Linc00052基因在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

目的:探究非小细胞肺癌(NSCLC)组织及其细胞系内基因长链非编码RNA00052(long intergenic non-coding RNA 00052,Linc00052)的表达水平,以及Linc00052在肺癌中的临床意义、作用机制及与患者预后的相关性。方法:利用逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)检测正常肺细胞系与肺癌细胞系之间Linc00052表达水平的差异,肺癌组织与癌旁组织之间Linc00052表达水平的差异,并分析Linc00052与肺癌临床病理特征的相关性,Kaplan-Meier生存曲线分析Linc00052与肺癌预后之间的相关性。在A549细胞系中过表达Linc00052,采用MTT实验检测过表达Linc00052前后细胞增殖变化,并采用qRT-PCR检测miR-330-3p表达变化。结果:肺癌细胞系较正常肺细胞系中Linc00052明显低表达,同时肺癌组织比癌旁组织中Linc00052明显低表达(P＜0.01);Linc00052的表达与肿瘤的分化程度（P=0.02）、淋巴结转移（P=0.002）、远处转移（P=0.005）和临床分期（P=0.001）有关。肺癌的Linc00052表达水平减低与肺癌患者的预后不良有关（P＜0.05）。过表达Linc00052后可显著抑制细胞增殖（P＜0.05）,qRT-PCR结果证实,过表达Linc00052可显著下调miR-330-3p mRNA的表达水平（P＜0.05）。结论:Linc00052在肺癌组织中表达下调,并与肺癌的发生发展及预后密切相关,Linc00052有可能通过负调控miR-330-3p在肺癌中发挥抑癌作用。     

Linc00673基因在非小细胞肺癌中的表达及临床意义

目的:本研究阐明了非小细胞肺癌（NSCLC）组织及其细胞系内基因长链非编码RNA00673(long intergenic non-coding RNA,LincRNA00673)的表达水平,以及Linc00673 在肺癌中的临床意义及与患者预后的相关性。方法:利用逆转录-聚合酶链反应(qRT-PCR)的实验方法,检测正常肺细胞系与肺癌细胞系之间及肺癌组织与癌旁组织之间Linc00673 的表达水平差异,并分析Linc00673 与肺癌临床病理特征及预后之间的相关性。结果:肺癌细胞系比正常肺细胞系中的Linc00673的表达明显升高,同时肺癌组织比癌旁组织中的Linc00673 明显高表达(P＜0.01);Linc00673的表达与肿瘤的分化程度（P=0.002）、淋巴结转移（P=0.001）、远处转移（P=0.005）和临床分期（P=0.001）相关。并且在吸烟的肺癌患者中Linc00673的表达水平高于非吸烟肺癌患者。肺癌的Linc00673表达水平增高与肺癌患者的预后不良相关（P＜0.01）。结论:Linc00673 的表达与肺癌的发生发展及预后密切相关,有可能成为一个具有特异性的预测性肿瘤分子标志物。     

血清LncRNA ANCR、LncRNA LINC00355与非小细胞肺癌临床病理特征及预后的关系

目的 探讨血清LncRNA抗分化非编码RNA(LncRNA ANCR)、长链非编码LINC00355(LncRNA LINC00355)表达水平与非小细胞肺癌(NSCLC)临床病理特征及预后生存的关系.方法 选择104例NSCLC患者及65例体检健康人员,并分别作为NSCLC组和对照组,RT-PCR检测两组血清ANCR...     

Linc00961在恶性黑素瘤中表达及其对细胞侵袭及转移的影响

目的:检测潜在长链非编码RNA Linc00961在恶性黑素瘤组织及细胞中的表达,及其对恶性黑素瘤A375细胞迁移和侵袭能力的影响。方法:采用聚合酶链式反应方法检测恶性黑素瘤组织及细胞中Linc00961的表达水平;分析Linc00961在不同TNM分期恶性黑素瘤组织中的表达;构建Linc00961过表达慢病毒质粒上调A375细胞中Linc00961表达,细胞划痕实验检测Linc00961对A375细胞迁移距离的影响,Transwell实验检测Linc00961对A375细胞迁移侵袭的影响。结果:Linc00961在恶性黑素瘤组织及A375细胞中的表达低于良性痣及正常黑素HEMa-LP细胞。TNM IV期恶性黑素瘤组织中的Linc00961表达水平显著低于TNM I、II、III期。过表达A375细胞中Linc00961后,细胞迁移距离降低,细胞迁移及侵袭数目减少（P<0.05）。结论:Linc00961在恶性黑素瘤组织及细胞中低表达,并可抑制恶性黑素瘤细胞迁移及侵袭。     

长链非编码RNA Linc00152在泛癌中表达、预后及功能研究

目的 分析Linc00152在泛癌不同组织中表达差异及其表达情况与肿瘤的恶性程度及患者预后的关系,并探究Linc00152在不同类型癌细胞中相关功能。方法 选取33例乳腺标本进行RNA-Seq,用qPCR方法检测50对乳腺癌组织和正常组织Linc00152的表达,结合GEO和TCGA数据库,分析Linc00152表达与乳腺癌恶性程度及患者预后的相关性;分析Linc00152在不同类型癌症、不同分期和分级中的表达情况。采用MDA-MB-231乳腺癌细胞系、SGC-7901胃癌细胞系、786-O肾癌细胞系进行细胞增殖能力、细胞凋亡和细胞迁移侵袭能力检测。结果 Linc00152在乳腺癌组织高表达(P＜0.001),在HER2阳性和三阴性乳腺癌中Linc00152表达更高(P＜0.0001);Linc00152高表达的乳腺癌患者无事件生存期和无转移生存期较差(P＜0.001;P＜0.01);敲降Linc00152后细胞增殖、迁移、侵袭能力降低,细胞凋亡增加(P＜0.05)。结论 Linc00152在恶性肿瘤中具有促癌作用,可能是潜在的治疗靶点。     

Linc00704对结直肠癌细胞增殖、迁移及侵袭的影响

目的 探讨Linc00704（long non-coding RNA 00704）对结直肠癌细胞增殖、迁移和侵袭能力的影响。方法 RT-qPCR检测配对结直肠癌及癌旁正常组织、结直肠癌细胞和正常永生化人结肠上皮细胞系FHC中Linc00704 mRNA的表达。反义寡核苷酸（antisenseoligonucleotide,ASO）转染结直肠癌细胞构建Linc00704低表达细胞模型,慢病毒感染结直肠癌细胞构建Linc00704过表达细胞模型,RT-qPCR检测转染效率;CCK-8实验检测细胞增殖能力,Transwell实验检测细胞迁移及侵袭能力。结果 相比癌旁组织,Linc00704在结直肠癌组织中表达降低（t=4.103,P<0.001）。8种结直肠癌细胞系中有6种细胞系（RKO、HCT15、NCI-H716、SW480、SW1463、SW48）Linc00704的表达较FHC细胞低（F=44.750,P<0.001）。沉默 Linc00704表达可促进Caco-2、DLD-1细胞迁移和侵袭能力（均P<0.01）,但对增殖无明显影响（均P>0.05）。过表达Linc00704可抑制RKO、HCT15细胞迁移和侵袭能力（均P＜0.001）,但对增殖无明显影响（均P>0.05）。结论 Linc00704在结直肠癌组织中呈低表达,过表达Linc00704可抑制结直肠癌细胞迁移和侵袭能力。     

结肠癌实质细胞长标签基因表达系列分析文库的建立及应用

目的:应用长标签基因表达系列分析(long serial analysis of gene expression,LongSAGE)技术定量分析结肠癌实质细胞转录组,并筛选肿瘤相关基因.方法:应用激光捕获显微切割(laser capture microdissection,LCM)、RNA提取和线性扩增方法得到结肠癌实质细胞及其相应正常结肠上皮细胞的反义RNA(antisense RNA,aRNA)样品,构建LongSAGE文库;然后应用SAGE2000软件对所得序列文本进行分析,筛选肿瘤相关基因;最后采用RT-PCR方法验证该差异表达基因.结果: 结肠癌细胞LongSAGE文库标签体总数为50 542个,识别出基因总数为16 497个.正常结肠细胞LongSAGE文库标签体总数为50 124个,识别出基因总数为16 417个.LongSAGE文库筛选出结肠癌差异表达基因705个(P＜0.05).转化生长因子β诱导基因(transforming growth factor β-induced gene,TGFBI)为LongSAGE文库筛选出的结肠癌相关基因,RT-PCR检测验证了其在结肠癌组织标本中表达上调.结论:LCM-LongSAGE是对结肠癌实质细胞进行定量转录组研究的可行流程.     

Nucleophosmin/B23对结肠癌侵袭能力的影响

目的:探讨核仁磷酸蛋白(Nucleophosmin/B23)在人结肠癌组织中的表达及对人结肠癌细胞侵袭能力的影响.方法:选取2000年6月至2005年10月就诊于天津医科大学附属肿瘤医院结肠癌患者31例,并收集其肿瘤组织、对应的癌旁组织和转移淋巴结组织,采用免疫组织化学染色方法检测B23的表达情况.采用Western blotting 技术检测不同结肠癌细胞系中B23的表达情况,利用小干扰RNA技术下调B23在结肠癌细胞中的表达,利用Transwell侵袭实验观察B23表达下降对结肠癌细胞侵袭能力的影响.结果:免疫组织化学染色显示B23在结肠癌组织的表达高于结肠癌旁组织表达(P=0.001 6),在转移淋巴结中的表达高于结肠癌旁组织(P=0.000 7),差异有统计学意义.Western blotting证实在转染B23特异性小干扰RNA的结肠癌细胞HCT116中B23的表达明显下降,同时明显抑制结肠癌细胞的侵袭能力.结论:B23在结肠癌和转移淋巴结中高表达,且能影响结肠癌细胞的侵袭能力.提示B23可能在结肠癌的发生、进展和浸润转移中起调节作用.     

CD44v3短发夹RNA对透明质酸诱导人结肠癌SW480细胞体外粘附和侵袭的抑制作用

目的:研究CD44v3的短发夹RNA(short hairpin RNA,shRNA)对体外培养的人结肠癌SW480细胞CD44v3表达及透明质酸诱导的粘附侵袭行为的抑制作用。方法:设计和构建带有U6启动子的CD44v3基因特异性的shRNA干扰表达质粒,转染至SW480细胞,以RT-PCR和Western blot检测SW480细胞转染前后CD44v3表达,以平板粘附模型和Boyden小室模型检测SW480细胞转染前后粘附和侵袭能力。结果:和转染前相比,转染了RNA干扰表达质粒的SW480细胞CD44v3mRNA和蛋白表达、以及受透明质酸诱导而粘附于平板和穿过Boyden小室隔膜的细胞数皆显著减少(P<0.01)。结论:针对CD44v3的短发夹RNA能显著抑制透明质酸诱导人结肠癌SW480细胞体外粘附和侵袭行为。     

lncRNA ALMS1-IT1在结肠癌组织中的表达及其临床意义

目的:探讨长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)ALMS1-IT1在结肠癌组织中的表达及其临床意义,并探索其对结肠癌细胞增殖和侵袭的影响。方法:应用GEPIA平台分析TCGA数据库中ALMS1-IT1在结肠癌与正常组织中的表达水平及其与患者预后的相关性。通过实时荧光定量PCR（real-time quantitative PCR,RT-qPCR）检测ALMS1-IT1在结肠癌及癌旁组织中的表达并分析其与临床病理特征的相关性。pcDNA3.1-ALMS1-IT1和ALMS1-IT1 siRNA分别转染HCT116细胞,RT-qPCR检测转染效率,CCK-8、EdU和Transwell小室检测HCT116细胞增殖和侵袭能力。结果:TCGA数据提示,ALMS1-IT1在结肠癌组织中表达显著高于正常组织,我们的数据也证实ALMS1-IT1在结肠癌组织中显著高表达。TCGA数据生存分析发现ALMS1-IT1高表达的结肠癌患者总生存率和无病生存率均显著降低。干扰ALMS1-IT1显著抑制HCT116细胞增殖和侵袭,而过表达ALMS1-IT1则明显增强结肠癌细胞增殖和侵袭。结论:ALMS1-IT1在结肠癌组织中表达上调,其高表达提示患者预后不良,ALMS1-IT1通过促进结肠癌细胞增殖和侵袭发挥癌基因功能。     

Microarray Analysis of Long Non-coding RNA Expression Profile Associated with 5-Fluorouracil-Based Chemoradiation Resistance in Colorectal Cancer Cells

Background: Preoperative 5-fluorouracil (5-FU)-based chemoradiotherapy is a standard treatment for locallyadvanced colorectal cancer (CRC). However, CRC cells often develop chemoradiation resistance (CRR). Recentstudies have shown that long non-coding RNA (lncRNA) plays critical roles in a myriad of biological processesand human diseases, as well as chemotherapy resistance. Since the roles of lncRNAs in 5-FU-based CRR inhuman CRC cells remain unknown, they were investigated in this study. Materials and Methods: A 5-FU-basedconcurrent CRR cell model was established using human CRC cell line HCT116. Microarray expression profilingof lncRNAs and mRNAs was undertaken in parental HCT116 and 5-FU-based CRR cell lines. Results: In total,2,662 differentially expressed lncRNAs and 2,398 mRNAs were identified in 5-FU-based CRR HCT116 cellswhen compared with those in parental HCT116. Moreover, 6 lncRNAs and 6 mRNAs found to be differentiallyexpressed were validated by quantitative real time PCR (qRT-PCR). Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG) pathway analysis for the differentially expressed mRNAs indicated involvement of many, such as Jak-STAT, PI3K-Akt and NF-kappa B signaling pathways. To better understand the molecular basis of 5-FU-basedCRR in CRC cells, correlated expression networks were constructed based on 8 intergenic lncRNAs and theirnearby coding genes. Conclusions: Changes in lncRNA expression are involved in 5-FU-based CRR in CRCcells. These findings may provide novel insight for the prognosis and prediction of response to therapy in CRCpatients.     

利用转录组测序数据分析胃癌长链非编码RNA的研究#br# #br#

目的 检测长链非编码RNA（lncRNA）在胃癌中的表达,并初步分析其功能。方法 34对胃癌及癌旁正常组织的转录组测序数据从癌症基因组图谱计划（TCGA）网站下载获得。用Subread和featureCounts分析数据,获得mRNA和lncRNA的表达值。用edgeR分析获得差异表达lncRNA和与差异表达lncRNA共表达的mRNA,并作基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析。结果 在胃癌组织和癌旁正常组织中差异表达的lncRNA有1345个,其中在胃癌组织中表达上调758个,下调587个。共表达分析显示,1045个编码基因与lncRNA表达相关。与差异表达lncRNA共表达的mRNA涉及的GO生物学过程包括有丝分裂期、细胞分裂、DNA复制等,涉及的KEGG通路包括细胞周期、细胞粘附分子等。结论 lncRNA在胃癌和癌旁正常组织中的表达有显著差异,提示其在胃癌的发生、发展中起重要作用。     

特异长链非编码RNA在鼻咽癌中的表达及其意义

目的 分析长链非编码RNA（long non-coding RNA, lncRNA）在鼻咽癌与慢性鼻咽炎组织中表达水平的变化,寻找可能与鼻咽癌发生发展相关的特异lncRNA。方法 采用lncRNA芯片技术分析lncRNA和mRNA在鼻咽癌与慢性鼻咽炎组织的表达谱,筛选差异表达的lncRNA和mRNA,进一步研究使用了聚类分析、GO分析、pathway分析等生物信息学技术。结果 差异表达的lncRNA（2倍以上变化且P＜0.05）共856条,其中上调的共 425条,下调的共431条;差异表达的mRNA共767条,其中上调的共426条,下调的共341条。利用聚类分析方法将差异表达的lncRNA分成3类：增强子型lncRNA、HOX 基因簇、基因间lncRNA。GO分析将mRNA分成3类：生物学过程类、细胞组分类、分子功能类。Pathway分析显示mRNA共参与28条信号通路,其中参与细胞因子-细胞因子受体相互作用信号通路的上调差异表达的mRNA的富集度最高。结论 与慢性鼻咽炎相比,lncRNA在鼻咽癌组织的表达水平明显改变,提示差异表达的lncRNA可能与鼻咽癌的发生发展有关。     

结肠腺癌预后相关竞争性内源性RN A网络的构建及免疫治疗反应分析

目的:利用生物信息学工具在结肠腺癌中(COAD)构建预后相关竞争内源性RNA(ceRNA)网络并进行综合分析.方法:从肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库中下载COAD的RNA测序(RNA-seq)数据和miRNA测序(miRNA-seq)数据及相应的患者临床信息,筛选差异表达的mRNAs(DEmRNAs)、lncRNAs...     

Long non-coding RNA AK027294 involves in the process of proliferation,migration, and apoptosis of colorectal cancer cells

This study is aimed to investigate the differentially expressed long non-coding RNAs (lncRNAs) in colorectal cancer and its potential biological function. Colorectal adenoma is the precancerous lesions of colorectal cancer, so in this study, we used colorectal adenoma as negative control. The global lncRNA expression profile in colorectal cancer and adenoma was evaluated by bioinformatics. The biological functions and potential mechanism of AK027294 were investigated in HCT116, HCT8, and SW480 colorectal cancer cells. A total of 135 lncRNAs were found to be differentially expressed in colorectal cancer and adenoma tissues. Among them, 71 lncRNAs were up-regulated and 64 lncRNAs were down-regulated. Especially, AK027294 was found to be highly expressed in colorectal cancer tissues compared with colorectal adenoma tissues (fold change is 184.5). Our results indicated that AK027294 down-regulation significantly inhibited colorectal cancer cells proliferation and migration, but promoted cell apoptosis (P?<?0.05). The potential mechanism of AK027294 might be associated with the regulation of caspase-3, caspase-8, Bcl-2, MMP12, MMP9, and TWIST. The lncRNA expression profile in colorectal cancer suggests lncRNAs may play important roles in the occurrence and progression of colorectal cancer. AK027294 is highly expressed in colorectal cancer and closely correlates with colorectal cells proliferation, migration, and apoptosis.     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的：对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA（lncRNA）表达谱进行分析，并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法：采用基因芯片技术，对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lncRNA进行筛选，通过lncRNA-mRNA共表达网络对靶基因进行预测，利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析，明确lncRNA的功能。结果：癌组织和癌旁组织之间差异表达的lncRNA共318个，与癌旁组织比较，癌组织中193个lncRNA表达上调，125个lncRNA表达下调（P < 0.01）。富集分析表明共有5个GO类别，其中细胞成分有3个，生物过程有1个，分子功能有1个，均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论：新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lncRNA的表达水平与癌旁组织有明显差异，差异表达的lncRNA可能参与食管癌的复杂调控网络，并与肿瘤发生和发展有一定的关系。     

茯苓酸通过调控AKT/MDM2/p53通路影响结直肠癌HCT116细胞的恶性生物学行为

目的：探究茯苓酸（PA）是否通过AKT/MDM2/p53通路影响结直肠癌HCT116细胞的恶性生物学行为。方法：常规培养HCT116细胞,并将其分为对照组、MK-2206(AKT抑制剂)组、PA低浓度（PA-L）组、PA高浓度（PA-H）组、PA-H+SC79(AKT激活剂)组。CCK-8法、细胞克隆形成实验、流式细胞术、Transwell、qPCR法和WB法实验分别检测各组HCT116细胞的增殖活力,克隆形成能力,细胞凋亡,迁移、侵袭能力,E-cadherin、N-cadherin和vimentin mRNA表达以及AKT/MDM2/p53通路相关蛋白的表达。结果：PA可明显抑制HCT116细胞的增殖活力（P<0.05）、克隆形成能力（P<0.05）、迁移和侵袭能力（P<0.05）,诱导其凋亡（P<0.05）,抑制N-cadherin、vimentin mRNA的表达（P<0.05）,促进E-cadherin mRNA的表达（P<0.05）,抑制AKT、MDM2的磷酸化水平（P<0.05）,促进p53蛋白的表达（P<0.05）;AKT抑...     

新疆哈萨克族食管鳞癌与长链非编码RNA表达的关系

目的:对新疆哈萨克族食管鳞癌组织及癌旁组织长链非编码RNA(lnc RNA)表达谱进行分析,并探讨其与食管癌发生和发展的关系。方法:采用基因芯片技术,对4组食管鳞癌及其癌旁组织中差异表达的lnc RNA进行筛选,通过lnc RNA-m RNA共表达网络对靶基因进行预测,利用GO和KEGG数据库进行富集分析和通路分析,明确lnc RNA的功能。结果:癌组织和癌旁组织之间差异表达的lnc RNA共318个,与癌旁组织比较,癌组织中193个lnc RNA表达上调,125个lnc RNA表达下调(P<0.01)。富集分析表明共有5个GO类别,其中细胞成分有3个,生物过程有1个,分子功能有1个,均通过反式调控方式调控靶基因。通路分析表明这些差异表达的基因可能参与轴突导向信号通路和ECM受体相互作用途径信号通路。结论:新疆哈萨克族食管鳞癌组织中lnc RNA的表达水平与癌旁组织有明显差异,差异表达的lnc RNA可能参与食管癌的复杂调控网络,并与肿瘤发生和发展有一定的关系。