黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析北大核心CSCD

目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。     

黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。     

2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析

目的 对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法 通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果 2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论 广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大, 2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。     

2017-2018年陕西省H7N9禽流感病毒流行特征及基因进化分析

目的 整理和分析2017-2018年陕西省H7N9禽流感病毒流行分布和基因特性,为防控决策提供实证依据。方法 采集陕西省外环境样本、H7N9病例及关联样本,用荧光定量PCR检测H7N9亚型流感病毒,H7N9 阳性标本的病毒分离和基因测序分析由国家流感中心完成。结果 2017年5月至2018年3月,陕西省142个监测点外环境外环境H7N9核酸阳性率仅4.91‰。同时,本省共报告7例H7N9病例和2起禽间疫情。病毒序列分析发现:部分H7N9病毒中HA蛋白裂解位点插入“KRTA”氨基酸基序,具有对禽类高致病性的分子特征。血凝素(HA)和神经氨酸酶(NA)基因进化树分析结果显示陕西省H7N9禽流感病毒与长三角来源的H7N9序列高度同源。结论 陕西H7N9病毒流行株具有遗传多样性,同时存在低致病性和高致病性两个变种。今后应继续做好禽流感病原学监测和遗传变异分析,为防控工作提供依据。     

福建省人感染H5N6禽流感病毒与外环境禽流感病毒相关性分析

目的 分析福建省外环境H5亚型禽流感病毒分布情况及与人感染H5N6禽流感的关系,为人感染禽流感的科学防治提供依据。方法 收集2013-2017年福建省外环境常规监测标本信息,进行统计分析。从数据库下载相关禽流感病毒基因序列,进行基因同源性比对和系统进化分析。结果 外环境监测结果统计分析显示:2013-2017年共采集样本4 903份,H5亚型阳性率为4.24%,且不同的网络实验室(χ²=101.033)、监测场所(χ²=45.526)、标本类型(χ²=31.751)和季节(χ²=48.174)阳性率均存在统计学差异(P<0.05)。福建省首例人感染H5N6禽流感(A/Fujian-Sanyuan/21099/2017)病毒全基因序列与6株福建省外环境H5N6病毒的同源性在85.1%~98.5%,与病家院中采集的1株加强监测外环境标本的HA和NA基因同源性分别为100.0%和99.9%。系统进化分析显示:福建省人感染H5N6病毒HA基因与加强监测的外环境H5N6病毒的进化距离最近,与其余6株距离较远,处在不同的进化分枝中,其基因源于H5N8病毒;而NA基因则与7株外环境H5N6病毒的进化距离较近,源于H5N6病毒。结论 福建省冬春季外环境中禽流感活动较为活跃,应加强活禽交易市场的卫生管理工作。福建省发现的首例人感染H5N6禽流感与外环境禽流感病毒的重配可能存在一定的相关性。     

安徽省人感染H7N9禽流感病毒基因组特征分析

目的 分析安徽省2013年分离的5株人感染H7N9禽流感病毒全基因组特征。方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)中下载具有代表性的H7N9、H7N3、H7N7和H9N2等毒株序列,运用分子生物信息学软件分析病毒全基因组特征。结果 我省流行的H7N9病毒HA基因与A/duck/Fujian/6390/2010(H7N3)相似度最高,NA基因与A/northern shoveler/Hong Kong/MPL133/2010(H2N9)株相似度最高,6个内部基因片段与中国北京、香港、湖南、江苏地区分离的H9N2毒株相似度接近。氨基酸序列比对发现NS1蛋白218~230位氨基酸缺失、M2蛋白的N31S突变、HA蛋白的G186V 、Q226L突变以及NA蛋白69~73位的删除,并且我省人感染H7N9病毒均带有PB2的E627K突变,同时PA-100A、PA-356R、PA-409N这些易感人类的特征氨基酸也在本次流行的H7N9病毒中发现;此外HA蛋白裂解位点仅有1个碱性氨基酸、糖基化位点高度保守以及未发现NA蛋白R294K突变也是我省H7N9病毒主要特征。结论 我省人感染H7N9病毒与中国其他省份流行株高度同源,该病毒获得跨种传播、毒力增强、耐药等能力均与病毒蛋白功能域有关。     

福建省禽流感病毒非结构蛋白基因特征分析

目的 明确福建省不同亚型不同源的禽流感病毒非结构蛋白基因(non-structural gene, NS)的遗传进化关系及氨基酸变异特征。方法 将2011年分离的毒株A/Chicken/Fujian/FZ04/2011(H9N2)(FZ-04株)、A/Chicken/Fujian/FZ11/2011(H9N2)(FZ-11株)的NS基因,与GenBank上登录的1997-2011年福建省不同源不同亚型的AIV毒株及国内外代表株的NS基因进行序列比对和遗传进化分析。结果 FZ-04和FZ-11株与福建省AIV的NS基因同源性分别为88.2%～99.0%,88.3～99.4%。福建省H5N1亚型毒株均属于Y439亚群,H9N2亚型毒株均属于Y280亚群。福建仅H5N1毒株的NS1蛋白80-84位有5个氨基酸缺失,且在羧基末端存在ESEV/GSEV两种PL基序,这可能是福建省区分高致病性和低致病性禽流感病毒的标志之一。结论 NS基因的特征分析表明,福建省H9N2毒株没有向高致病性H5N1毒株突变的嗜性,为今后进一步分析福建省禽流感病毒的NS基因遗传进化关系及毒力变异提供科学依据。     

2株欧亚与北美谱系重排H6N8亚型禽流感病毒的遗传进化及分子特征分析北大核心CSCD

目的解析监测中发现的欧亚与北美谱系重组H6N8亚型禽流感病毒的遗传进化及分子特征,为禽流感病毒跨洲际传播及基因重排研究提供支持。方法2019年秋季在图牧吉地区采集雁鸭类粪便样品,分离H6N8亚型禽流感病毒并进行全基因序列测定,分析其遗传进化及分子特征。结果共采集雁鸭类粪便及拭子样品5062份,分离到2株H6N8LPAIV(TMJ43、TMJ120)。遗传进化分析显示,分离株病毒NA与北美的阿拉斯加地区所分离的H3N8亚型AIV的NA节片聚集在同一进化分支,HA和其它6个内部基因节片均属于欧亚进化分支,且两株禽流感病毒分别有不同的重配发生。2株H6N8亚型禽流感病毒为欧亚谱系与北美谱系基因重排毒株,其中N8基因最近一次欧亚与北美基因节片重排发生在2016年。分子特征分析显示,HA蛋白的碱性裂解位点为PQIETR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒的特征。在NP蛋白,发生了具有增强鸡禽流感毒力的A184K突变。在TMJ43,NS1蛋白发生了能增强哺乳动物毒力的A/P42S突变。结论在我国内蒙古地区分离的2株H6N8亚型禽流感病毒为欧亚谱系和北美谱系的重排毒株,两毒株均发生了增强家禽和哺乳动物感染能力的突变。表明北美毒株通过候鸟迁徙进入我国,与欧亚谱系毒株发生重配并在野鸟中频繁出现,可为禽流感病毒的跨洲际传播研究提供信息支持。     

湖南省首例人感染H3N8亚型禽流感病例的病毒分离及分子进化分析

目的 本研究从流感样病例样本中分离出湖南省首例人感染H3N8亚型AIV毒株，并对该毒株进行了分子进化分析，为人感染H3N8亚型禽流感病毒(Avian influenza virus, AIV)的防控提供实验室依据。方法 通过实时荧光RT-PCR方法检测甲型流感病毒核酸、接种MDCK细胞进行病毒培养并通过血凝试验进行初步鉴定，继而对分离到的AIV进行高通量二代基因测序，并将测序结果进行相似性比较、基因特征和进化分析。结果 鉴定出人感染H3N8亚型AIV分离株(A/Changsha/1000/2022(H3N8),相似性分析显示HA和NA基因序列与来自河南省的人感染AIV株A/Henan/4-10CNIC/2022(H3N8)相似性最高，6个内部基因(MP、NS、PB1、PB2、NP、PA)均来源于H9N2亚型AIV。HA蛋白裂解位点为PEKQTR/GLF,未出现连续重复碱性氨基酸，符合低致病性AIV的特征，NA基因出现了耐药位点I312V突变，可能对奥司他韦有耐药性改变。PB2基因出现E627V宿主适应性突变，M2蛋白出现S31N金刚烷胺耐药性位点突变。分子进化显示HA基因属于欧亚分支，...     

2014-2016年广东省肇庆市人感染H7N9禽流感病毒基因组特征分析

目的 了解广东省肇庆市2014-2016年人感染H7N9禽流感病毒基因进化特征.方法 对肇庆市17例H7N9患者咽拭核酸直接进行8节段基因序列扩增与测定,用BioEdit5.0、MEGA6.0进行同源性和重要氨基酸位点分析,采用Neighbor-Joining法构建进化树,参比序列从GenBank下载.结果 7份H7N9病例标本获得8节段全基因序列,HA与A/chicken/Dongguan/695/2014 (H7N9)相似度最高,NA与A/ chicken/Dongguan/1075/2014 (H7N9)相似度最高;内部基因与2013-2014年广东东莞、深圳禽源H7N9及H9N2相似度较高.HA和NA基因与广东省东莞、广州、深圳等地市的H7N9序列同处于珠三角进化分支,与安徽、浙江、江苏等长三角分支的序列相似性低.HA蛋白受体结合位点发生G186V、Q226L变异,裂解位点序列均为PEIPKGR↓ GLF,含有2个碱性氨基酸;M2蛋白上发现耐药位点S31N,PB2蛋白上发现E627K突变,NA蛋白上未发现耐神经氨酸酶的位点变异.结论 肇庆市人感染H7N9病毒株可能来源于2013 2014年广东省珠三角地区禽源H7N9和H9N2,G186V、Q226L和E627K位点变异增强了对人的易感性.     

1株重组H6N2禽流感病毒全基因组特征分析

目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据.方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征.结果 A/EN/Guangzho u/13 5 6 5/2018(H6 N2)...     

Genomic and Phylogenetic Characterization of Novel,Recombinant H5N2 Avian Influenza Virus Strains Isolated from Vaccinated Chickens with Clinical Symptoms in China

Infection of poultry with diverse lineages of H5N2 avian influenza viruses has been documented for over three decades in different parts of the world, with limited outbreaks caused by this highly pathogenic avian influenza virus. In the present study, three avian H5N2 influenza viruses, A/chicken/Shijiazhuang/1209/2013, A/chicken/Chiping/0321/2014, and A/chicken/Laiwu/0313/2014, were isolated from chickens with clinical symptoms of avian influenza. Complete genomic and phylogenetic analyses demonstrated that all three isolates are novel recombinant viruses with hemagglutinin (HA) and matrix (M) genes derived from H5N1, and remaining genes derived from H9N2-like viruses. The HA cleavage motif in all three strains (PQIEGRRRKR/GL) is characteristic of a highly pathogenic avian influenza virus strain. These results indicate the occurrence of H5N2 recombination and highlight the importance of continued surveillance of the H5N2 subtype virus and reformulation of vaccine strains.     

Genetic Characterization and Pathogenicity of H7N7 and H7N9 Avian Influenza Viruses Isolated from South Korea

H7 low pathogenic avian influenza viruses (LPAIVs) can mutate into highly pathogenic avian influenza viruses (HPAIVs). In addition to avian species, H7 avian influenza viruses (AIVs) also infect humans. In this study, two AIVs, H7N9 (20X-20) and H7N7 (34X-2), isolated from the feces of wild birds in South Korea in 2021, were genetically analyzed. The HA cleavage site of the two H7 Korean viruses was confirmed to be ELPKGR/GLF, indicating they are LPAIVs. There were no amino acid substitutions at the receptor-binding site of the HA gene of two H7 Korean viruses compared to that of A/Anhui/1/2013 (H7N9), which prefer human receptors. In the phylogenetic tree analysis, the HA gene of the two H7 Korean viruses shared the highest nucleotide similarity with the Korean H7 subtype AIVs. In addition, the HA gene of the two H7 Korean viruses showed high nucleotide similarity to that of the A/Jiangsu/1/2018(H7N4) virus, which is a human influenza virus originating from avian influenza virus. Most internal genes (PB2, PB1, PA, NP, NA, M, and NS) of the two H7 Korean viruses belonged to the Eurasian lineage, except for the M gene of 34X-2. This result suggests that active reassortment occurred among AIVs. In pathogenicity studies of mice, the two H7 Korean viruses replicated in the lungs of mice. In addition, the body weight of mice infected with 34X-2 decreased 7 days post-infection (dpi) and inflammation was observed in the peribronchiolar and perivascular regions of the lungs of mice. These results suggest that mammals can be infected with the two H7 Korean AIVs. Our data showed that even low pathogenic H7 AIVs may infect mammals, including humans, as confirmed by the A/Jiangsu/1/2018(H7N4) virus. Therefore, continuous monitoring and pathogenicity assessment of AIVs, even of LPAIVs, are required.     

2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析

目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12％,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33％),H7亚型核酸阳性11份(2.20％),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57％).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测.     

2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA及NS基因进化分析

目的 分析2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemagglutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)及非结构蛋白(Non-structural,NS)基因进化特征.方法 从2014年长沙市活禽市场采集501份环境标本,利用Real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,并对单一H5阳性标本进行核苷酸测序,病毒HA、NA和NS基因测序结果进行在线BLAST分析,利用Mega5和Bioedit软件构建核苷酸进化树和氨基酸(Amino acids,aa)比对.结果 从501份环境标本中检出A型H5亚型病毒阳性标本177份(检出率35.33％),其中8份标本经核苷酸测序鉴定为H5N1亚型病毒,进化分析表明大部分H5N1病毒HA基因位于2.3.2分支内,聚集形成一个新亚分支,NA及NS基因位于2.3.2.lb亚分支.HA蛋白受体结合位点aa为QSG,表现为禽流感病毒受体特征;NA蛋白未出现H275Y及N295S aa替换,对神经氨酸酶抑制剂敏感;HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为高致病性的分子特征.结论 2014年长沙市活禽市场污水中H5N1亚型禽流感病毒HA、NA和NS基因表现为高致病性的分子特征,但不具有对人易感的受体特征,需要进一步监测.     

A novel highly pathogenic H5N8 avian influenza virus isolated from a wild duck in China

Migrating wild birds are considered natural reservoirs of influenza viruses and serve as a potential source of novel influenza strains in humans and livestock. During routine avian influenza surveillance conducted in eastern China, a novel H5N8 (SH‐9) reassortant influenza virus was isolated from a mallard duck in China. blast analysis revealed that the HA, NA, PB1, PA, NP, and M segments of SH‐9 were most closely related to the corresponding segments of A/duck/Jiangsu/k1203/2010 (H5N8). The SH‐9 virus preferentially recognized avian‐like influenza virus receptors and was highly pathogenic in mice. Our results suggest that wild birds could acquire the H5N8 virus from breeding ducks and spread the virus via migratory bird flyways.     

H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99株基因组的分子特征

目的测定H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99(CK/GS/2/99)分离株的基因组序列并与参考毒株进行同源性分析,阐明该毒株的遗传变异及分子特征。方法采集发病鸡泄殖腔样品,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,采用RT-PCR方法对CK/GS/2/99株的8个分节段基因进行扩增,分别将其克隆到pGEM-T easy载体后进行序列测定与同源性分析。结果CK/GS/2/99株PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS基因的开放阅读框分别由2280、2274、2151、1683、1497、1401、759、864个碱基组成,分别编码759、757、716、560、498、466、252/97、231/122个氨基酸残基。该毒株HA上HA1和HA2裂解位点序列为PARSSR↓GLF,具有典型的低致病性禽流感病毒的特征。同源性分析显示,CK/GS/2/99株与1998-2002年间大部分中国大陆分离株遗传关系较近,尤其与CK/NX/4/99和CK/HB/31/00株遗传关系密切。结论CK/GS/2/99与大部分流行于中国内陆的H9N2亚型毒株均来源于共同的祖先毒株CK/BJ/1/94,这为了解中国H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学提供了资料。