基于分子对接法和网络药理学揭示小柴胡汤防治新型冠状病毒肺炎的活性成分及作用机制

目的 探索小柴胡汤防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性成分及作用机制,为小柴胡汤在COVID-19防治中的应用提供参考.方法 通过TCMSP数据库检索小柴胡汤的化学成分,将各化学成分与ACE2、MPro和PLP进行分子对接,预测其在抑制新型病毒感染和复制方面的活性;采用TCMSP和CTD数据库检索小柴胡汤化学...     

基于网络药理学和分子对接探索血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的潜在机制

目的基于网络药理学和分子对接预测血必净注射液治疗冠状病毒肺炎潜在靶点及分子机制,为揭示血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在网络作用机制提供科学依据。方法检索国内外文献获取血必净注射液主要活性成分,通过ETCM、TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点;检索GeneCards、CTD及OMIM数据库获取冠状病毒肺炎相关靶点;整合分析获取血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;通过Enrichr数据库进行基因功能及作用通路富集分析;采用Cytoscape软件进行网络可视化;最后采用iGEMDOCK软件对关键靶点进行分子对接分析。结果本研究共收集到血必净注射液中活性成分30个,可作用于222个靶点,进一步分析其治疗冠状病毒肺炎的17个核心成分与18个核心靶点,主要作用于甲型流感,NF-κB、HIF-1及VEGF等信号通路。发现与关键靶点对接较好的成分有羟基红花黄色素A、绿原酸及丹酚酸B等。结论本研究揭示了血必净注射液治疗冠状病毒肺炎多成分、多靶点、多通路的特点,可为其治疗COVID-19潜在网络作用机制提供新的线索。     

基于网络药理学和分子对接的荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎的活性成分研究

目的 运用网络药理学和分子对接方法,预测荆防败毒散预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分,为临床用药提供参考。方法 通过中药系统药理学分析平台,检索荆防败毒散组方中所有药材的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库校正靶点对应的基因,利用Cytoscape软件构建药材-成分-靶点网络并进行可视化处理,利用疾病数据库检索COVID-19相关的靶点,筛选出重合的靶点,通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用网络。通过Metascape进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,通过分子对接,计算核心成分在预防新型冠状病毒肺炎的作用强度。结果 限定筛选条件为口服生物利用度（OB）≥30%、类药性（DL）≥0.18,共得到荆防败毒散的159个活性成分和277个靶点,与获得的273个COVID-19相关的靶点取交集,得到55个核心靶点;对核心靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,得到GO条目1376个和136条信号通路,涉及感染性疾病、癌症、细胞进程、免疫系统、信号等通路。分子对接结果显示荆防败毒散核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶、血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较强的结合能力,结合形式有氢键、疏水作用。结论 荆防败毒散中的活性成分能通过抑制新型冠状病毒（SARS-CoV-2）蛋白,ACE2结合,通过对多靶点、多通路的作用发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接技术的宣肺达郁汤用于新型冠状病毒肺炎恢复期治疗的作用机制研究

摘要：目的:应用网络药理学和分子对接技术分析宣肺达郁汤用于新型冠状病毒肺炎（COVID-19）恢复期治疗的关键活性成分及核心作用靶点,并探讨其潜在作用机制。方法:查询中国药典、TCMSP和TCM@Taiwan数据库,获取宣肺达郁汤复方中11味中药的性味归经、活性成分及作用靶点,应用GeneCards及OMIM数据库查询COVID-19恢复期疾病治疗靶点,运用Venny软件对中药及疾病靶点取交集,获得与COVID-19恢复期治疗相关的宣肺达郁汤潜在作用靶点。利用Cytoscape软件构建中药-性味归经、中药-活性成分-靶点网络,应用STRING数据库对共有靶点进行蛋白质相互作用（PPI）分析,根据节点属性值筛选获取宣肺达郁汤中关键活性成分和核心作用靶点。通过Metascape、DAVID数据库对共有靶点进行基因本体论（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路、组织表达富集分析。借助AutoDockTools软件研究关键活性成分与成纤维细胞生长因子受体（FGFR）、血管内皮生长因子受体2（VEGFR2）间的亲和作用。结果:宣肺达郁汤性平,味甘,主要归肺、脾、心经。与COVID-19恢复期治疗相关的宣肺达郁汤活性成分共137个,对应231个靶点,潜在作用靶点主要分布于肺组织,关键活性成分为槲皮素、木犀草素、山奈酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、黄芩素、刺芒柄花素、柚皮素、β-谷甾醇、美迪紫檀素和甘草查尔酮A,核心靶点包括血管内皮生长因子A（VEGFA）、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、白细胞介素-6/8/10（IL-6/8/10）、肿瘤坏死因子（TNF）、前列腺素G/H合成酶2（PTGS2）、丝裂原活化蛋白激酶1/3/8（MAPK1/3/8）、信号转导与转录激活因子3（STAT3）、基质金属蛋白酶-2/9（MMP2/9）等,涉及白细胞介素17（IL-17）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、核因子-κB （NF-κB）、缺氧诱导因子-1（HIF-1）、环磷腺苷（cAMP）、Janus激酶/信号转导与转录激活子（JAK-STAT）、无翅型MMTV整合位点（Wnt）等信号通路。关键活性成分同吡非尼酮相比,可与FGFR、VEGFR2形成更稳定的配体-受体复合物。结论:宣肺达郁汤以多成分、多靶点的方式,通过减轻炎症反应,影响氧气输送与利用,促进肺泡液清除,调控细胞代谢与凋亡,调节机体免疫力等途径,发挥对COVID-19恢复期的治疗作用。     

通过网络药理学和分子对接研究板蓝根治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的：应用网络药理学及分子对接预测板蓝根治疗新型冠状病毒肺炎的有效性和潜在机制。方法：从TCMSP数据库和文献研究中获得板蓝根的活性成分及潜在靶点;通过Gene Cards数据库检索新型冠状病毒肺炎相关靶点基因,并得到活性成分作用靶点和新型冠状病毒肺炎相关靶点基因的交集靶点,然后利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络;使用Cytoscape3.8.2软件进行PPI网络可视化,通过MCODE插件提取核心靶点;在DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用分子对接模拟,验证药物和靶标结合力。结果：共筛选出板蓝根的活性成分51个,对应210个靶点,与新型冠状病毒肺炎交集靶点共65个,得到34个核心靶点;经过网络分析和分子对接结果,11个靶点（PTGS2、RELA、TNF、NOS2、IL6、CASP3、MAPK14、IFNG、IL1B、TGFB1和CASP8）被认为是具有较好对接亲和力的主要治疗靶点;富集分析结果表明,其潜在机制主要集中在与免疫炎症、抗病毒和促凋亡相关的GO生物过程和KEGG通路上。此外,PI3K-AKT信号通路被认为可能是关键通路。结论：该研究表明,板蓝...     

基于网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎潜力的研究

目的 通过网络药理学和分子对接技术初探新加香薷饮治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在活性成分、靶点、通路及分子机制。方法 从TCMSP数据库和文献挖掘收集新加香薷饮中的香薷、金银花、连翘、厚朴和扁豆花的化学成分,以TCMSP数据库和Swiss Target Prediction获取靶点,输入STRING数据库获取靶点对应的标准基因名,运用DAVID6.8进行GO富集、KEGG通路富集和组织富集分析,采用Cytoscape 3.8.0和R语言作图。从PDB数据库下载新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL和ACE2的晶体结构,利用AutoDock Vina、Pymol和Discovery Studio软件进行分子对接。结果 从新加香薷饮中获得49个活性成分和321个靶点,发现了33条与治疗COVID-19相关的通路,包括肺病相关通路、病毒相关通路以及炎症-免疫相关通路,并发现了RELA、MAPK1、IL6、AKT1、MAPK8、TNF等6个基因可能与治疗COVID-19密切相关。通过分子对接发现金圣草黄素、绿原酸、咖啡酸、厚朴酚、和厚朴酚、麝香草酚、香荆芥酚与SARS-CoV-2 3CL和ACE2具有较高的亲和力。结论 中药治疗疾病是通过多组分、多靶点和多途径共同的结果,新加香薷饮具有治疗COVID-19的潜力。     

基于网络药理学和分子对接技术初步探索“清肺排毒汤”抗新型冠状病毒肺炎作用机制

利用中药网络药理学和分子对接技术初步探索"清肺排毒汤"抗新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease2019, COVID-19)作用机制。结合中国药典(2015版)以及中药系统药理学数据库及分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology, TCMSP)、OMIM (Online Mendelian Inheritance in Man)、GeneCard、STRING等在线数据库,进行一系列网络构建、核心靶点筛选以及信号通路富集分析,最后对重要化合物进行分子对接预测。结果发现,清肺排毒汤化合物-肺炎靶点网络包含292个化合物和相应靶点214个,核心靶点涉及AKT1 (AKT serine/threonine kinase 1)、IL6 (interleukin 6)、MAPK8 (mitogen-activated protein kinase 8)、MAPK1 (mitogen-activated protein kinase 1)和JUN (jun proto-oncogene)等。应用GO (Gene O...     

基于网络药理学和分子对接探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎可能的作用机制

目的 采用网络药理学技术探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能机制.方法 利用中药系统药理学一体化分析平台(TCMSP)筛选疏风解毒胶囊活性成分和预测靶点,通过在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)、人类基因注释数据库(GeneCards)筛选COVID-19相关靶点,采用Cytoscape软件构...     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中筛选黄芩的主要生物活性成分及其作用靶点,在GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb等数据库中获取与糖尿病相关的疾病靶点。构建糖尿病与黄芩的作用靶点韦恩图,获得两者之间的共有靶点。借助STRING数据库生成黄芩治疗糖尿病的蛋白互作网络（PPI）,导出核心靶点,并通过Cytoscape 3.9.1软件绘制“疾病–药物–有效成分–作用靶点”网络图。结合Bioconductor数据库和R 4.3.2软件,对黄芩与糖尿病的交集基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。为了进一步验证药物与靶点之间的相互作用关系,采用分子对接技术进行深入研究。结果 经过筛选,成功识别了36个黄芩主要活性成分,19 201个与疾病相关的靶点基因,96个药物靶点以及94个共有靶点,核心靶点主要涵盖蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）、JUN、环加氧酶2（PTGS2）和雌激素受体1（ESR1）等关键蛋白。GO富集结果显示有1 368个生物过程、165个分子功能、29个细胞组成。KEGG富集分析得到150条通路。分子对接结果显示,黄芩主要活性成分为汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇,与疾病核心靶点Akt1、IL-6、JUN对接情况良好。结论 黄芩可能通过主要活性成分汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇调节Akt1、IL-6、JUN等靶点治疗糖尿病,初步阐明了黄芩治疗糖尿病可能的作用机制,为糖尿病的临床治疗及预防提供理论依据。     

基于网络药理学和实验验证探讨黄芩调控铁死亡逆转肿瘤耐药的作用机制

目的 利用网络药理学技术和实验研究方法探究黄芩活性成分调控铁死亡逆转肿瘤耐药的药效物质基础、潜在靶标及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）,以生物利用度（OB）≥30%且类药性（DL）≥0.18的条件筛选黄芩活性成分,使用UniProt数据库获得黄芩活性成分的对应靶点基因。在GeneCards、OMIM数据库中搜集肿瘤耐药的相关靶点。利用Cytoscape 3.7.0软件将获得的黄芩活性成分与肿瘤耐药的交集靶点,绘制“活性成分–作用靶点”网络,并借助CytoHubba插件获得活性成分度（degree）值排名,并分析关键核心靶点。通过DAVID数据库在线分析功能进行基因本体论（GO）功能和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用FerrDb数据库获取铁死亡过程中的调控基因,将其与黄芩活性成分参与逆转肿瘤耐药性的靶点基因取交集,获得黄芩通过调控铁死亡过程逆转肿瘤多药耐药性的靶点基因。利用Discovery Studio软件进行化合物和核心靶点的分子对接。取处于指数生长期的ZR-75-30和HeLa细胞,加入不同终浓度（12.5、25.0、50.0、...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨“半枝莲-山慈菇”抗乳腺癌的作用机制

目的通过网络药理学和分子对接方法探讨"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)筛选半枝莲、山慈菇的有效化学成分及相应靶蛋白。通过DrugBank、Uniprot数据库筛选乳腺癌潜在靶点,运用Cytoscape 3.8.0软件构建"化合物–靶点–疾病"网络图。使用STRING数据库绘制蛋白互作(PPI)网络,利用DAVID数据库对有效作用靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。结果共筛选出半枝莲中有效化学成分29个,山慈菇中有效化学成分3个;对应潜在作用靶点517个,乳腺癌靶点118个;将"半枝莲–山慈菇"与乳腺癌的靶点对比,获得8个药物–疾病共同靶点,包括雄激素受体(AR)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-9(CASP9)、雌激素受体α(ESR1)、雌激素受体β(ESR2)、钾电压门控通道亚家族H成员2(KCNH2)、前列腺素G/H合酶2(PTGS2)和钠依赖性血清素转运体(SLC6A4)。GO功能分析得到197个条目,涉及药物代谢等方面。KEGG通路分析得到116个条目,涉及膀胱癌、非小细胞肺癌、胰腺癌、非洲锥虫病、前列腺癌、结直肠癌、子宫内膜癌等通路。结论研究揭示了"半枝莲–山慈菇"抗乳腺癌的关键靶点和涉及的生物学过程及信号通路,并结合分子对接技术,发现其作用是多靶点、多通路的,为今后的分子生物学实验奠定了基础。     

黄芩茎叶总黄酮对结肠癌HCT116细胞凋亡、迁移和侵袭的影响

目的 研究黄芩茎叶总黄酮（SBTF）对结肠癌HCT116细胞凋亡、迁移和侵袭的影响。方法 采用CCK8法检测SBTF（5、10、20、50、100、200、400、600 μg·mL^-1）对HCT116细胞增殖的影响;Annexin V/PI双染法检测SBTF （80、120、160 μg·mL^-1）对HCT116细胞凋亡的影响;JC-1染色法检测SBTF对细胞线粒体膜电位的影响;Transwell小室迁移和侵袭实验检测SBTF对细胞迁移和侵袭的影响;Western blotting法检测SBTF对细胞凋亡、迁移和侵袭相关蛋白表达的影响。结果 与对照组比较,SBTF可明显抑制HCT116细胞增殖,干预24、48 h后的半数抑制浓度（IC₅₀）值分别为156.50、98.59 μg·mL^-1;SBTF显著提高HCT116细胞凋亡率（P＜0.05、0.01）;SBTF明显促进HCT116细胞线粒体膜电位改变;SBTF显著降低HCT116细胞迁移和侵袭率（P＜0.05、0.01）;SBTF显著上调HCT116细胞的Bax/Bcl-2值和cleaved Caspase-3蛋白表达（P＜0.05、0.01）,显著下调MMP-2、MMP-9蛋白表达（P＜0.05、0.01）。结论 SBTF可通过诱导HCT116细胞凋亡和抑制细胞迁移、侵袭发挥抗结肠癌作用。     

采用网络药理学和分子对接技术研究血必净注射液抗新冠肺炎的作用机制

目的： 通过网络药理学和分子对接技术,探讨血必净注射液治疗新冠肺炎（COVID-19）的潜在分子机制。方法： 采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库收集血必净对应的化合物成分和作用靶点,选用GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点;获取血必净注射液与COVID-19的共同作用靶点,采用STRING数据库构建蛋白互作网络图,运用Cytoscape软件对网络图进行可视化分析获取关键靶点;DAVID数据库对共有靶点进行GO （gene ontology）和KEGG （Kyoto encyclopedia of genes and genomes）富集分析,通过Cytoscape软件构建血必净注射液"成分-靶点-疾病"网络图。采用AutoDock Tools对血必净注射液核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶蛋白和血管紧张素转换酶II （ACE2）进行分子对接,并通过PyMOL软件进行可视化处理。结果： 共筛选出血必净注射液中5种药材对应的270个对应靶点,与COVID-19有52个共表达靶点。GO富集分析得到160个生物过程,KEGG分析得到112条信号通路。分子对接表明,血必净注射液中槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素为degree较高的活性成分,与3CL水解酶和ACE2具有较强的结合能力。结论： 血必净注射液可能通过槲皮素、β-谷甾醇、木犀草素等成分调节IL6、CCL2、TNF、PTGS2等核心基因参与COVID-19的治疗,同时也说明血必净注射液可通过"多成分-多靶点-多途径"发挥对COVID-19的治疗作用。     

HPLC法测定黄芩茎及叶中野黄芩苷的含量

目的 建立黄芩茎及叶中野黄芩苷的含量测定方法。方法 采用高效液相色谱(HPLC)法,C₁₈色谱柱(4.6 mm×250 mm,5 μm),以甲醇-0.02%甲酸（28∶72）为流动相等度洗脱,流速1.0 mL·min^-1,检测波长335 nm。结果 野黄芩苷在0.138 1～1.657 2 μg范围内与峰面积呈良好的线性关系,r=0.999 8,平均回收率为98.24%,RSD为0.96%;黄芩茎的野黄芩苷含量为0.86%,黄芩叶的野黄芩苷含量为2.83%。结论 该法简单方便,可用于测定黄芩茎及叶野黄芩苷的含量,对深入研究黄芩茎叶化学成分生物合成机理,确定黄芩茎叶药材最佳采收期以及制定黄芩茎叶药材质量标准提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探究金银花入血成分干预新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究金银花入血成分干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 通过Swiss Target Prediction和Similarity Ensemble Approach数据库检索金银花中入血成分的作用靶点,利用GeneCards数据库和CTD数据库检索COVID-19靶...     

UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS整合网络药理学探讨树舌灵芝有效成分及其防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的基于UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS技术阐明树舌灵芝主要成分,结合网络药理学探讨其防治新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法采用UHPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS技术鉴定树舌灵芝的主要成分;采用Swiss Target Prediction数据平台对鉴定成分进行靶点预测,对核心靶基因进行GO和KEGG富集分析,运用Cytoscape 3.8.0绘制关联网络图,同时通过分子对接评价树舌灵芝核心成分与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及3种新型冠状病毒(SARS-CoV-2)蛋白的结合作用。结果该研究从树舌灵芝中鉴定化合物62个;30个活性化合物主要作用在IL-6、PTGS2和MAPK1等32个核心靶点,通过PI3K/Akt、TNF及肺结核等多条与肺损伤保护相关通路,发挥防治COVID-19的作用;分子对接显示小白菊内酯、1,4-二羟基-2-萘甲酸和瑞香素等核心成分与ACE2及3种SARS-CoV-2蛋白的亲和作用较好。结论该研究初步阐明树舌灵芝的化学成分及潜在作用机制,为筛选树舌灵芝防治COVID-19的药效成分及深入阐明作用机制提供了科学的理论依据。