基于网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗COVID-19的作用机制

目的 利用网络药理学与分子对接探究复方鱼腥草合剂抗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可能作用机制.方法 在中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)收集并筛选复方鱼腥草合剂组方中各味药材的成分及对应的靶标.采用Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶标网络,对靶标进行GO和KEGG富集分析,最后借助计算机虚...     

基于网络药理学和分子对接法探索藿香正气口服液预防新型冠状病毒肺炎（COVID-19）活性化合物研究

目的采用网络药理学与分子对接法探索藿香正气口服液预防新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索藿香正气口服液组方中苍术、陈皮、厚朴、白芷、茯苓、大腹皮、半夏、甘草、广藿香、紫苏的化学成分和作用靶点。通过Uniprot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cyoscape3.7.2软件构建药材-化合物-靶点(基因)网络进行可视化,通过DAVID进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,并通过Prism软件及Omicshare数据库绘制柱状图及气泡图进行可视化。结果药材-化合物-靶点网络包含了10种药材,123个化合物和相应靶点基因257个,关键靶点基因涉及PTGS2、HSP90AB1、AR、CAMSAP2、PPARG、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目278个(P0.05),其中生物过程(BP)条目178个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目64个。KEGG通路富集分析筛选得到119条信号通路(P0.05),涉及乙型肝炎、小细胞肺癌、非小细胞肺癌、膀胱癌、前列腺癌及T细胞受体通路等。分子对接结果显示槲皮素、异鼠李素、葛花苷元、山柰酚、汉黄芩素、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐药的亲和力相似。其中以槲皮素、异鼠李素、葛花苷元3者亲和力最强。结论藿香正气口服液中的化合物能通过与血管紧张素转化酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AB1、AR、CAMSAP2等靶点调节多条信号通路,从而发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学和分子对接法探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物的研究

目的:基于网络药理学和分子对接技术,探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础和作用机制。方法:利用TCMSP和Stitch及文献资料的检索,得到黄连解毒汤的化学成分和作用靶点。通过Cytoscape 3.3.0构建化合物-靶点网络图,Cludterirofiler对药物与疾病相同靶蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件进行分子对接,根据结合能和药物主要成分选择最佳的结合靶点。结果:研究共筛选出66个化合物和相应靶点239个,关键化合物主要有槲皮素、豆甾醇、山柰酚、汉黄芩素、谷甾醇、黄芩素、甲基黄连碱等,靶点涉及PTGS1、PTGS2、HSP90AA1、PRKACA、SCN5A等。GO功能富集分析生物过程主要集中于氧化应激、脂多糖、细菌的反应和凋亡信号通路的调节等。KEGG通路富集筛选信号通路(P<0.05),涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、疱疹病毒感染、IL-17信号通路、TNF信号通路和甲型流感等。分子对接结果显示小檗碱、槲皮素、黄连碱、黄芩素主要化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶的结合能...     

基于网络药理学研究苦参治疗COVID-19的作用机制

目的 基于网络药理学研究苦参治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法 利用SymMap平台获取苦参的化学成分,基于TCMSP平台以OB>30％、DL>0.18为标准筛选候选活性成分,搜索TCMSP活性成分对应的靶标蛋白,通过Uniprot平台检索靶标蛋白对应的基因;通过String及Cytoscape平...     

基于网络药理学和分子对接法探究麻杏苡甘汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法,探究麻杏苡甘汤对SARS、MERS的作用机制,从而预测麻杏苡甘汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索麻杏苡甘汤4味中药的所有化学成分并筛选作用靶点;通过GeneCards、GAD、DisGeNET等数据库查询S...     

基于网络药理学和分子对接法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探讨正阳汤治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)搜索正阳汤组方中9味中药的活性成分及作用靶点.利用GeneCards数据库筛选COVID-19相关的靶点,利用R软件将药物靶点与疾病靶点取交集,将交集靶点输入STRING平台获得蛋白互作关系...     

基于网络药理学和分子对接的清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制探寻

目的初步探寻清开灵注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过文献检索及中药系统药理学分析平台(TCMSP)得到清开灵注射液组方药材栀子、板蓝根、金银花等的活性成分及靶标蛋白。借助Uniprot数据库查询活性成分对应靶点基因,应用Cytoscape 3.7.2构建药物-化合物-靶点网络。借助DAVID数据库进行KEGG通路富集分析,预测其作用机制。对核心活性成分与抗COVID-19药物潜在作用靶点血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)、3C类似蛋白酶(3CLpro)、RNA依赖性RNA聚合酶(Rd Rp)进行分子对接验证。结果药物-化合物-靶点网络共包含5种药物、62个化合物以及70个靶点。KEGG通路富集分析得到信号通路41条(P0.05),主要涉及细胞凋亡、Fc epsilon RI信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等。分子对接结果显示,刺槐素、丁香苷等与抗COVID-19药物潜在作用靶点具有较强的亲和力。结论清开灵注射液具有多成分、多靶点、多途径的作用特点,其活性成分刺槐素等可通过作用于CASP3、CASP8、FASLG等靶点调节细胞凋亡通路及TNF通路,从而实现对COVID-19的潜在治疗作用。     

基于分子对接和网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的:利用分子对接和中药网络药理学技术预测银翘解毒合剂防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的可行性。方法:借助TCMSP、Pubchem等数据库检索银翘解毒合剂中金银花、连翘、桔梗、荆芥、薄荷、牛蒡子、淡豆豉、淡竹叶和甘草的化学成分。以银翘解毒合剂中成分为配体,利用分子对接技术探讨可能作用于人血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的活性成分,进而运用Cytoscape软件构建活性成分-靶点(基因)网络,通过DAVID数据库对活性成分靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG,Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路富集分析。结果:获得银翘解毒合剂中化合物1060个,分子对接结果显示有301个化合物与ACE2具有较好的亲和作用(其中18个化合物优于参照药物洛匹那韦和瑞德西韦),进一步通过吸收、分布、代谢、排泄(ADME)参数从中优选出关键活性成分55个。关键成分靶点生物功能富集分析得到GO条目2080个(P0.05),其中生物过程(BP)条目1862个,细胞组成(CC)条目88个,分子功能(MF)条目130个;KEGG通路富集分析得到152条信号通路(P0.05),主要涉及与COVID-19感染源类似(病毒感染)的疾病,以及与肺炎和免疫、炎症反应相关的信号通路。结论:银翘解毒合剂中具有潜在作用于ACE2蛋白的活性物质,其有可能通过多靶点、多通路发挥防治COVID-19的作用。     

基于网络药理学与分子对接探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的:采用网络药理学与分子对接法探究荆芥-防风药对防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制.方法:借助中药系统药理学分析平台TCMSP检索荆芥与防风的化学成分与作用靶标,采用Uniprot数据库查询各靶标对应的基因.通过String进行GO富集分析与KEGG通路富集分析,预测其作用机制.通过Omicshare...     

基于网络药理学的款冬花止咳化痰活性成分靶点探究

目的预测款冬花止咳化痰主要活性成分的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法采用网络药理学方法针对已报道的款冬花中酚酸类、苯丙素类及倍半萜类主要成分(绿原酸、3,5-二咖啡酰基奎尼酸、3,4-二咖啡酰基奎尼酸、4,5-二咖啡酰基奎尼酸、芦丁、咖啡酸、槲皮素、金丝桃苷、山柰酚、β-谷甾醇、款冬酮、款冬素酯),依据反向药效团匹配方法预测款冬花活性成分靶点。通过Coo LGe N数据库中已批准的止咳化痰药物靶基因的比对筛选,借助MAS 3.0生物分子功能软件进行靶点信息注释,通过Systems Dock Web Site软件将款冬花成分与靶点进行分子对接,采用Cytoscape软件构建款冬花成分-靶点-通路网络。结果网络分析表明款冬花活性成分涉及白细胞介素-2(IL-2)、环氧合酶-2(COX-2)、人核糖核酸酶A3(RNASE3)等18个靶点及信号转导-炎症-能量代谢等相关生物过程和代谢通路。结论款冬花止咳化痰作用体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点,该研究为深入阐释款冬花止咳化痰作用机制提供科学依据。     

网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的机制研究

目的通过网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及中医整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)获得三仁汤君药(苦杏仁、白蔻仁、薏苡仁)全部化学成分并筛选,结合相关文献筛得主要活性成分。借助Uni Port数据库查询活性成分对应靶标蛋白,Cytoscape3.7.2构建成分-靶点网络。通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络,运用cytoHubba分析关键子网络。CTD数据库对三仁汤君药活性成分靶蛋白进行GO、KEGG富集分析。以三仁汤君药活性成分及洛匹那韦等相关化学药物为配体,通过CB-Dock网站分别与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果三仁汤君药共有39个活性成分,对应有效靶标168个。GO功能富集分析筛得生物学过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)分别为25条、14条及2条。KEGG富集筛得先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号转导(cytokine signaling in immune s...     

基于网络药理学和分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制

目的基于网络药理学与分子对接探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的主要活性成分、靶标及通路,以期阐述其作用机制。方法通过TCMSP、ETCM、YATCM数据库检索清肺达原颗粒的中药化学成分,以口服生物利用度(OB)≥30%和类药性(DL)≥0.18为阈值筛选潜在的活性化合物。通过SIB、STITCH数据库查询活性化合物对应的靶标,利用STRING数据库获取蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络和网络拓扑参数,导入Cytoscape 3.6.0对网络进行分析,筛选关键靶标。通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和组织富集(tissue enrichment)预测其作用机制。利用AutoDock将化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)S蛋白受体结合结构域与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)蛋白酶结构域复合物(SARS-Co V-2-S-RBD-ACE2)进行分子对接。结果筛选得到清肺达原颗粒活性化合物251个,对应靶点共1 037个;筛选出关键靶标107个,对应化合物185个,关键靶点涉及ESR1、AR、EGFR、KDR、MMP2等,与ACE2共表达基因52个。GO功能富集分析结果显示清肺达原颗粒主要对细胞表面信号转导、分子功能、磷酸化和转录等生物学过程起调节作用,KEGG通路富集主要涉及趋化因子信号通路、T细胞受体信号通路、B细胞受体信号通路、自然杀伤细胞介导的细胞毒性和Toll样受体信号通路等。组织富集显示关键基因表达部位主要分布在肺及上皮细胞,涉及多种免疫细胞,如T细胞、B细胞、淋巴细胞等。分子对接结果显示与SARS-Co V-2-S-RBD-ACE2复合物亲和力较好的化合物主要来源于柴胡、党参、知母、甘草,其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷与SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2复合物结合力较强,可能为抗SARS-CoV-2的潜在活性成分。结论清肺达原颗粒具有多成分、多靶点、多途径的整体调控特点。其中柴胡皂苷、甘草酸、知母皂苷可能为抗SARS-CoV-2的潜在活性成分,治疗COVID-19的作用机制可能与调控ACE2共表达的基因、调节炎症和免疫相关的信号通路、影响SARS-CoV-2-S-RBD-ACE2复合物的稳定有关。     

基于UPLC多指标测定比较不同来源款冬花药材的质量

目的建立同时测定款冬花药材中12种成分的超高效液相色谱(UPLC)方法,并对不同产地药材的质量状况进行评价。方法采用BEH C18(100 mm×2.1 mm,1.7μm)色谱柱;流动相为乙腈(A)-0.03%三氟乙酸水(B),梯度洗脱,体积流量0.5 m L/min,检测波长254 nm,柱温40℃。通过计算不同成分的变异系数,采用聚类分析(HCA)和主成分分析(PCA)对不同产地的款冬花药材进行分析。结果建立的测定方法符合方法学要求,款冬花药材中不同成分的变异系数差别较大,其中金丝桃苷的变异系数达到0.91。PCA和HCA显示野生款冬和栽培款冬具有明显差异,其中野生款冬中绿原酸、咖啡酸、芦丁、金丝桃苷、异绿原酸B、异绿原酸A、异绿原酸C、款冬酮等成分量相对较高。结论不同产地款冬花药材存在较大差异,体现在不同成分的变异范围明显不同,野生和栽培药材存在差异,为保证临床用药的安全有效,款冬花药材间的差异性对临床疗效的影响有待进一步深入研究。     

基于网络药理学和分子对接技术的抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础研究

目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P<0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P<0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。     

款冬花药材掺杂部位对其质量的影响

目的针对款冬花药材掺杂现象,对款冬花药材中花蕾及其杂质(花梗、根茎、主根)的化学组成进行比较,为款冬花的质量控制提供依据。方法参照《中国药典》2015年版,采用HPLC测定款冬花蕾及其杂质中款冬酮的含量,同时建立款冬花指纹图谱,采用相似度评价和共有峰峰面积对花蕾及杂质进行比较,对药材中各成分含量与花蕾占比进行Pearson相关性分析,同时对花蕾和杂质进行主成分分析和聚类分析,并分析各类成分之间的相关性。结果款冬花蕾中款冬酮含量以及指纹图谱中13个共有峰的峰面积均明显高于其他掺杂部位,且与花蕾占比存在正相关。主成分分析和聚类分析结果显示,款冬花蕾与花梗、根茎、主根等掺杂部位可明显区分。指纹图谱各主要成分之间的相关性分析显示,咖啡酰奎宁酸类成分之间、黄酮类成分之间存在较强的正相关,倍半萜类成分中,款冬酮和款冬素酯存在较强的正相关,不同类别的成分也具有一定的相关性。结论款冬花药材中主要成分均主要分布于花蕾,当药材中花梗、主根、根茎等杂质较多时会严重影响款冬花药材质量。目前《中国药典》2015年版中款冬花项下尚未设置杂质检查项目,为了保证款冬花药材的质量,应增加其杂质检查。     

UPLC-Q-TOF-MS法分析款冬花的化学成分

目的应用超高效液相色谱仪联用四级杆串联飞行时间质谱仪(UPLC-Q-TOF-MS)在正负离子模式下分离分析款冬花药材甲醇提取物成分。方法 Agilent Poroshell 120 EC-C_(18)色谱柱(100 mm×2.1 mm,2.7μm),以0.1%甲酸水(A)-乙腈(B)溶液为流动相。正离子模式:梯度洗脱0~1 min,5%~17%B;1~3 min,17%~19%B;3~14 min,19%~44%B;14~16 min,44%~66%B;16~26 min,66%~87%B;26~28 min,87%~95%B;28~33 min,95%B。负离子模式:梯度洗脱0~2 min,5%~14%B;2~10 min,14%~32%B;10~15 min,32%B。体积流量0.4 mL/min,进样量5μL。通过正、负离子质谱信息,元素组成以及比对对照品或文献中化合物的保留时间和质谱数据等分析化合物信息。结果结合UPLC-Q-TOF-MS提供的化合物准确相对分子质量共鉴定款冬花提取物中34个化合物,包括萜类12个、黄酮类8个、酚酸类7个、苯并吡喃类化合物2个、苯并呋喃类1个、脂肪酮类1个和生物碱3个。结论该方法为款冬花的质量控制及临床的合理应用提供了理论依据,为阐明其药效物质基础提供参考。     

基于网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在活性成分

目的以网络药理学和分子对接法探索肺毒清治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)活性化合物。方法利用中药系统药理学分析平台(TCMSP)获得肺毒清中木蝴蝶、栀子及苦参3味中药相关的成分和作用靶点,通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因;采用STRING平台构建靶点PPI网络;通过DAVID进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析,对核心靶点进行网络拓扑分析,运用Cytoscape 3.7.0构建成分-靶点网络,分析预测其作用机制。肺毒清中核心化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将结合能最低的前3位化合物与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果成分-靶点网络得到269个节点,4204条边,其中包括槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚等50个成分,关键靶点有JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等。GO功能富集分析得到GO条目2 187个(P0.05),其中生物过程(biological process,BP)条目1 877个,细胞组成(cellular component,CC)条目105个,分子功能(molecularfunction,MF)条目205个;KEGG富集筛选得到25条信号通路(P0.05),主要有乙型肝炎通路、致癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、胰腺癌、弓形虫病通路等;木犀草素(-26.78 kJ/mol)、槲皮素(-26.36k J/mol)、去甲脱水淫羊藿黄素(-25.94 kJ/mol)作用于SARS-CoV-2 3CL水解酶的分子对接结合能最低。结论肺毒清的活性化合物通过作用于JUN、AKT1、TP53、PTGS2、FOS、ESR1等靶点,与ACE2结合,调节多条信号通路,对COVID-19有潜在治疗作用。     

款冬花、叶配伍紫菀的肝毒性研究

目的比较款冬花、叶与紫菀配伍后紫菀散的毒性,为款冬叶的资源利用提供依据。方法款冬花、叶分别与紫菀(1∶1)配伍,小鼠连续给药14 d(生药量40 g/kg),通过组织病理、血清生化指标以及基于1H-NMR的代谢组学技术对2个复方的毒性进行比较。结果生化指标和病理学结果显示给药后肝脏发生明显病变;多元统计结合KEGG代谢通路分析确定了血清和肝脏中15个与肝脏毒性相关的生物标志物;从散点图中给药组与对照组的距离及上述生物标志物的变化幅度来看,款冬花、叶配伍的紫菀散虽对机体的代谢影响不同,但未发现款冬叶配伍紫菀后的毒性强于款冬花配伍紫菀后的毒性。结论款冬叶配伍的紫菀散在毒性上与款冬花配伍的紫菀散相当,为款冬叶的资源利用奠定了研究基础。     

基于网络药理学和分子对接的文殊兰抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学筛选文殊兰的主要活性成分及其靶点,探究文殊兰抗肿瘤的潜在作用机制.方法 通过TCMID数据库检索文殊兰的化学成分,再经Batman与Swisstargets并结合相关文献筛选出文殊兰的主要活性成分及其潜在靶点,建立靶点数据;通过GeneCards、NCBI数据库筛选出肿瘤相关靶点;用Cytoscap...