的263份腹泻粪便标本,采用传统培养法分离大肠埃希菌并送至青岛市疾病预防控制中心,利用多重PCR方法鉴定DEC;同时采用FA GI联合实时PCR的方法直接检测粪便中的DEC。 将每5份粪便样标本混合为1份混合样品,用FA GI进行检测,再用实时PCR方法检测阳性混合样品中的单个样品。  结果  263份标本中,采用传统分离培养联合多重PCR法检测,15份样品阳性,阳性率为5.7%。 其中,肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）、肠致病性大肠埃希菌（EPEC）、肠集聚性大肠埃希菌（EAEC）、肠侵袭性大肠埃希菌（EIEC）阳性的标本分别为7、4、3、1份。 采用FA GI联合实时PCR直接检测法检测,阳性样品35 份,阳性率为13.3%。 其中ETEC、EAEC、EPEC、EIEC阳性的标本分别为12、12、9、2份。 2种方法均未检到产志贺毒素大肠埃希菌（STEC）阳性的标本。 2种方法毒力基因检测结果一致。 EAEC、ETEC、EPEC携带的主要毒力基因分别为pic、estIb和eae。  结论  FA GI联合实时PCR直接检测法显著提高了粪便中DEC的检出率,敏感性和特异性高,省时省力,可以辅助DEC常规监测,准确地反映DEC的流行和分布情况,为DEC的防控提供有力的实验室依据。     

北京市朝阳区腹泻患者致泻性大肠埃希菌流行特征及毒力基因携带情况分析

目的分析北京市朝阳区感染性腹泻样本中致泻性大肠埃希菌（DEC）流行特征及毒力基因携带情况。方法收集2014 — 2017年北京市朝阳区哨点医院感染性腹泻样本,分离培养后应用real-time PCR方法检测DEC的主要毒力基因。 其中利用eae、stx1、stx2、lt、st、aggR和ipaH 7种毒力基因进行DEC的分型鉴定,此外,检测并分析bfpA、astA、escV、pic、perA、ehxA、pet和ipaBCD等重要的毒力基因分布情况。结果从1 977份腹泻样本中共分离出94株DEC,检出率为4.75%。 DEC的检出率具有随年龄增加而升高的趋势。 0 ~ 5岁年龄组肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）和肠致病性大肠埃希菌（EPEC）构成比分别是59.62%、23.08%。 5岁以上年龄组肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）构成比是59.52%。 81.25%EPEC（13/16）未携带bfpA,为非典型EPEC（aEPEC）。 38株EAEC中astA、pic和pet的携带率分别为39.47%、68.42%和92.11%。 30株ETEC的st、lt和astA携带率分别是46.67%、56.67%和53.33%;仅1株（3.33%）ETEC同时含有st和lt。 4株EHEC全部携带 eae、escV和ehxA。 6株肠侵袭性大肠埃希菌（EIEC）中ipaBCD、astA携带率为16.67%和33.33%。结论北京市朝阳区流行的DEC以EAEC、ETEC和EPEC为主,其中EPEC主要为aEPEC。 婴幼儿主要感染EAEC,成年人主要感染ETEC。 DEC中存在多种毒力基因,其中astA广泛存在于多种DEC中。     

2015~2019年北京市海淀区食源性腹泻患者致泻大肠埃希氏菌型别分布和耐药性分析

目的　分析北京市海淀区食源性腹泻患者致泻大肠埃希氏菌(diarrheagenic Escherichia coli,DEC)的感染状况、型别分布和耐药情况,为致泻大肠埃希氏菌的防控和临床合理用药提供科学依据。方法　对2015~2019年海淀区食源性疾病监测哨点医院送检的1 810份腹泻患者粪便标本直接划线接种在麦康凯培养基上培养,挑取可疑菌落进行生化鉴定、毒力基因测定,对确认为致泻大肠埃希氏菌的菌株进行药敏检测。结果　1 810份粪便标本中检出致泻大肠埃希氏菌214株,检出率为11.8%,各年度的检出率差异有统计学意义（χ2=10.858,P=0.028）。检出的致泻大肠埃希氏菌共有4种型别,其中集聚性大肠埃希氏菌（EAEC）96株（44.9%）,产肠毒素大肠埃希氏菌（ETEC）89株（41.6%）,肠道致病性大肠埃希氏菌（EPEC）24株（11.2%）,肠道侵袭性大肠埃希氏菌（EIEC）5株（2.3%）。在12种抗生素的药敏试验中,70株（32.7%）全部敏感,144株（67.3%）耐药;氨苄西林的耐药率最高（54.7%）,其次是四环素（38.8%）和复方磺胺（36.9%）,对3种及以上抗生素的多重耐药率为46.3%。结论　北京市海淀区2015~2019年致泻大肠埃希氏菌感染以EAEC和ETEC为主,耐药菌株的多重耐药谱广。应加强对抗生素的使用管理,延缓耐药株的产生和传播。     

安徽省马鞍山市2014-2018年腹泻患者中致泻性大肠埃希菌病原学及流行特征分析

目的了解安徽省马鞍山市腹泻患者中致泻性大肠埃希菌（DEC）的感染情况、毒力基因、耐药性以及分子分型,为DEC的防治提供依据。方法2014 — 2018年,对马鞍山市三家哨点医院门诊急性腹泻患者粪便标本进行DEC的分离、鉴定与毒力基因检测,并对阳性菌株进行药敏试验及脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型。结果1 711份腹泻粪便标本中有120份检出阳性,共分离得到123株DEC,标本检出阳性率为7.01%。 DEC阳性病例年龄分布以0～5岁的婴幼儿及20～39岁青壮年为主;病例集中在夏季（6 — 8月）。 DEC分型中以肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）和肠致病性大肠埃希菌（EPEC）为主,分别占58.54%和31.71%。 123株DEC菌株的药敏试验结果显示,超广谱β-内酰胺酶（ESBL）阳性菌株耐药严重,所有菌株耐≥6种药物。 PFGE分子分型产生119种带型,带型相对分散,相似度为49.7%～97.7%。结论2014 — 2018年马鞍山市腹泻患者DEC的感染类型以ETEC和EPEC为主,存在年龄及季节分布特征,本地分离DEC菌株的耐药程度较为严重,PFGE带型分散,应控制抗生素的滥用,重点关注ETEC或EPEC的流行风险。     

北京某医院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征分析

目的 明确本院感染性腹泻患者致泻性大肠埃希菌毒力和耐药特征。方法 采用VITEK MS微生物质谱检测系统初步鉴定,多重实时荧光PCR检测毒力基因,对本院感染性腹泻患者临床分离的致泻性大肠埃希菌(Diarrheagenic Escherichia coli, DEC)进行5种型别鉴定。微量肉汤稀释法和E-test法药敏试验检测DEC菌株的耐药表型特征。二代测序及生物信息学分析其耐药分子特征。采用Fisher确切概率法进行统计学分析。结果 本院DEC检出率为11.9%,其中EAEC占比37.5%,非典型EPEC占比34.38%,ETEC占比25.0%,EIEC占比3.12%,未检出EHEC菌株。32株DEC对氨苄西林、四环素、甲氨苄啶/磺胺异恶唑耐药率最高,分别为53.12%、43.75%和37.5%。ESBLs(+)株占比18.75%,其多重耐药菌株检出率为83.83%,显著高于ESBLs(-)菌株,差异有统计学意义(P=0.042)。32株DEC共有25个ST型,优势基因型为ST10共4株(12.5%),ST28、ST31和ST3153各2株(各占比6.25%),其他21个型别各1株菌...     

肠聚集大肠埃希菌在瑞士腹泻和无腹泻儿童中的流行[英]／Pabst WL，Altwegg M，Kind C，et al．／／Journal of Clinical Microbiology

引起腹泻的大肠埃希菌可分为6种，包括肠聚集大肠埃希菌(enteroadherent estherichia coli，EAEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)、肠致病性大肠埃希菌(enterophathogenic escherichia coli，EPEC)、肠产毒性大肠埃希菌(enterotoxin of escherichia coli，ETEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(enteroinvasive escherichia coli，EIEC)和弥散性粘附大肠埃希菌。EAEC作为儿童腹泻源的重要性仍有争论，     

吉林省致泻大肠埃希氏菌分子分型与耐药性研究

目的了解吉林省食源性疾病患者中致泻大肠埃希氏菌的毒力基因分布、流行特征、耐药情况、以及PFGE分子分型特征,为致泻大肠埃希氏菌的监测、爆发预警、耐药抗生素规避使用提供依据。方法对2016年从吉林省食源性疾病患者粪便中获得的26株致泻大肠埃希氏菌进行生化鉴定、多重PCR检测毒力基因、MIC微量肉汤稀释法药敏实验以及PFGE脉冲场凝胶电泳分子分型。结果26株致泻大肠埃希氏菌中13株(50%)为EAEC;7株(26.92%)为EPEC;4株(15.38%)为ETEC;2株(7.69%)为EHEC;对四环素、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、环丙沙星耐药极为严重,分别高达92.30%、88.46%和84.62%;XbaI酶切后进行PFGE脉冲场凝胶电泳分为23个型别。结论吉林省腹泻患者中致泻大肠埃希氏菌感染类型以EAEC为主,存在混合感染情况;耐药、多重耐药情况较为严重应加强规范抗生素的使用;在DNA水平上呈现出多态性。     

肠聚集大肠埃希菌在瑞士腹泻和无腹泻儿童中的流行

引起腹泻的大肠埃希菌可分为6种,包括肠聚集大肠埃希菌(enteroadherent escherichia coli,EAEC)、肠出血性大肠埃希菌(EHEC)、肠致病性大肠埃希菌( enterophathogenic esche richia coli,EPEC)、肠产毒性大肠埃希菌(enterotoxin of esche richia coli,ETEC)、肠侵袭性大肠埃希菌(enteroinvasive esche richia coli,EIEC)和弥散性粘附大肠埃希菌。EAEC作为儿童腹泻源的重要性仍有争论,本文采用 PCR方法检测 EAEC的质粒 pCVD432,从而判定EAEC在瑞士腹泻儿童中的重要性。1.资料与方法:用标准的培养方法和 PCR方法测定 Zu…     

儿童肠道感染中致泻性大肠埃希菌的检测

目的了解儿童肠道感染中致泻性大肠埃希菌的感染情况。方法对95份腹泻患儿粪标本中分离出的大肠埃希菌,用荧光聚合酶链反应（PCR）的方法检测毒力基因,鉴定致泻性大肠埃希菌。结果检测出15株阳性菌株,阳性率为15．8％,其中肠聚集性大肠埃希菌（EAEC）6株、肠致病性大肠埃希菌（EPEC）4株、弥散聚集性大肠埃希菌（DAEC）4株和肠产毒性大肠埃希菌（ETEC）1株。结论致泻性大肠埃希菌是引起儿童腹泻的主要致病菌,临床实验室应加强对致泻性大肠埃希菌的检测。     

长沙市食品从业人员致泻大肠埃希菌实时荧光多重PCR检测结果分析

目的了解长沙市食品从业人员致泻大肠埃希菌感染、分布及毒力基因携带情况。方法抽取长沙市9个单位258例食品从业人员为研究对象,采用实时荧光多重聚合酶链反应(PCR)检测致泻大肠埃希菌。结果致泻大肠埃希菌感染率为15.5%(40/258),其中肠聚集性大肠埃希菌(EAEC)占10.9%(28/258),肠致病性大肠埃希菌(EPEC)占3.1%(8/258),肠出血性大肠埃希菌(EHEC)占1.6%(4/258),未检出肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)和肠产毒性大肠埃希菌(ETEC)。28株EAEC携带uidA基因26株,aggR+pic基因13株,astA基因27株,携带率分别为92.9%、46.4%、96.4%;8株EPEC全部携带eae和uidA基因;4株EHEC中3株携带eae基因,且都携带stx1+stx2基因。结论建立持续监测致泻大肠埃希菌的机制和深入研究其分子流行病学理论,除了为监管部门制订和评价公共卫生措施提供基础数据,对评价食品安全状况,有效控制传染源、保护人民群众健康具有重要意义。     

2013-2020年北京市海淀区成年人致泻大肠埃希菌流行特征和分型研究

目的 掌握北京市海淀区成年人致泻大肠埃希菌(DEC)流行特征和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型特点.方法 对2013-2020年在3家哨点医院就诊的1961例成年人腹泻患者粪便或肛拭子标本进行DEC检测,对其中66株DEC菌株进行PFGE分型试验.结果 成年人DEC检出率为9.54％(187/1961),产肠毒素大肠埃希...     

FilmArray GⅠ Panel在腹泻病原体检测中的应用

  目的  探讨FilmArray Gastrointestinal（GⅠ）Panel在腹泻病原体检测中的应用价值。  方法  收集2016年1－9月无锡市人民医院（含儿童医院）肠道门诊就诊病例粪便标本152份,分别采用FilmArray GⅠ Panel及real-time PCR进行检测,对两种方法检测结果进行比较。  结果  FilmArray GⅠ Panel共检出19种病原体,阳性检出率为75.00%（114/152）;real-time PCR共检出17种病原体,阳性检出率为68.42%（104/152）。 两种方法检测结果符合率67.76%（103/152）。 对腺病毒F组40/41、EIEC（Enteroinvasive E. coli , EIEC）、弯曲菌和蓝氏贾第鞭毛虫,检测结果符合率100.00%;对札如病毒、肠集聚性大肠埃希菌（Enteroaggregative E.coli, EAEC）、艰难梭菌、沙门菌和霍乱弧菌,检测结果符合率为98.03%、94.08%、96.71%、94.08%和98.68%,检测结果一致性中等（Kappa值为0.563、0.546、0.651、0.610、0.744）;对诺如病毒GⅠ/GⅡ、A组轮状病毒、肠产毒性大肠埃希菌（Enterotoxigenic E. coli, ETEC）、肠致病性大肠埃希菌（Enteropathogenic E.coli, EPEC）、类志贺邻单胞菌和副溶血性弧菌,检测结果符合率为98.03%、99.34%、97.37%、92.76%、99.34%、98.68%,检测结果一致性较好（Kappa值为0.892、0.971、0.890、0.764、0.944、0.902）,经χ2检验分析,FilmArray GⅠ Panel对EAEC、ETEC、EPEC、艰难梭菌和沙门菌检出率高于real-time PCR,差异有统计学意义（P<0.05）。  结论  与real-time PCR相比,FilmArray检测具有快速、准确、高通量等特点,可用于突发公共卫生事件的快速检测及腹泻病的快速诊断。     

一种多重PCR方法快速鉴定7种常见肠道病原菌

目的 建立一种能够快速检测并分型5种致泻性大肠埃希菌、志贺菌及沙门菌的多重聚合酶链反应(multiplex polymerase chain reaction,M-PCR) 方法。 方法 设计针对7种常见肠道致病菌的12对引物,通过多重PCR方法扩增后电泳观察相应条带,确定病原菌。临床标本直接划线接种于肠道选择性平皿,挑取可疑菌落直接提取核酸进行多重PCR检测。 结果 所有标准菌株均能扩增到相应目的片段,322份腹泻病标本中使用该方法共检出志贺菌24株(福氏志贺菌7株、宋内志贺菌17株)、 沙门菌5株、EPEC共12株(均为aEPEC)、ETEC共6株(elt阳性3株;est阳性3株)、EIEC共3株、VTEC共1株(stx1和stx2A均阳性)、EAEC共3株。 结论 该方法快速特异,能同时检测7种常见肠道致病菌,可用于腹泻病常见病原的快速检验。     

Molecular characterization of diarrheagenic Escherichia coli pathotypes: Association of virulent genes,serogroups, and antibiotic resistance among moderate‐to‐severe diarrhea patients

Background

Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) signifies as an important etiological agent of moderate‐to‐severe diarrhea. This study was primarily focused on molecular identification of DEC pathotypes; their association with serogroups and estimates of resistance profiles against different antibiotics regime.

Methods

Five hundred seventy‐two stool specimens from diarrhea patients were investigated for DEC pathotypes. Molecular pathotypes were identified by amplification of virulence genes associated with distinct pathotypes followed by sequencing. Diarrhea is a self‐limiting disease, however, severity and persistence of infection suggest antibiotic use. Therefore, AST and MIC were determined against common antibiotic regimen. Correlations between molecular pathotypes and serogroups were analyzed by somatic “O” antigen serotyping.

Results

The present findings reveal incidence of DEC as an etiological agent up to a level of 21% among all diarrheal age groups. DEC infection rate was higher in children. Enteropathogenic E. coliEPEC, a molecular pathotype of DEC, was found as a predominant pathotype with highest frequency of 13.7%. Two other molecular pathotypes enterotoxigenic E. coli (ETEC) and enteroaggregative E. coli (EAEC) accounted for 5.7% and 1.3%, respectively for all diarrhea incidences. Serological analysis deciphered somatic antigens O26, O2, and O3 as major serogroups identified among EPEC, ETEC, and EAEC pathotypes, respectively. All DEC pathotypes exhibited high levels of antibiotic resistance except for cotrimoxazole and norfloxacin.

Conclusion

Comprehensive molecular characterization of DEC pathotypes, their incidence estimates, and antibiogram patterns will help in ascertaining better diagnostic and therapeutic measures in management of diarrheal diseases.

     

Identification of diarrheagenic Escherichia coli by a new multiplex PCR assay and capillary electrophoresis

Diarrheagenic Escherichia coli (DEC) is a set of the most common pathogens causing diarrhea. DEC strains are classified into five pathotypes based on the possession of different virulence genes: enteropathogenic E. coli (EPEC), enterohemorrhagic E. coli (EHEC) or Shiga toxin-producing E. coli (STEC), enteroaggregative E. coli (EAEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), and enteroinvasive E. coli (EIEC). The development of an easy-to-use method to detect the specific virulence genes and distinguish the pathotypes is essential for the diagnosis and surveillance of DEC infections. In this study, a multiplex PCR assay (mPCR) specific to nine virulence genes and an internal control was designed for the identification of five DEC pathotypes. A temperature switch PCR (TSP) strategy was used in the PCR amplification. The PCR products were detected by capillary electrophoresis. The limit of detection (LOD) of the 10-plex reaction was 5 × 10³ copies/reaction for stx2 and 5 × 10² copies/reaction for the other targets. The mPCR showed very high specificity, and inclusivity and exclusivity were both 100%. When the mPCR assay was used for the detection of 221 cryopreserved diarrhea specimens, DEC colonies were detected from 49 specimens, and the positive rate was 22.2%. The mPCR assay was sensitive and specific, and the amplified product could be analyzed easily. Thus, this method could be used effectively to identify the suspected colonies of DEC in the primary culture of the specimen.