基于网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制

目的采用网络药理学和分子对接探讨蠲痹汤治疗骨关节炎的机制。方法应用TCMSP数据库获取蠲痹汤的活性成分和对应靶点,检索GeneCards数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库和TTD数据库获得骨关节炎的治疗靶点。运用R语言软件(版本4.0.2)获得蠲痹汤治疗骨关节炎的交集靶点,使用Cytoscape软件(版本3.8.0)构建“活性成分—治疗靶点”网络并将关键成分进行排序,同时通过蛋白质相互作用(PPI)网络筛选出其核心靶点。运用R语言软件对蠲痹汤治疗骨关节炎的作用靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。运用AutoDockVina(版本1.1.2)等软件对上述核心靶点及关键成分进行分子对接验证。结果应用TCMSP数据库共得到蠲痹汤活性成分165个及对应靶点2529个,药物药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集得到115个靶点,关键成分有槲皮素、山柰酚、柚皮素等,核心靶点有STAT3、TNF、MAPK14等。GO富集分析得到2306个生物过程条目,144个分子功能条目,69个细胞组成条目;KEGG富集分析得到TNF信号通路、IL-17信号通路、PI3K-AKT信号通路等相关通路。分子对接结果显示,蠲痹汤治疗骨关节炎的关键成分槲皮素、山柰酚、柚皮素、甘草酮A、刺芒柄花素与其对应的核心靶点有较好的结合性。结论蠲痹汤可能通过多成分、多靶点、多通路的相互作用发挥对骨关节炎的治疗作用。     

基于生物信息学的息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制

目的:挖掘中药复方息痛散的有效成分、预测其潜在功能靶标,通过网络药理学和实验验证的方法探讨息痛散治疗痛风性关节炎的作用机制。方法:利用TCMSP、TCMID数据库筛选出息痛散的活性成分及靶标;通过NCBI、GeneCards数据库筛选痛风性关节炎的疾病靶点;将两者靶点通过Cytoscape软件构建蛋白互作网络图并进行拓扑学分析;筛选出核心靶点;通过R软件进行KEGG和GO富集分析;最后分子对接及Western Blot实验验证网络药理学富集分析结果。结果:共筛选出146个活性成分以及158个关键靶点,涉及PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路和MAPK信号通路等,实验验证显示通路关键节点蛋白存在差异性表达。结论:本研究系统揭示息痛散通过多成分-多靶点-多途径共同调控痛风性关节炎的物质基础和作用机制,为中药复方息痛散的临床应用提供理论基础和科学依据。     

基于网络药理学探讨白藜芦醇抗衰老的作用机制

目的:运用网络药理学方法探寻白藜芦醇抗衰老的关键靶点及分子作用机制。方法:通过PharmMapper数据库查找白藜芦醇的作用靶点;采用GeneCards数据库搜索衰老的相关蛋白。将白藜芦醇作用靶点和疾病靶点取交集,即为白藜芦醇抗衰老潜在靶点。采用STRING数据库找出靶点的作用关系,以DAVID数据库分析结果,Cytoscape3.8.0软件构建药物-疾病-靶点-通路网络。结果:从PharmMapper得到的91个白藜芦醇(Resveratrol,Res)作用靶点,GeneCards数据库得到的474个衰老相关靶点,两者取交集后共得到22个白藜芦醇抗衰老的作用靶点。在蛋白相互作用网络中IGF1、ESR1、MAPK1和EGFR处于核心位置。在GO富集分析和KEGG通路分析中,EGFR、MAPK1和IGFR均存在于PI3K-Akt通路、FoxO通路和HIF-1通路中。在药物-疾病-靶点-通路网络中,EGFR和MAPK1处于核心位置。结论:Res通过EGFR、MAPK1、IGFR调节PI3K-Akt和FoxO通路抗衰老。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨郁金治疗乳腺癌的分子机制。方法 利用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索筛选郁金的有效成分，查询有效成分作用的靶点，利用UniversalProtein数据库（Uniprot）进行靶点注释；在Genecards和人类孟德尔遗传综合数据库（OMIM）检索乳腺癌相关基因；绘制有效成分作用靶点和乳腺癌相关基因的维恩图；使用Cytoscape3.7.2软件构建郁金-有效成分-靶点-乳腺癌网络；使用STRING平台构建蛋白互助网络（PPI network），并获取核心基因；运用Bioconductor进行GO生物过程富集及KEGG信号通路预测；运用Autodock vina软件对有效成分和靶点进行分子对接。结果 郁金筛选出有效成分15种，有效成分对应作用靶点78个，与乳腺癌交集靶点49个，预测郁金作用于乳腺癌主要成分为柚皮素（naringenin）、β-谷甾醇（beta-sitosterol）、谷甾醇（sitosterol），核心基因为AKT1、MAPK3等，GO功能主要涉及磷酸酶结合、G蛋白偶联胺受体活性、抗氧化活性等过程，KEGG信号通路4条，柚皮素...     

基于网络药理学的黄连治疗糖尿病的作用机制研究

目的 利用网络药理学手段研究黄连治疗糖尿病的作用机制。方法 从TCMSP数据库获取黄连的有效成分以及作用靶点,与GeneCards数据库中糖尿病的作用靶点取交集获取黄连治疗糖尿病的预测靶点,利用Cytoscape软件构建中药化合物-靶点网络及STRING数据库构建PPI网络,利用 DAVID在线工具进行GO功能分析及KEGG通路富集分析。结果 黄连的活性成分有14个,关键有效成分有11个,治疗糖尿病靶点137个。黄连主要活性成分作用的核心靶点为JUN、MAPK1、IL-6等靶基因,参与调控Insulin resistance,Regulation of lipolysis in adipocytes等多个信号通路。结论 黄连能发挥多靶点、多通路的协同治疗糖尿病作用。     

基于网络药理学及实验验证探讨雷公藤治疗肾癌的作用机制

目的采用网络药理学和实验验证的方法探索雷公藤治疗肾癌的作用机制。方法利用中药系统药理学(TCMSP)数据库与分析平台筛选雷公藤的有效成分,并通过Swiss数据库预测雷公藤的靶点。自DisGeNET、GeneCards和OMIM数据库收集肾癌相关靶点,并通过Venny 2.1.0获得交集靶点。使用STRING数据库和Cytoscape软件绘制蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。通过Cytoscape软件构建"成分-靶点-通路"网络。诱导肾癌皮下移植瘤模型,将裸鼠随机分为对照组和治疗组,每组5只,治疗组灌胃615 mg/ml雷公藤溶液(将1 845 mg雷公藤颗粒溶于3 ml水)2.46 g/kg,10 μl/次,1次/d,共给药21 d;对照组灌胃等量生理盐水。每5天测量1次肿瘤体积,并采用酶联免疫法检测丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导子与转录激活子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、T肿瘤蛋白p53(TP53)、JUN、丝裂原激活蛋白激酶8(MAPK8)和MAPK14表达情况。结果筛选出雷公藤有效药物成分28个,潜在靶点117个。识别出13 425个相关疾病靶点,最后获得113个药物和疾病交集靶点。在PPI网络中,AKT1、STAT3、TNF、TP53、JUN、MAPK8和MAPK14是核心靶点。GO分析显示BP主要包括核受体活性、配体激活的转录因子活性、RNA聚合酶特异性DNA结合转录因子结合、核类固醇受体活性、肾上腺素能受体活性等;CC主要包括对激素的反应、细胞对脂质的反应、积极调节细胞迁移、对TNF的反应、炎症反应、细胞对激素刺激的反应、对缺氧的反应、对金属离子的反应等;MF涉及膜筏、膜微区、质膜的外侧、膜侧、质膜筏、突触前膜、小窝、转录调控复合体、突触后膜、突触膜等。KEGG分析显示雷公藤治疗肾癌涉及脂质和动脉粥样硬化、晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、TNF、Toll样受体、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)和MAPK等信号通路。实验验证结果显示雷公藤治疗后肿瘤体积减小(P<0.05),TP53蛋白表达增加(P<0.001),AKT1、STAT3、TNF、JUN、MAPK8和MAPK14蛋白表达均降低(均P<0.001)。结论预测了雷公藤治疗肾癌的靶点及信号通路,为进一步研究其保护机制及临床应用提供参考依据。     

基于网络药理学分析冬虫夏草防治急性肾损伤的分子机制北大核心CSCD

目的：基于网络药理学分析冬虫夏草（CS）防治急性肾损伤（AKI）的分子作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库（TCMSP）筛选CS的有效成分和作用靶点,从DisGeNET、GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选AKI的疾病靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建“药物-成分-疾病-靶点”可视化调控网络,采用String在线数据库构建CS与AKI共同靶点的蛋白互作网络,DAVID数据库和KEGG数据库对共同靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,探讨其潜在分子机制。结果：CS中筛选得到有效成分9种,防治AKI的作用靶点63个。GO功能富集分析主要包括对药物的反应、信号转导、衰老、细胞增殖调控、细胞凋亡调控等。CS防治AKI的主要富集通路有PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞凋亡通路、TNF信号通路、P53信号通路等。结论：通过网络药理学研究方法预测了CS防治AKI的有效活性成分及作用靶点,并通过PPI网络和KEGG富集分析推测了CS通过多条信号通路调节防治AKI,涉及细胞自噬、凋亡及炎症反应等多环节生物学过程。     

参苓白术散治疗膝骨关节炎作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

背景:参苓白术散是健脾祛湿的代表方之一,具有良好的抗炎及免疫调节效应。近年来课题组在临床实践中发现对早、中期膝骨关节炎患者使用参苓白术散疗效颇丰,但具体的分子机制尚不明确。目的:通过网络药理学和分子对接探究参苓白术散治疗膝骨关节炎的药理学机制。方法:使用TCMSP和TCMID数据库搜集参苓白术散活性成分及其作用靶点,使用GenneCards和OMIN-NCBI数据库获取膝骨关节炎靶点,使用STRING与Cytoscape构建药物-活性化学成分-核心靶标网络与PPI蛋白网络互作分析,并进行GO及KEGG分析,使用AutoDockTools将重要活性成分与核心靶点进行分子对接预测。结果与结论:(1)共筛选出参苓白术散活性药物化学成分109个,主要成分包含木犀草素、山奈酚和β-谷甾醇等;(2)其中与疾病交集靶点97个,核心靶点为PTGS2,CASP3,AKT1,MAPK1,MAPK8,TP53和EGFR等;(3)分子对接结果可见,山奈酚及β-谷甾醇可靶向调控CASP3,AKT1,PTGS2;(4)GO分析得出苓白术散治疗膝骨关节炎的机制中主要涉及氧化应激、脂多糖、营养水平、肌肉细胞增殖及氧水...     

网络药理学联合动物实验探讨润燥止痒胶囊治疗湿疹的作用机制

目的 通过网络药理学和动物实验,揭示润燥止痒胶囊（RunZao ZhiYang capsule,RZZY治疗湿疹的药理学机制。方法 选取RZZY中23个成分为研究对象,利用数据库筛选方药靶点,使用Metascape数据库对靶点进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“成分-靶点-通路”网络,筛选湿疹关联通路,开展动物实验评价RZZY对湿疹的疗效,验证RZZY对关键靶点调节作用。结果 RZZY与湿疹关联靶点72个,包括JAK2、STAT3、PIK3R1、AKT1、MAPK1等;KEGG富集得到AGE-RAGE、TNF、Th17 cell differentiation、PI3K-Akt等关键信号转导通路;动物研究发现RZZY显著减轻湿疹模型大鼠皮肤肿胀、表面溃烂和渗透,降低湿疹面积及严重度指数评分、皮肤厚度和病理评分,确证RZZY对湿疹关键靶点JAK2和STAT3蛋白有下调作用,与网络药理学预测结果相一致。结论 本研究联合网络药理学和动物实验验证RZZY对湿疹的作用机理,为其临床应用提供理论依据。     

枇杷清肺饮基于 MAPK/NF-κB 信号通路调控 HaCaT 细胞炎性损伤机制研究

目的：采用网络药理学和体外细胞实验研究枇杷清肺饮通过MAPK/NF-κB信号通路调控LPS诱导的HaCaT细胞炎性损伤机制。方法：通过TCMSP数据库、GeneCards、OMIM和TTD数据库,取枇杷清肺饮和痤疮交集靶点,使用STRING数据库建立PPI网络,DAVID数据库筛选靶点GO功能并进行KEGG通路富集分析,Cytoscape软件构建“活性成分-靶点-KEGG-痤疮”网络,预测其作用机制。进一步采用细胞实验验证预测靶点的准确性,采用LPS诱导HaCaT细胞炎症模型,CCK-8检测不同浓度枇杷清肺饮含药血清对细胞活力的影响,qPCR和ELISA检测HaCaT细胞IL-1β、AKR1B1、IL-4、TNF-α的mRNA及蛋白表达水平,Western blot检测NF-κBp65、P38-MAPK和JNK-MAPK蛋白的表达水平。结果：通过网络分析可知,6种中药包含153个活性成分共304个靶标,与痤疮共有靶标基因118个,关键靶点涉及IL-1β、IL-4、TNF-α、AKR1B1等;GO功能富集分析得到条目1 922个（P<0.05）;KEGG通路富集分析筛选到131条信...     

基于网络药理学预测白藜芦醇抗胰腺癌靶点与分子机制研究

目的:采用网络药理学的方法对白藜芦醇抗胰腺癌的作用靶点进行预测,探讨其关联的分子作用机制。方法:通过DisGeNET数据库检索胰腺癌靶点,同时将SuperPred数据库和Swiss Target Prediction数据库预测白藜芦醇的共同靶点导入STRING数据库和Cytoscape-v3.2.1中,构建"成分-靶点"相互作用网络以及"疾病-靶点"相互作用网络,然后取交集部分(白藜芦醇抗胰腺癌靶点网络)进行拓扑分析,筛选白藜芦醇抗胰腺癌的核心靶点;通过对核心靶点进行生物功能和通路富集分析,预测白藜芦醇发挥治疗胰腺癌作用的生物过程以及关键信号通路。结果:TP53、EGFR、PTGS2、AKT1、MAPK3、MYC以及ALB是白藜芦醇治疗胰腺癌的7个核心靶点;运用DAVID软件进行功能和Omicshare云平台可视化分析显示,白藜芦醇治疗胰腺癌主要与调节细胞增殖正调控、细胞凋亡过程的负调控、细胞对表皮生长因子刺激的反应、一氧化氮生物合成的正调控、RNA聚合酶II启动子转录的正调控等生物过程,进而调控各类癌症相关信号通路密切相关。结论:白藜芦醇治疗胰腺癌的机制可能与抑制细胞增殖以及调控癌症相关的代谢通路有关,其中7个核心靶点可作为预测与治疗胰腺癌潜在的分子标记物。     

基于网络药理学研究寒湿痹颗粒治疗强直性脊柱炎的机制

文题释义： 寒湿痹颗粒：由附子、制川乌、黄芪、桂枝、麻黄、白术、当归、白芍、威灵仙、木瓜、细辛、甘草等10多味中药组成,具有温肾散寒、祛风、益气活血、止痛等功效,可用于治疗强直性脊柱炎、风湿性关节炎、骨关节炎等病。 网络药理学：基于系统生物学的理论,对生物系统网络进行分析,从成分-靶点-通路进行整体预测及阐明药物在体内作用机制。 背景：寒湿痹颗粒已被临床中用于治疗强直性脊柱炎,但其药理作用机制不明确。 目的：基于网络药理学的方法,对寒湿痹颗粒的主要化学成分进行筛选,并收集其化合物对应的靶点,并构建化合物-靶点网络,对其治疗强直性脊柱炎的药理作用机制进行系统阐述。 方法：寒湿痹颗粒化合物及与药物靶点的收集主要基于TCMSP数据库及文献报道,强直性脊柱炎疾病靶点来源于DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库。所获得药物基因和疾病基因经过Uniprot数据库校正后使用Draw Venn Diagrams分析工具获得交集基因。结合STRING数据库与Cytoscape3.6.1对交集基因进行PPI分析。通过使用Cytoscape3.6.1插件ClueGO对交集基因进行GO富集分析及KEGG通路富集分析。 结果与结论：①从TCMSP获得69个活性成分,142个药物靶点,利用DRUGBANK、GeneCards、Home-OMIM-NCBI、PALM-IST数据库获得595个强直性脊柱炎疾病靶点;②使用Draw Venn Diagrams工具分析获得交集基因39个,通过PPI分析,肿瘤坏死因子、白细胞介素6、前列腺素内过氧化物合酶2在PPI网络中连接度较高;③通过GO富集分析发现,其主要涉及活性氧代谢调节、脂肪酸代谢、急性炎症反应、神经递质的生物过程、花生四烯酸的代谢等生物功能;④通过KEGG通路富集分析发现,其主要涉及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路、核因子κB信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路等;⑤研究初步预测寒湿痹颗粒治疗强直性脊柱炎的药理作用机制,为老药新用及实验研究提供新思路。 ORCID: 0000-0001-9827-9537(王卓) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于网络药理学及实验验证探讨黄连治疗龋齿的作用机制

目的探索使用网络药理学方法和动物实验研究黄连治疗龋齿的作用机制。方法通过中药系统药理学(TCMSP)数据库与分析平台筛选出黄连有效成分及其靶点,并通过GeneCards数据库在线检索疾病靶点。在Venny 2.1网站筛选出黄连和龋齿的交集靶点,并将交集靶点在线进行蛋白-蛋白相互作用分析和基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析。然后,使用Cytoscape制作"成分-靶点-通路"网络图。将大鼠随机分为模型组和黄连组,建立龋齿大鼠模型。模型组大鼠用浸有150 μl 0.9%氯化钠溶液小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min,黄连组大鼠将浸有黄连(5.8 mg黄连融入150 μl 0.9%氯化钠溶液)的小棉球反复涂擦大鼠磨牙各面5 min。2组大鼠每周处理1次,连续处理4周。对变异链球菌菌落数进行计数,并采用酶联免疫法检测血清丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、JUN、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)蛋白表达。结果黄连中有11个有效成分,通过干预54个靶点,调节多个分子通路,从而治疗龋齿。槲皮素、小檗碱、黄藤素、小檗浸碱和四氢小檗碱等是核心成分,AKT1、JUN、IL-6、TNF、Bcl-2为核心靶点。GO分析显示,BP主要包括细胞因子活性、信号受体激活剂活性、信号受体调节剂活性、细胞因子受体结合和受体配体活性等;CC主要包括对脂多糖的反应、对细菌分子的反应、细胞对脂质的反应、炎症反应和细胞群体增殖负调控等;MF主要包括膜筏、膜微区、细胞外基质、外部封装结构和质膜蛋白复合物等。KEGG分析显示晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体(AGE-RAGE)、TNF、IL-17、Toll样受体、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、核因子-κB(NF-κB)、表皮生长因子受体(EGFR)、Janus激酶-信号转导子与转录激活子(JAK-STAT)、磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)等信号通路与黄连治疗龋齿相关。动物实验结果显示,黄连治疗后血清Bcl-2蛋白表达增加,血清AKT1、JUN、IL-6、TNF等蛋白表达减少。结论黄连可以通过多种通路参与调控龋齿的靶点,具有良好的治疗效果和广泛的作用机制,有望成为开发治疗龋齿的中成药的重要组分。     

基于网络药理及分子对接预测青蒿素对银屑病的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术，探讨青蒿素防治银屑病的作用机制。方法 通过PubChem数据库和Swisstarget数据库获取青蒿素的主要有效成分及其作用靶点，从GeneCard数据库获取银屑病的治疗靶点，然后利用STRING数据库和Cytoscape构建靶点PPI网络，并进行聚类分析和筛选关键靶点。利用R软件进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析和目标基因可视化。最后通过AutoDock软件对青蒿素与靶基因进行分子对接验证。结果 共获得41个交集靶点，通路富集分析显示，这些靶点通过调节神经营养蛋白信号通路、血清素突触通路等发挥防治银屑病的作用。对接结果显示，青蒿素可与关键靶点HSP90AA1、EGFR、MAPK14、MAP2K1匹配。结论 通过网络药理学及分子对接的方法，找到了青蒿素治疗银屑病可能的潜在靶点，预测了其发挥药理作用的关键通路。     

基于网络药理学探究络石藤-牛膝药治疗关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学分析“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎（Arthritis）的潜在作用机制。 方法 通过检索中草药系统药理学数据库平台（TCMSP）进行药对“络石藤-牛膝”有效成分及靶基因筛选;以“Arthritis”为关键词,在GeneCards数据库、NCBI基因数据库以及OMIM数据库进行人类基因检索并获得关节炎相关基因;将筛选出的药对靶点与疾病靶点输入韦恩图制作软件Venny2.1,获得共有靶点;运用STRING数据库进行PPI网络构建,Cystoscape构建“药物-成分-靶点-疾病”网络;运用R语言软件对关键靶基因进行基因本体论（GO）功能富集分析及与基因组百科全书（KEGG）通路的集分析。 结果 从TCMSP中筛选获得络石藤9种化合物成分,94个靶点;牛膝获得21种化合物成分,205个靶点。Venny映射得到128个共有靶点,STRING数据库筛选出5个基因簇和4个核心基因构建PPI网络。GO功能富集分析显示,“络石藤-牛膝”药对涉及2329条生物过程,150项分子功能相关,60项细胞组成相关。通过KEGG通路富集分析,“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎富集到154条信号通路。 结论 基于网络药理学,从有效成分、基因靶点、信号通路等方面初步验证了“络石藤-牛膝”药对治疗关节炎的作用机制。     

基于网络药理学和蛋白模块分析淫羊藿治疗骨关节炎的作用与机制

文题释义：网络药理学：是基于系统生物学的理论,对生物系统的网络分析、选取特定信号节点进行多靶点药物分子设计的新学科。网络药理学强调对信号通路的多途径调节,提高药物的治疗效果,降低毒副作用,从而提高新药临床试验的成功率,节省药物的研发费用。 淫羊藿：为小檗科多年生草本植物,其性温,味辛,归肝经、肾经,传统中医药理论认为淫羊藿具有补肾壮阳、强筋健骨、祛除风湿痹痛等功效,临床上广泛将其应用于骨关节炎疾病的治疗。淫羊藿参与调控骨关节炎的信号通路主要有白细胞介素受体通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NF-κB信号通路、破骨细胞分化通路(RANK/RANKL/OPG)。 背景：现代中药药理学研究表明淫羊藿苷在骨关节炎方面有着非常积极的作用。由于淫羊藿所含化学成分较为复杂,且在分子水平上治疗骨关节炎的机制尚不明确,因此利用网络药理学从分子水平来解释淫羊藿治疗骨关节炎的潜在化学成分及作用机制,可为后期药物研发及疾病治疗提供一定理论依据。 目的：采用网络药理学方法探讨淫羊藿治疗骨关节炎的分子机制。 方法：通过TCMSP数据库筛选淫羊藿的药效成分,通过TCMSP、Swiss Target Prediction和STITCH数据库预测淫羊藿药效成分的调控靶点,通过OMIM、GeneCards和TTD数据库预测治疗骨关节炎的靶点,将淫羊藿药效靶点与骨关节炎治疗靶点取交集,得到淫羊藿治疗骨关节炎的靶点,并构建“药物-成分-靶点-疾病”网络。通过STRING数据库分析蛋白互作关系,运用DAVID数据库分析蛋白模块的相关信号通路和功能。 结果与结论：①筛选得到23个淫羊藿药效成分,共预测得到230个淫羊藿药效靶点和1 221个骨关节炎的治疗靶点,取交集后得到95个淫羊藿治疗骨关节炎的靶点,蛋白互作分析提示JUN、AKT1、RELA、MAPK1、IL6、CXCL8、MAPK8、MAPK14、FOS、IL1B为蛋白互作网络中的核心靶点;②关键蛋白模块主要涉及白细胞介素受体通路、肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、T细胞受体信号通路、NF-κB信号通路和破骨细胞分化通路,可能通过调控细胞增殖与凋亡、免疫细胞及免疫反应、炎症因子及炎症反应、脂多糖的细胞反应等多种生物过程发挥治疗骨关节炎的作用。 ORCID: 0000-0002-2572-0229(章晓云) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

基于加权基因共表达网络筛选糖尿病肾病的关键基因

目的 使用加权基因共表达网络分析探究糖尿病肾病基因的协同共表达,寻找糖尿病肾病发病的潜在关键基因.方法 从GEO数据库下载GSE30122表达谱数据,根据基因的相关性,构建基因共表达模块,并计算模块基因与疾病的相关性,选取与疾病显著相关的关键模块,使用R包clusterprofiler数据库进行GO与KEGG富集分析,并根据基因log FC值与富集最显著的通路关联并分析.结果 MEturquoise模块与疾病呈显著相关性(P=0.02);利用limma包筛选出的差异表达基因与关键模块中基因取交集,共得到201个共有关键基因,主要富集于细胞黏附分子、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路,细胞黏附分子中的CDH3、F11R、VTCN1表达下调,ITGA8、NECTIN2、NTNG1表达上调;AGE-RAGE信号通路中MAPK13表达上调,而COL4A3、PLCE1、PLCG2、VEGFA表达下调.结论 细胞黏附分子中的CDH3、F11R、VTCN1、ITGA8、NECTIN2、NTNG1等基因与AGE-RAGE信号通路中的MAPK13、COL4A3、PLCE1、PLCG2、VEGFA等基因可能在DN的发生发展中起到关键作用.     

基于网络药理学方法分析“龟板-鹿角”药对活性成分治疗骨质疏松症的分子机制

文题释义： “龟板-鹿角”药对：是龟鹿二仙胶、左归丸等经典补肾方剂发挥治疗作用的核心,具有补肾强骨之功,常用于治疗骨质疏松症。 网络药理学：融合多向药理学与系统生物学思维,通过对生物系统分子的网络构建分析,探索药物的成分-靶点-通路-疾病之间的整体作用关系,预测药物在体内的作用机制。 背景：“龟板-鹿角”药对是治疗骨质疏松症的经典中药配伍方式,临床被广泛应用,但其药理学分子作用机制目前尚不明确。 目的：基于网络药理学方法,探讨经典补肾中药药对“龟板-鹿角”治疗骨质疏松症的分子作用机制。 方法：从BATMAN-TCM、TCM-MESH、化学专业数据库及手工检索文献获取“龟板-鹿角”药对的活性成分及治疗作用靶点。从毒理组学比较数据库、人类基因数据库获取药物治疗骨质疏松症作用靶点,与“龟板-鹿角”作用靶点取交集确定治疗作用靶标基因。通过STRING网站构建靶标基因间蛋白互作网络关系;采用Cytoscape软件构建药对-活性成分-靶标基因网络、核心靶标基因互作网络;借助DAVID、KOBAS等在线工具对靶标基因进行基因本体论及通路富集分析,筛选具有统计学差异的过程或通路(P < 0.05);通过SwissDock进行核心基因与活性成分分子对接验证。结果与结论：①检索筛选得到“龟板-鹿角”药对含天冬氨酸、苯丙氨酸等21个有效活性成分,对应183个骨质疏松症治疗靶标基因,药对、活性成分、靶标基因形成紧密联系的互作网络关系;②筛选出INS、ALB、TNF等10个核心基因,靶标基因主要富集于衰老、药物反应等66个基因本体论过程,缺氧诱导因子1、卵巢类固醇生成等27个信号通路;③靶标基因INS与丙氨酸、雄激素,ALB与丙氨酸等获得了较高的分子对接评分,亲和力较好;④结果表明,“龟板-鹿角”药对的活性成分及其治疗骨质疏松症作用靶标基因存在复杂网络关系,靶标基因富集于多个联系密切且复杂的信号通路,涉及细胞增殖分化凋亡、炎症反应、性激素调控等多层次以调节骨修复重建的动态平衡,值得继续深入研究发展。 ORCID: 0000-0003-0247-9863(李绍烁) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：组织构建;骨细胞;软骨细胞;细胞培养;成纤维细胞;血管内皮细胞;骨质疏松;组织工程     

黄芪桂枝五物汤对颈椎病和焦虑症“异病同治”作用机制的网络药理学分析

背景:黄芪桂枝五物汤被广泛应用于颈椎病和部分情感障碍疾病的治疗,但其具体作用机制仍不明确。目的:通过网络药理学及分子对接方法初步探讨黄芪桂枝五物汤依据"异病同治"原则治疗颈椎病和焦虑症的共同作用机制。方法:检索中药系统药理学数据库建库至2021-09-01有关黄芪桂枝五物汤、五味药物的有效活性成分及相应靶点。以"Cervical spondylosis"和"Anxiety disorder"为检索词,检索Genecards,OMIM,Pharmgkb,TTD以及Drug Bank数据库建库至2021-09-01所有数据,挖掘颈椎病和焦虑症的疾病靶点;应用R软件对疾病与药物靶标映射获取共有靶点,通过Cytoscape 3.8.2软件和STRING平台分别构建"药物活性成分-靶点-疾病"关系与蛋白互作网络,筛选网络核心共有靶点;运用R软件对交集靶点进行GO富集分析以及KEGG路富集分析;应用Vina软件、Py MOL软件对网络关键交集靶点与主要活性成分分子对接和展示。结果与结论:(1)共筛选出黄芪桂枝五物汤药物有效活性成分73个,主要成分包括槲皮素、山奈酚和β-胡萝卜素等;(2)与疾病共有...     

基于网络药理学分析五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制

文题释义：网络药理学：是基于系统生物学和药代动力学的理论，对生物信息的网络分析，选取特定节点进行多靶点药物分子设计，以多靶点作用、多种信号途径综合分析为特点，旨在预测药物治疗疾病的潜在机制，提高临床研究成功率，减少研究经费的新兴学科。 关节假体周围感染：是人工关节置换术后的一种极具破坏性的并发症，主要由金黄色葡萄球菌等致病菌引起假体周围发生化脓性感染及假体表面形成生物膜为主要特点，临床表现为术口及周围红、肿、热、痛，窦道形成，渗液流脓等。 背景：五味消毒饮在临床中已被用于治疗关节假体周围感染，但因五味消毒饮所含有效成分复杂，其分子作用机制尚不明确。 目的：探究五味消毒饮治疗关节假体周围感染的作用机制。方法：通过中药系统药理学成分分析数据库(BATMAN-TCM)预测获得五味消毒饮的有效化合物及靶点基因，利用GeneCards和OMIM数据库获得关节假体周围感染疾病的相关靶点基因，取两者交集后得到五味消毒饮-关节假体周围感染疾病交集基因。随后采用STRING在线数据库构建蛋白相互作用网络(PPI)，根据度值筛选核心基因。将交集基因输入Cytoscape 3.7.2软件以构建WWXDY-靶点-关节假体周围感染可视化网络图，并借助DAVID在线工具进行交集靶点的基因本体论(GO)功能和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析，探讨其抗关节假体周围感染的作用机制。结果与结论：①从BATMAN-TCM平台共预测出五味消毒饮的有效化合物37个，作用靶点共914个；从GeneCards和OMIM数据库筛选出关节假体周围感染疾病的相关靶点基因286个；取交集获得药物与疾病交集靶点39个，经筛选得到核心基因16个；②GO分析结果显示，交集靶基因的生物过程主要是趋化因子生物合成过程的正向调控、蛋白激酶B信号、炎症反应、脂多糖媒介的信号通路、细胞因子分泌的负调控参与免疫应答等；分子功能为细胞因子活性、生长因子活性、ICAM-3受体活性、Ⅲ型转化生长因子受体结合、前列腺素-内过氧化物合酶活性；细胞组分为细胞外空间、细胞表面、细胞膜外侧面、胞外区、整合蛋白αL-β2复合体；③KEGG通路富集结果主要涉及类风湿性关节炎、疟疾、细胞因子-细胞因子受体相互作用、南美锥虫病、利什曼病、炎症性肠病、阿米巴病、肿瘤坏死因子信号通路、肺结核、自然杀伤细胞介导的细胞毒性等信号通路；④提示五味消毒饮治疗关节假体周围感染疾病的作用机制呈多个有效化合物、多个作用途径以及多个靶点基因的特点，为后续实验提供了新思路、新方向。ORCID: 0000-0001-5949-6483(张海涛) 中国组织工程研究杂志出版内容重点：人工关节；骨植入物；脊柱；骨折；内固定；数字化骨科；组织工程