中药材半夏及其混伪品的DNA条形码鉴定研究

目的：采用ITS2序列对中药材半夏及其混伪品进行DNA条形码鉴定研究,为规范中药材半夏的市场流通,保障临床用药安全及疗效提供参考依据。方法：对半夏及其混伪品共59份样品,通过DNA提取及聚合酶链式反应（PCR）扩增其ITS2序列,并采用Mega6.0软件进行多序列比对,计算种内及种间K2P遗传距离,采用邻接（NJ）法构建NJ系统聚类树。采用相似性搜索法、最小距离法、NJ 树法考察ITS2序列的鉴定能力。结果：半夏药材的ITS2序列长度为251 bp,应用相似性搜索法表明ITS2序列能够准确鉴定半夏药材及其混伪品;半夏种内最大K2P距离小于半夏与混伪品间的最小K2P距离;NJ树显示半夏药材可与其混伪品明显分开。结论：ITS2序列能准确、稳定鉴定中药材半夏药材及其混伪品。     

蔓荆子药材及其混伪品DNA条形码鉴定研究

本研究应用ITS2序列鉴别蔓荆子及其混伪品,收集药材和基原植物样本共46份,通过提取基因组DNA、PCR扩增和双向测序获得ITS2序列,经CodonCode Aligner V4.2拼接注释获得序列,应用MEGA5.0对序列进行分析比对,计算种内和种间遗传距离（Kimura 2-Parameter,K2P）,构建系统发育NJ树进行鉴定。结果表明,蔓荆子药材基于ITS2序列的种内最大K2P遗传距离均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离,NJ树显示蔓荆子药材与其混伪品可明显分开,表现出良好的单系性。因此,应用ITS2序列能够准确地鉴定蔓荆子药材及其混伪品。     

川木通与其混伪品和近缘种的ITS2条形码分子鉴定

目的 分析川木通及其混伪品和近缘种的ITS2条形码序列,探讨川木通及其混伪品和近缘种鉴定的新方法.方法 对样品进行DNA提取,PCR扩增ITS2片段并进行双向测序,CodonCode Aligner拼接序列,MEGA5分析川木通的种内遗传距离及与混伪品和近缘物种的种间遗传距离,预测ITS2二级结构,应用BLAST方法进...     

菟丝子及混伪品的DNA条形码鉴定

目的 调研市售菟丝子Cuscutae Semen混杂情况,为菟丝子药材质量的提升和安全应用提供依据。方法 收集市售菟丝子25份,对样品进行ITS2基因扩增并双向测序,利用HMMer注释方法获得ITS2序列,使用MEGA6.0进行遗传距离计算并构建邻接法（neighbor-joining,NJ）系统发育树;运用DNAsp5.0进行功能域检测和单倍型分析;比较菟丝子及杂质的二级结构差异;用R语言将所得序列转换成彩色条形码图片及二维码。结果 通过序列分析、遗传距离分析、构建系统发育树、二级结构分析、功能域分析及单倍型分析可将菟丝子药材中不同科属及同一属的杂质准确区分;成功检测出25份菟丝子中分别含有藜种子、绿穗苋种子、虫实种子、铁苋菜种子、稗子、酸模叶蓼种子、大豆碎粒等1种或多种杂质。结论 首次调研了市售菟丝子的混杂情况,表明其混杂种类多,且部分混杂种子有毒,为菟丝子相关标准制定提供了依据。此外,ITS2序列可准确鉴定菟丝子及其混伪品,为微小种子类药材鉴别提供了理论依据;与二维码技术结合可实现菟丝子监管的标准化和信息化。     

凉茶药材鸡蛋花及其混伪品的DNA条形码鉴定

该研究应用ITS2序列作为DNA条形码鉴定凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,共收集48份药材和基原植物样本,提取基因组DNA,通过PCR扩增ITS2序列并进行双向测序,经CodonCode Aligner拼接注释获得序列,然后应用MEGA5.0比对ITS2序列,计算种内和种间遗传距离,构建系统进化NJ树进行鉴定。结果表明,鸡蛋花ITS2序列长度为244 bp,种内遗传距离为0~0.016 6,远小于其与混伪物种间的遗传距离0.320 8~0.650 4,NJ树结果显示鸡蛋花与其混伪品均可准确区分。因此,应用ITS2条形码能够准确、有效地鉴别凉茶药材鸡蛋花及其混伪品,为鸡蛋花药材的鉴定提供了一种新的分子手段,为其使用安全提供了有力保障。     

基于ITS2的竹节参及其近缘物种和混伪品鉴定评估

目的对竹节参及其近缘物种和混伪品进行分子鉴定,为竹节参现代化鉴定提供科学依据和保证临床疗效与用药准确性。方法对竹节参样品进行ITS2基因片段扩增和正向测序,并从Gen Bank数据库下载竹节参、近缘物种和混伪品的ITS2序列,通过ITS2 database剪切最终共获得24个物种102条序列,使用DAMBE软件进行序列替代饱和度检测,利用MEGA 6.06软件进行比对、分析变异位点、计算GC含量、种内和种间遗传距离、构建NJ系统发育树,并预测ITS2二级结构。结果竹节参ITS2序列长度均为230 bp,平均GC含量63.7%,ITS2序列平均遗传距离分析、NJ树、二级结构特征均显示竹节参与非同属混伪品和部分近缘物种(屏边三七、假人参、三叶参、野三七和越南人参)存在极大差异,能有效区分,而鉴定近缘物种西洋参、人参、三七、珠子参、羽叶三七、Panax assamicus、Panax variabilis和狭叶竹节参序列分辨率较低,具有一定局限性。结论 ITS2序列可作为鉴定竹节参与其非同属混伪品DNA条形码之一,对非同属混伪品鉴定分辨率极高,而对于鉴定其近缘物种的通用性仍有待考证,这为后续竹节参及其近缘物种种间遗传关系和亲缘关系鉴定、非同属混伪品鉴别区分和临床安全用药提供重要参考。     

基于psbA-trnH序列的芦根及其混伪品DNA条形码鉴定

目的:应用psb A-trnH序列对芦根及其混伪品进行鉴定研究,为该药材的临床用药安全和市场监管等方面提供参考。方法:对芦根及其基原物种进行DNA提取、PCR扩增psb A-trnH序列、双向测序,结合Gen Bank下载序列,对序列进行比对、计算遗传距离、构建NJ系统聚类树。结果:芦根psb A-trnH序列长度为482～483 bp,种内有2个变异位点,有2种单倍型,G+C含量为37. 7%～37. 8%。芦根psb A-trnH序列种内遗传距离为0～0. 004 2,芦根与其混伪品的种间遗传距离为0. 008 3～0. 036 1,大于芦根种内最大遗传距离。基于psb A-trnH序列构建的NJ聚类树显示,芦根样品单独聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论:应用psb A-trnH序列可以鉴别芦根及其混伪品。     

基于DNA条形码分子技术的海龙及其混伪品鉴定研究

目的:基于DNA条形码分子技术对动物药海龙及其混伪品进行鉴别,建立一种统一的海龙鉴定技术手段。方法:对收集到的动物药海龙及其混伪品进行DNA提取、PCR扩增和双向测序检测,运用Codon Code Aligner进行序列拼接,采用MEGA 7.0软件进行序列比对分析,比较种内、种间序列差异,构建动物药海龙及其混伪品的系统发育树。结果:所有海龙药材及其混伪品均可以使用中药材DNA条形码分子鉴定技术进行鉴别,共得到7个物种129条序列,各物种之间序列区分明显。结论:中药材DNA条形码鉴定技术能够准确有效地鉴别动物药海龙及其混伪品,可以作为海龙类中药的统一鉴定方法,为海龙的临床用药安全提供了新的分子技术手段。     

应用DNA条形码ITS2序列对市售药材黄柏的鉴定研究

目的：应用DNA条形码ITS2序列鉴定市售黄柏药材及其混伪品,保障药材质量及用药安全。方法：对90份药材及其基原植物样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增ITS2序列并进行双向测序,运用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图进行校对拼接,去除低质量区和引物区,得到ITS2序列,运用MEGA 6.1对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：90份实验样品均能提取到DNA,其DNA经PCR扩增、测序,序列拼接剪切后均能得到高质量ITS2序列。川黄柏和关黄柏基原物种黄皮树和黄檗的种内最大K2P遗传距离分别为0.018和0.004,均远小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.051和0.056）;NJ树结果显示川黄柏和关黄柏聚为一支,其混伪品各自聚为一支。结论：基于ITS2序列的DNA条形码技术可准确、有效地鉴定市售黄柏药材及其混伪品,为其市场监管及用药安全提供了一种高效的技术方法。     

基于COI 条形码序列的蛤蚧及其混伪品的DNA 分子鉴定

目的：利用COI 序列对蛤蚧药材及其常见混伪品进行DNA 条形码鉴定,为蛤蚧药材鉴定提供新的方法。方法：以COI 作为条形码序列,对蛤蚧实验样品进行DNA 提取,PCR 扩增和双向测序,用MEGA6.0 对所有11 个物种的103 份样品进行序列比对和邻接（NJ）树构建。结果：所有实验样品均可以获得COI 序列,蛤蚧COI 序列种内平均K2P 距离为0.005,种内最大K2P 距离为0.013,基于COI 序列构建的NJ 树中蛤蚧单独聚在一支,与其混伪品可以相互区分。结论：运用COI 条形码序列能够准确鉴定蛤蚧及其混伪品,为保障蛤蚧药材临床用药安全和市场监管提供新的方法。     

党参及其易混淆品的ITS2分子鉴定

目的:对中药党参及其易混伪品进行ITS2条形码鉴定,探讨ITS2条形码序列对党参及其伪品鉴定的可行性.方法:对党参样品进行DNA提取、PCR扩增和双向测序,用CodonCode Aligner3.7.1进行序列拼接,MEGA4.1计算党参基原植物及其易混伪品的种间、种内的K2P距离,并采用P距离法建立N-J树,利用Ko...     

基于COI条形码序列的金钱白花蛇及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:利用COI序列对金钱白花蛇及其常见混伪品进行DNA条形码鉴别,考察其可行性.方法:对金钱白花蛇及其混伪品共4个种11份样品的COI条形码序列进行研究,分析药材正品来源的种内变异,与混伪品的种间变异,以及系统树中物种的聚类情况.结果:银环蛇COI序列种内变异较小,最大K-2P距离为0.0185,与混伪品的种间序列差...     

鳖甲及其混伪品的DNA分子鉴定

目的:探讨快速、准确鉴定鳖甲及其混伪品的方法.方法:本文对中华鳖及其混伪品的COI序列用MEGA 4.0等软件进行遗传距离等分析,并构建中华鳖及其混伪品的NJ树.结果:中华鳖种内COI序列变异很小,种间存在较多的变异位点,种间的遗传距离显著大于种内的遗传距离.由所构建的系统聚类树图可以看出,同属聚在一起,且各物种又形成...     

中华蟾蜍DNA条形码鉴定

目的:通过DNA条形码研究鉴别中药材中华蟾蜍Bufo gargarizans Cantor及其混伪品的可行性。方法:从Gen Bank下载了6种蟾蜍属Bufo、2种林蛙属Rana、1种侧褶蛙属Pelophylax和1种小鲵属Hynobius的COI线粒体基因DNA序列。用Clustal X 1.81和Bio Edit软件分别对序列进行比对和编辑。利用MEGA 4.0软件按照Kimura双参数法计算种内和种间的遗传距离。用贝叶斯法和简约法构建系统发育树对中华蟾蜍进行鉴定。结果:构建的系统发育树表明,中华蟾蜍的所有样本聚类为一个单系,能很好地与其他混伪品区分。结论:COI条形码DNA序列能够对中药中华蟾蜍进行准确鉴定。     

砂仁及其混淆品的ITS2序列鉴定

目的 应用内转录第二间隔区(ITS2)序列及其二级结构对砂仁混淆品进行鉴定.方法应用CLUSTALX1.83 软件进行序列比对,比对后的长度为252 bp.用MEGA 4.1计算种间、种内遗传距离,并构建系统进化树.结果ITS2序列可以将砂仁的三个来源阳春砂Amomum villosum、绿壳砂Amomum villo...     

王不留行种子的ITS2序列分子鉴定研究

目的：基于ITS2序列对中药材王不留行种子及其混伪品进行鉴定研究,为王不留行种子及其混伪品的鉴定提供新方法。方法：对王不留行种子及其混伪品样品提取基因组DNA、PCR扩增、双向测序获得ITS2序列。应用MEGA 6.0软件计算种内、种间遗传距离,构建邻接树,基于自行编写的代码和开源代码 PHP QR Code的编码方式,将王不留行及其混伪品 ITS2序列转换为条形码图片,获得各物种二维DNA条形码图片,并在中药材DNA条形码鉴定系统（www.tcmbarcode.cn）对所获得ITS2序列进行分析鉴定。结果：王不留行药材ITS2序列长度为219-221bp,种内最大K2P遗传距离为0.009,小于其与混伪品的种间K2P遗传距离,王不留行及其混伪品ITS2序列间存在的变异位点较多。NJ树结果表明王不留行与其混伪品分别聚为一支,可明显区分。结论：ITS2序列可以准确鉴别王不留行种子,为其种质资源鉴定和中药材种子质量标准的建立提供了新方法,将获得的ITS2序列转换为二维DNA条形码可为王不留行药材流通管理提供便利,为保障王不留行临床用药安全提供了新的技术手段。     

耳草属岭南药材DNA分子鉴定研究

目的：本研究应用ITS2序列作为DNA条形码对9种广东耳草属药材进行鉴定研究。方法：收集广东耳草属药材样本,通过植物基因组DNA提取、PCR扩增以及产物的双向测序获得ITS2序列,所得序列采用CodonCode Aligner进行拼接。用MEGA 6.06进行比对,分析种内和种间遗传距离,并构建系统进化树。结果：9种耳草属植物65条序列长度范围为208-224bp,共有92个碱基变异位点,种内遗传距离（0.002）明显小于种间遗传距离（0.202）。NJ和ML聚类树结果基本一致,除耳草与金毛耳草关系较近难以区分外,其余7个物种种内样本分别聚在一支,表现出单系性。结论：ITS2序列基本能够准确的鉴定广东耳草属药材,可作为耳草属药材基原植物鉴定的候选条形码序列。     

基于ITS2序列的维吾尔药材神香草鉴定研究

目的:采用DNA条形码技术建立维吾尔药材神香草鉴别的方法。方法:使用DNA条形码ITS2序列,建立了维吾尔药材神香草基原植物DNA条形码ITS2序列标准数据库,对市售11份\"神香草\"药材进行鉴定。结果:市售神香草药材仅有2份为维吾尔药材标准中收录的硬尖神香草,1份为神香草属植物,1份为鼠尾草属植物,其余7份来源于荆芥属植物。结论:DNA条形码ITS2序列可作为鉴定维吾尔药材神香草及其伪品药材的有效工具。     

基于DNA条形码技术的新疆民族药材天山堇菜基原研究

目的：明确市售药材天山堇菜的植物基原,为药材鉴定提供方法依据。方法：使用DNA条形码ITS2序列,建立了民族药材天山堇菜及同属126份基原植物的DNA条形码ITS2序列标准数据库,分析市售18份“天山堇菜”药材的基原。结果：成功建立了堇菜属126份植物的ITS2序列数据库,通过此数据库对18份市售药材的鉴定结果表明,8份为天山堇菜（44.4%）,3份为香堇菜（16.7%）,6份为堇菜属植物（33.3%）,1份为非堇菜属植物（5.6%）。结论：市售民族药材天山堇菜来源于多种植物,其中不足一半与标准中基原一致,多数为混伪品,其是否均能作为天山堇菜使用,还有必要结合用药历史考证。     

基于ITS2条形码鉴别半枝莲及其混伪品

目的:运用Internal Transcribed Spacer 2(ITS2)条形码对半枝莲及其混伪品进行鉴别研究,为该药材的安全用药提供依据。方法:提取样品基因组DNA,对ITS2序列进行PCR扩增和双向测序,所得序列经Codon Code Aligner V5.0.2.0拼接,采用MEGA6.0软件进行序列比对,计算种内和种间遗传距离。采用最近距离法(Nearest Distance)和构建邻接树(NJ Tree)分析ITS2条形码对半枝莲的鉴定能力。结果:半枝莲ITS2序列种内遗传距离为0~0.008 4,与其混伪品半边莲、韩信草和荔枝草的种间遗传距离分别为0.354 7~0.369 6、0.044 2~0.054 2、0.271 9~0.301 8。半枝莲种内最大遗传距离小于其与混伪品的种间最小遗传距离,表明ITS2条形码可以准确鉴定半枝莲与其混伪品。基于ITS2序列构建的NJ树也可将半枝莲及其混伪品明显区分开。结论:ITS2序列可以快速、准确鉴别半枝莲与其混伪品,是鉴别半枝莲、保障其药材质量的有效条形码。