上海市16个冷却塔水中军团菌脉冲场凝胶电泳分型及基因型监测

目的 研究上海市公共场所16个空调冷却塔水中军团菌的脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型,并连续监测该菌基因型变化.方法 2007年5-10月连续6个月以每月1次的频率采样,从16个公共场所空调冷却塔水中分离军团菌,经血清学凝集试验、胶乳凝集试验分型后,使用PFGE技术对酶切后的军团菌全染色体DNA进行电泳获得指纹图谱,利用BioNumerics软件进行聚类分析.结果 16个冷却塔水中共分离出131株军团菌,包括嗜肺军团菌、博杰曼军团菌、米克戴德军团菌和茴香军团菌,分为52个PFGE型别,其中37个PFGE型别(71.15%)仅分布于1个冷却塔中,即为该冷却塔所特有;15个PFGE型别(28.85%)分布于2个或以上冷却塔中.16个冷却塔具有2个或以上的PFGE型,13个冷却塔(81.25%)中多次出现相同的PFGE型别.2007年6-10月连续5个月从6个冷却塔中分离出18株PFGE型为LPAs.SH0078型的军团菌.结论 冷却塔水中的军团菌基因型具有多样性和复杂性,81.25%的冷却塔水中PFGE型具有持续性,且LPAs.SH0078型广泛分布,可能为优势PFGE型.     

上海市16个冷却塔水中军团菌脉冲场凝胶电泳分型及基因型监测

Objective To investigate the genotypic characteristics and persistence of Legionella pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) patterns in 16 air-conditioner cooling towers in six different public sites of Shanghai. Methods From May to October, continuous sampling was operated once per month in 2007. Legionella strains isolated from the 16 cooling towers were confirmed by serological and latex agglutination. PFGE was applied for the fingerprinting of the isolates, while the culster results of PFGE were analyzed by BioNumerics software. Results 131 strains of Legionella were isolated, including L. pneumophila, L. bozemanae, L. micdadei and L anisa.52 distinguishable PFGE patterns were differentiated among the 16 cooling towers, with 37 patterns were owned by just one cooling tower, which was not shared with other cooling towers, while 15 patterns were shared by more than 2 cooling towers. All the cooling towers had ≥2 PFGE patterns,while in 13 cooling towers the same PFGE patterns were recovered during the six months. From June to October of 2007, 18 strains of Legionella belonging to the PFGE pattern of LPAs. SH0078 were isolated continuously from 6 cooling towers. Conclusion This study demonstrated great genotypic diversity and complexity of Legionella in cooling towers. Persistence of the PFGE patterns was observed in 81.25% of the cooling towers. The PFGE pattern of LPAs. SH0078 was distributed widely,suggesting it might be the dominate strain in Shanghai.     

石家庄市集中空调系统水中嗜肺军团菌的脉冲场凝胶电泳指纹图谱分析

目的 对石家庄市集中空调系统水中分离的25株嗜肺军团菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,初步建立石家庄市嗜肺军团菌的PFGE分型数据库.方法 采用PFGE技术,对2008年石家庄市集中空调系统水分离的嗜肺军团菌用AscI酶切,将PFGE图像用BioNumerics 4.0软件处理后,采用统一的分子量标准对照沙门菌(B...     

中国嗜肺军团菌分离株脉冲场凝胶电泳分型分析以及数据库的建立

目的 对分离的262株嗜肺军团菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析,初步建立中国嗜肺军团菌的PFGE分型数据库.方法 采用PFGE技术,对2004-2009年中国11个省(市)分离的嗜肺军团菌用AscⅠ酶切,BioNumerics软件分析PFGE图谱,并建立分子分型数据库.结果 262株嗜肺军团菌的PFGE图谱共分为108种不同的PFGE带型,相似性系数在16%～100%之间,通过聚类分析,可以分为差异明显的不同簇.不同省份、年份和血清型的菌株之间有交叉带型.结论 中国环境分离的嗜肺军团菌菌株基因组变异较大,同时也具有克隆化特征,且可能有多个克隆系存在.

Abstract：

Objective To analyze the molecular types of Legionella (L.) pneumophila strains isolated in China,and to develop the PulseNet-China Database of L.pneumophila.Methods Pulsed field gel electrophoresis (PFGE) was used to analyze 262 L.pneumophila strains collected from 11 provinces between 2004 and 2009 in China.Different kinds of genomic DNA in different L.pneumophila strains were isolated and separated after digesting with Asc Ⅰ.BioNumerics software was used to analysis the PFGE fingerprints.Results L.pneumophila strains isolated in China were quite different regarding their PFGE patterns.There were 108 PFGE types among the 262 strains tested in this study.The similarity value of these strains was in the range of 16%-100% and the same types were discovered in different provinces and years.Conclusion L.pneumophila strains isolated in China were with high genetic variations.There might be different clones existed in China.The development of PulseNet China Database was thus of great significance in monitoring the L.pneumophila strains in the future.     

脉冲场凝胶电泳分型追溯江西省霍乱暴发传染源

目的分析2006年5月江西省聚餐暴发霍乱疫情的分离菌株与常规监测在外环境及水产品中分离的霍乱弧菌之间分子分型特征和遗传相关性。方法利用聚合酶链反应检测霍乱毒素基因，用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分子分型，所得结果以BioNumerics V4．0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果30株与暴发相关分离菌株中，无论来自病例、带菌者、疫区污水、水产品的菌株均为产毒株。30株O139群霍乱弧菌以NotⅠ酶切后PFGE可分为4个型别。从甲鱼、牛蛙分离的O139群霍乱弧菌的型别与此次暴发的优势PFGE型别一致，并且也为产毒株。两起暴发包括多起聚餐，从中分离的菌株优势型别相同，传播媒介为甲鱼、牛蛙，均购于同一水产批发部，说明为同一传染源。结论携带O139群霍乱毒素基因的甲鱼、牛蛙是引起本次多起聚餐暴发霍乱的主要传染源。     

沙门菌血清及脉冲场凝胶电泳分型

目的 分析吉林省食品中分离的沙门菌血清型和脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别,探讨吉林省食品中沙门菌污染的同源性。方法 于2011年3月-2012年4月,对从市售生鸡肉和中式凉拌菜中分离出的28株沙门菌进行血清学和PFGE分子分型,采用BioNumerics version 6.0软件分析比较同源性。结果 28株沙门菌血清型分别为15株肠炎沙门菌、4株印弟安纳沙门菌、2株猪伤寒沙门菌、2株亚利桑那菌和5株血清未定型沙门菌;PFGE结果主要分为4个大群,其中1群包括14株,相似度为87.3%~100%;2群包括7株,分为2个亚群,2A亚群包括6株,相似度为91.9%~100%,2B亚群1株,相似度为73.6%; 3群包括3株,相似度为88.9%~100%;4群包括4株,分为2个亚群,4A亚群包括3株,相似度为84.6%~94.7%,4B亚群1株,相似度为72.7%。结论 吉林省食品中沙门菌血清型以肠炎沙门菌为主;PFGE结果显示相同血清型别菌株具有高度同源性。     

江苏省食品中沙门菌的监测及其脉冲场凝胶电泳分型研究

目的:建立脉冲场凝胶电泳(PFGE)细菌分型方法,研究我省不同地区、不同种类食品中分离的沙门菌菌株间的同源关系。方法:对2008年从不同地区不同种类食品中分离出的21株沙门菌进行PFGE分子分型,所得结果用BioNumerics软件进行分析。结果:分离的沙门菌存在多种PFGE型别,扬州的生猪肉中分离的沙门菌存在一定的同源关系,2号、3号与4号菌株有88%同源。但无论是同一地区还是同种食品,都没有发现完全相同的PFGE分子型。结论:与其他分型方法相比,PFGE是一种具有高分辨率,高稳定性和高重复性的全新的细菌分子分型方法。在食品安全事件的处理中,它将成为通过细菌分子分型追踪传染源的快速有效方法。     

脉冲场凝胶电泳分型方法追溯霍乱传染源

目的　了解四川省 2 0 0 4年霍乱疫情分离菌株与常规监测的外环境和水产品中霍乱弧菌分离株之间的遗传相关性 ,追溯传染源 ,为预测疫情和制定防治措施提供依据。方法　O139群霍乱弧菌编码脂多糖 (LPS)特异性基因引物聚合酶链反应 (PCR)复核菌株 ,霍乱毒素 (CT)基因引物PCR检测霍乱毒力基因 ,脉冲场凝胶电泳 (PFGE)进行菌株的分子分型。结果　 2 5株受试菌株LPS基因 2对引物PCR结果均为阳性。所有 6株河水中分离的菌株均为CT基因阴性 ,其余均具有CT基因。 2 4株菌PFGE可分为 13个型。结论　LPS基因PCR检测结果从分子水平证实受试菌株均为O139群霍乱弧菌。河水中分离的 6株菌是非产毒株 ,其余菌株均具有致病性。环境水分离的O139群非产毒株之间以及产毒株与非产毒株之间遗传相关性较远。产毒株之间具有较高的同源性。四川省从甲鱼分离的O139群霍乱弧菌与同期流行的O139群霍乱弧菌分型的带型一致 ,在国内首次以分子流行病学分析提示甲鱼可能是四川省近年霍乱疫情主要传染来源之一。     

布鲁菌脉冲场凝胶电泳图谱分型方法建立

目的 建立我国95株布鲁菌的染色体DNA脉冲场凝胶电泳图谱,进行布鲁菌的分子遗传学分类鉴定。方法 选择我国不同地区、不同时限分离的布鲁菌100株(包括19株标准布鲁菌株),应用SeaKem Gold琼脂糖胶块纯化布鲁菌完整的染色体DNA,限制性内切酶XbaI消化后,进行脉冲场凝胶电泳分离(PFGE)。结果 XbaI酶切布鲁菌基因组DNA后,可产生20~500kbp范围的15~25条酶切片段,并可以在PFGE凝胶上被很好的区分开。PFGE可在种的水平上区分布菌各种标准株,76株中国分离株可被分为39种PFGE类型,并聚为4大类。PFGE与传统分型方法比较,2者的一致性达63%。结论 脉冲场凝胶电泳图谱可对布鲁菌进行遗传学分类鉴定,在布鲁菌的分子流行病学研究中具有重要意义。     

副溶血性弧菌脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的用脉冲场凝胶电泳方法绘制副溶血性弧菌食物中毒分离株的DNA指纹图谱,分析各菌株间的同源性关系。方法 55株食物中毒来源的副溶血性弧菌基因组DNA经限制性内切酶NotI酶切,用脉冲场凝胶电泳方法获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析。结果实验得到55株副溶血性弧菌的DNA指纹图谱,可大致分为30种PFGE图谱。聚类分析显示,在大约90%的相似性水平上,有38株菌的PFGE图谱属于同一个克隆群,为2007-2008年引起闵行区食物中毒的优势流行菌型。结论闵行地区存在遗传谱系密切相关的副溶血性弧菌流行克隆。脉冲场凝胶电泳方法是分析副溶血性弧菌同源性的有效方法 ,有助于追溯传染源。     

伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳分型方法研究

目的：运用脉冲场凝胶电泳研究宁波市伤寒沙门菌的分子流行病学。方法：选择XbaⅠ酶对伤寒沙门菌染色体DNA进行酶切，采用脉冲场凝胶电泳技术分析电泳酶切指纹图谱，了解其流行状况。结果：14株伤寒沙门菌，根据电泳图谱分析，可分为3个带型。结论：PFGE具有分辨力高，重复性好的特点，是研究伤寒沙门菌分子流行病学较好的基因分型方法。     

用脉冲场凝胶电泳方法对O139霍乱弧菌分型的研究

目的：利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术探讨O139群霍乱弧菌的分子分型方法。方法：用SfiⅠ酶和NotⅠ酶切O139群霍乱弧菌染色体DNA，经脉冲场凝胶电泳进行片段分离。结果：14株O139群霍乱弧菌经SfiⅠ酶切后电泳分离可得一个PFGE型，用NotⅠ酶切电泳可分为2个PFGE型。结论：脉冲场凝胶电泳技术分析O139群霍乱弧菌，分型发现微小差别有助于分析追踪疫情和来源。     

PFGE法分析多血清型副溶血性弧菌引起的食物中毒

目的:对从食物中毒样品中分离到的7株副溶血性弧菌作常规鉴定及脉冲场凝胶电泳(PFGE)同源性分析,以明确致病因子。方法:按GB/T4789.7-2008进行副溶血性弧菌分离、生化鉴定、神奈川试验、血清分型;Pulse-Net PFGE分子分型标准实验室操作方法作同源性分析。结果:7株副溶血性弧菌分成三个血清型,即O3∶K6型5株,O4∶K8型和O1∶K56型各1株,分别属于三种不同的PFGE条带型,其中6株菌神奈川试验阳性。结论:这次食物中毒可能为以O3∶K6型为主的不同克隆群副溶血性弧菌混合感染所致。     

肇庆市副溶血性弧菌血清型、毒力基因和脉冲场凝胶电泳分子分型研究

目的 通过副溶血性弧菌血清型、毒力基因和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型研究,建立肇庆市副溶血性弧菌DNA指纹图谱基因库。方法 对肇庆市食物中毒分离出的28株副溶血性弧菌和食品安全风险监测的各类水产品分离的17株副溶血性弧菌进行血清分型,耐热直接溶血素相关基因(trh)和耐热直接溶血素基因(tdh)PCR检测,对45株副溶血性弧菌进行PFGE分子分型。结果 食物中毒分离的28株副溶血性弧菌,血清型以O₄:K₈(32.14%)和O₃:K₆(25.00%)为主,17株水产品分离的副溶血性弧菌,血清型以O₁:K_UT(42.11%)为主;21株(46.67%)为tdh⁺trh^-菌株,23株(51.11%)为tdh^-trh^-菌株,1株(2.22%)为tdh^-trh⁺。45株副溶血性弧菌的PFGE相似值为3.9%~100.0%,被分为36种不同的PFGE型别,带型100%相同的菌株几乎都出现在同一年代相近的时间点,但也出现了跨年代菌株。结论 肇庆市食物中毒的副溶血性弧菌以O₄:K₈和O₃:K₆血清型为主,多数菌株携带tdh基因。PFGE结果提示肇庆市流行的副溶血性弧菌存在多克隆来源。     

脉冲场凝胶电泳分子分型方法用于霍乱弧菌相关性分析

目的用脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型方法,分析辽宁丹东和广东珠海两地区从水体和水产品中分离的霍乱弧菌之间的相关性。方法对39株霍乱弧菌用内切酶Not I酶切DNA后进行PFGE分子分型,并在0.5×TBE电泳缓冲液中加入终浓度为3.8 mg/L的硫脲溶液电泳。结果所有39株霍乱弧菌的基因组DNA显示出良好的分型结果,从朝鲜排污口、丹东鸭绿江水体中的鲫鱼、河蟹以及丹东排污口分离出的霍乱弧菌之间的相似度达到100%,说明这些产品之间应为同一个污染源;珠海的大头鱼和鳙鱼之间的相似度达到100%,说明这两者之间应为同一个污染源;珠海鲫鱼中检出的霍乱弧菌和鸭绿江水体中检出的霍乱弧菌之间的相似度达到88.4%,说明这两者之间可能为同一个污染源。结论PFGE技术适用于霍乱弧菌环境样品分离菌株的相关性分析和传染源的追踪。     

江苏省1999—2005年霍乱弧菌的脉冲场凝胶电泳分析

目的了解江苏省1999-2005年间分离的霍乱弧菌核酸特征,及O139群与O1群霍乱弧菌在基因组水平上的关联。方法 NotⅠ酶切霍乱弧菌基因组,脉冲场凝胶电泳(PFGE)得到指纹图谱,并进行比较分析。结果 PFGE指纹图谱将全部136株霍乱弧菌分为6类,PFGE-A型由1株临床来源El Tor、120株临床来源和9株环境来源的O139组成,PFGE-B型由1株临床来源的El Tor组成,PFGE-C型由1株临床来源的El Tor和1株临床来源的O139组成,PFGE-D型由1株环境来源的El Tor组成,PFGE-E型由1株环境来源的O139组成,PFGE-F型由1株临床来源的O139组成。结论PFGE指纹图谱提示O139起源于不同克隆的El Tor霍乱弧菌,为了解O139的进化路线和流行规律提供了有效证据。作为高分辨率的基因分型工具,PFGE可用于追踪霍乱弧菌的暴发流行传染源,并在其分子流行病学研究中发挥重要作用。     

沙门菌脉冲场凝胶电泳分型与血清型的对应关系

目的分析沙门菌脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)与血清分型之间的对应关系.方法选择中国细菌性传染病分子分型实验室监测网络PulseNet China沙门菌监测数据中鼠伤寒(Typhimurium)、肠炎(Enteritidis)、德尔卑(Derby)、阿贡纳(Agona)及山夫登堡(Senftenberg)前五位常见血清型菌株共1230株,进行PFGE聚类分析,以血清分型作为参照进行比对.确定这5种血清型PFGE优势带型的共有条带.结果1230株菌株中,1149株经PFGE预测的血清型与实际血清型一致,PFGE预测血清型的准确率为93.4%.5种血清型经PFGE预测的血清型阳性预测值多在90.0%以上、阴性预测值均在95.0%以上.结论PFGE聚类对5种常见血清型沙门菌血清分型具有较好的提示及验证作用.