幽门螺杆菌NCTC11637、NCTC11639毒素相关基因A的克隆、序列分析及真核表达载体的构建

目的克隆幽门螺杆菌毒素相关基因A(cytotoxin-associated gene A,CagA)全长序列并进行序列分析,构建表达CagA的真核表达载体,研究CagA调控胃泌素基因的表达。方法PCR扩增出CagA基因全长片段后构建克隆载体pMD18-T/CagA7和pMD18-T/CagA9,测序结果登录GenBank,登录号分别为GQ161098(NCTC11637)和GQ161099(NCTC11639),用测序后筛选的PstI和BamHI内切酶将原核载体上的CagA基因酶切后连接到pcDNA3.1/ZEO(-)真核表达载体上,构建真核表达载体pcDNA3.1ZEO(-)/CagA7和pcDNA3.1ZEO(-)/CagA9,并经双酶切和CagA PCR扩增鉴定,最后转染胃癌细胞,检测胃癌细胞中胃泌素基因的表达。结果序列比对结果显示NCTC11637和NCTC11637 CagA的同源性为88.77%,NCTC11637与已收录的NCTC11637(AB015416)同源性为99.22%,序列分析显示两者均有两个Ca-gA酪氨酸磷酸化位点,转染细胞后CagA上调胃泌素基因的表达。结论成功克隆了CagA全长基因,并构建了含CagA全长基因的真核表达载体,在胃癌细胞内上调了胃泌素基因的表达。     

幽门螺杆菌黏附素基因alpA的克隆及序列分析

目的　获取幽门螺杆菌黏附素基因alpA ,并将它克隆到质粒 pET - 2 2b(+)中进行核苷酸序列分析。 方法　利用PCR技术扩增alpA ,并将其定向插入pET - 2 2b(+)载体中通过DNA序列分析仪进行核苷酸分析。 结果　DNA序列分析表明 ,所克隆的alpA基因序列与GenBank公布的基本一致。 结论　本研究获得了序列正确的alpA基因 ,为其重组表达及其相关研究奠定了良好基础。     

幽门螺杆菌vacA基因毒性相关片段的克隆及序列分析

目的 vacA基因编码的蛋白是幽门螺杆菌的一个重要毒力因子,通过空泡化作用损伤上皮细胞.vacA基因与Hp感染者的临床发病有着密切的关系,vacA的基因型决定毒素蛋白体外表达水平的高低.我们从幽门螺杆菌88022菌株中扩增出vacA基因毒性相关片段,进行序列测定和序列比较分析,为Hp的临床检测奠定基础.方法以该菌株总DNA为模板,紧随vacA基因序列s区保守区域的引物(位于316bp～335bp和1198bp～1218bp)扩增vacA基因的一个903bp片段,编码的氨基酸为34～334位,用BamHⅠ和Pst Ⅰ双酶切后克隆入pGEM-3Zf(-)质粒载体,以双脱氧法双向测定目的片段的序列,拼接出该片段的全序列,并与已知的Hp vacA基因序列作比较.结果所得序列与Hp国际标准株CCUG17874(GeneBank gi619248)和NCTC11638(GeneBank gi 495469)的vacA基因序列完全一致,氨基酸序列分析和所报道的结果一致.结论构建了Hp vacA基因毒性相关片段的重组克隆,为以后的进一步研究奠定了基础.     

幽门螺杆菌尿素通道蛋白基因ureI的检测、克隆及序列分析

目的:检测镇江地区幽门螺杆菌(Helicobacterpylori,H pylori)尿素通道蛋白基因ureI,并进行克隆和序列分析.方法:从胃十二指肠疾病患者胃黏膜组织中分离培养获得60例H pylori,PCR扩增检测ureI基因,部分菌株的ureI基因克隆至pMD18-T载体上,进行测序和序列分析.结果:60例H pylori菌株的ureI检出率为100%,成功克隆了8株来源于慢性胃炎、消化性溃疡和胃癌的H pylori菌株ureI并进行了序列分析.结果表明不同来源H pylori菌株之间ureI核苷酸和氨基酸序列同源性均高达95.6%以上.结论:ureI基因在H pylori中高度保守,可以作为鉴定H pylori的分子诊断标志.     

幽门螺杆菌过氧化氢酶基因的克隆、高效表达及活性评价

目的：构建高效表达幽门螺杆菌（Hp）过氧化氢酶重组蛋白的候选菌株并测定其活性。方法：用PCR方法从Hp染色体DNA上扩增过氧化氢酶基因，将其定向插入表达pET-22b(＋），并在BL21（DE3）大肠杆菌中表达，进一步利用贝尔斯－西策尔斯法测定其活性。结果：DNA序列分析表明，所克隆的过氧化氢酶基因序列与基因库公布的一致。在37℃诱导表达3h后，过氧化氢酶重组蛋白表达量占苗体总蛋白的24．4％，并显示了良好的活性。结论：本研究获得了表达高活性Hp过氧化氢酶的克隆，为深入研究其相关功能奠定了良好基因。     

幽门螺杆菌lpp20基因的克隆与表达

目的克隆及表达幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)lpp20基因,为探索高效的防治幽门螺杆菌感染的疫苗抗原和诊断抗原奠定基础.方法用PCR方法从幽门螺杆菌的染色体DNA上扩增出lpp20基因片段,将目的基因插入的表达载体pMAL-C2X中,用重组质粒转化大肠杆菌(E.coli TB1),并在E.coli TB1中进行表达.用SDS-PAGE方法对表达产物进行分析.结果用PCR方法扩增的lpp20基因长度约为540 bp;经酶切、PCR和测序分析,插入到载体的基因片段与文献报道的基因序列一致;SDS-PAGE的结果显示,目的基因表达产物的相对分子质量为18k1Da,融合蛋白的表达量占全菌总蛋白的34%.结论本研究中构建的pMAL-C2X与lpp20基因重组质粒在E coli TB1中能够高效表达目的基因.该重组子的构建为幽门螺杆菌lpp20基因的研究建立了重要的基础.     

幽门螺杆菌上皮接触诱导基因iceA1的克隆及序列特征

目的:克隆和分析镇江地区来源于不同疾病的(胃癌、溃疡和胃炎)幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)的表皮接触诱导基因iceA1.方法:从胃十二指肠疾病患者胃黏膜组织中分离培养获得H.pylori,PCR扩增检测iceA1基因,并克隆至pMD18-T载体上,进行测序和序列分析.结果:克隆和测序了镇江地区来源于不同疾病的(胃癌、溃疡和胃炎)共12株H.pylori的i c e A1基因片段,并与标准菌株60190比对,结果显示镇江地区的H.pylori的iceA1基因中存在着3处框内缺失突变热点(780del6、809del5、914del7),这些缺失突变在溃疡和胃炎中均存在,但是胃癌株只存在809del5.对缺失片段周围的序列进行分析,这些缺失序列的两端基本都与同向重复序列相连,这可能与复制过程中滑动错配的小片段缺失模型有关.结论:iceA1序列的变异性有可能作为分析H.pylori群体遗传学的有用工具.     

幽门螺杆菌1pp20基因的克隆与表达

目的 克隆及表达幽门螺杆菌（Helicobacter pylori)lpp20基因，为探索高效的防治幽门螺杆菌感染的疫苗抗原和诊断抗原奠定基础。方法 用PCR方法从幽门螺杆菌的染色体DNA上扩增出lpp20基因片段，将目的基因插入的表达载体pMAL-C2X中，用重组质粒转化大肠杆菌（E.coli TB1），并在E.coli TB1中进行表达。用SDS-PAGE方法对表达产物进行分析。结果 用PCR方法扩增的lpp20基因长度约为540bp；经酶切、PCR和测序分析，插入到载体的基因片段与文献报道的基因序列一致；SDS-PAGE的结果显示，目的基因表达产物的相对分子质量为18kDa，融合蛋白的表达量占全菌总蛋白的34%。结论 本研究中构建的pAML-C2X与lpp20基因重组质粒在E.coli TB1中能够高效表达目的基因。该重组子的构建为幽门螺杆菌lpp20基因的研究建立了重要的基础。     

幽门螺杆菌基因hpaA克隆、融合表达和鉴定

目的克隆幽门螺杆菌粘附素基因hpaA,构建幽门螺杆菌hpaA基因与麦芽糖结合蛋白基因融合表达载体,并进行诱导表达,鉴定融合蛋白免疫原性,为幽门螺杆菌疫苗研究提供依据。方法利用PCR技术从H.pylori郑州分离株MEL-HP27染色体DNA上扩增出hpaA基因,序列分析后,将其克隆到表达载体pMAL-c2X中,转化大肠杆菌(E.coliTB1),用IPTG诱导目的基因表达,SDS-PAGE方法对表达产物进行分析,Western blot鉴定其免疫原性。结果用PCR方法扩增的hpaA基因长度为783bp,编码260个氨基酸,经酶切鉴定和测序,插入到克隆载体的基因片段与预期目的DNA片段相一致;SDS-PAGE结果显示表达产物相对分子质量约为29kDa,融合蛋白的表达量约占全菌总蛋白的26%。结论本研究成功构建了hpaA基因与麦芽糖结合蛋白基因融合原核表达系统,为幽门螺杆菌基因工程组分疫苗的研究奠定基础。     

幽门螺杆菌HSPB基因的克隆与序列分析

幽门螺杆菌(Hp)的研究已普遍受到关注。毒力因子中,目前研究的一个热点是热休克蛋白(heat shock protein,HSP)。已知所有的Hp菌株都产生HSP,它作为分子伴侣对于Hp的生存及其致病具有重要作用。HSP位于细菌表面,具有较强的免疫原性,抗HSP免疫反应可使机体产生保护性免疫,因而存在着发展为疫苗成分的可能性。目前在我国对于Hp的HSP研究较少。因此,克隆中国菌株的HSPB基因,阐明其基因结构特征,对于研究它的生物学功能及探索其基因产物作为疫苗成分的价值有重要意义。 1 材料和方法 1.1 材料 pGEM-T克隆载体、DNA Clean Up System为Promega产品;大肠杆菌JM109、Taq DNA聚合酶购自华美生物工程公司。实验所用Hp菌株CAPMN62株由本实验室中国     

幽门螺杆菌中国株cagA全长基因克隆及其分子特征分析

目的克隆幽门螺杆菌中国株MEL-Hp 27cagA全长基因,并进行分子特征分析。方法参考Hp26695基因组序列,分别针对cagA基因编码区保守序列和位于cagA基因上、下游的基因序列设计两对PCR引物,交叉分段扩增包括cagA基因编码区、5′、3′非编码区在内的全长基因序列,并对cagA基因调控序列、编码序列及源自中国的CagA分子EPIYA基序分布特点进行分析。结果Hp27cagA基因编码区长3510bp,编码1169个氨基酸。5′端非编码区长649bp,-10区、-35区分别位于起始密码子ATG上游89bp和154bp处,3′端非编码区长476bp。Hp27cagA基因编码区核苷酸序列与东亚菌株同源性为96%,与西方菌株的同源性仅为86%左右。Hp27CagA分子存在典型的EPIYA基序,属于ABD型,与国际参考株NCTC11637的AB-CCC型不同。比较源自中国的HpCagA序列的EPIYA基序分布特点,未发现中国Hp分离株之间存在CagAEPIYA基序与疾病结局(胃癌、慢性胃炎和十二指肠溃疡)的聚类关系。结论成功克隆幽门螺杆菌全长ca-gA基因;cagA基因编码区及非编码区序列存在东西方差异;未发现中国Hp分离株之间存在CagA EPIYA基序与疾病结局的聚类关系。     

幽门螺杆菌尿素酶B亚单位编码基因的克隆与序列分析

目的 幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)尿素酶B亚单位的编码基因(ureB)的克隆和序列分析，为H．pylori基因工程疫苗的研究奠定基础。方法应用PCR方法获得国内分离H．pylori菌株MEI，HP27和国际标准参考株H．pylori的ureB基因，通过定向克隆的方法分别插入克隆载体pNEB193中，用质粒酶切电泳和特异PCR方法鉴定重组质粒。克隆基因经测序后进行核苷酸和氨基酸的同源性比较。结果 重组质粒经双酶切后得到1．71kb的ureB基因片段，特异PCR可扩增出ureB基因片段，证实H．pylori ureB基因的重组克隆质粒构建成功。经测序，国内分离H．pylori MEL-HP27的ureB基因全长1710bp( Genbank收录号：AY295085)，编码由569个氨基酸残基组成的肽链，ureB基因序列与GenBank公布的H．pylori相应基因同源性高达96．08％～98．30％，氨基酸序列同源性在98．77％．99．82％之间。结论 成功克隆了MEL-HP27菌株的ureB基因，其核苷酸序列与国际参考株NCTC11637的同源性为97．67％。     

幽门螺杆菌热休克蛋白A亚单位编码基因的克隆与序列分析

目的 幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)热休克蛋白A亚单位的编码基因(hspA)克隆和序列分析，为H.pyiori基因工程疫苗的研究奠定基础。方法 应用PCR方法获得国内分离H.pylori菌株MEI，HP27和国际标准参考株H.pylori的hspA基因，通过定向克隆的方法分别插入克隆载体pNEB193中，用质粒酶切电泳和特异PCR方法鉴定重组质粒。克隆基因经测序后进行核苷酸和氨基酸的同源性比较。结果 重组质粒经双酶切后得到0．35kb的hspA基因片段，特异PCR可扩增出hspA基因片段，证实H.pylori hspA基因的重组克隆质粒构建成功。经测序，国内分离HpMEL-HP27的hspA基因全长357bp(Genbank收录号：AY295084)，编码由118个氨基酸残基组成的肽链，hspA基因序列与GenBank公布的H.pylorl相应基因同源性高达95．20％～97．48％，氨基酸序列同源性在95．76％～97．46％之间。结论 克隆了H．pylori菌株MEL-HP27的hspA基因，其核酸序列与国际参考株NCTC11637同源性为97．48％。     

幽门螺杆菌脂蛋白基因的克隆和生物信息学分析

目的完成幽门螺杆菌(Hp)郑州分离株MEL-HP27脂蛋白(lipoprotein)基因lpp20的克隆和测序;分析该基因序列的变异性和表达蛋白的化学及免疫学特征,为Hp疫苗抗原的筛选奠定基础。方法用PCR方法从MEL-HP27的染色体DNA中扩增lpp20基因片段,将其与载体pNEB193连接后,用于转化大肠杆菌JM109,通过酶切和测序鉴定重组质粒。应用生物信息学软件Omiga2.0、GeneDoc2.3和GenBank、Swiss-port数据库对7个Hp菌株(MEL-HP27、60190、Chongqing、CH-CTX1、J99、17874、26695)的lpp20基因序列进行同源性比较,并对该基因编码蛋白的主要化学特征和抗原结构域进行分析。结果Hplpp20基因的核苷酸序列长度为528bp,不同菌株间的同源性为96.0%~98.1%。lpp20基因编码的氨基酸序列长度为175aa,不同菌株间的同源性为98.3%~100%。MEL-HP27lpp20表达蛋白的分子量为19.122kDa,等电点为9.950,具有2个抗原性结构域。结论Hplpp20基因的核苷酸序列和对应的氨基酸序列均具有较高的保守性,但保守性低于100%,采用该基因表达蛋白作为疫苗和诊断抗原时,有必要考虑人群感染的优势菌株的遗传特征,以提高免疫保护的覆盖率和免疫诊断的敏感性。Hplpp20基因编码的蛋白具有典型抗原分子的结构特征,有望成为Hp疫苗候选抗原。     

幽门螺杆菌临床株粘附素HapA基因的克隆表达及在诊断中的价值

目的　构建表达幽门螺杆菌临床株粘附素 (HpaA)的重组质粒 ,在大肠杆菌中表达获得重组蛋白 ,探讨重组蛋白作为Hp抗原在感染诊断中的价值。 方法　用PCR方法从幽门螺杆菌临床株DNA中扩增HpaA基因片段。克隆及序列分析后在大肠杆菌中进行高效表达 ,表达产物经纯化和Westernblot鉴定后 ,作为Hp抗原 ,ELISA法对 10 0例临床标本进行相应抗体检测 ,并与细菌培养、组织学染色和快速尿素酶试验比较来评价其应用的可行性。结果　经酶切、测序分析插入的基因片段全长 783bp ,与基因文库中的粘附素基因同源性达 98 87%。表达蛋白经SDS -PAGE分析 ,相对分子量 (Mr)约为 300 0 0 ,可溶性表达占全菌的 4 1 6 7%以上 ,经亲和层析后可获得纯度为 90 %以上的重组蛋白。Westernblot证实了其免疫反应性。通过对临床病例的检测结果显示细菌培养、组织学染色、快速尿素酶试验和HpaA抗体检测的敏感性、特异性和准确性分别为 10 0 0 %和 80 9% ;10 0 0 % ;和 90 5 % ;90 5 %和 85 8% ;93 3%和 85 9% ,相差不多。结论　HpaA能在大肠杆菌中高效表达 ,具有较强的免疫反应性 ,作为检测试剂敏感性和特异性均较好 ,有望成为Hp新的非侵入性的检测方法。     

Clinical implications and prevalence of cagA,cagE and cagT genes in the pathogenicity island of Helicobacter pylori strains isolated from Shanghai patients

OBJECTIVE : The cag pathogenicity island (cag PAI) has been reported to be the major factor controlling the virulence of Helicobacter pylori and has been associated with clinical outcome after H. pylori infection. The role of cag PAI genes in the pathogenicity of H. pylori infection remains to be established. The aim of the present study was to investigate: (i) the prevalence of cagA, cagE and cagT, the representative genes of cag PAI status, in H. pylori strains isolated from patients with various gastroduodenal diseases in the Shanghai region; and (ii) the relationship between the presence of these genes and different gastroduodenal diseases. METHODS : Ninety‐nine H. pylori strains were isolated from patients with chronic superficial gastritis (17), chronic atrophic gastritis (21), gastric ulcers (19), duodenal ulcers (23) and gastric cancer (19). The prevalence of the cagA, cagE, and cagT genes was studied in these strains by using the polymerase chain reaction (PCR) method. RESULTS : The total prevalences of cagA, cagE and cagT genes were 84.8, 99 and 84.8%, respectively, in the 99 strains of H. pylori tested. There was no significant difference in the prevalence of cagA, cagE or cagT in H. pylori isolated from different gastroduodenal diseases (all P > 0.05). Of the 98 cagE‐positive isolates, 14 (14.3%) were cagA negative. Only one of 99 isolates was negative for both cagE and cagA. Of the 84 cagT‐positive strains, two were cagA negative. CONCLUSIONS : Most of the H. pylori isolates in the Shanghai region may have intact cag PAI. It was found that cagE, but not cagA, could be used as a marker for the presence of cag PAI. There is no correlation between the integrity of cag PAI and the clinical outcome after infection with H. pylori.     

幽门螺杆菌47kDa微孔蛋白基因的克隆表达及特性鉴定

目的对人幽门螺杆菌(H.pylori)编码47kDa外膜微孔蛋白基因omp47克隆表达及特性鉴定,探索研制H.pylori疫苗的新途径。方法培养和收集H.pylori标准菌株NTTC11637及临床菌株,采用酚∶氯仿抽提、纯化基因组DNA。设计上下游引物,并以该基因组为模板,采用聚合酶链反应(PCR)扩增omp47基因片断。将目的基因和与克隆载体PGEM-T连接后,转化至E.coli DH5α及BL21,碱裂解提取质粒经BamHI和XhoI双酶切鉴定并进行序列分析。重组蛋白采用IPTG诱导表达后,经SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)鉴定、镍亲和层析纯化检测抗原活性。结果经酶切、测序分析表明,插入的基因片断为1284bp,编码427个氨基酸。与GenBank公布的H.pylori标准株26695、43504及J99序列比对,核苷酸同源性高达94%~96%,编码氨基酸同源性96%~99%。经SDS-PAGE检测,电泳图谱上显示一条相对分子量为47kda的新生蛋白带。Western blot检测表明重组蛋白有较好的抗原性。结论成功克隆了外膜微孔蛋白OMP47的编码基因,为H.pylori疫苗的研制和试剂盒的开发奠定了良好的基础。