2009~2012年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA与NA基因的进化分析

摘要：目的：研究杭州地区2009年至2012年甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）与神经氨酸酶（NA）的基因进化特征,分析该病毒的遗传变异和抗原的分子水平转变。 方法：用RT-PCR分别扩增甲型H1N1流感病毒HA基因和NA基因片段并进行测序,用DNAMAN和MEGA 4.0生物信息学软件对HA和NA基因序列进行进化分析。 结果：建立的RT-PCR可成功检测HA(C)、HA(D)和NA基因,遗传进化分析结果表明,杭州地区甲型H1N1流感病毒的HA与NA氨基酸序列的亲缘系数与WHO推荐的病毒株及国内代表株的同源性均为98.9%~100%;三维构象结果表明,HA编码的蛋白质有5个位点发生改变,而NA编码的蛋白质仅发生2个位点改变。 结论：2009年至2011年杭州地区甲型H1N1流感病毒HA和NA基因序列与世界范围内流行的病毒参考株具有高度同源性,但HA与NA蛋白质表位存在某些氨基酸位点的改变。     

新型H7N9禽流感病毒的研究进展

关于新型甲型重组禽流感病毒H7N9的最新研究结果于2013-04-11在《新英格兰医学杂志》（The New England Journal of Medicine）上在线出版.研究人员从3例患者的呼吸道标本中分离到一种起源于鸟类的新型甲型重组流感病毒,并分析了相关临床、流行病学及病毒学数据,经实时逆转录聚合酶链反应检验、病毒培养及序列分析,对上述呼吸道标本中的流感病毒及其他呼吸系统病毒进行了检测,最终认为,     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。     

浙江省丽水市人感染H7N9禽流感病毒监测结果分析

目的了解H7N9禽流感病毒在人、禽间的分布情况,指导人感染H7N9禽流感防制工作。方法对2013年4月至2014年2月浙江省丽水市医疗机构发热伴呼吸道症状病例及外环境标本采用实时荧光定量聚合酶链反应方法检测H7N9亚型禽流感病毒核酸,对监测结果进行分析。结果轻症流感样病例和严重呼吸道感染病例分别检测768份和605份,H7N9禽流感病毒全部阴性,不明原因肺炎病例检测92份,阳性1份,阳性率1.09%;家禽粪便标本、笼具表面涂抹物、鸡蛋外壳涂抹物及不明原因死亡家野禽咽拭子和肛拭子共检测1317份,H7N9禽流感病毒阳性22份,阳性率1.67%,阳性标本分布在4个县(区)的8个活禽交易市场。结论首次在丽水市检测到人感染H7N9禽流感病毒,并在多个县(区)的活禽交易市场外环境检测到H7N9禽流感病毒,提示H7N9禽流感病毒已在丽水市禽间传播,存在人感染H7N9禽流感病毒的风险。     

四重荧光定量RT PCR检测人感染新型甲型禽流感H7N9病毒

目的建立检测人感染新型甲型禽流感H7N9病毒的四重荧光定量RT-PCR方法。方法以人细胞RNA酶P(RNase P)基因为内参,用Primer Express3.0软件设计PCR特异性引物和探针。通过不同来源的呼吸道病毒进行特异性分析,构建质粒标准品用于分析该方法的灵敏度和重复性,并对1 896例临床标本进行回顾性检测。结果该方法检测甲型流感病毒(Flu A)、H7、N9与RNase P灵敏度均达102copies/m L,特异性达100%,每对引物和探针只检测出相应的病毒,无交叉反应,检测变异系数(CV)均低于1.55%。用该法检测1 896例临床标本,结果 Flu A 235例,H7N9 127例,与其他试剂报告结果完全一致。结论建立的四重荧光定量RT-PCR法可快速检测H7N9病毒,灵敏度与特异性好,可用于H7N9病毒感染患者的早期诊断。     

四重荧光定量RT-PCR检测人感染新型甲型禽流感H7N9病毒

将H7N9禽流感病毒HA和NA基因设为内部参考,并分别设计特异性探针和引物,分析不同来源呼吸道病毒的特异性,并对四重荧光定量RT-PCR检测方法的重复性和灵敏度进行评定。结果甲型H7N9禽流感病毒标本和RNase P检测灵敏度均为102copies/m L,特异性为99.7%,变异系数均低于2.20%,阳性符合率和阴性符合率均为100%。利用四重荧光定量RT-PCR检测H7N9病毒具有较高的灵敏度和特异性,且检测快速准确,对H7N9病毒感染者早期诊断有重要意义。     

广东省江门市H7N9禽流感外环境监测及人感染H7N9禽流感流行趋势研究

目的 了解广东省江门市活禽市场外环境中H7N9病毒污染情况及人感染H7N9禽流感流行情况,指导H7N9禽流感防控工作。方法 于2014年1月26日至2015年2月23日,在江门市选取5个禽类批发市场和33个居民肉菜市场,以擦拭涂抹法采集活禽档口外环境粪便、地面以及各种用具表面拭子,采用荧光定量RT-PCR方法检测甲型流感病毒核酸,并对人感染H7N9禽流感疫情进行流行病学分析。结果 监测14个月中,采集样品989份,检出H7亚型阳性74份,阳性率为7.48%。鸡相关标本的阳性率最高（8.88%）,鸡与其他禽种相关标本的阳性率差异有统计学意义（2=10.02,P0.05）。砧板与刀具涂抹物阳性率高于笼框内面与笼子地面涂抹物等,差异有统计学意义（2=74.39,P0.01）。冬春季（12月至次年5月）阳性率稍高,为8.44%（70/829）,夏秋季（6-11月）阳性率稍低,为2.50%（4/160）,二者差异有统计学意义（2=6.01,P0.05）。期间报告了9例人感染H7N9禽流感病例,1-2月发病8例。结论 江门市冬春季活禽市场外环境普遍存在H7亚型禽流感病毒污染,人感染H7N9禽流感疫情流行具有明显的季节性,冬春季为发病高峰期。     

1例重症甲型H7N9禽流感患者的护理

通过总结1例确诊为重症甲型H7N9患者的护理经验,为人禽流感病例的临床护理提供借鉴和参考。     

H7N9型禽流感患者的护理

H7N9型禽流感的临床表现及护理     

9例人感染H7N9禽流感病例流行病学特征分析

目的 分析浙江省温州市人感染H7N9禽流感病例流行病学特征,研究其流行特点、规律以及危险因素。方法 收集2015年1-4月确诊病例的流行病学以及活禽市场外环境标本结果等资料。结果 H7N9禽流感病例男3 例, 女6例;发病以高年龄为主(中位数为51岁);主要集中在瑞安市;职业以家务和个体经营户为主;发病主要集中在春节活禽交易频繁期间;病例以发热为主要首发症状,病情进展迅速;治愈组比死亡组更早地就诊、确诊和使用达菲。所有病例均有活禽或农贸市场暴露史;可疑暴露农贸市场外环境样本H7亚型禽流感病毒阳性率39.88%,可疑暴露非农贸市场外环境样本阳性率0,H7亚型禽流感病毒来源活禽交易的农贸市场可能性较高;病例可疑暴露农贸市场外环境样本阳性率较非可疑暴露农贸市场高,差异有统计学意义(2=40.34,P 0.05)。农贸市场外环境H7阳性率不同月份有差异,1-3月H7阳性率较高;随着温度的上升,病毒含量下降,4月外环境H7阳性率较低,差异有统计学意义(2=27.33, P 0.05)。温州市采取主要区域活禽市场暂停交易后,没有报告新发病例,农贸市场外环境标本H7阳性持续下降。结论 人感染H7N9禽流感患者病情进展迅速,在发病早期及时就诊、确诊和治疗,预后良好;活禽交易的农贸市场的禽类暴露是感染的危险因素;活禽市场采取休市措施能明显控制疫情发展;病例在人群中散发为主,暂无充分证据支持病毒的人与人传播。     

浙江省绍兴市人感染H7N9禽流感流行病学特征和外环境监测结果

目的 分析浙江省绍兴市人感染 H7N9 禽流感的流行特征和外环境监测结果,为人感染H7N9禽流感的防控和研究提供一定的参考。方法 采集流行病学个案调查与描述性分析方法,收集2013年4月至2014年4月期间绍兴市出现的全部人感染 H7N9 禽流感确诊病例的流行病学调查资料,以及全市外环境监测点的家禽、环境标本的监测资料。分析病例的流行病学特征和外环境监测结果的特征。数据统计方法包括 Fisher's 确切概率法、Pearson 2检验和两组均数的比较采用独立样本的t检验。结果 2013年4月至2014年4月,绍兴市共确诊14例人感染H7N9禽流感病例,死亡7例,病死率为50%。男性9例,占64.29%;50岁以上11例,占78.57%;发病前有禽类接触史的13例,占92.86%;在6例患者周围外环境的采集标本中检测到人感染H7N9禽流感阳性标本,占42.86%。15例患者从发病到确诊的平均时间为(7.071.73)d,死亡病例从发病到死亡的平均时间为(16.0015.21)d。2013年共采集家禽、各类外环境标本530份,检测阳性率为1.51%;2014年采集745份,检测阳性率为16.11%,二者差异有统计学意义(2=61.37,P0.001)。外环境标本阳性检出率与病例数在时间分布上有相关性。结论 人感染H7N9禽流感病例主要集中在男性和老年人群,鸡咽拭子及砧板、笼具等涂抹物可作为外环境监测的敏感指标,其结果对早期发现、预防疫情的发生具有科学的参考价值。     

2014年9-12月中国内地人感染H7N9禽流感疫情流行病学特征分析

目的 分析中国大陆地区2014年9-12月人感染H7N9禽流感疫情情况,为防控策略的制定和调整提供科学依据. 方法 以我国报告的确诊H7N9禽流感病例为研究对象,用描述性流行病学方法分析病例的时间、空间和人群分布特点. 结果 2014年9-12月,我国共确诊人感染H7N9禽流感病例31例,死亡9例,病例数较上年同期增长2.1倍.病例分布在7个省(直辖市),其中13例发生在既往有疫情的县(区),18例发生在新发县(区).病例的年龄中位数为54岁(7~83岁),男性占48%(15/31).93.5%的病例在发病前有禽类相关暴露史. 结论 近期中国内地人感染H7N9禽流感疫情较去年同期明显增长,部分省份出现地域聚集性,多数病例在发病前有活禽或活禽市场暴露史.近期疫情仍会呈现散发态势,仍会继续出现新发病例和新发省份或地区,减少禽类或活禽市场暴露仍是防控重点.     

浙江省德清县1例人感染H7N9禽流感病例流行病学调查与分析

目的 探索2016年浙江省德清县1例人感染H7N9禽流感病例的感染来源,为防控人禽流感提供科学依据。方法 调查确诊病例和密切接触者,采集外环境标本进行实验室检测。结果 患者确诊为人感染H7N9禽流感病例,经救治无效死亡。患者年龄76岁,有高血压病史,发病前7天无活禽接触史,有农贸市场暴露史,虽然该农贸市场无活禽交易,但市场内杀白禽摊位处检出1份H7N9流感病毒核酸阳性的污水标本。3名杀白禽摊主的活禽关养宰杀场所均有H7N9流感病毒核酸阳性标本检出。13名密切接触者均未出现急性呼吸道感染症状。结论 病例感染来源于受H7N9病毒污染的农贸市场的可能性较大,建议加强农贸市场的卫生管理和消毒工作,规范禽类宰杀与销售。     

浙江省慈溪市3例人感染H7N9禽流感病例流行病学调查与分析

2014年1月浙江省慈溪市发生3例人感染H7N9禽流感病例,经调查3例病例所接触禽均来自2013年疫情发生地区,3例病例经营场所环境标本H7N9禽流感病毒核酸阳性率68.4%,慈溪市从事禽交易农贸市场环境标本病毒核酸阳性率38.4%。结果表明,外地禽只为慈溪市3例病例感染来源,禽交易农贸市场为感染高危场所。     

江苏省2013至2015年人H7N9流感病毒的分子特征

摘要：目的：探讨江苏省2013至2015年人源H7N9禽流感病毒的分子特征。 方法：从全球禽流感共享数据库(GISAID)中下载江苏省2013至2015年上传的人感染H7N9禽流感病毒株(37株)和禽源性H7N9病毒株(7株)的全基因序列,用MEGA 6.0软件分析人感染H7N9禽流感病毒HA、NA、M及PB2等基因的分子遗传特征、关键氨基酸位点的改变情况,并构建HA和NA的系统进化树。 结果：江苏省内人源和禽源H7N9禽流感毒株与参考株相比较,HA蛋白的差异均较小,其同源性分别为97.2%～100%和98.2%～100%;NA蛋白之间的差异也较小,其同源性分〖JP2〗别为99.8%～100%和99.9%～100%;人源与禽源H7N9病毒HA或NA之间的同源性分别为98.5%～100%和99.8%～100%。人源和禽源H7N9毒株的HA蛋白均发生G186V和D225G变异,44株发生Q226L变异,4株出现A134V变异,但HA的裂解位点均未发生改变。2013年1株NA蛋白出现R294K耐药位点的变异。PB2蛋白分析显示：所有毒株均发现L89V变异,其中人源H7N9毒株中,26株发现E627K变异,5株发现D701N变异。所有毒株的M2蛋白均发生S31N变异。 结论：江苏省2013-2015年人感染H7N9流感病毒与禽源性H7N9毒株的氨基酸序列高度同源,关键氨基酸位点的变异与人感染该病毒密切相关,应加强人源和禽源H7N9病毒的分子监测。     

杭州市下城区4例人感染H7N9禽流感病例的临床与流行病学特征分析

目的 对杭州市下城区2013年确诊报告的4 例人感染H7N9禽流感病例进行临床和流行病学分析, 为进一步科学防控人禽流感提供依据。 方法 对确诊病例和病例的密切接触者进行个案调查, 采用荧光双标记探针反转录-聚合酶链反应检测H7N9禽流感病毒。 对病例的呼吸道标本进行人感染H7N9禽流感病毒核酸检测。 结果 4例病例表现为重症肺炎并呈进行性加重, 发病至首次就诊平均时间为2 d, 首次住院为5 d, 确诊时间为7 d。4病例呈高度散发, 病例之间无流行病学关联, 发病时间均为春季,均有农贸市场暴露史。对病例采取隔离治疗、密切接触者进行医学观察、疫点终末消毒、农贸市场停止活禽交易等综合措施后, 疫情得到有效控制。 结论 4例人感染高H7N9禽流感病例发病与农贸市场暴露有关, 暂未发现人传人的证据。早期发现和救治患者是提高患者预后的关键, 要加强人感染H7N9禽流感疫情监测,及时科学处置疫情, 以控制疫情扩散。