首页 | 本学科首页   官方微博 | 高级检索  
相似文献
 共查询到17条相似文献,搜索用时 250 毫秒
1.
范梦月  刘静  孙蓉 《中草药》2020,51(9):2297-2306
目的筛选藿朴夏苓汤治疗早期新型冠状病毒肺炎(COVID-19)湿邪郁肺证的物质基础,预测其作用机制。方法查阅文献及临床报道分析藿朴夏苓汤与早期COVID-19湿邪郁肺证的方证关系。运用TCMSP数据库筛选藿朴夏苓汤中潜在活性成分,将活性成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接,根据结合能筛选与两者均有较好结合作用的核心成分。借助Cytoscape软件构建关键成分靶点蛋白互作网络,筛选出核心靶点;通过STRING数据库进行核心靶点的GO分析,Cytoscape软件Clue GO插件进行Pathway、KEGG富集分析。结果方证关系分析藿朴夏苓汤用于治疗早期COVID-19湿邪郁肺证,筛选出藿朴夏苓汤中潜在作用成分12个,核心靶点67个。其中通草中的通脱木皂苷元Ⅰ,茯苓、猪苓中的过氧麦角甾醇,半夏中的黄芩苷与SARS-CoV-2 3CL水解酶、ACE2均具有较好的结合活性。GO、Pathway、KEGG富集分析结果显示藿朴夏苓汤中12个潜在作用成分参与调节刺激反应、信号转导、细胞死亡等生物过程以及白介素信号通路、癌症EGFR信号通路...  相似文献   

2.
目的:基于网络药理学及分子对接探讨热毒宁注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)炎症风暴的作用机制。方法:利用TCMSP数据库获取热毒宁注射液的活性成分及对应靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选COVID-19的预测靶点。将药物靶点与疾病靶点映射获取共同靶点,利用String数据库及Cytoscape3.7.2软件构建蛋白质相互作用网络图,通过Metascape数据库进行GO分析及KEGG通路富集分析预测其作用机制。利用Autodock将关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶和血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果:热毒宁注射液-成分-靶点网络图中包含活性成分50个,相应靶点127个;关键靶点涉及IL-6、TNF、CCL2、MAPK1等;GO分析及KEGG富集分析通路得到1 367个,其中主要涉及氧化应激反应通路、MAPK信号通路、趋化因子通路等炎症风暴相关通路等。分子对接结果显示热毒宁注射液关键活性成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶均有较好的结合力,槲皮素、山柰酚、豆甾醇、β-谷甾醇、异鼠李素与ACE2有较好的结合力。结论:热毒宁注射液的槲皮素、山柰酚等关键活性成分通过干预白介素信号通路、趋化因子通路、MAPK信号通路、氧化应激反应等通路发挥抗COVID-19炎症风暴作用。  相似文献   

3.
目的运用网络药理学及分子对接技术分析痰热清胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础及潜在作用机制。方法通过文献检索痰热清胶囊化学成分,运用SwissADME平台对纳入的药物成分根据类药性及口服生物利用度筛选主要活性成分,并借助SwissTargetPrediction平台预测成分靶点信息,运用Cytoscape3.7.0软件构建药物-成分-靶点网络。在GeneCards平台检索冠状病毒肺炎的相关疾病靶点,通过STRING平台对药物成分与疾病的交集靶点构建PPI网络,同时将交集靶点导入Metascape平台获取GO基因功能注释及KEGG富集分析结果。最后借助AutoDock软件将药物成分与COVID-19 3CL水解酶进行对接。结果经筛选获得痰热清胶囊主要活性成分26个,对应靶点293个。PPI核心网络关键靶点15个;GO功能分析获得关键条目50条;KEGG富集分析得到相关信号通路19条;分子对接结果显示熊去氧胆酸、芦丁、鹅去氧胆酸、木樨草苷、汉黄芩苷、黄芩苷与COVID-19 3CL水解酶有较好的亲和力。结论痰热清胶囊主要成分可通过多靶点、多通路治疗新冠肺炎。  相似文献   

4.
范建新  秦雪梅  李震宇 《中草药》2020,51(9):2317-2325
目的采用网络药理学和分子对接法分析款冬花在清肺排毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)中发挥的作用。方法基于课题组前期研究,确定款冬花中的主要成分。采用SwissTargetPrediction和BATMAN-TCM数据库对款冬花主要化学成分的潜在靶点进行整理;在GenCLiP 3和GeneCard数据库搜索COVID-19相关靶点,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制款冬花成分-靶点-疾病网络图;使用String数据库构建靶点PPI网络;通过DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路富集分析;将各成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶和血管紧张素转化酶II(ACE2)进行分子对接。结果款冬花治疗COVID-19的化合物-靶点-疾病网络包含化合物14个、靶点104个、疾病4个。GO功能富集分析得到GO条目444个(P<0.05),其中包括生物过程(BP)条目325个、细胞组成(CC)条目44个、分子功能(MF)条目75个。KEGG通路富集筛选得到94条信号通路(P<0.05)。分子对接结果显示异绿原酸B(3,4-dicaffeoylquini...  相似文献   

5.
目的运用网络药理学和分子对接技术探究芩苏胶囊防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在药效物质。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索出芩苏胶囊中4味药材(黄芩、紫苏子、苦参和丹参)所含有效成分与作用靶点;通过UniProt、GeneCards和OMIM数据库,筛选出COVID-19相关靶点,得到与芩苏胶囊有效成分作用的共同靶点,采用String数据库构建PPI网络;借助Cytoscape3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络;运用DAVID数据库对相关靶点进行GO功能和KEGG通路的富集分析;通过分子对接技术评价"中药-成分-靶点"网络中核心成分与COVID-19的3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果芩苏胶囊"中药-成分-靶点"网络121个化合物和274个相关靶点,包含14个核心化合物和33个核心靶点。GO功能富集分析得到527个条目,主要涉及药物应答、炎症反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等。KEGG路富集共得到111条信号通路,筛选得到20条信号通路,涉及乙型肝炎、甲型流感、肺结核等与病毒感染相关的通路。分子对接表明,芩苏胶囊中14个核心成分与COVID-19的3CL水解酶和ACE2的亲和作用较好。质谱指认出芩苏胶囊中5个成分可能是防治COVID-19的核心成分。黄芩素、汉黄芩素、隐丹参酮、丹参酮ⅡA和木犀草素是芩苏胶囊治疗COVID-19的核心药效物质。结论芩苏胶囊可能通过多成分结合SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2作用于IL-6、TNF和TP53等关键靶点调节多条信号通路,从而对COVID-19起到治疗作用。  相似文献   

6.
目的:基于网络药理学和分子对接技术,探寻黄连解毒汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础和作用机制。方法:利用TCMSP和Stitch及文献资料的检索,得到黄连解毒汤的化学成分和作用靶点。通过Cytoscape 3.3.0构建化合物-靶点网络图,Cludterirofiler对药物与疾病相同靶蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件进行分子对接,根据结合能和药物主要成分选择最佳的结合靶点。结果:研究共筛选出66个化合物和相应靶点239个,关键化合物主要有槲皮素、豆甾醇、山柰酚、汉黄芩素、谷甾醇、黄芩素、甲基黄连碱等,靶点涉及PTGS1、PTGS2、HSP90AA1、PRKACA、SCN5A等。GO功能富集分析生物过程主要集中于氧化应激、脂多糖、细菌的反应和凋亡信号通路的调节等。KEGG通路富集筛选信号通路(P<0.05),涉及糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、疱疹病毒感染、IL-17信号通路、TNF信号通路和甲型流感等。分子对接结果显示小檗碱、槲皮素、黄连碱、黄芩素主要化合物与SARS-CoV-2 3CL水解酶的结合能均高于参照药物的亲和力。结论:黄连解毒汤中的活性化合物能通过与新型冠状病毒3CL水解酶结合作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节,从而有可能对COVID-19有治疗作用。  相似文献   

7.
龚普阳  郭瑜婕  李晓朋  王楠  顾健 《中草药》2020,51(7):1685-1693
目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分...  相似文献   

8.
目的利用网络药理学方法解析参麦注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)合并冠心病的分子网络作用途径。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)和中医百科全书平台(ETCM)收集参麦注射液中红参、麦冬的化学成分;通过SwissTargetPrediction数据库预测化合物的作用靶点;通过NCBI数据库和GeneCards数据库筛选COVID-19及合并症冠心病的靶点;通过DAVID数据库分别进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape 3.7.1软件构建化合物-靶点-通路网络。利用Glide软件对参麦注射液成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)的分子对接。结果参麦注射液中麦冬皂苷D′、麦冬皂苷D、人参皂苷Rg2、麦冬甲基黄烷酮A、麦冬苷元-3-O-新橙皮糖苷、人参皂苷Rb2、人参皂苷R0、Ophiopogon A、三七皂苷Rd、麦冬二氢高异黄酮E、人参皂苷Re在分析中显示了较高的度值,且与SARSCoV-2 3CL水解酶结合力较强,可能是参麦注射液发挥治疗COVID-19合并冠心病的主要药效成分,共涉及到IL6、GAPDH、AL...  相似文献   

9.
目的:基于网络药理学和分子对接研究参附汤防治COVID-19的潜在成分和作用机制。方法:使用TCMSP数据库检索参附汤的主要化学成分和作用靶点。通过Cytoscape构建药物-疾病-靶点网络图;使用DAVID数据库和Cludterirofiler对药物与疾病相同靶蛋白进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。使用Autodock Vina软件进行分子对接,选择最佳的结合靶点。结果:参附汤共筛选出51个潜在主要成分和相应靶点126个,其中23个靶点与COVID-19密切相关;靶点通路富集分析显示参附汤主要作用于癌症途径,单纯疱疹感染,甲型流感,乙型肝炎通路等;分子对接结果显示参附汤中的主要成分靛蓝二聚体(bisindigotin)与SARS-CoV-2的ACE2和3CL水解酶有较好的亲和作用。结论:参附汤可能主要通过调节机体免疫和炎症反应等对COVID-19发挥潜在的防治作用。  相似文献   

10.
目的探寻达原饮治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的活性化合物。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索达原饮中槟榔、厚朴、草果、知母、白芍、黄芩、甘草的化学成分和作用靶点。通过UniProt、GeneCards等数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.2.1构建化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和基于京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,预测其作用机制。结果化合物-靶点网络包含141个化合物和相应靶点267个,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AA1、ESR1、AR、NOS2等。GO功能富集分析得到GO条目522个(P0.05),其中生物过程(BP)条目421个,细胞组成(CC)条目38个,分子功能(MF)条目63个。KEGG通路富集筛选得到25条信号通路(P0.05),涉及小细胞肺癌、非小细胞肺癌、T细胞受体信号通路等。分子对接结果显示槲皮素、山柰酚、黄芩素等核心化合物与COVID-19推荐用药的亲和力相似。结论达原饮中的活性化合物可能通过与血管紧张素转换酶II(ACE2)结合作用于PTGS2、HSP90AA1、ESR1等靶点调节多条信号通路,从而有可能对COVID-19有治疗作用。  相似文献   

11.
郭盛  武文星  谢红  李全  王恒斌  段金廒 《中草药》2020,51(9):2307-2316
目的探索补肺活血胶囊用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19)恢复期治疗的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM、中国知网(CNKI)和Pubmed数据库获得补肺活血胶囊的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,并采用交集法筛选出与补肺活血胶囊活性组分作用的共同靶点,运用Cytoscape 3.7.2构建"中药-化合物-靶点"网络,并通过String数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;通过DAVID数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,并运用R version 3.6.3软件将结果进行可视化;采用AutoDock Tools 1.5.6、AutoDock vina 1.1.2进行分子对接研究。结果从补肺活血胶囊中共筛选出潜在活性成分32个,对应靶点203个,核心化合物11个,核心靶点52个;PPI网络分析获得补肺活血胶囊干预COVID-19关键作用靶点25个;GO及KEGG富集分析得出与补肺活血胶囊治疗COVID-19作用相关的生物过程251个(P<0.05),相关...  相似文献   

12.
目的通过网络药理学及分子对接技术探寻抗病毒颗粒治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法借助TCMSP检索抗病毒颗粒中板蓝根、连翘、石膏、知母、芦根、地黄、广藿香、石菖蒲、郁金的化学成分和作用靶点。通过Uni Prot数据库查询靶点对应的基因,进而运用Cytoscape3.6.1构建药材-化合物-靶点(基因)网络,通过DAVID进行基因本体(GO)功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制,将药材-化合物-靶点网络中排名前15的成分与新型冠状病毒(SARS-Co V-2)3CL水解酶进行分子对接,同时将比枯枯灵、木犀草素、槲皮素与血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)进行分子对接。结果药材-化合物-靶点(基因)网络包含药材8个、化合物75个、靶点255个。GO功能富集分析得到GO条目161个(P0.05),其中生物过程(BP)条目65个,细胞组成(CC)条目36个,分子功能(MF)条目60个。KEGG通路富集筛选得到131条信号通路(P0.05)。分子对接结果显示抗病毒颗粒中比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等核心活性化合物与SARS-Co V-23CL水解酶的亲和力与临床推荐化学药相似。结论抗病毒颗粒中的活性化合物比枯枯灵、木犀草素、槲皮素等能通过与ACE2结合作用于PTGS2、HSP90AB1、PTGS1等靶点调节多条信号通路,从而可能发挥对COVID-19的治疗作用。  相似文献   

13.
目的采用网络药理学与分子对接法探索疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在作用机制与活性成分。方法借助TCMSP数据库检索疏风解毒胶囊组成药材板蓝根、虎杖、连翘、芦根、败酱草、马鞭草、柴胡、甘草的化学成分和作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库剔除可能性为0的靶点。以"冠状病毒(coronavirus)""肺炎(pneumonia)""咳嗽(cough)""发热(fever)"为检索词在GeneCards及OMIM数据库中检索疾病相应靶点。通过Uniprot数据库校正靶点名称,取疏风解毒胶囊与疾病靶点交集,进而运用Cytoscape 3.7.2软件构建中药-化合物-靶点网络进行可视化,通过DAVID数据库进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测交集靶点作用机制,并绘制柱状图及气泡图进行可视化。然后将所有化合物与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行对接,选取结合能最小的前5个化合物与血管紧张素转化酶II(ACE2)进行对接。结果中药-化合物-靶点网络包含了8种中药,157个化合物和相应靶点260个,关键靶点涉及PTGS2、...  相似文献   

14.
目的通过网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)及中医整合药理学研究平台V2.0(TCMIP V2.0)获得三仁汤君药(苦杏仁、白蔻仁、薏苡仁)全部化学成分并筛选,结合相关文献筛得主要活性成分。借助Uni Port数据库查询活性成分对应靶标蛋白,Cytoscape3.7.2构建成分-靶点网络。通过STRING网站构建PPI蛋白互作网络,运用cytoHubba分析关键子网络。CTD数据库对三仁汤君药活性成分靶蛋白进行GO、KEGG富集分析。以三仁汤君药活性成分及洛匹那韦等相关化学药物为配体,通过CB-Dock网站分别与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶进行分子对接。结果三仁汤君药共有39个活性成分,对应有效靶标168个。GO功能富集分析筛得生物学过程(BP)、细胞组成(CC)、分子功能(MF)分别为25条、14条及2条。KEGG富集筛得先天免疫系统(innate immune system)、免疫系统中的细胞因子信号转导(cytokine signaling in immune s...  相似文献   

15.
目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪-紫苏子配伍治疗慢性阻塞性肺疾病(COPD)的主要化学成分、可能的作用靶点以及相关信号通路,探讨其多成分-多靶点-多通路的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库检索黄芪-紫苏子的化学成分;运用PubChem数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选其潜在靶点;借助GeneCards数据库检索COPD相关靶点,与黄芪-紫苏子化合物靶点进行交集筛选出共同靶点作为研究靶点;使用Cytoscape3.2.1软件构建“中药-化学成分-靶点-疾病”网络;将上述共同靶点导入String数据库获取数据后在Cytoscape3.2.1软件中构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),然后进行核心靶点筛选;利用Metascape数据库进行GO和KEGG通路富集分析;使用RCSB PDB数据库、Pymol和Autodock Vina软件进行分子对接;采用A549细胞进行体外活性实验评价槲皮素和异鼠李素的抗炎作用,验证网络药理学及分子对接结果的科学准确性。结果 黄芪-紫苏子的“中药-化学成分-靶点-疾病”网络包含34个化学成分和74个治疗COPD的潜在靶点,其核心化学成分主要为黄酮类化合物;另PPI网络中核心靶点主要涉及ALB、TP53、AKT1等;GO功能富集得到GOBP条目1841条,GOCC条目109条,GOMF条目105条;KEGG通路富集筛选得到130条信号通路,其中靶点在AGE-RAGE信号通路、PI3K-AKT 信号通路和HIF-1信号通路等富集较为集中。分子对接结果显示,黄芪和紫苏子的核心化合物中的黄芪异黄烷苷、木犀草素、槲皮素以及异鼠李素等黄酮类成分对ALB具有较高亲和力。体外活性验证中槲皮素和异鼠李素具有显著的抗炎活性。结论 黄芪-紫苏子配伍可通过多成分、多靶点和多通路调控炎症因子释放,达到治疗COPD的效果,为其分子机制研究奠定一定的基础。  相似文献   

16.
许嘉慧  薛艳  张炜  陆灏 《中草药》2020,51(8):2015-2023
目的探讨疏风解毒胶囊治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子机制。方法借助中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索疏风解毒胶囊有效活性成分及作用靶点。运用GeneGards等数据库对疾病靶点进行筛选,使用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络和蛋白互作(PPI)网络,通过DAVID数据库对靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果共得到疏风解毒胶囊有效活性成分共207个,其中作用于COVID-19的60个活性成分可通过46个潜在靶标作用于COVID-19。富集得到GO中1 343个生物过程条目和6条KEGG通路,涉及内分泌抵抗、MAPK信号通路、精氨酸生物合成路径等。结论疏风解毒胶囊主要通过黄酮类和植物甾醇类活性成分调节IL6、IL1B、CCL2、MAPK8、MAPK1、MAPK14、CASP3、FOS、ALB等关键靶点,调控炎症反应、氧化应激损伤、细胞凋亡、肺纤维化增生等过程减轻肺损伤来治疗COVID-19。  相似文献   

17.
目的采用网络药理学方法从"湿邪"角度探讨中医药治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的作用机制。方法用Cytoscape软件构建《新型冠状病毒肺炎诊疗方案(试行第七版)》中治疗COVID-19轻型和普通型阶段4个方剂寒湿郁肺方、湿热蕴肺方、寒湿阻肺方、湿毒郁肺方的"方剂-中药"网络;利用TCMSP数据库预测筛选相关中药的有效活性成分并分别整理出每个方剂的成分;借助Omic Share平台绘制4个方剂成分的韦恩图;在Swiss Target Prediction平台预测各方剂共有成分的靶点,并在GeneCards数据库获取COVID-19相关靶点,将二者绘制为韦恩图,筛选出共有靶点;用STRING平台分析共有靶点和血管紧张素转化酶II(ACE2)的蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络;用DAVID数据库对共有靶点进行KEGG通路和GO富集分析,以及所有预测靶点与HIV病毒蛋白的相互作用分析;通过OmicShare平台和Cytoscape软件对结果进行可视化处理。结果筛选出4个方剂的22个共有成分,预测到的268个靶点中有31个与COVID-19相关,其中3个靶点与ACE2有直接的相互作用,...  相似文献   

设为首页 | 免责声明 | 关于勤云 | 加入收藏

Copyright©北京勤云科技发展有限公司  京ICP备09084417号