糖尿病肛漏创面应用美洲大蠊提取液的lncRNA高通量测序及维恩图分析＊

目的 基于高通量测序及维恩图预测美洲大蠊提取液促进糖尿病肛漏创面愈合的顺、反式lncRNA及Pathway。方法 选取湖南中医药大学第二附属医院收治的糖尿病肛漏患者术后创面12例，利用高通量测序技术检测6例术后创面组（A组）和6例术后创面应用美洲大蠊提取液创面组（B组）中lncRNAs和mRNAs表达，进行GO分析和KEGG通路分析，构建lncRNA-mRNA的共表达网络图，并通过Cis-及Trans-预测与创面愈合相关lncRNA。结果 实验组差异表达的lncRNAs2242个（上调649个，下调1593个），mRNAs有13186个（上调5162个，下调8024个）。GO分析发现差异表达的lncRNA-cis主要富集在表皮细胞分化、上皮细胞分化、细胞代谢过程的调节等；差异表达的lncRNA-trans主要富集在细胞代谢过程、蛋白质结合、细胞内部分等。通过KEGG通路分析，筛选出与本研究相关的3条通路：IBD、MAPK signaling pathway、AMPK signaling pathway；lncRNA靶标基因预测中最终筛选出3个lncRNA（ENST00000443364、ENST00000576797、ENST00000620167），进行PCR验证，lncRNAENST00000443364、ENST00000576797与芯片结果一致。结论 美洲大蠊提取液可能通过lncRNAENST00000443364、ENST00000576797顺式及反式调控靶标基因，影响表皮细胞分化、上皮细胞分化、细胞代谢过程的调节等功能以及影响IBD、MAPK signaling pathway、AMPK signaling pathway促进糖尿病肛漏创面愈合。     

基于文献的冠心病血瘀证相关蛋白互作模块及miRNA-mRNA调控网络构建＊

目的 整合发掘更多冠心病血瘀证的标志基因，研究已知冠心病血瘀证差异基因的生物机理，构建关键蛋白互作模块与miRNA-mRNA调控网络，丰富靶点间的相互作用网络，并分析其核心生物过程与通路。方法 利用中国知网、万方、维普、中国生物医学文献、Embase、PubMed六个数据库获取冠心病血瘀证相关基因文献；按照纳排标准筛选符合要求的文献提取数据，运用Metascape数据库针对全部差异mRNA构建蛋白质间互相作用的网络模块，并对上调mRNA和下调mRNA的通路进行富集和功能注释。利用starBase数据库预测冠心病血瘀证相关miRNA的靶基因，并与文献整合的差异mRNA相互映射，运用OmicShare Tools绘制冠心病血瘀证相关miRNA-mRNA调控网络。结合Webgestalt在线工具，针对miRNA-mRNA调控网络中相关mRNA进行KEGG和GO富集分析。结果 研究纳入冠心病血瘀证相关基因文献15篇，获得113个mRNA（66个上调、47个下调），101个miRNA（55个上调、46个下调）。研究通过蛋白互作网络得到2组关键蛋白：①IL6、EGR1、TP53、JUN、FOS；②CTSL、HLA-DRB1、HLA-DQB1、HLA-DRB5。构建得到miRNA-mRNA调控网络的关键节点，包括24个miRNA（10个上调、14个下调）和22个mRNA（10个上调、22个下调），其中10个节点与部分纳入文献的研究结果吻合。结论 冠心病血瘀证涉及多种生物功能、多条信号通路，其miRNA-mRNA调控网络机制可能与炎症和免疫反应、凝血功能、细胞分化与凋亡等较为相关。     

补阳还五汤对急性脑梗死患者血清外泌体lncRNA表达谱的研究＊

目的 分析补阳还五汤对急性脑梗死患者血清外泌体lncRNA表达谱的影响，以期阐明其治疗脑梗死的机理。方法 选取6例符合纳入标准的急性脑梗死患者，随机分为观察组和对照组。其中观察组4例患者给予补阳还五汤联合西医基础治疗，对照组2例患者给予单纯西医基础治疗。在治疗第7天后采集静脉血，离心后分离血清并提取外泌体，运用基因芯片高通量检测lncRNA，筛选差异表达的lncRNA，最后对其cis作用靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析。结果 两组间共有20个差异表达的lncRNA，其中19个下调，1个上调；GO富集分析前30的结果涉及生物过程19个，细胞组分7个，分子功能4个；KEGG 通路富集主要为MAPK信号通路、雌激素信号通路等，这些通路与脑缺血后的氧化应激、炎症反应、细胞凋亡及细胞自噬等病理过程密切相关。结论 补阳还五汤会改变急性脑梗死患者的血清外泌体lncRNA表达谱，涉及诸多生物过程和信号通路。本研究可为后续的临床及基础研究提供了新思路。     

基于网络药理学的雷公藤干预IgAN潜在靶点预测及作用机制分析＊

目的 基于网络药理学的理念，运用网络分析的技术，拟探讨雷公藤干预IgAN（immunoglobulin Anephropathy）的潜在靶点预测及其作用机制。方法 利用TCMSP平台收集雷公藤的重要活性成分及潜在相关靶点信息，分别从 GeneCards数据库、OMIM数据库中获取与IgAN相关联的靶点；采用STRING平台构建PPI作用网络，使用Cytoscape 3.7.0对药物-活性成分-潜在靶点-疾病网络进行构建；通过DAVID数据库对相关疾病-药物靶点基因进行GO生物功能富集分析和KEGG代谢通路分析。结果 检索出雷公藤成分共144个，筛选获得重要活性成分共29个；收集到潜在作用靶点基因122个。检索出IgAN相关靶点333个，基因功能GO富集分析及KEGG代谢通路富集结果显示，雷公藤中的9个有效成分干预26个疾病靶点，通过对20个生物过程、12个分子功能、13个细胞成分产生作用。得到通路共50条，通过可视化分析，取靠前的30条通路，其中6条通路可能与IgAN发生及发展密切相关。结论 该研究基于网络药理学方法，表明了雷公藤中药多成分、多靶点、多功能、多通路干预IgAN的作用，为后续临床及研究开展相应工作提供了较为可观的信息和理论依据。     

填精通络方对糖尿病性勃起功能障碍大鼠组织RhoA/Rho信号通路相关因子表达的影响＊

目的 通过观察填精通络方治疗糖尿病性勃起功能障碍大鼠勃起功能的疗效及其对RhoA/Rho信号通路的影响，探讨填精通络方在治疗糖尿病性勃起功能障碍的作用机制。方法 将40只SD大鼠随机分为正常组、模型组、对照组和填精通络组，每组10只。除正常组外，其余各组以腹腔注射链脲佐菌素制备糖尿病大鼠模型，任意时间血糖 > 16.7 mmol/L为糖尿病成模标准，然后用阿朴吗啡阴茎勃起实验筛选糖尿病性勃起功能障碍大鼠模型。成模后，对照组予以他达拉非灌胃，填精通络组予以填精通络方灌胃，正常组与模型组分别灌服等体积蒸馏水，干预4周后评估各组大鼠的勃起功能，HE染色法观察阴茎海绵体组织的病理变化，并采用Real-time PCR、WB的方法分别检测阴茎海绵体组织中RhoA、ROCK1、ROCK2的mRNA及蛋白的表达。结果 对照组和填精通络组阴茎勃起次数显着增加，潜伏期缩短（P < 0.01和P < 0.05）。与正常组相比，模型组、对照组和填精通络组RhoA，ROCK1和ROCK2的mRNA水平显着升高（P < 0.01和P < 0.05）。与模型组相比，对照组和填精通络组RhoA，ROCK1和ROCK2 mRNA的表达显着降低（P < 0.01和P < 0.05）。结论 填精通络方可以改善糖尿病性勃起功能障碍大鼠的勃起功能，其具体机制可能是通过下调RhoA/Rho通路中的RhoA、ROCK1、ROCK2的mRNA及蛋白表达来实现的。     

基于网络药理学及Akt1/mTOR自噬通路探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿的作用机制＊

目的 通过网络药理分析及相关的动物实验探讨黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿（Diabetic nephropathy proteinuria，DNP）的作用机制。方法 利用TCMSP数据平台筛选出黄芪中的有效成分和相关靶标，使用GeneCards、OMIM网站数据库在线搜索出DNP的疾病相关靶标，取疾病和药物相同靶标交集，再利用Cytoscape 3.8.2构建药物-效应成分-疾病-靶标相互作用网络，进行拓扑学分析；从Uniprot数据库中获取靶点蛋白的基因名称，利用STRING在线数据库进行靶点蛋白与蛋白互作（Protein-protein interaction，PPI）网络分析；再进行GO功能分析和KEGG通路功能富集分析，推断黄芪减少DNP的机制是否和Akt1/mTOR自噬通路相关，再利用黄芪干预糖尿病肾病动物模型探讨其作用机制是否和预测的一致。结果 黄芪中20种核心化合物有作用靶点174个，DNP相关靶标有1862个，交集靶标有98个，关键效应分子有10个。PPI图显示黄芪发挥效应的目标蛋白主要是AKT1、VEGFA、IL6、CASP3、MAPK1、JUN等。GO分析黄芪药效主要与细胞因子受体结合及其活性、核受体活性、转录因子活性等有关，KEGG分析表明黄芪药效基础主要作用与糖尿病并发症中AGE-RAGE、MAPK、PI3K-Akt等信号通路有关。动物实验显示黄芪能明显改善糖尿病肾病的大鼠的肾功能，尤其改善蛋白尿指标，通过上调足细胞Nephrin蛋白保护了肾小球滤过屏障，减少了蛋白尿的产生（P < 0.05），同时下调了Akt1、总mTOR及其mRNA表达（P < 0.05），从而增强了肾足细胞的自噬活性，也起到减少DNP的作用。结论 网络药理分析显示黄芪可能通过多靶点效应发挥减少DNP作用，潜在的分子机制和Akt1/mTOR自噬通路有关，再经过实验研究说明Akt1/mTOR自噬通路是黄芪减少糖尿病肾病蛋白尿作用机制之一。     

加味脑泰方对血管性痴呆模型大鼠海马组织mRNA表达谱的微阵列分析

目的 采用微阵列技术分析加味脑泰方干预前后血管性痴呆（VD）模型大鼠海马组织mRNA表达谱,以探究其治疗VD的分子机制。方法 采用双侧颈总动脉结扎术制作VD大鼠模型,给予加味脑泰方治疗30 d,HE染色和水迷宫实验评价治疗效果,Agilent mRNA表达谱芯片获取加味脑泰方干预前后VD模型大鼠海马组织mRNA表达数据,微阵列分析筛选显著差异表达的基因,构建蛋白与蛋白相互作用（PPI）网络,GO和Pathway富集分析差异基因主要参与的生物学过程和信号通路,利用免疫组化和实时荧光定量PCR（qRT-PCR）验证芯片分析结果。结果 HE染色和水迷宫实验显示VD大鼠呈现脑缺血、海马神经细胞损伤、空间学习记忆能力下降,加味脑泰方可以部分逆转该现象。微阵列技术分析筛选出加味脑泰方干预前后差异表达的基因469个,其中上调180个,下调289个,IL6、FGF2、TNF、IL1b等可能是其治疗VD的主要药效靶点,免疫组化和qRT-PCR验证了该分析结果。GO和Pathway富集分析显示,这些基因与炎症反应、凋亡过程等生物学过程密切相关,主要参与了TNF信号通路、Toll样受体信号通路、细胞凋亡途径等的调控。结论 加味脑泰方对VD模型大鼠的治疗作用是多基因多途径共同参与调控的过程,抑制海马神经炎症可能是其抗VD的重要机制之一。     

基于网络药理学及实验验证探究妇科断红饮胶囊治疗功能失调性子宫出血的作用机制＊

目的 基于网络药理学及实验验证探讨妇科断红饮胶囊治疗功能失调性子宫出血（DUB）的作用机制。方法 借助TCMSP数据库、相关文献检索收集妇科断红饮胶囊潜在活性成分及其药物靶点，通过Gene Cards和VENNY 2.1.0筛选疾病靶点。借助STRING数据库构建基于药物与疾病共同靶点的蛋白质-蛋白相互作用（Protein-protein interaction，PPI）网络，利用DAVID数据库对共同靶标进行基因本体论（Gene ontology，GO）功能和基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分析，采用Cytoscape 3.6.1构建“活性成分-核心靶点-重要通路”网络。体内复制大鼠DUB模型，妇科断红饮胶囊干预后，检测各组大鼠子宫出血量，RT-qPCR检测血管内皮生长因子（VEGFA）、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）、白细胞介素（IL6）的水平，Western blot检测蛋白激酶B（AKT）、PI3K、缺氧诱导因子1（HIF-1）的水平，以初步验证网络药理学预测结果。结果 网络药理学分析显示，妇科断红饮胶囊可能通过槲皮素、花生四烯酸、木犀草素等活性成分作用于AKT1、VEGFA、IL6等关键靶点。通过HIF-1、PI3K/Akt、核因子κB（NF-κB）等信号通路，达到止血作用。体内实验验证，妇科断红饮胶囊可改善出血症状，上调PI3K、IL6 mRNA表达和AKT、PI3K、HIF-1蛋白表达，下调VEGFA mRNA表达。结论 妇科断红饮胶囊治疗DUB具有“多成分-多靶点-多通路”的作用特点，为后续的实验研究提供了重要数据信息。     

薯蓣皂苷元调控Nrf2信号通道干预大鼠干性AMD氧化应激机制的研究

目的 观察薯蓣皂苷元对核因子E2相关因子2（nuclear factor erythroid-2-related factor 2，Nrf2）mRNA表达及超氧化物歧化酶（Superoxide Dismutase，SOD）、谷胱甘肽过氧化物酶（Glutathione peroxidase，GSH-Px）、丙二醛（malondialdehyde，MDA）的影响，探讨其干预干性年龄相关性黄斑变性（age-related macular degeneration，AMD）氧化应激反应的机制。方法 将SD系大鼠随机分为空白组、碘酸钠组、乐盯组、薯蓣皂苷元低剂量组（100 mg·kg^-1）、薯蓣皂苷元中剂量组（200 mg·kg^-1）、薯蓣皂苷元高剂量组（400 mg·kg^-1），每组20只，雌雄各半。用碘酸钠60 mg·kg^-1造模，乐盯组90 g·kg^-1乐盯灌胃，薯蓣皂苷元低、中、高剂量组分别按100 mg·kg^-1、200 mg·kg^-1、400 mg·kg^-1灌胃给药。连续灌胃20天和30天后分别取10只（雌雄各半）进行取材和指标检测。结果 碘酸钠组大鼠视网膜组织形态学改变、Nrf2 mRNA表达及SOD、GXH-PX、MDA与空白组、乐盯组有显著差异（P < 0.05、P < 0.01），而乐盯组与空白组之间无明显差异（P > 0.05）。灌胃20天时，高中剂量组的Nrf2 mRNA表达、GSH-Px值和MDA值和高中低剂量组SOD值优于碘酸钠组（P < 0.05、P < 0.01），其中，高剂量组Nrf2 mRNA表达，高中剂量组SOD值、GSH-Px值和MDA值，与乐盯组、空白组无明显差异（P > 0.05）；灌胃30天时，高中低剂量组Nrf2mRNA表达、GSH-Px值、MDA值优于碘酸钠组（P < 0.05、P < 0.01），但高中剂量组优势更明显，与乐盯组、空白组无差异（P > 0.05）。结论 薯蓣皂苷元能够上调Nrf2mRNA表达，增加SOD、GXH-PX活性，降低MDA水平，干预干性AMD的发生。且其作用与剂量和时间具有一定相关性。     

电针经p38 MAPK信号通路对坐骨神经损伤大鼠脊髓中AQP1和AQP4表达的影响＊

目的 探讨电针（electroacupuncture，EA）治疗对坐骨神经损伤大鼠脊髓中水通道蛋白AQP1和AQP4表达的影响，并揭示其可能作用机制。方法 将60只SD大鼠随机分成假手术组（Sham组）、模型组（Model组）、电针组（EA组）、抑制剂组（SB203580组）和电针 + 抑制剂组（EA + SB203580组），每组12只。采用钳夹法复制坐骨神经损伤大鼠模型，并给予电针和p38抑制剂SB203580干预14天。分别于干预前及干预后第7天和14天检测坐骨神经功能指数（SFI）；HE染色观察损伤处远端坐骨神经组织病理学变化；BL-410电生理系统检测大鼠神经传导速度（NCV）；qRT-PCR检测脊髓AQP1和AQP4 mRNA表达水平；Western blot检测脊髓AQP1、AQP4、p-p38MAPK和p38MAPK蛋白表达水平。结果 与Sham组比较，Model组大鼠坐骨神经组织结构不完整，出现明显炎症浸润和病理损伤，EA组和SB203580组大鼠坐骨神经组织相较于Model组坐骨神经组织炎症浸润和病理损伤得到明显缓解，EA + SB203580组与SB203580组的差异不大。与Sham比较，Model组大鼠脊髓中AQP1和AQP4 mRNA和蛋白表达水平以及p-p38MAPK/p38MAPK蛋白比值均显著增加，而SFI值和NCV显著降低（P < 0.01）；与Model组比较，EA组和SB203580组大鼠脊髓中AQP1 和AQP4 mRNA和蛋白表达水平、p-p38MAPK/p38MAPK蛋白比值均显著降低，而SFI值和NCV显著升高（P < 0.01）；与SB203580组比较，EA + SB203580组检测指标无显著性变化（P > 0.05）。结论 电针刺激可抑制脊髓中AQP1和AQP4表达，改善大鼠坐骨神经损伤，其可能与抑制p38MAPK信号通路活化有关。     

高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络

目的:筛选冠心病血瘀证相关差异表达非编码RNA(lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA),信使RNA(mRNA),构建基因间调控网络,从转录组层面研究冠心病血瘀证物质基础和病理机制。方法:使用高通量测序技术,分别检测冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证和正常(各5例)lncRNA,miRNA和mRNA表达情况,通过交联分析筛选冠心病血瘀证相关的差异基因表达谱。对获得的差异基因进行功能通路分析,根据基因间Pearson相关分析和star Base靶基因预测平台,构建基因间调控网络,通过网络拓扑分析,筛选其中的关键基因。在另一匹配队列中(每组各15例)对基因调控网络中的关键节点进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证。结果:39个lncRNA,229个miRNA和221个mRNA与冠心病血瘀证密切相关。功能与通路分析结果显示,冠心病血瘀证差异表达基因主要与免疫和炎症相关。共有9个lncRNA(均为下调),31个mRNA(11个上调,20个下调)和24个miRNA(14个上调,10个下调)构成共调控网络,包括76个基因间调控关系。CTA-384D8.35,CTB-114C7.4,RP11-567M16.6和hsa-miR-3158-3p是冠心病血瘀证基因调控网络中的关键节点。Real-time PCR结果验证了上述结果。结论:冠心病血瘀证存在lncRNA-miRNA-mRNA差异表达基因谱,其与免疫和炎症密切相关;差异表达基因间存在相互调控关系,并可依此构建冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络。对冠心病血瘀证的物质基础进行深度挖掘,可为从转录组层面开展中医证型相关研究提供了一定的科学基础。     

刺五加转录组和差异性表达分析

目的获得刺五加Eleutherococcus senticosus转录组数据库和差异表达基因。方法采用皂苷高含量组和低含量组2个样本作为受试材料,采用二代测序方法中的Illumina Hi Seq 4000进行转录组测序,并进行系统的生物信息学分析。结果共获得8.34 Gb数据,拼接得到77 087条Unigenes,与5个基因数据库进行比对,可归类于55个Geneontology(GO)分类中,涉及到116个KEGG标准代谢通路。通过差异性分析发现,差异性表达基因共530条,其中上调基因占42.08%,下调基因占57.92%,相差较大。进行GO和Pathway富集,得到408个GO注释和40个代谢通路。结论对刺五加转录组进行拼接、组装和功能注释,得到大量转录本信息,为刺五加分子生物学研究提供了宝贵的基因组数据库资源。     

针灸对克罗恩病患者结肠黏膜基因表达谱的影响

目的从基因表达谱的角度,探讨针灸治疗克罗恩病(CD)的效应机制。方法受试者签署知情同意书进行结肠镜检查,收集CD患者和健康者结肠黏膜。采用基因芯片技术检测健康志愿者及CD患者针灸治疗前后结肠黏膜的基因表达谱,筛选出针灸治疗CD的差异表达基因,结合生物信息学方法,对差异表达的基因进行GO和Pathway分析。结果针灸治疗CD后结肠黏膜组织炎症反应较治疗前明显减轻;与健康者比较,CD结肠黏膜差异表达基因共有3449个(上调2250个,下调1199个)。与治疗前比较,针灸治疗后CD结肠黏膜差异表达基因共有1926个(上调536个,下调1390个),其中CD结肠黏膜差异表达的基因能被针灸逆转的有388个(上调62个,下调326个);针灸可调控的CD中差异表达基因与疾病密切相关的生物功能主要有转录因子STAT磷酸化、ATP酶活性、B细胞介导的免疫、自然杀伤细胞相关免疫等,相关的通路主要有Toll-like受体信号通路、自噬调节系统、自然杀伤细胞介导的细胞毒作用。结论针灸能有效减轻CD患者结肠炎症反应,影响CD结肠黏膜组织异常的基因表达谱,其差异表达基因主要涉及细胞周期、免疫炎症反应、细胞自噬等生物学过程。     

根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响

目的 研究根皮苷对食管癌细胞系表达谱的影响,探索根皮苷作用于食管癌细胞系的信号通路及其潜在功能。方法 使用根皮苷处理人食管癌KYSE450细胞,提取总RNA并建立测序文库,进行转录组测序;使用DESeq2程序鉴定差异表达基因,对差异表达基因进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析;使用MCODE进行差异基因核心模块筛选,使用GEPIA数据库分析核心模块中的基因对食管癌生存的影响;使用TIMER在线分析根皮苷对食管癌组织免疫细胞浸润的影响。结果 转录组测序结果显示,根皮苷处理后的食管癌细胞具有4602个差异表达基因,其中2407个为上调基因,2195个为下调基因。通路富集分析显示,根皮苷对蛋白质加工、胰岛素抵抗、基因复制和细胞周期等信号通路产生影响。在差异表达基因核心模块中,E3泛素蛋白连接酶2（E3 ubiquitin ligase mind bomb 2,MIB2）高表达可降低食管癌患者的总体生存率;环指蛋白19B（ring finger protein 19B,RNF19B）、三重基序蛋白69（tripartite motif-containing protein 69,TRIM69）、泛素连接酶（ubiquitin conjugating enzyme,UBC）和克隆E3泛素连接酶（homologous to the E6-associated protein carboxyl terminus domain containing 2,HECTD2）的表达水平可影响食管癌癌组织的纯度以及免疫细胞浸润的类型。结论 根皮苷可影响食管癌细胞的转录谱,其差异表达基因主要集中在细胞生长相关的信号通路。     

中西药物对肺腺癌放射增敏基因表达谱初步研究

目的:利用基因芯片技术研究扶正增效方、甲硝唑对肺腺癌放射增敏基因表达谱,筛选出中西药物对放射增敏的差异表达基因及其共同表达基因。方法:捉取中西药物加放射组癌组织及单纯放射组癌组织RNA,分别用Cy5-dCTP或Cy3-dCTP标记,再与38500点人基因芯片杂交,筛选中西药物加放射组与单纯放射组差异表达基因。结果:中药加放射组与单纯放射组差异表达基因857条,上调349条,下调508条,其中39条GeneBank中登录,差异显著基因中15条表达上调,21条表达下调,分别为凋亡、转录调节、信号转导、细胞周期、DNA损伤与修复、免疫等相关基因;差异极显著基因1条,为THRA。西药加放射组与单纯放射组差异表达基因47条,已知显著差异基因3条,分别为DNA损伤与修复、转录调节、信号转导等相关基因。只有RARA基因在中西药放射组出现差异表达。结论:中西药物放射增敏存在不同的基因表达谱,说明中西药物放射增敏基因机制不尽相同,筛选出的特异表达基因和共同表达基因为进一步研究放射增敏药物开发和建立放射增敏动物模型具有重要意义。     

遮阴对地黄块根性状、光合特性及基因转录的影响

目的分析遮阴对地黄块根性状和叶片光合特性的影响,并通过转录组测序阐明遮阴抑制地黄块根膨大的分子机制。方法对地黄进行全光照、60%遮阴、90%遮阴处理,测块根性状及光合特性。利用高通量测序技术对90%遮阴处理和自然光照的地黄块根进行转录组测序,筛选差异表达的基因,同时,利用实时荧光定量PCR对部分基因在根和叶中的表达特性进行分析。结果遮阴后块根长度、直径和单株块根产量均显著降低,90%遮阴处理块根几乎不膨大。地黄块根中薄壁细胞层数减少,导管比例升高。随遮阴程度增加叶绿素a、b及总叶绿素含量逐渐降低,光合能力下降。转录组分析共获得3 348个差异表达的基因,其中1 396个下调,1 952个上调;通过KEGG代谢通路富集分析,将遮阴后差异表达的1 668个基因(53.4%)富集到117个代谢通路中,其中17个代谢通路富集达到显著水平。植物激素信号传导通路最先得到富集,其次是植物病原菌互作通路,苯乙醇苷生物合成通路、淀粉和蔗糖代谢通路也得到了显著富集。在激素信号通路中,多数基因上调表达。遮阴后差异表达的16个扩展蛋白基因中11个下调表达,仅有5个上调表达,与淀粉降解有关的2个β-淀粉酶基因(Bmy)基因均上调表达,而蔗糖磷酸合成酶基因(SPS)下调表达,参与木质素合成的多数基因下调表达,纤维素合成基因多数上调表达。结论遮阴后地黄光合能力下降,光合产物减少,地黄通过一系列激素通路基因的差异表达对遮阴作出响应调控,使块根膨大受阻。     

气郁体质中lncRNA和mRNA表达谱分析及调控网络研究

目的:首次初步揭示气郁体质外周血中lncRNA和mRNA的表达谱及其相关作用网络。方法:运用lncRNA+mRNA人基因表达芯片V4.0(4×180K),从气郁体质(7例)和平和体质(9例)者的外周血中分离单个核细胞,使用R语言limma包筛选出两组显著差异表达的lncRNAs和mRNAs进行Gene Ontology功能和Ingenuity Pathway Analysis(IPA)通路的显著性富集分析,并寻找lncRNA近距离调控的靶基因。结果:气郁体质中有268个lncRNAs(156个上调和112个下调)和251个mRNAs(154个上调和97个下调)。GO功能和IPA通路富集结果表明,这些差异基因主要富集到免疫和激素调节失常相关通路。确定了9个lncRNA-mRNA相互作用对,如,LY86-AS1-F13A1、SBF2-AS1-ADAM2和FANK1-AS1-ADAM12等。结论:本研究首次揭示气郁体质易感抑郁、焦虑等精神障碍疾病的物质基础可能与lncRNAs/mRNAs的免疫和激素调节失常相关。     

基于Label-free定量技术及异病同证理论的妇科实寒证患者血浆蛋白质组学研究

目的 基于Label-free定量蛋白质组学及异病同证理论探究妇科实寒证的生物学基础.方法 纳入原发性痛经实寒证患者、子宫内膜异位症实寒证患者及健康女性各8例,分别为痛经组、内异症组、正常组.采集各组月经周期第2日的血浆样本进行蛋白提取、胰酶酶解和超高效液相色谱-质谱联用分析后得到原始数据,依据筛选标准获得差异表达蛋白...     

基于转录组分析华细辛甲基丁香酚生物合成途径的相关基因

目的获得华细辛Asarum sieboldii转录组数据库和差异表达基因,识别华细辛甲基丁香酚生物合成相关基因。方法以华细辛地下部分(根)和地上部分(叶片)2个样本作为供试材料,采用Illumina Hiseq 4000进行转录组测序,并从头拼接,对Unigene进行功能注释和差异性分析。结果共获得12.25 Gb数据,拼接得到129 003个Unigene,可归类于52个GO分类,涉及363条KEGG代谢通路。分析发现,共有439个差异表达基因,其中上调基因占38.3%,下调基因占61.7%,差异较大;136个Unigene与苯丙素类次生代谢途径相关,其中44个Unigene参与甲基丁香酚的生物合成过程。结论本研究得到大量华细辛转录本信息,所发掘的与甲基丁香酚生物合成相关的Unigene为相关基因的分离、功能验证及其表达调控机制的阐明提供了重要依据。