深圳市男男性行为人群人类免疫缺陷病毒1型流行株的聚集性分析

目的研究深圳市男男性行为(MSM)人群人类免疫缺陷病毒1(HIV-1)亚型的聚集性,为艾滋病的预防治疗提供科学依据。方法 RT-PCR巢式扩增深圳市MSM人群HIV-1病毒的gag基因和env基因,结合HIV数据库和MEGA4.02软件分析测序结果,确定亚型;建立进化树,比较各亚型的组内基因离散率。结果深圳市MSM人群中HIV-1流行株以CRF01-AE为主,占53.0%,与CRF07-BC、CRF08-BC、B、C共同存在,各个亚型均形成了簇集(cluster);B亚型cluster的基因离散率最大(gag区:9.5%,env区:16.1%),CRF01-AE形成了3个独立的cluster。结论深圳市MSM人群中流行的HIV-1毒株是复杂的,并且不同亚型的毒株也有各自的变异,以CRF01-AE和B亚型最为典型,病毒基因的变异对病毒的表型,疾病的进程及耐药性的影响尚待进一步研究。     

深圳市2010年感染HIV的男男性接触者原发耐药基因突变监测

目的了解深圳市2010年男男性接触者(MSM)HIV-1耐药传播情况,监测2010年该地区MSM人群HIV毒株的流行情况。方法收集深圳市2010年专题调查的14例HIV-1抗体阳性的MSM血浆,提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增pol区的基因片断,并对扩增片断进行序列测定和分析。结果 CRF01_AE亚型占45.39%(64/141),CRF07_BC亚型占39.71%(56/141),B亚型占14.89%(21/141)。3份出现NRTI耐药突变,突变的类型分别为:L210W,T215S,T215I;1份出现NNRTI耐药突变,突变的类型为:K103N,Y181C,P225H;无样本出现PI耐药突变,总体耐药突变率为2.8%。结论深圳地区MSM人群中耐药传播目前仍处于低度水平。感染株主要为CRF01_AE、CRF07_BC和B3种亚型,CRF01_AE仍是深圳市MSM人群中HIV主要流行亚型,CRF07_BC重组亚型在深圳市MSM人群中增长迅速。     

2018年临沂市MSM人群新感染 HIV-1病毒基因亚型分析

目的了解临沂市MSM人群新感染HIV-1病毒基因的流行亚型。方法收集2018年1～4月临沂市新感染的经男男性行为传播的未经治疗的HIV-1阳性血浆样本,应用巢式-聚合酶链反应(Nested-PCR)扩增病毒基因的pol区片段,进行基因测序和亚型分析。结果收集到符合条件的样本31例,成功扩增出29例感染者病毒的有效序列,共检出4种基因亚型:CRF07_BC、CRF01_AE、C、CRF55_01B,优势毒株为CRF01_AE(62.07%)和CRF07_BC(20.69%)亚型。结论本时段内临沂市新确证的MSM感染者毒株以CRF01_AE亚型为主,监测临沂市MSM人群HIV-1感染者毒株亚型分子流行病学特征,对临沂市艾滋病防治非常必要。     

男男同性恋人群治疗前HIV-1流行毒株及其变异研究

  目的  了解掌握男男同性恋者(men who have sex with men, MSM)人群治疗前人类免疫缺陷病毒Ⅰ型(human immunodeficiency virus type one, HIV-1)流行毒株与基因变异特点。  方法  使用In-house方法进行耐药基因型检测,通过系统进化分析和HIV-1耐药数据库比对确定基因型和基因变异情况。  结果  石家庄市MSM人群中共有5种HIV-1基因型毒株在流行,CRF01_AE是最主要流行毒株,占到56.8%(25/44),其次是CRF07_BC 29.5%(13/44),URFs 9.1%(4/44),B亚型2.3%(1/44)和CRF55_01B 2.3%(1/44)。URFs主要包括CRF01_AE/B和CRF01_AE/C两种重组模式。χ2检验显示不同基因型毒株在婚姻状况、年龄和首次CD4+ T淋巴细胞中的分布差异均有统计学意义(均有P < 0.05)。发现1例MSM在HIV-1 NNRT编码区225位点处发生了耐药基因突变(P225H),原发耐药率为2.3%(1/44),可导致依非韦伦(EFV)和奈韦拉平(NVP)中度耐药。  结论  加强MSM人群中HIV-1流行和耐药监测研究对控制本市HIV疫情发展具有重要意义。     

石家庄市男男性接触者HIV-1毒株亚型研究

[目的]了解石家庄市男男性接触者(MSM)HIV-1感染者HIV-1毒株亚型类型,为制定MSM人群干预措施提供科学依据. [方法]提取36例HIV感染阳性者外周血单个核细胞(PBMC)的核酸,利用套氏PCR方法扩增env基因部分片断,并对扩增片断进行序列测定和分析. [结果]36例阳性者中21份毒株与国际标准株B亚型聚在一起,而与其他国际标准株远离,其组内基因距离为10.3±1.0;与国际标准株的基因距离为15.7±1.6,与其他亚型国际标准株间的基因距离均在25以上,亚型分类属于B亚型.14份毒株与国际标准参考株01-AE.TH.90.CM240 ACCU54771最近,基因距离为9.6±1.9,组内距离为5.6±0.9,属于CRF01-AE亚型.1份毒株与08-BC亚型国际参考株08 BC.CN.97.97CNGx 6F ACC AY008715聚在一起,基因距离为9.7±1.2,属于CRF08-BC亚型. [结论]HIV-1在石家庄市MSM中的流行株以B亚型和重组亚型CRF01-AE最常见,也存在CRF08-BC重组亚型.     

湖州市不同感染人群HIV-1流行毒株亚型分析

目的了解湖州市HIV-1型流行毒株的基因型分布情况,为艾滋病防治工作提供科学依据。方法采集204份HIV-1型抗体阳性的全血标本,从样本中提取病毒RNA,采用巢式PCR方法扩增病毒gag基因,对PCR产物进行核苷酸序列测定。应用Clustal W软件对测序结果和HIV分型参考株序列进行多序列比对和分析;使用MEGA 4.0软件进行系统进化分析。结果 204份标本有138份样品扩增出HIV-1的gag基因片段,共存在4种HIV-1亚型和重组型。其中CRF07_BC重组亚型74株(53.62%)、CRF01_AE重组亚型40株(28.99%)、B亚型12株(8.69%)、CRF08_BC重组亚型12株(8.69%)。异性、同性性传播以CRF07_BC和CRF01_AE为主;注射吸毒传播以CRF07_BC为主。结论湖州市不同感染人群中主要存在4种基因亚型,CRF07_BC已成为湖州市不同感染人群中HIV主要流行亚型,重组型毒株占优势,应加强对HIV-1流行毒株亚型变异的监测,及时调整防控策略。     

2014—2017年上海市长宁区男男性行为人群HIV-1型感染者原发性耐药分析

【目的】了解上海市长宁区2014—2017年男男性行为(MSM)人群HIV-1型感染者亚型分型及原发性耐药情况,为制定该人群抗病毒治疗方案提供依据。【方法】选取2014—2017年首次确证HIV-1型阳性、未接受过抗病毒治疗的MSM感染者363例,对其血浆标本采用反转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增、DNA测序,并对序列进行亚型及原发性耐药分析。【结果】363例感染者的标本经RT-PCR筛选,最终获得300例的HIV-1 pol基因片段,扩增率为82. 6%。年龄18～78岁;非上海市户籍212例,占70. 7%;大专及以上文化程度165例,占55. 0%;未婚为主占71. 7%; CRF01_AE亚型154例(51. 3%),CRF07_BC亚型104例(34. 7%),其他亚型和重组体42例(14. 0%); 18例有耐药突变,原发耐药率为6. 0%(18/300),其中对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药率为4. 3%(13/300),对核苷类反转录酶抑制剂的耐药率为2. 7%(8/300),突变位点PI区的耐药率为1. 3%(4/300),2种及以上合并耐药率为2. 0%(6/300)。【结论】上海市长宁区MSM人群HIV-1型感染者以CRF01_AE亚型为主,且对非核苷类反转录酶抑制剂类药物的原发性耐药率较高,临床治疗中使用非核苷类的药物需谨慎;另外,仍要加强对MSM感染者耐药的监测工作。     

郑州市男男性行为人群HIV-1毒株变异特征及其与既往有偿供血感染者的关系

目的 分析郑州市男男性行为者(MSM)中HIV感染者的毒株变异特点及其与当地有偿供血者中流行毒株的关系.方法 以郑州市2010年确证的31例MSM的HIV感染者和41例既往有偿供血HIV感染者为研究对象,采集血标本并收集流行病学信息.RT-PCR法扩增全部研究对象的HIV-1 gag、pol全长基因(分别为1584 bp和3147 bp)及env基因的C2V3片段(558 bp)并测序,使用LosAlamosHIV Database在线工具确定病毒基因亚型、绘制系统进化树并分析可能的传播关系.结果 在72例研究对象中,获得全长gag序列53条、pol序列38条、env(C2V3)序列48条;31例MSM的HIV感染者中,CRF01 AE亚型14例、CRF07_BC亚型5例、B亚型12例(B'亚型11例、B亚型1例),41例既往有偿供血的HIV感染者均为B'亚型.MSM人群的CRF01 AE亚型毒株与河北、辽宁省的毒株关系密切、CRF07 BC毒株与河北省石家庄和北京市的毒株关系密切.在MSM人群中的12条HIV-1 B亚型中,有8条聚集成簇并与1例有偿供血感染者的序列距离最近、2条形成可靠的进化簇且与02HNseq4的序列距离最近,提示MSM人群中的B'毒株可能来自有偿供血员,且在MSM人群中存在传播关系.结论 郑州市MSM人群中流行的HIV-1毒株遗传背景复杂、有多个来源.首次发现目前MSM人群中流行的HIV-1 B亚型毒株主要是B'亚型,可能来自当地的有偿供血人群.     

云南省男男性接触人群(MSM)艾滋病病毒亚型分析

[目的]了解云南省男男性接触人群(MSM)中艾滋病毒亚型的分布情况,为预防和控制艾滋病提供科学依据。[方法]在云南省疾病预防控制中心的男男性行为服务窗口采集样本进行分子流行病学检测分析。[结果]从56份样本成功扩增出gp41片段48份(85%),经系统树分析主要流行亚型为CRF01_AE(79%),余下的是B/C重组型。[结论]MSM人群存在高频率的高危行为,重组型是该人群的优势流行株。     

珠海市男男性行为人群HIV-1感染者基因突变分析

目的分析珠海市男男性行为(MSM)人群HIV-1流行亚型的分布与变化。方法收集珠海市2011年-2016年386例MSM人群HIV-1抗体阳性血清标本,提取病毒RNA,套式PCR对HIV-1 pol基因进行扩增、测序亚型序列分析。结果 CRF_07BC和CRF_01AE基因亚型占主要地位,分别为155例(占48.87%)和99例(占32.03%);其次是CRF55_01B亚型30例(占9.71%),同时也发现了B亚型11例(占3.56%)、CRF59_01B亚型10例(占3.24%)、CRF_08BC亚型3例(占0.97%)、CRF65_01B亚型3例(占0.97%)、CRF_01C亚型2例(占0.65%)。系统进化树显示CRF_07BC内部未见明显的分簇,CRF_01AE内部可分为两簇。结论珠海市MSM人群HIV-1基因亚型以CRF_01AE和CRF_07BC为主,其他多种基因型共同流行的现象,应加强该人群的干预和监测力度。     

我国6个省19个城市男男性行为人群HIV-1 基因亚型及抗病毒治疗前耐药分析

目的分析我国6个省19个城市男男性行为人群(MSM)HIV-1基因亚型分布及抗病毒治疗前耐药情况。方法 2019年4-11月, 在河北、山东、江苏、浙江、福建和广东6个省19个城市收集未接受抗病毒治疗MSM HIV-1感染者的血浆样本574份, 提取RNA, 反转录后经巢式PCR扩增HIV-1pol 基因区片段。PCR 产物测序后进行序列分析, 构建系统进化树判定病毒基因亚型, 提交斯坦福耐药数据库分析耐药。结果有479份样本PCR扩增成功并获得核酸序列, 检出的HIV-1基因亚型有9种, 其中CRF01_AE(43.4%)和CRF07_BC(36.3%)所占比例较大, 随后依次为B(6.3%)、CRF55₀1B(5.9%)、CRF59₀1B(0.8%)、CRF65_cpx(0.8%)、CRF103₀1B(0.4%)、CRF67₀1B(0.4%)和CRF68₀1B(0.2%);另有26份(5.5%)样本的基因亚型为未知...     

High genetic diversity of HIV-1 was found in men who have sex with men in Shijiazhuang, China

Men who have sex with men (MSM) have become one of the populations with severely HIV prevalence in China. However, very few genetic studies have been done on HIV-1 spreading in this population. In this study, the genetic characterization of HIV-1 strains prevalent in the MSM in Shijiazhuang, China, was analyzed basing on the HIV-1 full-length gag, pol, and partial env gene. 21 drug-naïve HIV-1 sero-positive patients were enrolled into the study. Full length gag, pol, partial env genes and some near full length genomes were amplified with nest RT-PCR followed by sequencing. Multiple subtypes, including CRF01_AE (52.9%), subtype B (35.3%) and CRF07_BC (11.8%), were found in the population. Phylogenetic analysis showed close relationship between our strains with those from Beijing MSM but not those from paid blood donors of local area. Drug resistance surveillance evaluation showed no transmitted drug resistance (TDR). However, some drug-resistance related polymorphism sites (V181I and V106I) were popularly found in B subtype strains. The findings will contribute to understanding the distribution and evolution of HIV-1 in MSM and also help the behavior change intervention.     

浙江省男男性接触HIV-1感染者病毒基因特征分析

目的分析浙江省2004—2011年117名男男性接触者（MSM）HIV-1感染病毒的序列特征,了解HIV-1毒株类型和特征。方法从实验室留样的MSM HIV感染者血液中提取DNA或RNA,用巢式PCR或RT-PCR方法扩增gag、pol基因区片段,测定序列并分析。结果 117名MSM HIV感染者中,序列结果按户籍来源覆盖21个省（市、自治区）,感染毒株包括CRF01_AE 99名（84.62%）、B亚型7名（5.98%）、CRF07_BC 6名（5.13%）、CRF08_BC和CRF59_01B各1名（0.85%）。3名（2.56%）疑似01_B重组毒株与安徽感染者在系统进化树上聚集成可靠的次级进化簇（99%）,且具有类似重组断点模式。84个CRF01_AE毒株的pol区基因序列聚集成簇,形成多个可靠的次级进化簇（30个节点的bootstrap值高于70%）。结论浙江省MSM HIV感染者主要流行CRF01_AE毒株,该人群HIV感染率高,应加强监测。CRF59_01B和新的01B重组毒株在浙江首次检出。     

昆明市2018年男男性行为者HIV-1基因型及耐药特征分析

目的 了解2018年昆明市MSM的HIV-1基因型及耐药特征。方法 收集昆明市2018年1-12月新报告HIV-1感染的MSM的血浆样品193份,提取病毒RNA,采用巢式PCR扩增gag、pol和env区基因片段,进行基因分型和耐药分析,通过Bayesian Markov Chain Monte Carlo（MCMC）方法分析昆明市MSM感染者中CRF55_01B和CRF68_01B的进化特征。结果 193份样品中发现多个HIV-1基因型,包括CRF07_BC（39.4%,76/193）、CRF01_AE（34.2%,66/193）、独特型重组（20.2%,39/193）、CRF08_BC（3.1%,6/193）、CRF55_01B（1.6%,3/193）、B亚型（1.0%,2/193）和CRF68_01B（0.5%,1/193）。Bayesian进化分析结果显示CRF55_01B从外省进入昆明市后已开始在本地传播,而CRF68_01B可能来自于我国东部地区。2018年昆明市MSM抗病毒治疗前的HIV-1耐药株流行率为2.6%（5/190）,对非核苷类反转录酶抑制剂的耐药突变发生率最高（2.1%,4/190）。结论 昆明市MSM的HIV-1基因型多样性逐年增加。MSM未接受抗病毒治疗HIV-1感染者耐药发生率虽然较低,但存在抗病毒治疗一线药物的多重耐药株。     

上海市人类免疫缺陷病毒阳性人群HIV-1分布特征分析

[目的 ]　分析上海市人类免疫缺陷病毒 (HIV )阳性人群HIV -1分布特征 ,为制定预防HIV传播措施提供科学依据。　 [方法 ]　选择 40例不同感染途径的HIV阳性者 ,提取其血浆中核酸进行扩增 ,然后进行序列测定 ,确定其HIV -1型别。　 [结果 ]　 3 8例分离到核酸的阳性者中 ,发现 4种HIV -1亚型 (A、B、B’和C)、2种重组亚型 (CRF0 1_AE和CRF0 8_BC)和 1种未见报道的亚型 (CRF0 1_AEenvBgagUpol)。不同人群感染毒株不同 ,经性接触传播感染者感染毒株较为广泛 ( 7种 ) ,而经血传播者都为B/B’亚型。　 [结论 ]　上海地区存在着多样的HIV -1亚型和重组毒株     

High frequency of HIV-1 infections with multiple HIV-1 strains in men having sex with men (MSM) in Senegal

Circulating and unique recombinant HIV-1 strains continue to be identified and their number increases over time, suggesting that co-infection with multiple HIV-1 is frequent. In this study we analyzed to what extent dual infections with different HIV-1 variants occur in a population group with high risk behaviour, high HIV-1 prevalence and in an area where multiple HIV-1 subtypes and Circulating Recombinant Forms (CRFs) co-circulate. We studied 69 MSM with our recently developed multi-region hybridization assay (MHA), based on fluorescent probe detection for eight common variants circulating in West and West Central Africa. At least 11 (15.9%) of the 69 patients were simultaneously infected with two different HIV-1 subtypes and/or CRFs. Among the 29 samples identified as subtype C by MHA in gag, 15 (57.7%) reacted with both C1 and C2 probes. Sequence analysis suggests that the majority of the samples reactive with C1 and C2 probes are most likely infected with two different subtype C clades. Single genome amplification and DNA dilutions confirmed dual infection with subtype D and C for MSM1193, triple infection with two different C subtype strains and one CRF02_AG strain in MSM1157 and showed that MSM3017 is at least co-infected with CRF06_cpx and CRF02_AG and another strain that could not be classified. Comparison of all subtype C sequences from the MSM population and from the general population from this and previous studies confirmed the intermixing of HIV-1 variants between low-risk women and high-risk men as shown by the intermixing of subtype C variants from MSM1157 and a female patient (02SN-HALD478). Comparison of dual infection rates between the general population and MSM in Senegal, show also clearly the importance of high HIV prevalence and high risk behavior in dual infections and subsequent intermixing of HIV-1 variants which can lead to emergence and spread of new recombinants (CRFs).     

北京男男性行为人群HIV-1序列和流行趋势分析

目的 分析北京MSM人群HIV序列特征,预测北京该人群中HIV流行趋势。方法 汇总本实验室获得的北京MSM人群HIV序列,下载Los Alamos HIV Database中我国MSM人群及其他人群中流行的HIV序列,利用PhyML 3.0、BEAST等软件重建北京MSM人群系统发育树、估算突变速率、推断tMRCA、重建群体流行动态参数、计算再生指数R₀值,分析北京MSM人群与其他人群HIV流行的相关关系,推断进化和流行特征。结果 北京MSM人群中流行的HIV-1亚型包括B、CRF01_AE和CRF07_BC。在全国HIV毒株ML进化树中,北京MSM簇(北京MSM人群所占比例≥40%)共有3簇,即B-1簇、CRF01_AE-1簇、CRF01_AE-2簇。B1簇毒株是由至少3次传入事件进入北京MSM人群的,传入时间分别为1991年3月(1984年7月至1997年2月)、1994年1月(1989年1月至1998年1月)、1991年4月(1984年8月至1996年8月)。CRF01_AE毒株由2次传入事件进入北京MSM人群,传入时间分别为2000年12月(1998年3月至2003年1月)和2001年12月(2000年1月至2003年7月)。流行特征重塑分析显示,CRF01_AE-1簇近年来增长速度较快、突变速率较高。结论 北京MSM人群中存在多种HIV亚型毒株流行,其中B亚型毒株传入时间最早,但增长趋势趋于平稳;CRF01_AE毒株传入时间较晚、但增长迅速,对HIV在北京地区的流行具有明显的推动作用,因此对CRF01_AE毒株的防控有助于减少该地区HIV的流行。