2003-2014年浙江省宁波市乙型流行性感冒病毒血凝素和神经氨酸酶基因变化特征分析

目的 分析2003-2014年宁波市乙型流行性感冒(流感)病毒血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子流行病学特征。方法 采集宁波市2003-2014年哨点监测医院的流感样病例标本进行流感病毒分离鉴定,选取不同时期的乙型流感毒株进行HA和NA基因序列测定,采用生物信息学软件分析变异和进化。结果 宁波市乙型流感病毒Victoria和Yamagata两大普系流行株的HA及NA基因在2003-2014年间每年均有不同程度的氨基酸序列变异,其中最明显的为2005年与2009年的Victoria系毒株及2007年与2010年的Yamagata毒株变异。每当HA基因序列发生明显变异时NA基因也同时出现明显的变异,而且有时NA基因的变异比HA基因更明显。同时发现2013-2014年流行的乙型流感病毒为Yamagata系HA与Victoria系NA的重配株。结论 乙型流感两大谱系流行株的HA基因发生变异时NA基因也会出现变异,甚至较HA基因更快。2013-2014年宁波市乙型流感高发的流行株为Yamagata系HA与Victoria系NA基因的重配株。     

2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型HA和NA基因的分子特征分析

目的探讨2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)基因的分子特征,为甲型流感病毒H3N2亚型的防控提供科学依据。方法从全球共享禽流感数据库(GISAID)中获得我国2016~2017年分离的525株甲型流感病毒H3N2亚型病毒和13株H3N2亚型参考株的HA和NA基因序列。应用MEGA 6.0软件分析HA和NA的分子进化特征、氨基酸位点和耐药位点的变异情况。结果进化树分析显示13株参考株之间HA和NA氨基酸的同源性均为96.9%~99.1%。2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的病毒株HA和NA氨基酸序列之间同源性均为96.3%~100%,HA和NA的优势亚分支均为3C.2a.1,相当一部分毒株分型不够明确。HA氨基酸变异分析显示9株发生N121E突变,103株发生N121K的突变且主要来源于2017年的香港毒株;182株发生G/R142K突变;A/Hong_Kong/3079/2017-HA和A/Guangdong-Chengguan/1383/2017-HA均发生A128I突变;NA蛋白仅3株(A/Hunan-Suxian/1980/2016-NA、A/Hunan-Yuhua/11799/2016-NA和A/Ningxia-Yuanzhou/1657/2016-NA)发现H275Y耐药位点突变。结论 2016-2017年我国甲型流感病毒H3N2亚型的HA和NA蛋白与参考株间存在一定的差异,优势亚型均为3C.2a.1;与病毒的毒力及药物相关的部分关键氨基酸位点发生变异。应密切关注H3N2病毒的分子特征,为其防控提供参考。     

2009-2012年浙江省湖州市甲3亚型流行株基因特性分析

目的 分析2009-2012年湖州市甲3亚型流感病毒主要抗原基因血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)的分子变异特征。 方法 选择浙江省湖州市2009-2012年流感流行期间分离的甲3亚型代表株11株,提取病毒RNA,扩增HA1和NA基因,进行序列测定,用MegAlign软件分析处理。 结果 湖州市近几年甲3亚型流感流行株在HA1区的核苷酸长度均为987 bp,编码329个氨基酸;在NA区的核苷酸长度为1362 bp,编码454个氨基酸。2009-2012年甲3亚型流感病毒分离株HA1区与NA区的氨基酸同源性分别在94.7%～99.9%与96.2%～100.0%之间,HA1区的变异较NA区更大。4个流感流行期分离的甲3亚型流感毒株相比HA和NA发生了多个氨基酸位点的替换。此外,近几年来世界卫生组织推荐的甲3亚型流感疫苗株与当年的流感流行株之间存在一定的差异。 结论 2009-2012年湖州市甲3亚型流感病毒流行株发生明显变异,基因重配和抗原漂移是病毒发生变异的主要机制。     

杭州市2013~2014年流感暴发流行期甲型流感病毒H3N2亚型基因特性分析

目的分析杭州2013~2014年冬春季流感暴发期间流行的甲型流感病毒H3N2亚型的分子特性。方法选取H3N2阳性标本提取病毒RNA,PCR扩增全基因组并测序,构建血凝素(HA)及神经氨酸酶(NA)分子进化树,对H3N2亚型的病毒进化进行分析。结果 6个代表株中H3N2未发生片段间的重配。以WHO推荐流感疫苗株A/TEXAS/50/2012为参考,HA1蛋白主要抗原决定区发生N145S氨基酸替换,并有其他多个位点的突变。病毒基质蛋白(M2)的金刚烷胺耐药位点全为S31N,神经氨酸酶抑制剂耐药位点未发生突变。结论 H3N2亚型甲型流感病毒HA1蛋白的氨基酸变异与2013~2014年杭州地区暴发流行有关。另外,病毒已出现对金刚烷胺的耐药突变,而对神经氨酸酶未发生耐药突变。     

2020-2021年广西Victoria系乙型流感病毒的抗原性及基因特性分析

目的 了解广西壮族自治区（广西）2020—2021年度B/Victoria(Bv)系流感病毒的抗原性及基因特征。方法 选取广西2020—2021年分离的36株Bv系流感毒株进行全基因组测序,并对血凝素（hemagglutinin,HA）和神经氨酸酶（neuraminidase,NA）基因进行序列拼接和基因特性分析。同时采用血凝抑制实验进行抗原性分析。结果 2020—2021年广西分离的Bv系流感病毒与WHO推荐的疫苗株B/Washington/02/2019相比,HA和NA基因的核苷酸同源性分别为99.1%～100.0%和99.1%～99.9%。系统进化树分析发现这36株Bv系流感毒株均属于1A(?3)B分支,与疫苗株属于同一分支,但广西毒株又进一步分为两个小分支。抗原性分析显示这两个小分支没有明显差异,均为疫苗株的类似株。氨基酸变异位点分析发现,HA蛋白携带R133G、N150K、N197D的氨基酸突变,变异涉及3个抗原决定簇。NA蛋白的酶活位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生突变。结论 2020—2021年度广西流行的Bv系流感病毒与WHO推荐的北半球疫苗株的组分匹配但存在持续变...     

2015-2017年浙江省衢州市H3N2亚型流感病毒血凝素基因分子进化特征分析

目的 了解浙江省衢州市2015－2017年H3N2亚型流感病毒血凝素（HA）基因分子进化特征,为流感防控提供科学依据。方法 选取衢州市2015－2017年分离到的H3N2亚型流感病毒18株,通过RT-PCR扩增病毒HA基因片段并测序,采用生物信息学软件分析其分子进化特征。结果 18株H3N2亚型流感病毒HA基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.36%~100.00%和96.76%~100.00%,与同年度疫苗株HA基因的核苷酸平均遗传距离分别为0.008 2、0.007 1和0.011 2,氨基酸平均遗传距离分别为0.009 2、0.003 1和0.010 0。分离株的HA基因分支从3C.3a转变为3C.2a支系,其HA氨基酸序列与同年度疫苗株比较,变异位点共涉及HA蛋白的5个抗原表位（A、B、C、D和E区）,2个受体结合位点（T131K、T135N/K）,6个潜在糖基化位点（122NES、126NWT、133NGT、135NSS、144NSS、158NYT）。结论 2015－2017年衢州市H3N2亚型流感病毒可能出现了抗原漂移,当前疫苗株A/HongKong/4801/2014的免疫效果需重新评估。     

2017-2019年度上海市松江区A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征分析

目的 分析上海市松江区2017-2019监测年度A(H1N1)pdm09流感病毒HA和NA基因特征.方法 对松江区分离的毒株随机挑选46株A(H1N1)pdm09流感病毒毒株进行HA和NA基因序列进化分析和氨基酸位点变异分析,采用神经氨酸酶抑制实验开展奥司他韦和扎那米韦敏感性监测.结果 A(H1N1)pdm09流感病毒...     

2009年宁波市甲3亚型流感流行特征 与HA1基因特性的分析

目的 了解2009年宁波市甲3亚型流感病毒的流行特征及血凝素基因HA1区域的变异情况。 方法 全年度每周从流感监测哨点医院收集流感样病例标本进行病毒分离,获得的甲3亚型流感毒株按不同时间、地点进行血凝素基因HA1区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特性分析。 结果 所选取的15株甲3亚型流感病毒HA1区域核苷酸序列长度均为987 bp,编码329个氨基酸;2009年上半年的流行株与2008年秋季的流行株在该区域有7个氨基酸位点存在差异,2009年下半年的流行株与2009上半年又存在10个氨基酸位点的差异。上半年与下半年的流行株在种系发生树上形成两个分支,为不同性状的流行株。 结论 2009年上半年及下半年宁波市甲3亚型流感流行株与2008年相比,在血凝素基因HA1区域都发生了较为明显的改变,且上半年与下半年的2个流行株之间血凝素基因的差异也较大。说明2009年宁波市流行的甲3亚型流感病毒变异较为频繁。     

2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒抗原漂移分析

目的 了解2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒流行特征、基因进化和抗原漂移情况。方法 通过2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒核酸检测阳性率划分流行高峰,分析各流行高峰病毒的阳性数、分离数和进化簇分布,结合抗原决定簇氨基酸突变位点和三维建模数据,分析3C.2a簇病毒抗原决定簇氨基酸突变位点变化情况。结果 2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒存在8个流行高峰,流行高峰会受到其他型别流感流行的影响,3C.2a簇病毒主要在第Ⅶ流行高峰后流行,与3C.3a簇病毒在HA蛋白3处抗原决定簇上存在7处不同氨基酸突变位点,3C.2a簇病毒159Y-160T位点和3C.3a簇病毒159S-160K位点在三维模拟结构图中差异明显。结论 2010-2015年湖北省H3N2亚型流感病毒进化簇不断进化,加强对近期3C.2a簇病毒的进化学监测和抗原漂移分析,有助于提高湖北省流感病原学和流行病学监测水平和能力。     

Spread of predominant neuraminidase and hemagglutinin co-mutations in the influenza A/H3N2 virus genome

Genetic variation of influenza neuraminidase (NA), unlike for hemagglutinin (HA), has not been fully characterized. Therefore, we determined the relation between mutations in the NA and HA genome segments of 205 influenza A/H3N2 viruses isolated from patients in Japan during the five seasons from 2010 to 2015. The amino acid (AA) sequences of the NA and HA proteins in these isolates were then determined. In the 2011–2012 season, there was the emergence of isolates with NA and HA sequences containing AA93G (NA93G) and AA278K (HA278K), respectively (24/48 isolates, 50.0%). This was in contrast to NA93D-HA278N being detected exclusively in the previous 2010–2011 season (24/24 isolates, 100.0%). The isolates with the NA93G-HA278K substitutions became predominant in the following 2012–2013 season (95.8%, 46/48 isolates). The NA and HA phylogenetic trees of the 2011–2012 and 2012–2013 seasons were segregated by clades with NA93D-HA278N or NA93G-HA278K. In the subsequent 2013–2014 and 2014–2015 seasons, the strong relationship between NA93D-HA278N and NA93G-HA278K observed in the previous seasons, was no longer present and NA93G-HA278N (33/52 isolates, 63.5% in the 2014–2015 season) became predominant. In addition, the clades within the NA and HA trees could no longer be segregated based on NA AA93 and HA AA278. These findings suggest that the co-mutation of NA and HA AA sequences is present and may contribute to the formation of an epidemic lineage.     

广东省肇庆市2014-2015年登革病毒分子分型及初步溯源研究

目的 了解广东省肇庆市2014-2015年登革病毒（DENV）的基因型别和可能的输入来源。方法 收集登革热临床诊断病例急性期血清,对实时荧光反转录-聚合酶链反应（RT-PCR）检测阳性标本进行病毒培养,分离株进行E基因扩增与序列测定,用Mega 5.1软件进行分子分型和系统进化树构建。结果 409份样品中147份实时荧光RT-PCR检测阳性（35.94%）,其中2014年阳性144份（39.99%）,以DENV 1（139/361）为主;2015年阳性3份（6.25%）,以DENV 3（2/48）为主。共获得22株DENV分离株,其中20株为2014年DENV 1型的genotype Ⅰ和Ⅲ,与2013-2014年广州、佛山市分离株核苷酸同源性分别为99.40%~100.00%和99.20%~100.00%,与新加坡、泰国、马来西亚和印度尼西亚分离株亲缘关系次之;2株为2015年DENV 3的genotype Ⅲ,与近年新加坡和印度尼西亚分离株的核苷酸同源性为98.20%~99.70%。结论 广东省肇庆市2014年暴发流行的DENV 1为genotype Ⅰ和Ⅲ,可能由广州市和佛山市输入,2015年散发的DENV 3为genotype Ⅲ,由佛山市输入,疫情毒株可能源于新加坡、印度尼西亚等东南亚流行株。     

2007—2017年中国甲型H3N2流感病毒HA基因特征分析

摘要：目的：回顾性分析2007—2017年我国人感染季节性甲型H3N2流感病毒血凝素（hemagglutinin, HA）的分子特征,为我国甲型H3N2流感病毒的防控和疫苗的研发提供科学依据。 方法：从全球共享禽流感数据库（the global initiative on sharing avian influenza data, GISAID）中下载中国2007—2017年人感染季节性甲型流感病毒H3N2亚型毒株HA基因序列,利用MEGA7.0生物学信息软件分析其HA的分子特征。 结果：2007—2017年,中国甲型流感病毒H3N2亚型共1 991例,总体上病毒株数呈逐渐递增趋势。HA序列分析表明,甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性且多种亚型共存,3C.2a.1系的病毒株自2010年起逐年增多,2016年起成为最主要的流行优势株。1系、2系、3A系、3B系、3C.1系、3C.2系、3C.2a系、3C.2a.1系、3C.3系、3C.3a系和3C.3b系的同源性分别为94.0%～100.0%、96.7%～100.0%、94.3%～100.0%、94.9%～100.0%、94.6%～100.0%、95.4%～100.0%、95.1%～100.0%、93.3%～100.0%、97.5%～100.0%、95.3%～100.0%和94.6%～100.0%。HA蛋白关键位点N121K、G/R142K出现变异,268株发生N121K突变且主要来源于2017年的毒株,358株发生G/R142K突变且主要来源于2016年和2017年的毒株。 结论：甲型H3N2流感病毒的亚型存在多样性,多种亚型共存且不同年份间的优势流行株存在差异,这些将有助于疫苗的研发和疾病的防控。     

2012-2018年山东省济南市A族β溶血性链球菌分子分型特征研究

目的了解济南市A族β溶血性链球菌（GAS)的emm分型特点，为猩红热病原学监测提供数据。方法收集2012 — 2018年济南市GAS菌株，应用PCR方法扩增emm基因，扩增产物经测序、比对，获得菌株emm基因型。结果共获得GAS菌株143株，检测到5个emm基因型，其中emm12占55.2%（79/143），emm1占42.0%（60/143），其他emm基因型占2.8%（4/143）。 2015年和2016年仅分到11株菌，均为emm12。 患者分离菌株116株，分为4种emm基因型，emm1（46株）和emm12（67株）共占97.4%（113/116），emm22（1株）和emm75（2株）共占2.6%（3/116）。 143株GAS菌株中，菌株数量排在前3位的分别为市中区（85株）、槐荫区（35株）和历城区（9株）。结论2012 — 2018年济南市GAS菌株优势基因型为emm12和emm1。 2013年和2014年以emm1为主，其余年份以emm12为主。     

2014-2019年鄱阳湖地区H9N9亚型禽流感病毒进化分析

目的 分析2014-2019年环鄱阳湖地区H9N9亚型禽流感病毒的分子特征.方法 2014-2019年采集环鄱阳湖地区禽类相关环境标本31854份,运送至国家流感中心(CNIC)并进行无特定病原体(SPF)鸡胚法病毒分离.经甲型流感病毒快速诊断试剂盒进行流感病毒阳性筛查,收获所有甲型流感病毒(IAV)阳性鸡胚尿囊液.病...     

2016-2021年湖北省乙型Victoria系流感病毒流行病学特征及基因进化分析

目的 分析湖北省2016—2021年度乙型流感流行状况及病毒基因进化特征。方法 根据湖北省2016—2021年度的流感样病例报告数据和病原学监测数据进行流行病学分析并选取2016—2021年度主要流行的乙型流感毒株69株进行全基因组测序,利用生物信息学软件分析进化变异特征。结果 2016—2021年湖北省乙型Victoria系流感毒株小部分分布在Victoria1A分支,而大部分毒株主要集中分布在以162～164氨基酸位点缺失为特征的Victoria 1A.3分支上。与参考株相比,流行株在HA蛋白的120环、150环、160环及190螺旋等关键的抗原决定簇部位发生了多个氨基酸位点改变,而在NA蛋白上未发现神经氨酸酶抑制剂耐药位点的变异。本次研究仅发现1株系内重配株。结论 2016—2021年中湖北省乙型流感多为季节性流行,Victoria系流行毒株在多个抗原位点上发生变异,但未检测到耐药位点突变,因此需要进一步密切加强流感流行活动的监测。