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1.
目的建立一种快速、敏感、特异的RealtimePCR(实时荧光定量PCR)方法,用于裂谷热病毒(RVFV)的检测。方法根据裂符热病毒N蛋白基因的保守序列设计并合成一对引物及特异性TaqMan探针。通过条件优化,以10倍系列稀释重组质粒为标准品,进行Real-timePCR扩增,绘制标准曲线,并进行重复性、准确性、特异性及敏感性检测。结果建立的Real-timePCR方法检测裂谷热病毒所绘制标准曲线的相关系数大于0.99,灵敏度为1.0×10^1拷贝,高于常规PCR方法(1.0×10^3拷贝);除裂谷热病毒外的其他7种对照烈性病病原体基因检测均呈阴性;批内重复和批问重复的变异系数均小于1%。结论建立的裂谷热病毒Real-timePCR检测方法敏感性和特异性较高,可用于裂谷执病毒感染懊涑诊眯斤殛流行病学谰杏.  相似文献   

2.
目的建立一种快速、敏感、特异的实时荧光定量PCR(Real-time PCR)方法,用于中东呼吸综合征冠状病毒(MERS-CoV)的检测。方法根据中东呼吸综合征冠状病毒S蛋白基因的保守序列设计并合成一对引物及一条特异性TaqMan探针。通过条件优化,以10倍系列稀释重组质粒为标准品,进行Real-time PCR扩增,绘制标准曲线,并进行重复性、准确性、特异性及敏感性检测。结果建立的Real-time PCR方法检测中东呼吸综合征冠状病毒所绘制标准曲线的相关系数0.99,灵敏度为1.00×101拷贝,高于常规PCR方法(1.00×102拷贝);用该方法检测中东呼吸综合征冠状病毒基因为阳性,其他6种对照呼吸道病原体及冠状病毒基因检测均呈阴性;批内、批间重复试验的变异系数均1%。结论建立的中东呼吸综合征冠状病毒Real-time PCR检测方法灵敏、特异、重复性好,可用于中东呼吸综合征冠状病毒感染的快速诊断和流行病学调查。  相似文献   

3.
目的 建立一种特异、灵敏、快速检测猪巨细胞病毒的TaqMan荧光定量PCR方法。方法 根据GenBank已登录的猪巨细胞病毒(Porcine Cytomegalovirus,PCMV)DNA序列设计合成特异性引物对和TaqMan荧光探针,经优化反应条件,建立了猪巨细胞病毒的TaqMan荧光定量PCR检测方法(fluorescent quantitative real-time PCR, FQ-PCR),进行了FQ-PCR检测方法的敏感性、特异性和重复性试验;对疑似PCMV 感染临床样品进行了应用检测,并与常规PCR方法进行了比对;对FQ-PCR检测结果为PCMV 阳性猪的不同内脏器官进行病毒含量比较检测。结果 成功建立了PCMV 的FQ-PCR方法,标准曲线的循环阈值(Ct值)与模板浓度有良好的线性关系,相关系数为0.998;检测灵敏度可达1 拷贝/μL,是常规PCR的100倍;特异性高,对pGEM-T/PCMV重组质粒扩增呈现阳性反应曲线,而对6个对照病原的扩增曲线均呈现阴性反应;对不同浓度的pGEM-T/PCMV重组质粒分别重复扩增6次,重复结果良好;对15份临床疑似PCMV感染的组织病料进行应用检测表明,其中有9份样品为阳性,与常规PCR方法检测的阳性符合率为100%。猪的内脏器管中PCMV含量最高为扁桃体,最低的为小肠。结论 成功建立了PCMV FQ-PCR方法,可用于临床上PCMV感染猪的确诊和隐性感染猪的早期检测,对PCMV的快速诊断、综合防控及净化等具有重要意义。  相似文献   

4.
狂犬病病毒荧光定量RT—PCR检测方法的建立与初步应用   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的建立狂犬病病毒快速检测法。方法根据狂犬病病毒核蛋白基因的保守序列分别设计两对引物及其相应的TaqMan探针。构建pMD-N重组质粒,建立荧光定量RT-PCR绝对定量标准品,并对反应体系进行优化,建立绝对定量的标准曲线。利用10倍稀释法检验方法的灵敏度并与普通RT-PCR法进行比较;作重复性和特异性检验后进行临床标本的检测。结果构建了绝对定量的参照质粒,标准曲线相关系数为0.998。狂犬病病毒荧光定量RT-PCR检测反应的灵敏度为10个TCID_(50);5种非狂犬病病原体检测均为阴性。结论建立的狂犬病病毒的荧光定量RT- PCR检测方法快速、特异性强、灵敏度高、稳定性好,可以应用于临床样品的检测。  相似文献   

5.
目的 选取弓形虫基因组中高度保守的多拷贝基因529 bp重复序列、ITS-1序列和B1基因作为real-timePCR检测的靶基因,建立检测弓形虫的三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR的检测方法并且与ELISA检测方法进行比较。方法 将529 bp重复序列、B1基因、ITS-1序列的选定扩增序列进行克隆、测序构建标准品;将构建的3个标准品放在一个体系中进行扩增,进行三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR。结果 529 bp、ITS-1和B1的标准曲线的相关系数(R2)均为0.998,并且扩增效率均为96.724%,扩增片段的Tm值分别为 86.5±0.5 ℃ 、78.8±0.5 ℃、83.1±0.5 ℃;构建的三重SYBRGreenⅠ实时荧光定量PCR特异性试验表明,529 bp、ITS-1和B1有特异性的溶解曲线峰值分别是86.2 ℃、78.9 ℃和83.3 ℃,阴性对照无扩增曲线;敏感性试验表明,529 bp、ITS-1和B1序列最低检出限分别为 173copies/μL、123copies/μL、和135 copies/μL;Tm值的批内、批间重复试验的变异系数均小于0.13%;ELISA检测猪弓形虫IgG抗体的阳性率41.72%,ELISA与荧光定量PCR检测核酸阳性符合率为53.44%(P<0.01)。结论 建立弓形虫三重SYBRGreenⅠ荧光定量PCR检测技术具有高特异性和敏感性,可为临床弓形虫的诊断提供科学依据  相似文献   

6.
目的 建立TaqMan探针实时荧光定量PCR方法(FQ-PCR),快速检测土拉弗朗西斯菌。方法 针对土拉弗朗西斯菌的外膜蛋白fopA基因,利用Primer 5.0设计引物及TaqMan探针,人工合成fopA基因保守片段,克隆到载体作为阳性标准品,进行荧光定量检测,制作定量标准曲线,并以合成fopA基因为模板,PF、PR 为引物,研究其灵敏度、特异性和准确性。结果 构建了含fopA基因的重组质粒,以不同浓度的重组质粒制作标准曲线,在103~107拷贝数之间有较好的线性关系。灵敏度试验表明,该方法可检测到30.6个拷贝数的重组质粒,比普通PCR灵敏度高;特异性试验表明,能选择性检测土拉弗朗西斯菌,而与其他病原菌无交叉反应,与普通菌落PCR结果一致;重复性试验表明,拷贝数为3.06×106样品5次平行试验,标准差为0.201,变异系数为0.88%。结论 本研究建立了TaqMan探针FQ-PCR快速检测技术,具有灵敏度高、特异性强、重复性好等特点,可用于快速、实时、定量检测土拉弗朗西斯菌,为快速检测生物战剂级微生物建立了一种人工合成特异基因TaqMan探针实时荧光定量PCR新方法。  相似文献   

7.
目的 调查医院临床标本中阴沟肠杆菌基因群的构成比例,并建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌进行特异、灵敏、快速检测.方法 通过hsp60基因分型分析临床标本中基因群的构成,并以外膜蛋白基因(ompⅩ)为靶基因设计引物及FAM探针,建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌基因群检测,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性.结果 237株临床标本共归为10个基因群.其中群Ⅲ,Ⅵ和Ⅷ菌株数量最多,占总菌株数的71%;群Ⅰ占11%;其他6个群总共占18%.无基因群Ⅶ,Ⅹ和Ⅻ.TaqMan荧光定量PCR方法能对阴沟肠杆菌不同基因群进行特异检测:对十个基因群和群Ⅰ的质粒标准品的检测下限分别为36拷贝/μL和21拷贝/μL,对粪便模拟标本的检测下限为104个菌落形成单位/μL;TaqMan荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;结论 医院临床标本中可以检测到十个基因群,具有遗传多样性的特征.本研究建立的TaqMan荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于阴沟肠杆菌的快速检测.  相似文献   

8.
目的调查医院临床标本中阴沟肠杆菌基因群的构成比例,并建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌进行特异、灵敏、快速检测。方法通过hsp60基因分型分析临床标本中基因群的构成,并以外膜蛋白基因(ompX)为靶基因设计引物及FAM探针,建立TaqMan荧光定量PCR方法对阴沟肠杆菌基因群检测,并评价该方法的特异性、灵敏性和稳定性。结果 237株临床标本共归为10个基因群。其中群III,VI和VIII菌株数量最多,占总菌株数的71%;群I占11%;其他6个群总共占18%。无基因群VII,X和XII。TaqMan荧光定量PCR方法能对阴沟肠杆菌不同基因群进行特异检测:对十个基因群和群I的质粒标准品的检测下限分别为36拷贝/μL和21拷贝/μL,对粪便模拟标本的检测下限为104个菌落形成单位/μL;TaqMan荧光定量PCR方法对质粒标准品和粪便模拟标本检测的扩增曲线良好;结论医院临床标本中可以检测到十个基因群,具有遗传多样性的特征。本研究建立的TaqMan荧光PCR方法特异性好、灵敏度高,能够用于阴沟肠杆菌的快速检测。  相似文献   

9.
目的通过建立汉坦病毒实时荧光定量PCR检测方法,快速准确地检测汉坦病毒。方法根据汉滩型和汉城型汉坦病S片段基因的序列分别设计特异性探针引物,使用含有目的基因片段的重组质粒标准品绘制标准曲线,建立检测两型汉坦病毒的实时荧光定量PCR方法。结果建立的检测方法特异性良好,与其他常见病原不发生交叉反应;最低检测限为101copies/μl,灵敏度高;不同梯度定量模板的拷贝数的对数值与Ct值之间线性关系表达式分别为y=-3.4607x+40.988(HTN),y=-3.5307x+39.356(SEO),扩增效率分别为92.2%(HTN)和92.6%(SEO),相关系数R2分别为0.9968(HTN)和0.9997(SEO),呈良好的线性关系,且重复性好。结论建立的实时荧光定量PCR灵敏度高,重复性好,可用于汉坦病毒的快速检测,并可初步辨别汉滩型和汉城型汉坦病毒,对肾综合征出血热的病原早期诊断和流行病学调查有较好的应用价值。  相似文献   

10.
目的本研究旨在建立一种快速准确定量检测人G1型轮状病毒的TaqMan探针荧光实时PCR检测方法。方法以轮状病毒VP6基因为靶基因,分别设计2对引物及其相应的TaqMan探针,扩增目的片段,将目的片段克隆于PCDNA3.1+载体上,体外转录获得RNA,系列稀释后为标准品,建立TaqMan探针荧光定量实时PCR检测方法并对该方法进行验证。结果 设计实验找到最优条件下的引物浓度(250 nmol/L)、探针浓度(300 nmol/L);通过对引起腹泻的人柯萨奇病毒、呼肠孤病毒等进行检测,结果均为阴性,表明该方法具有很好的特异性。该方法的最低检测量为5 copies/μL。对该方法进行重复性实验,发现变异率均小于1%,重复性好。用已建立的方法对4份粪便临床样品进行3次重复试验,病毒RNA的检出率为100%。结论本实验初步建立了人G1型轮状病毒TaqMan探针荧光实时PCR检测方法,为G1型轮状病毒的诊断、检测和分子流行病学研究提供了一种新的方法。  相似文献   

11.
目的建立荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法。方法提取虫体基因组DNA、根据GenBank中美洲钩虫ITS 2序列设计特异引物,PCR扩增ITS 2序列、克隆、测序和比对。常规PCR检验引物特异性。将ITS 2序列扩增产物回收、纯化后经T克隆转入大肠埃希菌DH5α,提取重组质粒,鉴定后作为标准品模板建立荧光定量PCR标准曲线,并做灵敏性和重复性试验。结果构建的荧光定量PCR标准曲线循环阈值与模板浓度呈良好的线性关系,溶解曲线的吸收峰单一,实验重复性良好。结论成功构建了SYBR Green I荧光定量PCR检测美洲钩虫的方法,可用于快速、准确、定量检测美洲钩虫。  相似文献   

12.
目的 应用TaqMan PCR技术建立针对Flanders病毒(Flanders virus, FLAV)的实时荧光定量PCR检测方法。方法 下载GenBank中FLAV基因序列资料并进行多序列比对分析,选择其L基因中的高保守序列片段进行FLAV特异引物与探针的设计,使用来自于不同科属的15株病毒验证方法特异性,通过重复/平行实验验证方法稳定性,并利用体外转录的L基因RNA标准品建立基因拷贝数绝对定量分析模型。结果 引物与探针工作特异性良好,同一样品重复检测Ct值的变异系数均小于1.7%,定量分析模型灵敏度达到100 copies/PCR。结论 建立完成针对FLAV的TaqMan PCR检测方法。实验结果显示,本方法具有高特异性、高敏感性、高稳定性、简便、易操作的特点,为今后对FLAV的检测、监测及相关研究提供技术手段。  相似文献   

13.
目的 本文建立一种基于样品检测的特异性好、灵敏性高的布鲁氏菌荧光定量PCR检测方法。方法 以哺乳动物beta-actin基因和外源重组质粒为内参,针对布鲁氏菌属特异性基因IS711,建立用于样品检测的布鲁氏菌荧光定量PCR方法,并验证其敏感性、特异性及稳定性,绘制标准曲线。将该方法用于哺乳动物样品检测,并与细菌分离培养检测结果比较。结果 荧光定量PCR方法对布鲁氏菌检测有良好的特异性,3对引物对阴性对照菌均无非特异性扩增;该方法用于样品检测的最低检测限为17拷贝;内外源内参同时存在条件下,布鲁氏菌荧光定量PCR的标准曲线相关系数为R2=0.997(Y=-3.12X+40.9)。将该方法直接用于181份动物样本的检测,并与分离培养结果相比,荧光定量PCR检测阳性率为11.4%,细菌分离培养检测阳性率为9.9%,且细菌分离培养阳性样品与荧光定量PCR阳性样品中编号基本一致。结论 本文建立的荧光定量PCR检测方法灵敏性高、特异性及稳定性好,可直接应用于样品的检测,检测结果受内参基因质控。  相似文献   

14.
目的检测不同血管紧张素II(Ang II)的浓度对大鼠心肌细胞内钙调磷酸酶(CaN)Aβ基因表达水平的影响。方法设计并合成大鼠CaN Aβ和β-肌动蛋白(β-actin)基因的特异性引物和TaqMan探针,将PCR扩增的CaN Aβ和β-actin基因片段分别克隆入pMD18-T载体,用于标准曲线的绘制和样品检测。用ROX标记的TaqMan探针对CaN Aβ基因的表达进行定量;用FAM标记的TaqMan探针对β-actin看家基因的表达进行定量。通过看家基因β-actin表达水平的定量结果对CaN Aβ表达水平的定量结果进行校正。改变培养的大鼠心肌细胞中Ang II的浓度并定量检测其CaN Aβ基因的表达水平。结果应用重组质粒绘制的定量曲线循环阈值与模板的浓度具有良好的线性关系;与定量对照曲线比较计算出正常大鼠心肌细胞内CaN Aβ是β-actin含量的90%。随着Ang II浓度的增高,大鼠心肌细胞内CaN mRNA的表达水平亦增加。结论成功地建立了利用TaqMan探针检测CaN Aβ和β-actin基因的多重荧光定量PCR方法并绘制标准曲线,从定量角度进一步证实Ang II能刺激CaN基因表达的水平。  相似文献   

15.
栾颖  曹威  尹新华 《心脏杂志》2007,19(5):505-509
目的检测不同血管紧张素Ⅱ(AngⅡ)的浓度对大鼠心肌细胞内钙调磷酸酶(CaN)Aβ基因表达水平的影响。方法设计并合成大鼠CaNAβ和B-肌动蛋白(β-actin)基因的特异性引物和TaqMan探针,将PCR扩增的CaNAβ和β-actin基因片段分别克隆入pMD18-T载体,用于标准曲线的绘制和样品检测。用ROX标记的TaqMan探针对CaNAβ基因的表达进行定量;用FAM标记的TaqMan探针对β-actin看家基因的表达进行定量。通过看家基因β-actin表达水平的定量结果对CaNAB表达水平的定量结果进行校正。改变培养的大鼠心肌细胞中AngⅡ的浓度并定量检测其CaNAB基因的表达水平。结果应用重组质粒绘制的定量曲线循环阈值与模板的浓度具有良好的线性关系;与定量对照曲线比较计算出正常大鼠心肌细胞内CaNAβ是β-actin含量的90%。随着AngⅡ浓度的增高,大鼠心肌细胞内CaNmRNA的表达水平亦增加。结论成功地建立了利用TaqMan探针检测CaNAβ和β-actin基因的多重荧光定量PCR方法并绘制标准曲线,从定量角度进-步证实AngⅡ能刺激CaN基因表达的水平。  相似文献   

16.
目的:利用智能等温扩增方法(SMAP)建立乙型肝炎病毒(HBV)核酸检测体系。方法:以pGEMX-T-X重组质粒为标准品,应用SMAP、实时荧光定量PCR法(Real-time PCR)对标准品的连续梯度稀释样品和其他几种病毒核酸提取物进行对照试验,测定SMAP对HBV核酸检测的特异性与灵敏度。结果:HBV病毒SMAP检测体系,反应最短时间15min,最优反应时间30min,无特殊仪器要求,特异性好,灵敏度10copies/μl;HBV病毒Real-time PCR检测体系,反应时间约2h,需要实时荧光定量PCR仪,特异性好,灵敏度100copies/μl。结论:SMAP方法检测速度快,无特殊仪器要求,能够提高检查效率,降低诊疗成本,值得推广应用。  相似文献   

17.
TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR快速检测布鲁氏菌   总被引:2,自引:0,他引:2  
目的利用新一代TaqMan MGB探针技术,建立特异敏感的实时荧光定量PCR方法,用于布鲁氏菌的快速检测。方法针对布鲁氏菌基因组中16SrRNA序列设计特异性引物和探针,建立一套基于TaqMan MGB探针技术的实时荧光定量PCR方法,验证方法的特异性、敏感性和稳定性,对2008-2010年期间采集的773份动物样本中的布鲁氏菌进行检测,并与普通PCR方法进行比较分析。结果建立的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法对布鲁氏菌的检测具有高度的特异性,对小肠结肠耶尔森菌、假结核耶尔森菌、肠炎沙门氏菌、大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、空肠弯曲菌、泰泽氏菌均无交叉反应。生成的标准曲线的相关系数为0.999,斜率为-3.301,TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR效率为100.872%。TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR能够准确地从布鲁氏菌阳性样本中检测到布鲁氏菌DNA,最低能够检测到的布鲁氏菌数量为9.3拷贝,比常规PCR方法的灵敏度高100倍。对773份动物样本进行检测,结果TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR能检出53份布鲁氏菌阳性样本,而常规PCR只检出37份阳性。结果显示,TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法比常规PCR方法更敏感,能够直接从动物样本中检出布鲁氏菌DNA,检测时间仅为2h。结论本研究首次建立了直接用于检测动物样本中布鲁氏菌的TaqMan MGB探针实时荧光定量PCR方法,该技术适用于传染性病原体的快速检测与鉴定。  相似文献   

18.
目的建立实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)方法,检测单纯疱疹病毒2型(HSV-2)。方法根据基因库信息,以HSV-2的gG基因区为靶基因,设计合成引物和荧光探针。采用重组质粒构建标准品,优化反应体系进行方法学评价,同时对350例临床诊断HSV-2感染者和50例健康体检者的分泌物进行检测。结果成功建立了TaqMan技术的real-time PCR方法。通过反应体系优化重复性良好,批内变异系数CV=2.56%,批间CV=5.15%。特异性高,对乙型肝炎病毒、丙型肝炎病毒及解脲支原体、沙眼衣原体阳性标本进行检测无特异性扩增,灵敏度达到500拷贝。从350例临床诊断HSV-2感染者的分泌物中,检出HSV-2DNA 288例,检出率82.29%;50例健康体检者分泌物中未检出HSV-2DNA。结论 real-time PCR方法能够快速、准确地检出HSV-2DNA,其特异性强、灵敏度高,可用于临床诊断HSV-2感染。  相似文献   

19.
目的 探讨实时荧光定量PCR(FQ-PCR)用于布鲁杆菌检测的可行性.方法 根据布鲁杆菌BCSP31基因设计合成1对引物和TaqMan探针,以克隆有布鲁杆菌基因片段的PMD18-T质粒作为标准品DNA模板,进行FQ-PCR检测,绘制标准曲线;对所应用的方法分别进行敏感性、特异性及重复性分析;并对临床血液标本进行FQ-PCR,与临床诊断进行比较.结果 用标准品DNA建立的定量标准曲线的循环阈值(Ct)与模板拷贝数呈良好的线性关系(r=0.999);FQ-PCR检测的灵敏度拷贝数为5个/μl,普通PCR为5×102个/μl,FQ-PCR是普通PCR的100倍;用FQ-PCR检测6株布鲁杆菌菌株及5株非布鲁杆菌菌株,布鲁杆菌均检出较强荧光信号,非布鲁杆菌未检出;5×103个拷贝/μl标准品DNA检测后,Ct值批内变异系数(CV)为0.71%,批间CV为7.23%;用FQ-PCR检测临床确诊阳性血标本24份,检出阳性19份,符合率为79%(19/24),阴性对照血标本31份,全部阴性,阴性符合率为100%(31/31),临床症状可疑标本30份,检出阳性2份.结论 用FQ-PCR方法检测布鲁杆菌具有高度敏感性、特异性及良好的重复性,与临床阳性及阴性标本的符合率较高,可用于快速检测各种样本中的微量布鲁杆菌以及作为布鲁杆菌感染的实验室检测方法.  相似文献   

20.
目的 建立一种能检测猪繁殖与呼吸障碍综合症病毒(PRRSV)的TaqMan探针荧光定量PCR方法。方法 根据PRRSV的ORF7基因保守区的核苷酸序列设计引物和TaqMan探针,通过探针浓度的优化,建立检测PRRSV的TaqMan探针荧光定量PCR方法。用该方法对30份临床疑似病料进行检测, 并与常规RT-PCR方法和病毒分离方法进行比较。结果 TaqMan荧光PCR检测PRRSV的最佳探针浓度为0.4μmol,检测灵敏度可达3.51拷贝/μl。检测的30份样品与病毒分离结果的符合率为100%,与普通PCR的检测结果(25/30)比较,本方法对临床样品的检出率(28/30)更高。结论 建立的方法特异性强、敏感性高、重复性好,可用于临床样品的检测。  相似文献   

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